Suivi piscicole, astacicole et thermique du bassin versant de l'Yzeron - Année 2016 - Fédération de pêche du ...
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Suivi piscicole, astacicole et thermique du bassin versant de l’Yzeron
– Année 2016
Observatoire écologique du bassin versant
Mars 2017
Fédération du Rhône et de la Métropole de Lyon
pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique
1, allée du Levant
69890 LA TOUR DE SALVAGNY
04 72 180 180
Auteurs : Jérémy VAUCHER – Chargé d’études
Simon GAILLOT – Stagiaire
Jean-Pierre FAURE – Directeur technique
Avec la participation de : Yannick PONS – Technicien
Delphine MOLLARD – Chargée d’études
Jean-Charles JULLIN – Technicien garde-pêche
Pierre BITAUD - Stagiaire
Gaëlle JARDIN – Stagiaire
Olivier MUZET – Stagiaire
Personnels du SAGYRC
Bénévoles de l’AAPPMA d’Yzeron et de ses affluents
Résumé
L’objectif de cette étude est de suivre l’évolution des communautés piscicoles (33 pêches électriques),
astacicoles (1 inventaire nocturne en plus des pêches électriques) ainsi que la thermie (25 sondes thermiques)
des cours d’eau du bassin versant de l’Yzeron. Le suivi de l’évolution morphologique et biologique de secteurs
de rivières restaurés (4 sites), ainsi qu’un suivi spécifique sur l’ichtyofaune du lac du Ronzey complètent le
diagnostic global du bassin versant. Cette étude est intégrée à l’observatoire de bassin versant de l’Yzeron qui
s’inscrit dans la continuité du contrat de rivière Yzeron Vif (2002-2008).
Cette étude fait suite à un contexte hydroclimatique particulièrement impactant pour les milieux
aquatiques concernés, les échantillonnages 2016 ayant eu lieu après un été 2015 vicennal sec et caniculaire.
Malgré ces conditions très rudes pour la faune piscicole, la qualité des peuplements se stabilise voire continue
de progresser sur l’amont de l’Yzeron entre 2014 et 2016. En particulier, des populations de truites fario
intéressantes ont été retrouvées en amont de l’Yzeron et sur le Ratier, ces secteurs étant probablement utilisés
comme zones refuges lors l’été 2015. Ces résultats suggèrent une réponse comportementale des populations
de truites fario face à un stress intense, possible grâce à des travaux de restauration et de décloisonnement
importants entrepris par le SAGYRC sur le bassin. La mise à disposition de ces zones refuges semble avoir permis
le maintien de géniteurs en bonne condition physiologique. Cela s’est traduit par de bonnes reproductions sur
ces secteurs refuges très localisés, qui contrastent singulièrement avec le contexte général d’échec de la fraie
de la truite en 2016.
Le suivi piscicole réalisé sur le lac du Ronzey par pêche électrique et par étude des prises des pêcheurs
à la ligne indique que les aménagements écologiques réalisés (hauts-fonds végétalisés, semis de pieux de saules,
bois mort…) sont fonctionnels et soutiennent les populations piscicoles. Les espèces typiques des milieux
aquatiques végétalisés se reproduisent relativement bien, en particulier le brochet. Cependant, la pression de
pêche sur le lac et notamment sur cette espèce est très forte et excède les capacités de production du milieu.
Une adaptation de la gestion halieutique semble nécessaire pour pérenniser les populations des espèces ciblées
par les pêcheurs.
Par ailleurs, la caractérisation d’une population d’écrevisses à pattes blanches (Austropotamobius
pallipes) très dense sur le ruisseau des Razes confère à la gestion du bassin versant un enjeu supplémentaire de
conservation, avec cette espèce rare et bio-indicatrice.
Sur les secteurs restaurés, les paramètres hydromorphologiques et biologiques évoluent favorablement
dans l’ensemble et soulignent l’intérêt de ces actions de restauration pour la faune aquatique. Quelques travaux
complémentaires sont à effectuer.
La pérennisation de l’observatoire de bassin permettra de préciser ces tendances évolutives et de
dégager de nouvelles problématiques à traiter sur le bassin versant de l’Yzeron.
Mots clés : Yzeron, Charbonnières, Ratier, suivi piscicole, truite fario, écrevisse à pattes blanches,
travaux de restauration, suivi thermique, enquête pêcheur.
Sommaire
Résumé .......................................................................................................................................................
Sommaire ....................................................................................................................................................
Liste des annexes .........................................................................................................................................
Liste des abréviations...................................................................................................................................
