REVUE RAPIDE SUR LES TESTS RT- PCR SARS-COV-2 SUR PRÉLÈVEMENT SALIVAIRE - HAUTE AUTORITÉ DE SANTÉ

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SYNTHESE                   Revue rapide sur les tests RT-
                           PCR SARS-CoV-2 sur
                           prélèvement salivaire
                                                                         Validée le 18 septembre 2020

Note au lecteur
Cette synthèse contient une revue rapide, systématique de la littérature scientifique portant sur
les tests RT-PCR SARS-CoV-2 sur prélèvement salivaire, intégrant notamment des résultats
intermédiaires de l’étude COVISAL. Elle contient également des éléments de modélisation d’im-
pact organisationnel. Cette synthèse compile les informations disponibles à la date du 17 sep-
tembre 2020, ayant conduit à l’avis de la Haute Autorité de santé (HAS) du 18 septembre portant
sur les tests RT-PCR sur prélèvement salivaire.
Il est rappelé que les avis de la HAS pris dans le cadre de la pandémie à SARS-CoV-2 sont
susceptibles d’être rapidement ou fréquemment modifiés compte tenu de l’évolution rapide des
connaissances scientifiques disponibles.

Contexte
Comme elle l’a précédemment fait pour les tests virologiques d’amplification génique (RT-PCR et RT-
LAMP) permettant la détection du génome du SARS-CoV-2 sur prélèvement nasopharyngé et, plus
récemment pour les tests sérologiques automatisables et unitaires sur prélèvement sanguin permet-
tant de détecter les anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2, la HAS a suivi la production de littérature
scientifique relative aux tests virologiques d’amplification génique sur prélèvement salivaire.
L’objectif des tests salivaires est de faciliter les prélèvements, réduire les risques de contamination du
personnel soignant et de fournir un test moins désagréable pour les patients.
Contrairement au prélèvement nasopharyngé, dont le caractère invasif limite l’acceptabilité par les
patients, surtout en cas de test répété, le prélèvement salivaire, plus facile à réaliser et parfaitement
indolore, permettrait en théorie d’augmenter l’acceptabilité du test, voire sa faisabilité, notamment chez
des populations vulnérables nécessitant une répétition périodique de tests (patients en EHPAD, pa-
tients présentant des troubles autistiques ou psychiatriques, patients pédiatriques ou encore patients
susceptible de présenter des saignements de nez lors de l’examen - patients hémophiles ou sous
médicaments anti-vitamine K).
Les « besoins » en matière de performance diagnostique dépendent naturellement du positionnement
du test dans la stratégie de prise en charge, mais dans les scénarios évoqués ici, la capacité du test
à éviter les faux-négatifs est primordiale. Le test doit donc présenter une sensibilité relativement im-
portante et une bonne valeur prédictive négative afin d’augmenter la probabilité d’un patient négatif en
cas de résultat négatif. De plus, le test doit également disposer d’une excellente spécificité (proche
de 100 %) et d’une excellente valeur prédictive positive afin de garantir qu’un patient détecté comme
étant positif n’est pas un faux-positif (ce risque étant important en cas de faible prévalence, cas de
l’infection à SARS-CoV-2 en France en juillet 2020 : le taux de RT-PCR positive étant environ de 2 %).
Il convient également de standardiser les modalités de prélèvement salivaire (prélèvement buccal,
oropharyngé ou pipetage au niveau des glandes salivaires) et surtout de préciser la période pertinente
de détection du génome SARS-CoV-2 sur prélèvement salivaire (il conviendra notamment de vérifier
si elle est superposable à celle de la détection par prélèvement nasopharyngé).
Il convient donc de pouvoir identifier précisément les circonstances permettant de disposer de perfor-
mances diagnostiques satisfaisantes pour les tests salivaires, c’est-à-dire des performances compa-
rables à celles des tests nasopharyngés.
Par ailleurs, il conviendra d’évaluer s’il existe des variations lors de la phase analytique (extraction,
amplification) entre les différentes techniques ou kits utilisés susceptibles de générer une variabilité de
résultats en matière de performance diagnostique.
La possibilité d’un recours aux tests salivaires pourrait également permettre d’accroître les capacités
de test dans des situations où le prélèvement nasopharyngé n’est pas envisageable (contrôle au ni-
veau des aéroports). De même, les sportifs de haut niveau sont intéressés par un dépistage simple à
réaliser et à répéter, sans considération de prise en charge par l’Assurance maladie.
Un état des lieux préliminaire de la littérature scientifique produite sur les prélèvements salivaires (in-
cluant notamment une méta-analyse, la publication princeps du test français EasyCoV de juin 2020 et
l’évaluation technologique réalisée par l’HIQA, homologue irlandais de la HAS et prenant en compte
les articles publiés jusqu’à fin mai 2020) réalisé fin juin 2020, suggérait un manque de données suffi-
samment robustes quant aux performances diagnostiques des tests virologiques par prélèvement sa-
livaire comparativement aux prélèvements nasopharyngés.
En effet, les méthodes de prélèvement s’avèrent variables et pas forcément correctement documen-
tées dans les études disponibles. Quant aux performances diagnostiques, elles s’avèrent tout aussi
variables selon les études, les sensibilités variant de 30 à 100 %. Les quelques études de comparai-
sons directes rapportent des sensibilités inférieures de 10 à 20 % par rapport à celle du test nasopha-
ryngé. La sensibilité de ce dernier étant d’ores et déjà de 70 % en conditions réelles, la sensibilité des
tests salivaires pourrait être dans le pire des cas de l’ordre de 50 %, soit équivalente à celle d’un test
à pile ou face.

