Base de données des liens espèce-habitat : présentation et utilisations possibles - Camille Gazay, Julien Touroult
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Base de données des liens
espèce-habitat :
présentation et utilisations
possibles
Camille Gazay, Julien Touroult
Service du Patrimoine Naturel
Muséum national d’Histoire naturelle
21/11/2016 – RT Forêt ONB
Le projet : Caractérisation des relations Espèce – Habitat naturel
Objectifs
• Conception d’une base de connaissance sur la relation Espèce-Habitat
• Développement et description du contenu
• Mise en place de méthode(s) pour identifier et renseigner ces relations
Cadre
Convention avec le Ministère de l’écologie (DEB/DIT)
Objectifs : faire parler la cartographie des habitats en terme de potentiel de présence, y
compris pour faciliter les études d’impacts.
Sept. 2014 Février 2016 Déc. 2016 1 fois/an
Comité de Conception et Rapport de Publication de la
Mise à jour
pilotage remplissage présentation base de données
Améliorations
de la base (dans HABREF v.3)
Les concepts sous-jacents
Les scientifiques et les gestionnaires s’intéressent depuis longtemps à décrypter les
relations entre les espèces et les habitats. C’est même l’une des principales bases de
l’écologie.
D’un point de vue théorique, l’habitat « écologique » est l’ensemble des conditions
environnementales permettant la survie et la reproduction d’une espèce ; il est spécifique
à chaque espèce (sa niche écologique, l’habitat d’espèce).
Les principaux mécanismes influençant la présence de l’espèce dans un tel habitat sont
donc liés uniquement aux possibilités de colonisation des sites :
• la présence de l’espèce dans le pool régional ;
• la connectivité de l’habitat.
Les concepts sous-jacents
habitat
Source : Jeanmougin et al., 2014.
Les concepts sous-jacents
De façon opérationnelle, l’habitat est souvent décrit à partir des unités de végétation
(phytosociologie mais aussi à travers des données de télédétection et/ou de mode
d’occupation du sol).
Ces classifications ou typologies catégorisent l’environnement en différentes classes, qui
ne représentent plus toujours une entité optimale pour une espèce. On parle alors
d’habitat catégoriel.
Outre les possibilités de colonisation, les mécanismes importants qui influencent la
présence d’une espèce dans ces habitats catégoriels sont :
• les filtres locaux environnementaux :
• la végétation et l’espèce cible partagent-elles les mêmes optimums physico-
chimiques et climatiques?
• les interactions biotiques locales :
• la végétation héberge-t-elle une ou plusieurs espèces indispensables de façon
directe ou indirecte à la survie ou la reproduction de l’espèce cible ?
La base de données des relations Espèce-Habitat
Espèce présente
Parnassius mnemosyne (Linnaeus, 1758) G4.6 - Forêts mixtes à [Abies]-[Picea]-[Fagus]
Type de relation
Espèce Habitat
Conditions de validité de la relation :
• Stade de développement : adulte, juvénile, larve
• Type d’activité : alimentation, reproduction
• Conditions biogéographiques (qui influe nt sur la relation) : montagnard, méditerranéen…
• Structure de l’habitat : présence de micro-habitats particuliers…
Groupes et méthodes utilisées
Trois catégories de sources de données :
• Modélisations et analyses statistiques ;
• Synthèses bibliographiques ;
• Expertises naturalistes.
Groupes traités Nb d’espèces Type de source Principales sources utilisées
Rhopalocères Environ 300 Expertise, Bibliographie Base de données de Pascal Dupont SPN/MNHN ; MACIEJEWSKI et al., 2015
Base de données SfO ; HEIDEMANN & SEIDENBUSH 2002 ; GRAND & BOUDOT
Analyse de données,
Odonates Environ 100 2006 ; TROCKUR et al. 2010 ; WILDERMUTH et al. 2005 ; GOFFART et al. 2006 ;
expertise, bibliographie
BROCHARD et al. 2012
Amphibiens Environ 30 Bibliographie LESCURE & DE MASSARY 2012 ; DUGUET & MELKI (ed.), 2003
Espèces DHFF Environ 250 Expertise, bibliographie Cahiers d’habitats et bibliographie
Espèces aquatiques
Environ 75 Expertise, bibliographie Cahiers d’habitats et bibliographie
protégées
Oiseaux Environ 300 Expertise, bibliographie Cahiers d’habitats Oiseaux
Hétérocères Environ 1600 Bibliographie Guide des Papillons nocturnes de France (ROBINEAU et al., 2007)
Orthoptères 261 taxons Bibliographie BELLMAN & LUQUET 2009 ; CHOPARD 1951 ; SARDET, ROESTI & BRAUD 2015. Groupes et méthodes utilisées
Odonates SfO – Opie
Base de données d’occurrence de la SfO
• Analyses statistiques : calcul d’un indice de spécialisation des espèces, recherche des habitats
odonatologiques caractéristiques…
• Recherches bibliographiques
• Mise en correspondance avec les habitats EUNIS
Oiseaux nicheurs
• Démarche exploratoire à partir de données de distribution (INPN, Atlas…)
• Analyse des Cahiers d’habitats Oiseaux et expertise
• Publication d’un article avec 10 coauteurs
Rhopalocères
• Base de données de Pascal Dupont (travaux de terrain, bibliographie, expertise)
plusieurs listes selon la force de la relation Composition de la base de relations espèces-habitats EUNIS
Nb de taxons : 2533 Nb de liens : 15588
Coléoptères 6 Poissons et 10000
lamproies 23
Reptiles 34 9000
Mollusques 6 Amphibiens
Crustacés 2 33 8000
Mammifères
57 7000
Odonates 87 6000
5000
Lépidoptères 4000
Rhopalocères
248 3000
2000
Lépidoptères Oiseaux 278 1000
Hétérocères
1471 0
Orthoptères
288
9 Elaboration de listes forestières
Plusieurs façons d’élaborer des listes :
• Selon la définition de la forêt (par ex. ensemble des habitats EUNIS G,…)
• Selon le degré de spécialisation des espèces (liste large vs liste réduite)
IGD – Indicateurs de gestion Base des liens EUNIS
durable des forêts françaises
1 Espèces strictement Spécialiste stricte Espèce sténoèce inféodée à un seul type d’habitat précis et lié à
forestières ou plus des conditions particulières.
fréquemment présentes en
Spécialiste Espèce sténoèce à niche écologique étroite et présente dans un
milieu forestier
nombre très restreint de types d’habitats.
