Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)
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Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) Orientations provisoires 13 mai 2020 Généralités Sécurité biologique en laboratoire Il est essentiel de veiller à ce que les laboratoires d’analyse L’objet de ce document est de fournir des orientations médicale respectent les bonnes pratiques de sécurité provisoires sur la sécurité biologique en laboratoire biologique. Toute analyse de la présence du SARS-CoV-2, le applicable à l’analyse d’échantillons cliniques issus de virus qui provoque la COVID-19, ou d’échantillons cliniques patients qui répondent aux critères de la définition de cas de issus de patients répondant aux critères de la définition des maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). cas suspects (2) doit être réalisée dans des laboratoires Cette version actualise les orientations provisoires existantes disposant d’équipements appropriés, par du personnel formé en y ajoutant des recommandations sur les tests au point de aux procédures techniques et aux pratiques de sécurité service ou à proximité du point de service (1). correspondantes. Les lignes directrices nationales relatives à la sécurité biologique en laboratoire doivent être suivies en toutes circonstances. Des informations générales sur les directives relatives à la sécurité biologique en laboratoire sont Éléments importants sur la sécurité biologique en fournies dans le Manuel de sécurité biologique en laboratoire dans le cadre de la COVID-19 laboratoire, 3e édition (3), en attendant la parution de la • Toutes les procédures doivent impérativement être quatrième édition. effectuées sur la base d’une évaluation du risque et uniquement par du personnel ayant les capacités nécessaires avérées, dans le strict respect de tous les Points essentiels protocoles concernés à tout moment. • Chaque laboratoire doit mener une évaluation locale • Le traitement initial (avant l’inactivation) des échantillons (c’est-à-dire institutionnelle) des risques destinée à doit se dérouler dans une enceinte de sécurité biologique vérifier qu’il est compétent pour réaliser en toute (ESB) validée ou dans un dispositif de confinement sécurité les analyses voulues avec les mesures primaire. appropriées de maîtrise des risques en place, comme • Les travaux de laboratoire à visée diagnostique non illustré à l’annexe II. propagateurs (par exemple, séquençage, test • Lors de la manipulation et du traitement des d’amplification d’acide nucléique) doivent être menés dans échantillons, notamment les échantillons de sang une installation utilisant des procédures équivalentes au destinés aux épreuves sérologiques, les pratiques et niveau de sécurité biologique 2 (NSB-2). les procédures de laboratoire qui sont à la base des bonnes pratiques et procédures microbiologiques • Les tests rapides au point de service ou à proximité du point (BPPM) doivent être suivies. de service peuvent être réalisés sur une paillasse sans • La manipulation et le traitement des échantillons utiliser d’ESB, lorsque l’évaluation locale des risques le provenant de cas suspects ou confirmés de COVID- permet et que les précautions adéquates sont en place. 19 sur lesquels il est prévu de pratiquer des tests de • Les travaux propagateurs (culture de virus ou tests de laboratoire supplémentaires, tels que des analyses neutralisation, par exemple) doivent être menés dans un hématologiques ou des analyses des gaz du sang, laboratoire de confinement équipé d’un système de doivent suivre les directives standard sans mesures ventilation à flux d’air dirigé vers l’intérieur (NSB-3). supplémentaires. • Il convient d’utiliser des désinfectants appropriés dont l’activité contre les virus à enveloppe est prouvée (par exemple, hypochlorite [eau de Javel], alcool, peroxyde d’hydrogène, composés d’ammonium quaternaire, et dérivés phénoliques). • Les échantillons provenant de patients qui sont des cas présumés ou confirmés doivent être transportés en tant que « Matière biologique, Catégorie B », sous le N° ONU 3373. Les cultures de virus ou les isolats de virus doivent être transportés en tant que « Matière infectieuse pour l’homme » de Catégorie A, sous le N° ONU 2814. -1-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires • Les travaux de laboratoire à visée diagnostique non infectieuse pour l’homme » de Catégorie A, sous le propagateurs, notamment les séquençages et les tests N° ONU 2814 (6). d’amplification d’acide nucléique, réalisés sur des échantillons cliniques issus de patients présumés ou Recommandations concernant les conditions confirmés infectés par le virus de la COVID-19, doivent être menés en adoptant les pratiques et les de travail minimales/essentielles associées à procédures faisant partie des « exigences des manipulations spécifiques en laboratoire fondamentales », 1 telles que détaillées à l’annexe I, et un ensemble convenablement choisi de « mesures Les recommandations supplémentaires présentées dans cette de maîtrise renforcées », 2 dépendant de l’évaluation section portent sur les conditions de travail locale des risques. Sur ces points, le niveau de minimales/essentielles associées à des manipulations sécurité biologique 2 (NSB-2) utilisable pour les spécifiques en laboratoire. services de diagnostic et décrit dans le Manuel de sécurité biologique en laboratoire, troisième édition 1. Évaluation des risques (3) de l’OMS reste approprié jusqu’à ce que la L’évaluation des risques est un processus