Introduction .............................................................................................................................................. 1
Chapitre I : Le contexte de l’étude .............................................................................................................. 2
1. Présentation du bassin versant de l’Yzeron et caractérisation des problématiques associées ..... 2
1.1. Présentation du cours d’eau et de son bassin versant ........................................................................... 2
1.2. Bilan des pressions qui s’exercent sur l’ichtyofaune .............................................................................. 7
1.3. Etat des lieux piscicole .......................................................................................................................... 11
2. Objectifs et enjeux de l’étude....................................................................................................... 13
3. Historique des actions de gestion et de restauration menées sur le bassin versant ................... 13
3.1. L’état piscicole, thermique et hydromorphologique, bilan du contrat de rivière et état initial pré-
travaux de 2011 (Prost, 2012) ......................................................................................................................... 13
3.2. Les travaux mis en œuvre sur la période 2011-2014 ............................................................................ 14
3.3. Premier bilan piscicole et hydromorphologique dans le cadre de l’observatoire du bassin en 2014
(Vaucher et Faure, 2015) et étude génétique (Faure, 2016) .......................................................................... 14
3.4. Bilan des actions entreprises ................................................................................................................ 18
Chapitre II : Matériel et méthodes ............................................................................................................ 19
1. Caractérisation des sites d’études ................................................................................................ 19
2. Protocole d’échantillonnage et de caractérisation de l‘ichtyofaune ........................................... 19
2.1. Pêche électrique (échantillonnage, biométrie et description des stations) ......................................... 20
2.2. L’Indice Poissons Rivière et biotypologie de Verneaux......................................................................... 21
2.3. Caractérisation du peuplement de truites fario ................................................................................... 22
2.4. Suivi piscicole du lac du Ronzey à Yzeron ............................................................................................. 22
2.5. Recherche et caractérisation du peuplement astacicole ...................................................................... 22
3. Protocole de recueil de données thermiques .............................................................................. 23
4. Suivi morphologique : l’Indice d’Attractivité Morphodynamique (IAM)...................................... 24
5. Caractérisation de l’habitat aquatique ......................................................................................... 26
6. Suivi biologique : l’Indice Biologique Global – DCE (IBG-DCE)...................................................... 27
Chapitre III : Résultats .............................................................................................................................. 30
1. Relevés thermiques ...................................................................................................................... 30
1.1. Hydrologie et climatologie de l’été 2015 .............................................................................................. 30
1.2. Caractérisation thermique du bassin versant pour l’été 2015 ............................................................. 30
1.3. Caractérisation de la thermie 2016 pour le bassin-versant .................................................................. 32
1.4. Comparaison du modèle de simulation thermique établi en 2011 aux données recueillies sur 4 années
de suivi............................................................................................................................................................. 33
2. Inventaire astacicole ..................................................................................................................... 35
2.1. Répartition sur l’ensemble du bassin versant ....................................................................................... 35
2.2. L’écrevisse à pattes blanches : le ruisseau des Razes ........................................................................... 36
3. Peuplements piscicoles................................................................................................................. 37
3.1. Etat des lieux en 2016 ........................................................................................................................... 37
3.2. Evolution du peuplement piscicole ....................................................................................................... 44
3.3 Le lac du Ronzey ........................................................................................................................................ 46
4. Suivis biologique et morphologique des secteurs restaurés ........................................................ 53
4.1. Le Charbonnière : Parc de la Bressonnière ........................................................................................... 53
4.2. L’Yzeron médian : Moulin Vieux ........................................................................................................... 62
4.3. Le Ratier : Le grand bois, « Chez Courbière » ....................................................................................... 64
4.4 L’Yzeron aval : cunette béton restaurée ................................................................................................... 65
Conclusion ............................................................................................................................................... 67
Bibliographie ........................................................................................................................................... 69
Liste des annexes Annexe A : Volet européen, la gestion des crues par barrage écrêteur de crues ................................................ 71 Annexe B : Les peuplements piscicoles selon les niveaux typologiques théoriques établis par Verneaux (1973).................................................................................................................................................................... 73 Annexe C : Fiche synthèse de l’opération de CMR (Capture-Marquage-Recapture) réalisée sur le ruisseau des Razes ..................................................................................................................................................................... 74 Annexe D : Historique des notes IPR pour les stations de pêches échantillonnées en 2016 avec appréciation de l’évolution depuis la pêche précédente ............................................................................................................... 75 Annexe E : Résultats globaux du suivi thermique pour l’Yzeron et ses affluents en 2011 (Prost, 2012) ............. 76 Annexe F : Carte de répartition des différentes classes d’abondance de la truite fario, établie selon le référentiel du CSP (1976) d’après les biomasses calculées en 2016 ...................................................................................... 77 Annexe G :Dénomination des stations de suivi de l’Yzeron pour l’année 2016................................................... 78
