Livret des communications - JOURNEE DES DOCTORANTS Prix Christopher Augur - Arnaud Ungaro
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Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie
marine et continentale
Livret des communications
JOURNEE DES DOCTORANTS
Prix Christopher Augur
Jeudi 30 juin 2016
Campus Etoile, Sciences St Jérôme
Amphithéatre Rouard et Jardin Botanique
Journée des doctorants
Jeudi 30 Juin 2016
La journée annuelle des doctorants de l'IMBE permet aux jeunes chercheurs de présen-
ter le sujet, l’objectif et l’avancement de leurs travaux de recherche.
Cette année 26 doctorants, inscrits en 1ère, 2ème ou 3ème année de thèse, inter-
viennent sur 7 sessions en sciences de la biodiversité et de l’écologie.
Cette Journée Des Doctorants (JDD 2016) s'accompagne de deux conférences magis-
trales de chercheurs invités et de la remise des prix Christopher Augur en fin d'après-
midi.
Les 2 prix Christopher Augur récompensent la meilleure valorisation scientifique parmi
les thèses soutenues depuis un an et la meilleure présentation orale de cette journée.
Cette édition se déroule jeudi 30 juin 2016 sur le Campus Sciences St-Jérôme de
l’Université d’Aix-Marseille et s’accompagne d'un repas du midi offert près du Jardin
Botanique géré par l’IMBE.
1
2
Sommaire
Organigrammes de l'IMBE 4
Programme 7
Liste des communications 9
Résumés des communications 14
Notes 45
3
Le 20 mai 2016
ORGANIGRAMME DES PERMANENTS IMBE – UMR CNRS 7263 – IRD 237
Effec%f : 284 : 166 permanents (dont 114 - 52 IT) et 43 ANT (dont 8 post-doc - 4 ATER – 9 CR - 22 IT) et 75 Doctorants
6 sites : St-Jérôme, St-Charles, Timone, Endoume, Arbois, Avignon, (+ Nouméa)
Comité Directeur Conseil
Scien%fique d’Unité
Tatoni Thierry (PR - AMU)
Directeurs Délégués :
Vidal Eric (DR IRD-Nouméa Fonc%ons support à la recherche
Dutoit Thierry (DR CNRS-Avignon)
DAS : Cramer Wolfgang (DR CNRS) Responsable Administra%ve Cellule Ges
Le 20 mai 2016
ORGANIGRAMME IMBE DES NON PERMANENTS – UMR CNRS 7263 – IRD 237
Effec%f 284 : 166 permanents (114 scienKfiques - 52 IT) et 43 ANT (8 post-doc - 4 ATER – 9 CR - 22 IT) et 75 Doctorants
6 sites : St-Jérôme, St-Charles, Timone, Endoume, Arbois, Avignon, (+ Nouméa)
6 axes scientifiques : 14 équipes de recherche
Axe 1 : Paléoécologie et Processus Macroécologiques (F. Medail) Axe 2 : Origine et Evolu%on de la Biodiversité (A. Baumel et C. Borchiellini)
EQ 2.1 : Interac%ons, Diversité, Evolu%on et
EQ 1.1 : Paléo environnements et EQ 1.2 : Macroécologie et Biogéographie Adapta%on (IDEA) EQ 2.2 Biologie du Développement – EQ 2.3 : Évolu%on, Génome,
Paléoécologie (MacroBio) Aurelle Didier (MC HDR AMU) Evolu%on - Ecologie (EcoEvoDevo) Environnement (EGE)
Ponel Philippe (CR HDR CNRS) Bondeau Alberte (CR CNRS) Le Bris Manuel (MC AMU) Chappaz Rémi (PR AMU)
De Jode Aurélien – (doct.)
Aubert Cyril – (doct.) Decock Simon – (doct.) Masmoudi Mouatassem – (doct.) Fierro-Constain Laura – (doct) Gasmi Smah – (doct)
CarTer Rosine – (doct.) Garcia-Nieto Ana Paola – (doct.) Pratlong Marine- (doct.) Goveko Benjamin – (doct) PeTt Florence – (doct)
Hosseini Saharasadat – (doct.) Hervé Mathilde – (doct.) Belahbib Hassiba – (IE - CDD AMU) Sawelew Ludoviic – (doct.)
Pepe Caterina – (doct.) Noble Virgile – (doct.) Cahill Abigalil – (CR - CDD CNRS) Sejoune Nina – (IE- CDD AMU Labex) Ungaro Arnaud – (doct)
Poher Yoann – (doct.) Doxa Aggeliki – (post-doc – AMU) Viruel sanchez Juan (Post-doc AMU) Corse Emmanuel – (CR CNRS)
Shindo Lisa – (doct.) Guivier Emmanuel – (IR – PMV)
Venot-Tsserand Claire – (doct.) Fader Marianela – (CR CNRS) Mc Cairns Scok – (CR CNRS)
Brisset Elodie – (CR CNRS) Geijzendorffer Ilse – CR CNRS) Paz Vinas Ivan – (IR – CNRS)
Santelli Coralie (IE – CDD CNRS) Boeri Gabriela – (AI- CDD CNRS) Bertrand MaTlde – (AI CDD CNRS)
Axe 3 : Vulnérabilité des systèmes écologiques (E. Franquet) Axe 4 : Ingénierie de la restaura%on (A. Bischoff) Axe 5Diversité et Fonc%onnement (T. Perez)
EQ 4.1 : Ingénierie de la Restaura%on EQ 5.1 : Diversité et fonc%onnement des
EQ 3.1 : Ecologie de la Conserva%on et Interac%ons EQ 3.2 : Ecologie des Eaux Con%nentales (EEC) des Patrimoines Naturel et Culturel (IRPNC) molécules aux écocystèmes
Bio%ques (ECIB) Franquet Evelyne (PR AMU) Vieillescazes Cathy (PR, UAPV)
Affre Laurence (MC HDR AMU) Fernandez Catherine (PR AMU)
Jacquemin Coralie – (doct) Alignan Jean-François – (doct)
5
BouTn Nathalie – (doct) Da Silva susana - (doct)
Cateine Maureen – (doct) Thorel Maxime – (CR CNRS) Aurière Anne – (doct)
Borschinger Benoît – (doct) Gavinet Jordane – (doct)
Desbiolles Fanny – (doct) Hashoume Hazem – (doct)
Duron Quiterie – (doct) Chenot Julie – (doct)
