Proposition de sujet de thèse 2016 - Cerege
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Proposition de sujet de thèse 2016 (A remplir par les équipes d'accueil et à retourner à Isabelle HAMMAD :hammad@cerege.fr MASTER : Ordre de priorité de la proposition(1) : Candidat(e)(1) Nom - Prénom : Date de naissance : Cursus de second cycle (origine, années, mention) : Mention et classement au Master (Xème sur Y) : Sujet de doctorat proposé Intitulé :Métabolomique et interactions biotiques dans les mangroves du Vietnam soumises au changement global Descriptif : Contexte et objectifs Les mangroves sont les seules forêts situées à l’interface terre‐mer dans les régions tropicales etsubtropicales de la planète. Elles sont constituées essentiellement de palétuviers, qui se développentdans les zones où l’énergie des vagues est moins élevée et permet le dépôt de sédiments fins favorables àleur installation et à leur développement (Alongi, 2002). Ces forêts sont des éléments clés desécosystèmes côtiers tropicaux qui fournissent de nombreux services écosystémiques comme l’apport dematières premières et de nourriture, d’habitats (e.g. migration, reproduction, ponte), la limitation del'érosion (e.g. cyclone, énergie des vagues) et de l’intrusion saline (Brander et al. 2012). Ces forêts sontparticulièrement importantes dans le sud Est Asiatique où elles sont exposées aux impacts duchangement climatique et à de nombreux forçages anthropiques. Par conséquent, leurs fonctionsécologiques et les services écosystémiques qu’elles fournissent sont menacés (Alongi, 2008). Uneamélioration de la connaissance du fonctionnement de ces forêts peut aider à comprendre leurdynamique dans un monde changeant.Les palétuviers sont des végétaux qui peuvent être riches en métabolites secondaires (PlantSecondaryMetabolites : PSM ; e.g. terpénoides, composésphénoliques). Certaines espèces présentent des concentrations remarquables en PSM, et leurs extraits sont souvent utilisés pour leur activité biologique (Collier et al., 1954, Vieira et al., 1968). Les changements environnementaux peuvent affecter fortement le métabolisme des plantes et enparticulier leur métabolisme secondaire. En effet, les PSM, bien que déterminés par les facteurs génétiques de l’espèce, peuventvarier en fonction du stade phénologique, de l’âge et surtout des facteurs biotiques et abiotiques(Kobayashi, 2004). Comprendre les variations des PSM en fonction des pressions des paramètresenvironnementaux, que ce soit dans le temps ou dans l’espace, représente donc un défi important (Iason et al., 2012). En effet, ces composés confèrent aux plantes des bénéfices considérables en termes de défensecontre les prédateurs, les pathogènes ainsi que les compétiteurs (allélopathie) ou de tolérance aux facteurs abiotiques.Ces composés sont donc des traits adaptatifs et contribuent à la fitness des plantes en augmentant leurcapacité de survie et de reproduction (Williams et al, 1989). Dans les mangroves, ces composés pourraient être fortement modifiés par les changements climatiques prévusdans les milieux tropicaux comme les évolutions de température ou de salinité.Dans ce contexte, l’apportde la métabolomique environnementale, champ disciplinaire en plein essor en sciences del’environnement, pourrait permettre de mieux comprendre les réponses biochimiques des palétuviersface aux variations des conditions abiotiques (Bundy et al., 2009). Ces PSM sont également impliqués dans lefonctionnement des écosystèmes que ce soit comme médiateurs des interactions biotiques (Proffit et al.,2007 ; Hossaert‐McKey et al. 2010 ; Fernandez et al., 2013) ou comme variable forçante de processusécosysytémiques. Ces médiations chimiques sont liées à la reproduction (e.g. pollinisation),aux relationsde compétition (e.g. allelopathie) ou aux relations trophiques comme la défense contre l’herbivorie mais aussi, une fois que les feuilles sénescentes tombent au sol et constituent la litière, l’utilisation par les décomposeurs. Le processus de décomposition est unprocessus clé qui participe à la remise à disposition des nutriments pour les plantes, à la structure descommunautés et donc à la productivité de l’écosystème. Il est sous la dépendance
