Lecture critique d'un article scientifique original - PneumoCancero.com
←
→
Transcription du contenu de la page
Si votre navigateur ne rend pas la page correctement, lisez s'il vous plaît le contenu de la page ci-dessous
Lecture critique d’un
article scientifique original
Hervé Maisonneuve
www.redactionmedicale.fr
Professeur associé, Santé publique
President European Association of Science Editors 1996-1999
Rédacteur en chef adjoint La Presse Médicale 2004-actuel
Médecine factuelle, ULB, Bruxelles, 23 février 2018
Liens d’intérêts
• Rédacteur de www.redactionmedicale.fr
• Consultant en rédaction scientifique (gérant H2MW)
• Institut International de Recherche et d’Action sur la Fraude et le Plagiat
Académiques (Conseil scientifique, Genève)
• Groupe de travail ‘Intégrité scientifique’ pour le secrétariat à
l’enseignement supérieur et à la recherche
• Comité scientifique
• Rédacteur adjoint de
• Auteur de ‘La rédaction médicale’, Doin, 2010
• Rédacteur de ‘Science Editors’ Handbook’, EASE 2013
Méd factuelle Fév 2018 2
Volume des publications
• Le nombre de publications est si important qu’il ne permet pas aux
professionnels de se tenir régulièrement informés
• Par exemple :
• Il y a 26 millions de publications dans la base de données Medline/Pubmed
qui ne contient que revues biomédicales
• Dans cette base, il y a 1,2 millions nouveaux articles indexés chaque année
• Environ 95 % de ces articles auraient un ‘p significatif’
• Nécessité de faire des synthèse de la littérature
Méd factuelle Fév 2018 3
Renouvellement des connaissances
• Tous les 5 à 7 ans, 50 % des connaissances seraient obsolètes
(grandes variations selon les domaines scientifiques)
• Des études ont montré que les recommandations devraient être
actualisées périodiquement (3, 5 ou 7 ans selon les domaines)
• Les recommandations seront uniquement sous format électronique,
pour permettre des actualisations périodiques ; des projets sont en
développement
Méd factuelle Fév 2018 4
Variations des pratiques professionnelles
• Il est connu que les pratiques varient entre les professionnels, les
régions, les pays… et toutes les professions de santé sont concernées
• Ces variations ont des conséquences pour les stratégies de soins :
• Sur-utilisation
• Sous-utilisation
• Mauvaise utilisation
• Il devient nécessaire de synthétiser les connaissances pour diminuer
les variations de pratiques
Méd factuelle Fév 2018 5
L’apprenant remplace le formateur
• L'enseignement doit céder le pas à l'apprentissage, le formateur
à l'apprenant.
Il faut donner les moyens
d'aller chercher le savoir
• Il faut penser à l'envers et passer de la formation conjoncturelle
à l'apprentissage permanent.
• Nous apprenons continuellement de façon informelle : l’attrait
de la nouveauté illustre parfaitement notre propension innée à
apprendre.
Méd factuelle Fév 2018 6
Identifier la preuve scientifique
• Analyser un article pour le prendre en compte nécessite de
• Déterminer l’objectif de la recherche et quelle était la question de recherche
• S’assurer que les méthodes de recherche étaient adaptées à la question
• Repérer les biais possibles
• S’assurer de la pertinence de l’analyse
• Vérifier si l’étude respecte les codes d’éthique de la recherche
• Ne prendre en compte les résultats que si les méthodes étaient
adaptées à la question de recherche est la base de la LCA
• La LCA amène à éliminer des articles, à les négliger complètement pour ne
sélectionner que des articles de qualité
Méd factuelle Fév 2018 7
L’article original : IMRaD
•Pourquoi j’ai fait ce travail ?
•Comment je l’ai fait ?
•Qu’est ce que j’ai observé ?
•Qu’est ce que j’en pense ?