 Compte tenu de ces éléments, il semblait pertinent de réaliser une étude comparative à
 grande échelle permettant la comparaison directe et documentée des tests virologiques sa-
 livaires et nasopharyngés en population française. Cette position était d’ailleurs identique à
 celle de l’HIQA et celle récemment exprimée par l’Académie de médecine.
Première analyse systématique de la littérature (août 2020)
Afin d’actualiser et de renforcer cet état des lieux préliminaire, une première analyse systématique de
la littérature scientifique a été réalisée, portant sur les tests virologiques salivaires prenant en compte
l’ensemble des articles publiés ou en prépublication jusqu’au 31 juillet 2020. Ainsi, ce sont 50 études
qui ont été identifiées par les critères de recherche bibliographique. Après analyse des résumés et du
contenu in extenso, 24 études ont finalement été retenues pour analyse complète (cf. Annexe 1).
La principale question posée est donc une estimation des performances diagnostiques (et tout parti-
culièrement les sensibilités et/ou concordances positives) comparatives entre les tests virologiques
réalisés sur prélèvement salivaire vs réalisés sur prélèvement nasopharyngé. La littérature sélection-
née et analysée est donc focalisée sur les études comparatives abordant ces paramètres.
Pour autant, il ne s’agissait pas à ce stade, de réaliser une analyse critique approfondie des études
disponibles (notamment en termes de qualité méthodologique), mais de disposer d’un panorama pré-
cis de la littérature disponible sur ce sujet.
Ainsi, parmi les 24 études représentant au total 3 335 patients, 21 présentaient des résultats pour la
technique de RT-PCR, 3 pour la technique RT-LAMP, 1 pour la technique TMA et 1 pour la technique
dd-PCR (PCR digitale sur gouttelettes).
Compte tenu du nombre limité d’étude disponible pour les techniques TMA et dd-PCR, il n’est pas
possible de conclure en matière de performances. En effet, il conviendra de disposer d’autres études
avec des effectifs plus importants (notamment pour la dd-PCR dont l’effectif de la seule étude dispo-
nible était seulement de 12 patients) même si les résultats obtenus avec la TMA s’avèrent encoura-
geant à ce stage (concordances positives et négatives respectivement de 93,8 % [86,0-97,9] et
97,8 % [95,3-99,2] pour 368 patients.
Concernant la technique RT-LAMP, 3 études ont été identifiées dont l’étude princeps du test Easy-
CoV (version 1 du test). S’il n’est pas encore possible de conclure en matière de performance compte
tenu du nombre d’étude disponible et du nombre de patient (367 patients au total avec des nombres
de patients respectivement de 130, 149 et 88 patients dans ces études), les résultats disponibles se
révèlent pour le moment décevants avec des sensibilités rapportées de 72,7 % [39-94], de
70,9 % [61,1-79,4] et de 100 % [51-100], cette dernière sensibilité ayant été calculée uniquement sur
la base de 4 patients positifs.

Enfin, concernant les tests RT-PCR, les 21 études disponibles ont révélé :
   ‒   des spécificités comprises entre 92,8 et 100 % selon les études ;
   ‒   une grande hétérogénéité de résultats en matière de sensibilité (variant de 50,5 à 100 %), de
       concordance positive (variant de 45 à 100 % selon les études) et de coefficient kappa (variant
       de 0,58 à 0,912) ;
   ‒   une hétérogénéité en matière de valeur-seuil de Ct (cycles de RT-PCR en temps réel) variant
       de 29 à 46 selon les études lorsque cette information était disponible (n=10). La valeur la plus
       souvent retenue était une valeur seuil de 38 (n=3) ;
   ‒   une homogénéité sur les modalités de réalisation des tests en comparaison : les deux tests sur
       prélèvement nasopharyngé et sur prélèvement salivaire ont majoritairement été réalisés chez
       les mêmes patients et majoritairement au même moment (le décalage maximal décrit entre la
       réalisation des deux tests étant de 3 jours dans une étude) ;
   ‒   une homogénéité en matière de réalisation du prélèvement salivaire, très majoritairement réa-
       lisé par crachat dans un tube standard, sans écouvillon, avec quelques précautions
d’usage (absence de toux, d’expectoration, absence de prise d’aliment, de boisson, de tabac
       avant le prélèvement…) ;
   ‒   une valeur de Ct significativement plus élevée sur prélèvement salivaire que sur prélèvement
       nasopharyngé (de 3 à 5 cycles selon les publications), suggérant une capacité de détection
       plus importante sur prélèvement nasopharyngé que sur prélèvement salivaire en cas de charge
       virale basse.

Compte tenu de la grande hétérogénéité des résultats relatifs aux sensibilités et aux concordances
positives, une analyse plus approfondie a été réalisée en matière de :
   ‒   distribution de ces valeurs réparties en plusieurs catégories (>90 %, [80-90 %[, [70-80 %[,
Sur la base de cette première revue systématique de la littérature, il apparait que les données
 disponibles sont très hétérogènes, de qualité très variable et ne sont donc pas suffisantes à
 ce jour pour envisager un remboursement des tests virologiques salivaires compte tenu du
 faible nombre d’étude disponible, de leurs effectifs et de leurs discordances.
 En effet, compte tenu de l’enjeu, il apparait indispensable de disposer d’une estimation ro-
 buste de la sensibilité des tests virologiques sur prélèvement salivaire comparativement aux
 tests réalisés sur prélèvement nasopharyngé. La standardisation des valeurs de Ct apparait
 également nécessaire pour les tests réalisés sur prélèvement salivaire. La réalisation d’une
 étude clinique comparative bien menée apparait donc toujours nécessaire suite à cette pre-
 mière revue systématique.

Par ailleurs, en termes d’indication, il semble que l’utilisation la plus pertinente des tests salivaires
serait plutôt en condition de dépistage organisé et de diagnostic ambulatoire (pour des patients pauci-
symptomatique principalement).

Besoin d’étude clinique comparative robuste : le forfait
innovation COVISAL
Comme indiqué précédemment, l’état de la littérature en août 2020 ne permettait pas de statuer sur la
pertinence de l’utilisation de tests virologiques sur prélèvement salivaire dans les conditions actuelles.
Une étude comparative à grande échelle permettant la comparaison directe et documentée des tests
virologiques salivaires et nasopharyngés en population française était donc requise.
Afin de répondre à ce besoin, la Société française de microbiologie et le Centre hospitalier Andrée
Rosemon de Cayenne ont déposé une demande de forfait innovation visant à évaluer de manière
prospective et comparative les performances de la RT-PCR sur prélèvement salivaire par rapport au
prélèvement habituel et recommandé par écouvillonnage nasopharyngé (PNP) pour la détection du
virus SARS-CoV-2 envisagée :
   ‒   lors du diagnostic ambulatoire de patients symptomatiques présentant des symptômes légers
       d’infection à SARS-CoV-2 ;
   ‒   lors de dépistages (cas-contacts, actions ciblées de dépistage local) de personnes asympto-
       matiques infectées par le virus SARS-CoV-2.
Après validation du caractère innovant de la technologie de santé et du protocole de l’étude envisagée,
la HAS s’est prononcée ainsi le 7 août 2020 en faveur d’une attribution d’un forfait innovation pour une
étude (COVISAL) évaluant les performances de la RT-PCR sur prélèvement salivaire par rapport au
prélèvement habituel et recommandé par écouvillonnage nasopharyngé (PNP) pour la détection du
virus SARS-CoV-2. Ce forfait innovation doit permettre, le cas échéant, de valider et de placer le pré-
lèvement salivaire par RT-PCR dans la stratégie de prise en charge actuelle.
Actualisation de l’analyse systématique de la littérature
(septembre 2020)
Compte tenu de l’avancée extrêmement rapide de l’étude COVISAL, la moitié des inclusions prévues
ont été réalisées en un mois. Ainsi, début septembre 2020, l’analyse intermédiaire à mi-inclusion des
données de COVISAL pour les patients symptomatiques et les personnes asymptomatiques était donc
disponible. Afin d’analyser ces données à la lumière des dernières connaissances disponibles, l’ana-
lyse systématique de la littérature a été actualisée en date du 8 septembre 2020 (date de la recherche
documentaire) et complétée par une analyse plus critique sur le plan méthodologique afin d’identifier
précisément les études présentant un niveau de preuve suffisant pour être pris en compte.

