BILAN ECOFECT 2015-2020 - Place de la Nouvelle-Aquitaine dans le programme de recherche sur l'éco-épidémiologie des Chiroptères - Groupe ...
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BILAN ECOFECT 2015-2020
Place de la Nouvelle-Aquitaine dans le programme de
recherche sur l’éco-épidémiologie des Chiroptères
8 novembre 2020, Varaignes (24)LabEx ECOFECT : Comprendre la dynamique
éco-évolutive des maladies infectieuses
Maladies infectieuses Etres vivants
Environnement
Agents infectieux
Dominique Pontier: Co-directrice LabEx, Professeur
Université de Lyon – LBBE, Responsable équipe Eco-
épidémiologie évolutionnisteSites de capture des chiroptères
France
21 espèces
Gabon
12 espèces
Guyane française
82 espèces Barthélémy Ngoubangoye (Thèse)
Jean-Baptiste Pons : Ingénieur de recherche
Jeanne Duhayer : Technicien de terrain
Filippi-Codaccioni Ondine : Ingénieur de rechercheECOFECT en Guyane
ECOFECT/ZikaECOFECT en métropole
Centre de soin LPO 33
Grand rhinolophe et TVB (2016-2018)
Grand rhinolophe et Murin à oreilles échancrées (2018-2019)
Chiroptères cavernicoles prioritaires NA (2020…)
En nb d’individus échantillonnés
ECOFECT NA et hors NA ECOFECT
(Hors GR)
9%
Sites hors programme Etude Minioptère
Grand Rhinolophe Ariège ECOFECT
(GR/CCPNA)
91%Les partenaires techniques
Les partenaires scientifiques
ECOFECT métropole Qu’a-t-on prélevé , où, sur qui et pourquoi ?
Tout ECOFECT
172 sitesTout ECOFECT : détail
172 sites :
121 (GR/CCPNA et hors)
51 (LPO33)Tout ECOFECT
229 opérations de capture
Année Nombre de sessions de capture Printemps Mise bas Automne
2015 25 20 5
2016 53 9 29 15
2017 39 11 20 8
2018 39 2 27 10
2019 39 5 24 10
2020 34 24 10
TOTAL 229 27 144 58Tout ECOFECT
Nombre d'individus capturés et échantillonnés de 2015 à 2020 en fonction du sexe
Nombre d'individus
Espèces F M NA Total
21 Espèces/35 Barbastella barbastellus 82 155 0 237
Eptesicus serotinus 18 40 0 58
Miniopterus schreibersii 1184 1176 3 2363
Myotis alcathoe 23 17 1 41
Myotis bechsteinii 67 319 1 387
Myotis blythii 5 2 0 7
Myotis daubentonii 92 435 2 529
Myotis emarginatus 2457 1099 3 3559
Myotis myotis 807 317 1 1125
Myotis mystacinus 21 71 0 92
Myotis nattereri 117 336 1 454
Nyctalus leisleri 2 2 0 4
Nyctalus noctula 3 2 0 5
Pipistrellus kuhlii 25 24 2 51
Pipistrellus pipistrellus 170 132 5 307
Pipistrellus pygmaeus 0 1 0 1
Pipistrellus sp. 0 1 1 2
Plecotus auritus 25 87 1 113
Plecotus austriacus 7 17 0 24
Rhinolophus euryale 390 294 0 684
Rhinolophus ferrumequinum 6242 2114 0 8356
Rhinolophus hipposideros 57 221 1 279
TOTAL 11794 6862 22 18678
*F = femelle, M = mâle, NA = individus non sexés.Tout ECOFECT
Nombre d'individus capturés et échantillonnés de 2015 à 2020 en fonction de l’âge
Nombre d'individus
Espèces +1A +1? +2A +2? 1A 1A? 2A 2A? VOL Total
Barbastella barbastellus 75 0 0 0 4 0 0 0 158 237
Eptesicus serotinus 29 2 0 0 1 0 0 0 26 58
Miniopterus schreibersii 921 0 2 0 147 5 4 0 1284 2363
Myotis alcathoe 7 0 0 0 5 1 1 0 27 41
Myotis bechsteinii 66 1 1 0 3 1 0 0 315 387
Myotis blythii 6 0 0 0 0 0 0 0 1 7
Myotis daubentonii 129 3 0 0 65 11 5 0 316 529
