La lettre MODCOV19 - CNRS
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La lettre MODCOV19
3 avril 2020
Éditorial
Appels à projets
Appels à publication
Offres de ressources
Sources de données
Ressources pédagogiques ou d’(auto-)formation
Éditorial
Chères et chers collègues,
Vous avez souhaité rejoindre la plateforme d’expertes et experts en modélisation
autour de covid-19. À ce titre, vous êtes inscrits à la liste de diffusion
modelisation_covid@math.cnrs.fr
Comment marche cette liste
Cette liste est de type newsletter, elle vous permettra de recevoir de l’information. En
particulier, il ne vous est pas possible d’écrire à l’ensemble des membres de la liste.
Recevoir de l’information
L’Insmi va collecter et organiser les informations suivantes autour de covid-19 :
• Appel à projets ;
• Appels à compétences ;
• Offre de moyens ;
• Offres de collaborations ;
• Sources de données.
Cette information sera transmise à la liste, non en flot continu mais sous forme de
cette lettre.
Partager de l’information
Vous pouvez proposer à covid@math.cnrs.fr des informations qui pourront être
reprises dans la lettre d’information.
• Vos offres de collaboration. Vous travaillez dans un domaine et avez en tête
un projet, en plus de vos compétences, ce projet nécessite des compétences
que vous n’avez pas ? Proposez des sujets de collaboration.
• Les appels à projets, à compétences. Ne transmettez que les offres de
moyens, appels à projets ou à compétences dont vous êtes responsables,n’hésitez pas à demander aux responsables de tels appels de nous les
transmettre.
Qui est dans le comité de coordination ?
• Vincent Bansaye, professeur chargé de cours à l’École polytechnique,
membre du CMAP, http://www.cmap.polytechnique.fr/~bansaye/
• Antoine Chambaz, professeur à l’université de Paris, directeur de la fédération
parisienne de modélisation mathématique, membre du MAP5,
http://helios.mi.parisdescartes.fr/~chambaz/
• Florence Débarre, chargée de recherche CNRS affectée à l’institut d’écologie
et des sciences de l’environnement de Paris
https://www.normalesup.org/~fdebarre/
• Jean-Stéphane Dhersin, directeur adjoint scientifique de l’institut national des
sciences mathématiques et de leurs interactions (Insmi) en charge des
affaires européennes et des relations internationales, chargé par l’Insmi de la
mise en place de cette plateforme https://www.math.univ-paris13.fr/~dhersin/
• Anselme Le Texier, secrétaire gestionnaire de l’Insmi
• Mylène Maïda, professeure à l’université de Lille, membre du laboratoire Paul
Painlevé http://math.univ-lille1.fr/~maida/
• Françoise Praz, directrice de recherche CNRS chargée de mission pour les
relations biologie-santé-médecine à l’institut des sciences biologiques du
CNRS, https://www.crsa.fr/praz-francoise.html
• Emmanuel Royer, directeur adjoint scientifique de l’Insmi en charge de la
communication, des unités de service, des sociétés savantes, de la parité, de
l’enseignement http://lmbp.uca.fr/~royer/
• Amandine Véber, chargée de recherche CNRS affectée au CMAP,
http://www.cmap.polytechnique.fr/~veber/
• Elisabeta Vergu, directrice de recherche INRAe affectée à l’unité
Mathématiques et informatique appliquées du génome à l’environnement
http://maiage.jouy.inra.fr/?q=fr/evergu
Cette lettre est exceptionnellement longue, les prochaines seront plus courtes.
Appels à projets
PSPC Covid-19
L’appel à projets structurants pour la compétitivité spécifique à la crise sanitaire
COVID-19, opéré par Bpifrance, a pour objet de soutenir financièrement des travaux
de R&D, associant des industriels et leurs partenaires publics, d’un montant
significatif supérieur à 4 M€ et pouvant atteindre, voire dépasser, 50 M€, dans le
cadre de la lutte contre l'épidémie de Covid-19.
Les projets attendus doivent viser le développement de solutions thérapeutiques à
visée préventive ou curative et comprendre des essais cliniques sur le sol français ;
La réalisation de ces projets peut comporter des phases de recherche industrielle et
de développement expérimental, préalables à la mise sur le marché ;
Des retombées économiques et technologiques directes des projets, sous forme de
nouveaux produits, services et technologies, sont attendues.
