Estimation de l'efficacité des vaccins contre la COVID-19 sur les hospitalisations dues à une infection respiratoire aiguë sévère (IRAS) associée ...
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Estimation de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 sur les hospitalisations dues à une infection respiratoire aiguë sévère (IRAS) associée à une infection par le SARS- CoV-2 confirmée en laboratoire Évaluation à l’aide de la méthodologie du test négatif Document d’orientation
Version originale publiée en anglais en 2021 par le Bureau régional OMS de l’Europe sous le titre :
Estimating COVID-19 vaccine effectiveness against severe acute respiratory infections (SARI)
hospitalisations associated with laboratory-confirmed SARS-CoV-2: an evaluation using the test-negative
design: guidance document
(WHO/EURO:2021-2481-42237-59012)
© Organisation mondiale de la Santé 2021. Certains droits réservés. La présente publication est disponible
sous la licence CC BY-NC-SA 3.0 IGO.Table des matières
Remerciements ............................................................................................................................................ iv
Abréviations .................................................................................................................................................. v
Résumé d’orientation .................................................................................................................................. vi
1. Généralités ............................................................................................................................................ 1
2. Objectifs ................................................................................................................................................ 2
2.1. Objectif principal 2
2.2. Objectifs secondaires 2
3. Méthodes .............................................................................................................................................. 3
3.1. Exploitation des systèmes de surveillance des IRAS existants pour estimer l’efficacité des vaccins
contre la COVID-19 3
3.2. Population concernée par la surveillance des IRAS 3
3.3. Durée de la surveillance pour réaliser une analyse de l’efficacité des vaccins contre la COVID-194
3.4. Critères de jugement 4
3.5. Définition des cas d’IRAS 5
3.6. Identification des patients atteints d’une IRAS – algorithme d’inclusion des patients 5
3.7. Méthodes de laboratoire 9
3.8. Antécédents concernant la vaccination 10
3.9. Renseignements complémentaires à recueillir auprès des patients atteints d’une IRAS 11
3.10. Considérations éthiques 13
3.11. Données 13
3.12. Informations à recueillir auprès des patients atteints d’une IRAS (voir l’annexe 1) 13
3.13. Analyse des données 17
4. Limites ................................................................................................................................................. 22
4.1. Biais éventuels 22
4.2. Représentativité des sujets 24
4.3. Mobilisation communautaire 24
5. Annexes ............................................................................................................................................... 25
Annexe 1. Questionnaire pour les patients atteints d’une IRAS 25
Annexe 2. Liste des codes de la CIM-9 et de la CIM-10 pour les pathologies chroniques préexistantes 33
Annexe 3. Liste, définitions et codage des variables ; ensemble de données minimales sur l’efficacité des
vaccins contre la COVID-19 en milieu hospitalier 38
Annexe 4. Groupement des données 50
Annexe 5. Informations supplémentaires pour effectuer une méta-analyse 60
Références bibliographiques ...................................................................................................................... 61iv
Remerciements
Le Bureau régional OMS de l’Europe a dirigé l’élaboration du présent document, en collaboration avec
Angie Rose (Epiconcept) et Pernille Jorgensen, Mark Katz ainsi que Richard Pebody (Bureau régional OMS
de l’Europe). Le Bureau régional OMS de l’Europe a mis en place un comité ad hoc d’experts qui a fourni
des orientations stratégiques et participé directement à la rédaction du protocole. Le Bureau régional
OMS de l’Europe remercie les membres suivants du comité d’experts (par ordre alphabétique) :
1. Nick Andrews, Public Health England, Royaume-Uni ;
2. Melissa Arvay, US Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA, États-Unis
d’Amérique ;
3. Sabrina Bacci, Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Stockholm, Suède ;
4. Ed Belongia, Marshfield Clinic, Wisconsin, États-Unis d’Amérique ;
5. Alessandro Cassini, Organisation mondiale de la Santé (Siège), Genève, Suisse ;
6. Ben Cowling, Hong Kong School of Public Health, Hong Kong ;
7. Daniel Feikin, Organisation mondiale de la Santé (Siège), Genève, Suisse ;
8. Wiebke Hellenbrand, Robert Koch Institute, Allemagne ;
9. Kari Johansen, Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Stockholm, Suède ;
10. Esther Kissling, Epiconcept, Paris, France ;
11. Arnold Monto, University of Michigan School of Public Health, Michigan, États-Unis d’Amérique ;
12. Alain Moren, Epiconcept, Paris, France ;
13. Francisco Nogareda, Organisation panaméricaine de la santé, Washington DC, États-Unis
d’Amérique ;
