Chemagic BBS DNA Kit H12 - IVD-704 - chemagen
←
→
Transcription du contenu de la page
Si votre navigateur ne rend pas la page correctement, lisez s'il vous plaît le contenu de la page ci-dessous
IVD-704 chemagic™ BBS DNA Kit H12 Manuel d'utilisation. Réactifs pour 250 extractions. Fabricant : PerkinElmer chemagen GmbH (BAE), Arnold-Sommerfeld-Ring 2, 52499 Baesweiler, Allemagne www.chemagen.com, www.perkinelmer.com Téléphone : +492401/805500 DESTINÉ À UN USAGE DIAGNOSTIQUE IN VITRO. VERSION 220413 FR
SYMBOLES
Symbole Titre du symbole Symbole Titre du symbole
Dispositif médical de
GHS08
diagnostic in vitro
Code de lot GHS07
Numéro d'emballage GHS05
Référence catalogue Haut
Date de péremption Recyclable
Fragile, manipuler avec
Limite de température
précaution
Conserver à l'abri de la
Maintenir au sec
lumière
Contient une quantité
suffisante pour tests
Consulter le manuel
d'utilisation
Fabricant
GHS02
Page 2 sur 26chemagic™ BBS DNA Kit H12
APPLICATION
Le chemagic™ BBS DNA Kit H12 sert à l'extraction et à la purification automatisées de
l'ADN à partir d'échantillons de sang, de couche leucocytaire et de salive humains à l'aide
de l'instrument chemagic 360-D.
Ce produit est destiné aux utilisateurs professionnels formés aux techniques de biologie
moléculaire et ayant reçu une formation spécifique sur le chemagic BBS DNA Kit H12 et
l'instrument chemagic 360-D. Pour plus d'informations, veuillez vous reporter à la section
« RÉACTIFS » et à la section « AVERTISSEMENTS ET PRÉCAUTIONS » de ce
document.
D'autres types d'échantillons tels que les écouvillons ou les lysats tissulaires peuvent être
compatibles mais n'ont pas encore été validés. Pour ces types, une validation doit être
effectuée par l'utilisateur.
RÉSUMÉ ET PRINCIPE
Le chemagic BBS DNA Kit H12 est basé sur une plateforme d'extraction par billes
magnétiques reposant sur une technologie exclusive à PerkinElmer chemagen Technologie
GmbH. Les leucocytes ou d'autres sources d'ADN présentes dans le sang, la couche
leucocytaire et la salive sont lysés pendant le processus d'extraction. Les acides nucléiques
libérés se lient à de petites particules magnétisables qui sont ensuite séparées magnétique-
ment de l'échantillon. Au cours des étapes suivantes, les contaminants sont éliminés et les
acides nucléiques purifiés sont transférés dans un tampon d'élution. Le traitement automatisé
des échantillons est effectué à l'aide de l'instrument chemagic 360-D (2024-0010) avec un
instrument chemagic 12 Rod Head Set (CMG-371) ou un instrument équivalent.
Pour réduire au minimum les irrégularités dans les résultats de diagnostic, le produit est
destiné à être utilisé avec un contrôle interne ou la détection d'un gène domestique humain
ainsi que des contrôles positifs et négatifs tout au long du processus de préparation de
l'échantillon, d'amplification de l'échantillon et de détection en fonction du test utilisé en aval.
Pour un patient/utilisateur/tiers dans l'Union européenne et dans les pays ayant un régime
réglementaire identique (IVDR ; UE 2017/746/EU) ; s'il s'est produit un incident grave
pendant l'utilisation de ce dispositif ou à la suite de son utilisation, il doit être signalé à votre
autorité nationale et au fabricant et à PerkinElmer chemagen Technologie GmbH au
numéro +492401/805500 ou à l'adresse support.chemagen@perkinelmer.com ou à ses
représentants légaux.
Page 3 sur 26CONTENU DU KIT Le kit contient une quantité de réactifs suffisante pour effectuer 250 extractions. La date de péremption du kit non ouvert est indiquée sur l'étiquette extérieure. Ne pas utiliser de composant au-delà de la date de péremption. Conserver à une température comprise entre +2 et +25 °C. Une fois le kit ouvert, les composants du kit ont une stabilité limitée. La stabilité après ouverture est indiquée pour chaque composant séparément dans la liste des réactifs ci-dessous. Remarque : refermer fermement les flacons immédiatement après utilisation pour éviter l'évaporation. Les flacons peuvent se décolorer pendant le stockage. La décoloration des flacons n'a aucun effet sur la fonctionnalité du dosage. chemagic est une marque déposée de PerkinElmer chemagen Technologie GmbH. Page 4 sur 26
REACTIFS
IVD-704 – chemagic BBS DNA Kit H24
Composant Quantité Durée de vie et conservation
Magnetic Beads 1 flacon, 320 mL +2 à +25 °C jusqu'à la date de
péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Une fois ouvert, stable pendant
60 jours à une température
comprise entre +2 et +25 °C.
Suspension de particules contenant de l'oxyde de fer nanoparticulaire encapsulé dans une
matrice d'alcool polyvinylique. Les Magnetic Beads fixent l'ADN/ARN pendant le processus
d'extraction.
Composant Quantité Durée de vie et conservation
Lysis Buffer 1 1 bidon, 2200 mL +2 à +25 °C jusqu'à la date de
péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Conserver à l'abri de la lumière.
DANGER
Une fois ouvert, stable pendant
60 jours à une température
comprise entre +2 et +25 °C.
Solution tampon aqueuse prête à l'emploi contenant du chlorure de guanidinium (40–60 %)
et d'éther de polyéthylèneglycol et d'octylphénol (0,75–1,5 %). Le Lysis Buffer est utilisé
pour lyser les cellules ou toute autre source d'ADN/ARN présente dans l'échantillon afin
de libérer l'ADN/ARN dans la solution.
