MÉMOIRE TECHNIQUE (ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs
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MÉMOIRE TECHNIQUE
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les
milieux de soins actifs
Publication : janvier 2022
Archivé : décembre 2023
VÉ
ARCHIVÉ
Ce matériel archivé est disponible uniquement à des fins de recherche historique et de référence.
Celui-ci n'est plus mis à jour et il se peut qu’il ne reflète plus les directives actuelles.
Introduction I
CH
Le présent document décrit les stratégies de regroupement en cohorte pour les patients chez qui une
infection à la COVID-19 est soupçonnée ou confirmée, afin de faciliter le flux de lits dans les milieux de
soins actifs. Il ne comprend pas de recommandations de regroupement en cohorte pour les patients
atteints d’infections causées par des organismes résistants aux antibiotiques (ORA) ou d’autres
infections.
Principales constatations
AR
Bien qu’il soit recommandé de placer les patients chez qui une infection à la COVID-19 est
soupçonnée ou confirmée dans des chambres individuelles avec accès à leur propre toilette
dans la mesure du possible, le regroupement en cohorte des patients peut être nécessaire
lorsqu’on ne dispose pas d’un nombre suffisant de chambres individuelles. Le regroupement en
cohorte devrait être effectué en consultation avec l’équipe clinique et l’équipe de prévention et
de contrôle des infections (PCI).
Le regroupement en cohorte des patients et les affectations de personnel constituent l’une des
nombreuses couches de protection disponibles pour prévenir la propagation des infections, les
autres étant la vaccination, le dépistage, le port du masque, la ventilation, l’hygiène des mains,
le nettoyage de l’environnement et l’utilisation de l’équipement de protection individuelle.
Toutes les couches de protection de la hiérarchie des contrôles devraient être optimisées afin de
réduire et d’atténuer le risque d’exposition des personnes dans le milieu des soins de santé.
Il existe une vaste expérience de regroupement en cohorte avec des variants antérieurs
préoccupants. Les décisions relatives au regroupement en cohorte devraient tenir compte de la
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement
en cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 1période d’infectivité et du risque de réinfection selon le statut du variant et les taux de
transmission communautaire.
Les données probantes limitées disponibles à ce jour semblent indiquer que la période
d’infectivité avec le variant Omicron (B.1.1.529) est similaire ou accrue par rapport aux lignées
antérieures. Au moment de la recherche, il n’y avait pas de données probantes disponibles sur la
durée de l’intervalle de réinfection par Omicron pour les personnes ayant déjà été infectées par
le variant Omicron. Dans le cas des personnes ayant déjà été infectées par un variant autre
qu’Omicron et qui sont ensuite réinfectées par le variant Omicron, les données probantes sont
limitées, mais semblent indiquer un intervalle de plus de 90 jours entre les dates des épisodes.
Contexte
L’Ontario continue de connaître des vagues d’activité de la COVID-19, ce qui provoque des hausses
périodiques d’admissions dans les hôpitaux et les unités de soins intensifs. La transmission continue
du SRAS-CoV-2 dans le monde entier a entraîné l’émergence de multiples variants préoccupants (VP),
le variant dominant en Ontario étant Omicron.1
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L’augmentation des admissions dans les hôpitaux de soins actifs a soulevé des préoccupations
quant au nombre de patients admis qui restent aux services d’urgence et qui ne peuvent être
admis dans une Unité des malades hospitalisés.1
Omicron est plus transmissible que les variants précédents en Ontario.2 Les contributions
relatives de l’augmentation de la transmissibilité inhérente au variant Omicron et à
l’échappement immunitaire (dues aux mutations Omicron et au déclin de l’immunité) ne sont
I
pas encore entièrement établies.
CH
Il existe peu de données probantes sur l’infectivité du variant Omicron par rapport aux autres
variants. (Voir l’Annexe A). Les données de modélisation de SPO/LSPO semblent indiquer
qu’Omicron ne semble pas être moins infectieux que les autres variants et que la période
d’infectivité n’est pas réduite par rapport aux lignées antérieures et peut même être augmentée
dans certains cas.
Les données probantes concernant les personnes ayant déjà été infectées par un variant autre
qu’Omicron et qui sont ensuite réinfectées par le variant Omicron sont limitées, mais elles
AR
semblent indiquer un intervalle de plus de 90 jours entre les dates des épisodes. (Voir l’Annexe
B). On n’a trouvé aucune donnée probante sur la durée de l’intervalle de réinfection par
Omicron pour les personnes qui ont déjà été infectées par le variant Omicron. Des données
probantes limitées semblent indiquer que les personnes infectées par le variant Omicron
produisent une réponse de neutralisation des anticorps contre le variant Omicron. On n’a trouvé
aucune donnée probante concernant la durée de cette immunité neutralisante.