de deux types defacteurs : les conditions environnementales et la composition biochimique des litières de feuilles, enparticulier le contenu de ces feuilles en PSM (Chomel et al. 2014, Chomel et al 2016). Ces facteurs contrôlent le processus à travers l’abondance etl’activité des décomposeurs. Parmi ces organismes, la macro et la mésofaune en milieu terrestre maisaussi les macroinvertébrés aquatiques jouent un rôle très important dans le processus de décomposition,soit par ingestion directe de la matière végétale en décomposition soit en stimulant la croissance desbactéries et des champignons par la consommation de litières colonisées par les microorganismes, plusappétentes pour la faune (Maraun et al. 2003 ; Baldy et al., 2007). Les changements dumétabolome, dus au changement climatique, pourraient entrainer en cascade des modifications du processus de décomposition des litières en influençant la diversité et l’efficacité des décomposeurs (Gee and Somerfield, 1997). Dans cesécosystèmes de transition, les réseaux trophiques sont composés d’organismes terrestres et marins. Eneffet, la litière est utilisée par de nombreux consommateurs à terre mais aussi, même s’il y a peu depreuves directes, après exportation, dans des environnements de destination tel que le milieu marin (Lee,1999). Dans ce cadre, on peut se demander si les PSM des palétuviers influencent les communautés dedécomposeurs et si cette influence agit de la même manière sur les organismes terrestres ou marins. Enparticulier, ces PSM pourraient jouer un rôle de signal chimique pouvant intervenir à distance dans lesrelations avec leurs consommateurs (e.g. détection des sources de nourriture). En milieu terrestre, ladétection à distance de signaux olfactifs provenant de litière par les microarthropodes du sol a pu êtremise en évidence (Bengtsson et al., 1991 ; Salmon et Ponge, 2001 ; Auclerc et al. 2010). De manièregénérale, ces signaux chimiques sont constitués d’un mélange de plusieurs composés organiques volatilsmajoritairement hydrophobes (e.g. terpénoides). En milieu marin, les signaux chimiques les plus courantssont constitués de molécules non volatiles hydrosolubles (Ache and Young, 2005). Cependant, lesmolécules hydrophobes peuvent également, dans une faible proportion, être solubilisées et pourraientaussi servir de molécules de signal dans ce milieu. On peut donc se demander si l’attraction desdécomposeurs en milieu marin est médiée par des molécules hydrosolubles ou par les mêmes composésvolatils responsables de l’attraction des décomposeurs en milieu terrestre. Par conséquent, étant donnéque l'olfaction est considérée comme un sens à distance et le goût comme un sens de contact (Smith,2008), les mêmes molécules volatiles, presque insolubles dans l'eau, pourraient être « senties » sur terreet « goûtées » en mer (Mollo et al., 2014). La libération des PSM au cours du processus de décomposition peut également avoir un effet sur les interactions biotiques plantes-plantes via les processus d’allélopathie. Ce processus par lequel les composés produits par une plante peuvent interféreravec les plantes et/ ou les microorganismes environnants, est un facteur très controversé dansl’étude des interactions biotiques mais d’une grande importance dans la structure descommunautés végétales (Barto et al., 2011). Des interactions allélopathiquesdans des écosystèmes forestiers ont pu être démontrées (Gallet et Pellisier, 1997 ; Vandermastet al., 2002 ; Fernandez et al., 2013), mais elles sont aussi importantes en milieux aquatiques continentaux et marins où des régulations de phytoplancton par des allélochimiques ont été prouvées. Ces phénomènes sont cependant encore très peu étudiésdans les forêts de palétuviers alors que ce processus peut avoir un rôle important dans la structure et la dynamique de ces écosystèmes (Chen et al., 2009). Dans ce cadre, les objectifs de cette thèse sont multiples : i) le premier sera d’obtenir la caractérisationduprofil métabolique des feuilles de différentes espèces de palétuviers, incluantdes espèces communes aux mangroves du Nord et du Sud du Vietnam, et de vérifier leur évolution en fonction de changements environnementauxliés au changement