SYNTHÈSE Gravité du variant Omicron - Ce que nous savons jusqu'à présent
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SYNTHÈSE
Gravité du variant Omicron – Ce que nous
savons jusqu’à présent
Publication : mars 2022
Introduction
Santé publique Ontario (SPO) surveille, examine et évalue activement les renseignements pertinents liés
au coronavirus de 2019 (COVID-19). Les documents « Ce que nous savons jusqu’à présent » fournissent
une analyse rapide des preuves liées à un aspect spécifique ou à une question émergente relative à la
COVID-19.
Principales conclusions découlant des données probantes
Il existe des preuves solides qu’une infection par le variant Omicron provoque une forme de la
maladie moins grave que le variant Delta. Toutefois, les infections par le variant Omicron
peuvent encore être graves, en particulier chez les personnes plus âgées, chez les personnes
présentant des comorbidités et chez les personnes non vaccinées.
Bien qu’il n’y ait pas de preuve que le variant Omicron provoque de plus graves conséquences
chez les enfants que les variants précédents, la base de données probantes est insuffisante. Le
risque accru d’infection dû à la prévalence communautaire d’un variant plus transmissible,
associé aux preuves croissantes de résultats à long terme de la COVID-19 et à l’admissibilité
limitée au vaccin dans la population pédiatrique, suggère que les enfants constituent un groupe
vulnérable.
En raison de la transmissibilité accrue du variant Omicron, le nombre de cas ayant des
conséquences graves (hospitalisations, admission aux soins intensifs, décès) a mis à rude
épreuve la capacité du système de santé et les infrastructures essentielles au pic de
transmission dans de nombreuses juridictions, dont l’Ontario.
Pour l’instant, l’impact du variant Omicron sur les hospitalisations, la mortalité et les résultats à
long terme de la COVID-19 au niveau de la population demeure incertain.
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 1Contexte Le variant Omicron (B.1.1.529, premier signalement en Afrique du Sud) du syndrome respiratoire aigu sévère, coronavirus 2 (SARS-CoV-2) a été signalé le 8 novembre 2021 en Afrique du Sud,1 et a été désigné comme étant un variant préoccupant par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) le 26 novembre 2021.2 Depuis, Omicron a rapidement supplanté Delta comme variant dominant dans les pays où il est apparu. Les analyses de modélisation, in vitro et in silico confirment les résultats épidémiologiques selon lesquels Omicron a une transmissibilité plus élevée et suggèrent des mécanismes potentiels, mais on ne sait toujours pas dans quelle mesure la transmission accrue du variant Omicron est due aux caractéristiques inhérentes du virus (c’est-à-dire une capacité accrue à infecter les cellules, le tropisme tissulaire) ou à une évasion immunitaire.3 La forte transmissibilité du variant Omicron a entraîné un nombre record de cas, ce qui a suscité des inquiétudes quant à la gravité et à l’impact potentiel sur les systèmes de soins de santé et les infrastructures essentielles. Nous utilisons des indicateurs tels que les visites aux urgences, les hospitalisations, la durée du séjour à l’hôpital, l’admission dans une unité de soins intensifs afin de juger du niveau de gravité et de comparer le variant Omicron aux variants précédents du SRAS-CoV-2.4 Cependant, ces indicateurs ont leurs limites. Les données sur les admissions à l’hôpital reliées à la COVID-19 sont compliquées par les pratiques de dépistage et de test et par la forte prévalence communautaire, car les patients peuvent être déclarés positifs au SRAS-CoV-2, mais être hospitalisés pour un autre diagnostic qui ne nécessite pas de soins liés à la COVID-19. Les études qui tentent d’aborder cette question le font de différentes manières, ce qui rend les taux d’hospitalisation moins comparables entre les études et les juridictions. En outre, les premières données sur la gravité du variant Omicron ont une validité limitée, car les patients présentant des symptômes légers sont plus susceptibles d’être admis à l’hôpital par précaution. Ainsi, la durée de leur suivi est insuffisante pour que les conséquences graves s’accumulent et le nombre de cas n’est pas suffisant pour représenter correctement des populations entières. Il convient de noter que les résultats graves sont un indicateur retardé, ce qui signifie que les résultats graves surviennent souvent plus tard, après que les patients soient initialement tombés malades (par exemple, quelques jours ou semaines après). Les tendances actuelles en matière de complications graves reflètent ce que nous avons connu dans les débuts de la COVID-19.5 À l’autre extrémité de la vague épidémique Omicron, la dégradation de la qualité des données due aux changements apportés aux stratégies de dépistage dans certaines juridictions représente un défi, car le nombre réel de cas est inconnu et les données de cas disponibles sont influencées par les critères de dépistage, ce qui complique la comparaison des courbes d’incidence et d’hospitalisation. Bien que l’Afrique du Sud ait été le premier pays à signaler le variant Omicron et que la vague y ait commencé plus tôt que dans d’autres pays, les données sud-africaines sur la gravité de ce variant pourraient ne pas être généralisables au contexte ontarien. Parmi les raisons qui expliquent cela, nommons : des différences dans les antécédents d’infection antérieure par SRAS-CoV-2 (c.-à-d. une infection antérieure censée entraîner des conséquences moins graves), des différences dans le statut vaccinal et le programme de vaccination, ainsi que la répartition par âge de la population. L’objectif de ce document est de résumer la littérature sur la gravité de la maladie et la présentation clinique des cas du variant Omicron (B.1.1.529). Plusieurs études sur les rongeurs ont rapporté des preuves que le variant Omicron est moins pathogène,6-9 mais la synthèse se concentrera sur les études humaines. Les données sur la gravité locale provenant de Santé publique Ontario (PHO) sont incluses. Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 2
Méthodes
Cette analyse rapide résume les preuves disponibles concernant la gravité du variant Omicron entre