14. Hanna Nohynek, THL, Helsinki, Finlande ;
15. Pasi Penttinen, Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Stockholm, Suède ;
16. Sheena Sullivan, Doherty Institute, Melbourne, Australie ;
17. Marta Valenciano, Epiconcept, Paris, France ;
18. Marc-Alain Widdowson, Institut de médecine tropicale, Anvers, Belgique.
Cette publication a bénéficié du soutien du programme Unity Studies de l’OMS, une initiative mondiale
de normalisation séro-épidémiologique.v Abréviations CIM Classification internationale des maladies COVID-19 maladie à coronavirus 2019 IRAS infection respiratoire aiguë sévère OR odds ratio RT-PCR amplification en chaîne par polymérase en temps réel SARS-CoV-2 coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère
vi Résumé d’orientation Bien des questions fondamentales demeurent quant à l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 en situation réelle. Seules des études sur l’efficacité des vaccins menées après leur introduction peuvent y apporter des réponses. Le présent document d’orientation propose une approche permettant d’exploiter les systèmes de surveillance des infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) existants en vue d’estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 dans la prévention des IRAS associées à une infection par le SARS-CoV-2 confirmée en laboratoire. Cette approche utilise la méthodologie du test négatif pour évaluer l’efficacité des vaccins ; les cas sont des patients atteints d’une IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’est avérée positive, et les témoins sont des patients atteints d’une IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’est avérée négative. Comme dans le cadre de la surveillance des IRAS actuelle, les patients présentant une IRAS hospitalisés dans les établissements sélectionnés pour assurer ce type de surveillance peuvent être recrutés s’ils répondent à la définition des cas d’IRAS de l’OMS. Un échantillon de sécrétions respiratoires doit être prélevé chez ces patients dans les 48 heures suivant leur admission à l’hôpital. Des données sur leurs caractéristiques sociodémographiques, leurs antécédents de pathologies aiguës, leur évolution clinique à l’hôpital et leurs antécédents concernant la vaccination contre la COVID-19 peuvent être également collectées. Le présent document propose qu’une surveillance renforcée des IRAS soit mise en œuvre pendant un minimum de six mois, mais de préférence sur une période plus longue, afin de permettre l’obtention d’estimations de l’efficacité vaccinale. Les méthodes ici décrites conviennent aussi pour obtenir des estimations de l’efficacité des vaccins contre la grippe. Ce document d’orientation propose également la réalisation d’une analyse de données groupées pour la région OMS/Europe, ce qui suppose que les systèmes de surveillance des IRAS collectent un ensemble minimal de données portant sur des variables similaires.
1. Généralités Depuis l’émergence, fin 2019, du nouveau coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS- CoV-2), à l’origine de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), la pandémie de COVID-19 est à l’origine de plus de 140 millions de cas et a provoqué trois millions de décès dans le monde (1). Après la pandémie de grippe à virus A(H1N1)pdm09 en 2009, plusieurs États Membres de l’OMS/Europe ont mis en place une surveillance sentinelle des infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) pour la grippe. Dans ces systèmes de surveillance, des données sur des cas individuels (pour l’ensemble ou un sous-ensemble des patients) sont collectées de manière systématique afin de suivre la sévérité et la charge de la maladie, d’identifier les virus associés à des tableaux cliniques sévères, et de déterminer les facteurs de risque des formes graves de la maladie. Ces systèmes ont également été utilisés comme plateformes pour estimer l’efficacité des vaccins sur les hospitalisations liées à des IRAS associées à la grippe. L’OMS a conseillé aux pays qui disposent déjà d’un système de surveillance sentinelle de la grippe en milieu hospitalier d’adapter leur système de manière à assurer également une surveillance des cas graves d’infection par le SARS-CoV-2 (2), et de collecter, lorsque cela est possible, des données permettant de mesurer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19. Lorsqu’ils sont effectués dans le cadre d’une surveillance systématique, le dépistage systématique du SARS-CoV-2 et la collecte de données sur les patients hospitalisés atteints d’une IRAS permettent d’évaluer, après leur homologation, l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 à prévenir les formes graves de la maladie. Les partenaires à qui sont destinés les résultats issus d’un système de surveillance des IRAS capable d’évaluer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 comprennent les ministères de la santé, les praticiens en santé publique, les cliniciens et les organisations internationales œuvrant dans le domaine de la santé publique. L’évaluation de la performance des vaccins contre la COVID-19 après leur homologation est essentielle, car un certain nombre de facteurs peuvent avoir un impact sur l’efficacité vaccinale dans le monde réel, notamment la présence d’une variabilité dans la chaîne du froid pendant le transport et le stockage des vaccins, le mode d’administration des vaccins, l’âge avancé des personnes vaccinées et la présence de pathologies sous-jacentes, ainsi que la présence d’une infection antérieure par le SARS- CoV-2. En outre, les évaluations des vaccins contre la COVID-19 après leur homologation permettront aux autorités de santé publique a) de déterminer la durée de protection des vaccins et donc la nécessité (et la fréquence) de la revaccination, b) d’estimer le niveau de protection contre les formes graves de la maladie et les décès, c) d’évaluer l’efficacité relative des différents types de vaccins et des doses uniques, et d) d’évaluer l’efficacité des vaccins contre de nouveaux variants émergents de virus. Ce document d’orientation propose de renforcer la collecte des données réalisée dans le cadre des systèmes existants de surveillance des IRAS. Il explique comment les systèmes existants de surveillance hospitalière des IRAS peuvent être adaptés pour collecter des données permettant d’estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 chez les personnes de tous âges. Il est conçu de manière à être utilisé pour élaborer des protocoles spécifiques à chaque site. Il décrit en détail des méthodes de collecte et d’analyse des données sur les patients vaccinés et non vaccinés élaborées selon la « méthodologie du test négatif », dans laquelle les cas sont des patients atteints d’une IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’avère positive, et les témoins sont des patients atteints d’une IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’avère négative.
2
Le présent document ne fait qu’énoncer des principes généraux ; les directives spécifiques énoncées
par chaque pays dans le but d’estimer l’efficacité des vaccins via la surveillance des IRAS dues à la
COVID-19 devront être décrites en détail dans des directives ou des protocoles spécifiques à chaque
site. Ce document d’orientation doit de préférence être utilisé en complément des systèmes de
surveillance sentinelle des IRAS mis en place au niveau national par le ministère de la santé ou par un
autre organisme de santé publique. Le travail de surveillance des IRAS pour mesurer l’efficacité des
vaccins doit être mené conformément aux directives de l’OMS concernant les questions éthiques dans
la surveillance de la santé publique (3). Des autorisations ou des dérogations formelles doivent être
obtenues auprès du comité d’éthique de la même manière que pour les systèmes de surveillance des
IRAS existants. Les procédures de surveillance doivent protéger les intérêts des patients et minimiser
les risques et les effets délétères prévisibles pour les patients.