Liste des abréviations
AAPPMA Association Agréée pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique
AEP Adduction en Eau Potable
AFNOR Association Française de NORmalisation
CMR Capture-Marquage-Recapture
CNR Compagnie Nationale du Rhône
CR Contrat de Rivière
CSP Conseil Supérieur de la Pêche (ancêtre de l'ONEMA)
DCE Directive Cadre européenne sur l'Eau
ECP Eaux Claires Parasites
FNPF Fédération Nationale pour la Pêche en France
FRPPMA Fédération du Rhône et de la métropole de Lyon pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique
IPR Indice Poissons Rivière
MES Matières En Suspension
NTT Niveaux Typologiques Théoriques
PDPG Plan Départemental pour la Protection du milieu aquation et la Gestion des ressources piscicoles
SAGYRC Syndicat d'Aménagement et de Gestion de l'Yzeron, du Ratier et du Charbonnières
SEAGYRC Syndicat d'Études pour l'Aménagement et la Gestion des ruisseaux de l'Yzeron, du Ratier et de Charbonnières
VCN X Débit minimum sur X jours
Espèces piscicoles présentes (ou théoriquement) de l'Yzeron
Code Nom commun Nom latin
ABL Ablette Alburnus alburnus
BAF Barbeau fluviatile Barbus barbus
BLE Blennie fluviatile Salaria fluviatilis
BLN Blageon Leuciscus soufia
BOU Bouvière Rhodeus sericeus
BRO Brochet Esox lucius
CAS Carrassins Carassius carassius
CCO Carpe Commune Cyprinus carpio
CHA Chabot Cottus gobio
CHE Chevaine Leuciscus cephalus
EPI Epinoche Gasterosteus aculeatus
EPT Epinochette Pungitius pungitius
GAR Gardon Rutilus rutilus
GOU Goujon Gobio gobio
HOT Hotu Chondrostoma nasus
Hybride de deux espèces, ici correspond à la carpe de Kollar,
HYB
hybridation entre un carrassin et une carpe
LOF Loche Franche Barbatula barbatula
LPP Lamproie de Planer Lampetra planeri
PCH Poisson chat Ictalurus nebulosus
PER Perche commune Perca fluviatilis
PES Perche soleil Lepomis gibbosus
PSR Pseudorasbora Pseudorasbora parva
ROT Rotengle Scardinius erythrophthalmus
SPI Spirlin Alburnoides bipunctacus
TAC Truite arc-en-ciel Onchorynncus mykiss
TAN Tanche Tinca tinca
TRF Truite fario Salmo trutta fario
TRS Truite surdensitaire
VAI Vairon Phoxinus phoxinus
VAN Vandoise Leuciscus leuciscus
Introduction
L’Yzeron et ses affluents, dont les principaux sont le Charbonnières et le Ratier, se situent au sud-ouest
du département du Rhône (69). Le bassin versant se découpe en trois secteurs successifs : rural et forestier en
amont, semi-urbain en partie médiane et péri-urbain à urbain en aval. Ces différents secteurs ayant des
caractéristiques et des usages variés, cela confère à la gestion de ce bassin versant une grande diversité
d’enjeux, allant de la lutte contre les inondations à la restauration de la continuité écologique. Dans ce contexte,
le Syndicat d’Aménagement et de Gestion de l’Yzeron, du Ratier et du Charbonnières (SAGYRC) a porté un
contrat de rivière de 2002 à 2008. Au terme de celui-ci, une étude piscicole bilan a été réalisée par la Fédération
du Rhône et de la Métropole de Lyon pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique en 2011. Malgré
l’absence d’un second contrat de rivière, le SAGYRC continue de mener des actions de gestion et de restauration
de son bassin versant, il a donc été proposé la mise en place d’un suivi, à travers un observatoire du bassin
versant préconisé par la fiche G5 du volet C du contrat de rivière.
La réalisation de cet observatoire a été confiée à la FRPPMA en ce qui concerne les volets piscicoles,
astacicoles, thermiques et hydromorphologiques. Un premier suivi a été effectué en 2014. La présente étude
constitue les volets piscicoles, astacicoles, thermiques et morphologiques de l’observatoire de bassin versant
pour l’année 2016.
Dans un premier temps, le bassin versant sera présenté, notamment à travers les enjeux qui y sont
associés, les acteurs intervenant dans sa gestion ainsi que le bilan des précédentes études qui y ont été menées.
Dans un second temps, l’ensemble du matériel et des méthodes de caractérisation et d’échantillonnages
piscicoles, astacicoles, thermiques et physiques seront décrits. Enfin, les résultats seront exposés et discutés, à
travers les différents paramètres étudiés depuis 2011 et les perspectives d’évolution de trois secteurs restaurés.
1
Chapitre I : Le contexte de l’étude
1. Présentation du bassin versant de l’Yzeron et caractérisation des
problématiques associées
1.1. Présentation du cours d’eau et de son bassin versant
1.1.1. Contexte géographique
Localisation du site d’étude :
L’Yzeron est un petit cours d’eau s’écoulant
au Sud-Ouest du département du Rhône (69). Il prend
sa source dans les Monts du Lyonnais, s’écoule sur
26km avant de se jeter en rive droite du Rhône, au
niveau de la commune d’Oullins. Le bassin versant
drainé par l’Yzeron et ses affluents a une superficie
de 146.9km².
Le réseau hydrographique de l’Yzeron et Figure 1 : Carte de localisation du bassin versant de
l'Yzeron (Prost, 2012)
ses affluents :
Le réseau hydrographique du bassin versant de l’Yzeron est particulièrement dense, en effet il compte
90 affluents d’ordre 1 et 2 selon l’ordination de Strahler. Parmi ceux-ci, on note la présence de deux affluents
ou sous-affluents majeurs que sont le Charbonnières et le Ratier. Le bassin versant de l’Yzeron s’étale sur 19
communes de la périphérie Lyonnaise, parmi lesquelles Oullins, Ste-Foy-lès-Lyon, Francheville, Tassin-la-Demi-
Lune, Craponne ou encore Yzeron.
2
Figure 2 : Carte du réseau hydrographique du bassin versant de l'Yzeron (Prost, 2012)
L’Yzeron présente la spécificité de ne pas posséder de source unique. En effet, sa source est de type
hélocrène : il s’agit d’un ensemble de suintements qui circulent à travers un sol perméable avant de se rejoindre
progressivement pour former le cours d’eau. Ces suintements s’effectuent dans une cuvette de prairies
humides à marécageuses dont l’altitude se situe entre 770 et 917m. L’analyse du profil en long de l’Yzeron met
en avant quatre zones homogènes : la vallée ouverte en amont, les monts du Lyonnais où la pente est forte
(4.88%), le plateau Lyonnais avec des pentes plus faibles (1.44%) et enfin la paléo-vallée du Rhône avec des
pentes de l’ordre de 0.55%. Les variations parfois brutales de la pente de l’Yzeron induisent une modification
des processus sédimentaires.
Figure 3 : Profil en long de l'Yzeron (Prost, 2012)
1.1.2. Paramètres environnementaux
3Climatologie :
Le climat du bassin versant de l’Yzeron est de type semi-continental, sous l’influence des climats
méditerranéens, continentaux et océaniques. Les températures moyennes annuelles minimale et maximale
sont respectivement de 6,8°C et 15.8°C (Kessllet et Chambraud, 1990 in Gnouma, 2006). La température
moyenne calculée sur 29 ans (1961-1990) est de 11,4°C. Notons que cette valeur est probablement légèrement
sous-estimée étant donné la tendance à l’augmentation des températures ces dernières années liée au
réchauffement climatique (infoclimat.fr). En ce qui concerne la pluviométrie, la moyenne des précipitations
cumulées par an est de 824,5mm, bien réparties sur l’année.