Méd factuelle Fév 2018 8
L’article original : IMRaD
• Titre
•Introduction • Auteurs
• Résumé
•Méthodes
• Illustrations
•Résultats • Tableaux
• Figures
•Discussion
• Références
• Remerciements
Méd factuelle Fév 2018 9
Développer l’esprit critique est
indispensable
Méd factuelle Fév 2018 10L’EXPRESS, juillet 2010
http://www.lexpress.fr/actualite/societe/les-bebes-nageurs-plus-sujets-aux-bronchiolites_907723.html
Qu’en pensez-vous ? Quelles questions poser ?
Méd factuelle Fév 2018 11Résumé de l’étude*
Une étude de l’Université de Louvain a suivi 430 enfants âgés en
moyenne de 5-6 ans. Selon celle-ci, les poumons des bébés nageurs
encore immatures sont plus à risque de développer une bronchiolite
que les bébés qui ne vont pas à la piscine. La chloramine, produit issu du
mélange entre le chlore (utilisé pour l’entretien des piscines) et les
matières organiques présentes dans l’eau (urine par exemple), est très
irritante et augmente la vulnérabilité des enfants aux virus, notamment
celui de la bronchiolite. L’étude montre que le risque est proportionnel
au temps passé dans les piscines avant l’âge de 2 ans. Ainsi le risque est
multiplié par 4 dès 20 heures passées en piscine. 21 juillet 2010
*Extrait du livre Alfred Morabia, d’après la conférence de presse des auteurs
Méd factuelle Fév 2018 12Article publié dans une revue prestigieuse
Méd factuelle Fév 2018 13Article publié dans une revue prestigieuse
Quelle était la question de recherche ?
Ne lire que les méthodes de l’article ?
Méd factuelle Fév 2018 14Méd factuelle Fév 2018 15
Méd factuelle Fév 2018 16
Méd factuelle Fév 2018 17
Méd factuelle Fév 2018 18
Méd factuelle Fév 2018 19
Méd factuelle Fév 2018 20
Méd factuelle Fév 2018 21
Méd factuelle Fév 2018 22
Introduction : question de recherche Bronchiolitis is an acute infection of the small airways that primarily affects young infants, most often those aged 2–24 months. The main causative agent is respiratory syncytial virus (RSV), although other viruses may sometimes be involved. The disease occurs with a seasonal pattern, peaking during winter in temperate climates and the rainy season in tropical climates [1, 2]. The disease burden of bronchiolitis is substantial and seems to have increased in most developed countries since the 1960s–1970s [3]. In the USA and Europe, the annual incidence of bronchiolitis during the first year of life is estimated to be 10–20%, but incidences as high as 30% have been reported in some urban areas [3, 4]. Since bronchiolitis increases the risk of childhood asthma [5, 6], it also contributes to the rising incidence of chronic respiratory diseases in children. Méd factuelle Fév 2018 23
Introduction : question de recherche Bronchiolitis is an acute infection of the small Factors that may increase the frequency airways that primarily affects young infants, or severity of bronchiolitis are male sex, most often those aged 2–24 months. The low gestational age, young or unmarried main causative agent is respiratory syncytial mothers, infant condition at birth virus (RSV), although other viruses may (Apgar score), lack of breastfeeding, sometimes be involved. The disease occurs early weaning, congenital heart or lung with a seasonal pattern, peaking during diseases, and a family history of atopic winter in temperate climates and the rainy diseases. The risk of bronchiolitis is also season in tropical climates [1, 2]. The disease higher infants living with older siblings, burden of bronchiolitis is substantial and attending a day-care centre or exposed seems to have increased in most developed to environmental tobacco smoke [2, 7]. countries since the 1960s–1970s [3]. In the Since ambient air pollution appears to USA and Europe, the annual incidence of play, if any, a marginal role [8], factors bronchiolitis during the first year of life is driving the rise of the disease in estimated to be 10–20%, but incidences as industrialised countries remain largely high as 30% have been reported in some unknown. urban areas [3, 4]. Since bronchiolitis increases the risk of childhood asthma [5, 6], it also contributes to the rising incidence of chronic respiratory diseases in children. Méd factuelle Fév 2018 24
Introduction : question de recherche
Infant swimming is a practice that has
been greatly popularised in most
industrialised countries. NYSTAD and co-
workers [9, 10] were among the first to
draw attention to the risks that this
practice may pose to the airways of
infants. These authors noted that infants
of atopic parents were more likely to
develop wheezing or lower respiratory
tract infections when they were attending
swimming pools. In a cross-sectional
study of schoolchildren aged 10–13 yrs, it
was also found that infant swimmers
were more likely to develop asthma and
recurrent bronchitis than their peers who
had never attended a chlorinated pool
before the age of 2 yrs [11, 12].