novembre 2021 et le 24 février 2022, pertinentes dans le contexte de l’Ontario. Les preuves contenues
dans ce rapport ont été identifiées à l’aide des données sur l’ancien variant préoccupant de la COVID-19
(B.1.1.529) de SPO : Évaluations des risques publiées depuis le 29 novembre 2021.3,10-19 Veuillez
consulter les sections correspondantes sur les méthodes pour plus de détails. En bref, les services de
bibliothèque de SPO ont effectué des recherches quotidiennes dans la littérature primaire et
préimprimée en utilisant la base de données MEDLINE, ainsi que des recherches quotidiennes dans la
littérature grise en utilisant divers flux de nouvelles et des moteurs de recherche personnalisés. Si plus
d’une publication rapportait les mêmes indicateurs de gravité de la maladie (par exemple, des rapports
de routine d’une agence de santé publique), la publication la plus récente a été utilisée, car elle
contenait généralement aussi la plus grande taille d’échantillon. Les données sur la sévérité de la COVID-
19 en Ontario sont basées sur le plus récent résumé épidémiologique hebdomadaire de SPO : Cas de
COVID-19 ayant des conditions graves.5
Découvertes
Le contexte ontarien
En ce qui concerne les études de gravité menées en Ontario, une étude de cohorte appariée portant sur
les hospitalisations et les décès associés au variant Omicron (11 622 cas) par rapport à Delta (14 181 cas)
a révélé que les cas Omicron comptaient 59 (0,51 %) hospitalisations et 3 (0,03 %) décès, contre 221
(1,56 %) hospitalisations et 17 (0,12 %) décès chez les cas Delta appariés.20 Le risque d’hospitalisation ou
de décès était inférieur de 65 % (rapport de risque, HR = 0,35, intervalle de confiance [IC] de 95 % : 0,26
à 0,46,) pour les cas Omicron, par rapport aux cas Delta, et le risque d’admission en soins intensifs ou de
décès était inférieur de 83 % (HR = 0,17, IC 95 % : 0,08 à 0,37). Afin de tenir compte de la possibilité que
des cas accidentels de COVID-19 soient comptabilisés dans les données sur la gravité en raison des tests
de dépistage de routine effectués dans les hôpitaux, une analyse de sensibilité a exclu les cas dont le
premier prélèvement positif a eu lieu le jour de l’hospitalisation ou le jour précédant celle-ci et ont tout
de même constaté une sévérité moindre du variant Omicron par rapport au Delta (HR = 0,25, IC 95 % :
0,16 à 0,41). La stratification en fonction de l’âge, du sexe et du statut vaccinal a permis de réduire
l’indice de gravité du variant Omicron.
Basé sur les renseignements disponibles auprès du système de gestion des cas et des contacts (CCM) au
23 février 2022 :5
Entre le 12 décembre 2021 et le 19 février 2022, 10 502 cas de COVID-19 en Ontario ont résulté
en une situation grave (hospitalisation, séjour dans une USI ou décès). 9 531 cas ont été
hospitalisés, 1 380 cas ont été admis dans une USI et 2 227 cas sont décédés. Un cas peut être
comptabilisé dans plus d’une de ces catégories.
En termes de trajectoire parmi les cas de COVID-19 avec des résultats sévères, du 16 janvier
2022 au 12 février 2022 : les hospitalisations hebdomadaires ont diminué de 1 649 à 624, les
admissions hebdomadaires en USI ont diminué de 240 à 90, et les décès hebdomadaires ont
diminué de 451 à 197.
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 3Gravité
La plupart des données suggèrent que le variant Omicron provoque une maladie moins grave que les
autres variants préoccupants, le comparateur étant généralement le variant Delta, à de rares exceptions
près.21 Les preuves concernant les cas pédiatriques et les personnes âgées sont mises en évidence en
raison des caractéristiques uniques de ces groupes (par exemple, l’admissibilité au vaccin, la qualité de
la réponse immunitaire, le risque supplémentaire dû à la vie en communauté pour les personnes âgées).
La gravité de la maladie en fonction du statut vaccinal est incluse si elle a été rapportée. Il est à noter
que les données provenant d’autres juridictions auront des niveaux variables de généralisation au
contexte ontarien en raison des différences dans l’historique des infections antérieures au SRAS-CoV-2
et du programme de vaccination, ainsi que de la répartition par âge de la population.
ÉTATS-UNIS (É.-U.)
Les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies des États-Unis (CDC) ont utilisé trois
systèmes de surveillance et une vaste base de données sur les soins de santé pour comparer les
indicateurs de gravité sur trois périodes : l’hiver 2020-2021, la période de prédominance du
variant Delta et celle de la prédominance du variant Omicron.4 Durant l’étude, la période
Omicron s’est avérée causer des conséquences moins graves que les périodes précédentes de
forte transmission, ce qui, selon les auteurs, est probablement lié à une couverture vaccinale
plus élevée réduisant la gravité de la maladie, à une virulence plus faible d’Omicron et à
l’immunité des infections précédentes. Bien que la maladie résultant du variant Omicron soit
moins grave, les auteurs notent qu’elle peut exercer une pression plus importante sur le
système de soins de santé, en raison du nombre de cas. La moyenne mobile des cas quotidiens
sur 7 jours (798 976 cas quotidiens entre le 9 et le 15 janvier 2022), des visites aux urgences
(48 238) et des admissions (21 586) a été la plus élevée pendant la période Omicron; toutefois,
la moyenne mobile des décès quotidiens sur 7 jours (1 854) a été plus faible pendant la période
Omicron que pendant les périodes précédentes. Le rapport entre le nombre de visites aux
urgences en période de pointe et le nombre de cas (ratio événement-cas) (87 pour 1 000 cas),
les admissions à l’hôpital (27 pour 1 000 cas) et les décès (9 pour 1 000 cas) durant la période
Omicron étaient inférieurs à ceux de l’hiver 2020-2021 (92, 68 et 16 respectivement) et de la
période Delta (167, 78 et 13 respectivement). La durée moyenne de séjour (5,5 jours), les
pourcentages de personnes admises dans une USI (13,0 %), ayant reçu une ventilation artificielle
invasive (3,5 %) ou étant décédées pendant leur séjour à l’hôpital (7,1 %) étaient tous des
facteurs significativement plus faibles pendant la période Omicron que pendant les périodes
précédentes (Delta : 7,6 jours, 17,5 %, 6,6 %, 12,3 %, respectivement).