100 25
90
80 20
Précipitation (mm)
70
Température (°C)
60 15
50 précipitation
40 10
température
30
20 5
10
0 0
Figure 4 : Pluviométries (mm) et températures (°C) moyennes mensuelles calculées sur 29 ans à la station de Lyon-Bron
(données infoclimat.fr).
Hydrogéomorphologie
La caractérisation de l’hydrogéomorphologie est essentielle à la compréhension des dynamiques
sédimentaires sur le bassin de l’Yzeron. Ainsi, Lafont (2004) s’est appuyé sur le relief, le type de formation
superficielle (géologie) ou encore les héritages géomorphologiques pour régionaliser l’hydrogéomorphologie
de l’ouest lyonnais. Concernant le bassin de l’Yzeron, il en ressort 5 unités hydrogéomorphologiques réparties
selon un gradient amont-aval. À l’amont du bassin, on trouve les Monts du Lyonnais (Yzeron amont) et une
arène granitique (Charbonnières amont). Pour ces deux unités, la production et le transit de charge
sédimentaire sont importants. On trouve ensuite le plateau du lyonnais métamorphique en partie médiane, il
s’agit d’une zone de transit sédimentaire. La quatrième unité occupe la partie aval du Ratier et du Charbonnières
ainsi que l’Yzeron jusqu’à sa confluence avec le Charbonnières, il s’agit du plateau du Lyonnais recouvert de
cailloutis. Sur ce secteur, c’est l’accumulation de colluvions issues des versants du bassin qui prédomine,
notamment en raison d’une rupture de pente importante. Enfin, en aval de la confluence Yzeron-
Charbonnières, l’hydrogéomorphologie correspond à la paléo-vallée du Rhône et est donc composée
d’alluvions du fleuve (Lafont, 2004 in Gnouma, 2006).
Hydrologie
Deux stations de mesure hydrologique sont présentes sur l’Yzeron. La première, située en partie
médiane (représentative de 33% du bassin versant), se trouve à Craponne (code station : V3015010, données
4disponibles depuis 1969) et la seconde est en aval (87% du bassin versant) à Francheville, au lieu-dit Taffignon
(code station : V3015020, données disponibles depuis 1988), après la confluence avec le Charbonnières.
Figure 5 : Débits moyens mensuels (en m3/s) de l'Yzeron en partie médiane (Craponne, à gauche) et en aval (Francheville,
à droite). (hydro.eaufrance.fr)
La présentation des débits moyens mensuels établis sur 48 et 29 ans met en avant le caractère pluvial
du régime hydrologique. On note que le débit de l’Yzeron est globalement faible, avec un étiage marqué (débit
moyen pour le mois d’août de 0,112 m3/s en aval). Le débit minimum calculé sur 30 jours (VCN30) met en avant
la récurrence d’étiages marqués sur les 15 dernières années (Tableau 1). Au-delà de ces mesures, il faut noter
les écoulements faibles, y compris en dehors des évènements d’étiages sévères puisque le VCN 30 biennal est
de 0,016m3/s à Craponne et de 0,020m3/s à Francheville. Il est nécessaire de noter dès à présent l’importance
de l’étiage particulièrement fort survenu à l’été 2015, de fréquence vicennale à la station de Craponne, dont
l’impact pourra être évalué grâce à la présente étude.
Tableau 1 : VCN30 (en m3/s) survenus sur les 15 dernières années aux stations de Craponne et de Francheville associés à
leurs fréquences de retour (données Banque Hydro)
Craponne Francheville
Année VCN30 VCN30 Légende des fréquences :
2000 0,007 0,010
2001 0,008 0,020 > 20ale humide
2002 0,047 0,104 10-20ale humide
2003 0,007 0,017 5-10ale humide
2004 0,016 0,023 < 5ale humide
2005 0,007 0,005 biennale
2006 0,016 0,014 < 5ale sèche
2007 0,067 5-10ale sèche
2008 0,051 0,124 10-20ale sèche
2009 0,007 0,009 > 20ale sèche
2010 0,029 0,027
2011 0,006 0,009
2012 0,056 0,062
2013 0,023 0,032
2014 0,015 0,008
2015 0,004 0,014
Une étude menée par BRL ingénierie (Chazot et Mahé, 2015) à la demande du SAGYRC dresse le bilan
des volumes prélevés sur le bassin de l’Yzeron et donne un certain nombre d’orientations quant à la lutte contre
les étiages sévères. Ce travail identifie notamment les différentes utilisations de la ressource en eau et les
volumes prélevés qui y sont associés :
- Prélèvements pour l’adduction en eau potable (AEP). La plupart de l’alimentation en eau potable
(99%) provient de ressources extérieures au bassin de l’Yzeron.
5- Prélèvements associés aux retenues collinaires, notamment pour la pratique de l’irrigation mais qui
induit également une évaporation à la surface des plans d’eau. Les 133 plans d’eau présents sur le
bassin représentent un prélèvement continu fictif de l’ordre de 0,015m3/s.
- Prélèvements domestiques par pompages en rivière ou forage qui représentent respectivement
0,002m3/s et 0,018m3/s.
- Prélèvements liés à l’infiltration d’Eaux Claires Parasites, il s’agit d’eau destinée à rejoindre le milieu
naturel (eaux de pluies, de ruissellement…) captée par les collecteurs d’eaux usées. Il ne s’agit donc
pas d’un captage direct dans le cours d’eau, mais plutôt d’une privation d’une partie de sa ressource.
Il s’agit des prélèvements les plus importants recensés, avec des pertes comprises entre 0,070m3/s et
0,100m3/s.
D’autre part, la détermination des débits biologiques en fonction du secteur concerné a été réalisée.