2. Objectifs
2.1. Objectif principal
L’objectif principal est de mesurer l’efficacité globale des vaccins contre la COVID-19 sur l’infection par
le SARS-CoV-2 confirmée en laboratoire chez les patients hospitalisés atteints d’une IRAS et
appartenant au(x) groupe(s) cible(s) pour la vaccination contre la COVID-19.
Les protocoles ou les lignes directrices spécifiques à chaque site doivent inclure une description des
types de patients atteints de COVID-19 qui sont hospitalisés de manière systématique, conformément
aux directives locales ou nationales du ministère de la santé ou à la politique de l’hôpital.
2.2. Objectifs secondaires
• Estimer l’efficacité globale et spécifique de chaque vaccin contre la COVID-19 sur les
infections par le SARS-CoV-2 confirmées en laboratoire nécessitant une hospitalisation
chez les patients atteints d’une IRAS dans les différents groupes cibles pour la vaccination
contre la COVID-19 en fonction des éléments suivants :
o Tranche d’âge ;
o Sexe ;
o Groupes à risque (par exemple, pathologies chroniques spécifiques) ;
o Temps écoulé depuis la vaccination ;
o Nombre de doses de vaccin reçues (1 ou 2) ;
o Certains variants génétiques particuliers du SARS-CoV-2.
• Estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 vis-à-vis de critères de jugements
correspondant à des états graves (par exemple, les admissions dans une unité de soins
intensifs ou la mortalité à l’hôpital).
• Comparer l’efficacité de différents types de vaccins contre la COVID-19.3
• Identifier les facteurs potentiels qui peuvent modifier l’efficacité des vaccins contre la
COVID-19, notamment les éléments suivants :
o Pathologies chroniques ;
o Résidence dans un établissement de soins de longue durée ;
o Traitement par des statines ou d’autres médicaments au long cours ;
o Degré d’exposition professionnelle ou communautaire au SARS-CoV-2 ;
o Infection antérieure par le SARS-CoV-2.
• Les méthodes décrites dans ce document peuvent également être utilisées pour estimer
l’efficacité du vaccin contre la grippe.
3. Méthodes
3.1. Exploitation des systèmes de surveillance des IRAS existants pour
estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19
• L’analyse de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 est basée sur les informations
recueillies par les systèmes de surveillance des IRAS existants. Elle se fait sur la base d’une
étude cas-témoins avec/par test négatif, une méthodologie utilisée depuis 10 ans pour
estimer l’efficacité annuelle des vaccins contre la grippe. Le principe est d’évaluer les
résultats des tests de recherche du SARS-CoV-2 chez les personnes qui répondent à la
définition standard des cas d’IRAS, et de classer les personnes chez qui la recherche du
SARS-CoV-2 s’avère positive dans la catégorie des « cas » et celles chez qui cette
recherche s’avère négative dans la catégorie des « témoins ».
3.2. Population concernée par la surveillance des IRAS
• La population concernée par la surveillance sera composée de personnes de tous âges
hospitalisées avec des symptômes d’IRAS dans un hôpital faisant partie du réseau de
surveillance des IRAS. Cette population a été ciblée en raison de l’intérêt qu’il y a à mieux
connaître l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 pour la prévention des formes graves
de cette maladie, ainsi qu’en raison de l’intérêt et de la commodité qu’il y a à tirer parti
des systèmes existants de surveillance des IRAS pour obtenir des estimations de
l’efficacité des vaccins contre la COVID-19.
• L’analyse de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 ne doit inclure que des patients
atteints d’une IRAS qui appartiennent au(x) groupe(s) cible(s) du pays pour la vaccination
contre la COVID et qui ne présentent aucune contre-indication à cette vaccination.4
3.3. Durée de la surveillance pour réaliser une analyse de l’efficacité des
vaccins contre la COVID-19
La période de surveillance pertinente commence lorsque les vaccins contre la COVID-19 sont
disponibles dans le pays. Elle doit se poursuivre jusqu’à ce que les niveaux de transmission diminuent
pour atteindre un niveau faible pendant une période prolongée.
Compte tenu de l’évolution constante de la situation relative à la COVID-19 (tant au niveau mondial
que local) et du caractère imprévisible de l’intensité de la transmission au moment où les vaccins
deviendront disponibles en 2021, il est recommandé de prévoir une période de surveillance d’au
moins six mois, même si cette période devrait dans l’idéal être plus longue.
3.4. Critères de jugement
Le critère de jugement d’intérêt pour l’analyse primaire sera la détection du SARS-CoV-2 chez les
patients de tous âges hospitalisés avec des symptômes d’IRAS. L’infection par le SARS-CoV-2 doit être
confirmée en laboratoire par un test PCR attesté réalisé soit dans les 48 heures suivant l’admission à
l’hôpital, soit dans les 14 jours précédant cette admission.
Les critères de jugement secondaires comprennent la présence ou non de variants génétiques du
SARS-CoV-2 chez les patients de tous âges hospitalisés atteints d’une IRAS. La possibilité d’évaluer ce
type de critère dépendra sans doute de la capacité à réaliser un séquençage génétique.