climatique(salinité, température). L’évolution de la composition chimique des feuilles de ces palétuviers sera étudiée également au cours de leur décomposition pour suivre notamment la libération et la transformation des PSM dans le milieu.Notre hypothèse est que des modifications des conditions environnementales (stress halin, température) peuvent entrainer des augmentations de l’allocation des ressources vers les composés de défense et donc le métabolisme secondaire.Les modifications de composition au cours de la senescence des feuilles et de leur décomposition pourraient être ainsi affectées. ii) dans un deuxième temps nous nous intéresserons aux processus de décomposition et aux interactions chimiques trophiques au cours de ce processus. Une expérimentation de décomposition des litières de palétuviers sera mise en place. Elle permettra de vérifier l’impact des PSM et des facteurs abiotiques sur le processus de décomposition. En parallèle, nous analyserons l’influence du contenu en PSM deslitières sur la
capacité d’une litière à être consommée. Dans ce travail, nous souhaitons identifier puis comprendre l’adaptation de ces interactionschimiques en fonction du milieu (terrestre vs marin). Via l’expérimentation de décomposition in situ, nous identifierons les acteurs de ce processus en milieux marin etterrestre. Ensuite, nous analyserons, en laboratoire, l’attraction en nous focalisant sur quelquesespèces de crustacés détritivores (isopodes, amphipodes, crabes) issus des deux milieux. Nous voulons vérifiersi des phénomènes d’attraction vis‐à‐vis des feuilles de palétuviers sont avérés, si cette attraction sefait en milieu aquatique et/ou terrestre et si des modifications dans cette attraction peuvent êtreobservées en fonction de la composition chimique des feuilles. Cette analyse de l’attraction par laressource trophique, très peu utilisée dans les réseaux trophiques de détritivoresparticulièrement en croisant les différents milieux,se fera à travers des tests de consommation mais aussi des tests d’olfaction. Si les interactions sont avérées, nous tenteronsd’analyser les composés impliqués dans l’attraction en milieu terrestre et en milieu aquatique. Descomparaisons du profil chimique des feuilles (PSM stockés), des macérats (PSM lessivés) et des émissionsdans l’air (PSM volatils) permettront d’explorer les voies de libérations des différents types de composés.Notre hypothèse est que l’attraction en milieu terrestre serait médiée par des composés organiques volatils hydrophobes de type terpènes alors que l’attraction en milieu aquatique pourrait être médiée par des composés plus hydrosolubles de type phénols. Cependant, certains composés hydrophobes pourraient également être solubilisés en faible quantité et être identifiés par les organismes via le sensdu goût et non de l’olfaction. Les deux sens pourraient donc être impliqués en milieu aquatique dansles interactions chimiques trophiques. iii) Lors du processus de décomposition, les composés chimiques des plantes vont être libérés dans le milieu. Les allélochimiques libérés vont alors agir sur les organismes et en particulier sur les autres végétaux et influencer la germination et/ou la croissance des concurrentes. Nous étudierons donc les processus d’allélopathieainsi que l’influence de la salinité et de la température sur ce processus. L’évaluation des processus allélopathiques étant très difficile in situ, nous nous proposons d’étudier ces interactions en mésocosme que ce soit en milieu terrestre ou en milieu aquatique. Ces expérimentations viseront à étudier l’impact des allélochimiques de plusieurs espèces de palétuvier sur lespalétuviers eux-mêmes mais aussi sur des espèces compagnes ainsi que sur des espèces de phytoplancton. L’effet de la salinité et de la température sur les processus d’allélopathiesera aussi analysé..Notre hypothèse est que les métabolites secondaires peuvent influencer les interactions plantes-plantes et avoir un impact sur la biodiversité des forêts de mangroves et des systèmes aquatiques associés. Sites expérimentaux MERS : Mangrove Ecosystem Resarch Center ; Giao Thuy, Vietnam Approche expérimentale Cette étude sera structurée en taches distinctes.