Rappelons que le débit biologique correspond au débit nécessaire au bon fonctionnement biologique du milieu
(Chazot et Mahé, 2015). Les valeurs ainsi déterminées, présentées dans le tableau ci-dessous, sont largement
supérieures aux débits d’étiages observés sur les 15 dernières années, ce qui met en avant la sévérité des
étiages et leurs atteintes au bon fonctionnement du milieu (Tableau 2).
Tableau 2 : Débits biologiques (en m3/s) établis pour le bassin versant de l'Yzeron
(Chazot et Mahé, 2015)
Débit biologique
Point de référence
(m3/s)
Charbonnière à la confluence 0,020 à 0,040
Yzeron à Craponne 0,030 à 0,050
Yzeron à Taffignon 0,060 à 0,090
Yzeron à l'exutoire 0,060 à 0,090
La seconde spécificité hydrologique essentielle à la compréhension des enjeux du territoire est la
présence de crues violentes (Tableau 3). En effet, suite à des précipitations intenses, le bassin de l’Yzeron réagit
de façon maximale sur une durée de 4 heures, cette réponse étant néanmoins corrélée positivement à l’état de
saturation des sols qui dépend des précipitations antérieures.
Tableau 3 : QJ et QIX (en m3/s) des cinq dernières crues majeures associés à leurs fréquences de retour (données Banque
Hydro)
Craponne Francheville Légende des fréquences :
QIX QJ QIX QJ Cinquantennale
avril-89 23 14 54 42 Vicennale
octobre-93 85 43 Décennale
décembre-03 52 21 96 35 Quinquénnale
avril-05 24 16 66 46 biénnale
novembre-08 24 11 70 24
Sur les vingt-sept dernières années, cinq crues d’ordre vicennal à cinquantennal sont survenues sur le
bassin de l’Yzeron. Parmi celles-ci, la crue de décembre 2003 a été la plus marquante, aussi bien pour le milieu
que pour les riverains et les gestionnaires. Ainsi, elle a largement participé au lancement de projets
d’aménagements prévus dans le cadre du contrat de rivière et ayant vocation à lutter contre les inondations
des zones urbanisées.
1.1.3. Paramètres humains
Démographie et urbanisation
6Le bassin versant de l’Yzeron se situe à l’ouest de l’agglomération lyonnaise. Il s’étale sur 27 communes
et compte environ 163 300 habitants (données pondérées en fonction du pourcentage de la commune
appartenant au bassin versant, d’après les recensements effectués en 2013). Le SAGYRC a établi une population
des communes adhérentes de 145 500 habitants (SAGYRC, 2014). Parmi les communes présentes sur le bassin
de l’Yzeron, 17 sont intégrées à l’agglomération lyonnaise et 3 d’entre elles sont comprises dans l’aire urbaine
ce qui traduit une continuité du bâti depuis le pôle urbain. L’étude de l’évolution démographique entre 1990 et
1999 met en avant un développement orienté vers l’ouest de Lyon, aussi bien à l’échelle de l’agglomération
Lyonnaise (+6,3%) que de ses trois périphéries (respectivement 0%, +13,2% et +18,2% pour l’ouest des 1ère,
2ème et 3ème périphéries) (Données INSEE, 2001). L’ouest lyonnais, qui inclut le bassin versant de l’Yzeron, est
donc une zone d’attrait importante, ce qui induit une progression de l’urbanisation et des pressions qui en
découlent.
Le développement urbain de l’Ouest Lyonnais est également visible au regard de l’augmentation de la
population du bassin versant de l’Yzeron depuis 1962. Elle était de 92 300 en 1962 pour atteindre plus de
160 000 habitants 50 ans plus tard (+73%, données SAGYRC).
Occupation du sol
Le bassin versant de l’Yzeron se découpe en trois zones distinctes : une zone rurale en amont de l’Yzeron
(forêts, praires, cultures), une zone périurbaine qui constitue une transition vers un secteur urbain en partie
médiane de l’Yzeron et amont du Charbonnière et du Ratier et une zone urbanisée dense, en partie intégrée à
l’aire urbaine de Lyon, en aval du bassin versant.
La cartographie de l’occupation du sol selon Corine Land
Cover réalisée en 2006, 29% du bassin versant est occupée par
une zone urbaine, 49% par une zone agricole et 22% par les forêts
(étude réalisée au niveau 1 de classification selon Corine Land
Cover (Gnouma, 2006)). Une étude plus ancienne (2002) s’est
attardée sur l’évolution de l’occupation du sol entre 1979 et
1996, avec un maillage plus précis de 2,8 ha, contre 25ha pour
Corine Land Cover (Radojevic (2002) in Gnouma, 2006).
Progressivement, le tissu urbain s’est densifié et a gagné sur la
zone périurbaine, qui elle-même s’est étendue sur les zones Figure 6 : Évolution de l'occupation du sol
rurales. On observe ainsi une augmentation des pressions liées à du bassin versant de l'Yzeron entre 1979 (à gauche)
et 1996 (à droite) (Rdadojevic (2002) in Gnouma,
l’artificialisation du milieu et aux usages domestiques. 2006)
1.2. Bilan des pressions qui s’exercent sur l’ichtyofaune
1.2.1. Hydrologie
Comme cela a été mis en avant précédemment, l’hydrologie de l’Yzeron et de ses affluents présente la
spécificité d’alterner étiages sévères et crues violentes. Ces singularités sont la résultante d’une combinaison
de facteurs naturels et anthropiques et ont des conséquences sur l’usage anthropique de la ressource en eau,
le développement urbain mais aussi, et surtout, sur le fonctionnement global de l’écosystème. Le tableau 4
présente les principales causes de ces phénomènes ainsi que leur impact écologique sur le milieu.