D’après le document Variant préoccupant Omicron de la COVID-19 (B.1.1.529) : Évaluation du
risque, 29 décembre 2021 de SPO, le risque actuel d’augmentation de la transmission d’Omicron
en Ontario est élevé, avec un degré d’incertitude faible.2 Le risque de réinfection et d’infection
post-vaccinale (après deux doses des vaccins Pfizer, Moderna, AstraZeneca ou une
recombinaison hétérologue) en Ontario est élevé avec un degré d’incertitude faible. Les deux
doses des vaccins courants contre la COVID-19 sont moins efficaces pour prévenir les infections
post-vaccinales par Omicron, par rapport à la protection contre d’autres variants préoccupants
(VP) et le SRAS-CoV-2 « de type sauvage ». Une troisième dose de vaccin augmente la protection
à court terme contre l’infection symptomatique par Omicron; la durée de protection à partir
d’une troisième dose n’est pas certaine, et il existe des données probantes précoces d’une
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 2efficacité réduite du vaccin environ neuf à dix semaines après une troisième dose. Le risque de
gravité accrue de la maladie est réduit avec un degré d’incertitude élevé. L’évaluation globale du
risque peut changer à mesure que de nouvelles données probantes deviennent disponibles.
La transmission d’un VP différent à une personne qui présente déjà une infection active à la
COVID-19 n’a pas été décrite. Cependant, avec 100 % d’Omicron en circulation, le regroupement
en cohorte des cas actifs de COVID-19 dont le statut de VP est inconnu n’exposerait pas les
patients à un risque important.
Aux fins du présent document, d’après les données examinées sur la réinfection par Omicron en
Ontario, on entend par patients récemment rétablis ceux qui ont été retirés des précautions
supplémentaires ET qui se trouvent dans la période de 90 jours suivant leur infection ET qui ont
reçu un diagnostic de COVID-19 le 20 décembre 2021 ou après (lorsque Omicron représentait
plus de 90 % des cas en Ontario).
Méthodologie
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Une recherche documentaire a été effectuée les 1er et 2 janvier 2022 par Services de bibliothèque de
Santé publique Ontario (SPO) afin de trouver des articles traitant de la période d’infectivité d’Omicron et
de Delta. La recherche a visé une base de données (Ovid MEDLINE; du 1er janvier au 30 décembre 2021)
et des prépublications (du 1er octobre 2021 au 1er janvier 2022). Les termes de recherche comprenaient,
mais non exclusivement, les suivants : Omicron, Delta et infectivité. Les titres et les résumés ont été
examinés par trois examinateurs. Deux articles ont été inclus. Un article supplémentaire a été repéré
lors d’une analyse antérieure des VP. Des articles supplémentaires et de la littérature grise repérés pour
d’autres demandes scientifiques et techniques et des travaux connexes pertinents pour cette demande
I
ont également été inclus. Voir l’Annexe A pour un résumé de la littérature trouvée dans le cadre de
cette recherche.
CH
L’équipe de Services de bibliothèque de SPO effectue un examen rapide de la littérature existante sur
l’infectiosité des infections par le variant Omicron sur une base hebdomadaire (chaque mercredi). On a
utilisé la base de données Ovid MEDLINE pour rechercher la littérature évaluée par les pairs jusqu’au 29
décembre 2021. La stratégie de recherche a permis d’extraire des articles contenant au moins un terme
de recherche lié à la COVID-19, un terme de recherche lié aux variants Omicron et un terme de
recherche lié à l’infection/réinfection dans les champs du titre, du résumé, de la vedette-matière ou des
mots-clés. Une recherche de littérature grise, y compris les prépublications, a également été effectuée
AR
pour la même période. Les articles étaient limités à la langue anglaise et les doublons ont été supprimés
de la recherche. Compte tenu de l’incertitude concernant la réinfection par Omicron et pour
comprendre l’intervalle entre les infections ultérieures, aucun intervalle de temps précis n’a été utilisé
dans cette réponse. Voir l’Annexe B pour un résumé de la littérature trouvée dans le cadre de cette
recherche.
Analyse des administrations
Les hôpitaux de la région du Grand Toronto (RGT) ont mis à jour leurs directives de PCI le 31 décembre
2021 (communication personnelle, Susy Hota). Les considérations pour l’examen étaient la transmission
rapide du variant Omicron, maintenant considéré comme la souche dominante dans la communauté, et
la pression subséquente sur les ressources humaines pour les milieux de soins de santé lors de la mise
en œuvre de l’approche standard de quarantaine et d’isolement. Les hôpitaux de la RGT ont déterminé
les conditions et les déclencheurs de capacité interne pour ajuster leurs stratégies de PCI, notamment le
retour précoce des cas et des contacts des travailleurs de la santé et le regroupement en cohorte des
patients. Les directives utilisent un système de codes de couleur pour catégoriser la tension exercée sur
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 3le système de soins de santé : vert pour le maintien du statu quo, jaune pour une tension modérée et
rouge pour une tension élevée.