Myotis emarginatus 1926 8 9 0 923 15 1 14 663 3559
Myotis myotis 703 3 6 0 165 6 1 1 240 1125
Myotis mystacinus 22 0 0 0 4 2 0 0 64 92
Myotis nattereri 78 0 0 0 5 2 0 0 369 454
Nyctalus leisleri 3 0 0 0 0 0 0 0 1 4
Nyctalus noctula 0 0 0 0 2 0 0 0 3 5
Pipistrellus kuhlii 36 0 0 0 4 0 0 0 11 51
Pipistrellus pipistrellus 146 0 0 0 37 1 3 0 120 307
Pipistrellus pygmaeus 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Pipistrellus sp. 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2
Plecotus auritus 28 0 1 0 0 4 0 0 80 113
Plecotus austriacus 14 0 0 0 0 0 0 0 10 24
Rhinolophus euryale 483 1 27 1 73 2 5 39 53 684
Rhinolophus ferrumequinum 91 1 4298 20 2785 3 1116 42 0 8356
Rhinolophus hipposideros 150 1 2 0 57 4 13 0 52 279
Total 4915 20 4346 21 4281 57 1149 96 3793 18678
Répartition de l’échantillonnage par âges satisfaisanteNombre de prélèvements par années de 2015 à 2020 Tout ECOFECT
Nombre de prélèvements
Années Patagium Poils Feces Parasites Sang TOTAL
2015 799 798 371 99 306 2373
2016 4335 3966 926 283 1473 10983 Agents infectieux
2017 3645 3336 716 226 1058 8981
2018 2780 1708 268 87 930 5773
2019 3197 0 494 182 947 4820
2020 3811 106 991 585 1181 6674 Agents infectieux
TOTAL 18567 9914 3766 1462 5895 39604
Nombre de prélèvements
Espèces Patagium Poils Feces Parasites Sang TOTAL
Génétique Barbastella barbastellus 236 170 84 2 0 492
Eptesicus serotinus 58 48 14 1 19 140
Miniopterus schreibersii 2356 1398 654 469 1169 6046
Myotis alcathoe 41 25 21 2 0 89
Myotis bechsteinii 387 315 216 13 0 931
Myotis blythii 7 0 1 7 7 22
Ecotoxicologie Myotis daubentonii 527 369 196 33 0 1125
Myotis emarginatus 3549 1971 467 91 2 6080
Myotis myotis 1120 597 300 235 355 2607
Myotis mystacinus 91 63 38 2 0 194
Myotis nattereri 451 359 161 10 0 981
Régime alimentaire Nyctalus leisleri 4 0 0 0 0 4
Nyctalus noctula 5 4 5 2 0 16
Agents infectieux Pipistrellus kuhlii 50 18 13 1 0 82
Pipistrellus pipistrellus 297 218 126 16 0 657
Pipistrellus pygmaeus 1 0 0 0 0 1
Pipistrellus sp. 2 0 0 0 0 2
Plecotus auritus 112 89 31 1 0 233
Plecotus austriacus 23 15 7 1 0 46
Rhinolophus euryale 681 136 110 71 173 1171
Rhinolophus ferrumequinum 8294 3901 1206 485 4170 18056
Rhinolophus hipposideros 275 218 116 20 0 629
TOTAL 18567 9914 3766 1462 5895 39604Centre de soin LPO 33
ECOFECT : Centre de soin LPO 33
Uniquement de la génétique
Départements Nombre d'échantillons Espèces Femelle Male Inconnu Total
17 Charente-Maritime 1 Murin à oreilles échancrées 1 1
19 Corrèze 1 Noctule de Leisler 1 1 2
24 Dordogne 8 Oreillard gris 3 3
33 Gironde 45 Pipistrelle commune 10 9 5 24
40 Landes 4 Pipistrelle de Kuhl 12 14 2 28
42 Loire 1 Pipistrelle sp 1 1 2
47 Lot-et-Garonne 4 Sérotine commune 2 3 5
NA 1 Total général 25 32 8 65
Espèces Adulte Immature Juvénile Total
Murin à oreilles échancrées 1 1
Noctule de Leisler 2 2
Oreillard gris 3 3
Pipistrelle commune 21 1 2 24
Pipistrelle de Kuhl 24 4 28
Pipistrelle sp 1 1 2
Sérotine commune 5 5
Total général 57 5 2 65
Espèces rares dans notre échantillonnage usuel!Echantillonnage génétique
Répartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Minioptère de Schreibers, n=2356