Recherche bibliographique des études de performances au 8 septembre 2020
Dans les temps très courts impartis, il a été possible de réaliser une recherche documentaire systé-
matique des études évaluant le test salivaire par RT PCR (notamment dans la base Pubmed).
Les critères explicites utilisés pour la sélection des études ont été colligés dans le tableau ci-dessous.

Tableau 1. Critères de sélection des études.

 Critères d’inclusion   −   Cohorte prospective de diagnostic ou de dépistage.
                        −   Recrutement avec statut COVID-19 inconnu à l’inclusion.
                        −   Patients non hospitalisés (non sévères).
                        −   Test moléculaire par RT-PCR.
                        − Comparaison directe : test salivaire par auto-prélèvement vs nasopharyngé (écouvillon) par
                            un professionnel de santé (seul comparateur de référence en France).

 Critères d'exclusion   − Etudes de surveillance à distance de cas positifs connus, revues systématiques, séries de
                          cas, études cas-témoin.
                        − Statut COVID-19 du patient ou schéma prospectif non rapporté par les auteurs.
                        − Comparateur non préconisé et utilisé en France (prélèvement oropharyngé par écouvillon par
                          exemple).
                        − Population incluse mélangée avec analyse indifférenciée (symptomatique/asymptomatique).
                        − Seuil d’amplification des cas positifs excessif (ct value > 40).
                        − Étude du poolage de prélèvements salivaires.
                        − Comparaison directe entre différentes techniques de RT-PCR sur la salive.

Les motifs d’exclusion des références figurent en Annexe 2.

1. Tests sur prélèvement salivaire pour dépistage de sujets asymptomatiques
(n=0 étude retenue)
La première phase de sélection ci-dessus a permis d’identifier cinq études (sujets asymptomatiques) ;
toutefois, aucune d’entre elles n'a été retenue après une deuxième lecture in extenso de la pu-
blication. Aucun résultat probant et pertinent ne peut donc être proposé à ce stade. Leurs motifs
d’exclusions des références figurent en Annexe 3.
2. Tests sur prélèvement salivaire pour diagnostic de sujets symptomatiques
(n=4 études retenues)
La première phase de sélection ci-dessus a permis d’identifier huit études ; toutefois, seulement
quatre études ont été retenues après une deuxième relecture in extenso de la publication. Les motifs
d’exclusion des quatre autres publications figurent en Annexe 4.
La concordance positive (positive agreement) entre le test salivaire (test index) et la RT-PCR sur
prélèvement nasopharyngé (standard of care) est l’indicateur le plus codifié et le plus robuste (en
l’absence de gold standard applicable chez les patients infectés non sévères) pour savoir si un
nouveau test peut être une alternative acceptable (en matière de perte diagnostique) à un test de
référence clairement recommandé et systématiquement réalisé en pratique courante. Dans les études
retenues, il variait entre 60 % IC95 % [36-80] et 100 % IC95 % [92-100]. Les principaux résultats de
ces études figurent dans le Tableau 2.
Il apparait que les performances les plus élevées (concordances positives à 100 % dans les
deux études sélectionnées) ont été rapportées sur crachat bronchique sur toux productive ou le cra-
chat forcé après effort de toux et de reniflement (salive « améliorée » ou « profonde »).
A l’inverse, les tests RT-PCR réalisés sur salive simple (par crachat simple dans un tube ou par pipe-
tage), ont présentés des concordances positives de 60 % et 84,8 % au sein des deux études sélec-
tionnées, bien que les résultats rapportés par Becker et al. soient à prendre avec précaution compte
tenu du faible effectif (88 patients dont seulement 15 patients positifs en RT-PCR nasopharyngé dont
9 positifs en RT-PCR sur prélèvement salivaire).
La question de la nature du prélèvement salivaire devra donc être précisé.

Tableau 2. Résultats des études retenues avec patients symptomatiques.

     Référence étude        Becker et al. (2020)   Otto et al. (2020) ;      Procop et al.      Landry et al. (2020)
                                                    lettre à l'éditeur          (2020)

 Population

 Contexte de réalisation    Diagnostic ambula-     Diagnostic ambula-      Diagnostic ambula-   Diagnostic ambula-
 du test                          toire            toire (± surveillance         toire                toire
                                                        à distance)

 Nombre de patients in-             88                      92                    224                   124
 clus

 Test index

 Nature du prélèvement         Salive simple        Salive améliorée        Salive améliorée       Salive simple
 salivaire                                         (mélange avec sé-       (mélange avec sé-
                                                         crétion)                crétion)

 Nombre de gènes ciblés             NR             Régions IP2 et IP4           3 cibles                NR
                                                    du gène RdRp           (gène N1, N2, N3)

 Seuil d’amplification              NR                   CT < 40                  NR                  CT < 40
 (Ct value)

 Résultat de l'étude

 Population de l’étude

 Nombre patients positifs           15                      45                    38                    33
 par le PNP
Référence étude            Becker et al. (2020)       Otto et al. (2020) ;         Procop et al.         Landry et al. (2020)
                                                             lettre à l'éditeur             (2020)

 Nombre patients positifs                   9                        49                        38                        30
 par la salive

 Prévalence de l’étude (%)               17 %*                    48,9 %*                   17,5 %                    26,6 %*

 Performances diagnostiques
 Concordance positive
                                   60 % IC [36-80]*         100 % IC [92-100]*        100 % IC [91-100]*        84,8 % IC [69-93]*
 (patients positifs)
* Si la prévalence ou la concordance positive et son intervalle de confiance n’étaient pas fournis dans la publication, le calcul a été
réalisé avec le calculateur EpiTools avec le test de Wilson. Outil consultable en ligne sur
https://epitools.ausvet.com.au/ciproportion ; NR : donnée non rapportée ; IC : Intervalle de confiance à 95 %.