Stratégies de regroupement en cohorte des patients
Le regroupement en cohorte consiste à regrouper des patients présentant des traits/problèmes
communs et/ou des infections communes. On utilise souvent le regroupement en cohorte pour confiner
et contenir la transmission de virus, mais on peut également utiliser cette approche pour améliorer
l’efficience des activités de dotation et optimiser la capacité.
Dans l’idéal, lorsque les ressources en personnel et les lits d’hôpitaux ne sont pas à risque, les patients
chez qui une infection à la COVID-19 est soupçonnée ou confirmée devraient être soignés dans une
chambre individuelle avec des précautions supplémentaires et avoir accès à leur propre toilette dans la
mesure du possible.3
En cas d’importantes pénuries de personnel et/ou de lits, des stratégies de regroupement en cohorte
des patients pourraient être envisagées (voir le Tableau 1).
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Tableau 1. Options de regroupement en cohorte des patients dans les milieux de soins actifs
Option de Conceptions des
Type de patient Option privilégiée
remplacement chambres
Patients chez qui la Envisager des chambres
COVID-19 a été
I
confirmée par un test
Regroupement en
cohorte des patients
Regroupement en
cohorte des patients
à deux lits ou plus avec
une séparation spatiale
CH
moléculaire (p. ex. PCR) chez qui la optimisée (idéalement
récemment rétablis*
ou un test antigénique COVID-19 est confirmée > deux mètres entre les
rapide. lits de chaque patient).
Patients chez qui la Regroupement en Regroupement en
Chambre individuelle
COVID-19 est cohorte non cohorte non
privilégiée
soupçonnée recommandé recommandé
Patients ayant eu une Regroupement en Regroupement en
AR
exposition à risque cohorte non cohorte des patients
élevé au SARS CoV-2 recommandé récemment rétablis*
Regroupement en
Regroupement en
cohorte des patients Envisager des chambres
cohorte des :
chez qui la COVID-19 à deux lits ou plus avec
Patients récemment n’est PAS soupçonnée Patients chez qui la une séparation spatiale
rétablis* ou confirmée COVID-19 est confirmée optimisée (idéalement
> deux mètres entre les
Patients récemment
lits de chaque patient).
rétablis
*Les patients récemment rétablis sont ceux qui ont été retirés des précautions supplémentaires ET qui se trouvent
dans la période de 90 jours suivant leur infection ET qui ont reçu un diagnostic de COVID-19 le 20 décembre 2021
ou après (lorsque Omicron représentait plus de 90 % des cas en Ontario).
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 4Stratégies de regroupement en cohorte du personnel
Le regroupement en cohorte du personnel consiste à affecter les fournisseurs de soins de santé précisés
aux soins de seulement les patients connus pour être colonisés ou infectés par le même micro-
organisme. Le regroupement en cohorte du personnel peut être utilisé en plus du regroupement en
cohorte des patients et du regroupement en cohorte géographique en affectant du personnel spécialisé
aux soins des patients infectés ou non. Cette pratique peut être utilisée, en particulier pendant les
éclosions, pour réduire le potentiel d’infection croisée entre les patients et limiter le nombre de
travailleurs de la santé et d’autres membres du personnel exposés aux cas infectés en limitant le
nombre de membres du personnel interagissant avec les patients. Voir le Tableau 2 pour les options de
regroupement en cohorte du personnel.
Tableau 2. Options de regroupement en cohorte du personnel dans les milieux de soins actifs
Type de personnel Option privilégiée Option de remplacement
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Pourrait être affecté aux : Affectations habituelles, mais dans la
mesure du possible, éviter les soins
Patients chez qui la COVID-19 est directs aux patients présentant le plus
Personnel chez qui la COVID- confirmée grand risque de maladie grave (p. ex. les
19 est confirmée qui retourne Patients qui se sont récemment patients âgés non vaccinés).
au travail durant sa période rétablis
d’auto-isolement**
Maintenir l’affectation du Maintenir l’affectation du personnel
I personnel cohérente pour réduire
au minimum les expositions.
cohérente pour réduire au minimum les
expositions.
CH
**Consulter le Document d’orientation provisoire sur la COVID-19 : Dépistage et gestion des cas, des contacts et
des éclosions intégrés : recrudescence liée au variant omicron4 du ministère de la Santé pour d’autres précautions
en milieu de travail.