Une étude de cohorte rétrospective a examiné les données des dossiers médicaux électroniques
de 577 938 patients infectés pour la première fois par le SRAS-CoV-2 provenant d’une base de
données nationale multicentrique aux États-Unis entre le 1er septembre et le 15 décembre 2021
(n = 563 884, cohorte Delta)22 et entre le 15 et le 24 décembre 2021 (n = 14 054, cohorte
Omicron). Après appariement par score de propension pour les données démographiques, les
déterminants socio-économiques de la santé, les comorbidités, les médicaments et le statut
vaccinal, le risque de conséquence grave dans les trois jours suivant l’infection dans la cohorte
Omicron était inférieur de moitié à celui de la cohorte Delta : ED visits : 4,55 % contre 15,22 %
(rapport de risque [RR] : 0,30, IC 95 % : 0,28 à 0,33); hospitalisation : 1,75 % contre 3,95 % (RR :
0,44, IC 95 % : 0,38 à 0,52]); admission en USI : 0,26 % contre 0,78 % (RR : 0,33, IC 95 % : 0,23 à
0,48); ventilation artificielle : 0,07 % contre 0,43 % (RR : 0,16, IC 95 % : 0,08 à 0,32). Les
premières infections par le SRAS-CoV-2 survenues pendant la période Omicron étaient associées
à des résultats significativement moins graves que les premières infections survenues pendant la
période Delta.
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 4 Une étude de cohorte prospective menée en Californie rapporte que sur 288 534 jours-
personnes de suivi après un test positif, 88 patients atteints du variant Omicron ont été
hospitalisés, alors que sur 264 408 jours-personnes de suivi, 189 patients atteints du variant
Delta l’ont été.23 Pour ce qui est des cas présentant une infection au variant Delta, les rapports
de risque non ajustés d’admission en soins intensifs et de mortalité associés à l’infection du
variant Omicron étaient de 0,26 (IC à 95 % : 0,10 à 0,73) et 0,09 (IC 95 % : 0,01 à 0,75),
respectivement, parmi les cas dont l’infection a été constatée pour la première fois en
consultation externe. Le risque quotidien de ventilation artificielle pour les patients atteints du
variant Delta était significativement plus élevé que pour les patients atteints du variant Omicron
(0,04 vs 0 pour 1000 jours-personnes à risque suite à un test positif; pEUROPE
Une analyse préliminaire des données basées sur les cas soumis par 15 pays de l’Union
européenne (UE)/Espace économique européen au système de surveillance européen (TESSy)
entre la semaine 46 (2021) et la semaine 2 (2022) a indiqué que l’infection au variant Omicron
était moins susceptible d’être signalée avec une admission à l’hôpital par rapport aux infections
au variant Delta (aOR 0,41; IC 95 % : 0,37 à 0,46).27 Parmi les cas d’Omicron dont la finalité est
connue et qui ont été signalés dans TESSy au 19 janvier 2022, 884 (1,14 %) ont été hospitalisés,
120 (0,16 %) ont nécessité dû être admis en USI ou ont requis une assistance respiratoire et 48
(0,06 %) sont décédés.
Une étude de cohorte rétrospective réalisée en France a porté sur 149 064 cas de COVID-19,
dont 497 ont connu un événement hospitalier grave (447 du variant Delta, 50 du variant
Omicron), soit l’admission dans une unité de soins intensifs ou dans une unité de soins critiques
ou le décès.28 Le risque d’événement grave était plus faible chez les cas Omicron que chez les
cas Delta (HR ajusté [aHR] = 0,13 IC 95 % 0,09 à 0,18 chez les 18 à 79 ans, aHR = 0,30 IC
95 % 0,17 à 0,54 chez les 80 ans et plus; risque ajusté pour l’âge, le sexe, le statut vaccinal, la
présence de comorbidité et la région de résidence). Le risque augmentait avec l’âge et était plus
élevé chez les cas présentant des comorbidités (aHR = 3,70, IC 95 % 2,66 à 5,13 pour les 18 à
79 ans présentant une comorbidité à très haut risque par rapport à ceux sans comorbidité) et
chez les hommes.
Le risque était plus faible chez les cas vaccinés que chez les cas non vaccinés, sans
interaction entre le variant et le statut vaccinal (aHR = 0,15 IC 95 % 0,11 à 0,19 pour les 18
à 79 ans avec primo-vaccination par rapport aux non-vaccinés).
Une étude de cohorte rétrospective monocentrique réalisée en France a caractérisé les
1 119 premiers cas du variant Omicron dans un hôpital et les a comparés aux 3 075 cas du
variant Delta survenus à la même période.29 Parmi les cas du variant Omicron, la plupart
(63,55 %) des patients étaient symptomatiques. Le taux d’hospitalisation était faible (1,9 %) et
l’âge médian des patients hospitalisés était de 49 ans. Un patient a nécessité des soins intensifs.
Contrairement aux cas Omicron, les cas Delta sur la même période étaient significativement plus
âgés, plus susceptibles d’être symptomatiques (77,6 %), le taux d’hospitalisation était 6,2 fois
plus élevé, le transfert aux soins intensifs était 31 fois plus fréquent et le taux de mortalité était
13 fois plus élevé. Il est à noter que les cas du variant Omicron étaient nettement plus jeunes.
