PLATEFORME ESA : EXEMPLE DE LA SURVEILLANCE DES VIRUS INFLUENZA PORCINS - Laure Dommergues, La Coopération agricole Gaëlle Simon, Anses

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PLATEFORME ESA : EXEMPLE DE LA SURVEILLANCE DES VIRUS INFLUENZA PORCINS - Laure Dommergues, La Coopération agricole Gaëlle Simon, Anses
PLATEFORME ESA : EXEMPLE DE LA
  SURVEILLANCE DES VIRUS INFLUENZA
  PORCINS

  Laure Dommergues, La Coopération agricole
  Gaëlle Simon, Anses

Les Plateformes d’épidémiosurveillance        1   22/03/2022
Problématiques liées à la grippe chez le porc

   Santé Animale                                             Santé Publique
✓ Bien-être, performances, usage de                ✓ Zoonose
   médicaments, persistance dans certains
   élevages                                        ✓ Gravité similaire à la grippe saisonnière, +
                                                     fréquent pour les personnes travaillant au
✓ Zoonose inverse                                    contact des porcs

✓ Co-circulations de plusieurs sous-types viraux   ✓ Risque pandémique
   → émergences de nouveaux virus réassortants

  Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                       2        22/03/2022
A l’origine de la surveillance

 • 2009 : pandémie à virus influenza A multi-réassortant d’origine porcine
      Virus H1N1pdm jamais détecté chez le porc avant d’émerger chez l’Homme
      Défaut de surveillance
      OIE/FAO/OMS : appel à une meilleure surveillance des virus influenza porcins
      Création du Laboratoire National de Référence Influenza Porcin à l’Anses

  Regroupement des acteurs de la santé animale en France

 • 2011 : Résavip opérationnel
 • 2013 : Appui de la plateforme ESA

                                                              Réseau national de surveillance
            Le tout sans contrainte règlementaire
                                                              des virus influenza A chez le porc

Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                           3      22/03/2022
Objectifs du réseau

                                                  Améliorer les connaissances virologiques
                                                           et épidémiologiques
           Décrire la diversité et la
       dynamique des virus influenza A              Être réactif pour une action ciblée si
       circulant chez le porc en France                           nécessaire
               métropolitaine
                                                     Orienter les travaux de recherche

Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                                       4   22/03/2022
Un dispositif de surveillance évènementielle

                                         • Dans les élevages, chaque année
                                             • 70 vétérinaires bénévoles
                                             • 300 visites d’élevages (avec signes cliniques sur les
                                                porcs)
                                         • En région
                                             • Animateurs régionaux
                                             • Laboratoires agréés (diagnostic de 1ère intention)
                                         • Au niveau national
                                             • Coordination du réseau par LCA
                                             • Analyses de 2ème intention au LNR IP pour identifier
                                                les virus détectés
                                             • Financement des analyses de 1ère intention par
                                                l’Etat

Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                             5       22/03/2022
Résavip dans la plateforme ESA :
le Groupe de Suivi Virus Influenza Porcins

• Groupe de travail multidisciplinaire

                                           Aider Résavip à atteindre ses objectifs

                                          Proposer des évolutions de fonctionnement
                                           (validation nécessaire par le Copil ESA)
                                          Validation technique et scientifique des contenus
                                          Organisation d’évènements au nom de Résavip
                                           → diffusion d’information

Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                          6      22/03/2022
Le LNR Influenza Porcin, Unité Virologie Immunologie Porcines (UVIP)
Anses-Ploufragan, au cœur de la surveillance

                        Epidémiosurveillance                                                      Recherche
              Identification des virus    (2ème
                                           intention)                            Caractérisations approfondies (3ème intention)
              + Analyses des données de virologie et                                           Evolutions virales
                          d’épidémiologie                                              Transmissions intra-/inter-espèce
                  Bilans nationaux multi-sources                                         Interactions hôte-pathogène
                       Enquêtes sérologiques                                             Complexe Respiratoire Porcin

                                                              Expertise
                                                        Réseaux internationaux

                                 Référence
                   Réseau de laboratoires agréés                                              Développement
                  Contrôles de réactifs & matériaux                                         Outils de diagnostic
                   Appui scientifique & technique                                        Méthodes pour la recherche

 Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                                                       7        22/03/2022
Suivi des évolutions virales en aval de la surveillance
diversité virale croissante et transmissions inter-espèces
                                                                                                                                                            H1N1
                                                                                           H1N1pdm             H1avN2 #E                        HA
                                                                                                                                                            H1N2
                                                                                                                                                NA
                                                                                                                                                            H3N2

                                                                                                                                           swIAV = virus à ARN segmenté
                                                                                                                                           Dérives antigéniques
                      pandémie                                                                                                             Réassortiments génétiques

