Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)

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Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en
rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19)
Orientations provisoires
13 mai 2020

Généralités                                                             Sécurité biologique en laboratoire
                                                                        Il est essentiel de veiller à ce que les laboratoires d’analyse
L’objet de ce document est de fournir des orientations
                                                                        médicale respectent les bonnes pratiques de sécurité
provisoires sur la sécurité biologique en laboratoire
                                                                        biologique. Toute analyse de la présence du SARS-CoV-2, le
applicable à l’analyse d’échantillons cliniques issus de
                                                                        virus qui provoque la COVID-19, ou d’échantillons cliniques
patients qui répondent aux critères de la définition de cas de
                                                                        issus de patients répondant aux critères de la définition des
maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
                                                                        cas suspects (2) doit être réalisée dans des laboratoires
Cette version actualise les orientations provisoires existantes         disposant d’équipements appropriés, par du personnel formé
en y ajoutant des recommandations sur les tests au point de             aux procédures techniques et aux pratiques de sécurité
service ou à proximité du point de service (1).                         correspondantes. Les lignes directrices nationales relatives à
                                                                        la sécurité biologique en laboratoire doivent être suivies en
                                                                        toutes circonstances. Des informations générales sur les
                                                                        directives relatives à la sécurité biologique en laboratoire sont
Éléments importants sur la sécurité biologique en
                                                                        fournies dans le Manuel de sécurité biologique en
laboratoire dans le cadre de la COVID-19                                laboratoire, 3e édition (3), en attendant la parution de la
• Toutes les procédures doivent impérativement être                     quatrième édition.
  effectuées sur la base d’une évaluation du risque et
  uniquement par du personnel ayant les capacités
  nécessaires avérées, dans le strict respect de tous les               Points essentiels
  protocoles concernés à tout moment.
                                                                            •    Chaque laboratoire doit mener une évaluation locale
• Le traitement initial (avant l’inactivation) des échantillons
                                                                                 (c’est-à-dire institutionnelle) des risques destinée à
  doit se dérouler dans une enceinte de sécurité biologique
                                                                                 vérifier qu’il est compétent pour réaliser en toute
  (ESB) validée ou dans un dispositif de confinement
                                                                                 sécurité les analyses voulues avec les mesures
  primaire.
                                                                                 appropriées de maîtrise des risques en place, comme
• Les travaux de laboratoire à visée diagnostique non                            illustré à l’annexe II.
  propagateurs     (par     exemple,     séquençage,     test               •    Lors de la manipulation et du traitement des
  d’amplification d’acide nucléique) doivent être menés dans                     échantillons, notamment les échantillons de sang
  une installation utilisant des procédures équivalentes au                      destinés aux épreuves sérologiques, les pratiques et
  niveau de sécurité biologique 2 (NSB-2).                                       les procédures de laboratoire qui sont à la base des
                                                                                 bonnes pratiques et procédures microbiologiques
• Les tests rapides au point de service ou à proximité du point                  (BPPM) doivent être suivies.
  de service peuvent être réalisés sur une paillasse sans                   •    La manipulation et le traitement des échantillons
  utiliser d’ESB, lorsque l’évaluation locale des risques le                     provenant de cas suspects ou confirmés de COVID-
  permet et que les précautions adéquates sont en place.                         19 sur lesquels il est prévu de pratiquer des tests de
• Les travaux propagateurs (culture de virus ou tests de                         laboratoire supplémentaires, tels que des analyses
  neutralisation, par exemple) doivent être menés dans un                        hématologiques ou des analyses des gaz du sang,
  laboratoire de confinement équipé d’un système de                              doivent suivre les directives standard sans mesures
  ventilation à flux d’air dirigé vers l’intérieur (NSB-3).                      supplémentaires.

• Il convient d’utiliser des désinfectants appropriés dont
  l’activité contre les virus à enveloppe est prouvée (par
  exemple, hypochlorite [eau de Javel], alcool, peroxyde
  d’hydrogène, composés d’ammonium quaternaire, et
  dérivés phénoliques).
• Les échantillons provenant de patients qui sont des cas
  présumés ou confirmés doivent être transportés en tant que
  « Matière biologique, Catégorie B », sous le N° ONU 3373.
  Les cultures de virus ou les isolats de virus doivent être
  transportés en tant que « Matière infectieuse pour
  l’homme » de Catégorie A, sous le N° ONU 2814.