Tâche 1 : Evolution du métabolome des palétuviers Les profils métabolomiques des espèces de palétuviers choisies seront déterminés sur des feuilles vertes, des feuilles sénescentes et des feuilles décomposées (au cours du processus) en ciblant le métabolisme secondaire (e.g. terpènoïdes, composés phénoliques). Ces analyses seront réalisées grâce aux plateformes analytiques de l’IMBE incluant des spectromètres de masse à haute résolution (GC-ToF et UPLC-ToF) mais aussi du Laboratoire Chimie de l’Environnement LCE. Tâche 2 : Processus de décomposition et interactions palétuviers-décomposeurs Tâche 2-1 : Une expérimentation de décomposition sera effectuée in situ à l’aide de sachets de litière en milieuterrestre et en milieu aquatique. Après 6 mois de décomposition (période nécessaire à la colonisation microbienne des litières puis de leur consommation par la faune dans les deuxtypes de milieux), les sachets de litière seront récoltés et la faune associée aux feuilles décomposées seraextraite puis identifiée. Les organismes terrestres associés aux feuilles décomposées seront soit prélevés àl’oeil nu (macrofaune) soit extraits (mésofaune). La faune aquatique sera récoltée par lavage de la litière sur un tamis de 1 mm. Les organismes seront comptés et déterminés.Ceci nous permettra de réaliser la Tâche 2.2. Tâche 2-2 : Tests en laboratoire Des tests de consommation in vitro nous permettrons de déterminer l’espèce de détritivores la plus active dans la consommation des feuilles de palétuviers et d’identifier également l’espèce la plus appétente pour ces organismes. L’importance des signaux olfactifs dans l’attraction de ces détritivores sera testée en utilisant des testscomportementaux en laboratoire. Ces tests seront réalisés en aquarium (Gerlach et al., 2007 ; Igulu et al., 2013) afin d’analyser l´orientation desdétritivores vis‐à‐vis des litières de feuilles présentant une composition biochimique différente. Si desphénomènes d’attraction sont observés, nous analyserons les différentes voies de libération afin de ciblerles composés impliqués dans cette attraction : volatilisation (analyse des composés volatils hydrophobesdes feuilles), solubilisation (composés hydrophiles). Tâche 3 : Processus allélopathiques L’évaluation des processus allélopathiques étant très difficile in situ, nous nous proposons d’étudier ces interactions en mésocosme. Ces expérimentations visent à étudier l’impact des allélochimiques sur la fitness des végétaux présents dans la mangrove. Les espèces sources d’allélochimiques seront les espèces de palétuviers sélectionnées pour l’analyse du métabolome et les expérimentations de décompositions. Les espèces cibles seront les palétuviers eux-mêmes, les espèces compagnes des palétuviers et les espèces de phytoplancton présentes dans le milieu. Dans un second temps, l’effet de la salinité et de la température sur ces processus sera également étudié en faisant varier ces paramètres dans les mésocosmes. Implication des partenaires (mise à disposition d'équipements, de personnels, de ressources financières) Equipe Diversité et Fonctionnement ; des molécules à l’écosystème de l’Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie La thématique de cette équipe s’articule autour de l’étude des réponses des organismes, des populations et des écosystèmes aux stress et perturbations : reproduction, croissance, phénologie, métabolismes primaire et secondaire, performances des individus et des écosystèmes. Ces études concernent des écosystèmes qui abritent une forte biodiversité, et/ou différents faciès marquant les paysages où les interactions biotiques sont particulièrement importantes : écosystèmes forestiers (pinèdes, chênaies, mangroves) et garrigues, communautés du coralligène et grottes semi-obscures marines. Participants : V. Baldy (MC-HDR) ; A. Bousquet-Mélou (MC) ; C. Fernandez (PR) ; S. Greff (IE) ; C. Lecareux (ASI). Matériel analytique : CPG/SM, HPLC et UHPLC-QTof et soutien technique pour l’analyse des échantillons (C. Lecareux).