Date limite : 31/09/2020.Lien vers l’appel : https://www.bpifrance.fr/A-la-une/Appels-a-projets- concours/PSPC-COVID-19-49161 Recherches sur le Covid dans les pays du Sud Pour soutenir en urgence la recherche sur le Covid-19 dans les pays à ressources limitées, l’Agence nationale de recherche sur le sida et les hépatites virales ouvre un appel à projets exceptionnel Covid-19 Sud. Les projets peuvent concerner la recherche fondamentale, vaccinale, clinique, en santé publique ou en SHS. Date limite : 13/04/2020 Lien vers l’appel : http://www.anrs.fr/fr/presse/communiques-de-presse/695/covid-19- lanrs-lance-un-appel-projets-flash-dedie-aux-recherches Appels à publication La revue de la SMAI Mathematical Modelling of Natural Phenomena, revue en accès ouvert diamant, lance un numéro thématique Coronavirus: scientific insights and societal aspects sur la modélisation de la pandémie de COVID-19 et toute question de modélisation, analyse mathématique, simulations et collecte de données permettant de répondre à des problèmes liés à la pandémie actuelle. Lien vers l’appel : https://www.mmnp-journal.org/component/content/article/9- news/243-call-for-papers-coronavirus-scientific-insights-and-societal-aspects-march- 2020 Offres de ressources PRACE : ressources numériques Le Partnership for Advanced Computing in Europe (PRACE) encourage les propositions de projets demandant des ressources informatiques pour contribuer à l'atténuation de l'impact de la pandémie COVID-19. Ceci s'applique, sans être exhaustif, aux thèmes suivants : Recherche biomoléculaire pour comprendre les mécanismes de l'infection virale ; Recherche en bio-informatique pour comprendre les mutations, l'évolution, etc. Bio-simulations pour développer des thérapeutiques et / ou des vaccins ; Analyse épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie ; Autres analyses pour comprendre et atténuer l'impact de la pandémie Lien vers l’appel : https://prace-ri.eu/prace-support-to-mitigate-impact-of-covid-19- pandemic/ GENCI : ressources numériques Dans le cadre des efforts de recherche menés au niveau national pour endiguer l’épidémie de Covid19, GENCI met à disposition des chercheurs académiques et
industriels français ses moyens de calcul et de stockage pour leurs travaux de modélisation/simulation, traitement de données et usage de l’intelligence artificielle. Cela s'applique notamment à la recherche au niveau moléculaire pour comprendre les mécanismes utilisés par le virus et développer des vaccins et des thérapies, à la recherche épidémiologique pour comprendre et prévoir la propagation de la maladie, et à d'autres approches connexes visant à comprendre et à stopper la pandémie. La proposition porte sur l'utilisation immédiate des ressources de GENCI mais aussi l’accompagnement d’équipes de support. Lien : http://www.genci.fr/fr/node/1036 Linkage : un algorithme d’IA statistique d’analyse des réseaux de communication Développé au laboratoire MAP5 (CNRS & université de Paris) par Pierre Latouche, ce logiciel permet d’analyser le contenu de toutes les publications liées à une thématique sur les plateformes PUBMED, ARXIV ou HAL. En particulier, il offre la possibilité d’identifier de manière claire les différentes équipes travaillant dans le monde sur ce sujet et leurs spécialités. Les applications sont multiples. Linkage permet notamment de se mettre en relation avec des équipes spécialisées et / ou de suivre les résultats produits par les autres équipes. L’outil est disponible librement pour le secteur public sur http://linkage.fr. Il suffit de s’enregistrer puis d’aller dans l’onglet « Co-authorship network » et faire une requête sur PubMed (limité aux 10 000 derniers articles sur le sujet, limite fixée par l’API PubMed). Sources de données Recherche rapide sur arXiv arXiv a mis un place le 30 mars une recherche rapide sur les preprints concernant le covid19 avec liens externes vers medRxiv et bioRxiv : https://blogs.cornell.edu/arxiv/2020/03/30/new-covid-19-quick-search/ Institut national d’études démographiques Des données de décès par sexe et âge sont fournies pour l’Allemagne, l’Espagne, la France, et l’Italie (d’autres pays seront ajoutés prochainement). Ces données sont issues des statistiques officielles délivrées quotidiennement par les pays. Lien vers le site : https://dc-covid.site.ined.fr/fr/ Réseau covid-19 imagerie SFR Recueil épidémiologique des examens d'imagerie médicale au cours de cette crise du COVID. Réseau de 355 centres en France, Belgique, Suisse, Maghreb… Projet coordonné par Guillaume Herpe et Mathieu Naudin (CHU de Poitiers - laboratoire commun CNRS – Siemens Healthineers - équipe DACTIM-MIS, LMA UMR7348). Informations : https://bit.ly/2R6wSbC
