Nos offres de formations 2019 - Genoscreen
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Nos offres de formations 2019
SOMMAIRE :
Formations en Bioinformatique
Linux et la ligne de commande
01
02
Contrôle qualité de données NGS
03
Assemblage de novo
04
Annotation de séquences
05
Maitrise de blast
06
Détection de variants par mapping
Formation en Métagénomique
07
Approche analytique pour l’étude à
haut débit des communautés micobiennes
08
CalendrierFORMATION EN BIOINFORMATIQUE
LINUX ET LA LIGNE DE COMMANDE (RÉFÉRENCE: GFBCMD)
Type
50 % théorie / 50 % pratique
Lieu
GENOSCREEN (Lille – 59) Prérequis
Aptitudes de base avec l’outil informatique en général (traitement
Durée de texte, Internet, fichiers).
1 jour
Matériel (compris pour formation en interne)
Prix Ordinateur avec Linux ou Mac OS et accès Internet.
Session inter-entreprises : 800 € HT/Inscrit
Participants
Dates Docteurs, ingénieurs, chercheurs souhaitant s’initier et acquérir
Session inter-entreprises : cliquez-ici une base solide dans l’utilisation de la ligne de commande.
Modalités Objectifs
• Formations alternant des exposés À l’issue de la formation, le candidat possèdera les outils
théoriques et des travaux théoriques et pratiques afin de maîtriser la ligne de commande
pratiques. Des exemples concrets sous environnement Linux. Les aptitudes ainsi développées seront
sont présentés. directement applicables pour les logiciels de Bioinformatique.
• Evaluation individuelle de
l’acquisition des connaissances. PROGRAMME
• Remise des supports de formation. Introduction aux systèmes d’exploitation (OS, operating
systems) et aux distributions UNIX. Installation de la distribution
Ubuntu (dual-boot ou machine virtuelle selon les disponibilités
matérielles). Arborescence et organisation des dossiers et
fichiers. Notions de chemin relatif et absolu. Décryptage d’un
Session personnalisée
Nous proposons aussi des terminal: la console, le shell et le prompt. Anatomie et structure
formations intra-entreprise dont le d’une ligne de commande. Instructions de base: se déplacer
contenu et la durée peuvent être dans l’arborescence, lister, créer, renommer, copier, et supprimer
adaptés à vos objectifs. des fichiers et dossiers. S’aider de l’autocomplétion. Accéder
Nous consulter pour plus à l’aide et aux manuels. Edition d’un fichier texte avec nano et
d’informations : cliquez-ici vi. Instructions et manipulations avancées: redirections (stdin,
stdout, stderr), pipes et introduction aux expressions régulières
(grep, sed).
GENOSCREEN est un organisme de formation enregistré au n°31 59 06657 59 (DRTEFP Lille, France)
CONTACT
1 rue du Professeur Calmette commercial.dept@genoscreen.com
59000 Lille - FRANCE +33(0) 359 317 404FORMATION EN BIOINFORMATIQUE
CONTRÔLE QUALITÉ DE DONNÉES NGS (REFÉRENCE: GFBQCN)
Type
70 % théorie / 30 % pratique
Lieu
GENOSCREEN (Lille – 59) Prérequis
Aptitudes de base avec l’outil informatique en général (traitement
Durée de texte, Internet, fichiers) et les techniques NGS.
½ journée
Matériel (compris pour formation en interne)
Prix Ordinateur avec Linux ou Mac OS et accès Internet.
Session inter-entreprises : 500 € HT/Inscrit
Participants
Dates Docteurs, ingénieurs, chercheurs souhaitant traiter des données
Session inter-entreprises : cliquez-ici brutes de séquençage.
Modalités Objectifs
• Formations alternant des exposés À l’issue de la formation, le candidat maîtrisera les techniques
théoriques et des travaux d’analyse de la qualité brute, le choix des paramètres de filtrage
pratiques. Des exemples concrets et sera en mesure de détecter la présence d’un contaminant de
sont présentés. manière à obtenir un jeu de données propres.
• Evaluation individuelle de
l’acquisition des connaissances. PROGRAMME
• Remise des supports de formation.