LYSIS BUFFER 1 CONTIENT DU CHLORURE DE GUANIDINIUM ET DE L'ETHER DE
POLYETHYLENEGLYCOL ET D'OCTYLPHENOL.
H302 Nocif en cas d'ingestion.
H315 Provoque une irritation cutanée.
H319 Provoque une sévère irritation des yeux.
P102 Tenir hors de portée des enfants.
P103 Lire attentivement et bien respecter toutes les instructions.
Page 5 sur 26P303+P361+P353 EN CAS DE CONTACT AVEC LA PEAU (ou les cheveux) : enlever immédiatement tous les vêtements contaminés. Rincer la peau à l'eau [ou se doucher]. P305 + P351 + P338 EN CAS DE CONTACT AVEC LES YEUX : rincer avec précaution à l'eau pendant plusieurs minutes. Enlever les lentilles de contact si la victime en porte et si elles peuvent être facilement enlevées. Continuer à rincer. P310 Appeler immédiatement un CENTRE ANTIPOISON/un médecin. P321 Traitement spécifique (voir sur cette étiquette). P405 Garder sous clef. P501 Éliminer le contenu/récipient conformément aux réglementations locales/régionales/ nationales/internationales. Se laver soigneusement après la manipulation Ne pas manger, boire ou fumer pendant l'utilisation de ce produit. Utiliser uniquement à l'extérieur ou dans un endroit bien ventilé. En cas d'ingestion : appeler un centre antipoison/un médecin en cas de malaise. En cas d'inhalation : transporter la personne à l'air frais et la maintenir à l'aise pour respirer. appeler un centre antipoison/médecin. Conserver dans un endroit bien ventilé. Maintenir le récipient hermétiquement fermé. Page 6 sur 26
Composant Quantité Durée de vie et conservation
Binding Buffer 2 4 bidons, 2000 mL +2 à +25 °C jusqu'à la date de
chacun péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Une fois ouvert, stable pendant
DANGER 60 jours à une température comprise
entre +2 et +25 °C.
Solution tamponnée au Tris-HCl (pH 5,0–5,9) prête à l'emploi, contenant du perchlorate de
sodium (20–25 %), de l'éthanol (40–60 %) et de l'acide acétique (0,75–1,5 %). Binding
Buffer 2 est utilisé pour créer les conditions appropriées pour que l'ADN/ARN se lie aux
billes magnétiques.
BINDING BUFFER 2 CONTIENT DE L'ETHANOL ET DU PERCHLORATE DE SODIUM
H225 Liquide et vapeurs très inflammables.
H302 Nocif en cas d'ingestion.
P210 Tenir à l'écart de la chaleur, des surfaces chaudes, des étincelles, des flammes nues
et de toute autre source d'inflammation. Ne pas fumer.
P240 Mise à la terre et liaison équipotentielle du récipient et du matériel de réception.
P241 Utiliser du matériel [électrique/de ventilation/d'éclairage] antidéflagrant.
P280 Porter des gants de protection/des vêtements de protection/un équipement de
protection des yeux/du visage/une protection auditive.
P303+P361+P353 EN CAS DE CONTACT AVEC LA PEAU (ou les cheveux) : enlever
immédiatement tous les vêtements contaminés. Rincer la peau à l'eau [ou se doucher].
P501 Éliminer le contenu/récipient conformément aux réglementations locales/régionales/
nationales/internationales.
Maintenir le récipient hermétiquement fermé.
Utiliser uniquement des outils qui ne produisent pas d'étincelles.
Prendre des mesures de précaution contre les décharges d'électricité statique.
Se laver soigneusement après la manipulation.
Ne pas manger, boire ou fumer pendant l'utilisation de ce produit.
En cas d'ingestion : appeler un centre antipoison/un médecin en cas de malaise. Rincer la
bouche.
En cas d'incendie : utiliser les matériaux suivants pour l'extinction : CO2, poudre d'extinction
ou eau pulvérisée.
Page 7 sur 26Composant Quantité Durée de vie et conservation
Wash Buffer 3 2 bidon, 2100 mL +2 à +25 °C jusqu'à la date de
péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Une fois ouvert, stable pendant
DANGER 60 jours à une température comprise
entre +2 et +25 °C.
Solution tamponnée au Tris-HCl (pH 4,6–5,8) prête à l'emploi, contenant du perchlorate de
sodium (10–20 %) et de l'éthanol (25–40 %). Utilisé pour éliminer les contaminants
non-ADN/non-ARN pendant l'étape de lavage.
WASH BUFFER 3 CONTIENT DE L'ETHANOL ET DU PERCHLORATE DE SODIUM
H225 Liquide et vapeurs très inflammables.
P210 Tenir à l'écart de la chaleur, des surfaces chaudes, des étincelles, des flammes
nues et de toute autre source d'inflammation. Ne pas fumer.
P240 Mise à la terre et liaison équipotentielle du récipient et du matériel de réception.
P241 Utiliser du matériel [électrique/de ventilation/d'éclairage] antidéflagrant.
P280 Porter des gants de protection/des vêtements de protection/un équipement de
protection des yeux/du visage/une protection auditive.
P303+P361+P353 EN CAS DE CONTACT AVEC LA PEAU (ou les cheveux) : enlever
immédiatement tous les vêtements contaminés. Rincer la peau à l'eau [ou se doucher].
P306+P360 EN CAS DE CONTACT AVEC LES VÊTEMENTS : rincer immédiatement et
abondamment avec de l'eau les vêtements contaminés et la peau avant de les enlever.
P501 Éliminer le contenu/récipient conformément aux réglementations locales/régionales/
nationales/internationales.
Maintenir le récipient hermétiquement fermé.
Utiliser uniquement des outils qui ne produisent pas d'étincelles.
Prendre des mesures de précaution contre les décharges d'électricité statique.
En cas d'incendie : utiliser les matériaux suivants pour l'extinction : CO2, poudre d'extinction
ou eau pulvérisée.