Stratégies de gestion des partenaires de soins essentiels
des patients regroupés en cohorte
AR
Les considérations relatives au choix et à la gestion en toute sécurité des partenaires de soins essentiels
des patients regroupés en cohorte devraient être documentées dans le plan de soins du patient et
pourraient inclure les éléments suivants :
Leur risque d’acquisition et/ou de transmission de la COVID-19, c.-à-d. s’ils sont actuellement
infectés à la COVID-19, s’ils y sont exposés ou s’ils s’en sont rétablis (risque le plus faible pour
ceux qui se sont récemment rétablis d’une infection par le variant Omicron).
Leur risque d’infection et de maladie grave (p. ex. âge, statut vaccinal, y compris la dose de
rappel).
Leur capacité à comprendre et à suivre les instructions relatives aux pratiques de PCI,
notamment la façon de mettre et d’enlever l’EPI, l’hygiène des mains et les déplacements
directs vers/depuis l’environnement de soins aux patients et le fait de rester dans cet
environnement.
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 5 La conformité aux exigences de l’organisation en matière d’auto-isolement, de dépistage et de
test.
Facteurs à prendre en considération pour le
regroupement en cohorte des patients
Outre l’application des données probantes disponibles, il existe de nombreux facteurs contextuels
importants qui doivent être pris en compte dans le cadre de toute évaluation des risques et des
recommandations :5
Le regroupement en cohorte des patients ne devrait être envisagé que lorsque les installations et le
personnel appropriés sont disponibles.
Le regroupement en cohorte géographique consiste à restreindre les patients infectés ou
colonisés par le même micro-organisme à plusieurs pièces d’un couloir ou à une unité clinique
entière. L’utilisation de cette pratique peut limiter la transmission en séparant et en éloignant
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dans une zone précise les personnes infectées ou colonisées de celles qui ne le sont pas.
Les déplacements multiples de lits pour répondre aux besoins du regroupement en cohorte
peuvent avoir des conséquences inattendues, notamment un risque accru de transmission, une
pression accrue sur le personnel et des effets négatifs sur les soins et la sécurité des patients, tels
que l’augmentation des chutes et la désorientation.6
Lorsque le regroupement en cohorte est envisagé, il convient d’évaluer d’autres facteurs qui ont une
I
incidence à la fois sur le regroupement en cohorte et sur le flux de lits :
CH
les délais d’exécution des résultats des tests de diagnostic pertinents;
les ressources des services environnementaux et de transport;
la nécessité d’accueillir un fournisseur de soins/parent/aide;
les besoins médicaux et de sécurité du patient;
les compétences du personnel clinique.
AR
Le regroupement en cohorte ne devrait jamais compromettre les pratiques de contrôle des
infections, et les précautions supplémentaires doivent être appliquées individuellement pour
chaque patient de la cohorte, le cas échéant.
Des protocoles clairs devraient être disponibles pour guider le personnel dans l’utilisation
appropriée de l’EPI au sein d’une même cohorte et entre les cohortes, y compris les pratiques
pour mettre et enlever l’EPI.7
Le matériel de soins doit être dédié à chaque patient ou nettoyé entre deux utilisations sur des
patients/résidents de la même cohorte.
Les patients ne devraient pas être regroupés en cohorte s’il existe un risque de transmission
d’autres infections, p. ex. l’infection à Clostridium difficile.
Les patients chez qui la COVID-19 est confirmée peuvent être regroupés en cohorte, quel que
soit le statut du VP.
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 6
Les patients chez qui la COVID-19 est soupçonnée ne devraient pas être regroupés en cohorte.8
Les patients récemment rétablis peuvent être regroupés en cohorte avec :
les patients chez qui la COVID-19 n’est PAS soupçonnée ou confirmée;
les patients chez qui la COVID-19 est confirmée, en commençant par les patients qui se
sont le plus récemment rétablis;
d’autres patients récemment rétablis;
les patients qui ont eu un risque élevé d’exposition au SRAS CoV-2, en commençant par les
patients qui se sont le plus récemment rétablis.
Privilégier les chambres individuelles pour :
les patients chez qui la COVID-19 est soupçonnée;
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les patients qui ont eu un risque élevé d’exposition au SRAS CoV-2.
Privilégier les chambres à plusieurs lits pour le regroupement en cohorte :
des patients chez qui la COVID-19 est confirmée;
des patients qui se sont récemment rétablis de la COVID-19.
Le regroupement en cohorte dans des espaces non classiques (couloirs, baies ouvertes, salles
I
non cliniques réaffectées) devrait être évité pour les patients chez qui le SRAS Co-V-2 est
soupçonné ou confirmé ou qui ont eu une exposition à risque élevé à ce virus.
CH
Les espaces utilisés pour le regroupement en cohorte devraient :
prévoir la séparation spatiale nécessaire entre les patients d’une même cohorte
(idéalement plus de deux mètres entre les lits), y compris une chaise d’aisance individuelle
au chevet du patient si possible;
optimiser la ventilation;
AR
répondre à tout besoin de sécurité ou médical des patients.