systématique quatrième édition en donne une nouvelle version. consistant à rassembler des informations et à évaluer la • La manipulation de matériels contenant des probabilité et l’impact d’une exposition à un ou plusieurs concentrations élevées de virus vivant (par exemple dangers sur le lieu de travail ou d’une libération/diffusion de lorsqu’on effectue une propagation du virus, un ces dangers, et à déterminer les mesures appropriées de isolement du virus ou des tests de neutralisation) ou maîtrise des risques permettant de ramener le risque à un de grands volumes de matériels infectieux doit être niveau acceptable. Les dangers seuls ne constituent pas un effectuée uniquement par du personnel bien risque pour les hommes ou les animaux. Le type d’équipement formé et compétent, dans des laboratoires utilisé et la ou les procédures mises en œuvre avec l’agent répondant à des critères et des pratiques de biologique jouent également un rôle. confinement essentiels supplémentaires, autrement dit, une sécurité biologique de niveau 3 Il est fortement recommandé de commencer par effectuer une (NSB-3). évaluation locale des risques pour chaque étape du processus, • Le traitement initial (avant l’inactivation) de tous les autrement dit depuis le prélèvement des échantillons, la échantillons, y compris ceux destinés au séquençage réception des échantillons, les tests cliniques, l’amplification ou aux tests d’amplification d’acide nucléique, doit en chaîne par polymérase (PCR) jusqu’à l’isolement du virus se dérouler dans une ESB convenablement (uniquement si et quand cela est possible). Les dangers entretenue et validée ou dans un dispositif de spécifiques propres à chaque étape du processus seront confinement primaire. identifiés et caractérisés, tels que l’exposition aux aérosols au • Le tampon de lyse externe des kits d’extraction cours du traitement des échantillons ; les projections dans les d’ARN ordinaires répertoriés est efficace pour yeux au cours du traitement des échantillons ; le renversement inactiver le virus de la COVID-19 sans chaleur ou de cultures de matériels infectieux ; et les fuites d’échantillons autres moyens supplémentaires (4). hors des récipients qui les contiennent. À chaque étape du processus correspond un degré de risque bien précis, qui est • Les désinfectants appropriés qui ont démontré leur évalué. Pour chaque risque caractérisé, il convient de efficacité contre les virus à enveloppe doivent être sélectionner et d’appliquer les mesures de maîtrise des risques utilisés pendant le temps de contact recommandé, à appropriées, notamment les recommandations ci-après, afin la bonne dilution et avant la date de péremption à d’atténuer les risques résiduels en les ramenant à un niveau compter de la préparation de la solution de travail. acceptable. • Toutes les procédures techniques doivent être effectuées de façon à réduire au minimum la Il faut accorder une attention particulière aux risques liés aux production d’aérosols et de gouttelettes (5). facteurs humains. La probabilité d’erreurs et d’incidents est • Un équipement de protection individuel (EPI) plus élevée lorsque le personnel n’est pas suffisamment formé approprié, tel que déterminé par une évaluation des et que les membres du personnel sont sous pression pour risques détaillée, doit être porté par tous les produire des résultats rapides. personnels de laboratoire manipulant ces échantillons. Un modèle d’évaluation des risques est présenté à l’annexe II ; • Les échantillons provenant de patients qui sont des il est destiné à servir d’exemple et à faciliter le processus. cas présumés ou confirmés doivent être transportés en tant que « Matière biologique, Catégorie B », 2. Procédures habituelles de laboratoire, y compris sous le N° ONU 3373. Les cultures ou isolats de les travaux à visée diagnostique non propagateurs virus doivent être transportés en tant que « Matière et l’analyse PCR 1 Exigences fondamentales : Ensemble d’exigences minimales définies 2 Mesures de maîtrise renforcées : Ensemble de mesures de maîtrise des dans la quatrième édition du Manuel de sécurité biologique en laboratoire risques qui peuvent devoir être appliquées dans une installation de de l’OMS, qui décrivent une combinaison de différentes mesures de laboratoire dès lors que le résultat d’une évaluation du risque indique que maîtrise des risques qui à la fois sont le fondement, et font partie intégrante, les agents biologiques manipulés et/ou que les activités à effectuer avec ces de la sécurité biologique en laboratoire. Ces mesures reflètent les normes derniers sont associés à un risque relativement élevé qui ne peut être internationales et les meilleures pratiques en matière de sécurité biologique acceptable au regard des seules exigences fondamentales. qui sont nécessaires pour travailler en toute sécurité avec des agents biologiques, même lorsque les risques associés sont minimes. -2-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires Les travaux de laboratoire à visée diagnostique et l’analyse Ces tests pourraient être effectués sur une paillasse sans utiliser PCR, qui ne comportent pas de phase de mise en culture, et qui d’ESB, dès lors que l’évaluation locale des risques le permet sont réalisés sur des échantillons cliniques provenant de et que les conditions suivantes sont entièrement remplies : patients présumés ou confirmés infectés par le virus de la COVID-19, doivent être menés en adoptant les pratiques et les • ils doivent être effectués sur une nappe ou un grand procédures