7Tableau 4 : Causes et conséquences de phénomènes hydrologiques marqués : crues et étiages
Perturbation Causes Conséquences
Type Caractéristiques Naturelles Anthropiques écologiques
-Urbanisation : sols Décolmatage des
artificiels imperméables sédiments
-Densification du réseau Augmentation fréquence
de drainage crues morphogènes
Crues violentes Sol peu -Diminution couvert végétal / Effacement temporaire
et répétées, perméable mise à nu des sols des seuils
Crues violentes -Lit recalibré qui favorise
inondations de Isolement de zones refuges
écoulements rapides vers
zones urbaines lors du retrait des eaux
l'aval
Incision des têtes de bassins
versannts
Augmentation fréquence
crues exceptionnelles
Pentes fortes -Densification du réseau
Réduction de l'habitat
en amont de drainage
Augmentation de la
-Prélèvements :
température
Retenues collinaires Fragmentation de
Débit très faible
(0,015m3/s) l'habitat
Étiages sévères à nul en période
Pompagne domestique
estivale
(0,020m3/s)
Pertes d'eaux claires
(0,070 à 0,100m3/s)
L’hydrologie singulière de l’Yzeron et de ses affluents a des conséquences importantes pour
l’écosystème. En ce qui concerne l’ichtyofaune, bien que les crues soient une période de stress, notamment
avec l’augmentation temporaire des vitesses d’écoulement et des MES (Matières En Suspension), elles
permettent une diversification temporaire des habitats ainsi que le décolmatage du substrat, essentiel pour la
reproduction de la truite fario. En effet les particules fines et organiques sont entraînées par les écoulements
importants et sédimentent dans les zones inondées, dans le lit majeur, permettant un nettoyage du substrat
colmaté. Rappelons que la truite dépose ses œufs dans des zones graveleuses à courant vif, après l’éclosion les
embryons demeurent dans les espaces interstitiels du substrat tout en se nourrissant de leur réserve vitelline
(Keith et al., 2011). Un substrat colmaté compromet la bonne oxygénation des œufs et des embryons.
En revanche, l’impact des étiages sévères sur l’ichtyofaune ne souffre d’aucun contraste. Les étiages
conduisent à une diminution de l’espace vital (diminution de la surface en eau) ce qui induit une diminution des
habitats privilégiés, mais également une concentration des individus, avec l’augmentation de la concurrence
et/ou de la pression de prédation que cela induit. D’autre part, des faibles hauteurs d’eau, couplées à des
écoulements lentiques et à un ensoleillement important provoquent des hausses de la température de l’eau.
Pour l’Yzeron et ses affluents, ce paramètre est important, l’espèce repère étant la truite fario. En effet, cette
espèce est particulièrement sensible à une élévation de la température : il a été déterminé qu’au-delà de 24-
25°C le seuil létal est atteint. Une moyenne des températures moyennes journalière sur les 30 jours les plus
chauds supérieure à 17,5-18°C influencerait en particulier le stade truitelle de l’année (Elliot 1995, Elliot et
Hurley 1998, Baran et al. 1999, Baran et Delacoste 2005, in Gacon, 2013). La présence d’un étiage sévère peut
entrainer des assecs, qui fragmentent le milieu, réduisant les habitats disponibles pour chaque individu et
limitant les déplacements, notamment vers l’amont pour trouver des zones refuges avec une température plus
tolérable. Enfin, une hausse de la température permet le développement d’espèces plus tolérantes qui peuvent
ensuite remplacer la truite fario et ses espèces accompagnatrices, c’est notamment le cas du chevaine (Squalius
8cephalus) qui supporte des températures supérieures à 30°C et une teneur en oxygène de 6mg/L (Keith et al.,
2011).
1.2.2. Entrave à la continuité écologique
Au même titre que la présence d’assecs, la présence de seuils constitue un obstacle à la continuité
piscicole. En effet, lorsque ceux-ci sont infranchissables, notamment pour les truites, ils entravent les
possibilités de déplacements, dont les migrations dans le cadre de la recherche d’un site de reproduction
propice ainsi que de zones refuges en période estivale. De plus, la présence d’un seuil accompagné de sa
retenue en amont a un impact écologique fort avec :
- La rupture de la continuité sédimentaire : piégeage des sédiments en amont, le piégeage des MES
pouvant entrainer une baisse de l’O2 dissous (dégradation de la matière organique) et une incision en
aval
- Le réchauffement des eaux, favorisé par la stagnation
- L’altération des faciès d’écoulements (alternance radier/mouille perturbée)
- Une stabilisation des dynamiques hydrauliques naturelles
- L’établissement d’un milieu propice à des espèces limnophiles et/ou thermophiles, par un glissement
typologique. Ce glissement conduit à une régression des salmonidés au profit des cyprinidés
rhéophiles eurythermes (Écosphère-Hydrosphère, 2001)
Globalement, il y a donc une dégradation de l’habitat pour la truite fario et ses espèces d’accompagnement,
qui se couple à une fragmentation des milieux, impactant les différentes migrations. La principale migration
impactée est celle de recherche de zones de refuge. Celle-ci est motivée par une hausse de la température que
les individus cherchent à fuir en gagnant des secteurs situés à l’amont (Hay J., 2004). Or, de nombreux seuils
sont présents sur l’Yzeron et ses affluents, bien que d’importants efforts aient été faits pour réduire leur nombre
ou leur hauteur de chute dans le but de rétablir la continuité piscicole.