Fagbooun Louis – (doct) Le croller Marie- (doct)
El Hajj Rita – (doct) Mathaux Coralie – (doct)
Fujll Hitomi – (doct)
Fevre Mélodie - (doct) EQ 3.3 : Systèmes à l’échelle Microbienne (SM) Rodriguez Natalia – (doct)
Mazzitelli Jean-BaTste – (doct)
Lorans Mathieu – (doct) Périssol Claude (MCF AMU) Ruiz César – (doct))
Moinardeau Cannelle – (doct)
Palmas Pauline – (doct) Boukhdoud Nathalie – (doct) Saunier Amélie – (doct)
Tschanz Leita – (doct) Vidaller Christel – (doct)
Brunel caroline – (doct) De rodez Roxane – (AI CNRS)
Bourgeois Karen – (post-doc PMV) Andraud jean-Pascal – (IE CNRS) Dubois Maude – (AI CLD CNRS)
Grandjean Amandine – (IE AMU) Grenier Marie – (AI CNRS)
Guiller Clémence – (IE AMU)
Bourguet Edouard – (IE IRD)
Giirardi Jérémy – ( T. IRD)
Thibault MarTn – (AI IRD)
Axe 6 : Biomarqueurs Biotechonologies Ecotoxicologie (A. Thiery) Axe 7 : transfert des connaissances et ges%on de la
biodiversité (JP Féral et S. Gachet)
EQ 6.1 : Toxicologie Santé Environnement (TSE) EQ 6.2 : Biomarqueurs et Bioindicateurs EQ 6.3 : Ecotechnologies et Bioremédia%on (EB) EQ 6.4 : Biogénotoxicologie (BSHE)
Villard Pierre-Henri (MC AMU) Environnementaux (BBE) Laffont-Schwob Isabelle (MC HDR AMU) Orsière Thierry (IGR 1 HDR AMU
Rault Magali (MC UAPV) Courbière Blandine (MCU–PH-AMU)
Belliardo Catherine – (doct) David Romain – (doct)
Angel Cuapio Rafael – (doct)
Henry-Benhaiem – Kehna – (doct) Gadreaud JusTne – (doct) Sakher Selmane – (doct)
Carboue QuenTn – (doct) Préaubert Lise – (doct)
Iskandar Samy – (doct) Jouni faTna – (doct) Ellili Ahlem – (doct) Thierry de Ville d’Avray Laure (doct)
Lorquin FausTne – (doct) Castel Pierre – (Desc AMU)
Artells Ester – (post-doc – AMU) Heckendroth Alma – (doct)
May Phealay – (doct) Rolland Lucie – (Desc AMU) Gah Giulia – (CR – CDD CNRS)
PeTt Marie-Eléonore – (doct)
Roustan Audrey – (doct) Sunyac Claire – (IGR AMU Labex) Serre Sandrine – (IE – CDD CNRS)
Desrousseaux Maylis – (post-doc AMU Labex)
Darmograi Ganna – (post-doc AMU) Tassistro Virginie – (IGE PMV) Vouriot Pauline (IE CDD-CNRS)
Verlande Maxlme – (IGE AMU Labex)
Uboldi Chiara – (post-doc AMU)
24 - 28 OCTOBRE 2016
Palais du Pharo
Marseille, France
sfecologie2016.sciencesconf.org
International Conference on Ecological Sciences
2016
5 conférenciers invités
20 thèmes principaux
14 symposia retenus
1 conférence grand public
5 sorties terrain
Appel à communications 20 avril
Inscription, tarif préférentiel 5 juin
Inscription, tarif standard 1 juillet
er
sfecologie 2016
@sfe2016
6
Programme
Jeudi 30 Juin 2016
Matin
8h45 : Accueil des participants et pose des posters
9h00 : Pr. Thierry Tatoni : Introduction générale, le prochain quinquennal et
présentation des deux prix Christopher Augur 2016
9h15 – 10h00 : Conférence : Phenology, climate change and the na-
ture conservation? - Pr. L. Patricia C. Morellato (Université São Paulo,
Brésil)
10h00 – 10h15 : Pause café
10h15 – 12h 15 : Première session de présentations
Session axe 4 : Ingéniérie de la Restauration des Patrimoines Naturel et
Culturel
Modérateur : Jean-Baptise Mazzitelli
Anne Auriere, Chenot Julie, Hitomi Fujii, Cannelle Moinardeau, Christel Vidalier,
Jean-Baptiste Mazzitelli
Session axe 3 : Vulnérabilité des systèmes écologiques
Modératrice : Coralie Jacquemin
Abadie Juliet, Coralie Jacquemin
Session axe 5 : Diversité et Fonctionnement : des Molécules aux
Ecosystèmes
Modératrice : Marie Le Croller
Susana Pereira, Marie Le Croller
Session axe 1 : Paléoécologie et Processus Macro-Ecologiques
Modérateur : Cyril Aubert
Mathilde Hervé, Cyril Aubert
Session Equipe MACCHI : Métabolomique, Analyses Chimiques,
CHImiométrie
Modératrice : Sarah Benayad
Inés Pany, Arredondo Valdes Roberto, Sarah Benayad
12h15 – 14h30 : Repas au jardin botanique
7
Jeudi 30 Juin 2016
Après-midi
14h30 – 15h15 : Conférence : Les tortues marines comme sentinelles
de l’environnement – Dr Damien Chevallier (Institut Pluridisciplinaire
Hubert Curien, Strasbourg)
15h15 – 16h45 : Deuxième session de présentations
Session axe 6 : Biomarqueurs, Biotechnologies, Ecotoxicologie et Santé
Humaine
Modératrice : Fanny Desbioles
Marie-Eléonore Petit, Quentin Carboué, Kharbouche Barhoum, Fatina Jouni,
Hamrouni Rayhane, Petit Florence, Preaubert Lise, May Phealay, Fanny
Desbiolles
Session axe 2 : Origine et Evolution de la biodiversité
Modérateur : Arnaud Ungaro
Laure Thierry de Ville d’Avray, Arnaud Ungaro
16h45 – 17h15 : Pause café – Session de posters
17h00 -17h15 : Comité d’évaluation du prix Christopher Augur de la meilleure
présentation orale
17h15 - 18h00 : Cérémonie d’attribution des prix Christopher Augur 2016
8
Liste des communications
Conférence
Phenology, climate change and the nature conservation?