Première analyse des données intermédiaires de l’étude
COVISAL
Les premiers résultats bruts de l’étude COVISAL qui ont été communiqués à la HAS le 11 sep-
tembre 2020 dans le cadre du forfait innovation étaient donc intermédiaires (moitié du recrutement
effectué) et encore parcellaires dans leur présentation et leur interprétation (cf. graphes transmis par
les auteurs : Figures 1 et 2).

Figure 1. Sensibilité du test salivaire chez les sujets symptomatiques et asymptomatiques de l’étude COVISAL (don-
nées intermédiaires transmises par les auteurs).
Figure 2. Performances diagnostiques à 1 ou 2 gènes à différents seuils de Ct value chez tous les patients positifs
de l’étude COVISAL (données intermédiaires transmises par les auteurs).

Les performances intermédiaires présentées ici se sont révélées plutôt basse au seuil de Ct value
prévues au protocole (Ct < 35), tout particulièrement chez les personnes asymptomatiques. En effet,
la sensibilité rapportée chez les patients symptomatiques était de 77 % IC95 % [65-89] (n=53 pa-
tients positifs) et la sensibilité rapportée chez les personnes asymptomatiques était de 24 %
[15-33] ; n=46 personnes positives). Ces données incluaient également des analyses exploratoires
complémentaires (résultats en fonction de 1 ou 2 gènes positifs, de seuils de Ct value variables...).

Impact organisationnel des tests RT-PCR sur prélèvement
salivaire
Les données intermédiaires de sensibilité rapportées par l’étude COVISAL chez les patients sympto-
matiques (77 %) sont en accord avec les données de sensibilité rapportées dans les études cliniques
sélectionnées (respectivement 60 et 84,8 %). La pertinence clinique d’une telle valeur sera donc à
clarifier.
Quant aux données intermédiaires de sensibilité rapportées pour les personnes asymptoma-
tiques (24 %), elles s’avèrent d’emblée décevante (3/4 des personnes contaminées ne seront pas dé-
tectées par le test).
Selon les mêmes principes que ceux détaillés dans la revue rapide portant sur les tests antigéniques1
en matière de santé publique, la lutte efficace contre la transmission du virus passe tout d’abord par
une détection rapide et performante des personnes contaminées, afin d’une part de les isoler, puis de
détecter précocement les cas ayant été en contact avec ces personnes contaminées. Dans cette ap-
proche populationnelle, la moindre performance d’un test, se traduisant par une moindre détection de
cas, peut potentiellement être compensée par :
    ‒   une augmentation du nombre de cas à tester, ou ;
    ‒   une durée de réalisation plus faible conduisant à un nombre plus important de tests réalisés sur
        une période de temps donnée.
Une moindre performance individuelle d’un test pourrait ainsi être compensée par la mobilisa-
tion d’actions sur l’organisation du processus de soins. Toutefois, nous ne disposons pas actuel-
lement d’étude sur cet impact organisationnel populationnel. Il est néanmoins possible de le modéliser.
Soit i(t) l’incidence hebdomadaire (nombre de cas réels). Une fraction π(t) se fait tester (symptomatique
ou asymptomatique). Le nombre de tests positifs est donc i(t) π(t). Avec un test moins performant par
rapport au test RT-PCR, on va perdre en nombre de tests positifs, avec uniquement Se(SLV) i(t) π(t)
tests positifs par rapport à la situation précédente. Pour compenser la perte, il faut une augmentation
de la fraction des personnes infectées qui se testent par un facteur ϕ tel que :
    ‒   Se(SLV) i(t) (1 + ϕ) π(t) > i(t) π(t)
    ‒   Se(SLV) (1 + ϕ) > 1
    ‒   ϕ > (1 – Se(SLV))/ Se(SLV)

Figure 3. Augmentation relative de la capacité de tests en fonction de la sensibilité du test RT-PCR sur prélèvement
salivaire pour obtenir au moins le même nombre de tests positifs au total.

1
 https://www.has-sante.fr/jcms/p_3213483/fr/revue-rapide-sur-les-tests-de-detection-antigenique-du-virus-sars-cov-2 publiée en
octobre 2020.
La capacité d’augmentation des tests est limitée par le nombre de personnes qui ne se font pas ac-
tuellement tester. On a donc ϕ π < 1 - π, donc ϕ < (1 – π) / π. La gamme où l’on peut gagner est définie
par :
                                  (1 – Se(SLV))/ Se(SLV) < ϕ < 1/ π -1
                                              π < Se(SLV)
Autrement dit, la fraction déjà testée doit être inférieure à la sensibilité du test RT-PCR sur prélèvement
salivaire, sinon le passage à un test moins performant n’est pas intéressant.
Ainsi, d’après ce modèle et dans une perspective populationnelle, le rattrapage d’une sensibilité de
près de 80 % (observée pour les patients symptomatiques) nécessiterait une augmentation du nombre
de test d’environ 25 %, ce qui est important. Sachant que le gain de temps entre RT-PCR réalisée sur
prélèvement salivaire vs RT-PCR réalisée sur prélèvement nasopharyngé est faible (car la période la
plus chronophage de la RT-PCR est la phase analytique voire post-analytique et non la phase pré-
analytique), cette augmentation du nombre de tests à réaliser ne pourra pas être compensée par une
réduction majeure du temps de réalisation du test (contrairement aux tests antigéniques), risquant ainsi
d’accroitre l’engorgement des laboratoires de biologie médicale.
Au total, en l’état actuel des connaissances et compte tenu des performances rapportées et des mo-
délisations réalisées, la RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé reste préférable à la RT-PCR sur
prélèvement salivaire chez les patients symptomatiques. Toutefois, lorsque le prélèvement nasopha-
ryngé n’est pas possible ou difficilement réalisable (avec alors une suspicion forte de prélèvement non
optimal), la réalisation d’une RT-PCR sur prélèvement salivaire apparait alors tout à fait acceptable,
compte tenu de ses performances, chez les patients symptomatiques.
Quant à l’utilisation pour les personnes asymptomatiques, le modèle montre qu’une sensibilité de
moins de 25 % ne peut être compensée par une augmentation du nombre de tests. En l’état actuel
des connaissances, il n’y a donc pas d’intérêt à utiliser des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire
pour les personnes asymptomatiques.
Conclusion générale
La détection du génome du virus SARS-CoV-2 sur prélèvement nasopharyngé reste le test de réfé-
rence pour le diagnostic et le dépistage de l’infection à SARS-CoV-2 compte tenu de son efficacité en
matière de sensibilité et de spécificité.
Toutefois, son caractère invasif limite son acceptabilité par les patients surtout en cas de test répété.
Le recours au prélèvement salivaire, totalement indolore, pourrait permettre d’accroitre l’acceptabilité
du test de détection virale voire sa faisabilité, liée entre autres à la possibilité d’auto-prélèvement, à
condition que les performances de ce test soient satisfaisantes.
Compte tenu des performances diagnostiques actuellement disponibles colligées sur la base des don-
nées comparatives méthodologiquement acceptables mais pouvant être préliminaires (telle que l’étude
française COVISAL), il apparait à ce jour que la sensibilité de la détection du génome viral sur prélè-
vement salivaire est inférieure à celle de la détection sur prélèvement nasopharyngé.
Néanmoins, compte tenu des données disponibles à ce jour, la détection du génome du virus SARS-
CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement
salivaire pourrait être indiquée dans le diagnostic des patients symptomatiques non hospitalisés
jusqu’à sept jours après apparition des symptômes, en orientant de préférence les patients lorsque le
prélèvement nasopharyngé est difficilement ou pas réalisable.
Toutefois, la HAS souligne que la réalisation d’un nombre plus important de tests, compte tenu de la
meilleure acceptabilité du test sur prélèvement salivaire, risque d’augmenter l’engorgement au niveau
de la phase analytique (étape de RT-PCR). Si tel est le cas, l’augmentation des délais de rendu des
résultats auraient un impact organisationnel négatif malgré l’augmentation du nombre de tests réalisés.
Par ailleurs, compte tenu des données disponibles à ce jour rapportant une très faible sensibilité, le
recours à la détection du génome du virus SARS-CoV-2 sur prélèvement salivaire n’est pas indiqué
en situation de dépistage pour les personnes asymptomatiques.
Enfin, l’absence de données robustes ne permet pas à ce jour de recommander les techniques autres
que la RT-PCR lorsqu’un prélèvement salivaire est réalisé.
Ces positions seront susceptibles d’être revues ou précisées en fonction notamment :
   ‒   des résultats définitifs de l’étude COVISAL ou d’autres données issues d’études cliniques de
       même niveau de preuve que COVISAL (dont l’étude SAMILCOV actuellement en cours et pro-
       mue par le Service de santé des armées) ;
   ‒   des performances diagnostiques des tests antigéniques.
Annexe 1. Analyse systématique de la littérature réalisée en juillet 2020.