Page 8 sur 26Composant Quantité Durée de vie et conservation
Wash Buffer 4 2 bidon, 2100 mL +2 à +25 °C jusqu'à la date de
péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Une fois ouvert, stable pendant
DANGER 60 jours à une température comprise
entre +2 et +25 °C.
Solution tamponnée au Tris-HCl (pH 4,6–5,8) prête à l'emploi, contenant du perchlorate de
sodium (10–20 %) et de l'éthanol (25–40 %). Utilisé pour éliminer les contaminants
non-ADN/non-ARN pendant l'étape de lavage.
WASH BUFFER 4 CONTIENT DE L'ETHANOL ET DU PERCHLORATE DE SODIUM
H225 Liquide et vapeurs très inflammables.
P210 Tenir à l'écart de la chaleur, des surfaces chaudes, des étincelles, des flammes
nues et de toute autre source d'inflammation. Ne pas fumer.
P240 Mise à la terre et liaison équipotentielle du récipient et du matériel de réception.
P241 Utiliser du matériel [électrique/de ventilation/d'éclairage] antidéflagrant.
P280 Porter des gants de protection/des vêtements de protection/un équipement de
protection des yeux/du visage/une protection auditive.
P303+P361+P353 EN CAS DE CONTACT AVEC LA PEAU (ou les cheveux) : enlever
immédiatement tous les vêtements contaminés. Rincer la peau à l'eau [ou se doucher].
P306+P360 EN CAS DE CONTACT AVEC LES VÊTEMENTS : rincer immédiatement et
abondamment avec de l'eau les vêtements contaminés et la peau avant de les enlever.
P501 Éliminer le contenu/récipient conformément aux réglementations locales/régionales/
nationales/internationales.
Maintenir le récipient hermétiquement fermé.
Utiliser uniquement des outils qui ne produisent pas d'étincelles.
Prendre des mesures de précaution contre les décharges d'électricité statique.
En cas d'incendie : utiliser les matériaux suivants pour l'extinction : CO2, poudre d'extinction
ou eau pulvérisée.
Page 9 sur 26Composant Quantité Durée de vie et conservation
Wash Buffer 5 2 bidon, 2100 mL +2 à +25 °C jusqu'à la date de
péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Une fois ouvert, stable pendant
DANGER 60 jours à une température comprise
entre +2 et +25 °C.
Solution prête à l'emploi contenant de l'éthanol à 60–70 %. Utilisé pour éliminer les derniers
résidus de contaminants non-ADN/non-ARN pendant l'étape de lavage.
LE WASH BUFFER 5 CONTIENT DE L'ETHANOL :
H225 Liquide et vapeurs très inflammables.
P210 Tenir à l'écart de la chaleur, des surfaces chaudes, des étincelles, des flammes nues
et de toute autre source d'inflammation. Ne pas fumer.
P240 Mise à la terre et liaison équipotentielle du récipient et du matériel de réception.
P241 Utiliser du matériel [électrique/de ventilation/d'éclairage] antidéflagrant.
P280 Porter des gants de protection/des vêtements de protection/un équipement de
protection des yeux/du visage
P303+P361+P353 EN CAS DE CONTACT AVEC LA PEAU (ou les cheveux) : enlever
immédiatement tous les vêtements contaminés. Rincer la peau à l'eau [ou se doucher].
P501 Éliminer le contenu/récipient conformément aux réglementations locales/régionales/
nationales/internationales.
Maintenir le récipient hermétiquement fermé.
Utiliser uniquement des outils qui ne produisent pas d'étincelles.
Prendre des mesures de précaution contre les décharges d'électricité statique.
En cas d'incendie : utiliser les matériaux suivants pour l'extinction : CO2, poudre d'extinction
ou eau pulvérisée.
Page 10 sur 26Composant Quantité Durée de vie et conservation
Wash Buffer 6 3 bidon, 2400 mL +2 à +25 °C jusqu'à la date de
péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Une fois ouvert, stable pendant
60 jours à une température comprise
entre +2 et +25 °C.
Solution d'eau ultra-filtrée prête à l'emploi. Utilisée pour éliminer les éventuels résidus
d'éthanol.
Composant Quantité Durée de vie et conservation
Elution Buffer 7 2 flacons, 240 mL +2 à +25 °C jusqu'à la date de
péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Une fois ouvert, stable pendant
60 jours à une température comprise
entre +2 et +25 °C.
Solution tamponnée au Tris-HCl 10 mM (pH 7,8–8,4) prête à l'emploi.
Page 11 sur 26Composant Quantité Durée de vie et conservation
Proteinase K 4 flacons (lyophilisés) +2 à +25 °C jusqu'à la date de
péremption indiquée sur l'étiquette
du flacon.
Une fois dilué, stable pendant
DANGER 28 jours à une température comprise
entre +2 et +8 °C.
Proteinase K est reconstitué en ajoutant 7 mL d'eau purifiée. Proteinase K est ajouté pour
accroître l'efficacité de l'étape de lyse.
PROTEINASE K CONTIENT DE LA PROTEINASE, DE LA SERINE DE TRITIRACHIUM
ALBUM ET DE L'ACETATE DE CALCIUM HYDRATE :
H315 Provoque une irritation cutanée.
H319 Provoque une sévère irritation des yeux.
H334 Peut provoquer des symptômes allergiques ou d'asthme ou des difficultés
respiratoires par inhalation.
H335 Peut irriter les voies respiratoires.
P261 Éviter de respirer les poussières/fumées/gaz/brouillards/vapeurs/ aérosols.
P280 Porter des gants de protection/un équipement de protection des yeux/du visage.
P284 [Lorsque la ventilation du local est insuffisante] porter un équipement de protection
respiratoire.
P305 + P351 + P338 EN CAS DE CONTACT AVEC LES YEUX : rincer avec précaution à
l'eau pendant plusieurs minutes. Enlever les lentilles de contact si la victime en porte et si
elles peuvent être facilement enlevées. Continuer à rincer.
P405 Garder sous clef.
