2019 Février - cen rhone-alpes
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Février
2019
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Intégrité du peuplement
d’amphibiens
I11
Extrait de
Version 1 - Février 2014 www.rhomeo-bao.frPRÉALABLE À L’UTILISATION DES FICHES
Définir l’univers d’échantillonnage
Dans le cadre du programme RhoMéO, le contour espèces observées. Cette liste inclura ou non
des zones humides suivies correspondait aux certaines espèces parmi les plus hydrophiles
contours délimités dans le cadre des inventaires (ex : flore) et ainsi influera sur la valeur de
départementaux des zones humides réalisés entre l’indicateur alors calculée (en lien notamment
1996 et 2012 dans le bassin Rhône-Méditerranée. avec la fonction hydrologique du site). Pour
Il est important de noter que l’inventaire et la les groupes faunistiques les plus mobiles,
cartographie des zones humides ont été réalisés cette prise en compte de l’interface zone
avec des méthodes légèrement différentes d’un humide/masse d’eau permettra d’interpréter la
département à l’autre, parfois même au sein d’un présence d’éventuelles espèces «surprenantes»
même département. Les principaux écarts observés par rapport aux habitats recensés sur le site
portent sur : (espèces d’odonates caractéristiques des cours
d’eau pouvant être observées sur une zone
• L’intégration ou non des marges peu profondes humide). L’interprétation des résultats obtenus
des masses d’eau associées aux zones humides devra donc faire référence aux contours de
(lac, cours d’eau). l’objet suivi.
• Le traitement cartographique des réseaux • Dans le cas de constellations de petites
de petites zones humides, soit intégrées zones humides (marais, mares,…), souvent
dans un seul polygone, soit faisant l’objet de héritées d’une zone humide antérieure plus
polygones distincts. En lien avec ce second vaste réduite et fragmentée par drainage
point, l’intégration ou non de parties de la ou mise en culture, l’inclusion ou non de ces
zone humide déjà dégradées au moment des parties dégradées déterminera la capacité de
inventaires selon que des critères pédologiques l’opérateur à suivre par exemple les effets d’une
ou uniquement floristiques ont été utilisés. éventuelle restauration de la zone humide dans
leur intégralité.
Les choix qu’un opérateur fera au moment de la
délimitation de l’univers d’échantillonnage auront Il convient donc, avant d’engager la définition
des conséquences importantes au moment de de l’échantillonnage, d’avoir une lecture critique
l’analyse des données et de l’interprétation des des données d’inventaire des zones humides et,
indicateurs de la boîte à outils : selon les besoins de l’utilisateur, de procéder à
des regroupements ou plus généralement de
• Pour des zones humides attenantes à une redéfinir les contours de la zone humide suivie
masse d’eau, la prise en compte ou non de de manière à conduire l’évaluation à la bonne
l’interface entre la masse d’eau et la zone échelle.
humide modifiera logiquement la liste des
18PRÉALABLE À L’UTILISATION DES FICHES
En haut de chaque fiche un bandeau permet d’identifier le
type de fiche et le renvoi aux fiches liées.
renvoi vers les fiches
numéro de la fiche correspondantes :
I : Indicateur
P : Protocole
I 02 INDICATEUR FICHES LIÉES et P
A : Analyse 02 A 02
Interprétation INDICAT
P02 PROTOCOLE
FLORE
INDICE FLORISTIQUE
I02 I06 I08
A 02 A 06 A 08
D’ENGORGEMENT FICHES LIÉES P02 PROTOCOLE Flore
tourbeux à sphaignes. Pour des sites présentant un gradient des
Il est possible de déplacer la placette le long du conditions hydrologiques assez net, le plus simple
transect ou de réduire la surface par rapport est d’orienter les transects perpendiculairement
aux préconisations, mais dans tous les cas ces à ce gradient (figure 2) : sur le site du Pontet (73),
modifications doivent être bien signalées sur le un gradient topographique nord-est / sud-ouest
bordereau de terrain. existe (points cotés 864 et 859 respectivement).
Etant donnée l’extrême variabilité de la forme des On note également la présence d’un drain central
zones humides, il est difficile de définir des règles et du cours du Gelon en grande partie rectifié et
surcreusé et agissant également comme drain.
L’analyse de la carte de végétation et un premier
repérage sur le terrain (figure 3) ont fait apparaître
que la zone centrale est la plus diversifiée, les zones
nord-ouest, nord-est et sud-est étant constituées
Description et principes du protocole coûts annuels
de complexes de roselières et magnocariçaies.
Sur chaque fiche indicateur, le bandeau
Principes généraux
La flore d’un site est évaluée par la réalisation
végétation (annexe flore 1), le recouvrement
et la hauteur des différentes strates de la
Trois transects (les relevés sont matérialisés par
(temps et analyses)
des carrés jaunes) ont donc été établis, selon le
contient également des informations sur :
gradient topographique, perpendiculairement au
d’inventaires (les relevés) sur un ensemble de végétation. La position des placettes est drain principal et permettant de traverser tous les
placettes réparties de manière à échantillonner mesurée avec un GPS, de même que la distance habitats identifiés.
le plus d’habitats naturels possibles. au point d’origine du transect.
