Coronavirus associé au Middle-Est Respiratory Syndrome - CPIAS Normandie
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Astrid Vabret
Laboratoire de Virologie, CHU de Caen
Centre National de Référence
pour les paramyxoviridae et la rougeole
EA4655 Unité de Recherche Risques Microbiens
Université de Caen Basse-Normandie
Coronavirus
associé au
Middle-Est
Respiratory
Syndrome
Réseau Régional d’Hygiène, jeudi 7 novembre 2013, Centre des Congrès Caen
MERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
MERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
20 septembre 2012 : Dr Zaki,
microbiologiste, annonce Online, sur
le site ProMED qu’un nouveau
coronavirus a été identifié
MERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
Juin 2012 : Cas index chez un homme de 60 ans
Admis à l’Hôpital Soliman Fakeeh à Djeddah, en Arabie Saoudite.
Décès le 24 juin.
Patient 1
Publié le 17 octobre 2012
Patient n°1 : homme de 60 ans, sans antécédent notable
Djeddah, Arabie Saoudite, hospitalisation le 13 juin 2012
Infection respiratoire sévère
Et défaillance rénale aiguë
Décès à J+11
Virus obtenu en culture
cellulaire
Identification moléculaire d’un
Admission J+2 virus du genre coronavirus
MERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
26 septembre 2012 : l’équipe de Ron
Fouchier à Rotterdam dépose la séquence
complète du nouveau coronavirus dans
GenBank : betacoronavirus 2c EMC/2012
EMC : Erasmus Medical Center
γ δ
β
α
Arbre phylogénique non enraciné séquences coronavirus
MERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
22 septembre 2012 : the UK Health
Protection Agency confirme un cas
n°2
originaire du Qatar : nCoV
Patient 2
Publié le
4 octobre 2012
Homme Qatari de 49 ans sans antécédent notable. Aucun lien épidémiologique avec patient 1
MERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
27 septembre 2012 : publication des
premiers tests diagnostiques moléculaires
par une équipe allemande
Corman VM et al., Eurosurveillance.orgTests diagnostiques : dépistage et confirmation. Agent classe 3
+ techniques sérologiques IF conventionnelle sur cellules Vero B4 infectées
Ou cellules Vero B4 transfectées par plasmides d’expression S et N HCoV-EMC
+ Werstern Blot avec protéines S et N recombinantes.
Corman VM et al, Eurosurveillance 27.09.2012 / Eurosurveillance 06.12.12MERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
24 Avril 2012 : 13 cas groupés de pneumopathies non étiquetées à
l’hôpital d’Amman, Jordanie. Cas index : étudiant 21 ans, début des
symptômes le 21 mars 2012, hospitalisation le 5 avril
Tests rétrospectifs en Novembre 2012 : HCoV-EMC chez 2 cas
mortels.MERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
23 novembre 2012 : l’Arabie Saoudite
déclare un groupe de 4 nouvelles infections.
Trois sont confirmées HCoV-EMC +.
2 décès
+ nouveau cas au QatarMERS-CoV :
l’émergence , année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
3 décembre 2012 : l’OMS (Suisse) incite à
une surveillance des infections à
coronavirus, avec investigation des cas
suspectsMERS-CoV :
l’émergence, année
2012
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
Fin 2012: 9 cas confirmés d’infections respiratoires sévères à HCoV-EMC, avec :
8 patients / 9 sont des hommes de 25 à 70 ans
5 cas avec insuffisance rénale aiguë
5 décès
Zone géographique : Qatar, Arabie Saoudite, et Jordanie15 mai 2013 Mise à jour de la taxonomie : dénomination commune MERS-CoV : Middle Est Respiratory Syndrome associated coronavirus
Menace : MERS-CoV : un « remake » ? Coronavirus associé au SRAS ou SARS-CoV : Emergence en novembre 2002 en Chine du Sud Circulation jusqu’en août 2003 Existence de superpropagateurs 8000 cas, 800 morts Mortalité ≈ 50% chez les > 65 ans Coùt du contrôle de la pandémie estimé à 30 – 60 billions de dollars Connaissance de la biologie du SARS-CoV : cycle de réplication, récepteur, évolution
Pandémie SARS-CoV 2002-2003 : réservoir naturel et intermédiaire
1
SARS-CoV
3
2
Le réservoir naturel du virus serait les chauve-souris (genre Rhinolophus). Les civettes masquées paguma larvata
sont les hôtes intermédiaires contaminés lors de leur passage sur les marchés vivants, à l’origine de la
contamination de l’hommeSuper propagateurs et transmission respiratoire directe et indirecte +++
MERS-CoV : 4 novembre 2013 : 150 Cas, 63 décès. Mortalité 42% Nature, Butler D., 19 septembre 2013
Situation au 24 septembre 2013 (source ECDC) 133 cas, dont 60 mortels 2 à 94 ans, avec une médiane à 50 ans 62% sont de sexe masculin : augmentation du nombre de cas féminins En Arabie Saoudite : sex ration M/F = 1,21 Cas nosocomiaux : 24%
Facteur de risque de décès de l’infection par MERS-COV :
existence de comorbiditésDistribution des cas confirmés d’infections à MERS-COV. Avril 2012 au 24 septembre 2013