Figure 7 : Carte des obstacles à la continuité piscicole encore en place après une première phase de travaux du SAGYRC
(Faure, 2016)
1.2.3. Géomorphologie
9La géomorphologie du bassin versant de l’Yzeron, couplée à des aménagements anthropiques (seuils,
augmentation des surfaces imperméable) induit des processus sédimentaires marqués. Ainsi, l’état des lieux de
l’incision et de l’ensablement effectué par Grosprêtre et Schmitt (2008) met en avant une forte incision des
têtes de bassin versant et un ensablement excessif en partie médiane et aval. Pour l’ichtyofaune, et
principalement la truite fario, cela conduit à la présence limitée et dispersée des zones de fraies favorables. En
effet, les particules fines issues de l’incision
sont responsables de la désoxygénation du
milieu interstitiel mais également du
colmatage du substrat. Une dégradation
de la qualité des habitats liée à ces
processus sédimentaires excessifs est à
noter, avec par exemple la diminution de
la quantité et de la qualité des abris. Ce
contexte géomorphologique est une
pression supplémentaire sur l’ichtyofaune
et notamment la truite fario, en jouant à la
fois sur la reproduction, le développement
embryonnaire, la croissance des alevins et
la qualité globale de l’habitat pour les
juvéniles et les adultes.
Figure 8 : Etat des lieux de l’incision, de l’ensablement, de la présence
de zones de fraies favorables et des sites potentiels pour l’implantation de
bassins de dessablement en 2008 (Grsprêtre et Schmitt, 2008).
1.2.4. Biologie
Deux types de perturbations d’ordre biologique interviennent sur l’Yzeron et ses affluents. Tout
d’abord, l’état des lieux réalisé pour le contrat de rivière Yzeron met en avant une ripisylve moyenne à médiocre
sur un tiers du linéaire étudié (SAGYRC, 2002). Ce diagnostic a principalement porté sur l’Yzeron, le Ratier, le
Charbonnières, le Dronau et le Ribes. Sur certains secteurs, la ripisylve est absente (amont de l’Yzeron) tandis
qu’elle est fortement dégradée en amont du Charbonnière (la Grande Rivière) et du Ribes, sur certains secteurs
médians du Ratier et de l’Yzeron et à l’aval de l’Yzeron. Les effets de ce constat sur le cours d’eau sont le
réchauffement des eaux, à travers une diminution de l’ombrage, le manque de zones d’abris, la ripisylve
intervenant notamment dans la structuration des berges, ainsi que la diminution des ressources alimentaires
et l’augmentation des apports d’origine anthropique (produits phytosanitaires et intrants agricoles par
exemple), la ripisylve ayant un rôle épuratoire.
La seconde source de perturbation biologique est la prolifération d’espèces susceptibles de créer des
déséquilibres biologiques (globalement qualifiées d’invasives). Celle-ci prend différentes formes : faunistique
avec la perche soleil (Lepomis gibbosus), le pseudorasbora (Pseudorasbora parva), l’écrevisse signal (ou de
Californie, Pacifastacus leniusculus) et l’écrevisse américaine (Orconectes limosus) mais également floristique,
principalement avec la renouée du Japon (Reynoutria japonica). Ces espèces sont classées comme tel de par
leur capacité d’adaptation et de tolérance à des situations stressantes, voir à leur agressivité vis-à-vis d’espèces
autochtones. Ainsi, les espèces invasives entrent en compétition directe (abris, prédation à différents stades)
ou indirecte (nourriture) avec les espèces autochtones, tout en supportant les stress d’origines naturelle ou
anthropique avec plus de succès. Cela peut conduire à l’appauvrissement progressif des espèces autochtones
10au profit des espèces invasives. Notons que la présence d’espèces non-considérées comme invasives, dévalant
des plans d’eau ou remontant depuis le Rhône, peut avoir des conséquences similaires mais dans une moindre
mesure (Écosphère-Hydrosphère, 2001).
1.2.5. Physico-chimiques (SAGYRC, 2002)
Le contrat de rivière Yzeron vif (2002-2008) a mis en avant différentes sources de perturbations physico-
chimiques.
- Le réseau d’assainissement ponctuellement défectueux. Le collecteur unitaire du Grand Lyon, auquel
est raccordée une grande partie du bassin versant souffre de dysfonctionnement et est actuellement
en cours de restructuration. Les pollutions occasionnées sont principalement organiques, azotées et
phosphorées et leurs impacts sur le cours d’eau dépendent de la capacité de dilution de celui-ci.
- Les déversoirs d’orages. Ils provoquent des effets de chasse liés à des débits de surverse importants
qui s’accompagnent de l’apport d’une charge polluante.
- Les décharges. Au total 8 décharges sans autorisation, encore en activité ou non, sont présentes sur
le bassin versant de l’Yzeron. Les pollutions qu’elles apportent sont variées et vont des apports
métalliques et organiques aux produits phytosanitaires (herbicides, fongicides…).
- L’agriculture, qui comporte 93 exploitations d’élevage. Les apports sont difficilement quantifiables
mais prennent en compte les composés azotés (principalement l’azote organique sur les têtes de
bassin) et phosphorés.
La modification du régime thermique constitue également une perturbation importante, dont les
conséquences sur la truite ont déjà été évoquées et seront de nouveau évaluées à travers cette étude.
1.3. Etat des lieux piscicole
La caractérisation du bassin versant de l’Yzeron a permis de comprendre les enjeux du territoire mais
également les pressions qui s’appliquent à l’ichtyofaune. Nous allons maintenant nous attacher à caractériser
l’ichtyofaune, notamment à travers l’étude des modes de gestion actuels et passés et sa réponse aux
perturbations auxquelles elle fait face.
1.3.1. Catégorie et zonation piscicole
D’un point de vue purement halieutique, l’Yzeron et ses affluents sont presque intégralement classés
en première catégorie piscicole. Quelques secteurs, tels que le plan d’eau du Ronzey situé à l’amont de l’Yzeron,
et l’extrême aval de l’Yzeron, juste avant la confluence avec le Rhône, sont classés en 2ème catégorie piscicole.
