La surveillance sanitaire des amphibiens dans les parcs nationaux métropolitains français : présent et futur - GEEFSM
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La surveillance sanitaire des amphibiens dans les parcs
nationaux métropolitains français : présent et futur
Loïc Palumbo
C. Miaud (CEFE, EPHE), S. Larrat (EVAAS), G. Le Loc’h (ENVT), T. Durand (PNE)
Avec la participation des Parcs nationaux : des Cévennes, des Ecrins,
du Mercantour, des Pyrénées et de la Vanoise
38ieme rencontre du G.E.E.F.S.M
Lanslebourg-Val Cenis, France
Octobre 2021
Les amphibiens en France et dans le monde 1
3 Ordres : Caudates , Anoures et Gymnophiona
Caudates Anoures
3
2
≥ 570 12
≥ 5600 24
espèces espèces 130
espèces espèces
2
espèces
2
Hors espèces introduites et envahissantes
Les amphibiens de
France métropolitaine
▪ 21 espèces sur 36 présentes dans les PN de montagne
▪ 15 espèces sur 36 absentes
▪ 7 espèces avec zone de répartition limitée
▪ 5 espèces en Corse uniquement
3
▪ 3 espèces largement réparties hors zones de montagne
Les amphibiens dans les PN de
montagne métropolitains
▪ 20 espèces :
Des espèces endémiques
© B. Trapp
© B. Trapp © B. Trapp
Des espèces menacées
© B. Trapp
© Miltos Gikas © Siga
4
Les dangers pesant sur les amphibiens 5
Les menaces pour les amphibiens
Menaces pesant sur les amphibiens de Guyane
[UICN 2017]
6
La surveillance des amphibiens dans les
P.N. français : la situation actuelle
7
La surveillance sanitaire des amphibiens des PN
Objectifs de la surveillance:
identifier les causes des évènements de mortalité d'amphibiens
& suivre la dynamique des 2 grands agents pathogènes
(ranavirus, Bd).
Finalité de la surveillance :
Agir pour la conservation des amphibiens.
8
Protocole de collecte
©Agent PNM –
surveillance des
amphibiens 2016
Mortalité d’amphibien …
individuelle massive
9Protocole de collecte
©Agent PNM –
surveillance des
amphibiens 2016
Mortalité d’amphibien …
©Agent PNM –
surveillance des
amphibiens 2016
individuelle massive
… observée lors des tournées des agents …
9Protocole de collecte
… est prélevée …
©Agent PNM –
surveillance des
amphibiens 2016
Mortalité d’amphibien …
©Agent PNM –
surveillance des
amphibiens 2016
individuelle massive
… observée lors des tournées des agents …
9
… et une fiche est remplieProtocole d’analyse qPCR : recherche de ranavirus 10 Protocole d’analyse des échantillons par qPCR pour la recherche de ranavirus
La surveillance en quelques chiffres
❖ Les parcs indemne de Bd
2018 RANAVIRUS
• Mercantour (2009)
2017
2015 • Cévennes (2011)
2017
• Vanoise
❖ Suivi Bd PNP : Ecolab
❖Projet Salamanders 2017 :
2011 Bsal absent de France
11La surveillance des amphibiens dans les
P.N. français : la situation actuelle
L’exemple du P.N. Mercantour et des ranavirus
12Les données disponibles
Ubaye
▪ 8 ans de données : 2011 - 2018
St Etienne
de Tinée
+ St
Sauveur
s/ Tinée
Haut-
Verdon
➔ 121 (56+65) prélèvements analysés
▪ Surtout en zone cœur du PNM Cians-
Vésubie Roya –
▪ 74 individus positifs aux ranavirus
Var
Bévéra
▪ 47 individus négatifs
▪ 19 variables testées :
facteurs biotiques et abiotiques
13Importance de la voie Type de contamination
Les ranavirus Voies principales Contamination directe
et les amphibiens Voies secondaires
Voies possibles
Contamination environnementale
Pour certains ranavirus seulement
Winzeler et al, 2014,
« Ranaviruses : emerging threat
to amphibians »
Purdue Extension. FNR-485-W
©L. Zimmermann,
2015. Lac des
merveilles, PNM
Rosa et al, 2017.
