COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS - Mars 2020 I Janvier 2023 - JANVIER 2023 - ANR
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COVID-19
BILAN DES ACTIONS
ET DES PROJETS
FINANCÉS
Mars 2020 I Janvier 2023
JANVIER 2023La pandémie de SARS-CoV-2 a constitué, Trois ans après la reconnaissance par l’OMS
et constitue encore, un triple défi pour de la pandémie mondiale, ce rapport, publié
la communauté scientifique. à l’occasion du colloque « COVID-19 Bilan
et perspectives de recherche », organisé par
Il s’agissait à la fois de produire en urgence l’ANR en collaboration avec l’ANRS I Maladies
des connaissances sur un nouveau virus infectieuses émergentes, le 2 février 2023, propose
de la famille des coronavirus, de prendre en un bilan des actions engagées par l’ANR pour
compte les évolutions de la situation sanitaire soutenir les travaux de recherche en urgence.
et les incertitudes qui l’accompagnent, et Ce rapport présente les trois appels à projets
de favoriser la diffusion des connaissances dédiés Flash Covid-19, Recherche Action-
au service de la gestion de l’épidémie. Covid-19 et Résilience Covid-19, analyse les
Par son ampleur, cette pandémie présente publications scientifiques, les actions de
un caractère systémique qui met en tension valorisation ou de diffusion des résultats, et
l’ensemble de la vie sociale et relationnelle, rassemble une synthèse des résultats obtenus
les activités économiques, les décisions pour les 279 projets financés.
politiques, et qui concerne l’ensemble
des acteurs collectifs. Il fait également le point sur l’inscription
de la Covid-19 dans différents appels à projets
Dès le début de la crise sanitaire mondiale, (en coopération internationale ou Appels à
l’Agence nationale de la recherche (ANR), projets génériques) et sur la prise en compte
en articulation avec le ministère de du thème des maladies infectieuses émergentes
l’Enseignement supérieur, de la Recherche et réémergentes à l’ANR depuis sa création.
et de l’Innovation (MESRI) et le consortium Il décrit aussi les nombreux travaux de
REACTing (1), s’est inscrite dans l’effort de recherche qui ont été conduits dans le cadre
recherche national pour contribuer à la de France 2030.
gestion de la pandémie.
Les missions de l’ANRS I Maladies infectieuses
L’ANR a développé, depuis mars 2020, un large émergentes et ses principales actions sur la
dispositif pour accompagner les dynamiques Covid sont également présentées.
scientifiques. Les instruments de financement
de l’ANR ont été adaptés pour répondre tant à
l’urgence de la situation qu’à la diversité et à
l’évolution continue des questions scientifiques.
1. REACTing (REsearch and ACTion targeting emerging
infectious diseases), consortium multidisciplinaire
Ces actions ont été conduites en étroite rassemblant des équipes et laboratoires d’excellence des
coordination avec REACTing, l’ANRS et, partenaires français (Inserm, IRD, Institut Pasteur, CEA,
à partir de janvier 2021, avec l’ANRS I Maladies CNRS, CIRAD…), a été mis en place par l’Inserm en 2013
infectieuses émergentes. sous l’égide d’Aviesan. Sa mission est de préparer,
d’accélérer et de coordonner la recherche sur les
maladies émergentes et les épidémies.
COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 1Préface
Sylvie Retailleau
Ministre de l’Enseignement supérieur
et de la Recherche
Le recul sur l’apparition de l’épidémie nous émergentes et les épidémies. De même,
permet de mettre en lumière l’excellence de la la préexistence de mécanisme rapide de
recherche française face à la Covid-19. À l’instar financement de la recherche préalable à la crise
des équipes soignantes, l’engagement des Covid (issu des expériences passées, notamment
acteurs scientifiques français a été majeur et l’a les épidémies de H1N1, de Chikungunya…) a
conduit à parfois radicalement modifier sa façon permis cette très grande réactivité de l’ANR.
de travailler pour se mettre au service de cet
enjeu inédit. Les résultats obtenus par les équipes françaises
grâce aux financements de l’ANR sont très
Dès le mois de février 2020, l’Agence nationale importants. Les trois appels à projets dédiés
de la recherche (ANR), en articulation avec lancé par l’ANR (Flash Covid-19, Recherche
le ministère de l’Enseignement supérieur, Action-Covid-19 et Résilience Covid-19) auront
de la Recherche et de l’Innovation (MESRI) et permis de financer 279 projets au total. Ces
Préfaces
le consortium REACTing (REsearch and ACTion projets ont permis une meilleure connaissance
targeting emerging infectious diseases), s’est du virus pendant la crise, et ont conduit
résolument inscrite dans l’effort de recherche à un très grand nombre de publications
national pour contribuer à la gestion de la dont certaines dans les plus grandes revues
pandémie : les instruments de financement internationales, ainsi que de nombreux brevets.
de l’ANR ont été rapidement activés et adaptés Il est important de relever que plus de 40 %
pour répondre tant à l’urgence de la situation de ces publications ont inclus un ou plusieurs
qu’à la diversité et à l’évolution continue des partenaires internationaux, illustrant le caractère
questions scientifiques. Dès la fin du mois de collaboratif de la recherche française sur la
mars 2020, une première série d’actions de Covid-19. Le spectre de la recherche qui a été
recherche a ainsi pu être financée. La création financée a été large, pas seulement focalisé sur
de l’ANRS I Maladies infectieuses émergentes la biologie. L’ANR a également soutenu des
(ANRS | MIE), au sein de l’Inserm, en janvier 2021, projets de recherche visant à comprendre
a encore mieux structuré ces actions de les impacts psychologiques et sociétaux de
financement de la recherche. la pandémie, ainsi que les réponses à apporter
pour améliorer les politiques de santé mentale.