Sélective Espèce oligoèce démontrant une préférence marquée pour un
type d’habitat particulier.
2 Espèces au comportement Présente Espèce présente dans un nombre restreint de types d’habitats
mixte, se localisant de façon à sans préférence marquée pour l’un d’entre eux.
peu près équilibrée en milieu
forestier et dans des milieux Euryèce Espèce présente dans de nombreux types d’habitats sans
ouverts préférence marquée. L’espèce est relativement indifférente vis-à-
vis du type d’habitat (ubiquiste). Elaboration de listes forestières
Comparaison avec les listes d’espèces forestières des IGD – Indicateurs de gestion durable des
forêts (travail préalable effectué en 2015)
Equivalences retenues :
« Forêt » IGD ↔ EUNIS « Habitats G »
Code IGD = 1 ↔ Sélective/Spécialiste (stricte) pour les habitats G dans EUNIS
Code IGD = 2 ↔ Euryèce/Présente pour les habitats G dans EUNIS
Comparaison pour les espèces présentes dans les deux listes
• Cohérence
• Incohérence faible (espèce forestière stricte dans une liste et non stricte dans l’autre…)
• Incohérence forte (espèce strictement forestière dans une liste et non forestière dans
l’autre, ou spécialiste d’un habitat non forestier…)
11 Elaboration de listes forestières
Comparaison avec les listes d’espèces forestières des IGD – Indicateurs de gestion durable
des forêts (travail préalable effectué en 2015)
Cohérence
Incohérences faibles 25
Incohérence faible
Différences de définition de la forêt ou du Incohérence forte
155
degré de spécialisation de l’espèce
Par ex., espèces présentes dans des habitats
associés à la forêt (zones herbacées ou
arbustives intra-forestières, ourlets
forestiers…) 457
Incohérences fortes
Souvent dues à l’évolution des connaissances
entre l’établissement des deux listes
Expertise et corrections dans la base de
données
12 Elaboration de listes forestières
Espèces présentes en forêt (habitats G) dont 18 % d’espèces sélectives/spécialistes
Nb de taxons : 908
Amphibiens Nb de taxons : 137
Reptiles 12 14
Coléoptères
5 Lépidoptères Orthoptères Proportion d’espèces sélectives/spécialistes
Mollusques 1 Rhopalocères 39
16
Lépidoptères Hétérocères
Mammifères
41 Oiseaux
Mammifères
Orthoptères
Oiseaux 121
Lépidoptères Rhopalocères
Amphibiens
Reptiles
Coléoptères
Lépidoptères
Hétérocères Mollusques
659
0 20 40 60 80 100 Elaboration de listes forestières
Améliorations possibles
• Affiner la définition de la forêt
Restreindre aux habitats G1 à G4 uniquement (« habitats forestiers »)
NB : Les habitats G5 (alignements, petits bois anthropiques, stades initiaux et coupes récentes)
représentent moins de 8 % des liens et 1 % des taxons.
Elargir : grands parcs urbains (X11), matorrals arborescents (F5.1)
• Prendre en compte d’autres relations Espèce-Habitat (phytosociologie en particulier)
Espèces caractéristiques, espèces indicatrices des Cahiers d’Habitats, espèces
diagnostiques EUNIS…
‒ Déjà disponibles dans HABREF
‒ Evaluer le risque qu’une espèce caractéristique d’un habitat forestier ne soit pas globalement
une spécialiste forestière
Détection des incohérences et corrections
Sur la méthode de sélection des espèces pour les listes forestières
Sur les relations sources : base de données des liens espèce-habitat Perspectives
Perspectives d’améliorations
• Arrêter une méthode, la documenter et extraire annuellement d’HABREF deux listes de
référence pour chaque grands milieux (au sens EFESE).
• Compléter avec de nouveaux groupes taxonomiques, en 2017 :
– Flore vasculaire
– Araignées.
• On est demandeurs :
– De retours précis sur les listes, par des experts ;
– De traitement d’autres groupes pour abonder le projet. Perspectives
Pour en savoir plus :
Sur les concepts et leurs limites :
JEANMOUGIN M., PLATTNER G., PORCHER E., JULLIARD R., TOUROULT J., PONCET L., 2014.
Synthèse bibliographique des changements d’échelles cartographiques et des relations
écologiques entre les espèces et leurs habitats. Rapport SPN2014-54, MNHN, Paris, 83 p.
Sur l’approche pratique :
LEGROS B., ICHTER J., CELLIER P., HOUARD X., LOUBOUTIN B., PONCET L., PUISSAUVE R.,
TOUROULT J., 2016. Caractérisation des relations Espèce-Habitat naturel et gestion de
l’information. Guide méthodologique. Version 1. Rapport SPN 2016-1, MNHN, Paris, 38 p.
http://spn.mnhn.fr/servicepatrimoinenaturel/publications/rapports_spn
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