2 Pour une périodicité des suivis de 5 à 10 ans,
privilégier les milieux ouverts (dont la végétation
Type de données collectées Type d’échantillonnage systématiques de positionnement des transects. Les réagit plus vite aux perturbations) semble
Sur chaque placette, on note l’ensemble des
Domaine Fonction / pression
espèces présentes à l’intérieur de celle-ci et on
Les points de relevés sont réalisés à intervalles
réguliers le long de transects préalablement Compétences :
topographiques et bien sûr les photographies
Coût :
cartes d’habitats (quand elles existent), les cartes raisonnable. Comme règle empirique, on peut
proposer qu’au moins la moitié des placettes
en estime le recouvrement. On note également
d’application hydrologique
la taille de la placette, la physionomie de la
positionnés pour être les plus représentatifs de
la diversité des milieux présents sur le site. / €€/€€
aériennes (couleur ou infrarouge) doivent être
étudiées au préalable afin de croiser le plus
concerne ces milieux ouverts, hors sites alluviaux
boisés notamment.
toutes les zones possible d’habitats et de niveaux topographiques /
hydrologiques.
humides Méthode de mise en place
3
Selon la taille des sites et la diversité des
Description et principes de l’indicateur
habitats (une visite rapide préalable du site
peut être utile), l’ordre de grandeur du nombre
niveau de compé-
de placettes varie (voir annexe flore 2). Celles-
ci sont ventilées sur 1 à 3 transects par site
La présence d’une nappe d’eau dans le sol végétaux niveau de compé-
peuvent donc être utilisés pour
domaine de validité (cas général), de manière régulière et définie
fonctions etconstitue
pressions que coûts matériels
tence
une contrainte pour
au préalable, et les relevés sont effectués
systématiquement du même coté du transect. lesnécessaire
végétaux, évaluertence le niveau de la nappe à travers un
nécessaire
l’indicateurcontrainte
mesure à laquelle les pour
espèces
Typiquement, entre 5 et 20 placettes seront
positionnées par transect, sur des longueurs le sont
recueil
plusde indice, que nous appellerons indice de niveau
pour le calcul de
ou moins tolérantes ou adaptées.
oscillant entre 100 et 800 mètres, soit des
données Il est donc d’engorgement. Celui-ci est calculé comme la
espacements compris entre 20 et 50 mètres le
l’indicateur
2. FONDEMENTS
possible d’évaluer de manière
plus souvent. Les points de départ et d’arrivée
des transects peuvent être matérialisés de SCIENTIFIQUES
simplifiée, moyenneDEdesL’INDICATEUR
valeurs indicatrices des espèces
sur une échelle ordinale, l’optimum de présentes à l’échelle d’une placette, puis
manière pérenne (bornes) ou a minima repérés
sur le terrain par des points remarquables, des
chaque espèce vis-à-vis du niveau
photographies et bien sûr le positionnement 1 moyen comme la médiane des valeurs des placettes à
par GPS. L’orientation du transect peut être
notée à la boussole ou, notamment en milieu : c’est
de la nappeexemple valeur
sanaturel indicatrice.
à l’interface entre forêt / prairie
Les l’échelle de la zone humide.
Plusieurs indicateurs peuvent être calculés avec un seul protocole, le schéma ci-dessous montre les liens
humide
ouvert, suivre des points de repère lointains
(figure 1). Tous ces éléments sont reportés sur la
ou milieu / milieu artifi
(piste...) ;
ciel
fiche terrain (annexe n°ZZZZZ). • une rupture topographique majeure (fossé,
entre les fiches protocoles et les indicateurs correspondants.
Les relevés sont effectués sur les placettes dont butte de plus d’1m...)
protocole
FONDEMENTS SCIENTIFIQUES DE L’INDICATEUR
la taille usuelle dépend de la structure de la
végétation (annexe flore - 3) , d’après CHYTRY & Dans certains cas, la taille normale doit être
OPTIKOVA (2004), quelle que soit l’homogénéité réduite (1 m2, voire 0.25 m2) et leur espacement
Numéro de page apparente de la placette, sauf si celle-ci est à
Numéro de page
également réduit (5 m), comme les grèves
d’étangs ou les berges des cours d’eau, les bas-
Numéro de page
Beaucoup d’espèces végétales présentent une témoigne de sa vitalité.
cheval sur :
• deux physionomies très différentes (par marais artico-alpins ou certains complexes
Indicateur courbe de croissance enProtocole
fonction du niveau Analyse / Interprétation
moyen (annuel ou estival) de la nappe de type He= ∑ (rij * xi) / å (rij)
symétrique, unimodale ou, plus rarement,
monotonique, compatible avec la définition rij est l’abondance (ou recouvrement) de
I01 d’une valeur optimaleP01 de développement l’espèce i dans le relevé j
20 pédologie
(OKLAND, 1990 ; ELLENBERG, 46
1974). On appelle A01i
xi est la valeur indicatrice de l’espèce 88
valeur indicatrice de l’espèce pour le niveau de Il varie pour les habitats de zones humides,
I02 22 nappe cet optimum. de 25 (habitats mésophiles) A02 92
à 9 (habitats
I06 24 Il existe ainsi des valeurs P02indicatrices pour
50
subaquatiques).
A06 108
des pays ou ensembles flore
biogéographiques
I08 26 présentant des valeurs et des échelles de A08
L’indice d’humidité édaphique peut 116
également
valeurs quelque peu différentes : ELLENBERG et être calculé sans utiliser le recouvrement des
I03 28 al. (1992) pour l’Europe P03centrale et la dernière espèces ; les valeurs obtenues sont alors plus
version, LANDOLT et piézometrie 54
al. (2010) pour la Suisse,
A03
ou moins différentes mais utilisables comme
96
HILL et al. (2000) pour la Grande-Bretagne. indicateurs de suivi (cf. fiches interprétation).