Méd factuelle Fév 2018 25Introduction : question de recherche
Infant swimming is a practice that has Interestingly, this poorer respiratory
been greatly popularised in most health of infant swimmers was
industrialised countries. NYSTAD and co- associated with lower serum levels
workers [9, 10] were among the first to of Clara cell protein (CC16), a protein
draw attention to the risks that this protecting from inflammation in
practice may pose to the airways of acute RSV infection [13]. These
infants. These authors noted that infants findings led to the postulate that the
of atopic parents were more likely to chlorine used to disinfect swimming
develop wheezing or lower respiratory pools can cause airway changes
tract infections when they were attending making the lungs more sensitive to
swimming pools. In a cross-sectional infection- and asthma-inducing
study of schoolchildren aged 10–13 yrs, it agents [12]. A Swedish study also
was also found that infant swimmers described decreased levels of serum
were more likely to develop asthma and CC16 in children who swam during
recurrent bronchitis than their peers who infancy compared to those who did
had never attended a chlorinated pool not [14], providing further evidence
before the age of 2 yrs [11, 12]. that terminal airways and, in
particular, Clara cells may be
damaged
Méd factuelle Fév 2018 during infant swimming. 26Méd factuelle Fév 2018 27
Introduction : question de recherche
Given these associations between infant swimming, serum CC16 and
RSV infection, it was hypothesised that the infantswimming practice
should be associated with a higher risk of bronchiolitis. In order to test
this hypothesis, the associations between infant swimming,
bronchiolitis and its sequelae were explored in a cross-sectional study
focused on young schoolchildren. Since both outdoor and indoor pools
may affect the airways of swimmers [15], the present study was not
limited to baby swimming lessons in indoor pools, but considered all
kinds of swimming activity during infancy, regardless of the type of
chlorinated pool and the conditions of attendance.
Méd factuelle Fév 2018 28Méd factuelle Fév 2018 29
Méd factuelle Fév 2018 30
Study population Swimming pools
Protocol
Méd factuelle Fév 2018 31Study population
The study participants were 5–6-yr-old children from 30 schools located
mainly in the areas of Brussels and Liège (Belgium). These children were
recruited in the framework of a prospective study on the respiratory impact of
air pollution. A questionnaire and an informed consent document were
distributed to children in the third year of kindergarten. Of the 839 children
who received these documents, 430 returned the questionnaire with the
informed consent document filled in by the parents. The overall participation
rate was 51.3%, but showed great variation between schools (20–90%). Since
the participation rate did not correlate with the prevalence of the main
outcomes and risk factors, it was decided to retain all schools for the
statistical analysis and to add the participation rate to the list of potential
confounders. The ethics committee of the Faculty of Medicine of the Catholic
University of Louvain (Louvain, Belgium) approved the study protocol, which
complied with all applicable requirements of the international regulations.