Lits en unités de soins intensifs ICUBAM fournit des informations en temps réel sur la disponibilité des lits en unité de soins intensifs (USI) dans les hôpitaux français. Les données sont directement obtenues des médecins travaillant en USI. Les données sont collectées sur des serveurs Inria par Julie Josse (CMAP). Lien vers le site : https://icubam.github.io Occitanie Data Occitanie Data rassemble des acteurs académiques, des industriels, des institutions publiques, des collectivités territoriales. Son travail consiste à définir un cadre de confiance éthique et souverain pour faciliter le partage de données entre acteurs variés. Les membres d'Occitanie Data sont producteurs de beaucoup de données, notamment dans le domaine environnemental (qui a un impact sur la pandémie actuelle, mais semble peu étudié à ce jour), ou dans le domaine de la localisation. Occitanie Data peut étudier, sans garantie, la possibilité de partage de données. Contact : bertrand@monthubert.net Tableau de bord Johns Hopkins University Lien vers le site : https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19 Regroupement par Worldometer de données éparses provenant de diverses sources Worldometer est géré par une équipe internationale de développeurs et développeuses, de chercheurs et chercheuses et de volontaires dans le but de rendre les statistiques mondiales disponibles dans un format stimulant et pertinent pour un large public à travers le monde. Il est publié par une petite société de médias numériques indépendante basée aux États-Unis. Lien vers le site : https://www.worldometers.info/coronavirus/covid-19-testing/ Bilans européens Bilan par le European Centre for Disease Prevention and Control Lien vers le site : https://www.ecdc.europa.eu/en/cases-2019-ncov-eueea MIDAS : compilation d’estimation de paramètres, sourcées Lien vers le site : https://github.com/midas-network/COVID- 19/tree/master/parameter_estimates/2019_novel_coronavirus Santé publique France (source officielle) Lien vers le site : https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-a-lepidemie- du-covid-19/ Crowd-sourced French data Effort collaboratif de consolidation de données. Source officieuse mais qui a été reprise par Santé Publique France (leurs tableaux de bord avec les cartes) Lien vers le site : https://github.com/opencovid19-fr/data Tableau de bord par la société ESRI Lien vers le site : https://mapthenews.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/5e09dff7cb43 4fb194e22261689e2887
Données italiennes officielles : Presidenza del Consiglio dei Ministri - Dipartimento della Protezione Civile Lien vers le site : https://github.com/pcm-dpc/COVID-19 Données coréennes officielles : KCDC Lien vers le site : https://www.cdc.go.kr/board/board.es?mid=a30402000000&bid=0030 Ressources pédagogiques ou d’(auto-)formation Éclairage sur les résultats d'une modélisation L'unité Biostatistique et processus spatiaux de l’Inra (BioSP ; https://informatique- mia.inra.fr/biosp/) propose un éclairage sur les résultats d'une modélisation SIR mécanistico-statistique pour l'estimation du nombre d'infectés et du taux de mortalité par COVID-19 : https://informatique-mia.inra.fr/biosp/COVID-19 Séminaire épidémiologie/évolution L'équipe des séminaires d'écologie et d'évolution de Montpellier a mis en ligne les présentations de spécialistes en épidémiologie/évolution. Mircea Sofonea a parlé de l'estimation des paramètres épidémiologiques de la diffusion du virus, Nicolas Bierne a parlé de l'épidémiologie génomique du SARS- CoV-2 et Sylvain Gandon a parlé de l'épidémiologie et de l'évolution du SARS-CoV- 2. Exposés : https://www.youtube.com/watch?v=OuiFUWko3yQ Questions/réponses : https://docs.google.com/document/d/1OOZY_4VmrLZvDioUNBTuxUMS_x8u1CwmB aXuz5kSJKQ/edit
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