Mise en évidence d’un cluster nosocomial à Al-Ahsa
23 cas confirmés et 11 cas probables : patients, 5 familles proches et 2 soignants
Unité d’hémodialyse, unités de soins intensifs, service d’urgences
Chaine de transmission :
• 1 patient avec 7 cas secondaires
• 1 patient avec 3 cas secondaires
• 4 patients avec 2 cas secondaires chacun
Incubation de 1,9 à 14,9 jours
Mise en évidence de cas a ou pauci-symptomatiques chez des soignants
(majoritairement des femmes sans pathologie sous-jacente)
Mise en place d’une alerte sanitaire pour dépister le plus précocément
possible les cas possibles et suspectsLancet 2013 Patient 1 : patient index Patient 2 : cas secondaire Homme de 64 ans Homme de 51 ans 9 – 17 avril 2013 : voyage organisé Dubai Hospitalisé le 26 avril pour ATCD : diabète, greffe rénale en 1998 thrombose veineuse profonde Traitement par Ciclosporine, Cellcept et Aucun ATCD de voyage corticoïdes HTA, dyslipidémie, pathologie Sigmoïdite fin 2012 nécessitant corticoïdes depuis Hospitalisé pour fièvre et diarrhées juin 2012 Chambre partagée (20 m2) pendant 3 jours, lits distants de 1,5 m, patient 1 confiné au lit, patient 2 mobile Pas de nébulisation générée. Pas de protection particulière (masque, gants, casaques, visites)
Décès le 28 mai 2013
Importance du prélèvement pour le diagnostic +++ : intérêt des prélèvements respiratoires bas (site de réplication du virus)
Scénarios de transmission pour le MERS-CoV (1)
La transmission interhumaine, et donc le potentiel épi- ou pandémique, est quantifiable par le R0
R0 = nombre moyen de cas secondaires causés par le patient index dans une population susceptible
R0 < 1 : un seul franchissement de barrière d’espèce à partir du réservoir animal génère
un cluster de cas chez l’homme, mais ne peut générer une amplification durable du virus
chez l’homme (extinction des chaines de transmissions)
Contrôle de l’émergence si contrôle du réservoir animal
Cauchemez et al. 2013Scénarios de transmission pour le MERS-CoV (2) R0 > 1, mais épidémie non installée : après franchissement de barrière d’espèce à partir du réservoir animal, chaînes de transmission interhumaine possibles mais fragiles si R0 proche de 1 (
Scénarios de transmission pour le MERS-CoV (3)
R > 1 et épidémie installée : le nombre de cas chez l’homme va augmenter de façon
exponentielle dans le temps
Importance du GT ou « generation time » : délai entre l’infection du patient index et des
cas secondaires (délai d’incubation)
Contrôle de l’épidémie si contrôle de la transmission interhumaine : détection rapide, isolement
Cauchemez et al. 2013Coronavirus : un très large spectre d’hôte, un réservoir animal potentiel étendu
γ
δ
OC43 1966
β HKU1 2005
MERS-CoV 2012
OC43 α
229E 1966
SARS-CoV 2003
NL63 20042010 : Betacoronavirus (VM314/2008) de Pipistrellus pipistrellus bat
aux Pays-Bas : 88% identité nt avec HCoV-EMC dans RdRp 332 nt
(ORF1b) Reusken CB et al., 2010, Vector Borne Zoonotic Dis
A paraître en novembre 2013 dans Emerging Infectious Diseases :
Memish ZA et al., 2013, Vol 19, Number 11
MERS-CoV in Bats, Saudi Arabia : Prélèvements en Octobre 2012 et
Avril 2013 : 28% CoV ARN prevalence, MERS-CoV chez 1 chauve-
souris (Taphozous perforatus), 100% d’identité nucléotidique sur 190 ntSources majeures de viande et de lait au Moyen-Orient : vaches, chèvres, moutons, et
dromadaires
Dromadaires de courses
N = 105 Iles Canaries (2 élevages) + N = 50 Oman (« retired racing camels »).
Ac neutralisant anti-MERS-CoV (à priori spécifiques) : 100% des dromadaires d’Oman et 15M
des dromadaires des Iles Canaries
Pas de détection direct edu MERS-CoV
Dromadaires : réservoir MERS-CoV like ?
Acquisition de la capacité à infecter les cellules
respiratoires humaines ? Acquisition du domaine de
liaison au récepteur DPP4 humain ?Cotten M. et al., Lancet 2013
Plusieurs génotypes
MERS-CoV circulants.
L’étude montre qu’il
existe une transmission
interhumaine limitée et
plusieurs
franchissements de
barrière d’espèce à partir
d’une source encore
inconnue
MRCA = juillet 2011
R0 estimé à 0.65
Pas de signalement
d’évènements de
superpropagationMass Gathering Medecine : une nouvelle forme de médecine
Conclusions
MERS-CoV : alerte sanitaire en cours OMS / OIE / FAO
Définitions des cas suspects et possibles : critères cliniques, incubation, contact
Importance de la zone géographique concernée
Accréditation des laboratoires pour la réalisation des tests virologiques
Parcours patients et enquête épidémiologique
Arabie Saoudite, Bahreïn, Emirats
Arabes Unis, Irak, Iran, Israël,Jordanie,
Koweït, Liban, Oman, Qatar, Syrie,
Territtoires Palestiniens occupés,
Yémen Bangladesh, Egypte, Inde,
Indonésie, Népal, Pakistan,
Philippines, Sri Lanka, SoudanVous pouvez aussi lire