Méd factuelle Fév 2018 32Protocol
Parents completed a detailed questionnaire inquiring about the health of their
child, respiratory symptoms, family antecedents, care during early life and all
lifestyle or environmental factors known or suspected to influence the risk of
bronchiolitis. Questions regarding respiratory symptoms were those of the
International Study of Asthma and Allergies in Childhood [16]. Wheezing was
identified by a positive answer to the question ‘‘Has your child had episodes of
wheezing during the last 12 months?’’. The questionnaire included specific
questions asking whether the child had ever been diagnosed for most common
childhood diseases. Among these, there were seven distinct questions about
the following respiratory diseases: asthma, bronchitis, bronchiolitis, pneumonia
(or bronchopneumonia), hay fever, allergic rhinitis, and sinusitis. For each
question, the parents were asked to reply ‘‘yes’’ or ‘‘no’’. In the case of a
positive reply, parents were then asked to indicate the exact age at which the
disease was diagnosed. The questionnaire also comprised questions about
sport and recreational activities.
Méd factuelle Fév 2018 33Protocol
For swimming practice, parents were asked to specify the type of pool attended by
their child, the type of disinfection method used (even though almost all of them use
chlorine), the frequency of attendance and the age at which their child started to
attend the pool regularly. This information served to calculate the cumulative pool
attendance (CPA) at indoor or outdoor chlorinated pools, separately or combined,
before the age of 2 yrs (during infancy) or later in life (during childhood). Children
were examined in schools during 09:00–16:00 h. Height and body weight were
measured. Since the examination of children in schools precluded any provocation
test, screening for respiratory allergies in school was performed noninvasively by
measuring specific immunoglobulin E in nasal mucosa using the Rhinostick test (made
by F. Marcucci) [17]. This test was successfully performed in 372 children, in whom the
following allergens were screened for: cat epithelium, Dermatophagoides
pteronyssinus, Anthoxanthum odoratum, Parietaria officinalis and a mix of tree
allergens containing Betula odorata, Corylus avellana, Carpinus betulus and Alnus
incana. Regarding sport and recreational activities organised by the schools, the
school directors were asked to complete a questionnaire that permitted the
information given by the parents to be cross-checked and completed.
Méd factuelle Fév 2018 34Study population Swimming pools
Protocol
Méd factuelle Fév 2018 35Swimming pools In Belgium, every public swimming pool is legally required to regularly check the microbial and chemical quality of the water by measuring several parameters, including active (0.5–1.5 ppm) and combined chlorine (
Méd factuelle Fév 2018 37
3 questions de base
1. L’étude était-elle comparative ? OUI
2. Quels étaient les groupes comparés ? nageurs/non-nageurs ; mais
quelles comparaisons ?
• Questions à des parents d’enfant de 6 ans sur les habitudes des enfants avant
2 ans, sur les maladies, les piscines fréquentées, etc.. Y-a-til un biais de
mémorisation ?
• Qui a fait les diagnostics ? On ne sait pas ? Les parents ou un médecin ?
• Qui a mesuré les taux de chlore dans les piscines (et comment) ? Pas précisé
• Quelle est la fréquence des bronchiolites dans la population générale des
enfants ? Pas d’information sur cette donnée
3. Quelle était l’ampleur de l’effet qui aurait été observé (résultat) ?
Méd factuelle Fév 2018 38Méd factuelle Fév 2018 39
Méd factuelle Fév 2018 40
Méd factuelle Fév 2018 41
HARKing (Hypothesing After Results are Known)
Swimming infants Controls
+ episodes of wheezing during the last 12 months. Méd factuelle Fév 2018 42Quelle était l’ampleur de l’effet qui aurait
été observé ?
Il y a plusieurs manière d’exprimer l’effet observé :
• Comparer 2 pourcentages, 23,8 % et 36,4 % et dire
qu’une différence de 12,6 % a été observée entre les
groupes
• La représentation graphique peut être celle montrée sur
cette diapositive
En pratique : quelle est la pertinence clinique de
ces 12 % de différence ?
Méd factuelle Fév 2018 43Quelle était l’ampleur de l’effet qui aurait
été observé ?