« Impact of asynchronous emergence of
two lethal pathogens on amphibian
assemblages». Scientific reportsLa température : un facteur de risque bien connu
A
➢ Une augmentation du risque
■ Valeur moyenne
entre les différentes
d’infection quand la température
localisations augmente jusque 18-25°C
Taux d’infection
○ Valeur pour
chaque localisation
✓ Optimum de température du
virus
✓ Modulation immunitaire de
l’hôte
Température mensuelle de l’air
➢ Un effet à prendre en compte pour
Augmentation du risque d’infection par des ranavirus en fonction de la température les autres analyses
15Un risque d’infection augmenté en zone pastorale?
Taux d’infection par des ranavirus
1
➢ Un risque plus important d’infection
en zone pastorale
✓ Résultat similaires en 2007[1]
✓ Première description en zone
protégée
0
Sans pastoralisme Avec pastoralisme ➢ A confirmer par d’autres études
Augmentation du risque d’infection sur les sites avec une activité pastorale
16 [1] M. J. Gray, D. L. Miller, A. C. Schmutzer, et C. A. Baldwin. 2007. Diseases of Aquatic Organisms 77 (septembre): 97-103.
« Frog virus 3 prevalence in tadpole populations inhabiting cattle-access and non-access wetlands in Tennessee, USA ».Évaluation de la surveillance sanitaire des
amphibiens dans les PN et perspectives
La méthode
17La méthode OASIS
▪ Évaluation externe
▪ Semi-quantitatif
▪ Entretiens
▪ 78 critères
▪ Grilles de notations
▪ ANSES 2011
Procédure d’évaluation des dispositifs de surveillance épidémiologique avec OASIS, Plateforme ESANom et Prénom Affiliation Date (2021)
Jérôme Cavailhes
Joël Blanchemain
Elodie Antoine PNV 19 février
Les entretiens Nicolas Gomez
Valérie Hagry
Jocelyn Fonderflick
Bruno Descaves PNC 24 février
▪ 28 personnes Benoit Deffrennes
Marie-France Leccia 25 février
Sophie Roux 01 mars
Marion Bensa PNM 02 mars
▪ 5 Parcs de montagne de France métropolitaine Anthony Turpaud 01 mars
Raphaël Lurion 05 mars
+ Labo central (CEFE) Jérôme Lafitte
PNP 22 mars
Germain Besson
+ Partenaire local : SAGIR Yoann Bunz
Michel Bouche
Emmanuel Icardo
15 mars
Jérôme Foret
▪ 1-2 membres de l’équipe d’évaluation : Cyril Coursier PNE
Thierry Maillet
Marc Corail
Membres externes au réseau Membres internes au réseau 08 mars
Régis Jordana
Loïc Palumbo, ENVT Thierry Durand, PNE
Sylvain Larrat, pôle EVAAS Claude Miaud, CEFE Olivier Warluzelle 11 mars
Claude Miaud 12 mars
Véronique Arnal
CEFE
26 février
19 Anouck Decors
Lorette Hivert
SAGIR 08 avrilÉvaluation de la surveillance sanitaire des
amphibiens dans les PN et perspectives
Les résultats
20Évaluation OASIS : Les résultats
▪ 10 sections évaluées
☺ Les points forts
▪ Organisation de terrain
▪ Laboratoire (sauf délais)
Les limites
▪ L’organisation centrale
▪ La gestion des données
▪ Communication
21 Représentation des notes OASIS par sectionsÉvaluation OASIS : Les résultats 22 Représentation des notes par attributs
Évaluation OASIS : Les résultats
« mortalité anormale » =
« Toute mortalité [sur des] cadavres non blessés et non consommés »,
ou
« toutes les mortalités, quel qu’en soit la cause, dans le doute »,
ou
«mortalités massives, autres que liées à la reproduction au printemps ».
Représentation des notes par attributs
23Évaluation OASIS : Les résultats
« mortalité anormale » =
« Toute mortalité [sur des] cadavres non blessés et non consommés »,
ou
« toutes les mortalités, quel qu’en soit la cause, dans le doute »,
ou
«mortalités massives, autres que liées à la reproduction au printemps ».
Bonne implication des agents = bonne couverture du territoire
Fonctionnement local simple MAIS hétérogène entre parcs
Représentation des notes par attributs
23Évaluation OASIS : Les résultats
« mortalité anormale » =
« Toute mortalité [sur des] cadavres non blessés et non consommés »,
ou
« toutes les mortalités, quel qu’en soit la cause, dans le doute »,
ou
«mortalités massives, autres que liées à la reproduction au printemps ».