                                                                  -1-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires

     •     Les travaux de laboratoire à visée diagnostique non                                      infectieuse pour l’homme » de Catégorie A, sous le
           propagateurs, notamment les séquençages et les tests                                     N° ONU 2814 (6).
           d’amplification d’acide nucléique, réalisés sur des
           échantillons cliniques issus de patients présumés ou                          Recommandations concernant les conditions
           confirmés infectés par le virus de la COVID-19,
           doivent être menés en adoptant les pratiques et les                           de travail minimales/essentielles associées à
           procédures faisant partie des « exigences                                     des manipulations spécifiques en laboratoire
           fondamentales », 1 telles que détaillées à l’annexe I,
           et un ensemble convenablement choisi de « mesures                             Les recommandations supplémentaires présentées dans cette
           de maîtrise renforcées », 2 dépendant de l’évaluation                         section portent sur les conditions de travail
           locale des risques. Sur ces points, le niveau de                              minimales/essentielles associées à des manipulations
           sécurité biologique 2 (NSB-2) utilisable pour les                             spécifiques en laboratoire.
           services de diagnostic et décrit dans le Manuel de
           sécurité biologique en laboratoire, troisième édition                              1. Évaluation des risques
           (3) de l’OMS reste approprié jusqu’à ce que la                                L’évaluation des risques est un processus systématique
           quatrième édition en donne une nouvelle version.                              consistant à rassembler des informations et à évaluer la
     •     La manipulation de matériels contenant des                                    probabilité et l’impact d’une exposition à un ou plusieurs
           concentrations élevées de virus vivant (par exemple                           dangers sur le lieu de travail ou d’une libération/diffusion de
           lorsqu’on effectue une propagation du virus, un                               ces dangers, et à déterminer les mesures appropriées de
           isolement du virus ou des tests de neutralisation) ou                         maîtrise des risques permettant de ramener le risque à un
           de grands volumes de matériels infectieux doit être                           niveau acceptable. Les dangers seuls ne constituent pas un
           effectuée uniquement par du personnel bien                                    risque pour les hommes ou les animaux. Le type d’équipement
           formé et compétent, dans des laboratoires                                     utilisé et la ou les procédures mises en œuvre avec l’agent
           répondant à des critères et des pratiques de                                  biologique jouent également un rôle.
           confinement         essentiels       supplémentaires,
           autrement dit, une sécurité biologique de niveau 3                            Il est fortement recommandé de commencer par effectuer une
           (NSB-3).                                                                      évaluation locale des risques pour chaque étape du processus,
     •     Le traitement initial (avant l’inactivation) de tous les                      autrement dit depuis le prélèvement des échantillons, la
           échantillons, y compris ceux destinés au séquençage                           réception des échantillons, les tests cliniques, l’amplification
           ou aux tests d’amplification d’acide nucléique, doit                          en chaîne par polymérase (PCR) jusqu’à l’isolement du virus
           se dérouler dans une ESB convenablement                                       (uniquement si et quand cela est possible). Les dangers
           entretenue et validée ou dans un dispositif de                                spécifiques propres à chaque étape du processus seront
           confinement primaire.                                                         identifiés et caractérisés, tels que l’exposition aux aérosols au
     •     Le tampon de lyse externe des kits d’extraction                               cours du traitement des échantillons ; les projections dans les
           d’ARN ordinaires répertoriés est efficace pour                                yeux au cours du traitement des échantillons ; le renversement
           inactiver le virus de la COVID-19 sans chaleur ou                             de cultures de matériels infectieux ; et les fuites d’échantillons
           autres moyens supplémentaires (4).                                            hors des récipients qui les contiennent. À chaque étape du
                                                                                         processus correspond un degré de risque bien précis, qui est
     •     Les désinfectants appropriés qui ont démontré leur
                                                                                         évalué. Pour chaque risque caractérisé, il convient de
           efficacité contre les virus à enveloppe doivent être
                                                                                         sélectionner et d’appliquer les mesures de maîtrise des risques
           utilisés pendant le temps de contact recommandé, à
                                                                                         appropriées, notamment les recommandations ci-après, afin
           la bonne dilution et avant la date de péremption à
                                                                                         d’atténuer les risques résiduels en les ramenant à un niveau
           compter de la préparation de la solution de travail.
                                                                                         acceptable.
     •     Toutes les procédures techniques doivent être
           effectuées de façon à réduire au minimum la                                   Il faut accorder une attention particulière aux risques liés aux
           production d’aérosols et de gouttelettes (5).                                 facteurs humains. La probabilité d’erreurs et d’incidents est
     •     Un équipement de protection individuel (EPI)                                  plus élevée lorsque le personnel n’est pas suffisamment formé
           approprié, tel que déterminé par une évaluation des                           et que les membres du personnel sont sous pression pour
           risques détaillée, doit être porté par tous les                               produire des résultats rapides.
           personnels de laboratoire manipulant ces
           échantillons.                                                                 Un modèle d’évaluation des risques est présenté à l’annexe II ;
     •     Les échantillons provenant de patients qui sont des                           il est destiné à servir d’exemple et à faciliter le processus.
           cas présumés ou confirmés doivent être transportés
           en tant que « Matière biologique, Catégorie B »,                                   2.    Procédures habituelles de laboratoire, y compris
           sous le N° ONU 3373. Les cultures ou isolats de                                          les travaux à visée diagnostique non propagateurs
           virus doivent être transportés en tant que « Matière                                     et l’analyse PCR

1 Exigences fondamentales : Ensemble d’exigences minimales définies                      2 Mesures de maîtrise renforcées : Ensemble de mesures de maîtrise des
dans la quatrième édition du Manuel de sécurité biologique en laboratoire                risques qui peuvent devoir être appliquées dans une installation de
de l’OMS, qui décrivent une combinaison de différentes mesures de                        laboratoire dès lors que le résultat d’une évaluation du risque indique que
maîtrise des risques qui à la fois sont le fondement, et font partie intégrante,         les agents biologiques manipulés et/ou que les activités à effectuer avec ces
de la sécurité biologique en laboratoire. Ces mesures reflètent les normes               derniers sont associés à un risque relativement élevé qui ne peut être
internationales et les meilleures pratiques en matière de sécurité biologique            acceptable au regard des seules exigences fondamentales.
qui sont nécessaires pour travailler en toute sécurité avec des agents
biologiques, même lorsque les risques associés sont minimes.