Alors même que la recherche française a La promotion de la recherche sur les impacts
dû avancer et travailler dans l’incertitude, je socio-économiques de la pandémie,
pense qu’il est important de rappeler les actions notamment sur les travailleurs, les entreprises et
d’anticipation de ce type de crise qui ont pu les personnes les plus vulnérables a également
être menées. Ainsi, dès 2013, REACTing, été assurée. C’est ici l’interdisciplinarité de la
consortium multidisciplinaire rassemblant recherche française sur la Covid qui peut être
des équipes et laboratoires d’excellence des saluée. Un premier bilan réalisé par Science
partenaires français (Inserm, IRD, Institut Europe avait montré que la France avait été,
Pasteur, CEA, CNRS, CIRAD…), a été mis en place avec ses actions, parmi les premières nations
par l’Inserm, dans le contexte d’une crise à mettre en œuvre des actions de recherche
Ebola. Sa mission est de préparer, d’accélérer ciblées pour mieux comprendre la pandémie.
et de coordonner la recherche sur les maladies Ultérieurement, l’OCDE en a également
2 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023souligné le caractère holistique et essentiel
pour aborder les différentes dimensions
de la pandémie.
La lutte contre la Covid-19 s’inscrit maintenant
dans la durée, le temps long ! Je salue l’action
de l’ANR pour poursuivre sa mobilisation en
soutenant des projets de recherche amont et
à plus long terme, que ce soit sur la Covid-19 ou
plus généralement sur les maladies infectieuses
émergentes, grâce aux possibilités de
financement de l’Appel à projets générique et
en bonne articulation et en complémentarité
Préfaces
de l’ANRS | Maladies Infectieuses émergentes.
Nous avons également lancé une nouvelle
impulsion avec la stratégie maladies infectieuses
et émergentes de France 2030, et en particulier
un programme prioritaire de recherche dédié.
Ainsi, trois ans après le début de la pandémie
mondiale, ce rapport publié à l’occasion de
l’organisation du colloque « Covid-19 Bilan
et perspectives de recherche », par l’ANR en
collaboration avec l’ANRS I Maladies infectieuses
émergentes le 2 février 2023, permet de dresser
un bilan des actions de recherche des équipes
françaises impliquées dans la lutte contre la
Covid-19 et de conduire une réflexion sur les
leçons tirées de notre expérience pour mieux
construire une stratégie d’anticipation et de
réponse aux crises sanitaires.
Ce rapport illustre une recherche ambitieuse
dont il faut également assurer la transformation
en produits de soin. C’est dans cette optique que
le Gouvernement se mobilise fortement pour
assurer le transfert des résultats de la recherche
vers des produits de santé. Cette mobilisation
s’est traduite également par la mise en place
de l’Agence innovation santé pour accélérer les
étapes d’innovation jusqu’à la mise sur le
marché.
COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 3Préface
François Braun
Ministre de la Santé et de la Prévention
Les ressources déployées pour faire face à la Il nous faut également souligner le caractère
pandémie de Covid-19, il y a encore quelques holistique de la recherche française sur la
années, auraient été qualifiées d’inimaginables Covid-19, qui s’est intéressée à toutes les
ou d’impossibles. multiples et différentes facettes de la pandémie,
dans une approche « one health ». Au-delà de la
Avec un premier recul, on se rend alors riche recherche clinique et du développement
compte qu’au cœur de toute crise se loge une vaccinal, l’ANR a soutenu des projets de recherche
grande opportunité : celle d’en ressortir plus couvrant toutes les questions scientifiques, en
fort, une fois les difficultés surmontées. Celle biologie, sciences humaines et sociales, relevant
d’explorer des pistes de recherche, d’imaginer de son champ d’intervention.
des solutions et des innovations qui n’auraient
pas vu le jour, dans un autre contexte. Comme le symbole de cette mobilisation et de
cette réactivité inédite, au cœur de la pandémie,
Préfaces
La crise de la Covid-19 a ainsi été, dans un est née, le 1er janvier 2021, l’ANRS I Maladies
certain sens, un catalyseur pour notre recherche infectieuses émergentes. Cette nouvelle agence
scientifique et médicale. autonome de l’Inserm, a été créée, sous tutelle
conjointe des ministères de la Santé et de la
L’Agence nationale de la recherche (ANR), Recherche, avec pour mission le financement,
en articulation avec les ministères de la Santé la coordination et l’animation de la recherche
et de la Recherche, ainsi que et le consortium sur les maladies infectieuses, et notamment
REACTing, s’est résolument inscrite dans l’effort sur l’émergence de nouvelles infections
national de recherche, dont la contribution respiratoires, dont la Covid-19 fait partie.
à la gestion de la pandémie a été essentielle.
Nous comptons sur cette nouvelle instance,
Dès le début de la crise sanitaire, la France qui doit être un pilier de notre résilience, alors
a compris qu’il fallait « miser » sur la recherche. que l’arrivée de nouveaux variants disruptifs du
Ainsi, les instruments de financement de l’ANR coronavirus reste toujours une menace bien réelle.
ont été rapidement activés et adaptés pour Le nouveau comité de veille et d’anticipation
répondre tant à l’urgence de la situation qu’à la des risques sanitaires (COVARS), installé en
diversité et à l’évolution continue des questions septembre 2022, présidé par l’immunologue
scientifiques. Les premières séries d’actions Brigitte Autran, acte également cette volonté
de recherche spécifiques à la Covid-19 ont ainsi de coopération renforcée entre scientifiques
pu être financées, dès le mois de mars 2020. et décideurs publics, entre le savant et le
politique, pour mieux anticiper et gérer les
La France a toujours été, dans son histoire, une crises sanitaires, qui sont appelées à se
terre de sciences, de recherche, de découvertes multiplier.