Bonne implication des agents = bonne couverture du territoire
Fonctionnement local simple MAIS hétérogène entre parcs
Manque de valorisation des données pour répondre aux
objectifs et à la finalité de gestion
Représentation des notes par attributs
23Évaluation OASIS : Les résultats
« mortalité anormale » =
« Toute mortalité [sur des] cadavres non blessés et non consommés »,
ou
« toutes les mortalités, quel qu’en soit la cause, dans le doute »,
ou
«mortalités massives, autres que liées à la reproduction au printemps ».
Bonne implication des agents = bonne couverture du territoire
Fonctionnement local simple MAIS hétérogène entre parcs
Manque de valorisation des données pour répondre aux
objectifs et à la finalité de gestion
Mode de financement et de fonctionnement du laboratoire
→ Délais incompatibles avec les objectifs
Manque de moyens du réseau
« financé par des programmes européens [qui] sont non pérennes
23 et donc une fausse solution [pour la surveillance sanitaire] ȃvaluation de la surveillance sanitaire des
amphibiens dans les PN et perspectives
Quel futur ?
24II. Évaluation OASIS : Les recommandations 25
II. Évaluation OASIS : Les recommandations
Formaliser
Vers un outil unique : Epifaune 3.0 ?
Uniformiser
Communiquer
Récupérer des données ?
o Interne Informer sur les bonnes pratiques
o Externe
Pérenniser
Importance des suivis sur le long terme
o Financement Priorisation ?
o Fonctionnement
26II. Évaluation OASIS : Les recommandations
Laboratoires de diagnostic
Formaliser
Anatomopathologie
Histologie
Uniformiser Diversification
Fiches et BDD uniques
Communiquer Priorisation
Adapter toutes espèces
o Interne
o Externe Initiale & continue
Supports simples et actualisés
Pérenniser
o Financement
o Fonctionnement Indicateurs de performance
27Conclusion 28
Conclusion
✓ Un rôle essentiel des PN dans la
surveillance sanitaire des amphibiens
✓ De nombreux points forts mis en
évidence, mais ….
✓ Un besoin d’harmonisation entre parcs
✓ Un manque de laboratoires et d’expertise
vétérinaire
✓ Un besoin de moyen
29Conclusion
✓ Un rôle essentiel des PN dans la
surveillance sanitaire des amphibiens
✓ De nombreux points forts mis en
évidence, mais ….
✓ Des points à améliorer !
➢ Des perspectives pour les autres espaces
protégés
30Merci
pour votre
attention !
Des questions ?Références J.-M. Probst, et A. Turpin. 1995. « Check-list des amphibiens et des reptiles de La Réunion, incluant les espèces migratrices observées depuis 1950 à 1995 ». Bulletin Phaethon 2: 73-74. M. BREUIL 2002. — Histoire naturelle des Amphibiens et Reptiles terrestres de l'archipel Guadeloupéen : Guadeloupe, Saint-Martin, Saint-Barthélemy. Muséum national d'Histoire naturelle, Paris, 348p. (Patrimoines naturels ; 54). D. L. Miller, S. Rajeev, M. Brookins, J. Cook, L. Whittington, et C. A. Baldwin. 2008. « Concurrent Infection with Ranavirus, Batrachochytrium dendrobatidis, and Aeromonas in a Captive Anuran Colony ». Journal of Zoo and Wildlife Medicine 39 (3): 445-49. A. Balseiro, K. P. Dalton, A. del Cerro, I. Marquez, A. A. Cunningham, F. Parra, J. M. Prieto, et R. Casais. 2009. « Pathology, isolation and molecular characterisation of a ranavirus from the common midwife toad Alytes obstetricans on the Iberian Peninsula ». Diseases of Aquatic Organisms 84 (avril): 95-104. A. Balseiro, K. P. Dalton, A. del Cerro, I. Márquez, F. Parra, J. M. Prieto, et R. Casais. 2010. « Outbreak of common midwife toad virus in alpine newts (Mesotriton alpestris cyreni) and common midwife toads (Alytes obstetricans) in Northern Spain: A comparative pathological study of an emerging ranavirus ». The Veterinary Journal 186 (2): 256-58. M. Kik, A. Martel, A. Spitzen-van der Sluijs, F. Pasmans, P. Wohlsein, A. Gröne, et J. M. Rijks. 