Tableau 3. Analyse des études 2020 de Helgouach, Hanson, Leung, Griesemer, Byrne et Jamal.

       Référence étude         402-Helgouach-2020          401-Hanson-2020           383-Leung-2020          400-Griesemer-2020          398-Byrne-2020      378-Jamal-2020

2020

Cohorte prospective avec       Série de cas et co-       Oui                      Non                        Oui                       Oui                Non
statut du patient vis-à-vis    horte prospective
de la maladie était inconnu
du médecin et du patient
au moment de l’inclusion
(suspicion de COVID-19 :
diagnostic ou dépistage)

Si oui, inclusion de pa-       Non                       Oui (prospectif, non     Non                        Oui                       Oui
tients de manière consé-                                 consécutif)
cutive ou protocolisée
pour éviter les biais

Etude de cas-témoins ou        Oui                       Non                      Oui                        Non                       Non                Oui
série de cas (= le statut du
patient vis-à-vis de la ma-
ladie était connu au mo-
ment de l’inclusion) -
statut de COVID-19 au-
thentifié

Autre schéma (à préciser)      Cohorte prospective       3 bras : NP, salivaire   Etude de concordance       2 cohortes ambula-        Non                Inclusion de patients
                               de sujet à risque (pro-   et nasal par auto-pré-   des résultats de tests     toires : 1 dans zone de                      hospitalisés testés po-
                               fessionnels de santé)     lèvement                 diagnostiques NP et        faible prévalence (C1)                       sitifs, sans précision
                               avec statut inconnu vis                            salivaires chez des pa-    et 1 de forte (C2)                           du type de test réalisé
                               à vis de la maladie+                               tients hospitalisés (pa-
                               des cas positifs et des                            tients confirmés (N=29)
                               malades guéris                                     et patients COVID neg
                                                                                  (N=33)). Les auteurs
                                                                                  ne précisent pas leur
                                                                                  définition de "cas con-
                                                                                  firmé"
Référence étude           402-Helgouach-2020     401-Hanson-2020           383-Leung-2020   400-Griesemer-2020            398-Byrne-2020            378-Jamal-2020

L’objectif était-il précisé ?   Oui                  Oui                       Oui                Oui plusieurs              Oui                       Oui

Si oui, quel était-il ?

1) faire aussi bien que le      Oui                  Oui                       Oui                Oui                        ND                        Non
NP en matière de perf diag
(étude d'équivalence)

2) éviter les faux-nég du       Oui                  Non                       Non                Oui                        ND                        Non
NP car le prélèvement est
délicat et peut ne pas «
rapporter » de virus alors
qu’il est présent (étude su-
périorité)

3) autre (lequel)                                    Evaluer les perfor-                          Evaluer stabilité du vi-   Déterminer la sensibi-    Comparer la sensibilité
                                                     mances diagnostics de                        rus dans salive et mi-     lité analytique du test   des tests salivaires
                                                     tests issus d'auto-pré-                      lieux ; tester             salivaire                 avec NP car les NP et
                                                     lèvements 1) salivaire                       l'association salive +                               OP sont inconfortables
                                                     et 2) nasal par rapport                      sécrétion nasale                                     pour les patients. Et
                                                     au test par prélève-                                                                              pénurie ++
                                                     ment NP réalisé par un
                                                     professionnel de santé

Les auteurs ont-ils décrit      Non                  Non                       Non                Non                        Non                       Non
le calcul du nombre de su-
jets nécessaires en adé-
quation avec l’objectif de
l’étude (avec une diffé-
rence min (ou max) sou-
haitée, et les risques a et b
fixés) ?