et d’innovations en santé. S’inscrivant dans notre Le ministère de la Santé et de la Prévention
héritage, notre pays a été parmi les premières continuera de s’investir pleinement dans la
nations à mettre en œuvre des actions de recherche, au travers de ces nouveaux
recherche ciblées pour mieux comprendre opérateurs, mais aussi en soutenant toutes les
la pandémie. initiatives de progrès, notamment celles qui
4 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023nous permettent d’avancer sur les innovations infectieuses émergentes, Dominique Dunon-
vaccinales. Bluteau, directeur des opérations scientifiques
de l’ANR, Antoine Gessain, de l’Institut Pasteur,
Trois ans après le début de la pandémie qui a présidé le comité d’évaluation des appels
mondiale, l’organisation du colloque « Covid-19 à projets Covid, ainsi que toutes celles et tous
Bilan et perspectives de recherche », par l’ANR ceux qui se sont mobilisés pour la recherche
en collaboration avec l’ANRS I Maladies française et dans l’organisation de ce colloque.
infectieuses émergentes, me donne l’occasion
de rappeler ces ambitions. Cette rencontre importante permet
de contribuer au bilan des dynamiques
En particulier, le plan France 2030 prévoit scientifiques et à la réflexion sur la production
54 milliards d’euros pour développer d’ici à de connaissances lors de crises sanitaires, en
2030 notre compétitivité industrielle et nos prenant largement en compte de la diversité
Préfaces
technologies d’avenir. Spécifiquement, le plan des questions scientifiques émergentes. Ce
Innovation santé 2030 représente 7,5 milliards riche programme permettra d’approfondir
d’euros déployés pour faire de la France la toutes ces questions.
nation la plus innovante et souveraine en santé
d’Europe. Notre recherche française est une force,
adossée à un système de protection sociale
C’est absolument capital pour notre juste et résilient. C’est un héritage qu’il nous
recherche, pour ancrer les progrès accomplis, faut préserver et propulser vers l’avenir, pour
faire perdurer la dynamique enclenchée répondre aux grands défis de notre temps.
durant la pandémie, mais aussi investir dans
sa modernisation. En particulier, je pense à la Donner un nouvel élan à l’innovation et
transition numérique, qui nous fait plonger dans à la recherche en santé, c’est non seulement
un monde nouveau et bouleverse les pratiques permettre à la France de rester une référence
médicales et scientifiques. Il nous appartient de et un pays pionnier, c’est aussi renforcer son
nous saisir des perspectives ouvertes par cette attractivité et accompagner les transformations
transformation, notamment dans le champ de son système de santé.
de l’analyse des données, pour lesquelles notre
pays est particulièrement riche.
Tout cela sans jamais perdre de vue notre
boussole éthique, pour que les progrès de la
recherche et l’innovation numérique soient
responsables et inclusifs, et au service de la
santé de nos concitoyens.
Je tiens à remercier Thierry Damerval,
président directeur général de l’ANR, Yazdan
Yazdanpanah, directeur de l’ANRS I Maladies
COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 5Préface
Thierry Damerval
Président-directeur général
de l’Agence nationale de la recherche (ANR)
Si, depuis une vingtaine d’années, de nombreux Les trois appels à projets (Flash (1) Covid-19,
travaux de recherche mettaient en évidence Recherche-Action Covid-19, Résilience Covid-19) (2)
l’augmentation des risques de développement ont permis de soutenir des priorités et de
de maladies infectieuses épidémiques, prendre en compte le renouvellement continu
notamment dues à des pathogènes d’origine des questions scientifiques, par exemple,
zoonotique, l’épidémie de Covid-19 qui s’est l’apparition de variants et la persistance de
déclenchée en décembre 2019 en Chine symptômes plusieurs mois après l’infection, ou
a surpris par son ampleur et par la rapidité les questions de télétravail et de santé mentale.
de sa diffusion.
Il s’agissait pour l’ANR, en tant qu’institution
La propagation accélérée de l’épidémie au et pour ses personnels, d’être à l’unisson
niveau mondial a constitué, et constitue encore, de l’engagement des chercheuses et des
un défi sans précédent pour la recherche chercheurs qui, d’un jour à l’autre, ont mobilisé
Préfaces
scientifique. leurs énergies, sans réserve. L’ANR a beaucoup
appris de ces adaptations et ces enseignements
Il fallait à la fois caractériser le virus, les pathologies l’ont conduite à participer à de nombreuses
associées, les modes de contamination et de réflexions internationales sur ses responsabilités
diffusion dans les populations, élaborer des modes et engagements, en tant qu’institution de
de prise en charge thérapeutique des patients, soutien à la recherche. L’ANR s’est associée
explorer des stratégies vaccinales. Une épidémie dès son lancement, le 29 janvier 2020, à l’appel
de cette ampleur, en mettant à l’épreuve la vie du Wellcome Trust « sharing research data
sociale et relationnelle, l’ensemble des activités and findings relevant to the Covid-19 outbreak »
de production et de service, comme les modes qui invitait les chercheurs, les établissements
de gouvernance, questionne aussi les perceptions, de recherche, les éditeurs et les agences de
les comportements, les conditions de mise en financement à contribuer au partage des
place des mesures et de leur efficience. résultats et données relatifs à la pandémie.
Afin de répondre à l’urgence de la situation, Aux financements de l’ANR se sont ajoutés le
l’ANR a dès février 2020, en synergie avec soutien du fonds d’urgence du ministère chargé
le ministère chargé de la Recherche et avec de la Recherche et la contribution de différents
REACTing, puis à partir de janvier 2021 avec partenaires, tels que la Fondation pour la
l’ANRS I Maladies infectieuses émergentes, recherche médicale, la Fondation de France
mis en place des outils de financement pour et plusieurs Régions (Auvergne-Rhône-Alpes,
accompagner la production des connaissances, Centre-Val de Loire, Grand-Est, Hauts-de-France,
le recueil de données ou d’observations au Occitanie, Pays de la Loire). Ces partenariats ont
service de la gestion de l’épidémie. permis de mutualiser les moyens et de
coordonner les efforts.
