MICROBIOLOGIE COURS Pasteur - PROGRAMME Année universitaire 2018-2019 - Pasteur.fr
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COURS Pasteur
MICROBIOLOGIE
PROGRAMME
Année universitaire 2018-2019
Cours de
MICROBIOLOGIE
2018-2019
CENTRE D’ENSEIGNEMENT de l’INSTITUT PASTEUR
28, rue du Docteur Roux
75724 PARIS Cedex 15
Directeurs du Cours
Françoise NOREL-BOZOUKLIAN
Christophe BELOIN
Cheffe de Travaux Pratiques
Ingrid GUILVOUT
PRESENTATION DU COURS Cette formation à la recherche en microbiologie présente les avancées les plus récentes en microbiologie moléculaire et cellulaire à travers des conférences, des travaux pratiques et des sessions de discussions organisés en quatre modules de 2 semaines. Cycle de conférences Programme scientifique et encadrement : Françoise Norel et Christophe Beloin (Institut Pasteur) Cet enseignement en anglais comporte, d'une part, des conférences ayant pour but d'actualiser les connaissances des participants sur les différents domaines de la microbiologie procaryote et eucaryote et d'autre part, des conférences et tables rondes plus spécialisées sur des thématiques en plein essor et les nouveaux outils permettant leur développement. Travaux pratiques sur la biodiversité des communautés aquatiques microbiennes Programme scientifique et encadrement : Julie Leloup (UPMC, Institut de l’Ecologie et des Sciences de l’Environnement, Paris) L'objectif de ces travaux pratiques est de présenter et mettre en oeuvre différentes approches méthodologiques utilisées dans l'étude comparée de la diversité de communautés microbiennes (cytométrie de flux, bactériologie, biologie moléculaire, spectrométrie de masse et bio-informatique). Une journée est organisée sur le site de Foljuif près de Nemours, afin d’effectuer des prélèvements de différents écosystèmes aquatiques qui seront ensuite analysés. Ce site est une base d’enseignement et de recherche de l’ENS (Ecole Normale Supérieure), qui abrite des expérimentations de terrain et des laboratoires en Ecologie (CEREEP-Ecotron IleDeFrance ENS/CNRS) http://www.foljuif.ens.fr/index.php
Travaux pratiques sur les Archées : Aperçu de la biologie de leurs éléments génétiques mobiles Programme scientifique et encadrement: Unité Biologie Moléculaire du Gène Chez les Extrêmophiles dirigée par Patrick Forterre (Institut Pasteur) https://research.pasteur.fr/fr/team/molecular-biology-of-gene-in-extremophiles/ Ce module comprendra trois parties. Premièrement, les participants se familiariseront avec le cycle infectieux du virus SIRV2 infectant l'archée hyperthermophile Sulfolobus islandicus. Deuxièmement, ils effectueront la mutagenèse dirigée d'une protéine virale qui forme des pyramides heptagonales à la surface de l'hôte. À la fin du cycle infectieux, les faces de ces pyramides s'écartent, laissant le passage pour la sortie des virions. Les mutants seront testés pour leur capacité à former des pyramides dans une souche de Escherichia coli recombinante. Troisièmement, les participants étudieront la spécificité de l'intégrase de casposon Cas1. Les casposons sont des éléments génétiques mobiles qui incluent un gène codant une intégrase dénommée Cas1, présentant des similitudes dans sa séquence et son mode d'action avec l'enzyme homonyme responsable de l'intégration de nouveaux spacers dans le système CRISPR. In vitro, l'intégration de casposons a lieu préférentiellement au niveau d'une séquence cible d'un vingtaine de nucléotides, qui se retrouve dupliquée à la fin du processus. Afin de déterminer quels nucléotides sont responsables de la spécificité d'intégration, des plasmides comprenant divers variants de la séquence cible seront construits et testés pour leur capacité à servir de cibles efficaces. Image colorisée d'un pore formé par l'ouverture d'une pyramide à 7 faces générée lors de l'infection de S. islandicus par SIRV2.