2011. « Ranavirus-associated mass mortality in wild amphibians, the Netherlands, 2010: a first report ». Veterinary Journal 190 (2): 284-86. A. Martel, A. Spitzen-van der Sluijs, M. Blooi, W. Bert, R. Ducatelle, et al. 2013. « Batrachochytrium salamandrivorans sp. nov. causes lethal chytridiomycosis in amphibians ». Proceedings of the National Academy of Sciences 110 (38): 15325-29. M. J. Gray, et V. G. Chinchar, éd. 2015. Ranaviruses. Cham: Springer International Publishing. MNHN. 2015. « La liste rouge des espèces menacées en France : Reptiles et amphibiens de France métropolitaine ». UICN, comité français. https://uicn.fr/liste-rouge-reptiles-amphibiens/. A. C. Stöhr, A. López-Bueno, S. Blahak, M. F. Caeiro, G. M. Rosa, A. P. Alves de Matos, A. Martel, A. Alejo, et R. E. Marschang. 2015. « Phylogeny and differentiation of reptilian and amphibian ranaviruses detected in Europe ». PLOS ONE 10 (2). C. Miaud, F. Pozet, N. Curt Grand Gaudin, A. Martel, F. Pasmans, et S. Labrut. 2016. « Ranaviruse causes mass die-offs of alpine amphibians in the southwestern alps, france ». Journal of Wildlife Diseases 52 (2): 242-52. J. E. Earl, J. C. Chaney, W. B. Sutton, C. E. Lillard, A. J. Kouba, et al. 2016. « Ranavirus could facilitate local extinction of rare amphibian species ». Oecologia 182 (2): 611-23. MNHN. 2017. « La liste rouge des espèces menacées en France : Faune vertébrée de Guyane - amphibiens et reptiles ». UICN, comité français. K. Mühldorfer, G. Wibbelt, C. A. Szentiks, D. Fischer, H. C. Scholz, M. Zschöck, et T. Eisenberg. 2017. « The role of ‘atypical’ Brucella in amphibians: are we facing novel emerging pathogens? » Journal of Applied Microbiology 122 (1): 40-53. G. M. Rosa, J. Sabino-Pinto, T. G. Laurentino, A. Martel, F. Pasmans, et al. 2017. « Impact of asynchronous emergence of two lethal pathogens on amphibian assemblages ». Scientific Reports 7 (1). S. Al Dahouk, S. Köhler, A. Occhialini, M. P. Jiménez de Bagüés, J. A. Hammerl, et al. 2017. « Brucella Spp. of Amphibians Comprise Genomically Diverse Motile Strains Competent for Replication in Macrophages and Survival in Mammalian Hosts ». Scientific Reports 7 (1). F. C. Origgi, B. R. Schmidt, P. Lohmann, P. Otten, R. K. Meier, et al. 2018. « Bufonid herpesvirus 1 (BfHV1) associated dermatitis and mortality in free ranging common toads (Bufo bufo) in Switzerland ». Scientific Reports 8 (1). S. Allain, et A. Duffus. 2019. « Emerging infectious disease threats to European herpetofauna ». Herpetological Journal, no Volume 29, Number 4 (octobre): 189-206. M. von Essen, W. T. M. Leung, J. Bosch, S. Pooley, C. Ayres, et S. J. Price. 2020. « High Pathogen Prevalence in an Amphibian and Reptile Assemblage at a Site with Risk Factors for Dispersal in Galicia, Spain ». PLOS ONE 15 (7). DEAL de la Martinique. 2020. « Réglementation amphibiens ». 4 août 2020. http://www.martinique.developpement-durable.gouv.fr/amphibiens-a1414.html. OFB, et MNHN. 2021. « Liste rouge des espèces menacées en France : 13 ans de résultats ». UICN, comité français. https://uicn.fr/bilan-13-ans-liste-rouge-france/. N. Galt, M. Atkinson, B. Glorioso, H. Waddle, M. Litton, et A. Savage. 2021. « Widespread Ranavirus and Perkinsea infections in Cuban Treefrogs (Osteopilus septentrionalis) invading New Orleans, USA ». Herpetological Conservation and Biology. N. Rouzic, L. Desmier, M.-E. Cariou, E. Gay, J. T. Foster, et al. 2021. « First Case of Brucellosis Caused by an Amphibian-type Brucella ». Clinical Infectious Diseases 72 (9): In press .
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