Population

Dépistage (patients             Oui                  Non                       Non                Oui                        Non                       Non
asymptomatiques)
Référence étude            402-Helgouach-2020        401-Hanson-2020            383-Leung-2020          400-Griesemer-2020            398-Byrne-2020         378-Jamal-2020

Préciser le contexte de dé-     Personnel hospitalier   Centre de dépistage,                                 Opération de dépis-
pistage : recherche de cas                              drive par voiture                                    tage parking urgences
contact, contrôle dans des
aéroports/gares/…, opéra-
tions de dépistage, autre
(préciser)

Diagnostic (symptoma-           Non                     Oui                       Oui et non                 Oui                        Oui                    Oui
tiques)

Précisez la sévérité des        ND                      ND                        Patients admis à l'hô-     Consult hospi pour         Patients recrutés à    Patients hospitalisés
symptômes (ambulatoire                                                            pital. Pas d'info sur la   symptômes ou exposi-       l'hôpital
versus hospitalisation)                                                           symptomatologie            tion

Suivi de la maladie (confir-    Non                     Non                       Non                        Non                        Oui                    Non
mer la guérison)

Test index

Test sur prélèvement sali-      Oui                     Oui                       Oui                        Oui                        Oui                    Oui
vaire

Précisez la nature du pré-      ND                      Crachats successifs :     Crachats                   Crachat après 30 min       Crachats 200µl mini-   Recueil de la salive
lèvement salivaire (cra-                                min 1 mL                                             de restriction (boisson,   mum                    dans une cuillère à
chat, gargarisme, pipettes,                                                                                  cigarette, aliments)                              café (5 ml)
éponge…)

Méthode d’analyse               RT-Lamp                 TMA : amplification gé-   RT-PCR                     RT-PCR                     RT-PCR                 RT-PCR
                                                        nique médiée par la
                                                        transcription en temps
                                                        réel (méthode iso-
                                                        therme)

Nombre de gènes ciblés          ND                      ND                                                   Plusieurs dont N1, N2      ND                     ND
par le test                                                                                                  (FDA recos)

Un seuil de positivité a-t-il   Oui CT ≤ 35             Oui                       Non                        Oui CT < 45                Oui CT ≤ 40            Non
été fixé par les auteurs ?

Si oui, les auteurs ont-ils     Non                     Oui : CT ≤ 42             Non                        Oui                        Non
justifié a priori ce choix ?
Référence étude           402-Helgouach-2020        401-Hanson-2020       383-Leung-2020        400-Griesemer-2020        398-Byrne-2020      378-Jamal-2020

Délai de rendu du résultat     30 minutes              ND                                            24-72 h                 ND                 ND

Référence (comparateur)

Test RT-PCR                    Oui                     Non                   Oui                     Oui                     Oui                Oui

Prélèvement nasopha-           Oui                     Oui                   Oui                     Oui                     Oui                Oui
ryngé (NP)

Prélèvement oropharyngé        Non                     Non                   Non                     Nasal/ écouvillon       Non                Non
(OP)

Nombre de gènes ciblés         ND                      ND                                            Plusieurs (FDA recos)   ND
par le test

Réalisation des deux tests

Les résultats de chacun        Oui                     ND                    ND                      ND                      Oui                ND
des tests a été rendu en
ignorant le résultat de
l’autre test

Les deux tests ont été réa-    Oui                     Oui                   Oui                     Oui                     Oui                Oui
lisés sur le même patient

Les deux tests ont été réa-    Oui                     Oui                   Non                     Oui                     Oui                Oui
lisés au même moment

Si non, préciser le délai                                                    Réalisés le même jour
entre les deux tests (en
jours)

Résultat utilisé pour classer les patients (gold standard)

Pour les patients positifs :   Oui                     Non                   ND                      NP                      Oui                Non
RT-PCR sur prélèvement
NP ou OP

Si autre, décrire                                      TMA sur prélèvement   Des patients "confir-                                              Patients testés positifs
                                                       NP                    més" ont reçu dans la                                              à l’inclusion ; puis les 2
                                                                             même journée les 2                                                 tests (NP et salivaires)
                                                                             types de prélèvements                                              passés en même
Référence étude           402-Helgouach-2020       401-Hanson-2020        383-Leung-2020       400-Griesemer-2020       398-Byrne-2020        378-Jamal-2020
                                                                          (NP et salive). Les au-                                             temps puis description
                                                                          teurs ne précisent pas                                              des positifs aux 2
                                                                          la définition de "cas                                               tests, positifs à un des
                                                                          confirmé" (certains                                                 2 tests et négatifs aux
                                                                          avaient un prélève-                                                 2 tests
                                                                          ment NP négatif)

Pour les patients négatifs :   Oui                  Non                                             NP                   Oui                  ND
RT-PCR sur prélèvement
NP ou OP

Si autre, décrire                                   TMA sur prélèvement
                                                    NP

Résultat de l'étude

Population de l’étude

Nombres de patients in-        130                  368                   62 (dont 29 confirmés     463                  110                  91 (répartition en fonc-
clus                                                                      COVID19)                                                            tion du délai entre
                                                                                                                                              symptôme et prélève-
                                                                                                                                              ment : voir observation)

Nombre de patients symp-       ND                   368                   Nd                        227                  110                  91
tomatiques

Nombre de patients             ND                   0                     ND                        236                  0                    0
asymptomatiques

Nombre de patients testés      123                  368                   62 patients (95 prélè-    463                  110                  91
par test NP ou OP                                                         vements)

Nombre de patients testés      123                  368                   62 patients (95 prélè-    463                  110                  91
par le test salivaire                                                     vements)

Nombre de patients clas-       ND                   80                    29 patients (pour les-                         ND
sés positifs par le gold                                                  quels 61 prélèvements
standard (si autre que le                                                 ont été réalisés)
comparateur)
Référence étude          402-Helgouach-2020    401-Hanson-2020      383-Leung-2020          400-Griesemer-2020            398-Byrne-2020    378-Jamal-2020

Nombre patients classés       19                   ND                 Pop totale (N=62 pa-       91/227 (C2)              13
positifs par la RT-PCR sur                                            tients) : 45/95 prélève-
prélèvement NP ou OP                                                  ments. Soit un taux de
                                                                      détection de 47,4 %

Nombre patients classés       15                   81                 Pop totale (N=62 pa-       81/227                   11
positifs par le test sali-                                            tients) : 51/95 prélève-
vaire                                                                 ments. Soit un taux de
                                                                      détection de 53,7 %

Prévalence dans la popu-      15 %                 ND                                            C1 :5,4 %, C2 :41 %      11,8 %
lation de l’étude (%)

Nombre de patients clas-      ND                   274                                                                    ND
sés négatifs par le gold
standard (si autre que le
comparateur)

Nombre patients classés       104                  ND                 Pop totale (N=62 pa-       NP : 136                 97
négatifs par la RT-PCR sur                                            tients) : 50/95 prélève-
prélèvement NP ou OP                                                  ments

Nombre patients classés       108                  273                Pop totale (N=62 pa-       146                      99
négatifs par le test sali-                                            tients) : 44/95 prélève-
vaire                                                                 ments