P501 Éliminer le contenu/récipient conformément aux réglementations locales/régionales/
nationales/internationales.
Se laver soigneusement après la manipulation.
Utiliser uniquement à l'extérieur ou dans un endroit bien ventilé.
En cas de contact avec la peau : laver abondamment à l'eau.
En cas d'inhalation : transporter la personne à l'air frais et la maintenir à l'aise pour respirer.
appeler un centre antipoison/un médecin en cas de malaise.
Enlever les vêtements contaminés et les laver avant de les réutiliser.
En cas d'irritation cutanée : consulter un médecin.
Si l'irritation oculaire persiste : consulter un médecin.
En cas de symptômes respiratoires : appeler un centre antipoison/médecin.
Conserver dans un endroit bien ventilé.
Page 12 sur 26Composant Quantité Durée de vie et conservation
Disposable Tips (Large) 250 +2 à +25 °C
MATÉRIEL REQUIS, MAIS NON FOURNI AVEC LE KIT
Le chemagic BBS DNA Kit H12 nécessite les articles suivants qui sont disponibles auprès
de PerkinElmer, Inc. et de ses distributeurs :
• chemagic 360-D (réf. 2024-0010) avec chemagic 12 Rod Head Set
(réf. CMG-371)
Autres articles supplémentaires requis :
• pipettes et embouts de pipettes avec barrières anti-aérosols
• eau de qualité biologie moléculaire
• 50 mL Falcon Tubes
Autres articles supplémentaires facultatifs :
• chemagic Stand 12 (réf. CMG-308)
• solution saline isotonique stérile
PRÉLÈVEMENT ET MANIPULATION DES ÉCHANTILLONS
Le chemagic BBS DNA Kit H12 peut être utilisé avec du sang humain, de la couche
leucocytaire et de la salive dans des aliquotes de 2 à 10 mL par isolement.
Il convient d'utiliser des échantillons de sang humain total (jusqu'à 10 mL) ou de couche
leucocytaire (jusqu'à 2 mL) frais, congelés ou conservés en général pendant un maximum
de 10 jours entre +2 et +8 °C. Pour un stockage à long terme, il est recommandé de
congeler des aliquotes à −20 °C ou −80 °C. Les stabilisateurs recommandés pour le sang
sont l'EDTA ou le citrate. L'utilisation d'échantillons de sang stabilisés à l'héparine peut
entraîner des problèmes d'inhibition dans les applications en aval et n'est donc pas
recommandée. La concentration leucocytaire dans l'échantillon de sang total diminue
pendant le stockage. Un stockage prolongé des échantillons peut entraîner un mauvais
rendement d'ADN après extraction.
Il convient d'utiliser de la salive humaine (4 mL) conservée conformément aux instructions
du fournisseur du tube de prélèvement. Les tubes de prélèvement stabilisés recommandés
sont ceux de DNAgenotek®, IsohelixTM et Spectrum Solutions. L'incubation des tubes de
prélèvement avant l'extraction pendant > 2 h à 50 °C permet d'obtenir un meilleur
rendement d'ADN et est donc recommandée.
Page 13 sur 26Stockage des échantillons de couche leucocytaire pendant une semaine maximum entre +2 et +8 °C. Pour un stockage à long terme, il est recommandé de congeler des aliquotes à −20 °C ou −80 °C. Les couches leucocytaires doivent provenir de tubes de sang stabilisés (suivre la recommandation de tubes ci-dessus pour les échantillons de sang). Avant l'extraction, les couches leucocytaires doivent être décongelées à 37 °C. Nous recommandons la procédure suivante pour la préparation de la couche leucocytaire. PREPARATION DES ECHANTILLONS DE COUCHE LEUCOCYTAIRE Placer jusqu'à 10 mL de sang total frais dans un tube stérile de 50 mL. Ajouter 40 mL de Red Cell Lysis Buffer (RCLB) au sang et inverser le tube 4 fois. Incuber pendant 5 minutes ou jusqu'à ce que la suspension devienne translucide. Centrifuger à 4 000 rpm pendant 10 minutes pour recueillir les leucocytes. Décanter le surnageant et aspirer soigneusement le surnageant restant sur le dessus de l'échantillon par pipetage. Veiller à ne pas perturber le culot de cellules. Faire preuve de prudence lors du pipetage pour éviter la perte du culot de leucocytes. Ajouter 20 mL de Red Cell Lysis Buffer et laver et éliminer soigneusement les érythrocytes restants sur le dessus du culot leucocytaire sans le perturber. Décanter le surnageant et aspirer soigneusement le surnageant restant sur le dessus de l'échantillon par pipetage. Les couches leucocytaires peuvent être congelées, conservées entre +2 et +8 °C pendant une semaine ou utilisées directement pour l'extraction. Remettre en suspension la couche leucocytaire dans un maximum de 2 mL de NaCl à 0,9 %. Si le volume initial de sang est inférieur ou supérieur à 10 mL, modifier proportionnellement le volume de Red Cell Lysis Buffer utilisé. AVERTISSEMENTS ET PRÉCAUTIONS. Destiné à un usage diagnostique in vitro. Le produit est destiné aux utilisateurs professionnels formés à l'instrument chemagic 360-D. Manipuler tous les échantillons comme potentiellement infectieux. Se reporter à cet effet à la publication du ministère américain de la santé et des services sociaux intitulée « Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories » ou à toute autre réglementation locale ou nationale. Lysis Buffer 1 contient du chlorure de guanidinium et est nocif en cas d'ingestion, de contact avec la peau ou d'inhalation. Binding Buffer 2, Wash Buffer 3 et Wash Buffer 4 contiennent du perchlorate de sodium et de l'éthanol et forment des liquides et des vapeurs inflammables qui sont nocifs en cas d'ingestion. Wash Buffer 5 contient de l'éthanol et forme un liquide et une vapeur inflammables. Proteinase K contient de la protéinase de sérine de Tritirachium album et provoque une irritation de la peau et une grave irritation des yeux. Elle peut provoquer des symptômes d'allergie ou d'asthme, des Page 14 sur 26
difficultés respiratoires ou une irritation des voies respiratoires par inhalation. Voir les
précautions spécifiques pour tous les composants dans la section « RÉACTIFS ».