Mangrove Ecosystem Research Center (Hanoï National University of Education Vietnam). Ce centre associe des compétences en écologie, biologie, écophysiologie et pharmacologie permettant d’étudier les usages traditionnels des mangroves afin de les valoriser dans l’optique d’une gestion durable de ces écosystèmes. Participants : Mai Sytuan (PR) ; Dao Van Tan (MC) Organisation de mission de terrain dans le Sud du Vietnam ; mise à disposition de la station du GiaoThuy (MERS : Mangrove EcosystemResearch Station) Connaissances de la floristique, de l’écologie et du fonctionnement des mangroves Les partenaires du projet SIMPA (c.f. programme finançant la recherche) seront aussi impliqués dans la thèse avec en particulier le Laboratoire ChimieEnvironnementLe LCE est une unité de recherche dédiée à l'étude de l'évolution chimique des contaminants dans les milieux naturels (nuages, forêts, lacs de haute montagne…) et dans les environnements fortement anthropisés (effluents, salles blanches, milieux confinés, zones urbaines et industrielles…). Les travaux réalisés ont pour objectifs le développement de méthodes et de systèmes analytiques ainsi que l'étude de la réactivité chimique des espèces contaminantes. Participants : Henri Wortham(PR) Participation à l’analyse chimique des échantillons Références Ache, B. W., and Young, J. M. (2005). Olfaction: diverse species, conservedprinciples. Neuron 48, 417-430. doi: 10.1016/j.neuron.2005.10.022 Alongi D.M., 2002. Present state and future of the world’s mangrove forests. Environmental Conservation 29 (3): 331–349 Alongi D.M., 2008. Mangrove forests: resilience, protection from tsunamis, and responses to global climate change. Estuar. Coast. Shelf Sci., 76 (1): 1–13. Auclerc, A., Libourel, P.A., Salmon, S., Bels, V., Ponge, J.F., 2010. Assessment of movement patterns in Folsomia candida (Hexapoda: Collembola) in the presence of food. Soil Biology & Biochemistry 42, 657‐ 659. Baldy V., Gobert V., Guérold F., Chauvet E., Lambrigot D., Charcosset J.Y. 2007. Leaf litter breakdown budgets in streams of various trophic status: effects of dissolved inorganic nutrients on microorganisms and invertebrates. Freshwater Biology 52 (7): 1322‐1335 Barto EK, Hilker M, Müller F, Mohney BK, Weidenhamer JD, et al. 2011. The Fungal Fast Lane: Common Mycorrhizal Networks Extend Bioactive Zones of Allelochemicals in Soils. PLoS ONE 6, (11) : e27195. Bengtsson, G., Hedlund, K., &Rundgren, S. 1991.Selective odor perception in the soil collembolan Onychiurusarmatus. Journal of Chemical Ecology 17 (11): 2113‐2125. Brander, L. M., Wagtendonk, A. J., Hussain, S. S., McVittie A., Verburg, P. H., de Groot, R. S. and van der Ploeg, S.2012. Ecosystem service values for mangroves in Southeast Asia: A meta‐analysis and value transfer application Ecosystem Services 1 (1): 62–69 Bundy, J. G., Davey, M. P. and Viant, M. R. 2009. Environmental metabolomics: a critical review and future perspectives Metabolomics (2009) 5:3–21. Chen, LY, Peng, SL, Chen, BM, Li, J Pang, JX. Effects of Aqueous extracts of 5 mangrove spp. on cabbage germination and hypocotyl growth of Kandeliacandel.By: Chen, Leiyi; Peng, Shaolin; Chen, Baoming; et al.Allelopathy Journal.23 (2) : 469-476 Chomel, M., Fernandez, C., Bousquet‐Mélou, A., Gers, C., Monnier, Y., Santonja, M., Gauquelin, T., Gros, R., Lecareux, C. and Baldy, V. 2014.Secondary metabolites of Pinushalepensis alter decomposer organisms and litter decomposition during afforestation of abandoned agricultural zones. Journal of Ecology. 102 : 411–424. Chomel M., Guittonny-Larchevêque M., Fernandez ., Gallet C., Desrochers A., Paré D., Jackson B., Baldy V. 2016. Plant secondarymetabolites: a key driver of plant-soilrelationship. Article de review. Journal of Ecology (accepted). Collier, W. A., Tjong, T., Hung, A., 1954. The antibiotic action of leaves of plants in Surinam. Revista de MedicinaVeterinaria y Parasitologia 11, 11-30. Fernandez C., Santonja M., Gros R., Monnier Y., Chomel M., Baldy V., Bousquet‐Mélou A. 2013. Allelochemicals of Pinushalepensis as drivers of biodiversity in Mediterranean open mosaic habitats during the colonization stage of secondary succession. J. Chem Ecol. 39 (2) : 298‐311.