Les autres critères de jugement comprennent les marqueurs suivants de la gravité de la maladie au
cours de l’hospitalisation :
• Durée de l’hospitalisation ;
• Utilisation d’une supplémentation en oxygène ;
• Admission dans une unité de soins intensifs ;
• Ventilation artificielle ;
• Décès à l’hôpital ;
• Signes cliniques de pneumonie ;
• Accélération grave de la fréquence respiratoire (>30 respirations par minute) ;
• Saturation en oxygène5
3.5. Définition des cas d’IRAS
3.5.1 Définition des cas d’IRAS
Un patient atteint d’une IRAS sera qualifié comme tel selon la définition des cas d’IRAS de l’OMS (4)
de la manière suivante :
• Personne hospitalisée atteinte d’une infection respiratoire aiguë, avec
• Des antécédents de fièvre ou une fièvre mesurée ≥38 °C
• Et de la toux
• Avec une apparition des symptômes au cours des 10 derniers jours.
Une durée minimum d’hospitalisation de 24 heures est nécessaire pour considérer qu’une personne
est hospitalisée.
3.5.2 Critères d’inclusion
● Répond à la définition des cas d’IRAS ;
● Fait partie d’un groupe cible pour la vaccination contre la COVID-19 à la date
d’admission à l’hôpital ;
● Ne présente pas de contre-indications pour la vaccination contre la COVID-19.
3.5.3 Critères d’exclusion
Un patient atteint d’une IRAS ne sera pas recruté dans l’analyse de l’efficacité des vaccins contre la
COVID-19 si l’une ou plusieurs des conditions suivantes sont remplies :
● Présente une contre-indication au vaccin contre la COVID-19 ;
● Ne remplit pas les critères pour recevoir un vaccin contre la COVID-19 au moment de
son admission à l’hôpital (c’est-à-dire n’appartient pas à un groupe cible pour cette
vaccination) ;
● Ne peut pas bénéficier d’un prélèvement par écouvillonnage en raison d’une déviation
grave du septum, d’une obstruction ou de toute autre pathologie constituant une
contre-indication à la réalisation d’un écouvillonnage ;
● A des antécédents d’hospitalisation au cours des 14 jours précédant cette admission à
l’hôpital (y compris s’il a été transféré d’un autre hôpital).
3.6. Identification des patients atteints d’une IRAS – algorithme d’inclusion
des patients
Les patients atteints d’une IRAS seront identifiés parmi les patients hospitalisés pendant au moins
24 heures dans l’un des hôpitaux participants, conformément aux protocoles nationaux en vigueur
applicables à la surveillance sentinelle des IRAS. Les patients qui remplissent les critères d’inclusion
doivent être recrutés, et un échantillon de sécrétions respiratoires doit être prélevé dans les 48 heures
suivant leur admission à l’hôpital.6
3.6.1 Stratégies de recrutement
Les stratégies de recrutement doivent suivre les stratégies en vigueur pour la surveillance des IRAS.
Dans une première approche, les membres de l’équipe de surveillance, qui peuvent être des médecins,
des infirmiers ou d’autres professionnels de la santé, peuvent inviter les patients à participer à la
surveillance. Comme dans le cas de la surveillance systématique des IRAS, il faut indiquer clairement
aux patients quels aspects de la collecte de données sont liés à la surveillance et quels aspects sont
liés à leur prise en charge clinique à l’hôpital.
Pour les systèmes de surveillance des IRAS qui utilisent les dossiers électroniques des patients où les
codes du système de la Classification internationale des maladies (CIM) sont utilisés de manière
systématique, les patients susceptibles d’être atteints d’une IRAS peuvent être identifiés pour une
sélection plus approfondie en utilisant les codes CIM pertinents (Tableau 1), (Figure 1).
Toute information concernant un patient provenant du dossier médical d’un hôpital, d’un registre de
vaccination ou d’une autre source doit être collectée conformément aux procédures décrites et
approuvées dans le protocole validé, ou bénéficier d’une dérogation accordée par le comité local
d’examen éthique, conformément aux lignes directrices de l’OMS sur les questions éthiques relatives
à la surveillance de la santé publique.