                                                                                   -2-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires

Les travaux de laboratoire à visée diagnostique et l’analyse                     Ces tests pourraient être effectués sur une paillasse sans utiliser
PCR, qui ne comportent pas de phase de mise en culture, et qui                   d’ESB, dès lors que l’évaluation locale des risques le permet
sont réalisés sur des échantillons cliniques provenant de                        et que les conditions suivantes sont entièrement remplies :
patients présumés ou confirmés infectés par le virus de la
COVID-19, doivent être menés en adoptant les pratiques et les                          •    ils doivent être effectués sur une nappe ou un grand
procédures décrites pour les laboratoires traditionnels de                                  papier essuie-tout dans un endroit bien ventilé et peu
microbiologie et de biologie médicale, telles que présentées                                encombré, où il n’y a pas de documents,
dans les « exigences fondamentales » (voir l’annexe I).                                     d’ordinateurs ou d’objets personnels ;
                                                                                       •    un EPI approprié doit être porté comme pour les
Cependant, toutes les manipulations de matériel                                             autres analyses de laboratoire manuelles : par
potentiellement infectieux, y compris celles qui peuvent                                    exemple, mais sans s’y limiter, une blouse de
provoquer des éclaboussures, des gouttelettes ou des aérosols                               laboratoire intégrale à manches longues (élastiquées
de matériel infectieux (par exemple, chargement et                                          aux poignets), des lunettes de protection ou de
déchargement de godets de centrifugeuse scellés, broyage,                                   sécurité, et des gants jetables adaptés ;
mélange, agitation ou mixage énergique, désagrégation par                              •    l’évaluation des risques doit fournir des informations
ultrasons, ouverture de récipients contenant du matériel                                    sur la nécessité ou non d’une protection respiratoire à
infectieux dont la pression intérieure peut être différente de la                           titre de précaution supplémentaire ;
pression ambiante) doivent être effectuées dans des ESC ou                             •    le personnel doit être bien formé aux BPPM ;
des dispositifs de confinement primaire correctement                                   •    les tests ne doivent pas être réalisés à la hâte ou sous
entretenus et validés, par du personnel ayant des capacités                                 une pression accrue dans l’optique de raccourcir leur
avérées.                                                                                    délai normal d’exécution ;
                                                                                       •    une procédure de gestion des déchets infectieux doit
Les procédures habituelles de laboratoire comprennent par
                                                                                            avoir été validée, notamment pour les échantillons
exemple :
                                                                                            excédentaires.
    •    les tests de diagnostic pratiqués sur le sérum ; le sang
                                                                                 Si la plateforme GeneXpert en place ou une plateforme
         (notamment hématologie et chimie clinique) ; les
                                                                                 similaire existante utilisée par le programme de lutte contre la
         échantillons des voies respiratoires tels que les
                                                                                 tuberculose doit être temporairement partagée pour la
         écouvillons nasopharyngés et oropharyngés, les
                                                                                 réalisation des tests COVID-19, l’équipement est
         expectorations et/ou les produits d’aspiration
                                                                                 probablement déjà installé dans un endroit approprié avec une
         endotrachéale ou de lavage bronchoalvéolaire ; les
                                                                                 ventilation suffisante (9). Dans ce cas, il n’est pas
         selles ; ou d’autres échantillons ;
                                                                                 particulièrement nécessaire de le réinstaller ailleurs. Si
    •    l’examen courant des cultures mycologiques et                           l’équipement a été utilisé pour des programmes de lutte contre
         bactériennes développées à partir d’échantillons des                    des maladies non respiratoires, telles que le VIH/sida, il est
         voies respiratoires. Lors de la manipulation et du                      important de veiller à ce que la ventilation soit adéquate avant
         traitement des échantillons, les « exigences                            de commencer les tests de dépistage de la COVID-19.
         fondamentales » (voir l’annexe I), y compris les
         BPPM, doivent être respectées à tout moment, y                                4.   Utilisation des désinfectants appropriés
         compris, mais sans s’y limiter, celles des rubriques
         suivantes. La série de vidéos sur la sécurité                           Même si l’on en sait peu sur ce nouveau virus, les
         biologique de l’OMS donne plus de détails et                            caractéristiques génétiques comparables entre le virus
         d’explications à ce sujet (7).                                          responsable de la COVID-19 et le MERS-CoV suggèrent que
                                                                                 le virus de la COVID-19 pourrait être sensible aux
    3.   Tests au point de service ou à proximité du                             désinfectants qui ont démontré leur efficacité contre les virus
         point de service                                                        à enveloppe, parmi lesquels l’hypochlorite de sodium (eau de
                                                                                 Javel ; par exemple, 1000 parties par million [ppm] (0,1 %)
Des tests rapides au point de service ou à proximité du point                    pour la désinfection générale des surfaces et 10 000 ppm (1 %)
de service, notamment ceux utilisant des plateformes                             pour la désinfection des déversements d’échantillons) ;
polyvalentes telles que le système GeneXpert, ont récemment                      l’éthanol à 62-71 % ; le peroxyde d’hydrogène à 0,5 % ; les
été lancés pour dépister le virus de la COVID-19 dans des                        composés d’ammonium quaternaire ; et les dérivés
échantillons tels que l’écouvillon nasopharyngé, le lavage                       phénoliques, s’ils sont utilisés conformément aux
nasal et l’aspiration nasale. Chaque plateforme de test                          recommandations du fabricant. D’autres agents biocides tels
moléculaire rapide utilise des protocoles de traitement                          que le chlorure de benzalkonium à 0,05-0,2 % ou le
d’échantillon différents, et il est difficile de généraliser les                 digluconate de chlorhexidine à 0,02 % peuvent être moins
recommandations de sécurité. Il y a toujours des risques de                      efficaces.
renversement accidentel de liquides, surtout lorsque le
personnel n’est pas suffisamment formé et qu’il est en même                      Il convient de porter une attention particulière non seulement
temps soumis à une énorme pression pour fournir des résultats                    au choix du désinfectant, mais aussi au temps de contact (par
rapides.                                                                         exemple, 10 minutes), à la dilution (c’est-à-dire la
                                                                                 concentration de l’ingrédient actif), à la durée de conservation
On estime cependant que la manipulation des échantillons et                      et à la date de péremption à compter de la préparation de la
le niveau de production d’aérosols seraient minimes (8). La                      solution de travail.
Food and Drug Administration des États-Unis d’Amérique a
autorisé l’utilisation des tests GeneXpert en dehors des                         Le virus de la COVID-19 et les coronavirus humains en
laboratoires NSB-2 et sur les lieux de soins des patients (1).                   général sont connus pour persister sur les surfaces inanimées