Gallet, C. and Pellissier, F. 1997.Phenolic compounds in natural solutions of a coniferous forest. Journal of Chemical Ecology, 23(10) : 2401-2412. Gee, J; M., Somefield, P. J. 1997. Do mangrove diversity and leaf litter decay promote meiofaunal diversity? Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 218: 13–33 Gerlach, G., Atema, J., Kingsford, M. J., Black, K. P. and Miller‐Sims, V. 2007. Smelling home can prevent dispersal of reef fish larvae. PNAS 104 (3): 858–863. Hossaert‐McKey, M., Soler, C., Schatz, B., &Proffit, M. (2010). Floral scents: their roles in nursery pollination mutualisms. Chemoecology, 20(2), 75–88. doi:10.1007/s00049‐010‐0043‐5 Iason, G. R., Dicke, M. and Hartley S. E. 2012.The ecology of Plant Secondary Metabolites.From genes to global processes.Cambridge University Press. Igulu, M. M., Nagelkerken, I., van der Beek, M., Schippers, M., van Eck, R., Mgaya Y. D. 2013. Orientation from open water to settlement habitats by coral reef fish: behavioral flexibility in the use of multiple reliable cues. Marine Ecology Progress Series Vol. 493: 243–257. Lee, S. Y. 1999. The Effect of Mangrove Leaf Litter Enrichment on Macrobenthic Colonization of Defaunated Sandy Substrates Estuarine, Coastal and Shelf Science 49, 703–712. Maraun, M., Martens, H., Migge, S., Theenhaus, A. & Scheu, S. (2003) Adding to ‘the enigma of soil animal diversity’: fungal feeders and saprophagous soil invertebrates prefer similar food substrates. European Journal of Soil Biology, 39, 85–95. Mollo, E., Fontana A., Roussis V., Polese G., Amodeo P. and Ghiselin M. T. 2014. Sensing marine biomolecules: smell, taste, and the evolutionary transition from aquatic to terrestrial life. Frontriers in chemistry. Volume 2. Article 92. Proffit, M., Schatz, B., Borges, R. M., &Hossaert‐McKey, M. 2007.Chemical mediation and niche partitioning in non‐pollinating fig‐wasp communities. The Journal of Animal Ecology, 76 (2), 296–303. doi:10.1111/j.1365‐2656.2007.01213.x. Salmon, S., Ponge, J.F., 2001. Earthworm excreta attract soil springtails: laboratory experiments on Heteromurusnitidus (Collembola: Entomobryidae). Soil Biology & Biochemistry 33, 1959‐1969. Smith, C. U. M. 2008.Biology of Sensory Systems, Second Edition.Chichester, UK: John Wiley & Sons, Ltd. Vandermast, D.B.,Van Lear, D.H., Clinton, B.D. 2002. American chestnut as an allelopath in the southern Appalachians. Forest Ecology and Management, 165 : 173–181. Vieira, J. E. V., Matos, F. J. A., Barros, G. S. G., Souza, M. P., Medeiros, M. C., Medeiros, M. J., 1968. Pharmacological study of plants from northeastern Brazil. II. RevistaBrasileira de Farmacia 49, 67-75 Williams D. H., Stone M. J., Hauck P. R. et Rahman S. K., 1989. Why are secondarymetabolites (naturalproducts) biosynthesized? J. Nat. Prod. Lloydia, 52 (6): 1189-1208. Programme finançant la recherche : Obtenu : - EC2CO (2016-2017) / SIMPA Signaux chimiques Impliqués dans la décomposition des feuilles de Palétuviers - LIA France‐Vietnam : (financement récurrent 2014‐ 2018 pour le financement d’une mission par an) Envisagé : - Programme BIO‐ASIE 2016 (Campus France) pour le financement des déplacements - ANRgénérique ou international Directeur(s) de thèse proposé(s) (limiter au plus