Présentation et utilisation du Web of Science (TP)

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Présentation et utilisation du Web of Science (TP)
Module ED : « Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d’évaluation. »

                                           http://apps.isiknowledge.com/

                                                                            Présentation et
                                                                             utilisation du
                                                                           Web of Science (TP)

                                                                             Catherine MORGE
                                                                             Elise TANCOIGNE
                                                                                Julie MARIN

 Direction des Bibliothèques et de la Documentation - Département Systématique et
                                      Evolution
                   morge@mnhn.fr - tancoigne@mnhn.fr - jumarin@mnhn.fr                             1
                                24 – 25 – 26 janvier 2011
Présentation et utilisation du Web of Science (TP)
Module ED : « Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d’évaluation. »

       Interroger une base de données

            Utilisateur                                                                   Document

            Traduction                                                                    Indexation
         de la question en                          Mots-clés
              langage
          documentaire

                                                        Index
                                                    Classification
                                                     Thesaurus
                                                  Liste d’autorités
                                                                                                   2
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       Présentation du Web of Science Science Citation Index Expanded™

    Producteur : le WoS - Web of Science fait partie des produits du Web of Knowledge développé par la société
    ISI – Information Scientific Institute de Thomson Reuters Scientific.
    WoS permet la recherche de références bibliographiques scientifiques dans quatre bases de données, ensemble
    ou séparément :
    • Science Citation Index Expanded (SCIE)
    • Social Sciences Citation Index
    • Arts & Humanities Citation Index
    • Index Chemicus/

    Contenu du WOS SCIE : sciences (en particulier biologie et sciences de la Vie et de la santé), technologie et
    sciences appliquées.

    Type de données : pour la totalité du WOS, environ 40 millions de références bibliographiques référencées en
    2010 et plus de 700 millions de références citées.
    Résumés disponibles, lien vers le texte intégral, espace personnel, export vers les logiciels de références
    bibliographiques.
    Un outil puissant au service des citations : Cited Reference Search (Recherche par Référence Citée).
    WOS SCIE : les références, réparties principalement en revues et articles de revues (50%) et communications
    de congrès (30%), plus de 100 Book Series suivies.
    Actuellement environ 7000 titres de revues sont dépouillées dans le WOS SCIE.

    Langue : majoritairement en anglais (plus de 92%).

    Couverture géographique : internationale, majoritairement américaine (environ 35 % des références).

    Couverture chronologique : depuis 1900 (depuis 1956 au Muséum).

    Mise à jour : hebdomadaire.

    Consultation : accès sur abonnement.

                                                                                                                    3
Présentation et utilisation du Web of Science (TP)
Module ED : « Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d’évaluation. »

         1ère partie. Interroger le WOS
         Un peu de vocabulaire

         Notice = fiche d'identité de l'article
         Toutes les informations sur le document, appelées métadonnées, sont réparties en différents champs : auteur, titre
         sujet, etc.
         Notice abrégée ou courte = correspond le plus souvent à des références bibliographiques normalisées.
         Notice détaillée ou complète (ou longue) = permet de voir tous les champs, y compris les résumés.

         Champ = zone informatique permettant de stocker une information spécifique
         Les principaux champs de la notice détaillée sont interrogeables : auteurs, titres, année de publication…
         Dans le Web of science Topic lance la recherche dans plusieurs champs simultanément : titres, résumés, mots clés
         de l’auteur (Author Keywords) et Keywords Plus.
         - Le résumé ou abstract = 15-20 lignes qui permettent de connaître le contenu de l'article.
         - Author Keywords = mots clés libres ajoutés par les auteurs.
         - Keywords Plus : mots clés en vocabulaire contrôlé ajouté par le producteur de la base de données (Thomson
         Reuters), ces mots clés permettent d’optimiser l’interrogation de la base en enrichissant son indexation. L’ensemble
         des Keywords Plus du Web of Science constitue une liste d’autorités qui joue un rôle voisin de celui d’un thesaurus.
         Topic équivaut à une recherche sujet.

         Titres abrégés de revues
         Limités à 20 caractères, les titres abrégés sont uniques et leur liste est soumise à une normalisation internationale.
         Lors de la rédaction d’une bibliographie, on cite soit le titre complet soit le titre abrégé d’une revue en fonction du
         style appliqué. Il n’est en aucun cas permis d’extrapoler un titre abrégé à partir du titre complet lorsqu’on ne le
         trouve pas dans une liste de référence.

