DOCUMENT D'INFORMATION - Résultats du concours 2018 " Projets de recherche appliquée à grande échelle " : Solutions génomiques pour l'agriculture ...

23 julliet 2019

                                 DOCUMENT D’INFORMATION

     Résultats du concours 2018 « Projets de recherche appliquée à grande
    échelle » : Solutions génomiques pour l’agriculture, l’agroalimentaire, les
                             pêcheries et l’aquaculture
Génome Canada, en partenariat avec Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC), est heureux
d’annoncer un investissement d’environ 76,7 millions de dollars sur quatre ans dans huit nouveaux
projets retenus à la suite du Concours 2018 : Projets de recherche appliquée à grande échelle. Ces
projets montrent comment la génomique peut être transformée en solutions qui font progresser la
durabilité et la capacité de production des secteurs canadiens de l’agriculture, de l’agroalimentaire, des
pêches et de l’aquaculture. Ce financement se compose de 29,2 millions de dollars de Génome Canada
et de 47,5 millions de dollars de partenaires de cofinancement, dont AAC.

Après des consultations régionales des intervenants, tenues partout au Canada pour renouveler la
stratégie de génomique dans les secteurs de l’agriculture, de l’agroalimentaire, des pêches et de
l’aquaculture au Canada, Génome Canada et AAC ont lancé un concours de projets de recherche à
grande échelle axés sur l’application de la génomique pour résoudre des difficultés et saisir des
possibilités importantes pour le Canada dans ces secteurs. Il est reconnu que l’agriculture et ses secteurs
connexes jouent un rôle indispensable dans la croissance économique du Canada et peuvent
grandement contribuer à améliorer la sécurité alimentaire, au pays et ailleurs dans le monde.

Les résultats du présent concours allient les mandats complémentaires de Génome Canada et d’AAC et
donnent l’occasion de maximiser l’efficacité de leurs réseaux, de leurs infrastructures et de leurs
ressources en recherche. Grâce à ce financement, il devient possible de mener en collaboration des
projets mixtes avec des chercheurs d’AAC dans le cadre desquels les fonds de Génome Canada appuient
des chercheurs qu’il juge admissibles et les fonds d’AAC, des chercheurs d’AAC.

COLOMBIE-BRITANNIQUE

Titre : PeptAid – Les peptides antimicrobiens en remplacement des antibiotiques en pratique
vétérinaire chez les animaux d’élevage
Responsable du projet et établissement : Inanc Birol (Université de la Colombie-Britannique)
Centre génomique : Genome British Columbia
Financement total : 6,9 millions de dollars

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Les antibiotiques sont couramment utilisés en agriculture. Toutefois, en raison de la surutilisation des
antibiotiques dans le passé, certaines bactéries sont devenues résistantes à ces médicaments, pavant la
voie à une crise de l’antibiorésistance. Ce projet vise à utiliser des outils génomiques pour mettre au
point des options de rechange aux antibiotiques fondées sur des protéines d’origine naturelle, appelées
peptides antimicrobiens (PAM), produites par un certain nombre d’espèces pour combattre les
infections bactériennes. Des données montrent que les PAM sont efficaces et moins susceptibles de
mener à une résistance bactérienne que les antibiotiques classiques. L’équipe souhaite découvrir dix
PAM efficaces et sûrs et utilisera des œufs de poule pour vérifier la protection conférée par les PAM
contre d’importantes maladies infectieuses qui préoccupent actuellement l’industrie avicole. L’équipe
réalisera aussi une analyse approfondie des enjeux économiques, éthiques et réglementaires liés à
l’utilisation des PAM en agriculture et évaluera les opinions d’intervenants provenant des industries
agricole et alimentaire de même que du grand public.

ALBERTA

Titre : Intégration d’approches génomiques pour accroître la résilience des vaches laitières : un
objectif global visant à améliorer la durabilité de l’industrie laitière canadienne
Responsables du projet et établissements : Christine Baes (Université de Guelph), Paul Stothard
(Université de l’Alberta), Ronaldo Cerri (Université de la Colombie-Britannique) et Marc-André Sirard
(Université Laval)

Centres génomiques : Genome Alberta, Ontario Genomics, Genome British Columbia et
Génome Québec
Financement total : 12,1 millions de dollars

L’industrie laitière est l’une des plus importantes et des plus dynamiques au Canada. En 2015, le secteur
laitier a contribué à hauteur d’environ 19,9 milliards de dollars au produit intérieur brut (PIB) canadien.
Le but de ce projet est d’utiliser des outils génomiques pour élaborer de nouveaux ensembles de
données et outils génomiques afin d’obtenir une vache plus « résiliente », c’est-à-dire un animal capable
de s’adapter rapidement à des conditions environnementales changeantes sans que sa productivité, sa
santé ou sa fertilité soient compromises. Un ensemble de nouveaux outils de sélection génomiques
destinés aux producteurs laitiers et à l’industrie de l’insémination artificielle sera mis en œuvre en
fonction d’un nouvel indice de sélection pour la résilience, qui comprendra de nouveaux caractères
génétiques liés à la fertilité, à la santé et à l’efficacité environnementale (c.-à-d. efficacité alimentaire et
émissions de méthane). Ce nouvel indice permettra aux producteurs de réduire les coûts associés à la
mauvaise fertilité, aux maladies et à l’alimentation des animaux. De plus, une sélection plus précise pour
une fertilité accrue, une plus vaste résistance aux maladies et une meilleure efficacité environnementale
se traduira par des bénéfices pour l’industrie laitière canadienne, en plus de favoriser la durabilité et la
salubrité alimentaires à l’échelle mondiale.