à deux personnes principales, dont au moins une titulaire de l'HDR) Directeur HDR proposé Nom - Prénom : Fernandez Catherine Corps : PR1 Laboratoire (i.e. formation contractualisée de rattachement, éventuellement équipe au sein de cette formation) : Institut méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie - IMBE UMR CNRS 7263 / IRD 237 Adresse mail : catherine.fernandez@imbe.fr Choix de cinq publications récentes (souligner éventuellement les étudiants dirigés co-signataires) : Thèses encadrées ou co-encadrées au cours des quatre dernières années
Nom : Pereira Susana Intitulé :« Carbon cycle and biodiversity in Mediterranean oak forest: impact of climate change ». Type d'allocation : Région PACA-OT-Med Date de début de l'allocation de doctorat : 1er Novembre 2014 Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : Programme finançant la recherche : AnaEE - ANR Programme blanc SecPrime2 Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50 % ; V. Baldy (50%). Nom : JordaneGavinet Intitulé : Interactions entre la régénération feuillue et les strates de végétation dans les forêts résineuses méditerranéennes soumises aux perturbations anthropiques. Type d'allocation : Région PACA- IRSTEA Date de début de l'allocation de doctorat : 1er Octobre 2012. Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : prévue juillet 2016 (actuellement en congé de maternité)- 3 articles déjà publiés dont 2 en premier auteur, 1 en révision. Programme finançant la recherche : IRSTEA- ANR SecPriMe2 Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% ; B. Prévosto (40%). Nom : Saunier Amélie Intitulé :Réponse de la forêt à des scénarios de sécheresse appliqués à court et long termes en milieu naturel : étude des COVB du chêne pubescent Type d'allocation : ADEME/Région PACA Date de début de l'allocation de doctorat : 1er Octobre 2013 Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : prévue Nov. 2016 ; 2 articles soumis ; 2 en préparation Programme finançant la recherche :ANR SecPrime2 Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% ; E. Ormeno 50%. Nom : Santonja Mathieu Intitulé : « Relations biodiversité-fonctionnement dans le contexte du changement climatique : Application à la décomposition des litières en région méditerranéenne » Type d'allocation : 100% Région PACA - Contrat d’IE sur ANR Programme Blanc SecPrime2 Date de début de l'allocation de doctorat : 1er Novembre 2010 Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : 8 décembre 2014 – 4 articles publiés dont 3 en premier auteur, 2 en révision, 3 en préparation NB : la thèse de doctorat a duré 4 ans car le dispositif expérimental (observatoire de la forêt soumise au changement climatique O3HP) sur lequel l’étudiant devait travailler a été fonctionnel qu’un an après le début de la thèse en raison de problèmes techniques. Il a fait pendant cette première année une expérimentation préliminaire. Programme finançant la recherche : EC2CO - ANR SecPrime2 Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : ATER à l’Université de Rennes Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% ; V. Baldy (50%). Nom : Génard Anne-Cyrielle Intitulé :Réponses d’espèces méditerranéennes structurantes au changement climatique : variabilité des émissions de COVB. Type d'allocation : ADEME/Région PACA Date de début de l'allocation de doctorat : 1er Octobre 2010 Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : 23 Juin 2014. 3 articles publiés dont 2 en premier auteur ; 1 en préparation Programme finançant la recherche :EC2CO- ANR Canopee - ANR SecPrime2 Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Rédacteur scientifique. Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% ; C. Boissard 50%.