I04 30 Pour le bassin Rhône-Méditerranée, les valeurs
P04 La bibliographie montre que l’ensemble
A04 100
établies pour la Suisse par LANDOLT et58 al. des espèces présentes sur une placette (si
chimie
I07 32 (2010) sont dans l’ensemble adaptées. Elles ont les conditions écologiques A07
sont à peu 112
près
toutefois été amendées (il y manque les espèces homogènes) donne des indications plus
méditerranéennes), modifiées à la marge et re- précises qu’une ou quelques espèces (BRAUN-
I05 34 échelonnées sur une gamme P05 allant de 1 à 10 BLANQUET & JENNY, 1926, DIEKMANN, A05 2003).104
I09 (espèces des milieux les plus secs vers62
orthoptères les La corrélation entre ces valeurs indicatrices
36 milieux les plus humides) pour les adapter à moyennes et le niveau moyen A09 de 120 la
l’échelle du bassin. nappe est très bien démontrée (PAUTOU,
I10 38 Pour une placette donnée, P06on calcule l’indice
66 1970 ; SHAFFERS & SIKORA, 2000A10 ; WITTE & VON
124
d’humidité édaphique odonates
He comme la moyenne ASMUTH, 2003 ; DIEKMANN, 2003). Les effets
des valeurs indicatrices présentes, pondérées du drainage (TER BRAAK & WIERTZ, 1994) ou de
par le recouvrement des P07 espèces sur la placette, la ré-hydratation (OOMES et al., 1996) ont ainsi
I11 40 considérant que le amphibiens
recouvrement d’une espèce 72 A11
été suivis avec ce type d’indicateur. 128
I12 42 P08 A12 132
pression 76
artificialisation
I13 44 P09 A13 136
pression 82
agricole
19I 11 INDICATEUR FICHES LIÉES P 07 A 11
INTEGRITE DU PEUPLEMENT D’AMPHIBIENS
Domaine Fonction / pression Compétences : Coût :
d’application biologique / €€/€€
3 ; 4 ; 5 ; 6 ; 7.2 ; 7.3 ; 7.4 ;
7.5 ; 8 ; 9 ; 10 ; 11 ; 12 ; 13
Description et principes de l’indicateur
SEWELL et GRIFFITHS en 2009 et SMITH et al. en types d’habitats, voire un seul. Ce sont sur
2008 ont réalisé des analyses bibliographiques ces espèces, apportant le plus d’informations
sur le caractère indicateur. Dans ce groupe, la sur la zone humide et son fonctionnement
présence des différentes espèces sur un site (espèces sténoèces), que repose l’indicateur
2. FONDEMENTS
n’apporte pas toujours la même SCIENTIFIQUES DE L’INDICATEUR
indication sur amphibiens.
le milieu. Il existe des espèces peu exigeantes Il vise à comparer un peuplement observé à
quant à la qualité ou au type de milieux qui sont une liste d’espèces sténoèces de référence
fréquentés (espèces ubiquistes) ; à l’inverse, (peuplement attendu).
il existe des espèces inféodées à quelques
FONDEMENTS SCIENTIFIQUES DE L’INDICATEUR
Une des critiques faite à l’indicateur amphibiens aquatique, les amphibiens doivent effectuer
réside dans le fait que le cycle biologique de une migration. Cette migration peut être
ces animaux présente une phase terrestre et de quelques dizaines de mètres, mais peut
une phase aquatique et que leur présence sur atteindre quelques kilomètres chez certaines
un site apporte à la fois des informations sur espèces ; il y a alors retour sur le lieu de naissance.
le milieu terrestre et sur le milieu aquatique. C’est le phénomène de homing (SINCH, 1992)
Cependant, le rayon d’action des espèces n’est que l’on retrouve chez certains poissons comme
pas très important et certaines d’entre elles le saumon. C’est une sorte de garantie pour
résident à l’année dans la partie terrestre de la l’espèce de retrouver des conditions favorables
zone humide. (bonne qualité de l’eau, absence de prédateur,
La biphasie du cycle de reproduction des hydropériode favorable…).
amphibiens présente l’intérêt, pour la bio- La rupture de ce lien au site de ponte même
indication, d’intégrer les contraintes du chez les espèces les plus fidèles a été mise en
milieu aquatique pour les têtards et celles du évidence par SCHLUPP et PODLOUCKY, 1994.
milieu terrestre pour les adultes. Ainsi, pour Les raisons peuvent être une minimisation de la
une seule et même espèce, des informations dépense énergétique pour rejoindre un habitat
sur la zone en eau (fonctionnement, qualité aquatique favorable, mais également une
physico-chimique…) et les habitats terrestres modification des caractéristiques de la zone
(fragmentation, fonctionnement…) sont humide.
apportées. Les changements dans la structure
et la dynamique des peuplements peuvent Plusieurs caractéristiques sont donc,
donc être a priori de bons bio-indicateurs de intéressantes chez les amphibiens :
l’évolution des zones humides sensu stricto
et des espaces terrestres adjacents (U.S. EPA, • Lors de la phase de reproduction, ils sont
2002). à quelques exceptions près, des hôtes
Pour passer de la phase terrestre à la phase obligatoires des zones humides ;
40INDICATEURS / Intégrité du peuplement d’amphibiens
FONDEMENTS SCIENTIFIQUES DE L’INDICATEUR (Suite)
• La physiologie et les exigences biologiques des • L’écologie des espèces et leur répartition
amphibiens en font un groupe plus sensible et spatiale sont relativement bien connues dans le
potentiellement plus vulnérable que la plupart bassin Rhône-Méditerranée ;
des vertébrés aux pressions de l’environnement
(SPARLING et al. 2000). Qu’il s’agisse des En conclusion, on retiendra que les amphibiens
embryons déposés directement dans l’eau sont de bons bio-indicateurs des zones humides,
ou des adultes à la peau très perméable, ce qu’il s’agit d’un groupe assez facilement accessible
groupe réagit rapidement aux évolutions des en termes de détermination et de méthodes
caractéristiques physico-chimiques de l’eau et d’échantillonnage (voir fiche protocole), mais qui
de l’air ambiant ; présente deux inconvénients : le faible nombre
d’espèces et leur plus ou moins grande plasticité
quant à la sélection des sites de reproduction.