PRAIRIES

Titre : Projet EVOLVES : optimiser la valeur de la variété des lentilles pour la survie des écosystèmes
Responsables du projet et établissement : Kirstin Bett (Université de la Saskatchewan) et
Albert Vandenberg (Université de la Saskatchewan)
Centre génomique : Genome Prairie
Financement total : 7,4 millions de dollars

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Le Canada est le plus important producteur et exportateur de lentilles au monde. En 2015, les lentilles
canadiennes ont généré 2,5 milliards de dollars en revenus d’exportation. L’industrie souhaite faire son
entrée dans le secteur des aliments et ingrédients de haute valeur et s’attend à ce que de futures
variétés de lentilles contribuent à l’atteinte de cet objectif. Les buts du projet EVOLVES sont les
suivants : i) accélérer le déploiement de traits génétiques propres à la qualité par l’utilisation stratégique
de la variabilité génétique et ii) améliorer la capacité et la souplesse du programme de sélection afin que
le Canada puisse rapidement saisir les nouvelles occasions sur le marché. Les résultats du projet
EVOLVES aideront l’industrie canadienne des légumineuses à atteindre ses objectifs, qui sont de
diversifier les débouchés commerciaux et de créer une stabilité des prix. Ils consolideront également la
place du Canada en tant que chef de file mondial dans tous les aspects de l’innovation liée aux lentilles
et en tant que fournisseur mondial privilégié de lentilles de haute qualité.

Titre : Projet 4DWheat : diversité, découverte, design et distribution
Responsables du projet et établissements : Curtis Pozniak (Université de la Saskatchewan) et
Sylvie Cloutier (Agriculture et Agroalimentaire Canada)
Centres génomiques : Genome Prairie et Ontario Genomics
Financement total : 11,2 millions de dollars

Le blé est la plus importante culture pour assurer la sécurité alimentaire mondiale actuelle et future,
fournissant le plus de calories et de protéines à la population du monde. Les cultures de blé occupent la
plus grande superficie de terres de toute autre culture commerciale. Il est d’importance capitale
d’augmenter la production de blé au cours de 20 à 30 prochaines années afin de répondre à la demande
alimentaire croissante. Le gain de rendement actuel (environ 0,67 % par année) est impressionnant,
mais ne suffira pas à répondre à la demande (1,6-1,8 %) d’une population mondiale croissante; en outre,
ce gain pourrait être impossible à maintenir en raison d’un manque de nouvelle diversité génétique. Le
projet 4DWheat mettra en œuvre les toutes dernières stratégies génomiques pour combler cette lacune
en se concentrant sur deux principaux enjeux : augmenter le gain et gérer le risque des producteurs lié à
d’importantes maladies. Le projet 4DWheat appliquera une génomique de pointe pour « exploiter la
diversité, faire progresser la domestication, favoriser la découverte et accélérer la distribution » de
nouvelles sources de variation génétique. L’utilisation d’outils génomiques mènera à des stratégies
visant à maximiser la diversité lors de la sélection du blé. Ce projet permettra également de quantifier la
valeur actuelle et future des ressources génétiques du blé et d’examiner les réseaux réglementaires afin
de promouvoir leur utilisation à l’aide de nouvelles technologies de sélection.

Titre : Projet ASSETS : des systèmes de gestion des antimicrobiens chez le bétail issus de stratégies
thérapeutiques fondées sur des données probantes
Responsables du projet et établissements : Cheryl Waldner (Université de la Saskatchewan) et
Simon Otto (Université de l’Alberta)
Centres génomiques : Genome Prairie et Genome Alberta
Financement total : 5,6 millions de dollars

Les bactéries sont de plus en plus résistantes aux antibiotiques utilisés pour les traiter, faisant peser une
menace croissante et sans précédent sur la santé humaine et animale à l’échelle mondiale. De plus, le
secteur de l’agriculture animale fait face à des pressions pour réduire son utilisation d’antibiotiques et
les employer plus prudemment. Pour surmonter ce problème, les vétérinaires et les producteurs de
bétail doivent obtenir rapidement des renseignements précis sur les maladies animales. Le projet
ASSETS (Antimicrobial Stewardship Systems from Evidence-based Treatment Strategies) utilisera des
outils et des stratégies génomiques pour élaborer un réseau de soutien diagnostique de précision sur le

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terrain et des outils informatiques d’avant-garde à l’intention de l’industrie du bétail pour gérer des
données d’analyses génomiques, évaluer les risques et orienter les décisions thérapeutiques. Ces outils
fourniront un soutien pratique rapide pour une prise de décision prudente sur l’utilisation des
antibiotiques chez les animaux d’élevage et auront des bienfaits directs et immédiats sur l’industrie du
bétail, la santé animale, les consommateurs et la santé publique.