décrites pour les laboratoires traditionnels de papier essuie-tout dans un endroit bien ventilé et peu microbiologie et de biologie médicale, telles que présentées encombré, où il n’y a pas de documents, dans les « exigences fondamentales » (voir l’annexe I). d’ordinateurs ou d’objets personnels ; • un EPI approprié doit être porté comme pour les Cependant, toutes les manipulations de matériel autres analyses de laboratoire manuelles : par potentiellement infectieux, y compris celles qui peuvent exemple, mais sans s’y limiter, une blouse de provoquer des éclaboussures, des gouttelettes ou des aérosols laboratoire intégrale à manches longues (élastiquées de matériel infectieux (par exemple, chargement et aux poignets), des lunettes de protection ou de déchargement de godets de centrifugeuse scellés, broyage, sécurité, et des gants jetables adaptés ; mélange, agitation ou mixage énergique, désagrégation par • l’évaluation des risques doit fournir des informations ultrasons, ouverture de récipients contenant du matériel sur la nécessité ou non d’une protection respiratoire à infectieux dont la pression intérieure peut être différente de la titre de précaution supplémentaire ; pression ambiante) doivent être effectuées dans des ESC ou • le personnel doit être bien formé aux BPPM ; des dispositifs de confinement primaire correctement • les tests ne doivent pas être réalisés à la hâte ou sous entretenus et validés, par du personnel ayant des capacités une pression accrue dans l’optique de raccourcir leur avérées. délai normal d’exécution ; • une procédure de gestion des déchets infectieux doit Les procédures habituelles de laboratoire comprennent par avoir été validée, notamment pour les échantillons exemple : excédentaires. • les tests de diagnostic pratiqués sur le sérum ; le sang Si la plateforme GeneXpert en place ou une plateforme (notamment hématologie et chimie clinique) ; les similaire existante utilisée par le programme de lutte contre la échantillons des voies respiratoires tels que les tuberculose doit être temporairement partagée pour la écouvillons nasopharyngés et oropharyngés, les réalisation des tests COVID-19, l’équipement est expectorations et/ou les produits d’aspiration probablement déjà installé dans un endroit approprié avec une endotrachéale ou de lavage bronchoalvéolaire ; les ventilation suffisante (9). Dans ce cas, il n’est pas selles ; ou d’autres échantillons ; particulièrement nécessaire de le réinstaller ailleurs. Si • l’examen courant des cultures mycologiques et l’équipement a été utilisé pour des programmes de lutte contre bactériennes développées à partir d’échantillons des des maladies non respiratoires, telles que le VIH/sida, il est voies respiratoires. Lors de la manipulation et du important de veiller à ce que la ventilation soit adéquate avant traitement des échantillons, les « exigences de commencer les tests de dépistage de la COVID-19. fondamentales » (voir l’annexe I), y compris les BPPM, doivent être respectées à tout moment, y 4. Utilisation des désinfectants appropriés compris, mais sans s’y limiter, celles des rubriques suivantes. La série de vidéos sur la sécurité Même si l’on en sait peu sur ce nouveau virus, les biologique de l’OMS donne plus de détails et caractéristiques génétiques comparables entre le virus d’explications à ce sujet (7). responsable de la COVID-19 et le MERS-CoV suggèrent que le virus de la COVID-19 pourrait être sensible aux 3. Tests au point de service ou à proximité du désinfectants qui ont démontré leur efficacité contre les virus point de service à enveloppe, parmi lesquels l’hypochlorite de sodium (eau de Javel ; par exemple, 1000 parties par million [ppm] (0,1 %) Des tests rapides au point de service ou à proximité du point pour la désinfection générale des surfaces et 10 000 ppm (1 %) de service, notamment ceux utilisant des plateformes pour la désinfection des déversements d’échantillons) ; polyvalentes telles que le système GeneXpert, ont récemment l’éthanol à 62-71 % ; le peroxyde d’hydrogène à 0,5 % ; les été lancés pour dépister le virus de la COVID-19 dans des composés d’ammonium quaternaire ; et les dérivés échantillons tels que l’écouvillon nasopharyngé, le lavage phénoliques, s’ils sont utilisés conformément aux nasal et l’aspiration nasale. Chaque plateforme de test recommandations du fabricant. D’autres agents biocides tels moléculaire rapide utilise des protocoles de traitement que le chlorure de benzalkonium à 0,05-0,2 % ou le d’échantillon différents, et il est difficile de généraliser les digluconate de chlorhexidine à 0,02 % peuvent être moins recommandations de sécurité. Il y a toujours des risques de efficaces. renversement accidentel de liquides, surtout lorsque le personnel n’est pas suffisamment formé et qu’il est en même Il convient de porter une attention particulière non seulement temps soumis à une énorme pression pour fournir des résultats au choix du désinfectant, mais aussi au temps de contact (par rapides. exemple, 10 minutes), à la dilution (c’est-à-dire la concentration de l’ingrédient actif), à la durée de conservation On estime cependant que la manipulation des échantillons et et à la date de péremption à compter de la préparation de la le niveau de production d’aérosols seraient minimes (8). La solution de travail. Food and Drug Administration des États-Unis d’Amérique a autorisé l’utilisation des tests GeneXpert en dehors des Le virus de la COVID-19 et les coronavirus humains en laboratoires NSB-2 et sur les lieux de soins des