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 7Annexes : Résumé de la littérature
Annexe A : Durée de l’infectivité
La méthodologie utilisée pour repérer la littérature résumée ci-dessous est documentée dans la section
Méthodologie.
Considérations relatives aux laboratoires
Définition de l’infectivité fondée sur des critères de tests
La probabilité de transmission secondaire d’une personne infectée par la COVID-19 à une
personne non infectée est multifactorielle. Deux facteurs qui influent sur la transmission sont 1)
la présence et 2) la quantité de virus réplicatifs (infectieux) dans les voies respiratoires.
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La méthode standard pour détecter les virus réplicatifs est la culture virale. Cependant, la
culture prend du temps et nécessite une expertise et une infrastructure particulières. La culture
virale nécessite généralement une charge virale élevée pour que les virus viables soient
détectables sur les cellules cultivées et n’est donc pas très sensible.9 Une culture négative ne
signifie pas nécessairement l’absence de virus réplicatifs dans l’échantillon testé.
Étant donné que la quantification du virus nécessite une analyse parallèle d’échantillons
précédemment quantifiés, la plupart des laboratoires ne mesurent pas systématiquement le
I
nombre de copies du SRAS-CoV-2 dans les échantillons cliniques. Un marqueur de substitution
de la charge virale est le nombre de cycles de thermocyclage PCR au-delà duquel le signal
CH
d’amplification détecté dans l’échantillon est supérieur au signal de fond du test. Plus la charge
virale est élevée, plus le nombre de cycles nécessaires pour détecter un signal est faible. Les
tests PCR varient sur les plans de l’efficacité et de la capacité de détection. Par conséquent, la
valeur de cycle seuil (Ct) qui définit un échantillon détecté pourrait varier de manière
considérable selon le test utilisé.
Données de laboratoire de SPO sur les valeurs Ct des échantillons positifs d’Omicron
Entre le 1er juillet et le 30 novembre 2021, lorsque le variant Delta était la lignée dominante, la
AR
valeur Ct médiane des échantillons positifs de SRAS-CoV-2 sur la plateforme de test PCR
développé en laboratoire (TDL) à SPO variait entre 23,6 et 26,7 pour les cas asymptomatiques et
entre 21 et 22,1 pour les cas symptomatiques.
Du 15 au 20 décembre 2021, alors que le variant Omicron est devenu la lignée prédominante, la
valeur Ct médiane des échantillons positifs variait entre 20,7 et 24,1 pour les cas
asymptomatiques et entre 18,3 et 22,1 pour les cas symptomatiques (voir le Tableau A1).
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 8Tableau A1. Valeurs Ct des échantillons confirmés de SRAS-CoV-2 (n = 2 271) provenant de cas
symptomatiques et asymptomatiques, par statut vaccinal, du 15 au 20 décembre 2021
(laboratoire de SPO)
VÉ
Légende du tableau A1 : N, nombre de cas; Ct, cycle seuil; TDL, test développé en laboratoire; E, enveloppe; P25,
quartile inférieur (25e centile); P75, quartile supérieur (75e centile); IPV, infection post-vaccinale.
Dans l’ensemble, il semble y avoir une tendance vers des valeurs Ct légèrement inférieures
I
pendant la période du 15 au 20 décembre 2021 par rapport à la période du 1er juillet au 30
novembre 2021, en particulier parmi les infections post-vaccinales. Cela pourrait indiquer un
CH
risque d’infectivité légèrement accru au sein de ces populations, bien que des analyses
supplémentaires soient nécessaires pour déterminer si ces différences sont statistiquement
significatives. Une hypothèse pourrait être que l’efficacité réduite du vaccin contre Omicron
pourrait conduire à des charges virales plus élevées au sein des populations vues vaccinées.
Valeurs Ct et dynamique virale pour Omicron d’après l’apparition des symptômes
La modélisation des données de laboratoire de SPO et de l’outil de gestion des cas et des
contacts (GCC) pour la santé publique confirme également qu’Omicron ne semble pas être
AR
moins infectieux que les autres variants (voir la Figure 1). D’après les estimations des valeurs Ct
selon le nombre de jours écoulés depuis l’apparition des symptômes, les données de
modélisation semblent indiquer des charges virales équivalentes (voire légèrement plus élevées)
vers le moment de l’apparition des symptômes comparativement aux lignées antérieures. La
dynamique de la charge virale au fil du temps donne également à penser que la période
d’infectivité n’est pas réduite comparativement aux lignées antérieures et pourrait même être
augmentée dans certains cas. Avec d’autres variants préoccupants, une réduction plus rapide de
la charge virale de l’infection a été observée au sein des cohortes vaccinées par opposition aux
personnes non vaccinées.10,11 Dans le cas d’Omicron cependant, il ne semble pas y avoir de
clairance virale plus rapide au sein des groupes vaccinés (communication personnelle, Kevin
Brown).