Performances diagnostiques

Sensibilité du test sali-     72,7 % [39-94]       ND                                            C2 :87,1 % [79,6-93,5]   ND                    ND
vaire

Si IC pas fournie, préciser
le nombre de patients sur
lequel a été calculé la Se

Spécificité du test sali-     95,7 % [89,2-98,8]   ND                 ND                         ND                       ND                    ND
vaire

Concordance entre le test     ND
salivaire et la RT-PCR sur
prélèvement NP ou OP :
Référence étude           402-Helgouach-2020     401-Hanson-2020         383-Leung-2020         400-Griesemer-2020           398-Byrne-2020              378-Jamal-2020

- Chez les patients positifs   ND                   93,8 % [86,0-97,9]                               79/93                     12/14 (85 %) IC non         Total : 44/91 (48 %)
                                                                                                                               fourni                      0-7 jrs : 14/18 (78 %)
                                                                                                                                                           8-14jrs : 21/43 (49 %)
                                                                                                                                                           >=15jrs : 9/30 (30 %)

- Chez les patients néga-      ND                   97,8 % [95,3-99,2]                               ND                        96/98 (97 %) IC non         Total : 19/91 (21 %)
tifs                                                                                                                           fourni                      0-7jrs : 1/18 (6 %)
                                                                                                                                                           8-14jrs : 5/43 (12 %)
                                                                                                                                                           >=15jrs : 13/30 (43 %)

- Autres résultats             ND                   Concordance entre les   Overall agreement :      Combinaison sa-                                       Total patients positifs
                                                    deux tests : k=0,912    78,9 % [69,1-86,4].      live+sécrétion nasale                                 avec NP uniquement :
                                                    [0,86-0,96]             Concordance entre les    pour augmenter la dé-                                 20/91 (22 %)
                                                                            deux tests : k=0,58      tection, avec sensi C2
                                                                                                                                                           Total patients positifs
                                                                            [0,42-0,74]              =94,6 % [89,2-98,9].
                                                                                                                                                           avec salivaire unique-
                                                                            Sur la population des    ARN viral stable dans
                                                                                                                                                           ment : 8/91 (9 %)
                                                                            29 patients confirmés    salive 7 jours à + 4°c
                                                                            COVID : 20/61 prélè-     et T ambiante
                                                                            vements étaient dis-
                                                                            cordants (12 patients
                                                                            concernés), parmi les-
                                                                            quels 13 prélèvements
                                                                            salive + avec NP -

Observations                                        Une autre technique                              Sensi salive seule =      D’autres prélèvements       Délai entre symptômes
                                                    d'amplification a été                            sensi sécrétion nasale    ont également été re-       et collection des
                                                    utilisée : TMA                                   seule : 87,1 %.           cueilli à J2 et J 28. 110   échantillons chez les
                                                                                                     Choix de comparer les     paires de prélève-          91 patients :
                                                                                                     sensi des divers prélè-   ments (salive vs            0-7 jours (n=18)
                                                                                                     vements uniquement        OP/NP) ont été re-          8-14 jours (n=43)
                                                                                                     sur pop à forte préva-    cueilli à J0, 14 à J2, et   >=15 jours (n=30)
                                                                                                     lence (41 %)              6 paires à J28.             Brief report
Tableau 4. Analyse des études 2020 de Oberding, Vila, Akgun-Dogan, Pasomsub, Williams et Mc Cormick-Baw.

Référence étude                  408-Oberding-2020              391-Vila-2020    396-Akgun-Dogan-       386-Pasomsub-2020            394-Williams-2020      384-McCormick-Baw-
                                                                                       2020                                                                        2020

2020

Cohorte prospective avec        Non                       Oui                   Non                     Oui                         Oui                     Oui
statut du patient vis-à-vis
de la maladie était inconnu
du médecin et du patient
au moment de l’inclusion
(suspicion de COVID-19 :
diagnostic ou dépistage)

Si oui, inclusion de pa-        Non                       Oui                                           Non                         ND                      Oui pour les patients
tients de manière consécu-                                                                                                                                  aux urgences
tive ou protocolisée pour
éviter les biais

Etude de cas-témoins ou         Oui                       Non                   Oui                     Non                         Non                     Non
série de cas (= le statut du
patient vis-à-vis de la mala-
die était connu au moment
de l’inclusion) - statut de
COVID-19 authentifié

Autre schéma (à préciser)       Note de recherche : In-                         Patients hospitalisés   Etude transversale, les     Inclusion de patients   Inclusion de patients
                                clusion des patients                            pour symptômes :        critères d'inclusion: pa-   de     statut inconnu   avec suspicion et des
                                ayant déjà reçu un diag                         avant admission, 98     tients présentant des       (centre de dépistage    patients  hospitalisés
                                de COVID-19, sans                               RT-PCR      NP    pos   ATCD de fièvre eu de        clinique)               dans une unité de
                                autre précision                                 (49 %) et 102 RT-PCR    symp respi aigue avec                               COVID positif
                                                                                NP nég                  a) ATCD de voyage en
                                                                                                        zone endémique dans
                                                                                                        les 14 jours ou b)
                                                                                                        ATCD de contact avec
                                                                                                        une personne ayant eu
                                                                                                        ou suspect de COVID-
                                                                                                        19

L’objectif était-il précisé ?   Oui                       Oui                   Oui                     Oui                         Oui                     Oui
Référence étude                   408-Oberding-2020              391-Vila-2020       396-Akgun-Dogan-        386-Pasomsub-2020            394-Williams-2020          384-McCormick-Baw-
                                                                                           2020                                                                             2020

Si oui, quel était-il ?

1) faire aussi bien que le       ND                        Oui                      Oui                      Non                        Non                          Non
NP en matière de perf diag
(étude d'équivalence)

2) éviter les faux-nég du NP     ND                        Non                      Non                      Non                        Non                          Non
car le prélèvement est déli-
cat et peut ne pas « rappor-
ter » de virus alors qu’il est
présent (étude supériorité)

3) autre (lequel)                Inciter les labos à ex-   Faciliter les prélève-   Auto-prélèvement sali-   Evaluer la corrélation     Evaluer la faisabilité et    Valider le test salivaire
                                 plorer d'autres types     ments, faire face à de   vaire évite contamina-   de la détection du         l'utilité de la collection   pour faire le diagnostic,
                                 d'échantillons car pé-    potentielles pénuries    tion du personnel        SRAS-COV-2          dans   salivaire en ambula-         recherche d'alternative
                                 nurie                     d'écouvillons                                     des échantillons de sa-    toire pour détecter le vi-   aux NP car pénurie
                                                                                                             live et des prvlts NP et   rus
                                                                                                             de gorge

Les auteurs ont-ils décrit le    Non                       Non                      Non                      Non                        Non                          Non
calcul du nombre de sujets
nécessaires en adéquation
avec l’objectif de l’étude
(avec une différence min
(ou max) souhaitée, et les
risques a et b fixés) ?