L’ANR a adapté ses modes de financement :
fonds d’amorçage, financement rapide, projets Afin de soutenir des recherches à plus long
de courte durée et de durée moyenne, appel à terme, une priorité Covid-19 a été inscrite dans
projets ouverts en continu, recherche-action. l’Appel à projets générique et dans le cadre de
6 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023plusieurs appels à projets en coopération confiance à l’égard d’autrui et des institutions,
internationale. Un grand nombre de projets mais aussi en fonction des catégories sociales.
financés par les Programmes d’investissement Les effets de l’épidémie et des mesures de
d’avenir/France 2030 ont également développé prévention sont étudiés du point de vue du
d’importantes actions de recherche. bien-être ou de la santé mentale, de l’accès à
l’emploi, de la cohésion sociale et des solidarités,
Les projets financés couvrent un vaste champ, dans une perspective de prise en compte des
alliant les recherches fondamentales et les différentes populations, notamment en termes
perspectives d’innovation ou la production de d’accroissement des inégalités et des
recommandations. Les différentes disciplines vulnérabilités. Le rôle de l’expertise scientifique,
des sciences humaines et sociales, biologiques l’impact des décisions publiques, l’analyse
et médicales, physiques et chimiques, des coût-efficacité des mesures, les modalités de
mathématiques et de l’informatique se sont production des normes et des
Préfaces
mobilisées. recommandations, sont autant de travaux qui
concourent à mieux comprendre les conditions
Le développement de modèles cellulaires de mise en œuvre des politiques.
et animaux permet de mieux appréhender Des travaux sur l’organisation des services
les mécanismes de l’infection et de son hospitaliers et des soins mettent également en
évolution, des facteurs de risque, mais aussi évidence les formes d’adaptation des services
des mécanismes de réplication du virus hospitaliers, mais aussi les conditions de travail
dans la cellule et de la réponse immunitaire. des personnels ainsi que les dilemmes éthiques
L’élaboration de tests diagnostiques, la et moraux que peuvent rencontrer les équipes.
recherche de molécules antivirales s’appuyant
sur le repositionnement de molécules Outre les nombreuses publications dans des
et sur l’identification de nouvelles cibles revues à comité de lecture, les travaux conduits
thérapeutiques, ou encore la recherche de dans le cadre des projets financés dans les
matériaux pour des masques respiratoires plus appels Covid-19 ont suscité 21 dépôts de brevets
protecteurs font aussi l’objet de travaux (3). et la création d’une entreprise. Mais les
chercheuses et les chercheurs se sont aussi
La modélisation de la dissémination du virus engagés dans de très nombreuses actions de
dans l’air dans différentes situations de la vie valorisation et de diffusion des résultats sous
mobilise des approches expérimentales et forme de notes, de recommandations auprès de
théoriques. L’étude de la propagation de différentes instances impliquées dans la gestion
l’infection virale permet d’apprécier le risque de la pandémie ou encore auprès de différents
nosocomial, d’élaborer des modèles prédictifs médias.
ou de simulation de la diffusion de l’épidémie
et de l’effet des mesures de prévention. Ces résultats montrent l’importance de la
mobilisation de la communauté scientifique
Les représentations et les comportements sont française et le caractère incitatif des
déterminés par de nombreux facteurs : attitudes financements accordés en urgence par l’ANR.
vis-à-vis de la science, perception du risque, L’effort sans précédent des chercheurs pour
COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 7produire des connaissances rigoureuses s’est Une pandémie mondiale, au même titre
accompagné du souci constant de partager qu’une crise économique ou que le changement
les connaissances pour aider à la lutte contre climatique, constitue autant des défis pour
la pandémie. Cette double exigence est bien l’action que pour la recherche. La complexité
au cœur de la science contemporaine. des questions posées appelle la mobilisation
des différents champs du savoir, et la production
Mais cette mobilisation d’ampleur de la de connaissances pour l’expertise et l’appui
recherche en réponse à une crise et sur un virus aux politiques publiques est indissociable de
émergent ne peut être dissociée de la recherche la recherche fondamentale dans son essence
de long terme conduite sur les maladies de liberté et de créativité. L’expérience de la
infectieuses. Dès 2005, l’ANR proposait des crise Covid nous montre que la communauté
axes sur le rôle de l’environnement dans scientifique a su y répondre.
la dynamique des agents pathogènes et
Préfaces
les interactions avec l’hôte et les maladies
émergentes. L’Appel à projets générique 1. Les appels Flash ont, notamment, été mis en place la
première fois suite au tremblement de terre de Haïti, puis
inclut depuis 2015 un axe spécifique maladies
suite à l’accident de Fukushima. Ils permettent d’attribuer
infectieuses émergentes et réémergentes, des financements dans un temps court pour des projets
prenant en compte les facteurs qui permettent le recueil de données et la mobilisation
environnementaux et les résistances aux rapide des recherches.
2. Un premier appel Flash a été lancé le 6 mars et clôturé
biocides dans la perspective One Health. le 23 mars. Deux jours après réception des dossiers, 44 projets
bénéficiaient d’un fond d’amorçage. La liste des projets
En laissant une totale liberté aux financés a été publiée cinq semaines après la publication
chercheurs dans la conception de leur projet, de l’appel.