patients (1). général sont connus pour persister sur les surfaces inanimées -3-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires telles que le métal, le verre ou le plastique pendant 7 et 9 jours d’entraîner une co-infection et par suite, une au maximum, respectivement (10,11). recombinaison ; • culture de virus en présence de médicaments 5. Isolement de virus antiviraux ; • modification génétique délibérée de virus. Sauf décision contraire du pays, l’isolement de virus à partir d’échantillons cliniques issus de patients présumés ou 7. Travail avec des animaux infectés par le virus confirmés infectés par le virus responsable de la COVID-19 ne responsable de la COVID-19 doit être effectué que dans des laboratoires capables de répondre aux critères de confinement supplémentaires Les activités suivantes exigent une animalerie - Sécurité suivants : biologique niveau 3, avec des installations et des pratiques de travail NSB-3, telles que détaillées dans le Manuel de sécurité • un système de ventilation doit créer un courant d’air biologique en laboratoire, 3e édition, publié par l’OMS (3) : dirigé de la zone d’accès vers l’intérieur de la salle ; • l’air qui sort du laboratoire de confinement ne doit • inoculation d’animaux en vue d’étudier la guérison pas être recyclé dans d’autres zones du bâtiment. possible d’une infection par le virus de la COVID- L’air doit être filtré au moyen d’un filtre HEPA (filtre 19 ; à particules de haute efficacité), s’il est reconditionné • tout protocole impliquant l’inoculation d’animaux à et recyclé à l’intérieur du laboratoire. Lorsque l’air des fins de confirmation et/ou de caractérisation du évacué du laboratoire est rejeté directement à virus de la COVID-19. l’extérieur du bâtiment, il doit être dispersé loin des bâtiments occupés et des prises d’air. Cet air devrait 8. Transfert des échantillons à des laboratoires être évacué à travers des filtres HEPA ; ayant en place des mesures appropriées de • un lavabo spécialement affecté au lavage des mains maîtrise des risques doit être disponible dans le laboratoire ; • toutes les manipulations de matériel infectieux ou Les laboratoires qui ne sont pas en mesure de respecter les potentiellement infectieux doivent impérativement recommandations de sécurité biologique ci-dessus doivent être effectuées dans des ESC convenablement envisager d’adresser les échantillons à des laboratoires de entretenues et validées ; référence nationaux, régionaux ou internationaux disposant de • les agents de laboratoire doivent porter un capacités de détection de la COVID-19 qui peuvent respecter équipement de protection, comprenant des gants les recommandations de sécurité biologique. jetables ; une blouse unie sur le devant ou enveloppante à pans croisés, une tenue de bloc, un Emballage et expédition sarrau, ou une combinaison avec des manches qui Toutes les matières transportées dans et entre les laboratoires recouvrent entièrement les avant-bras ; une coiffe ; doivent être placées dans un emballage secondaire afin de des surchaussures ou des chaussures spéciales ; et une réduire au minimum le risque de casse ou de renversement. Les protection oculaire (lunettes de protection ou écran échantillons quittant l’ESB doivent être décontaminés en facial). L’évaluation des risques doit fournir des surface. Des conseils détaillés sont donnés dans la série de informations sur la nécessité ou non d’une protection vidéos sur la sécurité biologique de l’OMS (7), en particulier, respiratoire (masque respiratoire filtrant contre les Good microbiological practices and procedures (GMPP) 7: particules, ayant fait l’objet d’un test d’ajustement : transport. par exemple modèle conforme à la norme FFP2 de l’UE, ou certifié N95 par le NIOSH des États-Unis Le transport d’échantillons à l’intérieur des frontières d’un d’Amérique, ou équivalent, ou protection respiratoire pays doit respecter la réglementation nationale. Le transport supérieure) ; transfrontalier d’échantillons du virus responsable de la • la centrifugation des échantillons doit être réalisée à COVID-19 doit respecter les règlements types des Nations l’aide de rotors de centrifugeuses, ou de godets à Unies, notamment les Instructions techniques pour la sécurité échantillons, qui sont scellés. Ces rotors ou godets du transport aérien des marchandises dangereuses (Doc 9284) doivent être remplis et vidés sous une enceinte de de l’Organisation de l’aviation civile internationale (12) pour sécurité biologique. le transport aérien, et toute autre réglementation applicable selon le mode de transport utilisé. Des renseignements 6. Risques supplémentaires associés aux études complémentaires sont fournis dans le Guide pratique de d’isolement de virus l’OMS sur l’application du Règlement relatif au transport des matières infectieuses 2019–2020 (en vigueur au 1er janvier Certains protocoles expérimentaux peuvent comporter des 2019) (6). Un résumé sur le transport des matières infectieuses risques supplémentaires, liés par exemple à des mutations est également présenté dans la Boîte à outils 4 « Tool box 4 » virales avec augmentation éventuelle de la pathogénicité et/ou du manuel de l’OMS sur la gestion des épidémies intitulé de la transmissibilité, ou liés à des virus dont l’antigénicité ou Managing epidemics: key facts about deadly diseases (13). la sensibilité aux médicaments se retrouvent altérés. Il convient de procéder à une évaluation spécifique des risques, Les échantillons provenant de patients qui sont des cas et d’adopter des mesures