MERS-COV : MIDDLE-EST RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS
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MERS-CoV :
Middle-Est Respiratory
Syndrome Coronavirus
Astrid Vabret
CEMI 19 Laboratoire de Virologie, CHU de Caen
Centre de Référence National de Référence
4 avril 2019 pour les paramyxoviridae et la rougeole
Institut Pasteur - Paris EA4655 Unité de Recherche Risques Microbiens
Université de Caen Basse-Normandie
MERS-CoV : histoire d’une émergence
Contact Homme -
Emergence récente (2012) liée à l’infection Réservoir animal
de l’homme par un virus nouveau
Pathologie respiratoire grave
Franchissement(s) de barrière
Emergence dans une zone géographique d’espèce
limitée au Moyen – Orient actuellement
Probable réservoir animal, plus ou complexe
: x populations animales
épidémiologiquement liées et permettant le Transmission interhumaine
maintien dans la nature du virus
R0 > 1
Le virus responsable est un coronavirus
(connaissances acquises ++)
Adaptation
Sélection des variants
Virus respiratoires émergents : 3 familles virales sous surveillance
Paramyxoviridae Coronaviridae Virus Influenza
MIB ? MIC ?
MIA
H1N1
H2N2
H3N2
H5N1
H7N9,etc
Tropisme respiratoire
HCoV « classiques » HCoV « nouveaux » HCoV « émergents »
1967 2004 - 2005 2003 et 2012
229E NL63 * SARS-CoV *
OC43 * HKU1 MERS-CoV
* : origine zoonotique
MERS-CoV : l’émergence, année 2012
Juin : cas index
Arabie Saoudite
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
20 septembre 2012 : Dr Zaki,
microbiologiste, annonce Online, sur le site
ProMED qu’un nouveau coronavirus a été
identifié
Patient 1
Publié le 17 octobre 2012
Patient n°1 : homme de 60 ans, sans antécédent notable
Djeddah, Arabie Saoudite, hospitalisation le 13 juin 2012
Infection respiratoire sévère
Et défaillance rénale aiguë
Décès à J+11
Virus obtenu en culture
cellulaire
Identification moléculaire d’un
Admission J+2 virus du genre coronavirus
MERS-CoV : l’émergence, année 2012
27 septembre 2012 :
publication des premiers tests
Juin : cas index diagnostiques moléculaires
Arabie Saoudite
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
20 septembre 2012 : Dr Zaki,
microbiologiste, annonce Online, sur le site
ProMED qu’un nouveau coronavirus a été
identifié
26 septembre 2012 : l’équipe de Ron Fouchier
à Rotterdam dépose la séquence complète du
nouveau coronavirus dans GenBank :
betacoronavirus 2c EMC/2012
Corman VM et al., Eurosurveillance.org
Coronavirus : 4 genres alpha-, beta-, gamma-, et delta-
Beta Coronavirus
Arbres phylogénétiques construits à partir de 42 séquences
complètes de génomes de coronavirus. Kin N et al., en préparation
Coronavirus : un très large spectre d’hôte, un réservoir animal potentiel étendu
γ
OC43 1966
β HKU1 2005
MERS-CoV 2012
OC43 α
229E 1966
SARS-CoV 2003
NL63 2004 Corman WN et al., 2014
Woo PC et al., J. Virol. 2014
Woo PC., EID 2014
2010 : Betacoronavirus (VM314/2008) de Pipistrellus pipistrellus bat
aux Pays-Bas : 88% identité nt avec MERS-CoV dans RdRp 332 nt
(ORF1b) Reusken CB et al., 2010, Vector Borne Zoonotic Dis
Emerging Infectious Diseases :
Memish ZA et al., 2013, Vol 19, Number 11
MERS-CoV in Bats, Saudi Arabia : Prélèvements en Octobre 2012 et
Avril 2013 : 28% CoV ARN prevalence, MERS-CoV chez 1 chauve-
souris (Taphozous perforatus), 100% d’identité nucléotidique sur 190 ntTests diagnostiques : dépistage et confirmation. Agent classe 3
5 HE S NS E M N 3
’ ’
L ORF 1a ORF 1b
M Le Gouil, JC Manuguerra, 2013
Corman VM et al, Eurosurveillance 27.09.2012 / Eurosurveillance 06.12.12MERS-CoV : l’émergence, année 2012
27 septembre 2012 :
publication des premiers tests
Juin : cas index diagnostiques moléculaires
Arabie Saoudite
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
20 septembre 2012 : Dr Zaki,
microbiologiste, annonce Online, sur le site
ProMED qu’un nouveau coronavirus a été 22 septembre 2012 : the UK
identifié Health Protection Agency
confirme un cas n°2
26 septembre 2012 : l’équipe de Ron Fouchier originaire du Qatar : nCoV
à Rotterdam dépose la séquence complète du
nouveau coronavirus dans GenBank :
betacoronavirus 2c EMC/2012
Corman VM et al., Eurosurveillance.orgMERS-CoV : l’émergence, année 2012
3 décembre 2012 : l’OMS
(Suisse) incite à une
surveillance des infections à
coronavirus, avec investigation
des cas suspects
Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
24 Avril 2012 : 13 cas groupés de
pneumopathies non étiquetées à
l’hôpital d’Amman, Jordanie. Cas index
: étudiant, début des symptômes le 21
mars 2012, hospitalisation le 5 avril
Tests rétrospectifs en Novembre 2012 :
MERS-CoV chez 2 cas mortels.Menace : MERS-CoV : un « remake » ? Coronavirus associé au SRAS ou SARS-CoV : Emergence en novembre 2002 en Chine du Sud Circulation jusqu’en août 2003 Existence de superpropagateurs 8000 cas, 800 morts Mortalité ≈ 50% chez les > 65 ans Coùt du contrôle de la pandémie estimé à 30 – 60 billions de dollars Connaissance de la biologie du SARS-CoV : cycle de réplication, récepteur, évolution
MERS-CoV : 1er avril 2014: 207 cas, 87 décès. Mortalité 42%
Prédominance masculine. > 50 ans
Augmentation progressive du nombre de cas :
Mise en place des tests de détection
I MacKay. VDUFacteur de risque de décès de l’infection par MERS-CoV :
existence de comorbidités
Source ECDC septembre 2013Distribution des cas confirmés d’infections à MERS-COV. Avril 2012 au 24 septembre 2013
Mise en évidence d’un cluster nosocomial à Al-Ahsa (1,1 M d’habitants)
N =23 cas du 1er avril au 23 mai 2013
15 décès (65% mortalité)
21 cas nosocomiaux dans 3 unités de soins
Incubation : 1,9 à 14,7 jours
Cas pauci-symptomatiques
Chaîne de transmission
hypothétique
Difficultés du diagnostic
sur prélèvement
respiratoire haut ?