Sur les 826 cas Omicron dont le statut vaccinal était connu, 46,4 % étaient vaccinés (7,8 %
ayant reçu une dose, 67,1 % deux doses, 24,8 % trois doses et 0,3 % quatre doses). Par
rapport aux cas Omicron, les cas Delta étaient significativement moins susceptibles d’être
vaccinés (40,4 %).
Une étude de cohorte (N = 15 978) réalisée au Portugal a comparé le risque de maladie grave
chez les patients infectés par le variant Omicron (N = 6 581) ou le variant Delta (N=9 397), au
cours de la même période, en tenant compte du sexe, de l’âge, de l’infection antérieure et du
statut vaccinal.30 Dans le groupe Delta, 148 (1,6 %) ont été hospitalisés. Dans le groupe Omicron,
16 (0,2 %) ont été hospitalisés. Parmi les 26 décès totaux, tous provenaient du groupe infecté
par le virus Delta. Le HR ajusté pour l’hospitalisation dans le groupe Omicron par rapport au
groupe Delta était de 0,25 (IC 95 % : 0,15 à 0,43). La durée d’hospitalisation des patients
Omicron était significativement plus courte que celui des patients Delta (différence ajustée en
fonction des facteurs de confusion -4,0 jours [IC 95 % -7,2 à -0,8]). Les chances de décès étaient
de 0,14 (IC 95 % : 0,00 à 1,12), ce qui se traduit par une réduction du risque de décès de 86 %
pour le groupe Omicron, par rapport au groupe Delta. Les auteurs ont conclu qu’Omicron était
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 6associé à une réduction du risque d’hospitalisation de 75 % par rapport à Delta et à une
réduction de la durée d’hospitalisation.
SCANDINAVIE
Une étude suédoise sur la gravité du variant Omicron dans des groupes à risque définis par le
sexe, l’âge, les comorbidités et le statut vaccinal a été menée sur trois périodes distinctes
(55 269 cas) : i) période à prédominance du variant Delta, ii) période de transition vers le variant
Omicron, et iii) période à prédominance du variant Omicron (74 % de prévalence de l’échantillon
semaine 52 de 2021, 88 % de prévalence de l’échantillon semaine 1 de 2022).31 Après
ajustement pour tenir compte de l’âge, du sexe, des comorbidités, de l’infection antérieure, de
la dose de rappel et du temps écoulé depuis la dernière dose chez les vaccinés, la probabilité de
développer des symptômes graves à la COVID-19 était inférieure de 40 % (IC 95 % 18 à 56 %)
chez les non-vaccinés et de 71 % (IC 95 % 54 à 82 %) chez les vaccinés pendant la période à
prédominance du variant Omicron par rapport à la période à prédominance du variant Delta.
L’efficacité du vaccin contre la COVID-19 sévère a été estimée mensuellement, et est
restée stable autour de 90 % durant toutes les périodes.
Les données individuelles du Norwegian Preparedness Registry ont été utilisées pour estimer le
risque d’hospitalisation des cas Omicron (39 524) par rapport aux cas Delta (51 481), ainsi que la
durée d’hospitalisation, le risque d’admission dans une unité de soins intensifs et les décès.32
Parmi les cas Omicron, 91 (0,2 %) ont été hospitalisés, alors que 552 (1,1 %) des cas Delta ont
été hospitalisés. Omicron a été associé à une réduction globale de 73 % du risque
d’hospitalisation (aHR = 0,27; IC à 95 % : 0,20 à 0,36) par rapport à Delta. La durée
d’hospitalisation médianebrute des patients atteints du variant Omicron était de 2,8 jours
(intervalle interquartile [IQR] : 1,6 à 6,8) par rapport à 6,5 (IQR : 3,2 à 12,3) chez les patients
Delta. Sept patients Omicron (7,7 %) ont été admis dans une unité de soins intensifs, contre 135
(24 %) patients Delta. L’aHR à la sortie pour les patients Omicron par rapport aux patients Delta
était de 1,44 (IC 95 % : 0,99 à 2,07), ce qui représente un délai d’attente plus court de 31 % (IC à
95 % : 1 % plus long–52 % plus court). L’aHR pour le risque d’admission aux soins intensifs pour
les patients Omicron par rapport aux patients Delta était de 0,51 (IC 95 % : 0,20 à 1,29).
La réduction du risque d’hospitalisation pour Omicron par rapport à Delta était plus faible
chez les cas ayant suivi un calendrier de vaccination de 7 à 179 jours avant leur test positif,
par rapport aux cas non vaccinés (66 % pour Omicron contre 93 % pour Delta avec des IC
qui ne se chevauchent pas). L’administration d’une troisième dose de vaccin a entraîné
une réduction similaire du risque d’hospitalisation pour les cas Omicron et Delta, par
rapport aux cas non vaccinés (86 % et 88 % respectivement avec des IC qui se
chevauchent). À noter que les cas Omicron qui avaient partiellement terminé une série de
vaccination ou qui avaient terminé la vaccination avec un maximum de deux doses ≥
180 jours avant le test positif n’avaient pas de diminution significative du risque par
rapport aux non-vaccinés.
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 7ROYAUME-UNI
Un rapport du UK Health Security Agency (UKHSA) a révélé que le risque d’atterrir à l’urgence ou
d’être admis à l’hôpital en raison du variant Omicron était environ deux fois moins élevé que
celui de Delta (HR 0,53, IC 95 % : 0.50-0.57).33 Le risque d’admission à l’hôpital à partir des
urgences pour Omicron était environ un tiers de celui de Delta (HR 0,33, IC 95 % : 0,30 à 0,37).
Les analyses ont été ajustées en fonction de l’âge, du sexe, de l’origine ethnique, de la
défavorisation de la zone locale, des voyages internationaux, du statut vaccinal et du fait que
l’infection actuelle était une réinfection connue.
L’UKHSA rapporte que le risque d’hospitalisation est plus faible pour les cas du variant
Omicron après deux et trois doses de vaccin, avec une réduction de 81 % (77 à 85 %) du
risque d’hospitalisation après trois doses par rapport aux cas du variant Omicron non
vaccinés.