Pour éviter les blessures lors des tâches avec les composants du kit, toujours porter des
lunettes de sécurité, des gants jetables et des vêtements de protection. Pour des
informations détaillées, consulter les fiches de données de sécurité (FDS) correspondantes.
Suivre les réglementations locales pour la manipulation des solutions éthanoliques.
L'élimination de tous les déchets doit être conforme aux réglementations locales.
PROCÉDURE DU PROTOCOLE (SANG, COUCHE LEUCOCYTAIRE ET SALIVE)
Protocole d'extraction utilisant l'instrument chemagic 360-D
La durée du protocole d'extraction automatisé est d'environ 78 minutes.
Le protocole permet de traiter jusqu'à 12 échantillons en parallèle (voir les étapes du
protocole ci-dessous). Pour des instructions détaillées sur l'utilisation de l'instrument
chemagic 360-D, se reporter au manuel de l'instrument chemagic 360-D.
Les échantillons et les réactifs doivent être amenés à température ambiante (+19 à +25 °C)
avant utilisation. Connecter les flacons de réactifs à l'instrument chemagic 360-D comme
suit :
Pompe 1 : Lysis Buffer 1 (volume de remplissage minimum 175 mL)
Pompe 2 : Binding Buffer 2 (volume de remplissage minimum 400 mL)
Pompe 3 : Wash Buffer 3 (volume de remplissage minimum 250 mL)
Pompe 4 : Wash Buffer 4 (volume de remplissage minimum 250 mL)
Pompe 5 : Wash Buffer 5 (volume de remplissage minimum 250 mL)
Pompe 6 : Wash Buffer 6 (volume de remplissage minimum 150 mL)
REMARQUE : REFERMER FERMEMENT LES FLACONS IMMEDIATEMENT APRES
UTILISATION OU MAINTENIR LES FLACONS FERMEMENT CONNECTES A
L'INSTRUMENT CHEMAGIC 360-D. BINDING BUFFER 2, WASH BUFFER 3, WASH
BUFFER 4 ET WASH BUFFER 5 CONTIENNENT DE L'ETHANOL. SI L'ETHANOL
S'EVAPORE, LE RENDEMENT OPTIMAL OU LA SENSIBILITE DE DETECTION NE
PEUVENT ETRE GARANTIS.
Page 15 sur 26DETAIL DES ETAPES DE TRAITEMENT
ÉTAPES DE PREPARATION
1. Vérifier l'intégrité de tous les composants du kit. En cas de dommage, contacter le
fournisseur.
2. Avant de pré-remplir les plaques et les tubes dans les racks, il faut les marquer en
conséquence : échantillons, Magnetic Beads et Elution Buffer.
3. Reconstituer Proteinase K. Ajouter 7 mL d'eau de qualité biologie moléculaire au
flacon de Proteinase K et mélanger doucement jusqu'à sa dissolution.
4. Remplir et amorcer le tube chemagic 360-D avec des réactifs en choisissant le
protocole « prime manifolds 1–6 ». Appuyer sur la touche [Insert IDs], suivre les
instructions données dans le logiciel chemagic QA et commencer l'amorçage en
appuyant sur la touche [OK]. Si les fonctions permettant la saisie des données
d'identification sont désactivées, démarrer directement l'amorçage en appuyant sur la
touche [Start]. L'amorçage doit être effectué lorsque les flacons de réactifs sont
connectés à l'instrument chemagic 360-D pour la première fois ou lorsque le tube de
l'instrument ne contient pas encore de réactifs mentionnés ci-dessus.
5. Si l'amorçage n'est pas nécessaire, choisir le protocole « check manifolds 1–6 » et
appuyer sur la touche [Insert IDs] ou, si les fonctions avancées sont désactivées, la
touche [Start]. Un petit volume de tampon sera distribué séquentiellement par chaque
pompe en commençant par la première pompe utilisée pour cette application. Si l'une
des pompes ne distribue pas de tampon par toutes les buses, appliquer le protocole
d'amorçage correspondant à cette pompe. Si plusieurs cycles sont effectués chaque
jour, un seul contrôle des pompes en début de journée suffit.
6. Sélectionner le protocole « chemagic BBS DNA 360 H12 EB50 drying prefilling
VD220308.che », appuyer sur la touche [Insert IDs] et suivre les instructions données
par le logiciel chemagic QA.
7. S'assurer que les Disposable Tips sont en quantité suffisante et alignés avec la
position des échantillons et placer le Tip Rack en position 1 sur le tracking system.
8. Vérifier les volumes dans les récipients d'approvisionnement en tampon et confirmer
en appuyant sur la touche [OK]. Voir ci-dessus « Hauteurs de remplissage minimum »
REMARQUE : VEILLER À CE QUE TOUS LES FLACONS D'APPROVISIONNEMENT
EN TAMPON CONTIENNENT SUFFISAMMENT DE TAMPON. Il N'EST POSSIBLE
D'EFFECTUER 24 ISOLATIONS QUE S'IL Y A SUFFISAMMENT DE LIQUIDE POUR
TOUS LES TAMPONS.
Page 16 sur 269. Sélectionner le nombre d'échantillons à pré-remplir à l'aide du menu déroulant. Le
schéma de positionnement des échantillons sera affiché après la sélection. Veiller à
utiliser les positions données. Confirmer en appuyant sur la touche [OK] .
10. Remplir préalablement les puits sélectionnés de la plaque d'échantillonnage avec un
maximum de 10 mL d'échantillon. Pour garantir l'homogénéité des échantillons,
mélanger doucement les échantillons avant de les pipeter sur la plaque
d'échantillonnage.