Population

Dépistage      (patients         Non                       Non                      Non                      Non                        Oui                          ND
asymptomatiques)

Préciser le contexte de dé-      Enquête    communau-                                                        Investigation   auprès     Dépistage dans un
pistage : recherche de cas       taire                                                                       d'individus symptoma-      centre de dépistage cli-
contact, contrôle dans des                                                                                   tiques se présentant       nique dédié
aéroports/gares/…, opéra-                                                                                    dans une clinique pen-
tions de dépistage, autre                                                                                    dant l'épidémie
(préciser)
Référence étude                     408-Oberding-2020             391-Vila-2020            396-Akgun-Dogan-   386-Pasomsub-2020       394-Williams-2020      384-McCormick-Baw-
                                                                                                 2020                                                               2020

Diagnostic      (symptoma-      Oui                         Oui                        Oui                    Oui                    ND                      Oui
tiques)

Précisez la sévérité des        du 3ème au 16ème            Patients    recrutés   à   Admission à hôpital    Patients en ambula-    Ambulatoire             Une partie aux ur-
symptômes (ambulatoire          jour après apparition       l'hôpital                  moyennement sévères    toire, médiane d'app                           gences et une partie
versus hospitalisation)         des symptômes                                                                 des sympt 3 jours                              hospit

Suivi de la maladie (confir-    ND                          Non                        Oui                    Non                    Non                     Non
mer la guérison)

Test index

Test sur prélèvement sali-      Oui                         Oui                        Oui                    Oui                    Oui                     Oui
vaire

Précisez la nature du prélè-    Gargarisme, crachat         Crachats 500µl mini-       Crachat                Crachat sans toux      Crachat 1 ou 2ml dans   Salive et non expecto-
vement salivaire (crachat,      de 3 ml de solution sa-     mum                                                                      un pot de 25ml          ration si possible dans
gargarisme,        pipettes,    line normale                                                                                                                 contenant stérile >1 ml
éponge…)                                                                                                                                                     après 30 min de restric-
                                                                                                                                                             tion cigarette, aliment,
                                                                                                                                                             boisson

Méthode d’analyse               dd-PCR (PCR digitale        RT-PCR (2 méthodes         RT-PCR                 RT-PCR                 RT-PCR                  RT-PCR
                                en gouttelettes)            d'analyse en ont utili-
                                                            sée incativation ther-
                                                            mique et mélange
                                                            enzymatique)

Nombre de gènes ciblés          1                           1                          2                      2                      ND                      2 (E et N2)
par le test

Un seuil de positivité a-t-il   Oui (limite inf théorique   Non                        Oui CT ≤ 29            Oui CT=38              Non                     ND
été fixé par les auteurs ?      de détection entre 2et 4
                                copies par réaction)

Si oui, les auteurs ont-ils     Oui (CT≤ 34)                                           Non                    Non
justifié a priori ce choix ?

Délai de rendu du résultat      ND                          ND                         24 h                   4h                                             30 à 51 min
Référence étude                    408-Oberding-2020           391-Vila-2020       396-Akgun-Dogan-   386-Pasomsub-2020    394-Williams-2020      384-McCormick-Baw-
                                                                                         2020                                                            2020

Référence (comparateur)

Test RT-PCR                    Oui                       Oui                   Oui                    Oui                 Oui                     Oui

Prélèvement         nasopha-   ND                        Oui                   Oui                    Oui                 Oui                     Oui
ryngé (NP)

Prélèvement oropharyngé        ND                        Oui                   Oronasopharyngé        Oui                 Non                     Non
(OP)

Nombre de gènes ciblés         1                         1                     2                      2
par le test

Réalisation des deux tests

Les résultats de chacun        ND                        Non                   ND                     Oui                 Non                     ND
des tests a été rendu en
ignorant le résultat de
l’autre test

Les deux tests ont été réa-    Oui                       Oui                   Oui                    Oui                 Non                     Oui
lisés sur le même patient

Les deux tests ont été réa-    ND                        Oui                   Oui                    Oui                 Oui                     Non
lisés au même moment

Si non, préciser le délai      ND                                                                                                                 ND
entre les deux tests (en
jours)

Résultat utilisé pour classer les patients (gold standard)

Pour les patients positifs :   ND                        Oui                   Oui NP                 Oui                 Oui                     Oui
RT-PCR sur prélèvement
NP ou OP

Si autre, décrire              Les auteurs décrivent                                                                      Tous les NP + sont
                               les résultats des posi-                                                                    confirmés par labo de
                               tifs aux 2 tests (RT-                                                                      référence local
                               PCR et dd-PCR)
Référence étude                      408-Oberding-2020         391-Vila-2020       396-Akgun-Dogan-   386-Pasomsub-2020    394-Williams-2020    384-McCormick-Baw-
                                                                                         2020                                                          2020

Pour les patients négatifs :     ND                      Oui                   Oui NP                 Oui                 ND                    Oui
RT-PCR sur prélèvement
NP ou OP

Si autre, décrire

Résultat de l'étude

Population de l’étude

Nombres de patients in-          12                      51                    200                    200                 622                   156 paires d'échantil-
clus                                                                                                                                            lons

Nombre de patients symp-         12                      51                    200                    200                 ND                    ND
tomatiques

Nombre    de    patients         0                       0                     0                      0                   ND                    ND
asymptomatiques

Nombre de patients testés        12                      51                    98                     200                 622                   156
par test NP ou OP

Nombre de patients testés        12                      51                    98                     200                 39                    156
par le test salivaire

Nombre de patients clas-         ND                      ND                                           ND
sés positifs par le gold
standard (si autre que le
comparateur)

Nombre patients classés          9 (75 %)                37                    55                     19/200              39/622                49
positifs par la RT-PCR sur
                                                                                                                          6,3 % [4,6-8,5]
prélèvement NP ou OP

Nombre patients classés          12 (100 %)              Non fourni            35                     18/200              33/39                 47
positifs par le test salivaire
                                                                                                                          84,6 % [70,0 -93,1]

Prévalence dans la popula-       ND                      72 %                  49 % (de 200)          9-9,5 %                                   11,10 %
tion de l’étude (%)
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