L. Patricia C. Morellato
Session axe 4 : Ingéniérie de la Restauration des
Patrimoines Naturel et Culturel
Approche multiscalaire de la distribution des végétations xériques
méditerranéennes des anciennes terrasses alluviales du Rhône et de la
Durance
Anne Aurière
Créer des pelouses méditerranéennes par des méthodes bio-inspirées :
applications aux sites remaniés (carrières, décharges) et aux écotoits en
bioclimat méditerranéen
Julie Chenot
Etude chromatographique de matériaux organiques archéologiques sous-
marins
Hitomi Fujii
Approche multi-scalaire des impacts du pastoralisme sur les communautés
végétales des digues artificielles du Rhône
Cannelle Moinardeau
Quels facteurs limitent l’installation de Brachypodium retusum : une espèce clé
pour la restauration écologique des steppes méditerranéennes
Christel Vidaller
Optimisation d’extraction assistée par micro-ondes et ultrasons des
anthraquinones de la garance
Jean-Baptiste Mazzitelli
9Session axe 3 : Vulnérabilité des systèmes écolo-
giques
Effet de l’occupation passée du sol sur la flore des forêts méditerranéennes
Juliet Abadie
Vulnérabilité des lacs de haute altitude au changement climatique : communautés
phytoplanctoniques actuelles et modalités de réponse au réchauffement
Coralie Jacquemin
Session axe 5 : Diversité et Fonctionnement : des
Molécules aux Ecosystèmes
The effect of water stress on the soil carbon storage: a Mediterranean forest
case study
Susana Pereira
Signature métabolomique d’une communauté benthique : relation structure et
fonctionnement de la biodiversité marine
Marie Le Croller
Session axe 1 : Paléoécologie et Processus Macro-
Ecologiques
Améliorer l’aménagement du territoire au travers d’informations plus fines et de
la prise en compte du futur
Mathilde Hervé
Reconstruction paléoclimatique au Moyen-Orient continental (Iran) durant
le Tardiglaciaire et l’Holocène, basée sur les analyses des Chironomidae
(Insectes-Diptères)
Cyril Aubert
10Session Equipe MACCHI : Métabolomique, Analyses
Chimiques, CHImiométrie
Étude métabolomique des feuilles de Moringa oleifera Lam. Mise en évidence
de marqueurs pour la valorisation et le contrôle qualité de produits dérivés
Inès Pany
Evaluatin and development of a biotech product with inhibitory application for
tomato plant pathogenic bacteria
Roberto Arredondo Valdes
Valorisation de plantes endémiques terrestres communes de la Polynésie
française
Sarah Benayad
Conférence
Les tortues marines comme sentinelles de l’environnement
Dr Damien Chevallier
Session axe 6 : Biomarqueurs, Biotechnologies,
Ecotoxicologie et Santé Humaine
Évaluation et optimisation d’Éco-filtres pour la protection des milieux aquatiques
méditerranéens impactés par des rejets anthropiques
Marie-Eléonore Petit
Mise au point d’un bioréacteur de fermentation en milieu solide fonctionnant en
continu pour la production de métabolites secondaires fongiques
Quentin Carboué
11Valorisation des sous-produits oléicoles par vermicompostage et compostage
Barhoum Kharbouch
Rôle de la synergie microbiote intestinal / vers de terre sur la contamination
des sols
Fatina Jouni
Pysiologie de croissance et métabolisme des Trichoderma harzianum cultivés
en milieux solides sous stress hydrique : Production et caractérisation des
metabolites
Rayhane Hamrouni
Confrontation de la répartition des groupes sanguins érythrocytaires (GSE) aux
données environnementales
Florence Petit
Reprotoxicité des nanoparticules métalliques
Lise Préaubert
Study of effects of co-exposure to PCBs dioxin-like and polycyclic aromatic
hydrocarbons on adipocyte physiology and their consequences on the
development of metabolic diseases
Phealay May
Développement de nouveaux tests écotoxicologiques d’exposition chronique
adaptés aux pollutions à faibles concentrations
Fanny Desbiolles
Session axe 2 : Origine et Evolution de la biodiver-
sité
Quelle est la valeur des services écosystémiques fournis par les habitats
coralligènes ?
Laure Thierry de Ville d'Avray
Etude des variations de l’expression génique induites par des perturbations
environnementales dans le bassin Durancien: le modèle poisson
Arnaud Ungaro
12Excusés
Comprendre le fonctionnement écologique des habitats coralligènes et
construire de nouveaux indicateurs à partir d’outils génétiques pour évaluer
leur bon état écologique
Aurélien de Jode
Myrmecochorie en Nouvelle-Calédonie : état des lieux et impact des fourmis
invasives sur ce service écosystémique
Maureen Le Yannou-Cateine
Ecologie et impacts d’un prédateur apical introduit dans un hotspot insulaire de
biodiversité. Le chat haret Felis s. catus dans l’archipel néo-calédonien
Pauline Palmas
13Résumés des communications
14Phenology, climate change and the nature conservation?