         Identifiants numériques
         ISSN = International Serial Standard Number, c’est l’identifiant d’une revue, propre à un titre et un seul.
         DOI = Digital Object Number, identifie un document numérisé.

                                                                                                                               4
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       1ère partie. Interroger le WOS
         La recherche 1/2

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                                                                                 Accès aux bases de
                                                                                 données disponibles
                                                                                 sur la plate forme,
                                                                                 variables en fonction
                                                                                 des abonnements de
                                                                                 l’établissement.

                                                                                 Champs :
                                                                                 Par défaut c’est "Topic"
                                                                                 qui est sélectionné en
                                                                                 premier.
                                                                                 "Topic" correspond à
                                                                                 une recherche dans :
                                                                                 les mots des titres,
                                                                                 ceux des résumés,
                                                                                 dans les mots clés des
                                                                                 auteurs ainsi que dans
                                                                                 les Keywords Plus.

                                                                                  Limites par date:
                                                                                  Variables en fonction
   Combiner les termes avec les opérateurs booléens :                             des abonnements de
       AND                       OR                     NOT                       l’établissement.

                                                                                                            5
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         1ère partie. Interroger le WOS
         La recherche 2/2

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                                                                                                  Recherche simple :
                                                                                                  Commencer la recherche
                                                                                                  avec quelques mots clés
                                                                                                  préalablement sélectionnés
                                                                                                  et vérifiés dans
                                                                                                  TermSciences par exemple
                                                                                                  http://www.termsciences.fr/
                                                                                                  ou avec d’autres outils
                                                                                                  pertinents de votre choix.

          La recherche d’expressions exactes se fait en utilisant des guillemets.
          On peut combiner les mots clés grâce aux opérateurs booléens, soit en utilisant ceux proposés dans les menus
         déroulants à gauche des formulaires, soit en les tapant en clair dans le formulaire de recherche.
         Nota bene : on peut ajouter des formulaires et donc des champs (jusqu’à 25) en cliquant sur "Add Another Field" sur
         la page d’accueil de la recherche.
          L’opérateur de proximité SAME est analogue au booléen AND mais introduit en plus une notion de proximité. SAME
         peut être utilisé pour rechercher deux termes situés dans la même phrase quel que soit leur ordre. Exemple : tree
         SAME life.

          Penser à utiliser la troncature * : phylogen* va retrouver phylogeny, phylogenetic, phylogenesis. La troncature *
         ne s’emploie qu’en fin de mot et remplace de zéro à x caractères.
         A titre indicatif deux autres caractères de troncature sont utilisables :
         - $ remplace 0 ou 1 caractère pour rechercher en une fois color et colour : colo$r
         - ? pour remplacer 1 caractère et 1 seul
         Ces jokers ne peuvent s’utiliser qu’à l’intérieur des mots.
         Mieux vaut, dans les débuts, utiliser le booléen OR.

                                                                                                                           6
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         1ère partie. Interroger le WOS
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                                                                              En haut :
                                                                              - Rappel de la requête
                                                                              - Nombre de références
                                                                              - Fonctionnalités (tris,
                                                                              feuilletage
                                                                              A gauche dans la frame :
                                                                              Limites applicables
                                                                              Les enregistrements
                                                                              contiennent tous la phrase
                                                                              ET le mot clé recherchés
                                                                               Ci-dessous une notice
                                                                              détaillée :
                                                                              Les termes recherchés sont
                                                                              surlignés.

                                                                                                         7
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         1ère partie. Interroger le WOS
         Les champs et les index

                                                              Champs le plus couramment utilisés :
                                                             Title : titre de l’article
                                                              Author : nom de personne
                                                              Group author : collectivité auteur
                                                              Publication Name : titre de la revue, ne pas
                                                              confondre avec " Title "
                                                              Year Published : année de publication, ne pas
                                                              confondre avec la date de mise en ligne

                                                              Trois des options : Author, Group Author et
                                                              Publication name offrent un lien vers les index
                                                              signalé par une loupe

                                                              En cliquant sur cette loupe on accède aux listes des
                                                              auteurs et des revues indexés dans le Web of
                                                              Science. Ici nous recherchons Philippot L.