L’Imperial College a examiné les données de l’UKHSA et du National Health Service en
Angleterre pour les cas dont la date de prélèvement était comprise entre le 1er et le
14 décembre 2021 et a indiqué une réduction du risque d’hospitalisation pour une infection au
variant Omicron par rapport au variant Delta.34 On a estimé que les cas Omicron présentaient un
risque réduit de 20 à 25 % de toute hospitalisation (y compris les services paramédicaux et
d’urgence) et de 41 % (IC 95 % : 37 % à 45 %) réduit le risque d’une hospitalisation entraînant un
séjour d’une ou plusieurs nuits. Les réinfections par la COVID-19 étant associées à une maladie
plus bénigne, l’étude a supposé que 33 % des vraies réinfections étaient correctement
identifiées comme telles. Les estimations corrigées ont entraîné une réduction plus faible du
nombre d’hospitalisations dans le groupe Omicron par rapport au groupe Delta (de 0 à 30 %), et
une réduction plus importante du risque d’hospitalisation associé à la réinfection (d’environ 55 à
70 %).
La stratification par statut vaccinal a révélé que les cas vaccinés avec deux doses de Pfizer
ou Moderna présentaient un risque d’hospitalisation similaire ou supérieur lors d’une
infection à Omicron par rapport à Delta, mais que les cas ayant reçu AstraZeneca comme
première série de vaccins avaient tendance à présenter un risque d’hospitalisation
inférieur par rapport à Delta.
Une étude nationale imbriquée en Écosse a analysé 119 100 cas d’échec de la S-Gene Target
Failure (SGTF, défaillance de la cible du gène S) (substitut de Delta) et 22 205 cas de SGTF
(substitut d’Omicron) entre le 1er novembre et le 19 décembre 2021. Il y a eu 15 admissions à
l’hôpital dans le groupe SGTF, ce qui signifie que les hospitalisations des cas SGTF étaient
0,32 fois (IC 95 % 0,19 à 0,52) les hospitalisations prévues par rapport aux cas non SGTF.35 Il est à
noter que 10 fois plus de cas SGTF étaient des réinfections possibles par rapport aux cas non-
SGTF (7,6 % contre 0,7 %).
Une troisième dose de vaccin a été associée à une réduction de 57 % (IC 95 % 55 à 60) du
risque d’infection symptomatique par la SGTF par rapport à la période ≥ 25 semaines
suivant la deuxième dose.
Une étude des hôpitaux sentinelles de la région du Grand Manchester a révélé que la proportion
d’Omicron dans les échantillons hospitaliers suivait une trajectoire similaire à la proportion du
SGTF dans les cas, mais avec un décalage de deux jours, ce qui est cohérent avec le décalage
entre le test positif et l’admission à l’hôpital, suggérant qu’une proportion similaire de cas
Omicron menait à une hospitalisation, comme c’était le cas pour le variant Delta.21 Il convient de
noter que ces analyses ont été effectuées au début de la vague Omicron, pendant la croissance
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 8exponentielle des cas à Manchester, ce qui pourrait avoir un impact sur la représentativité des
cas identifiés.
AFRIQUE DU SUD
En raison de différences notables dans les antécédents d’infection par le SRAS-CoV-2 et le programme
de vaccination, ainsi que dans la répartition par âge de la population en Afrique du Sud par rapport à
l’Ontario, certaines études sont mises en évidence ci-dessous en fonction de la taille de leur échantillon,
de leur progression dans la vague Omicron ou de l’ajustement des analyses de gravité en fonction des
antécédents d’infection et de vaccination. Des études supplémentaires sur la sévérité du variant
Omicron en Afrique du Sud sont disponibles dans l’article Variant préoccupant Omicron de la COVID-19
(B.1.1.529) de SPO : Évaluation des risques.36-39
Une étude sud-africaine comparant les cas SGTF (substitut des cas Omicron), non-SGTF et Delta
a démontré qu’après contrôle des facteurs associés à l’hospitalisation, les cas SGTF avaient une
probabilité d’admission significativement plus faible que les cas non-SGTF (256/10 547 [2,4 %]
contre 121/948 [12,8 %]; ratio ajusté [aOR] 0,2, IC 95 % 0,1 à 0,3),40, ce qui représente une
probabilité d’admission à l’hôpital de 80 % inférieure à celle des infections non-SGTF. Les
différences de sévérité de la maladie entre les cas hospitalisés du SGTF et les cas non-SGTF
étaient moins claires, peut-être en raison du faible nombre d’individus dans l’analyse. Après
prise en compte des facteurs de gravité de la maladie, les risques de maladie grave étaient
comparables entre les infections hospitalisées par le SGTF et les autres infections (42/204 [21 %]
vs 45/113 [40 %]; aOR 0,7, IC 95 % 0,3 à 1,4), et les personnes infectées par le SGTF présentaient
des risques significativement plus faibles de maladie grave (496/793 [62,5 %] vs 57/244 [23,4 %];
aOR 0,3, IC 95 % 0,2 à 0,5), par rapport aux personnes présentant des infections antérieures au
variant Delta.
Une étude de cohorte en Afrique du Sud portant sur 5 144 patients de la quatrième vague
(Omicron) et 11 609 patients des vagues précédentes a utilisé l’analyse de régression de Cox
pour comparer le risque entre les vagues de décès et de conséquences graves ≤ 14 jours après le
diagnostic.41 Après ajustement en fonction de l’âge, du sexe, des comorbidités et du sous-
district, le risque de décès était sensiblement réduit dans la vague Omicron par rapport à la
vague précédente (aHR 0,27; IC 95 % : 0,19 à 0,38), qui était atténué (0,41; IC à 95 % 0,29 à 0,59)
après ajustement en fonction des infections antérieures et de la vaccination. Le risque de
réduction de la gravité a montré un schéma similaire à celui de l’hospitalisation grave et du
décès.