                                                                          -3-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires

telles que le métal, le verre ou le plastique pendant 7 et 9 jours                           d’entraîner une co-infection et par suite, une
au maximum, respectivement (10,11).                                                          recombinaison ;
                                                                                        •    culture de virus en présence de médicaments
    5.   Isolement de virus                                                                  antiviraux ;
                                                                                        •    modification génétique délibérée de virus.
Sauf décision contraire du pays, l’isolement de virus à partir
d’échantillons cliniques issus de patients présumés ou                                  7.   Travail avec des animaux infectés par le virus
confirmés infectés par le virus responsable de la COVID-19 ne                                responsable de la COVID-19
doit être effectué que dans des laboratoires capables de
répondre aux critères de confinement supplémentaires                              Les activités suivantes exigent une animalerie - Sécurité
suivants :                                                                        biologique niveau 3, avec des installations et des pratiques de
                                                                                  travail NSB-3, telles que détaillées dans le Manuel de sécurité
    •    un système de ventilation doit créer un courant d’air                    biologique en laboratoire, 3e édition, publié par l’OMS (3) :
         dirigé de la zone d’accès vers l’intérieur de la salle ;
    •    l’air qui sort du laboratoire de confinement ne doit                           •    inoculation d’animaux en vue d’étudier la guérison
         pas être recyclé dans d’autres zones du bâtiment.                                   possible d’une infection par le virus de la COVID-
         L’air doit être filtré au moyen d’un filtre HEPA (filtre                            19 ;
         à particules de haute efficacité), s’il est reconditionné                      •    tout protocole impliquant l’inoculation d’animaux à
         et recyclé à l’intérieur du laboratoire. Lorsque l’air                              des fins de confirmation et/ou de caractérisation du
         évacué du laboratoire est rejeté directement à                                      virus de la COVID-19.
         l’extérieur du bâtiment, il doit être dispersé loin des
         bâtiments occupés et des prises d’air. Cet air devrait                         8.   Transfert des échantillons à des laboratoires
         être évacué à travers des filtres HEPA ;                                            ayant en place des mesures appropriées de
    •    un lavabo spécialement affecté au lavage des mains                                  maîtrise des risques
         doit être disponible dans le laboratoire ;
    •    toutes les manipulations de matériel infectieux ou                       Les laboratoires qui ne sont pas en mesure de respecter les
         potentiellement infectieux doivent impérativement                        recommandations de sécurité biologique ci-dessus doivent
         être effectuées dans des ESC convenablement                              envisager d’adresser les échantillons à des laboratoires de
         entretenues et validées ;                                                référence nationaux, régionaux ou internationaux disposant de
    •    les agents de laboratoire doivent porter un                              capacités de détection de la COVID-19 qui peuvent respecter
         équipement de protection, comprenant des gants                           les recommandations de sécurité biologique.
         jetables ; une blouse unie sur le devant ou
         enveloppante à pans croisés, une tenue de bloc, un                       Emballage et expédition
         sarrau, ou une combinaison avec des manches qui
                                                                                  Toutes les matières transportées dans et entre les laboratoires
         recouvrent entièrement les avant-bras ; une coiffe ;
                                                                                  doivent être placées dans un emballage secondaire afin de
         des surchaussures ou des chaussures spéciales ; et une
                                                                                  réduire au minimum le risque de casse ou de renversement. Les
         protection oculaire (lunettes de protection ou écran
                                                                                  échantillons quittant l’ESB doivent être décontaminés en
         facial). L’évaluation des risques doit fournir des
                                                                                  surface. Des conseils détaillés sont donnés dans la série de
         informations sur la nécessité ou non d’une protection
                                                                                  vidéos sur la sécurité biologique de l’OMS (7), en particulier,
         respiratoire (masque respiratoire filtrant contre les
                                                                                  Good microbiological practices and procedures (GMPP) 7:
         particules, ayant fait l’objet d’un test d’ajustement :
                                                                                  transport.
         par exemple modèle conforme à la norme FFP2 de
         l’UE, ou certifié N95 par le NIOSH des États-Unis                        Le transport d’échantillons à l’intérieur des frontières d’un
         d’Amérique, ou équivalent, ou protection respiratoire                    pays doit respecter la réglementation nationale. Le transport
         supérieure) ;                                                            transfrontalier d’échantillons du virus responsable de la
    •    la centrifugation des échantillons doit être réalisée à                  COVID-19 doit respecter les règlements types des Nations
         l’aide de rotors de centrifugeuses, ou de godets à                       Unies, notamment les Instructions techniques pour la sécurité
         échantillons, qui sont scellés. Ces rotors ou godets                     du transport aérien des marchandises dangereuses (Doc 9284)
         doivent être remplis et vidés sous une enceinte de                       de l’Organisation de l’aviation civile internationale (12) pour
         sécurité biologique.                                                     le transport aérien, et toute autre réglementation applicable
                                                                                  selon le mode de transport utilisé. Des renseignements
    6.   Risques supplémentaires associés aux études                              complémentaires sont fournis dans le Guide pratique de
         d’isolement de virus                                                     l’OMS sur l’application du Règlement relatif au transport des
                                                                                  matières infectieuses 2019–2020 (en vigueur au 1er janvier
Certains protocoles expérimentaux peuvent comporter des
                                                                                  2019) (6). Un résumé sur le transport des matières infectieuses
risques supplémentaires, liés par exemple à des mutations
                                                                                  est également présenté dans la Boîte à outils 4 « Tool box 4 »
virales avec augmentation éventuelle de la pathogénicité et/ou
                                                                                  du manuel de l’OMS sur la gestion des épidémies intitulé
de la transmissibilité, ou liés à des virus dont l’antigénicité ou
                                                                                  Managing epidemics: key facts about deadly diseases (13).
la sensibilité aux médicaments se retrouvent altérés. Il
convient de procéder à une évaluation spécifique des risques,                     Les échantillons provenant de patients qui sont des cas
et d’adopter des mesures spécifiques de réduction des risques,                    présumés ou confirmés doivent être transportés en tant que
avant d’effectuer l’une des procédures suivantes :                                « Matière biologique, Catégorie B », sous le N° ONU 3373
                                                                                  lorsqu’ils sont transportés à des fins de diagnostic ou de
    •    co-infection de cultures cellulaires avec des                            recherche. Les cultures ou isolats de virus doivent être
         coronavirus différents, ou toute technique susceptible                   transportés en tant qne « Matière infectieuse pour l’homme »