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 9VÉ
Figure 1. Charge virale au fil du temps depuis l’apparition des symptômes et groupée par âge en années (20, 40,
60) et par statut vaccinal (non vacciné par opposition à deux doses). La charge virale est représentée par une
échelle inversée de l’axe des y du cycle seuil (-Ct), les valeurs du cycle seuil étant inversement proportionnelles à la
charge virale. L’axe des x représente le nombre de jours depuis l’apparition des symptômes
I
(jours_sympt_avant_échantillon), les valeurs négatives représentant la phase présymptomatique de la maladie.
CH
Littérature sur la durée de l’infectivité
Un examen rapide n’a pas permis de trouver de données probantes concernant la durée de
l’infectivité et le variant Omicron.
Aux États-Unis, le New York Times a rapporté que lorsque le CDC a formulé ses récentes
recommandations visant à faire passer les périodes d’isolement des personnes infectées
de 10 à 5 jours, il a intégré une modélisation non publiée sur la propagation du variant
Delta qui a révélé que le risque de transmission était de 13 % cinq jours après qu’une
AR
personne a été déclarée positive, et que le CDC travaillait à rendre ces données
publiques.12,13
Une étude de modélisation de la transmission d’Omicron dans les foyers danois (prépublication)
semble indiquer une augmentation des taux d’attaque secondaire (TAS) pouvant atteindre 31 %
au septième jour suivant l’identification du cas primaire, comparativement à 21 % pour les
infections par le Delta.14 La différence entre les deux lignées était plus importante au sein des
groupes vaccinés qu’au sein des groupes non vaccinés. Le TAS semblait se stabiliser vers le
septième jour, bien que la proportion de membres du foyer testés se soit également stabilisée
au septième jour, à environ 87-89 % des membres du foyer.
Des données très limitées sur la durée de l’infectivité et le variant Delta semblent indiquer que
les cultures virales sont positives pendant cinq à sept jours après le début de la maladie/le test
positif, et que les cultures sont habituellement positives pendant la même période ou plus
longtemps comparativement aux infections par le CoV-SRAS de type sauvage.
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 10 Une petite étude réalisée par Siedner et coll. a examiné la durée de l’excrétion virale et la
positivité des cultures avec les infections post-vaccinales par le Delta (n=10)
comparativement aux infections autres que par le Delta (n=14).15 Les personnes atteintes
d’une infection post-vaccinale par le Delta présentaient une charge virale initiale plus
élevée, une décroissance plus lente de la charge virale évaluée par PCR (médiane de 13,5
par opposition à quatre jours) et une durée plus longue de virus cultivable (médiane de
sept par opposition à trois jours) par rapport aux variants autres que Delta, bien que la
différence de durée des virus cultivables n’ait pas été statistiquement significative. Toutes
les cultures étaient négatives au 10e jour, à l’exception d’une personne atteinte du variant
Delta qui avait une culture positive au 11e jour et était toujours symptomatique au
moment de la culture.
Une prépublication de Salvatore et coll. a suivi les marqueurs d’excrétion virale chez des
personnes vaccinées et non vaccinées dans une prison fédérale américaine lors d’une
éclosion de Delta.16 L’étude comprenait 95 cas (78 entièrement vaccinés, 17 non
entièrement vaccinés). Des écouvillons nasaux du cornet nasal moyen ont été prélevés
pendant les 10 jours suivant la confirmation par test de l’infection d’une personne; au
VÉ
total, 978 échantillons nasaux du cornet nasal moyen ont été prélevés (du 12 juillet au 4
août 2021) et testés par PCR. Aucune différence importante n’a été détectée dans la durée
de la positivité des tests PCR entre les participants entièrement vaccinés et ceux qui ne
l’étaient pas (médiane : 13 jours). Pour la durée de la positivité de la culture, aucune
différence importante n’a été détectée entre les participants entièrement vaccinés et ceux
qui ne l’étaient pas (médiane : cinq jours).
On n’a trouvé aucune donnée probante concernant le variant Omicron et le risque résiduel de
I
transmission de la COVID-19 par les personnes infectées selon le nombre de jours depuis
l’apparition des symptômes. Les études de modélisation réalisées avant l’émergence des VP
CH
semblent indiquer que le risque résiduel est d’environ 3 % après cinq jours. Les données limitées
sur la transmission du Delta semblent indiquer que la majorité des transmissions ont eu lieu dans
les quatre jours suivant l’apparition des symptômes.