L. Patricia C. Morellato
Instituto de Biociências, UNESP — Univ Estadual Paulista, Departamento de Botânica,
Laboratório de Fenologia, Rio Claro, São Paulo, Brésil - patricia.morellato@gmail.com
http://www.bv.fapesp.br/pt/pesquisador/2285/leonor-patricia-cerdeira-morellato/
Phenology has achieved a prominent position in current scenarios of global change research given
its role in monitoring and predicting the timing of recurrent life cycle events. However, the implica-
tions of phenology to environmental conservation and management remain poorly explored. Here,
we present the first explicit appraisal of how phenology - a multidisciplinary science encompassing
biometeorology, ecology, and evolutionary biology - can make a key contribution to contemporary
conservation biology. We focus on shifts in plant phenology induced by global change, their impacts
on species diversity and plant-animal interactions, and how conservation efforts could be enhanced
in relation to plant resource organization. We identify the effects of phenological changes and
mismatches in the maintenance and conservation of mutualistic interactions, and examine how
phenological research can contribute to evaluate, manage and mitigate the consequences of land-
use change and other natural and anthropogenic disturbances, such as fire, exotic and invasive
species. We also identify cutting-edge tools that can improve the spatial and temporal coverage of
phenological monitoring, from satellites to drones and digital cameras. We highlight the role of his-
torical information in recovering long-term phenological time series, and track climate-related shifts
in tropical systems. Finally, we propose a set of measures to boost the contribution of phenology
to conservation science. We advocate the inclusion of phenology into predictive models integrat-
ing evolutionary history to identify species groups that are either resilient or sensitive to future
climate-change scenarios, and understand how phenological mismatches can affect community
dynamics, ecosystem services, and conservation over time.
15Approche multiscalaire de la distribution des végétations xériques
méditerranéennes des anciennes terrasses alluviales du Rhône et de la
Durance
Anne Aurière - 2 ème année de thèse - anne.auriere@alumni.univ-avignon.fr
Axe 4 - Equipe 4.1 - Ingénierie de la Restauration des Patrimoines Naturel et Culturel
IUT d’Avignon, site Agroparc
Directeurs de thèse : Thierry Dutoit (IMBE) et Frédéric Bioret (Institut de Géoarchitecture)
Le paléo-delta de la Durance, ou plaine de la Crau, est un site emblématique de Provence occiden-
tale où il est encore possible d’observer une très vaste étendue d’une pelouse substeppique médi-
terranéenne semi-naturelle (10 500 ha). Cette végétation menacée encore appelée localement
« coussoul de Crau » est pâturée depuis 6000 ans et se développe sur des fersialsols d’anciennes
terrasses alluviales quaternaires, en climat méso-méditerranéen. Elle a été décrite dans les an-
nées 50 comme une végétation unique correspondant à l’association de l’Asphodeletum fistulosi
Molinier & Tallon 1950. Cependant, jusqu’à aujourd’hui, aucune typologie régionale des pelouses
sèches méditerranéennes des anciennes terrasses alluviales duranciennes et rhodaniennes n’a
été menée. La communauté végétale de la Plaine de la Crau est-elle alors toujours ausssi origi-
nale lorsqu’elle est replacée dans son contexte géologique, pédologique, géomorphologique et
climatique ? L’objectif de la thèse sera notamment de réaliser une approche spatialisée et une
typologie pour mieux comprendre le déterminisme de la répartition des différents syntaxons et de
les caractériser (écologie, floristique et dynamique de la communauté végétale). En 2015, 160
relevés phytosociologiques en pelouses sèches ont déjà été réalisés sur 12 anciennes terrasses
décrites également d’un point de vue géologique, géomorphologique et pédologique. À l’aide de
méthodes d’analyses statistiques multivariées, des groupes et des gradients écologiques ont été
identifiés, ainsi que différents facteurs environnementaux explicatifs (substrat, sol, altitude, âges
des dépôts). Une nouvelle typologie des syntaxons de pelouses sèches méditerranéennes sera
ensuite proposée. La répartition des différentes végétations identifiées semble ainsi être fortement
induite par le substrat, le type de sol et l’âge de la terrasse fluviatile. À terme, cette typologie per-
mettra la mise en place d’une analyse paysagère et dynamique des végétations des anciennes
terrasses de Provence occidentale, en faisant appel à l’approche phytosociologique dynamico-
caténale et la réalisation d’une cartographie. Ces outils pourront être notamment utiles pour mieux
appréhender la gestion conservatoire de milieux fortement menacés et patrimoniaux comme la
RNN des Coussouls de Crau.
16Créer des pelouses méditerranéennes par des méthodes bio-inspirées :
applications aux sites remaniés (carrières, décharges) et aux écotoits en
bioclimat méditerranéen
Julie Chenot – 1ère année de thèse – chenot.julie@gmail.com
Axe 4 : EQ 4.1 : Ingénierie de la Restauration des Patrimoines Naturels et Culturels (IRPNC)
IUT d’Avignon, site Agroparc
Directeurs de thèse : Thierry Dutoit et Elise Buisson (IMBE) - Renaud Jaunâtre (IRSTEA)
Cette thèse CIFRE en collaboration avec la société Gagneraud construction, vise à mettre au point
des techniques de restauration de carrières sèches alluvionnaires après exploitation et de création
d’écotoits permettant d’initier et de maintenir durablement la dynamique de pelouses méditerra-
néennes riches en espèces végétales selon des processus bio-inspirés du fonctionnement des
communautés végétales naturelles de la plaine de La Crau dans les Bouches-du-Rhône, France.
Ces techniques devront être transposables non seulement à des sites nécessitant une réhabilita-
tion ou restauration mais aussi pour la création « d’écotoits » horizontaux de bâtiments publics ou
privés initialement recouverts d’une couche de galets en bioclimat méditerranéen strict des plaines
littorales.
L’aspect innovant est basé sur la création de mélanges de terres fines et d’éléments grossiers
(galets de toutes tailles) permettant le maintien sans interventions (ni arrosage, ni désherbage
mécanique ou chimique) de communautés végétales de type pelouse sèche méditerranéenne sub-
steppique particulièrement riches en espèces végétales (jusqu’à 70 par m²) qui seront semées ou
inoculées (mélangées en forte concentration dans un peu de sol) au moment de la mise en place
des substrats créés.