DOMAINE D’APPLICATION DE L’INDICATEUR
L’indicateur s’applique à l’ensemble des zones Périodicité
humides du bassin dans la mesure où la zone Le pas de temps entre deux campagnes ne doit
considérée présente un secteur en eau libre. Sont pas excéder 3 ans, les interprétations de l’évolution
donc exclues : les tourbières hautes en phase ultime de l’intégrité du peuplement d’amphibiens
ne présentant plus aucune zone en eau et les zones s’améliorant avec le nombre de campagnes.
humides de très haute altitude (au delà de 2500 m).
Bibliographie
SCHLUPP I. & PODLOUCKY R., 1994. Changes SPARLING D.W. LINDER G. & BISHOP C.A., 2000.
in breeding site fidelity: A combined study of Ecotoxicology of Amphibians and Reptiles.
conservation and behaviour in the common toad Pensacola, FL : SETAC Press.
Bufo bufo. Biological Conservation 69 (3) : 285–291.
U.S. EPA., 2002. Methods for Evaluating Wetland
SEWELL D. & GRIFFITHS R. A., 2009. Can a Single Condition: Using Amphibians in Bioassessments
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? Diversity 2009, 1 : 102-117. Protection Agency, Washington, DC. EPA-
822-R-02-022.
SINCH U., 1992. Amphibians, in Animal Homing, Ed.
F. Papi Chapman & Hall Animal Behaviour Series p.
213 – 233.
SMITH G.F., GITTINGS T., WILSON M., FRENCH L.,
OXBROUGH A., O‘DONOGHUE S., O‘HALLORAN J.,
KELLY D.L., MITCHELL F.J.G., KELLY T., IREMONGER
S., MCKEE A.M. & GILLER P., 2008. Identifying
practical indicators of biodiversity for stand-level
management of plantation forests. Biodivers.
Conserv. 17 : 991-1015.
41P07 PROTOCOLE FICHES LIÉES I11 A 11
AMPHIBIENS
Description et principes du protocole
Il n’existe pas de méthode unique de les larves. Tant pour le suivi que pour l’inventaire,
dénombrement applicable à l’ensemble la plupart de ces techniques sont utilisables
des espèces d’amphibiens et aux différents et sont généralement utilisées de manière
stades de leur développement. La recherche combinée par les herpétologues.
des amphibiens, tant pour le suivi que pour L’objectif du protocole est de réaliser un
l’inventaire, s’appuie sur plusieurs méthodes. inventaire calibré et reproductible du
Certaines visent à rechercher les adultes, soit peuplement d’amphibiens de la zone humide.
dans l’eau, soit sur terre, à l’aide de lampes, Ce dernier doit être le plus complet possible
d’épuisettes ou au chant, d’autres à inventorier dans un minimum de temps.
Méthode de mise en place
Type de données collectées d’échantillonnage sur les habitats conforme
Les données collectées sont des informations à l’ensemble de la surface et à déployer les
de présence/absence des espèces (données suivis de manière équitablement répartie sur la
qualitatives), complétées d’informations semi- totalité du site.
quantitatives (voir paragraphe 2). Elles sont On ne mettra pas en oeuvre le protocole les
collectées sur un réseau de points d’observation jours de pluie ou de vent important (c’est-à-dire
afin d’alimenter l’analyse du peuplement sur présence de vagues même légères à la surface
l’ensemble du site. de l’eau).
Type d’échantillonnage Exemple : Pour un site représentant 4
Afin de répartir la pression d’échantillonnage habitats herpétologiques répartis de manière
sur les différents milieux, une stratification homogène, on ne réalisera qu’un point par
est appliquée ; elle vise à échantillonner de habitat soit au total 4. Pour un site présentant
manière représentative les différents habitats deux habitats herpétologiques, mais répartis
herpétologiques (voir liste en annexe 2) ; ils de manière non homogène (un ruisseau et 5
correspondent à une simplification de la liste mares), on réalisera un point (transect) sur le
des habitats odonatologiques produite par la ruisseau et on tirera au sort 2 mares soit au total
S.F.O. [http://www.libellules.org/protocole/cilif. 3 points d’échantillonsage pour le site.
html]).
Il est prévu 3 visites annuelles par zone humide
Limites : l’objectif est de ne pas passer plus d’un dont une de nuit. Les dates des visites sont
jour par site et par session, mais cet objectif ne déterminées en fonction des saisons de
peut être atteint dans toutes les circonstances. reproduction des espèces cibles. La date de
Ainsi, pour des sites d’une superficie supérieur la première visite sera calée sur la période
à 2 000 hectares, on pourra aller jusqu’à doubler de reproduction des espèces dites précoces
le temps consacré aux inventaires. Entre 500 (Rana temporaria, R. dalmatina, Bufo bufo), elle
et 2 000 ha, en fonction de la complexité et sera idéalement réalisée de jour afin de faire
de la diversité des milieux, le seuil d’un jour une visite rapide préalable du site. Celle de la
pourra être augmenté dans la limite de 1,5 seconde visite sera axée sur la reproduction
jour, on veillera à respecter une pression des espèces de mi-saison (Bufo calamita, Hyla
72P07 PROTOCOLE / Amphibiens
Méthode de mise en place (Suite)
arborea, H. meridionalis). Ces espèces étant plus pas identiques sur l’ensemble du bassin Rhône-
facilement détectables de nuit grâce à leurs chants, Méditerrannée (les premières sorties doivent
on réalisera le passage en début de soirée. Celle de être réalisées à partir de températures nocturnes
la troisième visite visera la reproduction des espèces proches de 4°C et après un épisode pluvieux).