Dans les hôpitaux où les codes CIM ne sont pas collectés ou accessibles de manière systématique au
moment de l’admission, une sélection peut être réalisée de manière systématique chez tous les
patients admis (Figure 1).7
Figure 1. Algorithme de sélection des patients atteints d’une IRAS
Patients hospitalisés
Vérifier si le patient répond à la définition des cas
d’IRAS et remplit les critères d’inclusion/exclusion
Patients hospitalisés remplissant les critères
pour être recrutés
Consentement
Patients inclus dans l’évaluation de
l’efficacité des vaccins sur les IRAS8
Tableau 1. Liste des codes de diagnostic pouvant déclencher un dépistage des symptômes d’IRAS
chez les patients conformément à la définition des cas
Catégorie Morbidité CIM-9 CIM-10
Toux 786.2 R05
Difficulté à respirer 786.05 R06
Maux de gorge 784.1 R07.0
Dysphagie 787.20 R13
Syndrome grippal Fièvre 780.6 R50.9
Céphalées 784.0 R51
Myalgie 729.1 M79.1
R53.1, R53.81,
Fatigue/malaise 780.79 R53.83
Emphysème 492 J43.9
Bronchopneumopathie chronique
496 J44.9
obstructive
Asthme 493 J45 (en)
Myalgie 729.1 M79.1
Troubles
Dyspnée/anomalie respiratoire 786.0 R06.0
respiratoires
Anomalie respiratoire 786.00 R06.9
Essoufflement 786.05 R06.02
Tachypnée 786.06 R06.82
R06.00, R06.09,
Autres anomalies respiratoires 786.09
R06.3, R06.89
Infarctus aigu du myocarde ou
Troubles cardiopathie ischémique aiguë 410-411, 413-414 I20-23, I24-25
cardiovasculaires
Insuffisance cardiaque 428 à 429.0 I50, I51
Pneumonies et grippe 480-488.1 J09-J18
Autres infections aiguës des voies
respiratoires inférieures 466, 519.8 J20-J22
Infections Infection virale, sans précision 790.8 B34.9
Infection bactérienne, sans précision 041.9 A49.9
Myocardite 429.0 I40.9
Bronchite 490, 491 J40, 419
SRIS* non infectieux sans
995.93 R65.10
dysfonctionnement aigu d’un organe
Inflammation
SRIS* non infectieux avec
995.94 R65.11
dysfonctionnement aigu d’un organe
R43.0, R43.2,
Autres Anosmie, agueusie, myalgie 781.1, 729.1
M79.1
*SRIS : syndrome de réponse inflammatoire systémique
Conformément aux procédures locales de surveillance sentinelle des IRAS, les patients répondant à la
définition des cas d’IRAS seront invités à donner leur consentement pour participer à la surveillance
des IRAS, dans le respect des dispositions éthiques locales en matière de consentement éclairé. Un
échantillon nasal, nasopharyngé et/ou de gorge, ou un autre type d’échantillon (par exemple, de la
salive) doit être prélevé chez tout patient qui répond à la définition de cas des IRAS afin d’effectuer un
test de recherche du SARS-CoV-2. Dans les hôpitaux participant à la surveillance des IRAS, des
échantillons de sécrétions respiratoires sont parfois collectés de manière systématique et testés pour
rechercher la présence du SARS-CoV-2 chez tous les patients hospitalisés présentant des symptômes
respiratoires ; il ne sera alors pas nécessaire de collecter d’échantillons supplémentaires.
Lorsque les ressources sont limitées, l’identification des patients atteints d’IRAS peut se faire
uniquement certains jours de la semaine (par exemple, avec un recrutement des patients un jour sur
deux, ou seulement deux jours par semaine). Les approches spécifiques à adopter pour le recrutement
de patients atteints d’IRAS doivent être préparées à l’avance et dûment consignées. Le recours à un
échantillonnage de commodité n’est pas recommandé, car celui-ci peut introduire des biais.
En fonction des objectifs du système de surveillance mis en place, des informations concernant des
symptômes supplémentaires peuvent être également collectées chez ces patients. L’évaluation peut
inclure les symptômes figurant dans la dernière définition des cas de COVID-19 de l’OMS (5).
3.7. Méthodes de laboratoire
Comme dans le cas des systèmes de surveillance systématique des IRAS, le personnel de santé formé
doit prélever des échantillons de sécrétions respiratoires chez tous les patients remplissant les critères,
en respectant les normes de sécurité relatives à la COVID-19 et en suivant les lignes directrices de
l’OMS en matière de sécurité biologique (6).
Une recherche du SARS-CoV-2 par RT-PCR doit être effectuée sur chaque échantillon.
Selon les directives et les capacités en matière de tests au niveau national, un séquençage génétique
doit être effectué sur un échantillon systématique des prélèvements qui s’avèrent positifs au test PCR.
Si un séquençage n’est réalisé que sur un sous-groupe de cet échantillon, il convient de veiller à ce que
celui-ci soit représentatif des cas d’IRAS inclus dans la surveillance (7).
Lorsqu’un séquençage est effectué, les séquences génétiques doivent également être téléchargées sur
la plateforme EpiCoV de la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) disponible en libre
accès. Certaines des informations génétiques analysées, comme le nom du clade génétique et la10
provenance des échantillons (dans le cadre de la surveillance sentinelle ou hors surveillance
sentinelle), peuvent également être incluses dans la base de données épidémiologiques.
La collecte et le stockage des substances biologiques et des données connexes doivent se faire
uniquement en collaboration avec les hôpitaux et les autorités sanitaires, sur la base des procédures
actuelles des systèmes de surveillance des IRAS.
La plupart des prélèvements d’échantillons de sécrétions respiratoires effectués à des fins de
surveillance des IRAS dans le but d’étayer les estimations de l’efficacité des vaccins seront pratiqués
dans le cadre des activités cliniques habituelles. On expliquera aux participants que la prise en charge
de ces échantillons se fera en conformité avec les politiques de l’hôpital en matière de gestion des
échantillons cliniques. Lorsque les échantillons de sécrétions respiratoires sont collectés à des fins de
surveillance et non à des fins cliniques, on expliquera de manière systématique au participant la façon
dont ces échantillons seront pris en charge ; les politiques doivent être conformes aux protocoles
existants pour la prise en charge des échantillons collectés dans le cadre de la surveillance des IRAS.
Les résultats des tests de recherche du SARS-CoV-2 par PCR doivent être communiqués aux
participants dès qu’ils sont disponibles. La surveillance étant effectuée au sein même de l’hôpital, la
diffusion des résultats doit se faire conformément à la politique de chaque établissement.
3.8. Antécédents concernant la vaccination
3.8.1 Détermination du statut vaccinal vis-à-vis de la COVID-19
Pour chaque patient atteint d’une IRAS, il convient d’enregistrer les dates d’administration du vaccin
contre la COVID-19, le type et le nom de la marque du vaccin utilisé, ainsi que le code de lot pour
chaque dose de vaccin administrée. La source des renseignements obtenus sur les antécédents de
vaccination doit également être consignée.