Travaux pratiques sur un nouveau mécanisme de transfert d’ADN récemment décrit chez Mycobacterium smegmatis Programme scientifique et encadrement: Unité Pathogénomique Mycobactérienne Intégrée dirigée par Roland Brosch (Institut Pasteur) https://research.pasteur.fr/fr/team/integrated-mycobacterial-pathogenomics/ Au cours de ces travaux pratiques, les étudiants seront sensibilisés à un nouveau type de transfert d’ADN présent chez les mycobactéries, aux mécanismes encore obscurs, qui s’apparente à la conjugaison. Le transfert génétique via conjugaison a été relativement peu étudié chez les mycobactéries malgré leur abondance dans l’environnement et la présence en leur sein de pathogènes majeurs de l’homme, tel Mycobacterium tuberculosis, l’agent étiologique de la tuberculose, ou Mycobacterium leprae, agent de la lèpre. Des études récentes ont mis en évidence un mécanisme de transfert d’ADN chez les mycobactéries ayant pu avoir un rôle déterminant dans leur évolution. Au cours de ce TP, ce transfert sera étudié entre 2 souches de Mycobacterium smegmatis, l’une « donneuse » l’autre « receveuse ». M. smegmatis est une espèce non-pathogène utilisée comme modèle pour l’étude des mécanismes génétiques chez les mycobactéries. Grâce à diverses approches expérimentales (de bactériologie et de biologie moléculaire) nous explorerons différentes conditions de conjugaison pour lesquelles nous évaluerons l’efficacité du transfert d’ADN. Les « recombinants » générés seront caractérisés et ce, jusqu’au niveau génomique via une analyse comparée basée sur un séquençage à haut débit.
PROGRAMME DU MODULE I
COURS DE MICROBIOLOGIE 2018-2019
- 1ère Semaine -
Lundi 03 Septembre 2018
9:30 - 10:45 Accueil des Participants - Formalités Secrétariat de la Scolarité
administratives – Introduction Françoise NOREL-BOZOUKLIAN
Christophe BELOIN
Ingrid GUILVOUT
Isabelle LEQUEUTRE
(Institut Pasteur – 75 Paris)
11:00 - 12:30 Candida albicans, a versatile fungal pathogen Christophe D’ENFERT
(Institut Pasteur – 75 Paris)
14:00 - 15:30 A glance at malaria Robert MENARD
(Institut Pasteur – 75 Paris)
15:45 - 17:15 The peptidoglycan as a signaling molecule in the host Ivo BONECA
during homeostasis, disease, and dysbiosis (Institut Pasteur – 75 Paris)
Mardi 04 Septembre 2018
9:00 - 10:30 Recherche partenariale et transfert Karine MIGNON GODEFROY
de technologies (Institut Pasteur – 75 Paris)
Propriété intellectuelle Corinne SARRAZIN
(Institut Pasteur – 75 Paris)
10:45 - 12:15 RNA turnover and post-transcriptional regulation in Ciaran CONDON
Gram-positive bacteria (IBPC – 75 PARIS)
14:00 - 15:30 How a pathogen infects both host and vector Florent SEBBANE
and produces a transmissible (Institut Pasteur Lille – 59 Lille)
infection: the example of Yersinia pestis
15:45 - 17:15 Bacteriophages, a solution to antibiotics crisis? Laurent DEBARBIEUX
(Institut Pasteur – 75 Paris)Mercredi 05 Septembre 2018
9:00 - 10:30 Antigenic variation in African Trypanosomes Lucy GLOVER
(Institut Pasteur – 75 Paris)
10:45 - 12:15 The gastric pathogen Helicobacter pylori : Hilde DE REUSE
persistent colonizer of a hostile niche (Institut Pasteur – 75 Paris)
14:00 - 15:30 Breaking the Barrier Between Commensalism Eric OSWALD
and Pathogenicity (INSERM – 31 Toulouse)
15:45 - 17:15 From Bench to bed and vice versa: Claire POYART
Towards the prevention of Group B (Institut Cochin,INSERM 1016–75 Paris)
streptococcus neonatal meningitis
Jeudi 06 Septembre 2018
9:00 - 10:30 Bacteria with multiple chromosomes: Didier MAZEL
genome organization and replication (Institut Pasteur – 75 Paris)
pattern control
10:45 - 12:15 The type II secretion system or how bacteria Romé VOULHOUX
secrete large folded effectors (IMM – 13 Marseille)
14:00 - 15:30 Toxin-antitoxin systems: diversity of Laurence VAN MELDEREN
toxin activities (IBMM_ULB – Bruxelles)
15:45 - 17:15 The type VI secretion system : Alain FILLOUX
a bacterial killing machine (Imperial College – Londres)
Vendredi 07 Septembre 2018
