Sensibilité des bactéries aux antibiotiques (année 2016) - Fertas

12 / 2017

                        Aurigen - BBV - Dianalabs - Dianalabs romandie - Dianalabs Valais - Dianapath - Fertas
                        Genesupport - Polyanalytic - Proxilab

                          Sensibilité des bactéries aux antibiotiques (année 2016)
                          Nous vous présentons les données de sensibilité aux antibiotiques des principales bactéries
                          pathogènes isolées de prélèvements cliniques durant l’année 2016 dans les laboratoires
                          Medisupport de Suisse romande. Les doublons ont été exclus des statistiques. Les données
                          chiffrées sont présentées en différenciant les bactéries à Gram négatif des bactéries à Gram positif.

Introduction
La résistance aux antibiotiques est           les microorganismes et en testant leur
un problème de santé publique                 sensibilité aux antibiotiques. Les données
mondial. C’est aussi un problème              de sensibilité sont immédiatement
écologique (Ecologie (in Petit Robert):       utiles aux cliniciens pour la prise en
1 sc. Etude des milieux où vivent les         charge de leurs patients; agrégées,
êtres vivants et des rapports de ces          elles constituent la base de l’épidé-
êtres avec le milieu. 2 cour. Doctrine        miologie locale des résistances aux
visant à un meilleur équilibre entre          antibiotiques. Les laboratoires jouent
l’homme et l’environnement).                  aussi un rôle proactif en alertant
                                                                                           Figure: Antibiogramme d’une souche d’Escherichia coli multi-
Dans cette perspective, il est illusoire      précocement sur l’émergence de               résistante. Cette souche, isolée au laboratoire Dianalabs,
de penser qu’il est possible de lutter        résistances inhabituelles ou sur des         présente, entre autres résistances, une carbapénémase de
                                                                                           type VIM-1 et une résistance plasmidique à la colistine
contre les résistances aux antibiotiques      cas groupés d’infections à germes            de type MCR-16. Elle n’est sensible qu’à la fosfomycine,
en médecine humaine en faisant fi             multi-résistants. D’un point de vue          les furanes, l’amikacine et la tigecycline.
de ce qui se passe en médecine                méthodologique, il faut souligner le
vétérinaire et en milieu agricole,            rôle majeur, à l’échelon européen,           des gènes de résistance et des facteurs
ces milieux étant des consommateurs           de l’European Committee on Anti-             de virulence. Elle facilite l’analyse de la
massifs d’antibiotiques. Cette ap-            microbial Susceptibility Testing (EU-        double dissémination des souches et/
proche holistique (« one health »,            CAST)2 qui a permis, dès 2011, une           ou des gènes de résistance. Elle a été
et on pourrait rajouter « one planet »)       standardisation des techniques de            d’un grand apport pour comprendre
est appliquée en Suisse avec                  laboratoire en Europe, facilitant ainsi      l’émergence de nouveaux clones de
la mise en place, depuis 2016,                le diagnostic des résistances et les com-    bactéries multi-résistantes en méde-
d’une stratégie nationale et glo-             paraisons inter-laboratoires. En Suisse      cine humaine, qu’il s’agisse des MRSA,
bale de lutte contre l’antibioré-             depuis 2004, le centre suisse pour           de Neisseria gonorrhoeae ou des
sistance (StAR), associant les offices        le contrôle de l’antibiorésistance an-       entérobactéries productrices de car-
fédéraux de la santé publique                 resis.ch, recueille les données sur la       bapénémases.
(OFSP), de la sécurité alimentaire et         sensibilité aux antibiotiques des labo-
des affaires vétérinaires (OSAV), de          ratoires nationaux en médecine hu-           Conclusion
l’agriculture (OFAG) et de l’environne-       maine et vétérinaire3. De plus, l’année      L’alerte est lancée, au niveau mondial,
ment (OFEV)1.                                 2017 a vu la création d’un laboratoire       pour une mobilisation générale contre
La même stratégie est promue en               national de référence pour la détec-         la diffusion de bactéries multi-résis-
Europe et par l’OMS, qui se mobilise          tion précoce et la surveillance de la        tantes, dont certaines sont déjà ultra-
contre ce fléau par un plan d’action          résistance aux antibiotiques (le NARA).      résistantes (XDR: extensively-drug-re-
mondial adopté en 2015. Cela nécessite        Grâce aux récents outils d’analyse           sistant). A chaque acteur ses moyens et
d’importants moyens (financiers, mais         moléculaire, dont le séquençage              ses objectifs: au laboratoire, un diag-
aussi scientifiques et organisationnels)      rapide des génomes bactériens, l’épi-        nostic de qualité et la production de
et une volonté d’agir au niveau politique.    démiologie moléculaire s’est considé-        données fiables; aux cliniciens, une uti-
                                              rablement développée. Elle permet la         lisation rationnelle des antibiotiques et
Les laboratoires de microbiologie             caractérisation des clones bactériens,       l’élaboration et le suivi des recomman-
sont les fournisseurs des données de          l’étude de leur épidémiologie et de          dations de prescription; pour tous,
base; ils jouent un rôle crucial en isolant   leur phylogénie, tout comme l’étude          prévention et contrôle de l’infection !