Evolution de la charge
virale dans le temps ?
Assiri et al., NEJM 2013Lancet 2013
Patient 1 : patient index
Patient 2 : cas secondaire
Homme de 64 ans
Homme de 51 ans
9 – 17 avril 2013 : voyage organisé Dubai
Hospitalisé le 26 avril pour
ATCD : diabète, greffe rénale en 1998
thrombose veineuse profonde
Traitement par Ciclosporine, Cellcept et
Aucun ATCD de voyage
corticoïdes
HTA, dyslipidémie, pathologie
Sigmoïdite fin 2012
nécessitant corticoïdes depuis
Hospitalisé pour fièvre et diarrhées
juin 2012Décès le 28 mai 2013 Chambre partagée (20 m2) pendant 3 jours, lits distants de 1,5 m, patient 1 confiné au lit, patient 2 mobile Pas de nébulisation générée. Pas de protection particulière (masque, gants, casaques, visites)
Cotten M. et al., Mbio Février 2014 26 mars 2014 : 200 cas, 85 mortels
Circulation de plusieurs
clades
L’étude conclue qu’il
existe probablement
une transmission
interhumaine limitée et
plusieurs
franchissements de
barrière d’espèce à
partir d’une source
encore inconnue
tMRCA = mars 2012
R0 estimé < 1
65 séquences MERS-CoVDistribution des
différentes clades dans le
temps et l’espace
Persistance limitée de la
circulation des différentes
clades dans le temps :
absence de transmission
homme-homme soutenue
Peu de pression sélective
sur la protéine S (peu de
mutations d’adaptation)Dromadaires :
réservoir animal ?
Moyen – Orient :
Dromadaires : sources majeures de viande et de lait au Moyen-Orient (avec vaches,
chèvres, et moutons)
Ecuries de dromadaires de courses
Mise en évidence chez les dromadaires (Oman, Iles Canaries) d’anticorps réactifs contre le
MERS-CoV (Ac neutralisant)
Détection de fragments ARN MERS-CoV dans les voies respiratoires de dromadaires (Qatar)
d’un élevage dont le propriétaire a été infecté par le MERS-CoV
A signaler : Identification récente d’un nouveau CoV dans les selles de jeunes dromadaires aux
EAU : betacoronavirus clade A : le DcCoV-HKU23 (prévalence 4,8%, séroprévalence 53 %,
séroprévalence MERS-CoV 100% !)
Reusken CB et al., Lancet Infect Dis 2013. Pereira RA et al., Euro Surveil, 2013. Haagmans BL et al., Lancet Infectious Dis 2014
. Woo PC et al., EID 2014M. Le Gouil.. 2014
Beta coronavirus
Scénario le plus probable :
Réservoir impliquant chiroptères et
dromadaires ?
Multiples franchissement de
Dc CoV (entérique) ? OC43 et HKU1
SARS-CoV
barrières d’espèces à partir du
réservoir dromadaires
MERS-CoV (respiratoire) MERS-CoV
R0 < 1 chez Hommes
Pas de « super-propagateurs »
Données manquantes :
Incidence de l’infection par le
MERS-CoV dans la
population dromadaire ?
Route de transmission
Dromadaires – Hommes ?
Ferguson NM et al., 2013Consortium EPICOREM, projet ANR 2014 – 2017
Eco-epidemiology of coronaviruses from wildlife to humans
Université de Caen Basse-Normandie ANSES Nancy
EA4655 Elodie Montchatre
Astrid Vabret Franck Boué
Fabien Miszczak
Nathalie Kin François Moutou
UMR1161 ANSES, ENVA, INRA ANSES Ploufragan
Sophie Le Poder Nicolas Eteradossi
Stéphan Zientara Olivier Guionie
Institut Pasteur Paris Ecole Vétérinaire Toulouse
Meriadeg Ar Gouilh Jean-Luc Guérin
Jean-Claude Manuguerra Mariette Ducatez
Hervé Bourrhy Christine Legall-Reculé
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