17Etude chromatographique de matériaux organiques archéologiques
sous-marins
Hitomi Fujii - 2ème année de thèse - hitomi.fujii@alumini.univ-avignon.fr
Axe 4 - Equipe 4.1 - Ingénierie de la Restauration des Patrimoines Naturel et Culturel
Université d’Avignon, UFR-ip STS - Campus Jean-Henri Fabre
Directrices de thèse : Cathy Vieillescazes et Carole Mathe
Figure1 : Remise les amphores du Grand Congloué 2 au Fort Saint-Jean
Notre laboratoire est spécialisé dans la chimie appliquée à l’Art et à l’Archéologie et s’ouvre actuel-
lement vers une nouvelle thématique de recherche portant sur l’étude d’objets sous-marins et
sub-aquatiques.
L’étude d’extraits d’échantillons archéologiques est souvent un défi pour le chimiste du fait du
nombre important de classes de composés présents et de l’apparition fréquente de produits de
dégradation. Ce travail de recherche se concentre sur la caractérisation de matériaux résineux
situés sur les surfaces internes des amphores romaines et sur leurs contenues.
Nos échantillons sont venus de l’épave du Grand Congloué 2 dans la baie de Marseille. En 1952,
le commandant Cousteau et son équipe ont mené une recherche sur le Grand Congloué 2 avec
professeur Fernand Benoit (directeur des antiquités de Provence). Ils ont trouvé plus de mille
amphores romaines datant de la fin du IIème siècle ou du début du Ier siècle ap. J.-C. Des études
récentes ont définitivement montré que ces amphores étaient de Cosa en Étrurie, l’actuelle région
de Toscane.
Dans cette thèse, les amphores du Grand Congloué 2 ont été analysée par spectroscopie
Infrarouge à Transformée de Fourier (IR-TF) et par Chromatographie en Phase Gazeuse cou-
plée à un Spectromètre de Masse (CPG-SM) pour déterminer la nature organique du revêtement
employé pour étanchéifier l’amphore et les contenues.
18Approche multi-scalaire des impacts du pastoralisme sur les
communautés végétales des digues artificielles du Rhône
Cannelle Moinardeau - 2ème année de thèse - cannelle.moinardeau@imbe.fr
Axe 4 - Equipe 4.1 - Ingénierie de la Restauration des Patrimoines Naturel et Culturel
IUT Avignon
Directeurs de thèse : Thierry Dutoit (IMBE) et François Mesléard (Tour du Valat)
Les impacts positifs de certaines pratiques pastorales sur les communautés végétales herbacées
ont déjà été largement démontrés. Cependant, peu de données existent pour comparer des sys-
tèmes employant diverses espèces d’herbivores à différents niveaux d’organisation des assem-
bages de plantes (communautés, patchs, paysage) notamment dans des contextes industriels.
Cette thèse a pour objectif de caracté-
riser les impacts de différents types de
pâturage sur les communautés végé-
tales des digues et berges du Rhône,
au niveau de la réserve de Donzère-
Mondragon (Vaucluse-Drôme), espace
géré par l’Office National de la Chasse et
de la Faune Sauvage sur la concession
de la Compagnie Nationale du Rhône.
Plantées dans les années 1950 avec
des arbres ornementaux, les digues du
Rhône ont été naturellement colonisées
par une flore et une faune diversifiée
comprenant la présence d’espèces à forte valeur patrimoniale. L’obligation de répéter le débrous-
saillage mécanique, pour des raisons sécuritaires, pose cependant le problème de la pérennité de
cette biodiversité. C’est pourquoi, afin de restaurer l’hétérogénéité spatiale et limiter l’embroussail-
lement, différents types de pâturage ont été mis en place depuis les années 2000.
Entre 2014 et 2016, des suivis de végétation dans des quadrats permanents ont été réalisés pour
mesurer les effets des différents traitements de restauration incluant (1) le débroussaillage méca-
nique avec ou sans pâturage caprin, (2) le pâturage équin et (3) le pâturage bovin avec ou sans
débroussaillage mécanique. Les premiers résultats montrent que le pâturage à entrainé une aug-
mentation significative de l’hétérogénéité des communautés végétales (diversité β) ainsi qu’une
modification de la composition floristique en faveur de certaines espèces annuelles inféodées aux
pelouses sèches siliceuses. Cette présence n’a pas eu, jusqu’à cette année d’effet positif sur la
richesse en espèces (diversité α). Des pressions de pâturage inappropriées et/ou la relative jeu-
nesse des systèmes de gestion en place sont deux hypothèses pour expliquer ce dernier résultat.
L’organisation spatiale et la dynamique temporelle des communautés identifiables sous forme de
faciès de végétation ou ‘patches’ ont également été mesurées, via des campagnes de photogra-
phies aériennes à forte résolution spatiale durant la période de pâturage. Les premiers résultats
montrent un impact significatif du pâturage sur la densité foliaire des formations végétales révélé
par la mesure de l’indice de végétation par différence normalisé (Normalized Difference Vegetation
Index, NDVI). Il reste maintenant à relier les différentes pressions de pâturage mesurées à la com-
position et à l’organisation des communautés végétales identifiées sur le terrain. Des suivis à long
terme devraient optimiser le pilotage des troupeaux.
19Quels facteurs limitent l’installation de Brachypodium retusum : une
espèce clé pour la restauration écologique des steppes méditerranéennes
Christel Vidaller - 1ère année de thèse - christel.vidaller@imbe.fr
Axe 4 - Equipe 4.1 - Ingénierie de la Restauration des Patrimoines Naturel et Culturel
Université d’Avignon - Campus Jean Henri Favre, Site IUT
Directeurs de thèse : Armin Bischoff et Thierry Dutoit
La restauration écologique des steppes méditer-
ranéennes est particulièrement lente car certaines
espèces clés ne s’y installent pas facilement. Dans
la plaine de La Crau (Bouches-du-Rhône), le bra-
chypode rameux (Brachypodium retusum) est l’es-
pèce dominante de la steppe pâturée traditionnelle-
ment depuis des millénaires. Plusieurs opérations
expérimentales de restauration antérieures n’ont
cependant pas permis sa réinstallation.