Peuvent constituer une source d’informations sur le statut vaccinal vis-à-vis de la COVID-19 et la date
de vaccination :
• Les registres de vaccination (option privilégiée) ;
• La carte de vaccination ou le dossier hospitalier du patient ;
• Un entretien avec le médecin généraliste du patient ;
• Un entretien avec le personnel de la structure ayant administré le vaccin ;
• Des données provenant de la compagnie d’assurance du patient attestant de la
délivrance ou du remboursement du vaccin contre la COVID-19.
Pour obtenir des informations sur le statut vaccinal et sur les caractéristiques des vaccins utilisés, il est
déconseillé de n’avoir comme seule source que la déclaration du patient.11
3.9. Renseignements complémentaires à recueillir auprès des patients
atteints d’une IRAS
3.9.1 Pathologies chroniques préexistantes
Il convient de recueillir des informations sur les pathologies sous-jacentes qui constituent des facteurs
de risque de survenue d’une forme grave de COVID-19 (voir le Tableau 2 ci-dessous).
Tableau 2. Liste des pathologies sous-jacentes ayant été identifiées comme facteurs de risque de
survenue d’une forme grave de COVID-19
Pathologies chroniques
Cancer*
Cardiopathie chronique, à l’exception de l’hypertension*
Hypertension
Maladie rénale chronique*
Maladie hépatique chronique*
Maladie respiratoire chronique*
Asthme
Diabète*
Immunodépression, y compris celle due à la greffe d’un organe solide*
Maladie neurologique, y compris les maladies cérébrovasculaires*
Obésité*
Maladie rhumatologique
Anémie ou autre anomalie sanguine
Tuberculose
*Pathologies à risque décrites comme faisant partie des groupes prioritaires pour la vaccination par le
Groupe consultatif technique européen d’experts en matière de vaccination (en anglais European
Technical Advisory Group of Experts on Immunization, soit ETAGE) de l’OMS lors de sa réunion virtuelle
des 11 et 12 novembre 2020 (8).
3.9.2 Identification des agents de santé
Il convient de déterminer si les patients atteints d’une IRAS sont ou non des agents de santé. Les agents
de santé peuvent être définis selon les indications contenues dans les documents d’orientation publiés
par l’OMS (9) ou selon les directives nationales utilisées pour définir les agents de santé remplissant
les conditions requises pour faire partie de la population cible pouvant bénéficier d’une vaccination
contre la COVID-19.
Étant donné qu’il a été démontré que les travailleurs essentiels et les agents de première ligne
présentent un risque accru de développer une forme grave de COVID-19, il convient de déterminer si
le patient est un travailleur essentiel.12
3.9.3 Mode d’hébergement (établissement de soins de longue durée ou au domicile)
Il convient de recueillir des informations sur le mode d’hébergement, car il a été démontré que les
résidents des établissements de soins de longue durée présentent un risque plus élevé de contracter
une forme grave de COVID-19. Ces populations ont donc été classées comme prioritaires pour
bénéficier de la vaccination.
3.9.4 Hospitalisations et visites ambulatoires au cours de l’année précédant
l’hospitalisation
Afin de connaître le comportement du patient en matière de recours aux soins ainsi que la sévérité
des pathologies sous-jacentes et de prendre en compte ces informations lors de l’analyse, il convient
de recueillir des informations sur le nombre d’hospitalisations au cours des 12 mois précédant
l’admission à l’hôpital.
3.9.5 Infections antérieures par le SARS-CoV-2
Étant donné qu’une infection antérieure par le SARS-CoV-2 est associée à une immunité contre les
infections ultérieures, il convient de recueillir des informations sur les infections antérieures par le
SARS-CoV-2. Les diagnostics antérieurs d’infections par le SARS-CoV-2 liés à la maladie actuelle et les
diagnostics d’infections par le SARS-CoV-2 antérieurs à l’épisode actuel doivent être enregistrés.
3.9.6 Vaccinations contre la grippe et vaccinations antipneumococciques antérieures
Il convient de recueillir, lorsqu’elles sont disponibles, des informations sur les vaccins reçus contre la
grippe et les maladies pneumococciques (vaccin polysaccharidique contre le pneumocoque et vaccin
conjugué contre le pneumocoque), dates de vaccination y comprises.
3.9.7 Déficience fonctionnelle/fragilité
L’existence d’une fragilité peut être associée à la fois à la vaccination et au risque de développer des
symptômes graves en cas d’infection par le virus responsable de la COVID-19. Il existe différentes
façons de rendre compte de la présence d’une déficience fonctionnelle. Lorsque cela est possible, il
est recommandé d’utiliser l’indice de Barthel (10).
3.9.8 Appartenance ethnique (facultatif)
D’après certaines études, certains groupes ethniques seraient plus à risque, soit d’être infectés par le
virus responsable de la COVID-19, soit de développer une forme grave de cette maladie. Des
informations sur le groupe ethnique, pertinentes dans le contexte du système de surveillance, peuvent
également être recueillies auprès des patients atteints d’une IRAS.
3.9.9 Prise de médicaments pour le traitement d’une ou de plusieurs pathologie(s)
chronique(s) (facultatif)
Des informations sur les médicaments (nom, quantité et fréquence des prises) administrés au patient
au cours des trois derniers mois pour le traitement de pathologies chroniques doivent être consignées.