9:00 - 10:30 CRISPR: from a prokaryotic immune system to David BIKARD
biotechnological tools (Institut Pasteur – 75 Paris)
10:45 - 12:15 Metabolism-dependent regulation of virulence factors Bruno DUPUY
in Clostridium difficile (Institut Pasteur – 75 Paris)
14:00 - 15:30 A social microbe to understand the molecular basis Tâm MIGNOT
of multicellularity (IMM – 13 Marseille)
15:45 - 17:15 Antibiotic and metals; new facts to an old story Frédéric BARRAS
(Institut Pasteur – 75 Paris)COURS DE MICROBIOLOGIE 2018-2019
- 2ème Semaine -
Lundi 10 Septembre 2018
9:00 - 10:30 Evolutionary genomics of antibiotic resistance Philippe GLASER
(Institut Pasteur – 75 Paris)
10:45 - 12:15 The wonderful world of viruses of Archaea David PRANGISHVILI
(Institut Pasteur – 75 Paris)
14:00 - 15:30 Molecular mechanisms of horizontal gene Rémi FRONZES
transfer in bacteria (IECB - Univ. Bordeaux – 33 Bordeaux)
15:45 - 17:15 Pathogens, microbiota and host: an Philippe SANSONETTI
indissociable paradigm (Institut Pasteur – 75 Paris)
Mardi 11 Septembre 2018
9:00 - 10:30 Functions promoting the rise and fall of Jean-Marc GHIGO
bacterial biofilms (Institut Pasteur – 75 Paris)
10:45 - 12:15 The many roles of horizontal gene transfer Eduardo ROCHA
in microbial evolution (Institut Pasteur – 75 Paris)
14:00 - 15:30 Rôle potentiel des microorganismes des nuages Anne-Marie DELORT
dans les processus atmosphériques (ICCF – 63 Clermont-Ferrand)
15:45 - 17:15 Chromatin modifications induced by bacteria Mélanie HAMON
(Institut Pasteur – 75 Paris)
Mercredi 12 Septembre 2018
9:00 - 10:30 Phenotypic heterogeneity in mycobacteria and Giulia MANINA
implications for persistence (Institut Pasteur – 75 Paris)
10:45 - 12:15 Evolution of molecular chaperones towards the Pierre GENEVAUX
control of toxin-antitoxin systems (Université Paul Sabatier – 31 Toulouse)
14:00 - 15:30 Une planète, une santé: illustration de l’apport Frédérique LEROUX
de la génomique environnementale pour (Ifremer LBIMM – 29 Roscoff)
l’étude de l’émergence de pathogène
15:45 - 17:15 The genomics of Escherichia coli adaptation Olivier TENAILLON
(Hôpital Bichat – 75 Paris)Jeudi 13 Septembre 2018
9:00 - 10:30 Molecular evolution of Mycobacterium tuberculosis Roland BROSCH
towards pathogenicity (Institut Pasteur – 75 Paris)
10:45 - 12:15 Diversity and maintenance of bacterial Romain KOSZUL
genome organization (Institut Pasteur – 75 Paris)
14:00 - 15:30 Fluxomics & Metabolomics: tools for functional Fabien LETISSE
analysis of microbial metabolic systems (LISBP-INSA-31–Toulouse)
15:45 - 17:15 The type 3 secretion system of Shigella flexneri Claude PARSOT
(Institut Pasteur – 75 Paris)
Vendredi 14 Septembre 2018
9:00 - 10:30 Biology of Spirochetes Mathieu PICARDEAU
(Institut Pasteur – 75 Paris)
10:45 - 12:00 How is cell shape determined in Rut CARBALLIDO-LOPEZ
non-spherical bacteria (Micalis INRA – 78 Jouy en Josas)
13:15 - 15:45 Préparation Table Ronde en deux demi-groupes Simonetta GRIBALDO
(Institut Pasteur – 75 Paris)
16:00 - 18:30 Discussion Table ronde et présentations par Simonetta GRIBALDO
les étudiants (Institut Pasteur – 75 Paris)COURS Pasteur
MICROBIOLOGIE
NOMS ET COORDONNEES DES INTERVENANTS
Directeurs du Cours
Françoise NOREL-BOZOUKLIAN
Unité de Biochimie des Interactions Macromoléculaires
Tél. : 01 40 61 31 22
E-mail : francoise.norel@pasteur.fr
Christophe BELOIN
Unité de Génétique des Biofilms
Tél : 01 44 38 95 97
E-mail : christophe.beloin@pasteur.fr
Cheffe de Travaux Pratiques
Ingrid GUILVOUT
Unité de Biochimie des Interactions Macromoléculaires
Tél : 01 40 61 36 83
E-mail : ingrid.guilvout@pasteur.frAdministration Institut Pasteur Centre d’Enseignement 28, rue du Docteur Roux Bâtiment 06 – Module 3 – RDC Gladys ELISABETH Tél : +33 (0)1 45 68 82 89 EMAIL : mg@pasteur.fr Service de la Scolarité 28, rue du Docteur Roux Bâtiment 13 - Salle Saint-Joseph de Cluny Sylvie MALOT & Céline CORBIN Tél : +33 (0) 45 68 81 41 & Tél : +33 (0) 40 61 33 62 EMAIL : enseignement@pasteur.fr
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