La protection par la vaccination contre des conséquences graves était similaire dans la
vague Omicron par rapport à la vague précédente : la protection contre le décès par la
vaccination complète aHR (IC 95 %) était de 0,24 (0,10 à 0,58) pendant la vague Omicron et
de 0,35 (0,22 à 0,54) vers la fin de la vague précédente. La protection par une infection
antérieure contre l’hospitalisation ou le décès était de aHR (IC 95 %) de 0,32 (0,20 à 0,52) à
la fin de la troisième vague et de 0,13 (0,06-0,27) pendant la vague Omicron. Même en
tenant compte des infections antérieures, on a constaté une réduction de 25 % des
hospitalisations graves ou des décès durant la vague Omicron, par rapport à la vague
précédente. Il est à noter que pour tous les résultats, la réduction du risque pendant la
vague Omicron a été atténuée par l’ajustement pour l’infection diagnostiquée
antérieurement et la vaccination.
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 9 Une étude menée en Afrique du Sud a révélé que les cas du variant Omicron (identifiés à l’aide
d’un marqueur de substitution de la plateforme PCR utilisée) (n = 1 486) présentaient un risque
plus faible d’admission à l’hôpital (aHR de 0,56, IC 95 % 0,34 à 0,91), que les cas du variant Delta
(n = 150).42 Des ajustements ont été effectués pour tenir compte du statut vaccinal, des
infections antérieures et des comorbidités. Il convient de noter que l’âge et la proportion de cas
entièrement vaccinés étaient similaires entre les infections aux variants Omicron et Delta.
La vaccination complète a permis de réduire les cas d’hospitalisation lors d’une infection à
Omicron et à Delta, avec un aHR de 0,45 (IC 95 % 0,26 à 0,77).
LA SÉVÉRITÉ DU VARIANT OMICRON DANS LES CAS PÉDIATRIQUES
Plusieurs des rapports de cette synthèse décrivent que le variant Omicron touchait une population plus
jeune que les autres variants préoccupants (généralement Delta). Cependant, on n’ignore comment
l’augmentation de la transmissibilité, la programmation et la couverture vaccinale, ainsi que l’année
scolaire ont pu influencer ces résultats. Le fait que les enfants représentent une proportion plus
importante des cas du variant Omicron que des autres cas de variants préoccupants ne signifie pas
nécessairement que le variant Omicron provoque une maladie plus grave chez les enfants.43
Une étude de cohorte rétrospective a examiné les données des dossiers médicaux électroniques
de 577 938 patients infectés pour la première fois par le SRAS-CoV-2, provenant d’une base de
données nationale multicentrique aux États-Unis entre le 1er septembre 2021 et le 24 décembre
2021, dont 14 054 infectés entre le 15 et le 24 décembre 2021 (cohorte Omicron) et 563 884
infectés entre le 1er septembre et le 15 décembre 2021 (cohorte Delta).22 Chez les enfants de
moins de 5 ans (non vaccinés), les risques globaux de visites aux urgences et d’hospitalisation
dans la période Omicron étaient respectivement de 3,89 % et de 0,96 %, soit nettement moins
que les risques de 21,01 % et de 2,65 % de la période Delta appariée (RR pour les visites aux
urgences : 0,19, IC 95 % : 0,14 à 0,25; RR pour l’hospitalisation : 0,36, IC 95 % : 0,19 à 0,68). Des
tendances similaires ont été observées pour les autres groupes d’âge pédiatriques, les adultes
(18 à 64 ans) et les personnes âgées.
Une analyse rétrospective des données administratives de santé d’un service d’urgence aux
États-Unis a comparé les rapports de laryngotrachéite aiguë de la période prédominante du
variant Delta (N=401) et de la phase initiale de la lancée d’Omicron (N = 107).44 Les patients qui
ont eu une laryngotrachéite aiguë pendant la vague Omicron étaient plus susceptibles d’être
déclarés positifs à la COVID-19 (48,2 % contre 2,8 %, p < 0,0001), et l’incidence de
laryngotrachéite aiguë a presque doublé par rapport au taux des mois précédents. Aucune
différence n’a été observée dans l’âge, le taux d’admission, le taux de retour aux urgences dans
les 72 heures, ou l’admission parmi ceux qui sont revenus dans les 72 heures, entre les périodes
Delta et Omicron. Il convient de noter que, dans le même temps, le nombre de cas du virus
parainfluenza a diminué.
L’UKHSA a signalé que le nombre d’admissions en pédiatrie pour toute infection à la COVID-19
(> 90 % des échantillons britanniques étaient attribuables à Omicron à la fin novembre 2021) a
commencé à augmenter à partir du 26 décembre 2021, passant d’une moyenne de
40 admissions par jour à 120 par jour, soit une multiplication par 3 en 2 semaines.45
L’augmentation a été la plus rapide chez les enfants de moins de 5 ans, et la plus forte chez les
nourrissons de moins d’un an. Les trois symptômes les plus fréquents étaient compatibles avec
une infection respiratoire (non spécifiée). Toutefois, le Royal College of Pediatrics and Child
Health a publié une déclaration selon laquelle les pédiatres ne se prononcent pas en faveur que
le variant Omicron crée une maladie plus grave ou plus sévère chez les enfants et les jeunes au
Royaume-Uni.
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 10 Les données de la plus grande compagnie d’assurance maladie privée d’Afrique du Sud ont
indiqué que pendant la première moitié de la vague Omicron, les enfants avaient un faible taux
de positivité par rapport aux adultes et un faible nombre d’hospitalisations en lien avec la
COVID-19, mais semblaient présenter un risque d’hospitalisation supérieur de 20 % par rapport
à la vague D614G.38
Dans une cohorte de 6 287 cas de COVID-19 pédiatriques dans le district de Tshwane, en Afrique
du Sud, 183 ont été hospitalisés (de nourrissons à 13 ans). Des renseignements cliniques
détaillés étaient disponibles pour 139 (76 %) des 183 enfants hospitalisés.46 La plupart des
admissions concernaient le groupe d’âge < 1 an (35 %), et 62 % des enfants dans la catégorie 0 à
4 ans. Pour les personnes hospitalisées, la durée moyenne du séjour à l’hôpital était de 3,2 jours.