spécifiques de réduction des risques, présumés ou confirmés doivent être transportés en tant que avant d’effectuer l’une des procédures suivantes : « Matière biologique, Catégorie B », sous le N° ONU 3373 lorsqu’ils sont transportés à des fins de diagnostic ou de • co-infection de cultures cellulaires avec des recherche. Les cultures ou isolats de virus doivent être coronavirus différents, ou toute technique susceptible transportés en tant qne « Matière infectieuse pour l’homme » -4-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires de Catégorie A, sous le N° ONU 2814 (6). Tous les bioaerosol infection risk by the Xpert MTB/RIF assay échantillons transportés (que ce sous le N° ONU 3373 ou le N° and its applicability to point-of-care settings. J Clin ONU 2814) doivent avoir un emballage, un étiquetage, et une Pharmacol. 2010; 48(10):3551-7. documentation corrects, tels que décrits dans les documents (https://jcm.asm.org/content/jcm/48/10/3551.full.pdf, susmentionnés. accessed 6 April 2020). 9. Manuel de sécurité biologique pour les laboratoires de la tuberculose. Genève, Organisation mondiale de la Références bibliographiques Santé, 2012 (https://www.who.int/tb/publications/2012/tb_biosafet 1. US Food and Drug Administration. Emergency Use y/en/, consulté le 20 avril 2020). Authorization (EUA) information, and list of all current EUAs. (https://www.fda.gov/emergency- 10. Chin A, Chu J, Perera M, Hui K, Yen HL, Chan M, et preparedness-and-response/mcm-legal-regulatory-and- al. Stability of SARS-CoV-2 in different environmental policy-framework/emergency-use-authorization, conditions. The Lancet Microbe 2020 accessed 3 May 2020). (https://www.medrxiv.org/node/74521.external- links.html, accessed 7 April 2020). 2. Coronavirus disease (COVID-19) technical guidance: surveillance and case definitions. Geneva: World 11. Kampf G, Todt D, Pfaender S, Steinmann E. Health Organization; 2020 Persistence of coronaviruses on inanimate surfaces and (https://www.who.int/emergencies/diseases/novel- their inactivation with biocidal agents. J Hosp Infect. coronavirus-2019/technical-guidance/surveillance-and- 2020:417 (6). case-definitions, accessed 6 April 2020). (https://www.journalofhospitalinfection.com/action/sh owPdf?pii=S0195-6701%2820%2930046-3, accessed 3. Manuel de sécurité biologique en laboratoire, 3e 6 April 2020). édition. Genève, Organisation mondiale de la Santé, 2004 12. International Civil Aviation Organization (ICAO). (https://www.who.int/csr/resources/publications/biosaf Safety. Technical instructions for the safe transport of ety/WHO_CDS_CSR_LYO_2004_11/en/, consulté le dangerous goods by air (Doc 9284) 6 avril 2020). (https://www.icao.int/safety/DangerousGoods/Pages/te chnical-instructions.aspx, accessed 6 April 2020). 4. CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real- Time RT-PCR Diagnostic Panel. Atlanta: Centers for 13. Managing epidemics, key facts about major deadly Disease Control and Prevention; 2020 diseases. Geneva: World Health Organization; 2018 (https://www.fda.gov/media/134922/download, (https://apps.who.int/iris/handle/10665/272442, accessed 22 April 2020). accessed 6 April 2020). 14. La friction hydro-alcoolique - Comment ? Avec un 5. van Doremalen N, Bushmaker T, Morris DH, produit hydro-alcoolique. Lavage des mains - Holbrook MG, Gamble A, Williamson BN, et al. Comment ? Avec du savon et de l’eau. Genève, Aerosol and surface stability of SARS-CoV-2 as Organisation mondiale de la Santé, 2006 compared with SARS-CoV-1. N Engl J Med. 2020 (https://www.who.int/gpsc/tools/friction_lavage.pdf?ua Mar 17 =1, consulté le 6 avril 2020). (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc200497 3, accessed 7 April 2020). 6. Guide pratique sur l’application du Règlement relatif au Transport des matières infectieuses 2019-2020. Genève, Organisation mondiale de la Santé, 2019 Remerciements (WHO/WHE/CPI/2019.20 ; Les personnes suivantes ont contribué à la rédaction des https://www.who.int/ihr/publications/WHO-WHE- présentes orientations : CPI-2019.20/en/, accessed 6 April 2020). Stuart Blacksell, Mahidol Oxford Tropical Medicine 7. Strengthening health security by implementing the Research Unit (Thaïlande) ; Christina Scheel, Centers for International Health Regulations (2005). Biosafety Disease Control and Prevention (États-Unis d’Amérique) ; video series. Geneva: World Health Organization; Kathrin Summermatter, Institute for Infectious Diseases, (year) (https://www.who.int/ihr/publications/biosafety- University of Bern (Suisse). video-series/en/, accessed 6 April 2020). Programme OMS de gestion des situations d’urgence sanitaire (WHE) : Kazunobu Kojima, Rica Zinsky, Zsofia 8. Banada PP, Sivasubramani SK, Blakemore R, Boehme Igloi, Karin von Eije, Mark Parkins, Maria Van Kerkhove. C, Perkins MD, Fennelly K, Alland D. Containment of -5-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires Annexe I : Exigences fondamentales • S’abstenir d’utiliser des appareils électroniques portables (par exemple, téléphones mobiles, tablettes, ordinateurs 1. Bonnes pratiques et procédures microbiologiques portables, disques durs à mémoire flash, clés USB, (BPPM) appareils photo ou autres appareils portables, y compris ceux utilisés pour le séquençage de l’ADN/ARN) lorsque Meilleure pratique les procédures de laboratoire ne demandent pas • Ne jamais entreposer de la nourriture ou des boissons, spécifiquement d’en utiliser. ou des objets personnels tels que les manteaux et les sacs, dans le laboratoire. Les activités telles que