Murin à oreilles échancrées, n=3549
Intéressant pour une Intéressant pour
espèce en fort déclin et comparaison GR
CCPNARépartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Murin de Daubenton, n=527
Murin de Bechstein, n=387
Espèce à niche
écologique Espèce forestière
particulièreRépartition des échantillons génétiques
Murin de Natterer, n=451
Grand murin, n=1120
Intéressant pour CCPNARépartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Noctule commune, n=5
Noctule de Leisler, n=4
Espèce arboricolesRépartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Pipistrelle commune, n=297
Problématique Pipistrelle 50 et 42…Répartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Rhinolophe euryale, n=681
Petit rhinolophe, n=275
Intéressant pour espèce Intéressant pour espèce
CR, VU et EN dans à potentiellement faible
plusieurs régions dispersionRépartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Grand rhinolophe, n=8294
Murin d’Alcathoé, n=41
Espèce
arboricole dont
on ne sait pas
grand choseRépartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Oreillard roux, n=112
Oreillard gris, n=23
Bon échantillonnage spatial pour
espèces à écologie différente
(arboricole et anthropophile) à
potentielle faible capacité de
dispersionRépartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Barbastelle d’Europe, n=236
Sérotine commune, n=58Répartition des échantillons génétiques (tout ECOFECT)
Petit murin, n=7
Murin à moustaches, n=91
Approfondissement pour distinction
génétique/ limite de popEtudes des déplacements
Répartition des individus transpondés (Grand rhinolophe)
(2016-2020)
N=6913Répartition des individus transpondés
(Murin à oreilles échancrées) – (2019-2020)
N=549Répartition des individus transpondés
(Minioptère de Schreibers) – (2020)
N=340
Verteuil-sur-CharenteRépartition des individus transpondés
(Rhinolophe euryale) - (2020)
N=277
(99 GR/CCPNA et 178
programme euryale
(LPO Aquitaine)Etudes de l’impact des agents infectieux sur les Chiroptères : Approche épidémiologique classique
CORONAVIRUS 2019-2020 Collaboration avec Meriadeg Ar Gouilh Université de Caen
FECES – CORONAVIRUS 2019-2020
522 échantillons de fèces individuels
83 échantillons de
fèces sur 7 colonies
Dates COMMUNE MYOEMA RHIFER Total général
12/07/2019 FAYE-L'ABBESSE 27 27
13/07/2019 PUY-NOTRE-DAME 20 20
15/07/2019 AZAY-SUR-THOUET 10 10
16/07/2019 ALLONE 6 6
16/07/2019 LE BUSSEAU 8 8
30/07/2019 BLANQUEFORT-SUR-BRIOLANCE 8 8
02/08/2019 VILLANDRAUT 4 4
TOTAL 27 56 83SEROLOGIE/VIROLOGIE
MINIOPTERE de SCHREIBERS
Collaboration avec Laurent Dacheux - Institut Pasteur, ParisN=202 individus
XY = 15 sites
391 échantillons envoyés:
Sérum =169
Culot = 201
Fèces = 21
L’Herm
40 individusEtudes de l’impact des agents infectieux sur les Chiroptères : Approche évolutive au niveau génomique
Echantillonnage robuste pour le séquençage de novo de protéines antivirales
France
(24 species)
D Pontier
French
Guiana
Gabon
(1 species)
N = 17 + 14 de novo = 31 espèces
(9 species)
7
1
70Mya 1
1
1
1
1
1 1
1
5 3
1
1
1
1 1ECOFECT métropole Qu’a-t-on appris ?