Il y a plusieurs manière d’exprimer l’effet observé :
• Comparer 2 pourcentages, 23,8 % et 36,4 % et dire
qu’une différence de 12,6 % a été observée entre les
groupes
• Expliquer qu’il y a une augmentation de plus de 50 % du
risque de faire une bronchiolite ( 12,6 % / 23,8 % = 52,9 %)
• La représentation graphique peut être celle montrée sur
cette diapositive, mais elle peut-être représentée
différemment
En pratique : quelle est la pertinence clinique de
ces 12 % de différence ?
Méd factuelle Fév 2018 44Hypothèse : piscine et bronchiolites
• Facteurs de confusion : les enfants allant à la piscine étaient dans le
froid, a-t-on considéré les saisons, etc.
• Méthodes pour diminuer les biais (mémorisation,…..)
• Dans l’article, aucune différence significative pour Asthme, Rhume
des foins, Rhinite allergique, Bronchite, Sinusite, Pneumonie,
Sifflements respiratoires !!!!!
• Mais une différence significative pour la bronchiolite (p < 0,04) : nous
pouvons supposer que l’hypothèse de l’étude a été déterminée après
l’obtention des résultats, mais à prouver… HARKing
• Aucune évaluation ou prise en compte des bénéfices de la natation
Méd factuelle Fév 2018 45Résumé Méd factuelle Fév 2018 46
Résumé
ABSTRACT: Recent studies suggest that swimming in chlorinated pools during infancy may
increase the risks of lower respiratory tract infection. The aim of the present study was to
assess the influence of swimming in chlorinated pools on the risks of bronchiolitis and its
late consequences.
A total of 430 children (47% female; mean age 5.7 yrs) in 30 kindergartens were examined.
Parents completed a questionnaire regarding the child’s health history, swimming practice
and potential confounders.
Attendance at indoor or outdoor chlorinated pools ever before the age of 2 yrs was
associated with an increased risk of bronchiolitis (OR 1.68; 95% CI 1.08–2.68; p=0.03),
which was exposure dependent for both types of pool (p-value for trend 20 h spent in chlorinated pools during infancy. Infant swimmers who
developed bronchiolitis also showed higher risks of asthma and respiratory allergies later in
childhood.
Swimming pool attendance during infancy is associated with a higher risk of bronchiolitis,
with ensuing increased risks of asthma and allergic sensitisation.
Méd factuelle Fév 2018 47Résumé
ABSTRACT: Recent studies suggest that swimming in chlorinated pools during
infancy may increase the risks of lower respiratory tract infection. The aim of
the present study was to assess the influence of swimming in chlorinated
pools on the risks of bronchiolitis and its late consequences.
A total of 430 children (47% female; mean age 5.7 yrs) in 30 kindergartens
were examined. Parents completed a questionnaire regarding the child’s
health history, swimming practice and potential confounders.
Méd factuelle Fév 2018 48Résumé
Attendance at indoor or outdoor chlorinated pools ever before the age of 2
yrs was associated with an increased risk of bronchiolitis (OR 1.68; 95% CI
1.08–2.68; p=0.03), which was exposure dependent for both types of pool (p-
value for trend 20 h spent in chlorinated pools during infancy. Infant
swimmers who developed bronchiolitis also showed higher risks of asthma
and respiratory allergies later in childhood.
Méd factuelle Fév 2018 49Résumé : Conclusion
Swimming pool attendance during infancy is associated with a higher risk of
bronchiolitis, with ensuing increased risks of asthma and allergic sensitisation.
Méd factuelle Fév 2018 50Un esprit critique en permanence
• Je ne lis jamais un pourcentage sans connaître l’effectif
• Je ne prends jamais en compte une signification statistique sans
savoir quelle est la pertinence clinique
• Je ne prends jamais en compte un résultat sans savoir comment il a
été établi (est-ce que les méthodes étaient valides ?)