Le projet proposé a pour objectif d’identifier les
causes de cette mauvaise installation dans le but
d’améliorer l’efficacité des opérations de restaura-
tion futures. La dispersion de graines est un pro- Brachypodium retusum
cessus clé qui limite souvent la réinstallation des
espèces végétales. La capacité de dispersion est analysée in situ pour évaluer sa vitesse de
migration. Des études spécifiques sont également réalisées afin de tester l’efficacité des vecteurs
principaux (vent, animaux). La deuxième partie de la thèse consiste en une analyse des facteurs
environnementaux qui limitent l’installation et la performance de l’espèce. L’effet du pâturage, de
l’humidité et du feu sont testés sur les populations semées et autochtones. La troisième partie
consiste en une étude de la différenciation entre populations et leur adaptation locale comme fac-
teurs qui pourraient expliquer la mauvaise installation sur la Crau. Les tests en « jardin commun »
sont utilisés pour évaluer la structuration génétique dans le sud de la France et leur adaptation
spécifique aux facteurs environnementaux cités. Ce projet de thèse s’inscrit ainsi dans un contexte
d’intégration des approches écologiques, évolutives et génétiques à l’échelle des populations et
des communautés végétales pour améliorer nos connaissances sur des mécanismes clés en éco-
logie végétale. Il s’agit aussi de rechercher des solutions pour les problèmes souvent rencontrés
dans les projets de restauration écologique par rapport à la réinstallation de certaines espèces
dans les écosystèmes détruits ou dégradés.
20Optimisation d’extraction assistée par micro-ondes et ultrasons des
anthraquinones de la garance
Jean-Baptiste Mazzitelli - 2ème année - jean-baptiste.mazzitelli@alumni.univ-avignon.fr
Axe 4 - Equipe 4.1 - Ingénierie de la Restauration des Patrimoines Naturel et Culturel
Université d’Avignon - Campus Jean-Henri Fabre, site UFR ip-STS
Directrices de thèse : Cathy Vieillescazes et Carole Mathe
La garance des teinturiers (Rubia tinctorum) est une plante
tinctoriale qui a eu une impor- tance économique et culturelle
considérable pour le territoire du Vaucluse aux XVIII et XIXème
siècles. Après être tombée en désuétude avec le dévelop-
pement des colorants synthé- tiques, elle suscite à nouveau
de l’intérêt notamment auprès des acteurs de l’industrie textile
qui cherchent à répondre à une demande croissante de la part
des consommateurs pour des vêtements plus « naturels ».
Ce projet de thèse s’inscrit donc dans ce contexte à travers
l’étude de différents procédés d’extraction utilisant des tech-
niques novatrices telles que les ultrasons et les micro-ondes
afin d’optimiser les rendements d’extraction en molécules colorantes sans les dénaturer. Ces deux
techniques d’extraction sont basées sur les propriétés physico-chimiques des solvants. Il est im-
portant de cibler des solvants alternatifs ayant un faible impact environnemental et permettant
une extraction optimale de composés d’intérêts afin de s’inscrire pleinement dans une démarche
chimie verte. La technique séparative par Chromatographie Liquide à Haute Performance (CLHP)
est employée pour caractériser les molécules colorantes et les conditions analytiques doivent être
optimisées afin de réaliser l’étude qualitative et quantitative de ces dérivés anthraquinoniques.
L’étude de différents paramètres d’extraction tels que la composition en solvant, la durée, la tempé-
rature selon les techniques ultrasoniques ou micro-ondes permettent de réduire l’impact environ-
nemental des techniques d’extraction des colorants contenus dans les racines de garance.
En effet, l’utilisation d’un réacteur à micro-ondes permet d’augmenter les rendements d’extraction
de +8% en primévéroside de lucidine et de +8% en acide rubérythrique comparativement à une
technique de référence (le reflux d’un mélange méthanol/eau (80:20) pour une durée de 1 heure).
L’alizarine, le composé d’intérêt principal, conserve un rendement d’extraction optimal; quant à la
purpurine, elle se trouve augmentée de +13,8%.
La technologie micro-ondes optimise l’extraction des anthraquinones en présence d’un solvant
alternatif. La réduction du temps d’extraction, des coûts énergétiques, et l’utilisation d’un solvant
« vert » limitent l’impact environnemental de la technique d’extraction.
21Effet de l’occupation passée du sol sur la flore des forêts méditerranéennes
Juliet Abadie – 2ème année de thèse – juliet.abadie@imbe.fr
Axe 3 – EQ 3.1 : Ecologie de la Conservation et Interactions Biotiques (ECIB)
IRSTEA Aix-en-Provence, Le Tholonet - Directeur de thèse : Thierry Tatoni (IMBE) - Encadrants:
Laurent Bergès (IRSTEA) et Catherine Avon (chercheur ind.)
Au cours des vingt dernières années,
plusieurs travaux ont souligné l’im-
portance d’inclure une approche his-
torique dans les études écologiques,
notamment en milieu forestier. En
région tempérée, il a été montré
que la flore forestière varie selon la
continuité temporelle de l’état boisé.
Cette différence est le fruit d’une
modification de l’habitat forestier par
les usages passés, mais elle est éga-
lement conditionnée par la capacité
de colonisation des espèces végé-
tales. En région méditerranéenne,
l’influence de l’occupation passée
du sol sur la composition floristique
actuelle n’a pas été démontrée. Notre
Forêt récemment établie sur une ancienne culture sur restanques (PNR Luberon) objectif est ici de tester les diffé-
rences écologiques entre forêts ayant
une histoire différente (usage passé forestier, pastoral ou cultural) en région méditerranéenne, à
travers une étude de la flore et des caractéristiques physico-chimiques des sols. Au sein du ter-
ritoire du Parc Naturel Régional du Luberon (PNRL), cent placettes ont ainsi été mises en place,
dans lesquelles des relevés floristiques et des prélèvements de sol ont été effectués. Une analyse
à l’échelle des communautés et par espèce, ainsi que des analyses des sols ont été menées pour
tester les différences selon l’usage passé. Cette étude permettra de mieux connaître le rôle de
l’ancienneté de l’état boisé et des usages passés sur la dynamique de la végétation et des sols des
forêts méditerranéennes, et d’en comparer les résultats à d’autres contextes biogéographiques et
sociologiques.