tardives (type grenouilles vertes) et l’émergence
des premiers imagos ainsi que la capture de larves Afin d’aider au déclenchement des prospections, il
de tritons bien développées et de gros têtards ; elle est possible de s’appuyer sur le tableau présenté ci-
sera réalisée en journée. Il est important d’utiliser les dessous résumant la phénologie des espèces pour
mêmes critères, d’une année sur l’autre, pour fixer une situation bioclimatique moyenne de l’ensemble
les dates des visites dans une région donnée et sur du bassin Rhône-Méditerrannée.
une zone déterminée. Les dates de visites ne sont
Certaines espèces sont plus facilement détectées de Ces constatations imposent donc d’utiliser plusieurs
nuit ; c’est le cas notamment du crapaud calamite et méthodes, trois ayant été retenues ; l’écoute, la
des rainettes du fait de la puissance de leurs chants. pêche à l’épuisette et la recherche à la torche. Ces
D’autres informations sont plus accessibles de jour ; méthodes sont détaillées dans leurs modalités de
c’est le cas des pontes d’anoures que l’on détecte mise en oeuvre au paragraphe suivant.
mieux à la lumière du jour. Selon les densités de
certaines espèces, il est plus facile de rechercher Le tableau, ci-dessous, résume l’articulation entre
les larves (100 à 400 fois plus nombreuses que les différents protocoles et leur déploiement dans
les adultes) ; c’est le cas des tritons. En période de le temps au cours des différentes sessions.
reproduction, les tritons sont plus actifs la nuit.
73P07 PROTOCOLE AMPHIBIENS (Suite) FICHES LIÉES I11 A 11
Méthode de mise en place (Suite)
Choix des surfaces, linéaires, durée On trouvera dans la figure 1, ci-dessous, les
d’échantillonnage correspondances entre surface du point
Selon les méthodes employées (point d’écoute, échantillonné et durée de l’échantillonnage. Au
épuisette, torching…), les critères pour delà de 250 m2 le temps consacré restera de 20
déclencher la fin de l’échantillonnage pourront minutes et des portions caractéristiques du point
varier : d’eau seront échantillonnées.
• points d’écoutes : après être arrivé sur le Pour les sessions 2 et 3, un quart du temps de
point, on laisse le calme se ré-installer (5 la pêche à l’épuisette sera réalisé à l’aide d’une
minutes), on en profite pour remplir la fiche épuisette à mailles fines (type aquariophilie)
terrain et on démarre l’écoute et la prise de à la recherche des larves et têtards. Le reste du
notes pendant 10 minutes ; temps (session 1 et ¾ du temps des sessions 2
• épuisette : le temps de pêche est et 3 ), c’est une épuisette de pisciculture qui sera
proportionnel à la taille de la mare, un utilisée (tamis métallique à maille inférieure ou
maximum de 20 minutes est proposé par égale à 5 mm).
point d’eau ;
Figure 1 - Surface des mares et Temps d’échantillonnage
• recherche à la torche, «torching» : 50 mètres • Larves : présence/absence et nombre
de berges seront parcourus lentement en d’individus comptés en dessous de 10
éclairant à l’aide d’une lampe torche puissante individus, sinon des classes d’abondance.
une zone de 2 mètres en bord de berge à la Classes d’abondance :
recherche des tritons notamment ; une pose - classe 0 ;
de 5 minutes à mi-parcours sera réalisée - classe 1 : 1 à 10 (indiquer le nombre exact) ;
(temps d’apnée d’un triton palmé). - classe 2 : 11 à 50 (le nombre exact peut être noté
Les effectifs sont donnés de la manière suivante : s’il s’agit d’un suivi fin, pour les grands tritons par
• Adultes : présence/absence et chiffre exact exemple) ;
en dessous de 10 individus, sinon des classes - classe 3 : 51 à 500 ;
d’abondance ; - classe 4 : + de 500 ;
• Pontes : présence/absence et classes
d’abondance ;
74P07 PROTOCOLE / Amphibiens
Représentativité des données
Précision de l’information phénologie des différentes espèces en fonction
La standardisation du protocole vise à éliminer de la météorologie. Un gradient nord sud est
les biais qui pourraient provenir de l’utilisation de également à respecter.
protocoles différents et non calibrés. En encadrant
la mise en oeuvre des protocoles, elle contribue Représentativité de l’information collectée
également à faire diminuer, à défaut de supprimer, Grâce à l’analyse des données collectées via
le biais de l’expérimentateur. L’échantillonnage ce protocole sur des sites dont le peuplement
stratifié utilisant la représentation des différents amphibien était bien connu par ailleurs, nous avons
milieux sur le site contribue également à ne pas pu estimer l’efficience du protocole. La richesse
sur-échantillonner un milieu plus qu’un autre observée est supérieure à 80 %. Elle passe de 81 à
en fonction de la personne qui réalise le relevé. 86 % lorsque l’on intègre les espèces qui n’étaient
Il convient de bien respecter le calendrier des pas connues avant de déployer le protocole.
sessions d’échantillonnage et de s’adapter à la
Opérationnalité de la collecte
Compétence requise du remplissage de la fiche de terrain. Si les sites à
Le protocole nécessite une assez bonne échantillonner ne sont pas trop éloignés les uns des
connaissance des amphibiens puisque outre la autres, il est possible de faire une dizaine de points
détermination de l’espèce à l’âge adulte, il convient par jour.
de déterminer les têtards et les larves des différentes
espèces. Temps de validation et de saisie des données
Le faible nombre d’espèces permet à une personne Le temps pour saisir les données pour un site sur
inexpérimentée de donner un nom à une espèce au l’ensemble des trois sessions n’excède pas la demi-
stade adulte relativement facilement ; cela devient journée.