3. La recherche clinique et le développement de vaccins
la structuration actuelle de l’Appel à projets ne font pas partie du périmètre d’action de ces appels
générique de l’Agence donne toute sa place à projets de l’ANR.
au soutien de long terme à la recherche
fondamentale, dans tous les domaines
scientifiques, et au soutien à la recherche
pour comprendre et maîtriser les grandes
transitions et transformations, notamment
les sciences de la durabilité et les approches
« One Health ». La recherche sur les maladies
infectieuses émergentes est pluridisciplinaire,
multidimensionnelle et s’appuie sur
des approches impliquant biologie, sciences
de l’environnement, sciences humaines
et sociales, modélisation… L’action de l’ANR
s’inscrit en complémentarité avec le domaine
d’intervention de l’ANRS I Maladies
infectieuses émergentes.
8 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023Préfaces COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 9
Préface
Yazdan Yazdanpanah
Directeur de l’ANRS I
Maladies infectieuses émergentes
Une articulation nécessaire Ces derniers ont permis de financer 279 projets
entre agences de financement entre mars 2020 et avril 2021 et répondant
au bénéfice des chercheurs aux priorités de recherche sur la Covid-19
établies par REACTing pour la France à partir
Ces trois dernières années, les équipes de celles identifiées par l’OMS. En parallèle,
scientifiques françaises ont œuvré sans relâche et pour accélérer le démarrage des projets
afin de mieux comprendre le SARS-CoV-2 et limiter la dispersion des moyens et des
et de développer des outils pour lutter contre forces scientifiques, la cellule interministérielle
la Covid-19. Ce colloque, organisé par l’ANR en Recherche et REACTing ont introduit de fin
partenariat avec l’ANRS | Maladies infectieuses 2020 à juillet 2022 un guichet unique, le
émergentes, agence au sein de l’Inserm, CAPNET, permettant de prioriser les études à
est l’occasion de les remercier et de rendre fort potentiel grâce au label « Priorité nationale
hommage à tous les chercheurs et chercheuses de recherche ».
Préfaces
qui ont travaillé dans l’urgence et sous pression
de longs mois durant en exposant l’étendue des Depuis le début de la crise sanitaire, le paysage
connaissances acquises grâce à eux. Ce premier de la recherche sur les maladies infectieuses
bilan nous donne également l’opportunité de émergentes s’est enrichi d’une nouvelle
faire le point sur ce que cette pandémie nous agence créée en janvier 2021, l’ANRS | Maladies
a appris sur le fonctionnement de la recherche infectieuses émergentes, résultat de la fusion
et, plus largement, sur nos sociétés. de l’Agence nationale de recherche sur le sida
et les hépatites virales (ANRS) et de REACTing.
Dès janvier 2020, REACTing, le consortium Elle vient renforcer les capacités d’action en
de l’Inserm chargé de coordonner la recherche matière de financement, d’évaluation, de
française pour une meilleure préparation coordination et d’animation de la recherche
face aux menaces infectieuses émergentes et sur son périmètre historique (VIH/sida, hépatites
une intégration des actions de recherche dans virales, IST, tuberculose) et par ailleurs sur
la réponse aux crises sanitaires, s’est engagé la préparation et la réponse aux émergences,
dans la lutte contre la Covid-19. Avec l’appui en France comme à l’international, avec le
du ministère de l’Enseignement supérieur, de développement de partenariats ambitieux.
la Recherche et de l’Innovation et du ministère
des Solidarités et de la Santé, le consortium a À ce titre, il est capital que notre agence travaille
accompagné la conception et la mise en place avec les autres financeurs de la recherche en
rapide de projets de recherche visant à apporter France, mais également au niveau international,
des connaissances pour orienter la gestion de pour le bénéfice des chercheurs et in fine
la crise, et a aidé à mettre à la disposition des de l’ensemble de la société. C’est ce que nous
équipes de recherche des financements d’urgence. avons réussi à faire, notamment avec l’ANR,
Ainsi, plusieurs appels à projets ont pu être et continuons à travailler avec l’élargissement
lancés de manière coordonnée et dans des du périmètre de l’agence. Par exemple, nous
délais extrêmement courts, parmi lesquels échangeons régulièrement sur nos appels à
les trois appels à projets spécifiques de l’ANR. projets respectifs, à la fois sur leurs périmètres
10 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023et les projets retenus, pour favoriser la La préparation aux crises liées aux émergences
synergie, éviter les doublons mais aussi les fait partie des missions de l’ANRS | Maladies
lacunes, améliorer la lisibilité des différents infectieuses émergentes. L’ANRS | Maladies
guichets pour les chercheurs, et proposer infectieuses émergentes a un rôle à jouer
aux équipes financées par l’ANR d’intégrer dans la gestion des futures crises et dans leur
nos instances d’animation. anticipation, et l’ANR, par ses capacités et son
expertise en financement de la recherche, est
C’est dans ce même objectif que un allié important sur qui il faut compter.
l’agence, tout comme l’ANR, fait partie
des six membres fondateurs du portail Au vu du programme riche de cette journée
https://www.appelsprojetsrecherche.fr/, d’échanges, il ne fait nul doute de l’excellence
inscrit dans la loi de programmation de la des chercheuses et des chercheurs français.
recherche promulguée en décembre 2020 À nous, acteurs du financement, de leur donner
Préfaces
visant à simplifier et améliorer la lisibilité les moyens de poursuivre leurs travaux dans
de l’offre de financement. Notre objectif les meilleures conditions. C’est toute la société
est que les chercheurs aient une vision qui a à y gagner.
claire des financements disponibles.
À l’avenir, notre collaboration va encore
se renforcer autour des deux programmes et
équipements prioritaires de recherche (PEPR)
PREZODE, opéré par l’ANR, et MIE, opéré
et piloté par l’ANRS | Maladies infectieuses
émergentes pour mieux évaluer, détecter et
prévenir les phénomènes d’émergences des
maladies infectieuses, ainsi que pour développer
des contre-mesures pour les diagnostiquer,
protéger et traiter. Ces PEPR se matérialiseront
par plusieurs appels à projets dans les années
à venir, qui viendront compléter les mécanismes
de financement existants, notamment l’Appel
à projets générique de l’ANR. Ainsi, la mise
en place d’une articulation fine entre l’ANR,
les pilotes de PREZODE et l’ANRS | Maladies
infectieuses émergentes lors des phases
d’élaboration des appels, puis de sélection
des projets, sera indispensable.
COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 11Sommaire
P. 1
Introduction P. 26 LES PROJETS COVID-19 DANS LES APPELS
À PROJETS INTERNATIONAUX
P. 2 P. 26 L’appel à projets « Action-Liban »
Préfaces P. 26 L’ERA-NET Cofund BiodivERsA
P. 27 Plateforme transatlantique : Recovery,
P. 2 Sylvie Retailleau, ministre de l’Enseignement Renewal and Resilience in a Post-Pandemic World
supérieur et de la Recherche P. 27 Groupes de travail pour évaluer les
P. 4 François Braun, ministre de la Santé conséquences de la Covid-19 sur la recherche
et de la Prévention en maladies neurodégénératives – 2022 – ERA-NET
JPco-fuND 2
P. 6 Thierry Damerval, président-directeur
général de l’ANR
P. 10 Yazdan Yazdanpanah, directeur de l’ANRS I P. 27 LES PROJETS COVID-19 DE L’APPEL
Maladies infectieuses émergentes À PROJETS SCIENCE AVEC ET POUR LA SOCIÉTÉ –
MÉDIATION ET COMMUNICATION SCIENTIFIQUES
P. 14 P. 28 ANALYSE DES PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES
Mobilisation de l’ANR en réponse P. 28 Les publications scientifiques
à la pandémie P. 31 Principaux domaines disciplinaires des
Sommaire
publications issues des projets Covid-19 financés
P. 18 TROIS APPELS À PROJETS DÉDIÉS : par l’ANR
FLASH COVID-19, RECHERCHE ACTION-COVID-19, P. 33 Les partenaires financiers autres que l’ANR
RÉSILIENCE COVID-19
P. 34 Collaborations internationales des auteurs
P. 18 Les objectifs des appels Covid-19 des publications issues des projets Covid-19 financés
P. 18 Les axes de recherche des appels Covid-19 par l’ANR
P. 20 Une mutualisation des financements P. 35 Valorisation des résultats
grâce à la mise en place de partenariats P. 35 Diffusion des résultats, recommandations,
P. 20 Une mobilisation de nombreux partenaires, contribution à l’expertise
y compris internationaux P. 35 Diffusion dans les médias et réseaux sociaux
P. 21 L’implication des entreprises
P. 21 Des recherches en lien avec l’action, P. 36 LA PRISE EN COMPTE DES MALADIES
les professionnels et les parties prenantes ÉMERGENTES ET RÉÉMERGENTES DANS LES
P. 21 Les grandes dynamiques scientifiques APPELS À PROJETS DE L’ANR DEPUIS 2005
des projets financés dans les appels Covid-19 P. 36 Le programme Santé-Environnement
P. 22 Les appels Résilience régionaux Santé-Travail (2005-2006-2007)
P. 36 Appels à projets Microbiologie-Immunologie
P. 23 PRIORITÉ COVID-19 DANS LES APPELS (2005), Microbiologie-Immunologie maladies
À PROJETS GÉNÉRIQUES 2021 ET 2022 infectieuses (2006-2007)
P. 23 Les grandes thématiques abordées P. 36 Les maladies infectieuses émergentes et
réémergentes dans l’Appel à projets générique
du Plan d’action (à partir de 2015)
P. 37 Diversité des pathologies, des pathogènes,
des disciplines, des méthodes et des zones
géographiques d’étude
12 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023P. 38 P. 54
Les actions de France 2030 impliquées Les projets financés dans les appels
dans la recherche sur la Covid-19 dédiés ANR Covid-19
P. 42 LES PROJETS DANS LE DOMAINE P. 56 Étude physiopathologique,
BIOLOGIE-SANTÉ recherche de marqueurs de l’infection
P. 58 Meilleure connaissance
P. 44 LES PROJETS DANS LE DOMAINE DES de la biologie du virus SARS-CoV-2
SCIENCES HUMAINES ET SOCIALES P. 60 Caractérisation de la réponse immunitaire
P. 44 Liste des activités de recherche financées chez les patients infectés par le SARS-CoV-2
par France 2030 en lien avec la Covid dans P. 62 Développement de tests diagnostiques
le domaine des sciences humaines et sociales P. 64 Recherche de molécules antivirales
P. 66 Modélisation de la dissémination
P. 48 du SARS-CoV-2
2021 : création de l’ANRS I Maladies P. 68 Épidémiologie
infectieuses émergentes P. 70 Protection contre les infections virales
P. 72 Organisation des services
P. 50 Du VIH au pathogène émergent hospitaliers et des soins
P. 51 L’Agence en quelques chiffres P. 74 Éthique médicale et scientifique
Sommaire
P. 52 Pendant la crise Covid-19, participation au P. 76 Perceptions, comportements,
CAPNET, le dispositif de priorisation de la recherche cohésion sociale
P. 52 Deux grandes initiatives stratégiques P. 78 Effets de l’épidémie et des mesures
de surveillance génomique et de recherche de gestion auprès des différentes populations
sur le SARS-CoV-2 P. 80 Risque, expertise, action collective,
P. 52 Partie prenante au financement des recherches politiques publiques
sur la Covid-19 en France et à l’international P. 82 Organisation, gestion, innovation
P. 53 Mieux se préparer aux futures émergences P. 84 Enjeux sociaux, économiques
et géopolitiques
P.87
Liste des projets cofinancés
par des Fondations ou des Régions
COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 13Mobilisation
de l’ANR en réponse
à la pandémie
Mobilisation de l’ANR en réponse à la pandémie
14 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023En publiant la liste des premiers projets De nombreux travaux ont aussi été conduits sur
sélectionnés dans l’appel Flash Covid-19 dès la Covid-19 au sein de différents projets financés
la fin mars 2020, l’ANR a montré sa capacité dans le cadre de France 2030 (Laboratoires
de mobilisation immédiate. Cet appel a fait d’excellence - LabEx ; Équipements d’excellence
partie des premières initiatives de - EquipEx ; Écoles universitaires de recherche -
financement en Europe. EUR ; Instituts de recherche technologique -
IRT ; Infrastructures nationales en biologie et
La diversité des outils de financement santé - INBS ; Instituts hospitalo-universitaires -
et des pratiques inédites mis en place dès fin IHU ; Recherche hospitalo-universitaire en santé
février 2020 – fonds d’amorçage, financement - RHU ; Programme prioritaire de recherche :
rapide, projets de courte durée et de durée Make Our Planet Great Again - MOPGA).