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Bactéries à Gram négatif                    Il s’agit de la première déclaration       dépasse 50% (62%, données Medi-
Entérobactéries                             obligatoire en Suisse ayant pour ob-       support) et des souches résistantes
Escherichia coli est le microorganisme      jet un phénomène de résistance aux         au céfixime, céphalosporine orale de
le plus fréquemment isolé dans les          antibiotiques (hors mycobactéries).        3ème génération, sont désormais décrites.
infections urinaires et les bactériémies.   Si, à ce jour, la prévalence en Suisse     En revanche, aucune souche résistante
Il demeure très sensible à la fosfomy-      reste faible, l’épidémiologie au niveau    à la ceftriaxone n’a été isolée dans nos
cine et aux furanes (> 90% de sen-          national démontre une augmenta-            laboratoires, résultats comparables à
sibilité, données Medisupport), anti-       tion des cas d’ECP entre 2013 (n=72)       ceux trouvés à Zürich où la résistance
biotiques recommandés en 1ère in-           et 2015 (n=130), avec une prédomi-         à la ceftriaxone demeure exception-
tention dans le traitement des              nance des carbapénémases de type           nelle9. L’étude moléculaire des souches
infections urinaires basses non com-        OXA-48 (48 %) en 2015. En 2016, 3          de N.gonorrhoeae en Suisse révèle la
pliquées. La résistance des entéro-         souches d’ECP ont été détectées dans       circulation de différents clones de
bactries aux céphalosporines de 3ème        nos laboratoires en médecine de ville :    répartition mondiale dont certains
et 4ème générations est principale-         2 E.coli producteurs respectivement        (p.ex. G1407) ont un potentiel d’évo-
ment due aux Béta-Lactamases à              d’OXA-48 et de KPC et 1 K.pneu-            lution vers la pan-résistance9.
Spectre Elargi (BLSE), la résistance        moniae productrice de NDM-5. Si la         En Europe, les données du pro-
liée à une hyperproduction de cépha-        notion d’hospitalisation à l’étranger      gramme de surveillance Euro_GASP
losporinase (AmpC) ou d’autres mé-          dans des zones endémiques est un           montrent une stabilisation (bonne
canismes étant plus rare. Bien que          facteur de risque majeur d’acquisition     nouvelle !) des niveaux de résistance
le taux de résistance aux céphalos-         d’ECP, il faut savoir qu’une circulation   au céfixime, la rareté de la résistance
porines de 3ème génération reste bas        autochtone existe.                         à la ceftriaxone et l’émergence de la
en Suisse (≤10%, données Anresis),                                                     résistance à l’azithromycine10. Selon
en comparaison avec d’autres pays           Certaines souches d’ECP sont ultra-        les guidelines européennes et amé-
limitrophes4, il est en augmentation        résistantes et seuls quelques anti-        ricaines, la bithérapie ceftriaxone /
y compris en milieu communautaire.          biotiques restent actifs, comme la         azithromycine est désormais devenue