                                                                           -4-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires

de Catégorie A, sous le N° ONU 2814 (6). Tous les                                      bioaerosol infection risk by the Xpert MTB/RIF assay
échantillons transportés (que ce sous le N° ONU 3373 ou le N°                          and its applicability to point-of-care settings. J Clin
ONU 2814) doivent avoir un emballage, un étiquetage, et une                            Pharmacol. 2010; 48(10):3551-7.
documentation corrects, tels que décrits dans les documents                            (https://jcm.asm.org/content/jcm/48/10/3551.full.pdf,
susmentionnés.                                                                         accessed 6 April 2020).

                                                                                9.     Manuel de sécurité biologique pour les laboratoires de
                                                                                       la tuberculose. Genève, Organisation mondiale de la
Références bibliographiques                                                            Santé, 2012
                                                                                       (https://www.who.int/tb/publications/2012/tb_biosafet
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     accessed 3 May 2020).                                                          (https://www.medrxiv.org/node/74521.external-
                                                                                    links.html, accessed 7 April 2020).
2.   Coronavirus disease (COVID-19) technical guidance:
     surveillance and case definitions. Geneva: World                           11. Kampf G, Todt D, Pfaender S, Steinmann E.
     Health Organization; 2020                                                      Persistence of coronaviruses on inanimate surfaces and
     (https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-                               their inactivation with biocidal agents. J Hosp Infect.
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                                                                                    owPdf?pii=S0195-6701%2820%2930046-3, accessed
3.   Manuel de sécurité biologique en laboratoire, 3e                               6 April 2020).
     édition. Genève, Organisation mondiale de la Santé,
     2004                                                                       12. International Civil Aviation Organization (ICAO).
     (https://www.who.int/csr/resources/publications/biosaf                         Safety. Technical instructions for the safe transport of
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     6 avril 2020).                                                                 (https://www.icao.int/safety/DangerousGoods/Pages/te
                                                                                    chnical-instructions.aspx, accessed 6 April 2020).
4.   CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-
     Time RT-PCR Diagnostic Panel. Atlanta: Centers for                         13. Managing epidemics, key facts about major deadly
     Disease Control and Prevention; 2020                                           diseases. Geneva: World Health Organization; 2018
     (https://www.fda.gov/media/134922/download,                                    (https://apps.who.int/iris/handle/10665/272442,
     accessed 22 April 2020).                                                       accessed 6 April 2020).

                                                                                14. La friction hydro-alcoolique - Comment ? Avec un
5.   van Doremalen N, Bushmaker T, Morris DH,
                                                                                    produit hydro-alcoolique. Lavage des mains -
     Holbrook MG, Gamble A, Williamson BN, et al.
                                                                                    Comment ? Avec du savon et de l’eau. Genève,
     Aerosol and surface stability of SARS-CoV-2 as
                                                                                    Organisation mondiale de la Santé, 2006
     compared with SARS-CoV-1. N Engl J Med. 2020
                                                                                    (https://www.who.int/gpsc/tools/friction_lavage.pdf?ua
     Mar 17
                                                                                    =1, consulté le 6 avril 2020).
     (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc200497
     3, accessed 7 April 2020).
6.   Guide pratique sur l’application du Règlement relatif
     au Transport des matières infectieuses 2019-2020.
     Genève, Organisation mondiale de la Santé, 2019                            Remerciements
     (WHO/WHE/CPI/2019.20 ;                                                     Les personnes suivantes ont contribué à la rédaction des
     https://www.who.int/ihr/publications/WHO-WHE-                              présentes orientations :
     CPI-2019.20/en/, accessed 6 April 2020).
                                                                                Stuart Blacksell, Mahidol Oxford Tropical Medicine
7.   Strengthening health security by implementing the                          Research Unit (Thaïlande) ; Christina Scheel, Centers for
     International Health Regulations (2005). Biosafety                         Disease Control and Prevention (États-Unis d’Amérique) ;
     video series. Geneva: World Health Organization;                           Kathrin Summermatter, Institute for Infectious Diseases,
     (year) (https://www.who.int/ihr/publications/biosafety-                    University of Bern (Suisse).
     video-series/en/, accessed 6 April 2020).                                  Programme OMS de gestion des situations d’urgence
                                                                                sanitaire (WHE) : Kazunobu Kojima, Rica Zinsky, Zsofia
8.   Banada PP, Sivasubramani SK, Blakemore R, Boehme
                                                                                Igloi, Karin von Eije, Mark Parkins, Maria Van Kerkhove.
     C, Perkins MD, Fennelly K, Alland D. Containment of