un peu plus délicat au stade larvaire. Il existe
aujourd’hui de bons outils (MIAUD C. et MURATET Coût matériel/données /prestation/analyse
J., 2004 ; MURATET J., 2008) pour réaliser cette L’essentiel du matériel peut se résumer à : une
diagnose sur le terrain ; elle demande un peu de épuisette de pisciculture (pour les imagos) [120€]+
pratique pour débuter. épuisette d’aquariophilie (têtards, larves) [3 à
5 €] , lampe torche [90 €], loupe à main (x10) [15 €],
Temps moyen de collecte (coût) ouvrages de détermination des têtards et larves [27
Par habitat élémentaire ou point (mare, linéaire et 30 €], waders [60 à 100€], jumelles…
de berge…), il convient en moyenne d’estimer à
40 minutes le temps d’application du protocole et
Bibliographie
MIAUD C. & MURATET J., 2004. Identifier les œufs et MURATET J., 2008. Identifier les Amphibiens de
les larves des amphibiens de France. INRA Editions France Métropolitaine. Ed ECODIV, 291 p.
200 p.
75A07
A11 ANALYSE & INTERPRÉTATION FICHES LIÉES P 07 I 11
01
INTEGRITÉ DU PEUPLEMENT D’AMPHIBIENS
Description et principes du protocole
La valeur de l’indice repose sur 3 composantes : pourcentage d’espèces potentielles (ou
• L’indice de diversité de SIMPSON calculé attendues) de la liste de référence figurant
pour chaque placette ; dans les espèces échantillonnées sur le site
• La sténoècie brute, qui correspond au via le protocole.
pourcentage d’espèces de la liste de
référence figurant dans les espèces L’évaluation globale du site est produite par la
échantillonnées sur le site via le protocole ; somme de ces trois paramètres. Elle varie donc
• La stènoécie relative, qui correspond au de 1 à 3 si l’on excepte les points de bonus.
Méthode de calcul
Indice de Simpson et indice de diversité de Cet indice est d’autant plus grand que le
Simpson nombre d’espèces est grand. Et pour un nombre
L’indice de Simpson mesure la probabilité fixé d’espèces, il est d’autant plus grand que la
que deux individus sélectionnés au hasard répartition des fréquences est équitable. Cet
appartiennent à la même espèce : indicateur prend donc en compte les deux
composantes de la diversité spécifique.
D = Σ Ni(Ni-1)/N(N-1)
Ni : nombre d’individus de l’espèce donnée. Il faut noter que cet indice de diversité donne
N : nombre total d’individus. plus de poids aux espèces abondantes qu’aux
espèces rares. Le fait d’ajouter des espèces rares
Cet indice aura une valeur de 0 pour indiquer le à un échantillon ne modifie pratiquement pas la
maximum de diversité et une valeur de 1 pour valeur de l’indice de diversité.
indiquer le minimum de diversité. Dans le but
d’obtenir des valeurs « plus intuitives » et dans Il est calculé pour un site donné en sommant
la logique de la somme des trois paramètres, les indices de Simpson des différentes espèces,
on a préféré l’indice de diversité de Simpson puis transformé en indice de diversité (1-D), les
représenté par 1-D, le maximum de diversité observations des différentes campagnes étant
étant représenté par la valeur 1 et le minimum cumulées lors du calcul de D.
de diversité par la valeur 0.
La sténoècie brute
Cette valeur est obtenue en comparant la liste
des espèces inventoriées sur la zone humide à
l’issue des trois campagnes de terrain et la liste
128A07 ANALYSE & INTERPRÉTATION / Intégrité du peuplement d’amphibiens
A11
Méthode de calcul (Suite)
d’espèces contenues dans la liste de référence pour Pour la comparaison, dans l’onglet “Données sur
le territoire donné (Annexe 2). C’est donc le rapport la répartition”, il ne sera retenu que les couches
entre le nombre d’espèces résultat de la campagne “Distribution de référence” (pour les deux périodes)
de relevés et le nombre d’espèces pour le territoire correspondant aux données de la Société
de la liste de référence (département). Cette valeur Herpétologique de France (SHF).
évolue de 0 à 1 et traduit l’absence d’espèces à La valeur de cette composante de l’indice évolue de
fortes exigences mésologiques jusqu’à la présence 0 à 1 et traduit, plus on se rapproche de 1, la présence
de l’ensemble des espèces sténoèces de la liste. du maximum d’espèces sténoèces possibles dans
notre échantillonnage.
SB = Nb sp capturées / Nb sp liste réf. présente
SR = Nb sp capturées / Nb sp potentielles de la liste
La sténoècie relative réf.
Cette valeur est obtenue en comparant la liste des
espèces inventoriées sur la zone humide et la liste La note globale (Indice d’Intégrité du Peuplement
d’espèces potentielles (ou attendues) de la liste de Amphibiens) est donc
référence. C’est donc le rapport entre le nombre
d’espèces capturées et le nombre d’espèces de la I2PA = (1-D) + SB + SR
liste potentiellement présentes.
Cette liste potentielle est établie sur la base de la NB. : toutes les espèces marquées XX dans la
consultation du site internet de l’INPN (Museum liste de référence trouvées sur une zone humide
National d’Histoire Naturelle) qui représente échantillonnée apportent 0,1 point de bonus au
spatialement la répartition des différentes espèces résultat.
sur une maille de 10 km2.