   

                                                 

                                                                                                                8
Présentation et utilisation du Web of Science (TP)
Module ED : « Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d’évaluation. »

         1ère partie. Interroger le WOS
         Historique

                                                                                              Onglet Search history
                                                                                              Historique de recherche :
                                                                                              L’historique se remplit
                                                                                              automatiquement au fur
                                                                                              et à mesure des
                                                                                              recherches, on peut
                                                                                              l’utiliser pour rappeler
                                                                                              des requêtes, ou
                                                                                              combiner de nouvelles
                                                                                              requêtes avec AND et
                                                                                              OR.
                                                                                              On peut également le
                                                                                              modifier (Delete) et/ou
                                                                                              le sauvegarder dans son
                                                                                              espace personnel, ce qui
                                                                                              nécessite de créer un
                                                                                              compte.

         Astuces :
         Utiliser l’historique pour combiner les termes de recherche
         Exploiter les mots clés trouvés dans les résumés et les mots clés des notices détaillées pour enrichir le
         vocabulaire d’interrogation de la base. La recherche de références bibliographiques est une démarche
         itérative aboutissant à des listes de mots clés propres à une base de données

                                                                                                                     9
Présentation et utilisation du Web of Science (TP)
Module ED : « Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d’évaluation. »

         1ère partie. Interroger le WOS
         Exercices
        Exercice 1 : recherche des publications d’un établissement
        Rechercher dans le Web of science les références publiées par le MNHN.
                       museum SAME Paris ; MNHN SAME Paris
                       lister les institutions
        On voit les erreurs de frappe ; les traductions non désirées du nom ou encore les acronymes

        Exercice 2 : recherche des publications d’un chercheur
        Rechercher dans le Web of science les publications de Philippe Bouchet et de Brigitte Crouau.
                       bouchet p*  subject areas  astronomy
        On voit les problèmes d’homonymie
                       crouau* b*  analyze results  treshold = 1
        On voit les problèmes de changement de nom après mariage et le problème des noms avec tiret

        Exercice 3 : choix de synonymes de recherche
        Rechercher dans le Web of science les publications de phylogénie, systématique et taxonomie des Anoures
                       anura* AND phylogen* ; anura* AND systematic* ; anura* AND taxonom*
                       search history  combine deux par deux avec l’opérateur AND
        On voit que des articles qui comportent le mot taxonomie ne comportent pas forcément le mot systématique ; etc.

        Exercice 4 : recherche des publications d’un journal
        Rechercher dans le Web of science les publications du Proceedings of the Linnean Society of London et Molecular
        and Cellular Biology
                       proc* lin* soc* lond* ; mol* cell* bio*
        On voit qu’il n’y a pas les problèmes cités plus haut (auteurs, établissements) car les noms sont standardisés

                                                                                                                          10
Module ED : « Outils bibliographiques et affiliés : bases de données, logiciels, indices d’évaluation. »

         2e partie. Exploiter les résultats
         Cibler la recherche : limites et analyse 1/2

         Reprendre dans l’historique la requête Topic=("escherichia coli" and phylogeny) et réafficher la liste des résultats

         Dans la frame de gauche
         "Subject Areas" propose le
         top 5 des domaines les plus
         fréquemment utilisés dans le
         lot de références, en cliquant
         sur le lien "More options /
         values" on fait apparaître la
         liste des 100 domaines les
         plus fréquents.
         Cette liste de domaines donne
         lors d’une recherche un
         aperçu synthétique des
         grandes thématiques
         concernées.

          Limites les plus couramment
         utilisées :
         - Subject Areas
         - Authors : qui sont les
         spécialistes ?
         - Source titles : quels sont les
         titres de revues les plus
                                             Exercices :
         pertinents par rapport à mon
                                             Cocher les cases
         sujet ?
                                             GENETICS AND HEREDITY
         - Institutions : attention les
                                             EVOLUTIONARY BIOLOGY
         auteurs ne remplissent pas
                                             Puis appuyer sur le bouton Refine
         toujours leurs affiliations de
                                             Que constate-ton au niveau du nombre de réponses et qu’en conclure ?
         façon normée.
                                             A quel opérateur booléen correspond le bouton Refine ?
         - Document Types
                                             En utilisant Refine results sélectionner les articles de revues, les reviews et
         - Publication years
                                             éliminer les éventuels articles rédigés dans des langues non pratiquées.
                                                                                                                               11
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         2e partie. Exploiter les résultats
         Cibler la recherche : limites et analyse 2/2

       Il est tout à fait possible
       d’utiliser l’option "Refine
       results" plusieurs fois mais
       on peut aussi appliquer des
       limites en cliquant sur le lien
       "Analyze results" soit en
       haut à droite de la page de
       résultats, soit en bas de la
       frame de gauche.
       Toutefois l’interface est
       moins intuitive et propose
       moins de fonctionnalités et
       élimine toutes les références
       ayant moins de deux
       occurrences.