                                                                         -5-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires

Annexe I : Exigences fondamentales                                                • S’abstenir d’utiliser des appareils électroniques portables
                                                                                  (par exemple, téléphones mobiles, tablettes, ordinateurs
1. Bonnes pratiques et procédures microbiologiques                                portables, disques durs à mémoire flash, clés USB,
(BPPM)                                                                            appareils photo ou autres appareils portables, y compris
                                                                                  ceux utilisés pour le séquençage de l’ADN/ARN) lorsque
Meilleure pratique                                                                les procédures de laboratoire ne demandent pas
• Ne jamais entreposer de la nourriture ou des boissons,                          spécifiquement d’en utiliser.
ou des objets personnels tels que les manteaux et les sacs,
dans le laboratoire. Les activités telles que manger, boire,                      • Garder les appareils électroniques portables dans des
fumer, et se maquiller ne doivent être effectuées qu’en                           endroits où ils ne peuvent pas être facilement contaminés
dehors du laboratoire.                                                            ou agir comme des fomites susceptibles de transmettre
                                                                                  l’infection. Lorsque la proximité de ces appareils avec des
• Ne pas mettre dans sa bouche des objets tels que crayons                        agents biologiques est inévitable, s’assurer que les
ou stylos ni mâcherdu chewing-gum lorsqu’on se trouve                             appareils sont soit protégés par une barrière physique, soit
dans le laboratoire, que l’on porte des gants ou non.                             décontaminés avant d’être sortis du laboratoire.
• Se laver soigneusement les mains (14), de préférence à                          Procédures techniques
l’eau courante chaude avec du savon, après avoir                                  • Éviter l’inhalation d’agents biologiques. Utiliser les
manipulé du matériel biologique et/ou des animaux, avant                          techniques de BPPM pour réduire au minimum la
de quitter le laboratoire ou lorsque l’on sait ou pense que                       formation d’aérosols et de gouttelettes lors de la
les mains sont contaminées.                                                       manipulation des échantillons.
• Veiller à ce que les flammes nues ou les sources de                             • Éviter l’ingestion d’agents biologiques et leur contact
chaleur ne soient jamais placées à proximité de                                   avec la peau et les yeux.
fournitures inflammables et ne soient jamais laissées sans
surveillance.                                                                     • Porter systématiquement des gants jetables lors de la
                                                                                  manipulation des échantillons.
• S’assurer que les coupures ou la peau abîmée sont
protégées (couvertes) avant d’entrer dans le laboratoire.                         • Éviter que les mains gantées n’entrent en contact avec le
                                                                                  visage.
• Avant d’entrer dans le laboratoire, vérifier que les
fournitures destinées aux appareils de laboratoire et que                         • Utiliser un dispositif pour se protéger la bouche, les yeux
les consommables sont en quantité suffisante, notamment                           et le visage (écran facial ou autre) pendant les procédures
les réactifs, les EPI et les désinfectants, et que ces articles                   susceptibles de provoquer des éclaboussures.
sont adaptés aux activités envisagées.
                                                                                  • Dans la mesure du possible, remplacer la verrerie par du
• Veiller à ce que les fournitures soient stockées en toute                       matériel équivalent en plastique.
sécurité et conformément aux instructions de stockage
afin de réduire les accidents et les incidents : par exemple                      • Si nécessaire, utiliser des ciseaux à bouts mousse ou
faire en sorte que le matériel entreposé ne puisse ni se                          arrondis plutôt que des ciseaux à bouts pointus.
renverser, ni glisser, ni tomber.
                                                                                  • Manipuler tout objet pointu ou tranchant, seringue ou
• Veiller au bon étiquetage de tous les agents biologiques                        aiguille avec précaution afin d’éviter les blessures et le
et de toutes les matières chimiques et radioactives.                              risque de s’injecter des agents biologiques.

• Protéger les documents écrits de la contamination en                            • Utiliser des ouvre-ampoules pour manipuler les ampoules
utilisant des barrières (telles que des couvertures en                            en toute sécurité.
plastique), en particulier pour ceux qui doivent
éventuellement être sortis du laboratoire.                                        • Ne jamais recapuchonner, casser ou désadapter les
                                                                                  aiguilles des seringues jetables.
• Veiller à ce que le travail soit effectué avec soin et sans
précipitation. Éviter de travailler lorsqu’on est fatigué.                        • Éliminer tout objet pointu ou tranchant (par exemple
                                                                                  aiguilles, aiguilles montées sur seringues, lames, débris de
• Maintenir la zone de travail bien rangée et propre,                             verre) dans un collecteur imperforable ou du moins
dégagée d’objets ou de matériels non essentiels.                                  résistant à la perforation, équipé d’un couvercle
                                                                                  hermétiquement fermé.
• Interdire l’utilisation des écouteurs, qui peuvent distraire
le personnel et qui empêchent d’entendre sonner les                               • Prévenir la dissémination d’agents biologiques :
alarmes des appareils ou des installations.                                          – les échantillons et les cultures destinés à être
                                                                                         éliminés doivent être placés dans des conteneurs
• Recouvrir ou enlever les bijoux qui pourraient déchirer
                                                                                         étanches dont les extrémités sont correctement
les gants, être facilement contaminés ou se transformer en
                                                                                         fermées, avant d’être jetés dans des conteneurs à
fomites. Le nettoyage et la décontamination des bijoux ou
                                                                                         déchets spécifiques ;
des lunettes doivent être prévus, si ces objets sont portés
                                                                                     – les flacons doivent être ouverts après avoir
régulièrement.
                                                                                         enveloppé le bouchon dans un tampon de coton ou
                                                                                         de gaze imprégné d’un désinfectant ;

                                                                           -6-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires

  –    les surfaces de travail doivent être décontaminées                          éviter les flux d’air turbulents ; cela s’applique également
       avec un désinfectant approprié à la fin des                                 à la ventilation naturelle.
       procédures de travail et si des matières sont
       renversées ou manifestement contaminées ;                                   • L’espace et les installations de laboratoire doivent être
  –    il faut s’assurer que le désinfectant est efficace                          bien dimensionnés et bien adaptés à la manipulation et au
       contre l’agent pathogène manipulé et qu’il est laissé                       stockage en toute sécurité des matières infectieuses et
       en contact avec les déchets infectieux suffisamment                         autres matières dangereuses, telles que les produits
       longtemps pour les inactiver complètement.                                  chimiques et les solvants.