• Seule la comparaison permet de progresser en science
Je n’ai qu’une certitude : il faut douter de tout
Méd factuelle Fév 2018 51L’EXPRESS, juillet 2010
http://www.lexpress.fr/actualite/societe/les-bebes-nageurs-plus-sujets-aux-bronchiolites_907723.html
Qu’en pensez-vous ? Quelles questions poser ?
Méd factuelle Fév 2018 52Poser 3 questions sur 8 critères
1. Est-il possible de trouver l’information pour le
critère ?
2. La façon d’aborder le critère, est-elle correcte ?
3. Si incorrect, quelle est la validité de l’article ?
Méd factuelle Fév 2018 5311 critères passés au crible des 3 questions
1. L’objectif
2. Le type d’étude, les méthodes
3. Les facteurs étudiés
4. Les critères de jugement
1. Est-il possible de trouver l’information pour le critère ?
2. La façon d’aborder le critère, est-elle correcte ?
3. Fév 2018Si incorrect, quelle est la validité de l’article ? 54
Méd factuelle11 critères passés au crible des 3 questions
5. Facteurs de confusion, biais
6. Population, sujets étudiés, échantillonage
7. Randomisation, perdus de vue, témoins,…
8. Analyses statistiques
1. Est-il possible de trouver l’information pour le critère ?
2. La façon d’aborder le critère, est-elle correcte ?
3. Fév 2018Si incorrect, quelle est la validité de l’article ? 55
Méd factuelle11 critères passés au crible des 3 questions
9. Pertinence clinique
10. Éthique
11. Conclusion
1. Est-il possible de trouver l’information pour le critère ?
2. La façon d’aborder le critère, est-elle correcte ?
3. Fév 2018Si incorrect, quelle est la validité de l’article ? 56
Méd factuelleConclusion
L’analyse de la littérature consiste
à jeter les articles !
Méd factuelle Fév 2018 57Quelle est la qualité de la littérature
scientifique ?
« A lot of what is published is incorrect »
Richard Horton, Lancet editor
11 April 2015, vol 385, n° 9976, p 1380
Remplaçons p < 0,05 par p < 0,001 !
Méd factuelle Fév 2018 58The Lancet, 11 avril 2015
R Horton, Rédacteur en chef
La mise ne accusation de la science est simple: une grande partie de la
littérature scientifique, peut-être la moitié, peut être tout simplement
fausse. Gangrénée par des études avec de petits échantillons, des effets
minuscules, des analyses exploratoires invalides, et des conflits
d'intérêts évidents, tout cela avec une obsession de poursuivre les
tendances à la mode d'importance douteuse, la science a pris un virage
vers l’obscurantisme. Comme l’a dit un participant, «des méthodes
nulles donnent des résultats". ....... L'endémicité apparente du mauvais
comportement en recherche est alarmante. Dans leur quête pour
raconter une histoire convaincante, les scientifiques sculptent trop
souvent leurs données en fonction de leur vision préférée du monde. Ou
ils écrivent des hypothèses pour répondre à leurs données.
Méd factuelle Fév 2018 59The Lancet, 11 avril 2015
R Horton, Rédacteur en chef
Les rédacteurs de revues méritent leur juste part de critique aussi. Nous
aidons et encourageons les pires comportements. Notre acquiescement
aux facteurs d'impact engendre une concurrence malsaine pour gagner
une place dans un petit nombre de revues. Notre amour de
«l’innovation» pollue la littérature avec beaucoup de contes de fée
‘statistiques’. Les revues ne sont pas les seuls mécréants. Les universités
sont dans une lutte perpétuelle pour l'argent et le talent, paramètres
qui favorisent des évaluations réductrices, comme la publication dans
des revues avec un facteur d’impact. Les procédures nationales
d'évaluation, telles que le ‘Research Excellence Framework’, incitent les
mauvaises pratiques. Et les chercheurs eux-mêmes, y compris leurs plus
hauts dirigeants, font peu pour changer une culture de recherche qui
occasionnellement frôle les mauvaises conduites.
Méd factuelle Fév 2018 60Vous pouvez aussi lire
