LA DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE, CUPIDON, QUÈSACO ? - Webconférence - Jeudi 23 mars 2023 Clémentine BONNIN (SFET) - Margot SABBAGH (IFCE)
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LA DIVERSITÉ GÉNÉTIQUE, CUPIDON, QUÈSACO ? Webconférence – Jeudi 23 mars 2023 Clémentine BONNIN (SFET) – Margot SABBAGH (IFCE) 22/03/2023 1
Sommaire 1.Les différents outils en 2.Gestion raciale 3.Où aller chercher des lien avec la diversité informations? génétique 22/03/2023 2
Pourquoi prendre en compte la diversité génétique dans les croisements? Problème de diversité ne rime pas avec petite race Baisse de la variabilité génétique : Problèmes visibles: baisse du GMQ chez les agneaux, baisse de quantité de lait par lactation chez les vaches laitières Moins de chance de voir un hippodrome Problèmes moins visibles: augmentation des gènes létaux Fertilité: augmentation du temps poulinage- poulinage, baisse du taux de réussite à la première IA …. 22/03/2023 3
De l’importance de connaitre les généalogies ZIG GON ZIG ZAG GON ZAG Mickey Mouse Mickey Mouse Disney Disney 2 fois le même cheval mais pas avec la même information l’un est identifié comme non consanguin alors que l’autre l’est Moins les généalogies sont remplies, moins bonnes sont les estimations des indicateurs de diversité génétique 22/03/2023 4
De l’importance de connaitre les généalogies Profondeur de génération permet d’évaluer la connaissance d’une population et aussi de la généalogie d’un cheval Il s’agit, pour un cheval, % d’ancêtres connus à une génération : ′ à × 100 2 Avec l’exemple précédent: 50% de la seconde génération à gauche et 100% à droite 22/03/2023 5
1. Les différents outils en lien avec la diversité génétique 22/03/2023 6
Prendre en compte la consanguinité Consanguinité résultat de l'accouplement de reproducteurs apparentés Son utilisation peut avoir les conséquences suivantes : • Favorables expression de gènes "intéressants" issus de un ou plusieurs ancêtres ; • Défavorables accumulation dans le génotype de gènes indésirables et leur expression. 22/03/2023 7
Comment visualiser le taux de consanguinité ? Coefficient de consanguinité probabilité qu'un individu Père reçoive des gènes identiques provenant d'un ancêtre commun à ses 2 parents. Cheval consanguin: cheval chez qui on retrouve un même ancêtre chez le père et chez la mère La consanguinité ne se Mère transmet pas d’une génération à l’autre. 22/03/2023 8
Quelques point de repère Lien de parenté entres Consanguinité les deux parents du produit (en %) Aucun ancêtre commun 0.00% Seulement un arrière-grand-parent 0.80% commun Seulement un grand-parent commun 3.13% Deux grands-parents communs 6.25% Quatre grands-parents communs Ou Demi-frère et sœur 12.50% Ou Oncle (tante) et nièce (neveu) Deux parents communs (frère et sœur) 25.00% Ou Parent - Descendant 22/03/2023 9
Et les ancêtres majeurs … Ancêtres Majeurs: • chevaux les plus utilisés comme reproducteurs • responsables d’une proportion élevée des gènes de la population actuelle. • Grâce à eux, on peut évaluer le niveau de diversité génétique d’une race. Lorsque leur utilisation s'est révélée trop importante: • très forte utilisation en insémination artificielle • effectif de la population trop faible, • ils peuvent constituer des goulets d'étranglement. Ce phénomène est observé dans certaines races lorsqu'à un moment donné: • le nombre de reproducteurs utilisés dans la race est faible • lorsque certains reproducteurs ont une production nettement plus élevée que les autres. 22/03/2023 10
Qui peuvent-ils être? Ils peuvent : • être des mâles ou des femelles: Par exemple GIRONDINE chez les SF, qui est entre autre la mère d’ALME • des chevaux anciens ou encore en activité: Par exemple DIAMANT DE SEMILLY chez les SF ou encore ULK D’ETE chez les PFS © Haras de Couvains, Pony Planet 22/03/2023 11
A l’échelle individuelle Les données de la race et les données individuelles sont mises en parallèle DIAMANT DE SEMILLY contribue à © Haras de Semilly • 4,3 % des gènes de la population • 0% des gènes du cheval étudié 22/03/2023 12
Qu’est ce que la composition raciale? Taux de chaque race dont est constitué un individu Calcul fait sur la race des plus vieux ancêtres enregistrés pour chaque cheval New- Forest Connemara Welsh Welsh PFS ONC ONC Arabe Connemara Poney Selle Etranger Utile particulièrement pour les Stud-books ouverts ou pour les Stud-books de croisement 22/03/2023 13