3.9.10 Comportement en rapport avec la santé publique et les mesures sociales (facultatif)
Une observance insuffisante des mesures de santé publique et des mesures sociales (comme la distanciation
physique, l’évitement des lieux très fréquentés, le port du masque ou les mesures d’hygiène des mains) peut
entraîner une augmentation du risque d’infection. Il est possible que les personnes qui n’observent pas de13
manière systématique les mesures sociales et de santé publique soient moins susceptibles de se faire
vacciner contre la COVID-19. Lorsque cela est possible, il convient de recueillir des informations sur le respect
de la distanciation physique, du port du masque et des mesures d’hygiène des mains.
3.9.11 Situation socioéconomique ou dénuement (facultatif)
Il a été démontré que les personnes de faible niveau socio-économique, susceptibles de vivre dans la
promiscuité, d’avoir un accès limité à une alimentation de qualité et de présenter davantage de
comorbidités, courent un risque plus élevé d’être infectés et de développer une forme grave de la
maladie. Elles peuvent également être moins à même d’accéder aux services de vaccination. Lorsque
cela est possible, il est donc recommandé de recueillir des informations sur le statut socio-économique
des patients atteints d’une IRAS.
3.10. Considérations éthiques
La collecte des données pour l’analyse de l’efficacité vaccinale sera effectuée dans le cadre de la
surveillance continue des IRAS, laquelle constitue une pratique de routine de santé publique. Il
conviendra toutefois de demander l’approbation du ou des comités d’éthique locaux compétents, ou
de solliciter une dérogation.
3.11. Données
3.11.1 Sources des informations
Les données doivent être recueillies à l’aide d’un questionnaire/formulaire de collecte de données
standardisé. Elles peuvent être obtenues à partir de la ou des sources suivantes :
• Dossiers médicaux des hôpitaux ;
• Entretien avec le patient ou sa famille ;
• Entretien avec le médecin généraliste du patient ;
• Entretien avec le pharmacien ayant administré le vaccin ;
• Registre de vaccination ;
• Laboratoire.
⮚ Les protocoles locaux doivent décrire les sources d’information utilisées pour chaque variable
collectée ainsi que les limites potentielles de ces sources de données.
3.12. Informations à recueillir auprès des patients atteints d’une IRAS (voir
l’annexe 1)
Les informations suivantes doivent être recueillies auprès des patients atteints d’une IRAS :
• Informations concernant l’hôpital
o Pays, hôpital
o Groupes cibles pour la vaccination
o Premier service d’hospitalisation vers lequel le patient a été orienté
o Admission dans un service de soins intensifs/un autre service14
• Caractéristiques du patient (groupe ethnique, facultatif)
• Signes, symptômes
o Actuels
o Symptômes cliniques antérieurs (si aucun test préalable n’a été effectué)
• Dates
o Vaccination (contre la COVID-19, la grippe, les maladies pneumococciques)
o Apparition des symptômes
o Admission, sortie
o Prélèvement par écouvillonnage
• Laboratoire
o Type de prélèvement par écouvillonnage (nasopharyngé, expectorations, etc.)
(facultatif)
o Type de test
o Résultats (comprenant des informations sur les analyses génétiques, le cas
échéant)
o Test PCR ou test antigénique antérieur positif pour le SARS-CoV-2, si possible
(pour les analyses de sensibilité)
• Pathologies chroniques sous-jacentes, notamment l’obésité (voir les sections 3.9.1
et 3.9.4)
o Utilisation de médicaments pour le traitement de pathologies chroniques
(facultatif)
o Nombre d’hospitalisations pour une pathologie chronique au cours des 12 mois
qui précèdent (facultatif)
o Nombre de visites chez le médecin généraliste au cours des 3 mois qui
précèdent (facultatif)
• Présence du virus de la grippe ou d’autres virus respiratoires
• Vaccination et antiviraux
o Vaccination dans le contexte de la pandémie, en incluant le nombre de doses,
les dates, les produits utilisés
o Vaccination actuelle contre la grippe
o Statut de la vaccination antipneumococcique, type de vaccin et date ou année
de vaccination (facultatif)
o Administration d’antiviraux (facultatif)15
• État fonctionnel, ou indication indirecte en fonction du mode de logement (voir la
section 3.9.7)
• Lieu (par exemple, établissement de soins de longue durée)
• Statut socio-économique ou état de dénuement (facultatif)
3.12.1 Informations concernant le système de surveillance et le patient
Les informations suivantes doivent être enregistrées :
● Pays, site, groupe(s) cible(s) prioritaire(s) pour la vaccination
● Hôpital (remarque : le nom réel de l’hôpital ne sera pas enregistré ; un numéro unique
sera attribué par chaque pays participant à chaque hôpital, afin de pouvoir procéder à
des ajustements par hôpital lors des analyses)
● Numéro d’identification unique du patient [remarque : ne pas utiliser d’identifiant
permettant d’identifier le patient (comme la date de naissance ou le numéro
d’identification national), mais un identifiant unique pour la base de données groupées]
3.12.2 Informations concernant l’hôpital/le service
Les informations suivantes doivent être enregistrées :
● Date d’apparition des symptômes et dates d’admission, de sortie, de décès du patient
● Premier service d’hospitalisation vers lequel le patient a été orienté
● Tout séjour à l’hôpital (pour une pathologie chronique préexistante) au cours des
12 mois qui précèdent (facultatif)
● Date du prélèvement par écouvillonnage/de collecte de l’échantillon
3.12.3 Caractéristiques du patient
Les informations suivantes doivent être enregistrées :
● Âge
● Sexe
● Antécédents de tabagisme
● Grossesse
● Agent de santé
● Profession (facultatif)
● Score de fragilité clinique au moment de l’admission (lorsque cela est possible ; voir la
section 3.9.10) (facultatif)
● Groupe ethnique (facultatif)
● Risque d’exposition
o Utilisation du masque, hygiène des mains, distanciation sociale
● Statut socio-économique ou état de dénuement (facultatif)16
3.12.4 Caractéristiques cliniques (symptômes et marqueurs de gravité)
Il convient de recueillir les caractéristiques cliniques qui entrent dans la définition de cas de l’OMS de
l’IRAS (4) et de cas suspect de COVID-19 (5).