Des études en milieu animal montrent        colistine, antibiotique de dernier         le traitement standard dans de nom-
une prévalence élevée de souches            recours pour le traitement d’infec-        breux pays. Rappel: Pour établir
productrices de BLSE en Suisse              tions invasives.                           les données de sensibilité aux anti-
(volailles: E.coli producteurs de BLSE      Mais en novembre 2015, un nouveau          biotiques de N.gonorrhoeae, il est
dans plus de 70% des spécimens),            mécanisme de résistance à la colistine,    nécessaire d’isoler la souche ; aussi il
à l’image de ce qui est décrit dans         de type plasmidique avec un fort           est recommandé, quand la situation
d’autres pays européens.                    potentiel de dissémination (gène mcr),     clinique le permet, de demander la
                                            a été rapporté en Chine5. En Suisse,       recherche de N. gonorrhoeae par
La nouveauté de ces dernières               1 souche d’ECP résistante à la colis-      culture et pas seulement par PCR.
années est l’apparition des Entéro-         tine (gène mcr), isolée au laboratoire
bactéries Productrices de Carbapé-          Dianalabs, a été décrite quelques mois     Campylobacter spp.
némases (EPC ou ECP pour l’acro-            après6, faisant craindre une prévalence    Plus de 50% des souches de C.je-
nyme anglophone). Méconnues il y a          élevée de cette résistance dont le         juni isolées sont résistantes aux
encore une dizaine d’années, elles sont     réservoir est animal et environnemen-      fluoroquinolones; ce taux dépasse
aujourd’hui décrites sur l’ensemble         tal. En 2016, des études de préva-         les 70% pour C. coli. L’augmentation
des continents et sont même en-             lence chez des souches d’origine           préoccupante des résistances chez
démiques dans certains pays (p.ex.          humaine et chez des élevages de            les Campylobacters en médecine hu-
Italie, Grèce, Bulgarie, Israël), ce qui    porcs et de bovins en Suisse ont heu-      maine, particulièrement vis-à-vis des
démontre leur fort potentiel de dissé-      reusement montré un très faible taux       fluoroquinolones, a conduit à la mise
mination. Il est donc nécessaire d’agir     de cette résistance7,8.                    en place de surveillances dans les
tôt, dès leur isolement chez un pa-                                                    filières animales de plusieurs pays.
tient, afin d’éviter les transmissions      Neisseria gonorrhoeae                      En Suisse, le taux de résistance aux
secondaires. En Suisse, depuis 2016,        Ces 10 dernières années, l’incidence       fluoroquinolones chez le poulet est
les laboratoires et les médecins sont       des infections à N.gonorrhoeae a           passé de 15% en 2006 à 46% en
tenus de déclarer tous les isolements       plus que doublé en Suisse.                 20148. Le rapport 2016 du centre
d’EPC.                                      La résistance aux fluoroquinolones         européen de prévention et de contrôle