Déplacements Grand rhinolophe
Moyenne de 40 km, max de 249 km entre sites mise bas et des sites d’hibernation
Les Femelles vont plus loin que les mâles
Les 1A (jeunes) vont plus loin que les 2A et +2A (subadultes et adultes)
Les mâles 1A (jeunes) vont plus loin que les mâles 2A et +2A (subadultes et adultes)
Conquistadores !Exemple de déplacements LESSAC depuis une colonie de mise bas (Lessac)
Déplacements Murin à oreilles échancrées
N=549
Commune T COMMUNE C DISTANCE KM Nombre de MOE différents
ANNEPONT SAINT-SAVINIEN 7 9
FENIOUX SAINT-MICHEL-LE-CLOUCQ 24 3
FENIOUX XAINTRAY 7 1
LA RONDE SAINT-SAVINIEN 47 1
SAINTE-GEMME FAYE-L'ABBESSE 9 6
SAINTE-GEMME LA CHAPELLE-SAINT-ETIENNE 33 1
SAINTE-GEMME LE PIN 27 1
SAINTE-GEMME LE PUY-NOTRE-DAME 27 2
SAINTE-OUENNE FENIOUX 14 2
SAINTE-OUENNE SAINT-MICHEL-LE-CLOUCQ 25 3
SAINTE-OUENNE XAINTRAY 7 1
XAINTRAY LE BUSSEAU 11 1
Le 19/10/2020: 36 trajets XAINTRAY SAINTE-OUENNE
MIN
7
7
5
MAX 47
différents MOYENNE 19Déplacements Minioptère de Schreibers
N=340
Traversée de l’estuaire
de la Gironde très
probable
Même trajet que les
GR
Le 19/10/2020: 12 trajets Commune T
CISSAC-MEDOC
Commune C
SAINT-BONNET-SUR-GIRONDE
DISTANCE KM
19
Nombre de Minioptères différents
11
différents SAINT-SAVINIEN
Moyenne
73
46
1
Moyenne pondérée 23,30
TOTAL 12Génétique des populations de Grand rhinolophe
Une grande population : capacité de dispersion élevée
Limite Nord de répartition : Consanguinité/non-connectée. Pb de
ressources, mouvements restreints ?
Limite de population ? Effet barrière montagne ? Mers ?
Colonie
Distrib
ution
(IUCN)
Thèse Orianne Tournayre (2016-2019)Régime alimentaire du Grand rhinolophe
Majorité de proies très rares (une occurrence)
17 taxa les plus occurrents = 15 espèces communes
13% 17 ordres
121 familles Ravageurs, vecteurs maladies
412 genres
57%
527 espèces
23%
Lepidoptera Diptera
Coleoptera AutreRégime alimentaire du Grand rhinolophe
Homogénéité relative du patron entre colonies de la catégorie de paysage « bocager »
Plus d’hétérogénéité dans la catégorie « forestier » »
LES SGE XAI ALL
Pourcentage d’occurrences
1
0
Juillet
Juillet
Juillet
Août
Août
Août
Juillet
Août
Juin
Juin
Juin
Jui
n
Pic de diptères en Juillet
Creux lépidoptères en juillet
Thèse Orianne Tournayre (2016-2019)Régime alimentaire du Murin à Oreilles échancrées
• 2 classes
• 12 ordres
• 102 familles
• 229 genres
• 258 espèces détectées
Araneae 53%
Diptera 27%
Lepidoptera 13%
Coleoptera 5%
Régime varié selon milieux et
mois
Stage M2 Marine Trillat (2019)Impact des agents infectieux :
Approche évolutive génomique
Les virus pathogènes ont-il conduit à l’évolution du génome des CS ?
Des adaptations moléculaires rapides chez les protéines interagissant avec les
virus, bcp de variabilité entre espèces (Protéines : PKR et NTCP)
Duplications génomiques d’effecteurs antiviraux majeurs
Implications pour les CS– interaction avec les virus?
Les adaptations contribuent à une réponse spécifique et unique des CS
D’anciennes adaptations façonnent la spécificité à l’hôte et les transmissions
de virus modernes entre espèces
Asymptomatique = absence de pathogénicité?
Probablement pas ! Les virus ont été pathogènes et
peuvent encore avoir des impacts négatifs sur les
populations de CS (diminuer longévité, repro)
50Que va-t-on apprendre ?
Thèse CMR et connectivité Grand rhinolophe
(2019-2022)
- Quels sont les paramètres de dynamique des populations du Grand
rhinolophe (taux de survie, etc. ?)