22Vulnérabilité des lacs de haute altitude au changement climatique : communautés
phytoplanctoniques actuelles et modalités de réponse au réchauffement
Coralie Jacquemin – 2ème année de thèse – coralie.jacquemin@imbe.fr
Axe 3 - EQ 3.2 : Ecologie des Eaux Continentales (EEC)
Campus Etoile, Faculté St Jérôme
Directeurs et encadrants de thèse : Evelyne Franquet, Céline Bertrand & Laurent Cavalli
Situés au-delà de la limite supérieure des forêts (> 1800m),
les lacs de haute altitude sont des écosystèmes caractérisés
par de fortes contraintes environnementales et des réseaux
trophiques simplifiés. Les enjeux de protection sont forts
sur ces milieux en raison des nombreux services écosys-
témiques qu’ils assurent et du symbole de naturalité qu’ils
véhiculent. Généralement isolés des activités humaines,
ils constituent de véritables témoins ou « sentinelles » des
changements globaux. Le développement des algues planc-
toniques (phytoplancton) est une trajectoire potentielle qui
préoccupe à la fois les gestionnaires (enjeu de verdisse-
ment) et les scientifiques (enjeu de bioindication). Par leur
difficulté d’accès, les effets du réchauffement climatique sur
les communautés biologiques et les processus biogéochi-
miques sont encore peu connus en lac de haute altitude.
Les bioindicateurs actuellement utilisés pour le suivi de l’état
des eaux ne permettent pas de caractériser le fonctionne-
ment de ces écosystèmes particuliers ni leurs réponses au
réchauffement. Ce travail de thèse vise à mieux comprendre Exemple de quelques taxons phytoplanctoniques
rencontrés en lac de haute altitude
l’influence des facteurs locaux et globaux sur les communau-
tés phytoplanctoniques actuelles, et à identifier les modalités de réponse de ces dernières au
réchauffement climatique. Il se base sur des données récoltées sur des lacs de la chaine alpine
française, au sein du parc national des Ecrins, du parc naturel régional du Queyras et du parc
national du Mercantour, plus proche de la Méditerranée. Le phytoplancton actuel est appréhendé
à partir d’un jeu de données à large échelle spatiale (35 lacs) et d’un suivi effectué sur un nombre
restreint de lacs au cours de l’été 2015 (8 lacs). Les modalités de réponse au réchauffement sont
quant à elles abordées par l’exploitation de séries pluriannuelles de données, et par des expéri-
mentations en conditions contrôlées réalisées sur des communautés phytoplanctoniques fréquem-
ment rencontrées en lacs de haute altitude. L’ensemble de la démarche de la thèse vise à identifier
les paramètres qui orientent les lacs de haute altitude vers une trajectoire de verdissement dans un
contexte de réchauffement climatique. A terme, ce travail a l’ambition de dégager des potentiels de
vulnérabilité des lacs, ainsi que des leviers de gestion permettant d’assurer les services écosysté-
miques prioritaires sur ces milieux.
23The effect of water stress on the soil carbon storage: a Mediterranean
forest case study
Susana Pereira – 2ème année de thèse – susana.pereira@imbe.fr
Axe 5 - EQ 5.1 : Diversité et Fonctionnement : des Molécules aux Ecosystèmes
Campus Saint-Charles
Directrices et encadrant de thèse : Virginie Baldy, Catherine Fernandez, Thierry Gaucquelin
Oak observatory at the “Observatoire de Haute Provence” (O3HP)
Soil is one of the main terrestrial climatic buffers, either by being the source of the CO2 emis-
sion to the atmosphere or functioning as a reservoir of carbon. Recent climatic models predict for
Mediterranean region an increase of the temperature (2 to 5ºC) and a reduction in rainfall events
(up to -30%) and changes in its patterns, until the end of this century. As result, not only the water
deficit during summer period will be intensified but also extended, aggravating the water stress in
forest, with important consequences for wood and litter production, litter decomposition and then
carbon storage. In here, we assess the storage capacity of 3 main Mediterranean forests equiped
with a rain exclusion device in the south of France: downy oak (Quercus pubescens) in Observatory
Haute Provence, holm oak (Quercus ilex) in Puechabon and pine forest (Pinus halepensis) in
Fontblanche. In order to evaluate the effects of rainfall reduction on soil carbon storage we took 15
random soil samples (12 cm depth) from each plot (control and rain exclusion) for each forest site.
Our results showed that there are significant differences between different soil layers (OL, A, S) but
there aren’t between treatments, meaning that the reduction of rain projected by the models might
not have a great influence in soil carbon storage for these 3 forest types, at least for a period of 31
years (oldest rainfall exclusion tested, in Puechabon forest ).
24Signature métabolomique d’une communauté benthique : relation structure et
fonctionnement de la biodiversité marine
Marie Le Croller – 1 ère année de thèse – marie.lecroller@imbe.fr
Axe 5 - EQ 5.1 : Diversité et Fonctionnement : des Molécules aux Ecosystèmes
Site : Station Marine d’Endoume
Co-directeurs de thèse : Thierry Pérez (IMBE) & Olivier P. Thomas (NUI Galway, Ireland)
La médiation
chimique en milieu
marin joue proba-
blement un rôle
majeur dans la
structuration et le
fonctionnement
des écosystèmes
marins, mais
elle reste large-
ment inexplorée
par la recherche
en écologie. Les
éponges sont
des organismes
qui dominent de
nombreux écosys-
tèmes marins, et qui sont aussi connus pour produire une chimiodiversité parmi les plus impor-
tantes du monde vivant. La quasi-totalité des études en écologie chimique des éponges a porté
sur leurs propriétés toxiques ou défensives vis-à-vis de compétiteurs ou de prédateurs, occultant
vraisemblablement les processus de médiation chimique à distance existant entre les communau-
tés d’éponges et les communautés associées d’organismes mobiles.