                                                                                                  12
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         2e partie. Exploiter les résultats
         Le panier documentaire (Marked List) 1/2
                                                                                 Onglet "Marked List"
                                                                                 Le Panier documentaire :
                                                                                 On peut sélectionner des
                                                                                 références une à une et les
                                                                                 ajouter au panier soit depuis
                                                                                 les pages de résultats, soit
                                                                                 depuis les notices complètes
                                                                                 afin de les imprimer, de les
                                                                                 envoyer par email ou de les
                                                                                 sauvegarder dans un logiciel
                                                                                 de gestion de références
                                                                                 bibliographiques.

                                                                                 Il est également possible
                                                                                 d’envoyer tout un lot de
                                                                                 références dans le panier
                                                                                 documentaire (voir page
                                                                                 suivante).
                                                                                 Le panier peut contenir
                                                                                 jusqu'à 500 références.

         Ajouter une référence au
         panier documentaire :
         - Depuis la liste abrégée
         - Et depuis la référence
         complète

                                                                                                           13
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         2e partie. Exploiter les résultats
         Le panier documentaire (Marked List) 2/2

                                                                                 Exporter les références
                                                                                 du panier documentaire.
                                                                                 Les fonctions d’export sont
                                                                                 en haut de la page au-
                                                                                 dessus de la liste des
                                                                                 références.
                                                                                  Display Marked List :
                                                                                 Contient les paniers
                                                                                 documentaires de chaque
                                                                                 base de données.
                                                                                 Si on interroge plusieurs
                                                                                 bases de données 
                                                                                 plusieurs paniers
                                                                                 documentaires.
                                                                                  Step 1 :
                                                                                 Personnaliser les champs
                                                                                 exportés. Attention !
                                                                                 "Abstract" n’est pas coché
                                                                                 par défaut.
                                                                                  Step 2 :
                                                                                 Choisir les options d’exports
                                                                                 : impressions, email, ou
                                                                                 exportation vers un logiciel
                                                                                 de références
                                                                                 bibliographiques (plusieurs
                                                                                 formats sont disponibles,
                                                                                 choisir celui qui correspond
                                                                                 au logiciel utilisé).

                                                                                                       14
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         Exporter les résultats

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                                                                                                           d’exportation sont
                                                                                                           directement
                                                                                                           disponibles depuis les
                                                                                                           pages de résultats en
                                                                                                           haut de chacune des
                                                                                                           pages.
                                                                                                           Cliquer sur "More
                                                                                                           Options" pour
                                                                                                           basculer en bas de
                                                                                                           page

         En bas de chaque page de résultats se trouvent détaillées toutes les options d’export.
          Step 1 :
         Sélectionner les enregistrements : ceux cochés dans la liste, tous les enregistrements de la page, ou bien
         un ensemble d’enregistrements dans une fourchette donnée (moins de 500 enregistrements qui est la
         capacité maximum du panier documentaire).
          Step 2 :
         Choisir les champs à exporter. Par défaut sont sélectionnés la liste des auteurs, le titre et la source. On peut
         ajouter l’abstract, ou bien choisir l’enregistrement complet (mots clefs, adresses et références citées).
          Step 3 :
         Choisir les exports impression, email, Marked List, et exportation vers un logiciel de gestion de références
         bibliographiques.                                                                                                   15
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                                                                                          Depuis l’historique
                                                                                          (onglet "Search
                                                                                          History")
                                                                                          Après avoir
                                                                                          éventuellement modifié
                                                                                          l’historique, cliquer sur le
                                                                                          bouton "Save History /
                                                                                          Create Alert".
                                                                                          Puis créer un compte
                                                                                          personnel ou rentrer ses
                                                                                          login et password.
                                                                                          On peut alors enregistrer
                                                                                          l’historique, le nommer et
                                                                                          cocher la case " Send
                                                                                          Me E-Mail Alerts " si
                                                                                          l’on souhaite créer une
                                                                                          veille automatisée sur la
                                                                                          dernière requête.
                                                                                          Terminer en cliquant sur
                                                                                          "Done« (cf. page
                                                                                          suivante).
                                                                                          L’historique sera
                                                                                          sauvegardé dans sa
                                                                                          totalité mais l’alerte ne
                                                                                          sera installée que sur la
                                                                                          dernière requête.