- Les jeunes individus voyagent-ils avec des individus de leur gîte de
naissance pour leur premier envol de la colonie ?
- Quel est le sexe dispersant ?
- Fidélité estivale
- Fidélité hivernale
- Lien potentiel entre perméabilité (paysage et connectivités) et taux de
survie/dispersion autour des colonies
- Dans leurs déplacements, les chemins de moindre coûts sont-ils les mêmes
en reproduction qu’en transit automnal ?
- Mise en évidence de sites plus fonctionnels que d’autres
(plus fin que résultat via la génétique)
-…
Mary Varoux – Doctorante
Encadrée par D. Pontier LBBE/Lyon et D. Pinaud CEBC ChizéGénétique des populations de Grand rhinolophe
Bordures d’aires
-Envois potentiel de patagium depuis : Picardie, Finistère, Alsace, Franche-
Comté, Bourgogne…
Délimitation de la population avec matériel récolté par Orianne
France x y Patagium
Pays guano patagium Total
FR-BAT 42,5 2,54 3
Algérie 1 1
FR-BRE 44,77 2,69 5
Allemagne 34 34
FR-CAD 44,82 2,72 1
Angleterre 36 36
FR-CAV 43,68 4,09 7
Autriche 96 96
FR-DIO 43,93 4,3 1
Bulgarie 17 17
FR-EGL 43,33 2,42 2
France 75 75
FR-HOR 43,79 3,83 5
Italie 36 36
FR-LAG 44,46 2,56 26
Pays Basque espagnol 76 76
FR-MOL 44,6 2,75 1
Roumanie 2 2
FR-SAE 48,37 -2,01 1
Serbie 55 55
FR-SEM 44,38 2,8 5
Suisse 25 25
FR-SEV 44,84 2,86 11
Tunisie 27 27
FR-TAN 44,36 3,03 6
FR-VED 44,8 2,86 1
Aide de de la SECEMU : Envoi de patagium de plusieurs colonies
(Nord, Sud, Est, Ouest) en 2021Génétique des populations de
Murin à oreilles échancrées
- Même grande population que Grands rhinolophes ?
- Même capacités de déplacement et de flux de gènes?
- Zones de consanguinité ?Ecotoxicologie des Chiroptères - Quelle est la charge des chauves-souris en néonicotinoïdes ? Y-a-t-il une différence entre espèces forestières et agricoles? Par secteurs agricoles? (modèle GR) - Quelle est la charge des chauves-souris en hydrocarbures aromatiques polycycliques (les 16 substances prioritaires listées par l'Europe, l'US etc.) dus à la circulation routière? (modèle Minioptère, cas du Mas d’Azil)
Epidémiologie des Chiroptères - Quels agents infectieux circulent chez les minioptères (impact?) ? (travail avec Pasteur Paris) / déclinaison par sexe/âge/statut repro - Si découverts, qu’en est-il des autres espèces partageant ses gîtes (Grand murin, Rhinolophe euryale, Grand rhinolophe…) - Quels agents infectieux peuvent impacter les Grands rhinolophes ? (travail envisagé en métagénomique avec Pasteur Paris) / déclinaison par sexe/âge/statut repro -Si découverts, qu’en est-il des autres espèces partageant les gîtes (Murin à oreilles échancrées…)
Epidémiologie Evolutionniste des Chiroptères - Comment ont évolué les PKR chez les CS ? ANR accepté - Etudier comparativement avec les autres espèces de mammifères : Déchiffrer les spécificités de l’immunité chez les CS -Les virus modernes sont-ils pathogènes pour les CS? Génétique des populations : Variabilité de ces mêmes protéines au sein des populations -De l’échelle moléculaire aux communautés : comment l’environnement et les traits écologiques combinés à la génétique de l’hôte peuvent expliquer la circulation des virus ?
Projet ECOFECT grâce aux
projets régionaux
multi-acteurs &
multidisciplinaire
2015-2020…
Amélioration des connaissances Conservation
Délimitation des populations & tendances démographiques
Etat sanitaire (épidémiologie et écotoxicologie) Identification des corridors (modélisation)
Ecologie (régime alimentaire) Patron de dispersion, phénologie, survie, … (CMR transpondage)Merci à tous !
Et à l’année prochaine!
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