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des maladies4 met en évidence de             d’animaux de rente, sont à l’origine        mocoque aux antibiotiques (bé-
hautes à très hautes proportions             d’infections humaines. Il s’agit de         talactamines, macrolides, fluoro-
d’isolats résistants aux fluoroquino-        nouveaux clones de MRSA et les              quinolones) est maitrisée et une
lones contrairement aux résistances          personnes en lien avec les animaux          inversion de la courbe des résis-
aux macrolides qui restent basses à          y sont particulièrement exposées            tances est observée, en Suisse
modérées, résultats corroborés par nos       (éleveurs, vétérinaires, personnel des      comme dans de nombreux autres
données. A noter que les salmonelles,        abattoirs). Chez les animaux (élevages      pays européens17,18.
autres germes entéropathogènes, pré-         ou de compagnie), ces souches sont          La vaccination a permis directement
sentent un taux moindre de résis-            associées le plus souvent à une colo-       (au sein de la population vaccinée)
tance aux fluoroquinolones (20%,             nisation asymptomatique. Aux Pays-          et indirectement (chez le reste de la
données Medisupport).                        Bas, 20% des infections humaines            population) la diminution des infec-
                                             à MRSA sont dues à un clone MRSA            tions invasives, en particulier des
Bactéries à Gram positif                     d’origine animale15; 2) un nouveau          méningites19. Elle a aussi modifié l’épi-
Staphylococcus aureus                        variant du gène de résistance à la          démiologie des sérotypes de pneumo-
MRSA                                         méticilline, le gène mecC, a été            coques en circulation. Les sérotypes
La résistance à l’oxacilline (ou méti-       identifié chez des souches de MRSA          vaccinaux, dont certains étaient peu
cilline) concerne 6% des souches iso-        d’origine bovine et pouvant être à          sensibles aux bétalatamines, dimi-
lées en 2016 (données Medisupport).          l’origine d’infections humaines. Pour       nuent significativement17.
Ces souches de MRSA sont davantage           les microbiologistes, l’émergence de
résistantes aux macrolides et aux            ce nouveau gène de résistance a fait        Géraldine Jost, Nadia Liassine
fluoroquinolones que les souches             l’objet de recommandations tech-            Laboratoire Dianalabs,
sensibles à l’oxacilline. Le cotrimo-        niques en raison de sa non-détection        membre du réseau Medisupport
xazole conserve une excellente ac-           par certaines méthodes de labo-
tivité sur S. aureus (MSSA et MRSA)          ratoire15.
(97% de souches sensibles, données
Medisupport). Parmi les MRSA iso-            Entérocoques résistants
lés au laboratoire en 2016, 30%              à la vancomycine (VRE)
sont d’acquisition communautaire.            En 2016, un seul cas de VRE, un
Ces rares souches communautaires,            E. faecium de type Van A (haut niveau
mises en évidence dans différents            de résistance aux glycopeptides), a été
cantons romands, sont le plus souvent        diagnostiqué dans nos laboratoires.
à l‘origine d’infections cutanéo-            Il s’agissait d’un cas isolé, sans trans-
muqueuses superficielles. Dans le            mission secondaire, chez un patient
canton de Genève, une attention              séjournant en EMS. En Suisse, les VRE
particulière leur est accordée; des          n’ont longtemps représenté que des
recommandations pour la prise en             isolements sporadiques. Plusieurs épi-
charge des patients sont disponibles         démies à VRE ont cependant frappé
sur le site de la Direction Générale de la   les hôpitaux suisses (Payerne, Lau-
Santé11. En Suisse, depuis leur 1ère des-    sanne, Zürich) ces dernières années,
cription en 200412, aucun phénomène          nécessitant des mesures de contrôle
épidémique majeur n’a été décrit             importantes16.
et leur isolement reste heureusement
sporadique. En milieu hospitalier, en        Streptococcus pneumoniae
Suisse comme dans d’autres pays              Nos données 2016, essentiellement
d’Europe et d’Amérique du Nord,              des souches non-invasives, montrent
l’incidence des MRSA diminue ces             une sensibilité diminuée aux amino-
dernières années13,14.                       pénicillines de 10% (bas niveau de
Coté MRSA, les nouveautés                    résistance exclusivement) et l’absence
viennent du monde animal: 1)                 de souches résistantes à la ceftria-
des souches de MRSA d’origine ani-           xone, tout comme à la lévofloxacine.
male (« Livestock-Associated » MRSA          Depuis 2004, l’augmentation con-
= LA-MRSA), en particulier d’élevages        tinue de la résistance du pneu-

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Littérature

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Sensibilité (%) des bactéries aux antibiotiques (année 2016)

Suisse romande
Gram positif

Sensibilité (%) des bactéries aux antibiotiques (année 2016)

Suisse romande
Gram négatif