                                       H1N1pdm                                                                    H1avN2 #E
             H1avN1
             H1huN2
                                                       H1huN2v
                                                                                                                                                         ??
             H1avN2                                                   H3N2
                                                                                                                        H1avN2#E, A, B
             H1huN1                                                                           H1avN2#F
                                                                             H1avN2#E                                  H1avN1#A, B, C, D
                                                                                                                         H1huN2#A, C
                                             H1avN1 #A, B, C, D
 Evolutions virales in situ                                                       Réassortants avec gènes du            H1N1pdm#A, B
                                              H1huN2 #A, B, C
  2 lignages enzootiques                                                                  H1N1pdm                        H1pdmN1#A, B
                                           H1avN2 #A, B, C, D, E, F
        4 génotypes                                                                                                        H1pdmN2          Nouveau virus majoritaire
                                                  H1huN1
                                                                   Co-infections,  Réassortiments                       H3N2#A, B                 Evolutions ?
                                                H1N1pdm
                                                               Evolutions virales in situ + importations                                     X ? lignages enzootiques
                                                 H1pdmN1
                                                                       3 lignages enzootiques                                                      X ? génotypes
                                                   H3N2
                                                                            17 génotypes

  Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                                                                                             8         22/03/2022
Surveillance des swIAV au service de la
Santé Publique - infection zoonotique
                                                                                                H1avN2 #E
✓ Août 2021, un patient en réanimation
  SARS-CoV-2 négatif ; IAV positif mais sous-type indéterminé
  > séquençage au Centre National de Référence des virus respiratoires (CNR)

✓ Virus A/H1N2v (humain) très proche du virus H1avN2 #E (porcin) préalablement identifié par le LNR IP
  Informations virologiques, épidémiologiques et diagnostiques fournies au CNR et à Santé Publique France
  (SPF)
  Exposition supposée : intervention ponctuelle dans un élevage 4 jours avant le début des symptômes

✓ Enquêtes épidémiologiques
  - chez l’Homme (SPF/CNR) : personnes co-exposées et contacts > pas de transmission inter-humaine
  - dans l’élevage incriminé (Anses) : passage d’un virus H1avN2 #E à une période incluant la date d’exposition

✓ Infection zoonotique au sein d’un élevage contaminé sans expression clinique chez les porcs
  Signalements à l’OMS et l’ECDC (CNR/SPF) et au réseau OFFLU (OIE/FAO) (LNR)

 Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                                     9           22/03/2022
Conséquences immédiates de l’infection
 zoonotique
✓ Révision des questionnaires relatifs aux expositions aux animaux en cas de suspicion de grippe
  zoonotique (SPF)
✓ Information de la filière porcine et de Résavip en amont du communiqué de presse de l’Agence
  Régionale de Santé (DGAl, LNR IP)
✓ Saisines conjointes DGAl-DGS
  - vers la e HCSP et la HAS : EPI, définition et prise en charge des cas d’infections zoonotiques,
  vaccination
  - vers l’Anses : évaluation des risques pour la santé animale et pour la santé publique

            Faire évoluer le fonctionnement de Résavip?
    ✓ Renforcer l’implication des laboratoires vétérinaires via la réalisation des analyses de 2ème intention
    ✓ Nécessité de réaliser des analyses de 3ème intention pour caractériser les virus identifiés
    ✓ Renforcer les échanges avec les acteurs de la surveillance de la grippe chez l’Homme

  Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                                       10       22/03/2022
Conclusion
• Points forts
     ✓ Objectifs de Résavip atteints : connaissances ↗, communication au sein de la
       filière
     ✓ Ancrage de Résavip sur le terrain en élevage : réseau mobilisable
     ✓ Plus de 10 ans de fonctionnement malgré l’absence de contrainte réglementaire

• Pistes d’amélioration
     ✓ Définition de critères d’alerte vis-à-vis d’un virus influenza porcin émergent
       pouvant constituer un nouveau danger pour la santé animale et/ou la santé
       publique
     ✓ Poursuivre le rapprochement entre SPF et le GS-VIP
     ✓ Identifier des modalités de financement pérennes du dispositif

 Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                 11     22/03/2022
Remerciements
       GS-VIP                              Céline Dupuy

                                                             Séverine Hervé
                                                             Nicolas Rose
                                                             Gaëlle Simon

Laure Dommergues
                                                              Emmanuel Garin
                                                                               Et
                                                                               1911 éleveurs
Olivier Toulouse
                                                                               171 vétérinaires bénévoles
                                                          Sébastien Wendling   16 animateurs régionaux
     Alexandra Grasteau                                                        8 laboratoires agréés
                                                                               1 laboratoire de référence

  Les Plateformes d’épidémiosurveillance                                                    12    22/03/2022
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