Sur 6 287 cas pédiatriques (≤ 19 ans), 462 (7,2 %) ont été hospitalisés, ce qui constitue une
augmentation inattendue par rapport aux trois premières vagues.
SÉVÉRITÉ DE L’INFECTION AU VARIANTOMICRON CHEZ LES PERSONNES ÂGÉES
Une étude de cohorte portant sur des résidents d’établissements de soins de longue durée en
Angleterre a comparé le risque d’admission à l’hôpital ou de décès chez les résidents ayant
obtenu un résultat positif au test de dépistage du SRAS-CoV-2 au cours de la période précédant
de peu l’apparition du variant Omicron (la période de prévalence du variant Delta) et de la
période de prévalence du variant Omicron, après ajustement en fonction de l’âge, du sexe, du
type de vaccin et des doses de rappel.47 Le risque d’admission à l’hôpital était nettement plus
élevé chez les 398 résidents infectés au cours de la période de prévalence du variant Delta
(10,8 % d’hospitalisation, IC 95 % : 8,13 à 14,29) par rapport aux 1 241 résidents infectés au
cours de la période Omicron (4,01 % d’hospitalisation, IC 95 % : 2,87 à 5,59, HR ajusté 0,50, IC
95 % : 0,29 à 0,87, p = 0,014). Aucun résident présentant une infection antérieure n’a été
hospitalisé au cours des deux périodes. Globalement, le taux de mortalité était plus faible dans
la période Omicron que dans celle qui l'a précédée (p Le risque était plus faible chez les cas vaccinés que chez les cas non vaccinés, sans
interaction entre le variant et le statut vaccinal (aHR = 0,15 IC 95 % 0,11 à 0,19 pour les 18
à 79 ans avec primo-vaccination par rapport aux non-vaccinés).
Symptômes et tableau clinique
En général, les gens atteints du variant Omicron ont signalé des maux de gorge et de la fatigue plus
souvent que les cas infectés par d’autres variants préoccupants. Les rapports de perte de l’odorat ou du
goût sont moins fréquents que pour les souches précédentes. Par conséquent, les outils de dépistage
basés sur les symptômes et les algorithmes utilisés précédemment pour la COVID-19 sont moins
susceptibles d’identifier les personnes infectées par le variant préoccupant Omicron. Certaines études
font l’objet d’une analyse ci-dessous.
Selon l’enquête britannique sur les infections à la COVID-19, les personnes atteintes d’une
infection au variant Omicron sont nettement moins susceptibles de signaler une perte du goût
ou de l’odorat que les personnes atteintes d’une infection au variant Delta.48-50 En décembre
2021, qui était une période à prédominance du variant Omicron, 58 % (IC 95 % : 57 % à 59 %)
des personnes déclarées positives à la COVID-19 ont rapporté des symptômes, ce qui représente
une diminution par rapport à novembre 2021 (avant Omicron), où 65 % (IC 95 % : 63 % à 67 %)
des personnes déclarées positives ont signalé avoir des symptômes. Les infections au variant
Omicron étaient associées à moins de symptômes des voies respiratoires inférieures et à plus de
symptômes des voies respiratoires supérieures, ainsi qu’à une augmentation des maux de gorge.
Les auteurs notent toutefois que le pourcentage de personnes déclarant avoir mal à la gorge et
dont le test de dépistage à la COVID-19 était négatif avait également augmenté à l’époque, ce
qui suggère que la fréquence plus élevée des maux de gorge dans les cas du variant Omicron
pourrait être due à d’autres infections, comme le rhume ou la grippe. Une analyse par l’UKHSA
des données de NHS Test and Trace a révélé que la perte de l’odorat ou du goût était moins
souvent signalée par les cas Omicron que par les cas Delta (13 % des cas Omicron, contre 34 %
des cas Delta, d’où un aOR : 0,22 (IC 95 % : 0,21 à 0,23), mais les maux de gorge étaient plus
souvent signalés par les cas du variant Omicron (53 % des cas Omicron, 34 % des cas Delta, aOR :
1,93, IC 95 % : 1.88-1.98).45
Il y a eu quelques analyses des données des applications de santé et des recherches sur Internet,
comparant la période Omicron à des périodes dominées par d’autres variants préoccupants.
L’application Zoe COVID Study est une application de suivi des symptômes basée à Londres, en
Angleterre, qui a été lancée fin mars 2020 par la société de sciences de la santé ZOE et elle se
base sur une analyse scientifique fournie par le King’s College London.51 Les analystes ont
comparé les symptômes de la COVID-19 rapportés à partir de la vague à dominance Delta et au
milieu de la vague à dominance Omicron et n'ont trouvé aucune différence nette dans le profil
des cinq principaux symptômes des deux variants préoccupants (nez qui coule, maux de tête,
fatigue, éternuements et mal de gorge).52-54 L’analyse a révélé que seuls 50 % des cas d’Omicron
présentent les trois symptômes classiques de la COVID-19, à savoir la fièvre, la toux et la perte
de l’odorat/du goût. Bien qu’ils ne soient pas les plus fréquents, les nouveaux symptômes du
variant Omicron comprennent la perte d’appétit et le cerveau embrumé (par exemple,
problèmes de mémoire, difficultés de concentration et incapacité à penser clairement).55 Une
analyse de Google Trends portant sur les signes et symptômes de la COVID-19 pendant une
période où Omicron représentait >80 % des cas au Royaume-Uni par rapport à une période où le
variant Alpha était dominant, a révélé que la conjonctivite, les frissons, la toux, les courbatures,
la fièvre, les nausées et les maux de gorge étaient les termes les plus recherchés pendant la
période Omicron par rapport à la période Alpha (augmentation de 15 %).56 En revanche, la
fatigue, la perte du goût ou de l’odorat, les éternuements et l’essoufflement ont été moins
recherchés pendant les périodes Omicron que pendant les périodes Alpha (diminution de plus
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 12de 15 %). Le nombre de recherches Google pour les maux de tête, la diarrhée et l’écoulement
nasal était presque comparable entre les deux périodes (c’est-à-dire une variation de < 15 %).