manger, boire, • Garder les appareils électroniques portables dans des fumer, et se maquiller ne doivent être effectuées qu’en endroits où ils ne peuvent pas être facilement contaminés dehors du laboratoire. ou agir comme des fomites susceptibles de transmettre l’infection. Lorsque la proximité de ces appareils avec des • Ne pas mettre dans sa bouche des objets tels que crayons agents biologiques est inévitable, s’assurer que les ou stylos ni mâcherdu chewing-gum lorsqu’on se trouve appareils sont soit protégés par une barrière physique, soit dans le laboratoire, que l’on porte des gants ou non. décontaminés avant d’être sortis du laboratoire. • Se laver soigneusement les mains (14), de préférence à Procédures techniques l’eau courante chaude avec du savon, après avoir • Éviter l’inhalation d’agents biologiques. Utiliser les manipulé du matériel biologique et/ou des animaux, avant techniques de BPPM pour réduire au minimum la de quitter le laboratoire ou lorsque l’on sait ou pense que formation d’aérosols et de gouttelettes lors de la les mains sont contaminées. manipulation des échantillons. • Veiller à ce que les flammes nues ou les sources de • Éviter l’ingestion d’agents biologiques et leur contact chaleur ne soient jamais placées à proximité de avec la peau et les yeux. fournitures inflammables et ne soient jamais laissées sans surveillance. • Porter systématiquement des gants jetables lors de la manipulation des échantillons. • S’assurer que les coupures ou la peau abîmée sont protégées (couvertes) avant d’entrer dans le laboratoire. • Éviter que les mains gantées n’entrent en contact avec le visage. • Avant d’entrer dans le laboratoire, vérifier que les fournitures destinées aux appareils de laboratoire et que • Utiliser un dispositif pour se protéger la bouche, les yeux les consommables sont en quantité suffisante, notamment et le visage (écran facial ou autre) pendant les procédures les réactifs, les EPI et les désinfectants, et que ces articles susceptibles de provoquer des éclaboussures. sont adaptés aux activités envisagées. • Dans la mesure du possible, remplacer la verrerie par du • Veiller à ce que les fournitures soient stockées en toute matériel équivalent en plastique. sécurité et conformément aux instructions de stockage afin de réduire les accidents et les incidents : par exemple • Si nécessaire, utiliser des ciseaux à bouts mousse ou faire en sorte que le matériel entreposé ne puisse ni se arrondis plutôt que des ciseaux à bouts pointus. renverser, ni glisser, ni tomber. • Manipuler tout objet pointu ou tranchant, seringue ou • Veiller au bon étiquetage de tous les agents biologiques aiguille avec précaution afin d’éviter les blessures et le et de toutes les matières chimiques et radioactives. risque de s’injecter des agents biologiques. • Protéger les documents écrits de la contamination en • Utiliser des ouvre-ampoules pour manipuler les ampoules utilisant des barrières (telles que des couvertures en en toute sécurité. plastique), en particulier pour ceux qui doivent éventuellement être sortis du laboratoire. • Ne jamais recapuchonner, casser ou désadapter les aiguilles des seringues jetables. • Veiller à ce que le travail soit effectué avec soin et sans précipitation. Éviter de travailler lorsqu’on est fatigué. • Éliminer tout objet pointu ou tranchant (par exemple aiguilles, aiguilles montées sur seringues, lames, débris de • Maintenir la zone de travail bien rangée et propre, verre) dans un collecteur imperforable ou du moins dégagée d’objets ou de matériels non essentiels. résistant à la perforation, équipé d’un couvercle hermétiquement fermé. • Interdire l’utilisation des écouteurs, qui peuvent distraire le personnel et qui empêchent d’entendre sonner les • Prévenir la dissémination d’agents biologiques : alarmes des appareils ou des installations. – les échantillons et les cultures destinés à être éliminés doivent être placés dans des conteneurs • Recouvrir ou enlever les bijoux qui pourraient déchirer étanches dont les extrémités sont correctement les gants, être facilement contaminés ou se transformer en fermées, avant d’être jetés dans des conteneurs à fomites. Le nettoyage et la décontamination des bijoux ou déchets spécifiques ; des lunettes doivent être prévus, si ces objets sont portés – les flacons doivent être ouverts après avoir régulièrement. enveloppé le bouchon dans un tampon de coton ou de gaze imprégné d’un désinfectant ; -6-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires – les surfaces de travail doivent être décontaminées éviter les flux d’air turbulents ; cela s’applique également avec un désinfectant approprié à la fin des à la ventilation naturelle. procédures de travail et si des matières sont renversées ou manifestement contaminées ; • L’espace et les installations de laboratoire doivent être – il faut s’assurer que le désinfectant est efficace bien dimensionnés et bien adaptés à la manipulation et au contre l’agent pathogène manipulé et qu’il est laissé stockage en toute sécurité des matières infectieuses et en contact avec les déchets infectieux suffisamment autres matières dangereuses, telles que les produits longtemps pour les inactiver complètement. chimiques et les solvants. 