Selon la zonation de Huet (1949), l’Yzeron amont et ses affluents sont classés zones à truite tandis que les zones
aval de l’Yzeron et du Charbonnières sont classés zones à ombre. En se basant sur la biotypologie de Verneaux
(1973), dont la classification selon 10 niveaux typologiques est plus précise, l’Yzeron a un niveau typologique
compris entre B2 (ruisseaux issus des sources d’altitudes) et B6 (rivières fraîches), tandis que ses deux
principaux affluents varient entre B2,5 et B4 (Gontier, 2000).
Cependant, la réalité a été durant un temps bien éloignée de cette classification, basée sur la mesure
de paramètres environnementaux. En effet, une étude réalisée au cours du XXème siècle (Fiasson, 1964) met en
avant l’absence de la truite fario, les espèces alors recensées étant le chevaine, le goujon, la tanche, le vairon
ainsi que la loche franche. Notons néanmoins que les méthodes d’échantillonnages de l’ichtyofaune mises en
œuvre dans le cadre de cette étude avaient une efficacité bien inférieure à celle des prélèvements par pêche
électrique. Durant cette période, la présence d’obstacles à la continuité longitudinale empêchait le retour de
poissons depuis le Rhône. Ainsi, des actions de repeuplement de truites, principalement de souche atlantique
11mais aussi méditerranéenne, ont été mises en place et sont à l’origine des peuplements actuels de truite sur le
bassin versant de l’Yzeron (Faure, 2012).
La truite fario est donc clairement l’espèce repère du bassin versant de l’Yzeron, notamment pour son
exigence vis-à-vis du milieu mais également pour son intérêt halieutique.
1.3.2. Gestion historique et actuelle de l’ichtyofaune
Historiquement, les cours d’eau du département du Rhône, et donc l’Yzeron et ses affluents, ont fait
l’objet de différentes mesures de gestion dans un cadre halieutique. Durant la seconde partie du XXème siècle,
la pratique des ruisseaux pépinières était dominante. Il s’agissait de vider des portions de cours d’eau de bonne
qualité de ses poissons par pêche électrique et d’y introduire des œufs oeillés ou des alevins à vésicule résorbée
de truite. Les individus, originaires de pisciculture, effectuent ainsi leur croissance dans des conditions
naturelles, à l’abri d’une partie des prédateurs naturels (truites adultes par exemple) et des pêcheurs (réserve).
Lorsque les individus ont atteint une taille convenable (6 mois à 1 an), ils sont recapturés et servent à l’alevinage
d’autres cours d’eau. Cette pratique, soutenue et mise en place par le CSP (Conseil Supérieur de la Pêche) et les
AAPPMA (Association Agrées de Pêche et de Protection du Milieu Aquatique), a progressivement été
abandonnée à la fin du XXème, jusqu’à un arrêt définitif en 2002, notamment du fait de la baisse de rendement
de tels dispositifs au cours du temps (Boyer, 1999 in Faure, 2012). Sur le bassin versant de l’Yzeron, des ruisseaux
pépinières avaient été mis en place en amont de l’Yzeron (avant la confluence avec la Milonière), sur la partie
aval du Ribes ainsi qu’à l’amont du Charbonnières et leur arrêt a été plus précoce (1997) que pour le reste du
département.
Parallèlement à ces dispositifs, d’autres mesures de gestion halieutique ont été mises en œuvre telle
que l’alevinage, abandonné de façon progressive avec un arrêt définitif en 2003, à l’exception d’alevinages
isolés réalisés par l’AAPPMA. L’abandon progressif de ces mesures a conduit à la réalisation de déversements
d’individus adultes surdensitaires, généralement en anticipation de l’ouverture de la saison de pêche. Les
individus lâchés sont maillés (taille supérieure à la taille limite autorisant le prélèvement du poisson, fixée à
23cm pour la truite fario) afin de satisfaire la demande halieutique. Une étude du CSP met en avant un taux de
survie des individus surdensitaires extrêmement faible, en effet il a été déterminé que seulement 15 jours
suffisent pour que 90% des truites lâchées aient disparu du milieu (capturées ou mortes car non-adaptées au
milieu).
Au-delà de la gestion du stock de poissons mis à disposition du loisir pêche, des mesures de régulation
du loisir ont été prises sur le bassin de l’Yzeron. En effet, le PDPG établi en 2004 par la FRPPMA préconise une
gestion patrimoniale des têtes de bassins versants et une gestion patrimoniale différée lorsque l’auto-
renouvellement des espèces les plus sensibles n’est pas possible en raison de la dégradation du milieu. Cela se
traduit notamment par la mise en réserve de pêche de l’extrême amont de l’Yzeron, de l’amont du
Charbonnières, du Ratier aval ainsi que du Ribes et de ses affluents dans leur intégralité. Il existe également un
parcours patrimonial sur l’amont de l’Yzeron, en raison de l’absence de déversements et de la présence
exclusive de truites sauvages. À cela s’ajoute la création d’un parcours « no-kill », sur le Poirier, affluent du
Charbonnière.
1.3.3. Structuration génétique du peuplement de truite fario (D’après Faure, 2012)
La mise en place d’actions de repeuplement piscicole d’origine anthropique induit des questions sur le
patrimoine génétique des peuplements de truites du bassin versant de l’Yzeron. Une campagne de
prélèvements et d’analyses génétiques, menée à l’échelle du département du Rhône entre 2006 et 2008 a
permis la caractérisation du patrimoine génétique des populations de truites. Au-delà de la présence de deux
populations de truites isolées sur le Ribes et la Grande Rivière (Charbonnières amont), il en ressort une
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