Outre les symptômes les plus courants du variant Omicron : nez qui coule, maux de tête, fatigue
(légère et sévère), éternuements, maux de gorge, perte d’appétit et cerveau embrumé (plus
fréquents chez les personnes entièrement vaccinées et ayant reçu une dose de rappel), un
média a fait état de sueurs nocturnes comme symptôme, le tout basé sur les renseignements
fournis par un médecin britannique et un médecin américain.57
Une analyse en Norvège des réponses immunitaires dans le sang suite à l’infection à Omicron et
à Delta a pris place. 51 personnes étaient infectées par Omicron, 14 personnes étaient infectées
par Delta et 18 autres n’étaient, elles, pas infectées. Suite au prélèvement d’échantillons 7 et
14 jours après l’apparition des symptômes, il a été constaté que les patients présentaient des
symptômes légers et que peu de différences dans les symptômes étaient observées entre les
patients infectés par Omicron et Delta. Cependant, les symptômes liés à l’odeur et au goût
étaient fréquents chez les patients Delta (72 %), mais peu fréquents chez les patients Omicron
(15 %, p < 0,001).58 Une plus grande proportion de patients Delta a connu des difficultés de
concentration (« cerveau embrumé », 33 %) par rapport aux patients Omicron (10 %, p = 0,017).
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 13Limites et conclusions
Les études examinées ont utilisé différentes méthodes pour identifier les cas Omicron,
notamment le séquençage du génome entier, les estimations locales de l’épidémiologie des
variants préoccupants dans le temps, c’est-à-dire la période à dominance Delta par rapport à la
période à dominance Omicron et la S-Gene Target Failure (SGTF, défaillance de la cible du gène
S). Ces deux derniers sont moins précis que le WGS et pourraient donc classer à tort un cas de
SRAS-CoV-2 dans la catégorie Omicron.
L’immunité préexistante explique probablement une partie de la gravité perçue comme plus
légère dans le cas du variant Omicron. Par conséquent, les études qui ont comparé la gravité des
cas Delta et Omicron à la même période seraient les plus à même de répondre à cette question.
Sinon, les différences de sévérité sont probablement confondues par le statut vaccinal (par
exemple, le nombre de doses, le temps écoulé depuis la dernière dose) ou les infections
antérieures.
Les études variaient dans leur définition d’une visite aux urgences ou d’une hospitalisation pour
la COVID-19, en fonction du temps écoulé avant ou après que le cas ait été révélé positif à la
COVID-19. Ceci est particulièrement pertinent dans les contextes où la prévalence de la COVID-
19 était élevée et où le dépistage était systématique dans les hôpitaux. C’est la raison pour
laquelle des personnes se présentant pour un problème non lié à la COVID-19 et qui ne
recevaient pas de soins liés à la COVID-19, pouvaient tout de même être comptabilisées parmi
les cas.43 La situation est plus nuancée que la surestimation possible des cas de COVID-19
hospitalisés, car de plus en plus de preuves démontrent que la COVID-19 peut déclencher des
problèmes de santé existants ou en causer de nouveaux, qui ne figurent pas parmi les
symptômes typiques de la COVID-19.
Les premières données sur la gravité du variant Omicron ont une validité limitée, car les patients
présentant des symptômes légers sont plus susceptibles d’être admis à l’hôpital par précaution.
Ainsi, la durée de leur suivi est insuffisante pour que les conséquences graves s’accumulent et le
nombre de cas n’est pas suffisant pour représenter correctement des populations entières. En
fait, certaines données suggèrent que les groupes d'âge plus âgés ont rencontré le pic de la
vague Omicron plus tard que les groupes d'âge plus jeunes, ce qui porte à croire que le moment
du pic Omicron peut différer selon l’âge.59,60 Par conséquent, les études de gravité menées avant
la fin d’une vague pandémique peuvent donner une image erronée de la charge et du risque
réels pour certains groupes d’âge.
Il existe des preuves solides que l’infection par le variant Omicron provoque une maladie moins
grave que le variant Delta, mais peut tout de même provoquer de graves conséquences chez les
personnes non vaccinées. Il existe des preuves modérées que les infections par le variant
Omicron peuvent encore être graves dans les groupes plus âgés et chez les personnes
présentant des comorbidités. Les mesures de santé publique communautaires restent donc
importantes pour protéger les groupes vulnérables qui courent le plus grand risque de subir des
conséquences graves.61 Bien qu’il n’y ait pas de preuve que le variant Omicron provoque de plus
graves conséquences chez les enfants que les variants précédents, la base de données
probantes est insuffisante. Le risque accru d’infection dû à la prévalence communautaire d’un
variant plus transmissible, associé aux preuves croissantes de résultats à long terme de la
COVID-19 et à l’admissibilité limitée au vaccin dans la population pédiatrique,62 suggère que les
enfants constituent un groupe vulnérable. Une fois que les vagues du variant Omicron
s’atténueront dans un plus grand nombre de juridictions et qu’une certaine période de temps
aura passé, nous aurons une image plus complète de la gravité d’Omicron, y compris le bilan des
hospitalisations, de la mortalité et des résultats à long terme.
Gravité du variant Omicron – Ce que nous savons jusqu’à présent 14Vous pouvez aussi lire