2. Compétences et formation du personnel • Les installations pour manger et boire doivent absolument être prévues en dehors du laboratoire, et les installations de Familiarisation générale et formation de sensibilisation premiers secours doivent être accessibles. La formation générale doit passer par une présentation du plan et du fonctionnement du laboratoire ; il faut également • Des méthodes appropriées de décontamination des familiariser les nouveaux personnels avec les dispositions déchets, par exemple des désinfectants et des autoclaves, du code de bonnes pratiques et leur indiquer les directives doivent être disponibles à proximité du laboratoire. locales, et notamment leur présenter le guide d’hygiène et sécurité, les évaluations des risques, les exigences • La gestion des déchets doit impérativement être prise en législatives, et les procédures d’intervention en cas compte dans la conception du laboratoire. Les systèmes de d’urgence. sécurité doivent couvrir les risques d’incendie et les accidents d’origine électrique et doivent prévoir les Formation spécialisée propre à chaque poste de travail services et équipements d’intervention en cas • Les obligations en matière de formation peuvent varier en d’urgence/d’incident, en fonction de l’évaluation des fonction des postes occupés. risques. • Cependant, d’une manière générale, il faut que tout le • L’alimentation électrique et l’éclairage doivent être personnel impliqué dans la manipulation des agents fiables et d’une puissance suffisante, pour permettre de biologiques soit formé aux BPPM. sortir en toute sécurité en cas de nécessité. • Il faut se servir de l’évaluation des compétences et des • Les situations d’urgence doivent être prises en compte aptitudes professionnelles et vérifier celles-ci avant de dans la conception, selon les indications fournies par laisser travailler les personnes en autonomie ; les l’évaluation locale des risques, et doivent intégrer le compétences et les aptitudes seront par la suite contexte géographique/météorologique. régulièrement réévaluées et remises à jour avec des formations de recyclage. 4. Réception et conservation des échantillons • Les informations pertinentes, telles que les nouvelles • Un échantillon reçu par le laboratoire doit techniques et procédures, doivent être réactualisées et obligatoirement être accompagné d’informations communiquées au personnel concerné. suffisantes pour identifier de quoi il s’agit, quand et où il a été prélevé ou préparé, et quels tests et/ou procédures (le Formation sur la sûreté et la sécurité cas échéant) doivent être effectués. • Tout le personnel doit impérativement connaître les dangers présents dans le laboratoire et les risques qui y sont • Il faut penser à défaire l’emballage des articles à associés, ainsi que les procédures de travail sûres et les l’intérieur de l’enceinte de sécurité biologique. Le mesures de sécurité ; il doit également savoir comment se personnel chargé de déballer et de réceptionner les préparer et agir face aux situations d’urgence. échantillons doit avoir reçu une formation adéquate sur les dangers encourus ; il doit avoir appris à respecter les 3. Conception et aménagement des installations précautions qui s’imposent, conformément aux BPPM décrites précédemment, à manipuler les conteneurs brisés • Le laboratoire doit être suffisamment spacieux et un ou qui fuient, et à traiter les déversements accidentels et lavabo réservé au lavage des mains doit être prévu, avec les utiliser des désinfectants pour traiter toute contamination. limitations d’accès appropriées. • Les échantillons doivent être conservés dans des • Les portes doivent être correctement signalées, et les conteneurs dont la résistance, l’intégrité et le volume sont murs, les sols et les meubles du laboratoire doivent être suffisants pour contenir l’échantillon, et qui sont étanches lisses, faciles à nettoyer, imperméables aux liquides et lorsque le bouchon ou la capsule est placé correctement. Il résistants aux produits chimiques et aux désinfectants convient d’utiliser autant que possible des conteneurs en normalement utilisés au laboratoire. plastique sans trace de matière biologique sur l’extérieur de l’emballage. En outre, les conteneurs doivent être • La ventilation du laboratoire, lorsqu’elle est prévue (y correctement étiquetés, marqués et enregistrés pour compris les systèmes de chauffage/refroidissement et en faciliter leur identification, et fabriqués dans un matériau particulier les ventilateurs et les unités de climatisation adapté au type de stockage requis. locales à double système de refroidissement - notamment en cas de réaménagement) doit assurer une circulation d’air • Les méthodes d’inactivation doivent être correctement qui ne nuit pas à la sécurité du travail. Il faut faire attention validées à chaque étape d’inactivation, avant de transférer aux vitesses et aux directions des flux d’air obtenus, et les échantillons vers d’autres zones pour de nouvelles manipulations, telles qu’une analyse PCR. -7-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires 5. Décontamination et gestion des déchets • L’utilisation d’une protection respiratoire ne figure généralement pas parmi les exigences fondamentales. Dans • Toute surface ou tout matériel dont on sait qu’il est, ou le contexte actuel de la COVID-19, toutefois, une pourrait être, contaminé par des agents biologiques au évaluation locale des risques doit être effectuée pour cours des opérations de laboratoire doit être correctement déterminer si l’utilisation d’une protection respiratoire est désinfecté afin de limiter les risques infectieux. nécessaire, notamment lorsque des procédures susceptibles d’entraîner la formation d’aérosols et de gouttelettes seront • Il faut mettre en place des processus appropriés pour effectuées en dehors de l’enceinte