moyenne, appel à projets ouvert en continu,
recherche-action – a permis une adaptation La crise pandémique a renforcé l’intérêt de
aux besoins des équipes. En proposant la recherche sur projet, qui permet à la fois de
Mobilisation de l’ANR en réponse à la pandémie
à la fois des questions précises et des couvrir un large spectre de thématiques et de
thèmes plus génériques, les appels ont pu disciplines, et de mobiliser des chercheurs
accompagner les dynamiques scientifiques initialement éloignés du domaine des maladies
dans leur diversité disciplinaire ou infectieuses, ceci dans le respect le plus strict
thématique, ainsi que l’émergence des des procédures d’évaluation scientifique.
questions (Covid long, apparition de variants…) L’ANR, par l’ampleur des domaines scientifiques
au fur et à mesure du développement de concernés dans son champ d’intervention, sa
l’épidémie. L’étude d’autres questions dont réactivité, son adaptabilité et son savoir-faire, a
l’importance a émergé durant l’épidémie, constitué un atout pour répondre à ces enjeux.
comme celles portant sur le télétravail ou Les appels à projets de recherche sur la Covid-19
les conditions de travail des soignants, le ont été mis en place par l’ANR, en articulation
bien-être et la santé mentale, les violences avec REACTing (aujourd’hui inclus dans l’Agence
à l’égard des femmes, les inégalités ou encore nationale de recherches sur le sida et les
l’adaptation des pratiques funéraires, a pu hépatites virales-Maladies infectieuses
être encouragée. émergentes [ANRS I MIE]) et le ministère de
l’Enseignement supérieur et de la Recherche.
Outre les appels à projets dédiés, La coopération avec de nombreux cofinanceurs
l’inscription de la priorité Covid-19 dans (Fondation de France, Fondation pour la
l’Appel à projets générique, dans des appels recherche médicale, Régions) a permis une
spécifiques ou dans les appels à projets coordination du soutien sur l’ensemble des
internationaux (comme la plateforme dimensions scientifiques concernées, hors
transatlantique Recovery, Renewal and développement vaccinal et recherche clinique
Resilience in a Post-Pandemic World, qui ont été pris en charge par le Programme
l’Action-Liban, ou l’ERA-NET BiodivERsA, hospitalier de recherche clinique du ministère
JPcofuND 2 (JPND – The EU Joint de la Santé et de la Prévention, ou par les
Programme – Neurodegenerative Disease appels d’offre européens dédiés.
Research), a permis de financer des travaux Si l’ANR a contribué à la dynamique de
de plus longue durée, portant sur des la recherche contre la Covid-19 en accordant
questions de recherche fondamentale. souvent les premiers financements, les résultats
COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 15remarquables obtenus par les chercheurs Dès 2005, l’appel à projets Santé-Environnement
français n’auraient pas été possibles sans le Santé-Travail proposait un axe sur le rôle de
soutien d’autres financeurs (tels que la l’environnement dans la dynamique des agents
Commission européenne, les fondations ou pathogènes et les interactions avec l’hôte
le ministère des Solidarités et de la Santé, etc.) (2005-2007), et l’appel à projets Microbiologie,
et sans l’engagement essentiel des opérateurs immunologie maladies émergentes (2005-2007)
de recherche, organismes de recherche, mobilisait les travaux en bactériologie,
universités, grandes écoles. parasitologie ou virologie sur les maladies
infectieuses, y compris émergentes. L’Appel à
La mise en place d’instruments de financement projets générique inclut depuis 2015 un axe
spécifiques a permis de répondre à l’urgence spécifique maladies infectieuses émergentes et
de l’épidémie de SARS-CoV-2, mais le soutien réémergentes prenant en compte les facteurs
à la recherche sur les maladies infectieuses environnementaux et les résistances aux
s’inscrit dans la durée à l’ANR depuis l’année biocides.
Mobilisation de l’ANR en réponse à la pandémie
de sa création, dans différentes dimensions :
connaissance des divers pathogènes, ainsi
que des déterminants environnementaux ou
anthropiques de leur diffusion et transmission ;
lien entre santé animale et humaine,
franchissement de la barrière d’espèce,
approches One Health ; déterminants de
la dynamique des maladies émergentes et
réémergentes ; résistances ; physiopathologie ;
modélisation, données et systèmes
d’observation ; méthode de lutte et gestion
des situations d’urgence ; identification des
zones et populations à risque.