2. Compétences et formation du personnel                                           • Les installations pour manger et boire doivent absolument
                                                                                   être prévues en dehors du laboratoire, et les installations de
Familiarisation générale et formation de sensibilisation                           premiers secours doivent être accessibles.
La formation générale doit passer par une présentation du
plan et du fonctionnement du laboratoire ; il faut également                       • Des méthodes appropriées de décontamination des
familiariser les nouveaux personnels avec les dispositions                         déchets, par exemple des désinfectants et des autoclaves,
du code de bonnes pratiques et leur indiquer les directives                        doivent être disponibles à proximité du laboratoire.
locales, et notamment leur présenter le guide d’hygiène et
sécurité, les évaluations des risques, les exigences                               • La gestion des déchets doit impérativement être prise en
législatives, et les procédures d’intervention en cas                              compte dans la conception du laboratoire. Les systèmes de
d’urgence.                                                                         sécurité doivent couvrir les risques d’incendie et les
                                                                                   accidents d’origine électrique et doivent prévoir les
Formation spécialisée propre à chaque poste de travail                             services et équipements d’intervention en cas
• Les obligations en matière de formation peuvent varier en                        d’urgence/d’incident, en fonction de l’évaluation des
fonction des postes occupés.                                                       risques.

• Cependant, d’une manière générale, il faut que tout le                           • L’alimentation électrique et l’éclairage doivent être
personnel impliqué dans la manipulation des agents                                 fiables et d’une puissance suffisante, pour permettre de
biologiques soit formé aux BPPM.                                                   sortir en toute sécurité en cas de nécessité.

• Il faut se servir de l’évaluation des compétences et des                         • Les situations d’urgence doivent être prises en compte
aptitudes professionnelles et vérifier celles-ci avant de                          dans la conception, selon les indications fournies par
laisser travailler les personnes en autonomie ; les                                l’évaluation locale des risques, et doivent intégrer le
compétences et les aptitudes seront par la suite                                   contexte géographique/météorologique.
régulièrement réévaluées et remises à jour avec des
formations de recyclage.                                                           4. Réception et conservation des échantillons

• Les informations pertinentes, telles que les nouvelles                           • Un échantillon reçu par le laboratoire doit
techniques et procédures, doivent être réactualisées et                            obligatoirement     être     accompagné        d’informations
communiquées au personnel concerné.                                                suffisantes pour identifier de quoi il s’agit, quand et où il a
                                                                                   été prélevé ou préparé, et quels tests et/ou procédures (le
Formation sur la sûreté et la sécurité                                             cas échéant) doivent être effectués.
• Tout le personnel doit impérativement connaître les
dangers présents dans le laboratoire et les risques qui y sont                     • Il faut penser à défaire l’emballage des articles à
associés, ainsi que les procédures de travail sûres et les                         l’intérieur de l’enceinte de sécurité biologique. Le
mesures de sécurité ; il doit également savoir comment se                          personnel chargé de déballer et de réceptionner les
préparer et agir face aux situations d’urgence.                                    échantillons doit avoir reçu une formation adéquate sur les
                                                                                   dangers encourus ; il doit avoir appris à respecter les
3. Conception et aménagement des installations                                     précautions qui s’imposent, conformément aux BPPM
                                                                                   décrites précédemment, à manipuler les conteneurs brisés
• Le laboratoire doit être suffisamment spacieux et un                             ou qui fuient, et à traiter les déversements accidentels et
lavabo réservé au lavage des mains doit être prévu, avec les                       utiliser des désinfectants pour traiter toute contamination.
limitations d’accès appropriées.
                                                                                   • Les échantillons doivent être conservés dans des
• Les portes doivent être correctement signalées, et les                           conteneurs dont la résistance, l’intégrité et le volume sont
murs, les sols et les meubles du laboratoire doivent être                          suffisants pour contenir l’échantillon, et qui sont étanches
lisses, faciles à nettoyer, imperméables aux liquides et                           lorsque le bouchon ou la capsule est placé correctement. Il
résistants aux produits chimiques et aux désinfectants                             convient d’utiliser autant que possible des conteneurs en
normalement utilisés au laboratoire.                                               plastique sans trace de matière biologique sur l’extérieur de
                                                                                   l’emballage. En outre, les conteneurs doivent être
• La ventilation du laboratoire, lorsqu’elle est prévue (y                         correctement étiquetés, marqués et enregistrés pour
compris les systèmes de chauffage/refroidissement et en                            faciliter leur identification, et fabriqués dans un matériau
particulier les ventilateurs et les unités de climatisation                        adapté au type de stockage requis.
locales à double système de refroidissement - notamment
en cas de réaménagement) doit assurer une circulation d’air                        • Les méthodes d’inactivation doivent être correctement
qui ne nuit pas à la sécurité du travail. Il faut faire attention                  validées à chaque étape d’inactivation, avant de transférer
aux vitesses et aux directions des flux d’air obtenus, et                          les échantillons vers d’autres zones pour de nouvelles
                                                                                   manipulations, telles qu’une analyse PCR.
                                                                            -7-
Orientations sur la sécurité biologique en laboratoire en rapport avec la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : orientations provisoires