Autre directeur proposé (éventuellement) Nom - Prénom : Bousquet-Mélou Anne Corps : MCF Adresse mail : anne.bousquet-melou@imbe.fr Laboratoire (i.e. formation contractualisée de rattachement, éventuellement équipe au sein de cette formation) : Institut méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie - IMBE UMR CNRS 7263 / IRD 237 Choix de cinq publications récentes (souligner éventuellement les étudiants dirigés co-signataires) : - Monnier Y., Vila B., Montes N., Bousquet-Mélou A., Prévosto B. Fernandez C. 2010. Fertility and allelopathy modify Pinushalepensis crown acclimation to shade. Trees, Structure and Function, 25 (3): 497-507. - Fernandez C., Santonja M., Gros R., Monnier Y., Chomel M., Baldy V., Bousquet-Mélou A. 2013. Allelochemicals of Pinushalepensisas drivers of biodiversity in Mediterranean open mosaic habitats during the colonization stage of secondary succession, Journal of Chemical Ecology 39 (2): 298-311. - Monnier Y., Bousquet-Mélou A., Vila B., Prévosto B., Fernandez C. 2013. Functional approach of Mediterranean forest dynamic: How nutrient availability influences acclimation to shade of pioneer and late-successional species? European Journal of Forest Research. 132, (2): 325-333. - Chomel M., Fernandez C., Bousquet-Mélou A., Gers C., Monnier Y., Santonja M., Gauquelin T., Gros R., Lecareux C. and Baldy V. 2014. Secondary metabolites of Pinushalepensis alter decomposer organisms and litter decomposition during afforestation of abandoned agricultural zones. Journal of Ecology. 102: 411–424. - Fernandez C., Monnier Y., Santonja M., Gallet C., Weston L. A., Prevosto B., Baldy V. and Bousquet- Mélou A. The trade-off between Plant defense and growth is impacted more by Competition than Allelopathy in two contrasting tree species. Frontiers in plant science. Functional Plant Ecology. En révision. Thèses encadrées ou co-encadrées au cours des quatre dernières années Nom :HashoumHazem Intitulé :Effets du changement climatique sur les interactions biotiques en forêt méditerranéenne : approches chimique, écophysiologique et fonctionnelle. Type d'allocation : programme franco syrien d’ingénier boursiers Date de début de l'allocation de doctorat :01/12/2012 Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : Programme finançant la recherche : ANR SecPriMe2 Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 50% Directeur de thèse : T. Gauquelin (50%) Nom : JordaneGavinet Intitulé : Interactions entre la régénération feuillue et les strates de végétation dans les forêts résineuses méditerranéennes soumises aux perturbations anthropiques. Type d'allocation : Région PACA- IRSTEA Date de début de l'allocation de doctorat : 01/10/2012 Date de soutenance (si la thèse est soutenue) : Programme finançant la recherche : ANR SecPriMe2 Situation actuelle du docteur (si la thèse est soutenue) : Pourcentage de participation du directeur à l'encadrement en cas de co-direction : 10 % Directeurs de thèse : C. Fernandez (50%) ; B. Prévosto(40%)
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