11. Pré-remplir l'Elution Buffer 7 et les Magnetic Beads bien remises en suspension en
fonction des positions des échantillons :
• Les Magnetic Beads (en position de plaque 4 dans l'instrument chemagic 360-D)
sont remises en suspension en mélangeant bien et pipetées à la main
(900 μL/tube Falcon) dans chaque position d'échantillon correspondant utilisé.
REMARQUE : LA SUSPENSION DE BILLES MAGNÉTIQUES DOIT ÊTRE
MÉLANGÉE VIGOUREUSEMENT AVANT D'ÊTRE DISTRIBUÉE, SINON LA
SUSPENSION N'EST PAS HOMOGÈNE ET LE RENDEMENT EN ADN/ARN
POURRAIT ÊTRE FAIBLE.
• L'Elution Buffer 7 (en position de plaque 7 dans l'instrument chemagic 360-D)
est pipeté à la main (1,2–1,5 mL/tube) dans chaque position d'échantillon
correspondant utilisé.
12. Ajouter 50 μL de Proteinase K aux puits contenant de l'échantillon.
13. Placer les racks sur le tracking system selon les instructions données par le logiciel
chemagic QA.
14. Placer le rack d'échantillons en position 2 sur le tracking system.
Les étapes de préparation de l'échantillon (transfert de l'échantillon et ajout de Proteinase K)
sont effectuées manuellement. Après les étapes de préparation des échantillons, la plaque
d'échantillonnage est placée sur l'instrument chemagic 360-D et le processus automatisé
d'extraction d'ADN/ARN est lancé.
Page 17 sur 26Extraction automatisée d'ADN/ARN sur l'instrument Chemagic 360-D :
Position
sur le Matériau en
Détails de l'étape du protocole
tracking position
system
Sélectionner le protocole « check manifolds 1–6 »
pour rincer le tube avant de commencer l'extraction
automatisée. Appuyer sur la touche [Insert IDs], suivre
les instructions données dans le logiciel chemagic QA
et lancer le rinçage en appuyant sur la touche [OK].
Lors de l'utilisation de fonctions permettant l'entrée de
données d'identification, sélectionner le protocole
« chemagic BBS DNA 360 H12 EB50 drying
prefilling VD220308.che » et appuyer sur la touche
[Insert IDs]. Suivre les instructions données dans le
logiciel chemagic QA pour saisir les données requises.
Charger les plaques et les racks sur les positions 1 à 8
du tracking system.
Rack avec Utiliser les Disposable Tips en fonction des positions
1
Disposable Tips des échantillons.
Rack avec 50 mL
Placer la plaque avec les échantillons préparés
Falcon Tubes pour
(jusqu'à 10 mL d'échantillon) et 50 µL de Proteinase K.
2 les échantillons
Le Lysis Buffer 1 et le Binding Buffer 2 sont distribués
(rangées toujours
automatiquement dans la plaque.
complètes)
Rack avec 50 mL Remettre en suspension les Magnetic Beads en les
Falcon Tubes avec agitant vigoureusement et pipeter 900 µL dans chaque
3 900 µL de Magnetic tube Falcon de 50 mL en fonction de la position des
Beads (rangées échantillons. Wash Buffer 3 est distribué
toujours complètes) automatiquement sur la plaque
Rack avec 50 mL
Placer la plaque vide.
Falcon Tubes
4 Wash Buffer 4 est distribué automatiquement sur la
(rangées toujours
plaque.
complètes)
5 Rack avec 50 mL Placer la plaque vide.
Page 18 sur 26Falcon Tubes Wash Buffer 5 est distribué automatiquement sur la
(rangées toujours plaque.
complètes)
Rack avec 50 mL
Placer la plaque vide.
Falcon Tubes
7 Wash Buffer 6 est distribué automatiquement sur la
(rangées toujours
plaque.
complètes)
Rack avec 50 mL
Falcon Tubes,
Pipeter 1,2 à 1,5 mL d'Elution Buffer 7 dans chaque
1,2–1,5 mL
7 tube Falcon et placer dans le rack d'élution en fonction
d'Elution Buffer 7
des positions des échantillons.
(rangées toujours
complètes)
8 Vide
Vérifier la bonne orientation et l'ajustement de toutes
les plaques et de tous les racks. Une fois toutes les
plaques et tous les racks en place, appuyer sur la
touche [OK].
Fermer la porte avant et lancer immédiatement le
processus d'extraction d'ADN en appuyant sur la
touche [Start]. Le lysat de l'échantillon est ensuite
mélangé automatiquement.
Si les fonctions permettant la saisie des données
d'identification sont désactivées, charger les plaques
sur les positions 1 à 8 du tracking system. Une fois
toutes les plaques en place, sélectionner le protocole
« chemagic BBS DNA 360 H12 EB50 drying
prefilling VD220308.che », marquer les colonnes
utilisées sur le plan de plaques dans le dialogue et
lancer le cycle d'extraction directement en appuyant
sur la touche [Start].
*Les chiffres sur le tracking system font référence au positionnement de la plaque sur
l'instrument chemagic 360-D.
Page 19 sur 26Une fois la procédure d'isolation terminée, utiliser la touche [Turn Table] pour décharger le
tracking system. Chaque clic sur le bouton [Turn Table] déplace le tracking system (table)
d'une position dans le sens des aiguilles d'une montre.
REMARQUE : NE JAMAIS DEPLACER LE TRACKING SYSTEM (TABLE)
MANUELLEMENT, CAR CELA POURRAIT ENDOMMAGER L'EQUIPEMENT. TOUS
LES MOUVEMENTS DOIVENT ETRE EFFECTUES AVEC LA FONCTION
[TURN TABLE].
NOTES PROCÉDURALES (SANG, COUCHE LEUCOCYTAIRE ET SALIVE)
1. Une compréhension approfondie de ce manuel d'utilisation et du manuel de
l'instrument chemagic 360-D est nécessaire pour assurer le succès de l'utilisation du
chemagic BBS DNA Kit H12. Les réactifs fournis avec ce kit sont destinés à être utilisés
comme une unité intégrale. Ne pas mélanger des réactifs identiques provenant de kits
portant des numéros de lot différents.