Les données de modélisation pré-VP ont évalué le risque résiduel de transmission de la
COVID-19 par les personnes infectées selon le nombre de jours écoulés depuis l’apparition
des symptômes, et ont estimé le risque à 10,9-13,7 % après cinq jours, 2,7-3,1 % après sept
jours et 0,3 % après 10 jours.17
AR
Kang et coll. (prépublication) ont analysé rétrospectivement les données relatives aux cas
et aux contacts étroits qui sont devenus des cas secondaires, tous ayant été infectés par le
variant Delta (B.1.617.2) du SRAS-CoV-2 confirmé en laboratoire à Guangdong, en Chine,
entre mai et juin 2021.18 À partir de 94 paires de transmissions, on a estimé que le pic
d’infectiosité était atteint 2,1 jours (IC à 95 % : 1,5-2,7 jours) avant l’apparition des
symptômes; 73,9 % des transmissions ont eu lieu avant l’apparition de la maladie et 97,1 %
des transmissions ont eu lieu dans les quatre jours suivant l’apparition de la maladie.
SPO a également publié le document Options de quarantaines réduites pour les proches
contacts asymptomatiques abordant le rôle de la réduction de la période de quarantaine, y
compris les données probantes limitées liées au risque de transmission du Delta.19 La plupart
des données probantes se rapportaient aux approches d’autorisation fondée sur un dépistage.
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 11Annexe B : Données probantes actuelles sur la réinfection
La méthodologie utilisée pour repérer la littérature résumée ci-dessous est documentée dans la section
Méthodologie.
Nouvelles données probantes sur la réinfection pré-Omicron
En Ontario, le document Personnes entièrement vaccinées contre la COVID-19 et
précédemment positives : Document d’orientation provisoire sur la gestion des cas, des contacts
et des éclosions définit une personne précédemment positive comme ayant une infection
confirmée par le SRAS-CoV-2 dans les 90 jours après avoir été déclarée guérie de sa première
infection.20
Cette orientation ne signifie pas que la réinfection n’est pas possible dans les 90 jours
suivant l’infection initiale, mais elle est plutôt fondée sur le risque plus faible que les cas
résolus exposés contractent l’infection dans la période de 90 jours.
VÉ
En date du 4 janvier 2022, l’Ontario n’a pas encore adopté une définition de cas de réinfection
établie d’après des critères de temps.
En décembre 2021, l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) a publié une définition de
cas de réinfection établie d’après des critères de temps.21 Cette définition de cas comprend les
cas confirmés classés comme résolus qui présentent une nouvelle infection confirmée par le
SRAS-CoV-2 plus de 90 jours après une infection antérieure, d’après la date des épisodes.
I
Les données probantes soutenant l’utilisation d’un intervalle de 90 jours pour les réinfections
comprennent les suivantes :
CH
Selon le US Centers for Disease Control and Prevention (CDC), les adultes rétablis peuvent
continuer à excréter de l’ARN du SRAS-CoV-2 détectable mais non infectieux dans les
échantillons des voies respiratoires supérieures jusqu’à trois mois après le début de la maladie.22
Ainsi, chez les adultes s’étant rétablis d’une infection par le SRAS-CoV-2, un résultat positif à la
RT-PCR du SRAS-CoV-2 sans nouveaux symptômes pendant les 90 jours suivant l’apparition de la
maladie représente plus probablement une excrétion persistante d’ARN viral qu’une réinfection.
Plusieurs études soutiennent l’utilisation d’un intervalle de 90 jours ou plus pour définir la
AR
réinfection :
Lee et coll. ont étudié des patients (n=73) présentant une réinfection potentielle par le
SRAS-CoV-2 aux États-Unis (mai-juillet 2020) et n’ont pas confirmé de réinfection par le
SRAS-CoV-2 dans les 90 jours suivant l’infection initiale d’après les caractéristiques
cliniques et de laboratoire des cas.23
Nicholson et coll. ont identifié 11 personnes (cas positifs entre le 18 mars 2020 et le 31
octobre 2020) dont l’ARN viral a été détecté dans les voies respiratoires supérieures >70
jours après leur infection primaire par le SRAS-CoV-2.24 Sept d’entre elles
correspondaient à une réinfection probable (établie selon des critères de temps et de
tests), tandis que quatre étaient considérées comme des cas de primo-infection avec
excrétion prolongée d’ARN viral. Chez les sept personnes, il s’est écoulé au moins 90
jours entre leur primo-infection par le SRAS-CoV-2 et leur réinfection probable.
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 12 Certaines données probantes, fondées sur un petit nombre de réinfections confirmées par le
SRAS-CoV-2, soutiennent l’utilisation d’un intervalle 90 jours et auraient donc été définis comme
une réinfection d’après la définition de la surveillance au R.-U. (un intervalle > 90 jours
entre deux résultats positifs consécutifs de tests de dépistage du SRAS-CoV-2).
Dans 1 cas sur 17, l’intervalle entre deux épisodes positifs était de 88 jours.