5. Décontamination et gestion des déchets                                         • L’utilisation d’une protection respiratoire ne figure
                                                                                  généralement pas parmi les exigences fondamentales. Dans
• Toute surface ou tout matériel dont on sait qu’il est, ou                       le contexte actuel de la COVID-19, toutefois, une
pourrait être, contaminé par des agents biologiques au                            évaluation locale des risques doit être effectuée pour
cours des opérations de laboratoire doit être correctement                        déterminer si l’utilisation d’une protection respiratoire est
désinfecté afin de limiter les risques infectieux.                                nécessaire, notamment lorsque des procédures susceptibles
                                                                                  d’entraîner la formation d’aérosols et de gouttelettes seront
• Il faut mettre en place des processus appropriés pour                           effectuées en dehors de l’enceinte de sécurité biologique,
identifier et trier les matériels contaminés et les séparer de                    par exemple la centrifugation et la manipulation
leurs contenants, avant de procéder à la décontamination                          d’échantillons qui fuient. Sont également concernées les
ou à l’élimination.                                                               opérations qui peuvent provoquer des éclaboussures telles
                                                                                  que : chargement et déchargement de godets de
• Lorsque la décontamination n’est pas possible dans la                           centrifugeuse scellés, broyage, mélange, agitation ou
zone du laboratoire, ou sur le site, les déchets contaminés                       mixage énergique, désagrégation par ultrasons, ouverture
doivent être emballés de manière étanche, en vue d’être                           de récipients contenant du matériel infectieux lorsque la
transférés dans une autre installation dotée de moyens de                         pression intérieure peut être différente de la pression
décontamination.                                                                  ambiante.
6. Équipement de protection individuelle                                          7. Appareils et équipements de laboratoire
• L’utilisation de blouses de laboratoire est obligatoire dans                    Associée à l’utilisation efficace des BPPM, l’utilisation
les laboratoires pour éviter aux vêtements personnels de                          sécurisée des appareils et des équipements de laboratoire
recevoir des projections ou d’être contaminés par des                             permettra de réduire au minimum la probabilité
agents biologiques. Les blouses de laboratoire doivent être                       d’exposition du personnel lors de la manipulation ou du
à manches longues, de préférence élastiquées ou bien                              maniement des agents biologiques.
ajustées aux poignets, et doivent être entièrement
boutonnées lorsqu’elles sont portées dans le laboratoire.                         • Pour réduire véritablement les risques associés à
Les manches ne devraient jamais être retroussées. Les                             l’utilisation des équipements de laboratoire, la direction du
blouses doivent être suffisamment longues pour couvrir les                        laboratoire doit faire en sorte qu’il y ait suffisamment
genoux, mais ne doivent pas traîner au sol. Dans la mesure                        d’espace autour d’eux pour les utiliser sans gêne. Un
du possible, le tissu de la blouse de laboratoire doit être                       budget suffisant doit également être disponible pour le
résistant aux éclaboussures. Les blouses de laboratoire ne                        fonctionnement et l’entretien et la maintenance des
doivent être portées que dans les locaux désignés.                                équipements. Tout le personnel qui travaille dans le
Lorsqu’elles ne sont pas utilisées, elles doivent être rangées                    laboratoire ou qui est chargé de l’entretien et de la
correctement ; elles ne doivent pas être pendues au-dessus                        maintenance des appareils et des équipements doit avoir
d’autres blouses de laboratoire, ni conservées dans des                           reçu une formation adéquate et être en mesure de
casiers ou sur des cintres ou des patères avec des objets                         démontrer ses compétences.
personnels.
                                                                                  8. Plan d’intervention en cas d’urgence/d’incident
• Le port de gants jetables appropriés est obligatoire pour
toutes les procédures qui peuvent impliquer un contact                            • Même lorsque l’on effectue des travaux à faible risque et
intentionnel ou involontaire avec du sang, des liquides                           que l’on respecte toutes les exigences fondamentales en
biologiques ou d’autres matériels potentiellement                                 matière de sécurité biologique, des incidents peuvent
infectieux. Ils ne doivent pas être désinfectés ni réutilisés,                    quand même se produire. Pour réduire la probabilité
car l’exposition aux désinfectants et l’usure prolongée                           d’exposition à un agent biologique ou de libération d’un
réduisent l’intégrité du gant et diminuent la protection de                       agent biologique, ou pour réduire les conséquences de ce
l’utilisateur. Les gants doivent toujours être inspectés avant                    genre d’incidents, il est impératif d’élaborer un plan
d’être enfilés, pour vérifier qu’ils sont intacts.                                d’urgence prévoyant des modes opératoires normalisés
                                                                                  (MON) spécifiques à suivre dans les différents scénarios
• Le port de lunettes de protection (lunettes à coques ou                         d’urgence possibles qui s’appliquent au travail et à
lunettes-masques) ou de sécurité, d’écrans faciaux                                l’environnement local. Les employés doivent être formés à
(visières) ou d’autres dispositifs de protection est                              ces procédures normalisées et bénéficier d’un recyclage
obligatoire quand il est nécessaire d’assurer la protection                       périodique pour entretenir leurs compétences.
des yeux et du visage contre les projections de liquides, le
choc d’objets ou le rayonnement ultraviolet artificiel. Les                       • Des trousses de premiers secours, comprenant des
dispositifs de protection oculaire peuvent être réutilisés,                       fournitures médicales telles que des flacons rince-œil et des
mais doivent être systématiquement nettoyés après chaque                          pansements, doivent être disponibles et facilement
utilisation. En cas de projections, les dispositifs doivent                       accessibles au personnel. Ces produits doivent être
impérativement être décontaminés avec un désinfectant                             contrôlés régulièrement pour vérifier qu’ils respectent les
approprié.                                                                        dates de péremption et qu’ils sont en quantité suffisante.

• Le port de chaussures est obligatoire dans le laboratoire ;                     • Tous les incidents doivent être signalés sans délai au
elles doivent être conçues pour réduire au minimum le                             personnel compétent. Les accidents et incidents doivent
risque de glisser ou de trébucher, ainsi que le risque d’être                     être documentés, conformément à la réglementation
blessé par la chute d’objets ou d’être exposé aux agents                          nationale le cas échéant. Tout incident doit être consigné et
biologiques.                                                                      faire rapidement l’objet d’une enquête, dont les résultats

                                                                           -8-
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