2. Ne pas utiliser les réactifs du kit après la date de péremption imprimée sur l'étiquette
du kit. Une fois ouverts, les réactifs peuvent être utilisés pendant la période indiquée
dans la liste des réactifs de ce manuel d'utilisation.
3. Toute déviation du protocole peut affecter les résultats.
4. Les réactifs sont distribués automatiquement par rangées entières et les couvre-
pointes doivent donc être utilisés par rangées entières sur chaque tige en contact avec
une solution réactive. Il faut également noter que si des plaques partielles sont
réalisées, les solutions pourraient ne pas suffire pour 250 extractions.
5. L'ouverture de la porte de l'instrument chemagic 360-D alors que le cycle d'extraction
automatisé est en cours met fin au cycle et les échantillons en cours peuvent être
perdus.
6. Le nettoyage et la maintenance du système sont décrits en détail dans le manuel
d'utilisation du chemagic 360-D.
- Le nettoyage du système est effectué une fois par semaine : nettoyer le chemagic
Dispenser. Sélectionner le protocole « regular cleaning procedure.che » et
appuyer sur la touche [Insert IDs] ou sur la touche [Start] si les fonctions avancées
sont désactivées. Suivre les instructions données dans le logiciel.
- Avant l'utilisation suivante du chemagic Dispenser, exécuter le protocole
d'amorçage approprié.
Page 20 sur 26- Le nettoyage du chemagic Dispenser avec de l'éthanol à 70 % est recommandé
une fois par mois. Pour ce faire, utiliser tout simplement le protocole « intensive
cleaning procedure.che » plutôt que le protocole standard.
- Si le chemagic Dispenser n'est pas utilisé pendant une longue période, il est
obligatoire d'appliquer le protocole « regular cleaning procedure » pour maintenir
les performances de l'instrument lors de sa remise en service.
Caractéristiques de performance
Linéarité et récupération avec un échantillon d'ADN enrichi
Pour montrer la linéarité de l'extraction avec la méthode IVD-704, une solution de NaCl à
0,9 % a été enrichie avec cinq concentrations d'ADN génomique humain : 100 µg, 150 µg,
200 µg, 300 µg et 400 µg. Les extractions ont été réalisées en utilisant 10 mL des différentes
quantités d'ADN comme échantillon avec le protocole d'extraction « chemagic BBS DNA
360 H12 EB50 drying prefilling VD220308.che ». Quatre réplicats de chaque quantité
d'ADN enrichi dans du NaCl à 0,9 % ont été extraits.
Figure 1 : récupération par extraction de l'enrichissement dans les échantillons d'ADN.
Extrait avec le chemagic 360-D au moyen du kit IVD-704.
La récupération montre une bonne linéarité dans l'intervalle de 100–400 µg d'ADN comme
échantillon d'entrée. La récupération varie entre 69,8 et 84,6 % selon la quantité d'ADN
génomique humain introduite.
Page 21 sur 26Rendements d'ADN avec des échantillons de sang et de couche leucocytaire
Les rendements d'ADN attendus pour l'extraction du sang humain et de la couche
leucocytaire dépendent du nombre de leucocytes. Le nombre de leucocytes extraits est
déterminé par le volume d'entrée et la concentration leucocytaire. Pour la plupart des
échantillons, la concentration leucocytaire ne sera pas connue, mais chez les individus en
bonne santé, elle se situe entre 4 et 10 millions de leucocytes par mL de sang. L'IVD-704
utilisant le protocole « chemagic BBS DNA 360 H12 EB50 drying prefilling
VD220308.che » extrait en moyenne 4,38 pg par leucocyte. En utilisant 10 mL de sang avec
une concentration leucocytaire de 8,2 millions de leucocytes par mL de sang, on devrait
obtenir 359 µg d'ADN.
Tableau 1 : rendement moyen, %CV (écart-type) et pureté de l'ADN extrait avec le kit
IVD-704 extrait avec le chemagic 360-D.
Type d'échantillon / Volume Concentration Rendement CV Pureté
Condition de [mL] leucocytaire moyen [µg] [%] moyenne
stockage [million de [260/280]
cellules/
mL de sang]
Sang 1 / 4 °C 10 4,9 220,7 1,9 1,9
Sang 1 / −20 °C 10 4,9 238,7 10,1 1,9
Sang 1 / 4 °C 5 4,9 117,6 3,9 1,9
Sang 2 / 4 °C 10 5,8 286,3 4,4 1,9
Sang 2 / −20 °C 10 5,8 305,0 4,7 1,9
Sang 2 / 4 °C 5 5,8 150,3 4,9 1,9
Sang 4 / 4 °C 10 6,1 322,0 6,2 1,9
Sang 5 / 4 °C 10 9,3 509,1 5,6 1,9
Couche leucocytaire* 10 6,1 237,0 2,8 1,8
Salive / 4 °C 10 - 128,1 11,5 1,6
* La couche leucocytaire a été générée avec 10 mL du sang 3
Page 22 sur 26Rendements d'ADN avec des échantillons de sang et de couche leucocytaire
À partir de toutes les extractions, y compris les différents types d'échantillons, les conditions
de stockage et les volumes d'entrée, des éluats spécifiques ont été utilisés dans une qPCR
d'albumine humaine pour prouver l'adéquation de l'ADN extrait pour les réactions
enzymatiques. Tous les éluats ont fonctionné sans aucun problème – voir l'exemple de
courbe de qPCR ci-dessous.
Figure 2 : courbes de qPCR des éluats d'ADN extraits avec le chemagic 360-D en utilisant
le kit IVD-704. Rouge – contrôle négatif, bleu – contrôle positif, vert – ADN extrait du sang 1.