de sécurité biologique, identifier et trier les matériels contaminés et les séparer de par exemple la centrifugation et la manipulation leurs contenants, avant de procéder à la décontamination d’échantillons qui fuient. Sont également concernées les ou à l’élimination. opérations qui peuvent provoquer des éclaboussures telles que : chargement et déchargement de godets de • Lorsque la décontamination n’est pas possible dans la centrifugeuse scellés, broyage, mélange, agitation ou zone du laboratoire, ou sur le site, les déchets contaminés mixage énergique, désagrégation par ultrasons, ouverture doivent être emballés de manière étanche, en vue d’être de récipients contenant du matériel infectieux lorsque la transférés dans une autre installation dotée de moyens de pression intérieure peut être différente de la pression décontamination. ambiante. 6. Équipement de protection individuelle 7. Appareils et équipements de laboratoire • L’utilisation de blouses de laboratoire est obligatoire dans Associée à l’utilisation efficace des BPPM, l’utilisation les laboratoires pour éviter aux vêtements personnels de sécurisée des appareils et des équipements de laboratoire recevoir des projections ou d’être contaminés par des permettra de réduire au minimum la probabilité agents biologiques. Les blouses de laboratoire doivent être d’exposition du personnel lors de la manipulation ou du à manches longues, de préférence élastiquées ou bien maniement des agents biologiques. ajustées aux poignets, et doivent être entièrement boutonnées lorsqu’elles sont portées dans le laboratoire. • Pour réduire véritablement les risques associés à Les manches ne devraient jamais être retroussées. Les l’utilisation des équipements de laboratoire, la direction du blouses doivent être suffisamment longues pour couvrir les laboratoire doit faire en sorte qu’il y ait suffisamment genoux, mais ne doivent pas traîner au sol. Dans la mesure d’espace autour d’eux pour les utiliser sans gêne. Un du possible, le tissu de la blouse de laboratoire doit être budget suffisant doit également être disponible pour le résistant aux éclaboussures. Les blouses de laboratoire ne fonctionnement et l’entretien et la maintenance des doivent être portées que dans les locaux désignés. équipements. Tout le personnel qui travaille dans le Lorsqu’elles ne sont pas utilisées, elles doivent être rangées laboratoire ou qui est chargé de l’entretien et de la correctement ; elles ne doivent pas être pendues au-dessus maintenance des appareils et des équipements doit avoir d’autres blouses de laboratoire, ni conservées dans des reçu une formation adéquate et être en mesure de casiers ou sur des cintres ou des patères avec des objets démontrer ses compétences. personnels. 8. Plan d’intervention en cas d’urgence/d’incident • Le port de gants jetables appropriés est obligatoire pour toutes les procédures qui peuvent impliquer un contact • Même lorsque l’on effectue des travaux à faible risque et intentionnel ou involontaire avec du sang, des liquides que l’on respecte toutes les exigences fondamentales en biologiques ou d’autres matériels potentiellement matière de sécurité biologique, des incidents peuvent infectieux. Ils ne doivent pas être désinfectés ni réutilisés, quand même se produire. Pour réduire la probabilité car l’exposition aux désinfectants et l’usure prolongée d’exposition à un agent biologique ou de libération d’un réduisent l’intégrité du gant et diminuent la protection de agent biologique, ou pour réduire les conséquences de ce l’utilisateur. Les gants doivent toujours être inspectés avant genre d’incidents, il est impératif d’élaborer un plan d’être enfilés, pour vérifier qu’ils sont intacts. d’urgence prévoyant des modes opératoires normalisés (MON) spécifiques à suivre dans les différents scénarios • Le port de lunettes de protection (lunettes à coques ou d’urgence possibles qui s’appliquent au travail et à lunettes-masques) ou de sécurité, d’écrans faciaux l’environnement local. Les employés doivent être formés à (visières) ou d’autres dispositifs de protection est ces procédures normalisées et bénéficier d’un recyclage obligatoire quand il est nécessaire d’assurer la protection périodique pour entretenir leurs compétences. des yeux et du visage contre les projections de liquides, le choc d’objets ou le rayonnement ultraviolet artificiel. Les • Des trousses de premiers secours, comprenant des dispositifs de protection oculaire peuvent être réutilisés, fournitures médicales telles que des flacons rince-œil et des mais doivent être systématiquement nettoyés après chaque pansements, doivent être disponibles et facilement utilisation. En cas de projections, les dispositifs doivent accessibles au personnel. Ces produits doivent être impérativement être décontaminés avec un désinfectant contrôlés régulièrement pour vérifier qu’ils respectent les approprié. dates de péremption et qu’ils sont en quantité suffisante. • Le port de chaussures est obligatoire dans le laboratoire ; • Tous les incidents doivent être signalés sans délai au elles doivent être conçues pour réduire au minimum le personnel compétent. Les accidents et incidents doivent risque de glisser ou de trébucher, ainsi que le risque d’être être documentés, conformément à la réglementation blessé par la chute d’objets ou d’être exposé aux agents nationale le cas échéant. Tout incident doit être consigné et biologiques. faire rapidement l’objet d’une enquête, dont les résultats -8-
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