          Astuces : créer une alerte permet d’automatiser une veille documentaire, chaque fois qu’une
          nouvelle référence correspondant à la requête sera publiée dans la base elle générera un envoi
          automatique de mail.
                                                                                                                 16
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                                                                                    possible de sauvegarder
                                                                                    un historique en local.
                                                                                    Pour cela utiliser le
                                                                                    bouton "Save on your
                                                                                    workstation" en bas
                                                                                    de la page de
                                                                                    l’historique. Création
                                                                                    d’un fichier history.wos
                                                                                    que l’on enregistre en
                                                                                    local et que l’on peut
                                                                                    réimporter par la suite
                                                                                    dans le WOS.

                                                                                                      17
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                                                                                   requêtes sauvegardées
                                                                                    sur le serveur, cliquer
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                                                                                    mise à jour.
                                                                                    D’autres fonctionnalités
                                                                                    sont proposées sur le
                                                                                    1ère page.
                                                                                    Dans "Alerting" on
                                                                                    peut renouveler les
                                                                                    alertes qui arrivent à
                                                                                    expiration.
                                                                                   Dans "Modify
                                                                                    Settings" on peut
                                                                                    modifier la requête
                                                                                    sauvegardée.
                                                                                    Dans " Open from
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                                                                                                       18
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         3e partie. Exploiter les références citées

         L’exploitation des références bibliographiques et des notes de bas de pages permet de savoir
         de quels travaux l’auteur s’est inspiré. Elle est donc toujours rétrospective.
         La recherche des références citées a pour point de départ une référence bibliographique
         donnée et retrouve les travaux qui la citent et donc s’en inspirent.

         Une telle recherche ne peut se faire que sur des articles qui datent de quelques mois voire
         années, les articles récents même excellents n’ont pas encore de postérité.
         La recherche de références citées dans le Web of science se fait à partir du nom du premier
         auteur, du titre de la revue et de la date. Il n’y a pas de possibilité de recherche de référence
         citée à partir du titre de l’article.

         On peut également créer une alerte à partir de la référence repérée qui générera un envoi
         automatique de mail chaque fois qu’une référence ajoutée dans la base citera cette référence.

         (Voir les copies d’écran sur les pages suivantes)

                                                                                                             19
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         3e partie. Exploiter les références citées

                                   OU BIEN

                                                                                                  20
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         3e partie. Exploiter les références citées

         Title: THE PHYLOGENY OF PROKARYOTES
         Author(s): FOX GE, STACKEBRANDT E, HESPELL RB, et al.
         Source: SCIENCE Volume: 209 Issue: 4455 Pages: 457-463   Published: 1980
         Times Cited: 1,088
                                                                                    Ma recherche a produit
                                                                                    une liste de références
                                                                                    aux travaux de Fox GE
                                                                                    dans la revue Science.
                                                                                    Les références citées
                                                                                    sur lesquelles apparaît
                                                                                    un lien "view record"
                                                                                    correspondent à des
                                                                                    articles retrouvés sur la
                                                                                    base de données. Les
                                                                                    références sans lien
                                                                                    "view record" ne sont
                                                                                    pas automatiquement
                                                                                    reliées à un article de la
                                                                                    base de donnée.
                                                                                    Certaines de ces
                                                                                    références peuvent être
                                                                                    des films, des livres, ou
                                                                                    d’autres documents non
                                                                                    indexés dans le Web of
                                                                                    science. Dans d’autres
                                                                                    cas, des erreurs ont été
                                                                                    commises par les
                                                                                    auteurs en référençant
                                                                                    l’article qui n’est donc
                                                                                    pas reconnu
                                                                                    automatiquement.

                                                                                                        21
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         3e partie. Exploiter les références citées

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