Mon travail de thèse consiste à étudier le rôle du paysage chimique constitué par des communau-
tés d’éponges sur la structuration et le fonctionnement d’écosystèmes benthiques en combinant
analyses métabolomiques et tests d’écologie comportementale. Les différents objectifs de ce tra-
vail sont de caractériser la signature de l’exo-métabolome de différentes communautés d’éponges,
d’évaluer in situ leur variabilité et leur spécificité, d’étudier les processus de médiation associés
à ces signatures chimiques et de mesurer l’impact d’un changement de biodiversité sur ces pro-
cessus.
La grotte sous-marine est le modèle d’écosystème choisi pour cette étude car les communautés
benthiques y sont très stables et dominées par des éponges, et la variabilité des conditions abio-
tiques y est tamponnée par rapport à la mer ouverte. L’exo-métabolome sera étudié à travers des
eaux de mer conditionnées en laboratoire par des éponges cavernicoles, des eaux prélevées in
situ ou encore le déploiement de « cloches » permettant de capter in situ les composés libérés
par les communautés d’éponges. On étudiera la variabilité et la spécificité du paysage chimique
de différentes communautés d’éponges, et l’on couplera leur caractérisation à des tests de choix
permettant d’enregistrer les réponses comportementales de petits invertébrés mobiles vis-à-vis de
ces paysages chimiques.
25Améliorer l’aménagement du territoire au travers d’informations plus fines et de
la prise en compte du futur
Mathilde Hervé – 2ème année de thèse – mathilde.herve@imbe.fr
Axe 1 - EQ 1.2 – Macroécologie et Biogéographie des Changements Globaux (MacroBio)
Campus Aix - Europôle de l’Arbois
Directeurs et encadrants de thèse : Thierry Tatoni et Cécile Albert
De nombreuses méthodologies sont utilisées pour produire des cartes d’enjeux de conservation
de la biodiversité à différentes échelles. Certaines ont des applications concrètes dans le cadre
Schéma explicatif de la méthodologie utilisée pour calculer des enjeux de conservation pour la région PACA
de divers programmes comme la Trame Verte et Bleue. Après avoir réalisé un test de sensibilité,
nous avons constaté que la méthode utilisée dans le sud de la France, pour la construction du
Schéma Régional de Cohérence Ecologique, était sensible à certains paramètres d’entrée. Cela
nous permet de développer quelques pistes de réflexion sur la façon d’utiliser certaines données
pour affiner le diagnostic.
Par ailleurs, dans le contexte des changements globaux, il nous parait essentiel d’inclure un aspect
de dynamique temporelle à cette méthode. Ainsi, à partir de la combinaisons de plusieurs scé-
narios, technologiques et co-construits avec les acteurs du territoires, nous pourrions proposer
une analyse des changements futurs de l’utilisation des sols et plus largement des enjeux futurs
d’aménagement du territoire.
26Reconstruction paléoclimatique au Moyen-Orient continental (Iran) durant
le Tardiglaciaire et l’Holocène, basée sur les analyses des Chironomidae
(Insectes-Diptères)
Cyril Aubert – 1ère année de thèse – cyril.aubert@imbe.fr
Axe 1 - EQ 1.1 : Paléoenvironement et Paléoécologie (P&P)
Campus Aix - Europôle de l’Arbois
Directeurs de thèse : Philippe Ponel, Emmanuel Gandouin et Morteza Djamali
L’Iran et d’une manière générale le Moyen-Orient sont des zones peu étudiées d’un point de vue
paléo-écologique. Pourtant, l’Iran est une zone géographique de grand interêt pour la compréhen-
sion des climats passés et présents. En effet, l’Iran est un carrefour climatique où surviennent des
interactions complexes entre les Westerlies Nord-Atlantique, les Moussons de l’Océan Indien et
l’ Anticyclone Siberien. De plus, l’Iran est également un carrefour biogéographique entre les do-
maines Saharo-Sindien, Euro-Siberien et Irano-Touranien, mais aussi l’un des berceaux des civli-
sations humaines. Il est alors possible à partir d’approches intégratives multidisciplinaires d’étudier
les relations existantes entre le climat les écosystèmes et l’homme.
Le but de ce projet de thèse est de reconstruire à partir de séquences sédimentaires d’Iran les
variations climatiques ayant eu lieu depuis le Tardiglaciaire il y a 15 000 ans, jusqu’à aujourd’hui.
Pour cela, le projet s’appuie principalement sur l’analyse des restes subfossiles de Chironomidae
(Insectes, Diptères). Ces insectes sont habituellement reconnus comme d’excellents indicateurs
biologiques pour reconstruire les conditions hydroclimatiques du passé, puisqu’ils sont très sen-
sibles aux variations de température estivale, de niveau lacustre, d’oxygénation et de degré tro-
phique des eaux.
Les données produites sont ensuite directement comparables aux données polliniques et géochi-
miques menées en parallèle afin de comparer entre eux les principaux compartiments de l’écosys-
tème depuis le bassin versant jusqu’au milieu aquatique sensu stricto. Cette approche intégrative
permet le découplage des forçages locaux des forçages régionaux, voire globaux.
Plusieurs sites dans la partie Ouest de l’Iran seront étudiés sur un gradient Nord-Sud permettant
de comparer les conditions hydro-climatiques de zones géographiques à influences climatiques
différentes : westerlies nord-atlantique au Nord et moussons assiatiques au Sud. Les sites retenus
sont le lac Neor (NW Iran), la tourbière de Faroogh (SW Iran près de Persépolis) et le lac Arjan (SW
Iran). Chaque site a un début de remplissage sédimentaire daté autour de 15 000 cal. BP.
Nous présenterons ici les résultats préliminiaires du lac Neor. Les assemblages de Chironomidae
ont permis de détecter plusieurs phases marquées d’assèchement estival, probablement liées à
des modifications dans la saisonnalité des précipitations régionales. Ces résultats sont notamment
en accord avec les données polliniques et expliquent entre autre le retard dans la recolonisation
forestière postglaciaire constaté sur le Moyen Orient continental.
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