[http://inpn.mnhn.fr/espece/cd_nom/recherche]
Clés d’interprétation de la note indicatrice
L’I2PA permet en une seule valeur d’intégrer le volet Même si l’objectif n’est pas le classement relatif de
diversité spécifique et contribution des espèces sites entre eux, il est intéressant de montrer que
sténoèces. Il présente un biais pour les sites où sur quelques sites bien connus du programme
aucune espèce sténoèce n’a été trouvée ; dans ce RhoMéO, l’ordonnancement correspond au ressenti
cas de figure, seule la valeur de l’indice de Simpson des gestionnaires. Dans l’hypothèse où les suivis
entre en ligne de compte. auraient été faits la même année, dans une même
région (limitation du biais climatique) et par la
même personne (limitation du biais observateur),
cet indice revêt une signification en termes de
comparaisons inter-sites.
Pour les sites présentant au moins une espèce de
la liste de référence, un mode de représentation
des deux valeurs SB et SR propose de visualiser la
position des sites dans une grille colorimétrique
permettant de juger du positionnement du site
vis-à-vis de ces deux valeurs. Plus la zone humide
est située dans les couleurs bleues, plus l’intégrité
du peuplement amphibien peut être considérée
comme bonne. A l‘inverse, plus le positionnement se
rapproche de l’origine des axes, plus le peuplement
est dégradé.
Ce mode de représentation est intéressant à utiliser
pour rendre compte et analyser les trajectoires
d’évolution d’un site dans le temps.
129A11 ANALYSE & INTERPRÉTATION INTEGRITÉ DU PEUPLEMENT D’AMPHIBIENS (Suite)
FICHES LIÉES P 07 I 11
Clés d’interprétation de la note indicatrice (Suite)
Il peut être intéressant dans l’analyse de au-delà de la moyenne des sites du type et que
contextualiser les sites, c’est-à-dire positionner le site de la Bourbre présente le meilleur indice
les sites étudiés dans la typologie globale et des trois.
ainsi appréhender leur position par rapport à L’indice I2PA est un indice composite qui intègre
un ensemble de sites du même type. En effet, une dimension de diversité biologique et une
il est illusoire de vouloir comparer la valeur de dimension fonctionnelle au travers des espèces
l’I2PA d’un site d’altitude où ne peuvent être sténoèces. La comparaison entre les sites est un
présentes que 3 espèces avec un site de marais exercice périlleux ; elle ne peut se concevoir que
de plaine où une dizaine d’espèces peut être dans le cadre contextualisé pour un même type
présente. de site ou dans le cadre de la représentation SB
Ainsi par exemple, pour les trois sites rattachés / SR qui ne fait intervenir qu’une dimension liée
aux marais et landes humides tourbeuses de aux espèces de la liste de référence.
plaine (10.1), on notera que ces sites se situent
Exemples d’amplitude des valeurs observées
130A11 ANALYSE & INTERPRÉTATION / Intégrité du peuplement d’amphibiens
Exemple d’application
Dans l’exemple fictif ci-ontre, c’est la nouvelle
campagne, 3 ans après le premier passage, qui
révèle l’évolution du peuplement amphibien.
L’interprétation doit alors reposer sur l’évolution
de l’indice de Simpson et l’évolution de la liste
d’espèces sténoéces figurant dans le nouvel
échantillonnage réalisé.
Ainsi, entre les deux campagnes réalisées sur Bas
Chassier l’indice de sténoécie brute a pu évoluer
soit par la découverte d’une nouvelle espèce ou
par le ré-équilibrage des effectifs des différentes
espèces. Dans le cas de la Bourbre, l’interprétation
est similaire avec en plus le fait que la valeur
de la sténoécie relative ait augmenté. Cette
augmentation est le reflet, dans cet exemple
également fictif, de la découverte d’une nouvelle
espèce figurant dans la liste de référence. Ainsi
plus les notes évoluent vers la droite de la figure et
vers la partie haute du graphique plus l’évolution
de l’intégrité du peuplement amphibiens est
favorable.
131ANNEXES 1 : fiches techniques de terrain P07
153ANNEXES 2 : autres outils techniques P07
Liste des habitats amphibiens sur la base de la liste S.F.O
On se réfère ici à une typologie simplifiée issue de la liste des habitats odonatologiques
établie par la S.F.O.