AR
Un rapport plus récent de la UKHSA (23 décembre 2021) signale que sur les 116 683 personnes
identifiées comme ayant une infection par Omicron entre le 1er novembre et le 18 décembre
2021, 11 103 personnes (9,5 %) avaient une infection antérieure confirmée (par PCR ou test
antigénique rapide).28 L’intervalle avant la réinfection variait de 90 à 650 jours, avec une
médiane de 343 jours. Il s’agissait du troisième épisode d’infection pour 69 personnes (>=90
jours entre chaque épisode).
Un article norvégien évalué par les pairs s’est penché sur une éclosion d’Omicron, au cours de
laquelle 81 des 117 personnes présentes à une fête de Noël ont été infectées.29 Au total, huit
des personnes avaient déjà eu la COVID-19, mais aucune ne l’a contractée au cours des quatre
derniers mois.
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 13 Une prépublication réalisée en Afrique du Sud a permis d’identifier 2 796 982 personnes
atteintes du SRAS-CoV-2 confirmé en laboratoire et dont le résultat du test était positif avant le
29 août 2021.30 Il y a eu 35 670 réinfections suspectes entre le 1er et le 27 novembre 2021
(période Omicron). Cette prépublication n’a inclus les réinfections que si le délai entre les tests
positifs séquentiels était d’au moins 90 jours. Le délai entre les tests positifs successifs pour les
personnes chez qui une réinfection était soupçonnée était réparti de manière bimodale, les pics
se situant autour de 180 et 360 jours, fortement influencés par le moment des vagues
épidémiques en Afrique du Sud.
Une autre prépublication provenant d’Afrique du Sud a examiné 17 650 cas d’infections post-
vaccinales (IPV) infectieuses après deux doses contre le variant Omicron survenues entre le 15
novembre et le 15 décembre 2021.31 Il y a eu 28 cas de réinfection, infectés précédemment
pendant la période Beta (17 février – 17 mai 2021) et 786 cas de réinfection, infectés
précédemment pendant la période Delta (18 mai – 14 novembre 2021).
La circonscription sanitaire de Kingston, Frontenac et Lennox et Addington est confrontée à une
importante éclosion due au variant Omicron qui a débuté au début de décembre 2021. Au 22
VÉ
décembre 2021, il y a eu un total de 11 réinfections confirmées, aucune n’ayant eu lieu dans les
90 jours suivant l’infection initiale.
Le Résumé épidémiologique détaillé de Santé publique Ontario (SPO) signale les données
disponibles dans la Solution de gestion des cas et des contacts (Solution GCC) pour tous les
bureaux de santé publique (BSP) de l’Ontario.32 Au 29 décembre 2021, 186 (0,6 %) des cas
confirmés avec le variant de la lignée B.1.1.529 (Omicron) ou la défaillance de la cible du gène S
sont classés comme des réinfections. Ces données sous-représentent toutefois le nombre de
I
réinfections, car elles ne tiennent compte que des cas identifiés comme réinfections par le
ministère de la Santé : Définition de cas – maladie à coronavirus (COVID-19), comme indiqué par
CH
les bureaux de santé publique qui ont coché la case de réinfection.
D’une infection par Omicron à une réinfection par Omicron
On n’a trouvé aucune donnée sur la durée de l’intervalle de réinfection par Omicron pour les
personnes qui ont déjà été infectées par Omicron.
Des données probantes limitées semblent indiquer que les personnes infectées par le variant
Omicron produisent une réponse de neutralisation des anticorps contre le variant Omicron.
AR
Aucune donnée probante n’a été trouvée pour préciser la durée de cette immunité
neutralisante.
Une prépublication d’Afrique du Sud a cherché à savoir si l’infection par le variant Omicron
chez 15 personnes provoque une immunité neutralisante contre les variants Omicron et
Delta au moment de l’inscription, par opposition à une médiane de 14 jours après
l’inscription.33 La neutralisation du variant Omicron a été multipliée par 14 au cours de cette
période, ce qui montre le développement d’une réponse anticorps contre ce variant. Il est
important de noter que la neutralisation du variant Delta a été multipliée par 4,4, ce qui
indique que l’augmentation de la neutralisation du variant Delta chez les personnes
infectées par le variant Omicron peut entraîner une diminution de la capacité du variant
Delta à réinfecter ces personnes.
Au 4 janvier 2022, cela fera 57 jours qu’Omicron a été détecté pour la première fois en Afrique
du Sud, et il est prudent de continuer à surveiller les données probantes concernant la
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 14possibilité que les personnes infectées par Omicron soient réinfectées par Omicron dans les 90
jours suivant la date de leur épisode initial.
I VÉ
CH
AR
(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
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(ARCHIVÉ) Stratégies de regroupement en
cohorte pour faciliter le flux de lits dans les milieux de soins actifs 17Vous pouvez aussi lire