Il convient de recueillir les informations suivantes relatives aux hospitalisations liées à une IRAS et
pouvant être utilisées pour indiquer la gravité :
● Durée du séjour à l’hôpital
● Utilisation d’oxygène
● Admission dans une unité de soins intensifs
● Ventilation invasive
● Décès
Les informations suivantes concernant la maladie et l’hospitalisation liées à une IRAS doivent être
enregistrées :
• Date d’apparition du premier symptôme clé
• Informations sur le(s) test(s) COVID-19 et les résultats de laboratoire, y compris les
informations sur les analyses génétiques, lorsqu’elles sont disponibles
• Date de vaccination
• Date du prélèvement par écouvillonnage (pour permettre une estimation de la durée entre
l’apparition de la maladie et la réalisation de ce prélèvement, et une stratification en fonction
de ce paramètre)
• Date d’admission à l’hôpital (pour permettre une estimation du délai entre l’apparition de la
maladie et l’hospitalisation, et une stratification en fonction de ce paramètre, ainsi que la
mesure de la durée du séjour à l’hôpital)
• Date de sortie/décès (pour permettre la mesure de la durée du séjour à l’hôpital).
3.12.5 Validation de la saisie des données
Pour les hôpitaux utilisant des dossiers médicaux informatisés alors que les informations sont
collectées sur des questionnaires papier, un échantillon de ces questionnaires doit être validé à l’aide
des données des dossiers médicaux informatisés et de la base de données de surveillance.
⮚ Les procédures utilisées pour la validation des données doivent être décrites dans les
protocoles locaux.
3.12.6 Gestion des données
Saisie et transfert de données
La collecte des données peut se faire en ligne ou sur papier. La saisie des données doit comporter des
contrôles afin de minimiser les erreurs de saisie. Lorsque la collecte des données se fait sur formulaire
papier, il est recommandé de réaliser une double saisie des données.17
Stockage et gestion des données pour une analyse individuelle par pays
Une validation, un nettoyage et une vérification des données doivent être effectués à intervalles
réguliers.
Stockage et gestion des données pour une méta-analyse
Une méta-analyse des données provenant des systèmes de surveillance sentinelle des IRAS de la
région sera effectuée à l’intention du Bureau régional OMS de l’Europe. Comme dans le cadre de la
surveillance habituelle des IRAS, les données supplémentaires sur les patients atteints d’IRAS
pertinentes pour le calcul des estimations de l’efficacité des vaccins peuvent être transmises à
l’OMS/Europe par le biais de la plateforme TESSy. Les données relatives aux IRAS pertinentes pour le
calcul des estimations de l’efficacité des vaccins qui auront été transmises à l’OMS/Europe seront
analysées collectivement, comme cela est actuellement le cas pour les données groupées sur les IRAS.
L’OMS/Europe jouera un rôle de coordination dans ce travail, comme elle l’a fait avec les systèmes de
surveillance des IRAS existants dans les États Membres.
De plus amples informations sur les méta-analyses se trouvent au chapitre 4.
Quels que soient les plans prévus pour les méta-analyses, toutes les procédures de gestion des
données doivent être conformes aux lois nationales applicables en matière de sécurité des données.
3.13. Analyse des données
3.13.1 Patients atteints d’une IRAS confirmés comme cas de COVID-19 (cas confirmés)
Un cas confirmé de COVID-19 doit être défini comme un patient hospitalisé présentant des symptômes
d’IRAS ainsi qu’un test (PCR uniquement) positif pour le SARS-CoV-2 réalisé sur un échantillon de
sécrétions respiratoires prélevé soit dans les 48 heures suivant son admission à l’hôpital, soit dans les
14 jours précédant son admission à l’hôpital (document à l’appui).
3.13.2 Groupe témoin primaire : patients atteints d’une IRAS chez qui le test de recherche du
SARS-CoV-2 s’avère négatif
Par définition, les sujets du groupe témoin primaire seront les patients hospitalisés avec des
symptômes d’IRAS et présentant un test PCR négatif pour le SARS-CoV-2 réalisé sur un échantillon de
sécrétions respiratoire prélevé au moment de leur admission à l’hôpital et jusqu’à 48 heures après leur
admission. Les témoins auront de préférence été testés négatifs dans les 14 jours précédant leur
admission à l’hôpital.
Les patients atteints d’une IRAS chez qui le test de recherche du SARS-CoV-2 s’avère négatif au
moment de leur admission (témoins) et qui ont signalé une infection antérieure par le SARS-CoV-2 au
cours des trois mois précédant leur admission doivent être exclus des témoins utilisés dans les analyses
de sensibilité. En outre, des analyses de sensibilité doivent être effectuées avec un groupe témoin ne
comprenant que des patients atteints d’IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2, au moment du
recrutement dans l’étude et jusqu’à sept jours avant le recrutement, s’est avérée négative.Vous pouvez aussi lire