183ANNEXES 2 : autres outils techniques P07
Liste des habitats amphibiens (suite)
184ANNEXES 2 : autres outils techniques A11
Liste de référence amphibiens régionalisée
230LA BOÎTE A OUTILS
RÉALISATION COMITÉ DE RELECTURE
Conservatoire d’espaces naturels de Savoie François CHAMBAUD, Régis DICK, Samuel GOMEZ, Thérèse
COORDINATION ÉDITORIALE PERRIN, Émilie DUHERON, Nathalie FABRE, Rémy CLEMENT
Xavier GAYTE, Delphine DANANCHER, Jérôme PORTERET
CRÉDITS PHOTOS
Stéphane BENCE, Frédéric BIAMINO, Manuel BOURON,
MISE EN PAGE DES FICHES
Frédéric BIAMINO, Jérôme PORTERET François CHAMBAUD, Philippe FREYDIER, Gilles PARIGOT,
GIlles PACHE, Jérôme PORTERET, Agence de l’eau Rhône-
REDACTEURS DES FICHES Mediterranée
INDICATEUR REDACTEURS PRINCIPAUX CONTRIBUTEURS
I01 Jérôme PORTERET (CEN Savoie) Antoni ARDOUIN, Delphine DANANCHER
Héloïse VANDERPERT , Nathalie MOLNAR,
I02 Gilles PACHE (CBNA)
Delphine DANANCHER
I03 Jérôme PORTERET (CEN Savoie) Nathalie MOLNAR, Delphine DANANCHER
I04 Célia RODRIGUEZ (LEHNA, UMR CNRS 5023) Gudrun BORNETTE, Charlotte GRASSET
I05 Stéphane BENCE (CEN PACA) Audrey PICHARD, Yoan BRAUD,
Héloïse VANDERPERT , Nathalie MOLNAR,
I06 Gilles PACHE (CBNA)
Delphine DANANCHER
I07 Célia RODRIGUEZ (LEHNA, UMR CNRS 5023) Gudrun BORNETTE, Hélène BAILLET, Félix VALLIER
Héloïse VANDERPERT, Nathalie MOLNAR,
I08 Gilles PACHE (CBNA)
Delphine DANANCHER
I09 Stéphane BENCE (CEN PACA) Audrey PICHARD, Yoan BRAUD,
Cyrille DELIRY, Beat OERTLI, Pascal DUPONT,
I10 Bernard PONT (RNN Platière)
Cedric VANAPELGHEM, Delphine DANANCHER
I11 Jean-Luc GROSSI (CEN Isère) Delphine DANANCHER, Claude MIAUD
Rémy CLEMENT, Nicolas MIGNOT, Samuel ALLEAUME,
I12 Jerôme PORTERET CEN Savoie)
Alexandre LESCONNEC, Marc ISENMANN
Christian PERENNOU (TDV) Anis GUELMANI, Samuel ALLEAUME,
I13 Jerôme PORTERET (CEN Savoie)
Marc ISENMANN (CBNA) Rémy CLEMENT
ONT PARTICIPE A LA COLLECTE DE DONNÉES
Antoni ARDOUIN Remi COLLAUD Jean-Luc GROSSI Alexis MIKOLAJCZAK
Emeline AUPY Bertrand COTTE Nicolas GUILLERME André MIQUET
Sophie AUVERT Aurélien CULAT Julien GUYONNEAU Nathalie MOLNAR
Bastien AGRON Kelly DEBUF Céline HERVE Frédéric MORA
Emmanuel AMOR Guillaume DELCOURT Perrine JACQUOT Claire MOREAU
Yann BAILLET Marion DEMESSE Laura JAMEAU Gilles PACHE
Bernard BAL C. DEQUEVAUVILLER Philippe JANSSEN Mélanie PARIS
Cécile BARBIER Lucile DESCHAMP Stéphane JAULIN Marion PARROT
Sébastien BARTHEL Nathalie DEWYNTER Remi JULLIAN Benoit PASCAULT
Thérèse BEAUFILS Guillaume DOUCET Mathieu JUTON Rémy PERRIN
Stéphane BENCE Gregoire DURANEL Francis KESSLER Audrey PICHARD
William BERNARD Sylvie DURET Mario KLESCZEWSKI Virginie PIERRON
Luc BETTINELLI Elisabeth FAVRE Clément LECLERC Rémy PONCET
Olivier BILLANT Noémie FORT Thomas LEGLAND Bernard PONT
Fabien BILLAUD Cedric FOUTEL Fabien LEPINE Jéröme PORTERET
Nicolas BIRON Philippe FREYDIER Natacha LEURION PANSIOT Alexis RONDEAU
Véronique BONNET Géraldine GARNIER Dominique LOPEZ-PINOT Yves ROZIER
Virginie BOURGOIN Maxime GAYMARD Laurence MARCHIONINI Déborah RUHLAND
Manuel BOURON Catherine GENIN Roger MARCIAU Nicolas SIMMLER
Romain BOUTELOUP Marianne GEORGET Vincent MARQUANT Bruno TISSOT
Yoan BRAUD Samia GHARET Basile MARTIN Corine TRENTIN
Lionel BUNGE Sebastien GIRARDIN Marilyn MATHIEU Héloise VANDERPERT
Chrystelle CATON Nicolas GORIUS Céline MAZUEZ Anne WOLFF
Kristell CLARY Daniel GRAND Magalie MAZUY
252LE PROGRAMME RhoMéO
STRUCTURES PARTICIPANTES ET PARTENAIRES FINANCIERS
COORDINATION DE BASSIN
Xavier GAYTE MEMBRES DU COMITE TECHNIQUE
Responsables d’axes Autres membres
AGENCE DE L’EAU ou de groupes Samuel ALLEAUME
RHÔNE-MEDITERRANÉE Stéphane BENCE Antoni ARDOUIN
Référents Experts Rémi CLÉMENT Luc BETINELLI
Eric PARENT Claude AMOROS Delphine DANANCHER Thérèse BEAUFILS
Jean-Louis SIMONNOT Bernard BACHASSON Philippe FREYDIER Jaoua CELLE
Francois CHAMBAUD Aurélien BESNARD Sébastien GIRARDIN Émilie DUHERON
Nadine BOSC Bernard ETLICHER Samuel GOMEZ Manon GISBERT
Daniel GERDEAUX Jean-Luc GROSSI Anis GUELMAMI
Patrick GRILLAS Marc ISENMANN
Yves SOUCHON Mario KLESCZEWSKI
Laetitia LERAY
CONCEPTION DES OUTILS DE GESTION
Samuel MAAS
DES DONNÉES Nathalie MOLNAR
Rémy CLEMENT Mathieu BOSSAERT Gilles PACHE
Laurent POULIN Nicolas MIGNOT Christian PERENNOU
GESTION DES DONNÉES Bernard PONT
Rémy CLEMENT Paul HONORE Jérôme PORTERET
Laurent POULIN Marc ISENMANN Lionel QUELIN
Mathieu BOSSAERT Alexandre LESCONNEC Célia RODRIGUEZ
Nicolas MIGNOT Héloïse VANDERPERT
253Ce document est une des productions du programme RhoMéO. Il présente, sous forme de fiches, les méthodes nécessaires à la mise en place de 13 indicateurs de suivi des zones humides testés et validés à l’échelle du bassin Rhône-Méditerranée.
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