ONTARIO

Titre : BeeCSI : des outils génomiques pour évaluer la santé des abeilles
Responsables du projet et établissements : Amro Zayed (Université York) et Leonard Foster (Université
de la Colombie-Britannique)
Centres génomiques : Ontario Genomics et Genome British Columbia
Financement total : 10 millions de dollars

Les abeilles mellifères sont essentielles pour l’agriculture du Canada et contribuent à hauteur de
5,5 milliards de dollars par année à notre économie en pollinisant les précieuses cultures canadiennes.
Cependant, la santé des abeilles mellifères décline depuis une décennie, les apiculteurs canadiens
perdant plus du quart de leurs colonies chaque hiver depuis 2006-2007. Les causes du déclin des abeilles
sont complexes, varient dans le temps et l’espace et sont souvent difficiles à cerner. Ce projet vise à
utiliser des outils génomiques pour mettre au point BeeCSI, une nouvelle plateforme de diagnostic et
d’évaluation de la santé fondée sur des marqueurs propres aux facteurs de stress. En collaboration avec
des apiculteurs, des équipes de transfert de technologie de l’industrie et des laboratoires de diagnostic,
et en consultation avec les organismes de réglementation fédéraux et provinciaux, l’équipe veillera à ce
que les outils soient mis en œuvre et accessibles à l’industrie apicole d’ici la fin du projet.

Titre : L’ADN environnemental (« ADNe »), le métacodage par code à barres et le profilage
transcriptionnel pour améliorer la durabilité de la pêche en eau douce et des piscicultures
Responsables du projet et établissements : Daniel Heath (Université de Windsor), Margaret Docker
(Université du Manitoba) et Stephan Cooke (Université de Carleton)
Centres génomiques : Ontario Genomics et Genome Prairie
Financement total : 9,1 millions de dollars

Les poissons d’eau douce contribuent à l’économie canadienne de manière directe et indirecte.
L’abondance des ressources en poissons d’eau douce est vitale pour de nombreuses communautés
rurales, nordiques et autochtones et est au cœur de la vie sociale et culturelle de millions de Canadiens.
Toutefois, les populations de poissons d’eau douce sont menacées. Elles doivent faire l’objet d’une
surveillance et d’une gestion fondées sur la science. Les difficultés logistiques liées à la surveillance des
populations de poissons dans les quelque deux millions de lacs et les innombrables rivières du Canada
sont amplifiées par les limites des méthodes d’échantillonnage classiques, qui n’offrent qu’une image
instantanée de la situation. Le projet utilisera des approches génomiques pour élaborer une trousse
d’outils pour l’étude du poisson fondée sur l’ADN environnemental provenant d’échantillons d’eau ainsi
qu’une trousse d’outils sur la santé du poisson, qui fournira des évaluations quantitatives de la santé du
poisson et des facteurs de stress auxquels il fait face. Ensemble, ces trousses d’outils permettront de
réaliser une évaluation exhaustive et précise de l’état des ressources canadiennes en poissons d’eau
douce et se traduiront par des économies de plusieurs millions de dollars en études sur le poisson pour
le gouvernement, les organisations non gouvernementales, les piscicultures et les consultants
environnementaux. Les trousses permettront aussi des économies indirectes supplémentaires en

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appuyant des mesures de gestion plus efficaces et ciblées. Plus important encore, le projet assurera la
durabilité des ressources en poissons d’eau douce du Canada pour les générations à venir.

QUÉBEC

Titre : Projet FISHES : favoriser la pêche indigène à petite échelle pour la santé, l’économie et la
salubrité alimentaire
Responsables du projet et établissements : Louis Bernatchez (Université Laval), Jean-Paul Moore
(Université Laval), Dylan J. Fraser (Université Concordia) et Stephan Schott (Université de Carleton)
Centres génomiques : Génome Québec et Ontario Genomics
Financement total : 14,4 millions de dollars

Le projet FISHES (Fostering Indigenous Small-scale fisheries for Health, Economy, and Food Security) vise
à élaborer et à mettre en application des approches génomiques de concert avec les connaissances
écologiques traditionnelles afin de relever les défis et de saisir les occasions en lien avec la salubrité
alimentaire, la pêche commerciale et récréative et la pêche de subsistance chez les peuples autochtones
du Canada (communautés inuite, crie et dénée). Le projet permettra de développer des ressources
génomiques pour six espèces importantes pour les communautés nordiques et d’utiliser ces ressources
pour cibler des populations génétiquement distinctes, évaluer leur vulnérabilité aux conditions
climatiques futures, quantifier leur contribution aux récoltes de populations mixtes et mesurer la
proportion de poissons issus de programmes d’écloserie dans les récoltes de subsistance. Le projet
FISHES soutiendra la cogénération de connaissances pour favoriser le développement et la cogestion
d’une pêche durable et améliorera aussi notre capacité à prévoir les effets des changements mondiaux
et socioéconomiques rapides sur les pêches clés dans les communautés autochtones du Nord.

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