16 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023Mobilisation de l’ANR en réponse à la pandémie COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023 17
TROIS APPELS À PROJETS DÉDIÉS : FLASH COVID-19, RA-COVID-19, RÉSILIENCE COVID-19
TROIS APPELS À PROJETS DÉDIÉS : avait pour objectif de financer rapidement des projets à court
FLASH COVID-19, RECHERCHE terme prenant en compte les nouveaux développements de
la pandémie. Cet appel visait à soutenir des projets ciblant des
ACTION-COVID-19, RÉSILIENCE domaines pas encore ou peu défrichés dans les appels précé-
COVID-19 dents, permettant l’acquisition de connaissances avec une
application attendue en termes de méthodes, de techniques
L’appel Flash Covid-19 (1) a été annoncé dès la deuxième quin- ou de recommandations dans les 12 mois.
zaine de février 2020, afin de mobiliser la recherche au-delà
des communautés scientifiques qui s’impliquaient déjà dans
la réponse à la crise sanitaire. Publiée le 3 mars 2020, cette
Les axes de recherche des appels Covid-19
première initiative visait à soutenir des projets s’inscrivant
dans une perspective de réponse immédiate à l’épidémie, et
Les recommandations de l’OMS, élaborées lors d’un forum les
nécessitant l’acquisition rapide d’informations et de données
12 et 13 février 2020 réunissant des experts internationaux de la
mobilisables.
santé en collaboration avec le GLOPID-R (Global Research Col-
Afin de poursuivre le soutien à la production de connaissances,
laboration for Infectious Disease Preparedness), ont constitué le
Mobilisation de l’ANR en réponse à la pandémie
l’appel Recherche Action-Covid-19 (RA-Covid-19), ouvert en
socle de la réflexion pour l’élaboration des appels Flash Covid-19
continu, du 20 avril au 28 octobre 2020, a permis une prise en
et RA-Covid-19. Ces appels ont été définis par un comité de pilo-
compte de la diversité des questions nouvelles apparaissant au
tage scientifique associant le MESRI, REACTing et l’ANR.
cours du développement de la pandémie.
Les axes scientifiques choisis, à la fois pluridisciplinaires et
L’appel Résilience Covid-19, lancé le 18 décembre 2020 et clô-
interdisciplinaires, concernaient l’ensemble des disciplines
turé le 2 mars 2021, abordait les problématiques liées au prolon-
susceptibles d’apporter des connaissances sur l’épidémie, les
gement de la pandémie, notamment l’apparition de variants et
conditions de sa gestion, mais aussi sur les caractéristiques du
la persistance de symptômes, plusieurs mois après l’infection.
virus, de la maladie et sur les thérapeutiques potentielles.
Ces appels à projets ont offert aux chercheuses et chercheurs
L’appel Flash Covid-19 visait principalement les thématiques
français la possibilité d’être financés selon des procédures
suivantes :
accélérées et de traiter des questions scientifiques au fur et à
Études épidémiologiques et translationnelles :
mesure de leur émergence.
Au total, les trois appels à projets (2) lancés par l’ANR ont permis • histoire naturelle de la maladie (y compris les facteurs
anthropiques) et modes de transmission du virus ;
le financement de 279 projets, entre avril 2020 et avril 2021,
pour un montant total de 35,6 millions d’euros (Tableau 1). • diagnostic de l’infection, du portage asymptomatique, de
l’évolution de la réponse immune ;
• caractérisation clinique et prise en charge ;
Les objectifs des appels Covid-19 • modèles numériques prédictifs et rétrospectifs.
Physiopathogénie de la maladie (interactions virus-hôte et
Les appels Flash sont des instruments spécifiques de l’ANR réponse immune) :
permettant de financer des projets de recherche dans un
• développement de modèles animaux et cellulaires ;
délai court et dans le respect des principes d’évaluation par les
pairs. L’appel Flash Covid-19, ouvert du 6 au 23 mars 2020, avait
• cibles thérapeutiques et modèles d’évaluation de candidats
médicaments (n’incluant pas les vaccins).
pour objectif de soutenir les communautés scientifiques de
recherche mobilisées sur la Covid-19 (3) et ainsi de renforcer les
premières actions soutenues par REACTing. Mais cette initia-
tive avait également pour objectifs de mobiliser la recherche
au-delà des communautés scientifiques déjà impliquées et,
au-delà de la réponse à court terme, de produire des connais-
sances sur le plan épidémiologique, physiopathologique et
sanitaire aussi bien que social et économique. 1. Grâce à une procédure accélérée, deux jours après réception
L’appel RA-Covid-19 ciblait l’acquisition de connaissances avec des dossiers, 44 projets bénéficiaient d’un fond d’amorçage.
une application des résultats, méthodes ou techniques dans les La liste complète des bénéficiaires de l’appel Flash Covid-19
3 à 12 mois, ou le recueil immédiat de données spécifiques à la était rendue publique le 10 avril 2020.
2. Pour une présentation détaillée des différents projets financés,
période épidémique et post-épidémique (4). Cet appel offrait la
voir Covid-19 Panorama des projets de recherche financés mars 2020 -
possibilité de déposer des projets au fil de l’eau, et de dévelop- avril 2021. https://anr.fr/fr/actualites-de-lanr/details/news/ Covid-19-le-
per des travaux sur les nouveaux thèmes apparus au cours de la panorama-des-279-projets-de-recherche-finances- entre-mars-2020-
pandémie et de la mise en place des mesures sanitaires ou et-avril-2021/
économiques. Il a constitué le premier appel de l’ANR visant le https://anr.fr/fileadmin/documents/2021/ANR_Panorama-projets-
soutien de la recherche-action, comprenant une évaluation Covid_05112021.pdf.
3. La durée des projets devait être inférieure ou égale à 18 mois
au fur et à mesure de l’arrivée des projets qui s’est appuyée sur
et le financement maximum accordé de 200 K€.
17 comités d’évaluation de juillet 2020 à janvier 2021. 4. La durée des projets devait être inférieure ou égale à 12 mois
Une troisième initiative spécifique, intitulée Résilience Covid-19, et le financement maximal accordé de 150 K€.
18 COVID-19 BILAN DES ACTIONS ET DES PROJETS FINANCÉS I MARS 2020-JANVIER 2023Vous pouvez aussi lire