Page 23 sur 26APPLICATIONS EN AVAL TESTÉES AVEC EXTRACTION DU SANG, DE LA COUCHE
LEUCOCYTAIRE ET DE LA SALIVE
Les applications en aval suivantes ont été réalisées avec succès et décrites dans les
publications après l'isolement de l'ADN génomique.
Titre Type Application en aval Revue
d'échantillon (nom année mois)
No Association between Genetic Sang total Génotypage des SNP American Journal of
Loci near IRF2 and TBX1 and Acute humain congelé Respiratory and
Kidney Injury in the Critically Ill Critical Care
Medicine (2019-09)
Identification of a novel mutation in Sang Séquençage des Molecular Vision
the PRCD gene causing autosomal NGS/de Sanger (2013-06)
recessive retinitis pigmentosa in a
Turkish family
Cell lines authentication Sang et sections Multiplex PCR Cell and Tissue
and mycoplasma detection as de tissu Banking (2017-03)
minimun quality control of cell lines
in biobanking
Genetic architecture of inherited Sang total Mesure d'UV, Human Mutation
retinal degeneration in Germany: séquençage, MLPA (2020-06)
A large cohort study from a single
diagnostic center over a 9-year
period
Mechanisms and modulators of Sang total Mesure d'UV, Trials (2018-06)
cognitive training gain transfer in (congelé, génotypage :
cognitively healthy aging: study −80 °C) PCR +
protocol of the AgeGain study pyroséquençage
Positive Association between Sang veineux Génotypage Analytical Cellular
TGFB1 Gene and Susceptibility to périphérique Pathology
Idiopathic Scoliosis in Bulgarian (2018-07)
Population
Positive association between a Sang veineux Génotypage Journal of Applied
polymorphic locus near the LBX1 périphérique Biomedicine
gene and predisposition of idiopathic (2019-06)
scoliosis in Southeastern European
population
In silico analysis of HLA associations Sang veineux Mesure d'UV, Genome Medicine
with druginduced liver injury: use of dosage PicoGreen, (2012-06)
a HLA-genotyped DNA archive from typage HLA typing
healthy volunteers
Page 24 sur 26Single Nucleotide Polymorphisms in Sang Génotypage des SNP Journal of
Colorectal Cancer: Associations with périphérique gastrointestinal and
Tumor Site and TNM Stage liver diseases
(2012-01)
Genetic regulatory effects modified Sang Génotypage de l'ADN Nature
by immune activation contribute to et imputation Communications
autoimmune disease associations (2017-08)
DNA methylation levels and long- Sang Gel d'agarose, Epigenetics
term trihalomethane exposure in analyse de (2015-06)
drinking water: an epigenome-wide méthylation
association study
Human Genetic Susceptibility to Cultures de sang PCR + génotypage Frontiers in
Native Valve Staphylococcus aureus des SNP + Microbiology
Endocarditis in Patients with séquençage de (2018-04)
S.aureus Bateremia: Genome-Wide Sanger
Association Study
Mutation spectrum of the OPA1 Sang veineux Analyse génétique PLOS ONE
gene in a large cohort of patients (2021-07)
with suspected dominant optic
atrophy: Identification and
classification of 48 novel variants
Replication study of 34 common Sang Génotypage de SNP Journal of Cellular
SNPs associated with prostate périphérique unique and Molecular
cancer in the Romanian population Medicine (2016-05)
Heme oxygenase-1 repeat Échantillons de Génotypage PLOS ONE
polymorphism in septic acute kidney sang (après (PCR et séquençage (2019-05)
injury séparation du capillaire)
plasma ?)
The role of environmental stress and Sang total Micropuces de International Journal
DNA methylation in the longitudinal méthylation of Bipolar Disorders
course of bipolar disorder (2020-02 )
AUTRES QUESTIONS
Pour d'autres applications, des questions techniques ou de plus amples informations sur la
façon dont les données ont été générées, veuillez contacter
support.chemagen@perkinelmer.com ou +49 2401 805500.
LIMITES DE LA PROCÉDURE
Le IVD-704 est validé pour l'extraction d'ADN à partir de sang, de couche leucocytaire et de
salive. D'autres types d'échantillons tels que les lysats de tissus, de cellules ou d'écouvillons
buccaux peuvent être compatibles mais n'ont pas été validés.
Page 25 sur 26Dans certains cas, des traces de Magnetic Beads peuvent être laissées dans l'éluat. Bien que ces particules n'interfèrent généralement pas avec la PCR ou la plupart des applications en aval, une étape de séparation supplémentaire, par centrifugation ou par séparateur magnétique (chemagic Stand 12, fourni avec le chemagic 360 12 Rod Head Set prod. réf. CMG-371) est recommandée afin d'éliminer toute trace de particules. L'ADN extrait doit être conservé à −20 °C ou utilisé immédiatement après l'extraction dans le test de diagnostic in vitro souhaité. INFLUENCE DES SUBSTANCES INTERFERENTES L'effet des substances interférentes contenues dans le sang total humain et susceptibles d'interférer avec l'extraction de l'ADN a été testé dans le sang total. Les substances testées et les concentrations sont présentées dans le tableau ci-dessous. Sur la base des résultats, il a été conclu que les substances testées n'interfèrent pas avec l'extraction de l'ADN. Tableau 3 : influence des substances interférentes Substances interférentes Concentration [µg/mL] Interférence Bilirubine conjuguée 332 Non Bilirubine non conjuguée 200 Non Triglycérides 30 Non Albumine sérique humaine 30 Non GARANTIE Tout changement ou modification de la procédure non recommandée par le fabricant peut affecter les résultats, auquel cas PerkinElmer chemagen et ses filiales déclinent toute garantie exprimée, implicite ou statutaire, y compris la garantie implicite de qualité marchande et d'aptitude à l'emploi. Dans un tel cas, PerkinElmer chemagen, ses sociétés affiliées et ses distributeurs agréés ne seront pas responsables des dommages indirects ou consécutifs. Avril 2022 Page 26 sur 26
Vous pouvez aussi lire