2.Gestion raciale 22/03/2023 14
Les indicateurs à l’échelle de la race Evolution consanguinité Taux de consanguinité moyen 7 6 Consanguinité 5 • consanguinité moyenne de la race 4 3 • taux d’accroissement 2 1 0 POT ANBO APRO CAST COMT BR PER MER BOUL APY TDN LAND AGNB AN VER CAM ARD COBND BDP AUX ACO POIT HEN AUV CC ANC Originalité Coefficient d’originalité qui prend en compte : Consanguinité 2017 Consanguinité 2021 • la composition en ancêtre majeurs • la contribution de chaque ancêtre au patrimoine génétique de la race Diffusion • Nombre de juments par étalon © Françoise Masson • Nombre de produits reproducteurs • Vitesse du renouvellement 22/03/2023 15
Les outils collectifs de l’organisme de sélection Dès les années 70 • Plans de conservation pour les populations à faible effectif • Plans rotatifs, conservatoires de jeunes mâles… Aujourd’hui • Basés sur l’étude des généalogies • Repose sur la base de données de SIRE Demain • Insémination animale et diffusion de la génétique • Développement de la génomique ! © ANCVB 22/03/2023 16
3.Où aller chercher des informations 22/03/2023 17
Où trouver les informations sur la diversité génétique? www.ifce.fr dans la rubrique Infos Chevaux Sur la fiche de chaque équidé (sauf les ONC) 22/03/2023 18
Où trouver les informations sur la diversité génétique? 22/03/2023 19
Qui trouver dans Info Chevaux? Tout cheval né en France On remonte le plus loin possible dans les généalogies Les chevaux étrangers présents / qui ont été présents sur le territoire. on complète 2,5 générations dans la base SIRE 22/03/2023 20
Des informations sur les croisements à naitre 22/03/2023 21
Des informations sur les croisements à naitre reproducteurs Rappel des Résultat du croisement Race à laquelle le produit est inscriptible 22/03/2023 22
Sur Cupidon • Outil racial • En ligne • Gratuit • Actuellement mis à disposition des organismes de sélection qui adhèrent à la SFET https://cupidon.sfet.fr/ • Nécessite un identifiant SIRE pour se connecter Permet d’identifier : -vos juments (calculs personnalisés) -votre emplacement (carte des étalons) • Contact : cupidon@sfet.fr 22/03/2023 23
Sur Cupidon Rubrique «mes demandes de calcul» > sélectionner la jument > on vous prévient par mail lorsque l’ordinateur a terminé le calcul Choisir votre étalon en 3 étapes : -bilan de carrière de la jument -recommandation Cupidon (vous rapprocher de l’organisme de sélection pour plus de détails) -originalité… et vos critères personnels ! 22/03/2023 24
Sur Cupidon 22/03/2023 25
Sur Cupidon 22/03/2023 26
Sur Cupidon Rubrique «mes demandes de calcul» > sélectionner la jument > on vous prévient par mail lorsque l’ordinateur a terminé le calcul Votre étalon en 3 étapes : -bilan de carrière de la jument -recommandation Cupidon (vous rapprocher de l’organisme de sélection pour plus de détails) -originalité… et vos critères personnels ! 22/03/2023 27
Sur Cupidon Rubrique «mes demandes de calcul» > sélectionner la jument > on vous prévient par mail lorsque l’ordinateur a terminé le calcul Votre étalon en 3 étapes : -bilan de carrière de la jument -recommandation Cupidon (vous rapprocher de l’organisme de sélection pour plus de détails) -originalité… et vos critères personnels ! 22/03/2023 28
Attention aux bases contributives Existence de nombreuses base contributives • N’importe qui peut créer un cheval • Aucun contrôle dans les généalogies Certains résultats sont loin de la réalité 22/03/2023 29
Il est important de bien connaitre les généalogies pour travailler sur la diversité génétique De nombreux outils sont facilement accessibles et utilisables par tous Cupidon est l’outil dédié aux races de la SFET, un outil très clair et personnalisable 22/03/2023 30
Les prochaines webconférences : Attelage : bien choisir et régler son embouchure - 28 mars 2023 à 11h30 - Fabrice Martin Équidés et propriété – vos questions fréquentes - 6 avril 2023 à 11h30 - Laurie Bessette À la rencontre des centres antipoison vétérinaires - 11 avril à 11h30 - Ameline Azam La variabilité génétique est sur équipédia: https://equipedia.ifce.fr/elevage-et-entretien/elevage/variabilite- genetique www.equipedia.ifce.fr 22/03/2023 31
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