Rappel du format FASTQ et contrôle de la qualité de données
brutes avec le logiciel FASTQC. Description des métriques telles
que l’appel de bases (basecalling), les distributions en contenu
GC, les méthodes de détection de contamination biologique et
Session personnalisée technique, etc. Choix des paramètres de filtrages tels que le
Nous proposons aussi des trimming en 5’ et 3’ avec le logiciel PRINSEQ (online ou à la ligne
formations intra-entreprise dont le de commande). L’élimination de bases non attribuées (N’s) et de
contenu et la durée peuvent être la présence d’adaptateurs et d’amorces (primers) avec le logiciel
adaptés à vos objectifs. CUTADAPT (ligne de commande). Obtention et interprétation
Nous consulter pour plus des statistiques descriptives d’un jeu de données brutes et d’un
d’informations : cliquez-ici jeu de données filtrées.
Possibilité de venir avec ses propres données/séquences(1).
(1) Données issues de technologies Illumina.
GENOSCREEN est un organisme de formation enregistré au n°31 59 06657 59 (DRTEFP Lille, France)
CONTACT
1 rue du Professeur Calmette commercial.dept@genoscreen.com
59000 Lille - FRANCE +33(0) 359 317 404FORMATION EN BIOINFORMATIQUE
ASSEMBLAGE DE NOVO (RÉFÉRENCE: GFBASN)
Type
60 % théorie / 40 % pratique
Lieu
GENOSCREEN (Lille – 59) Prérequis
Connaissances de base en Biologie Moléculaire, théorie des
Durée NGS, maîtrise du contrôle qualité des données NGS et utilisation
½ journée de la ligne de commande sous LINUX.
Prix Matériel (compris pour formation en interne)
Session inter-entreprises : 500 € HT/Inscrit Ordinateur avec Linux ou Mac OS et accès Internet.
Dates Participants
Session inter-entreprises : cliquez-ici Docteurs, ingénieurs, chercheurs souhaitant maîtriser les
techniques d’assemblage et d’analyse de données génomiques.
Modalités
• Formations alternant des exposés Objectifs
théoriques et des travaux À l’issue de la formation, le candidat sera en mesure de réaliser
pratiques. Des exemples concrets un assemblage de novo avec des données NGS (1) issus de
sont présentés. procaryotes, à l’aide de SPAdes, de maîtriser la méthodologie et
• Evaluation individuelle de de comprendre l’influence des différents paramètres applicables
l’acquisition des connaissances. au jeu de données afin d’interpréter au mieux les résultats.
• Remise des supports de formation.
PROGRAMME
Introduction aux méthodologies d’assemblage de novo, des
différents algorithmes (greedy, overlay layout consensus, De
Bruijn graphs), Concepts généraux de reads, contigs, scaffold.
Session personnalisée
Assemblages de novo à partir de données Illumina en utilisant
Nous proposons aussi des
formations intra-entreprise dont le SPAdes, évaluation de la couverture à partir de Bowtie2 et
contenu et la durée peuvent être estimation de la profondeur avec la suite SAMTOOLS.
adaptés à vos objectifs. Pour chaque étape, les métriques et statistiques des résultats
Nous consulter pour plus seront abordés afin d’évaluer et de valider les résultats.
d’informations : cliquez-ici
Possibilité de venir avec ses propres données/séquences (1) .
(1) Données issues de technologies Illumina.
GENOSCREEN est un organisme de formation enregistré au n°31 59 06657 59 (DRTEFP Lille, France)
CONTACT
1 rue du Professeur Calmette commercial.dept@genoscreen.com
59000 Lille - FRANCE +33(0) 359 317 404FORMATION EN BIOINFORMATIQUE
ANNOTATION DE SÉQUENCES (RÉFÉRENCE: GFBADS)
type
60 % théorie / 40 % pratique
Lieu
GENOSCREEN (Lille – 59) Prérequis
Familiarité avec les technologies de séquençage haut débit
Durée (NGS), maîtrise de l’assemblage de séquences et utilisation de
½ journée la ligne de commande sous LINUX.
Prix
Matériel (compris pour formation en interne)
Session inter-entreprises : 500 € HT/Inscrit Ordinateur avec Linux ou Mac OS et accès Internet.
Participants
Dates Docteurs, ingénieurs, chercheurs souhaitant découvrir et acquérir
Session inter-entreprises : cliquez-ici de solides bases en annotation de séquences.
Modalités objectifs
• Formations alternant des exposés À l’issue de la formation, le candidat sera en mesure d’établir
théoriques et des travaux une stratégie d’annotation de ses séquences jusqu’à la voie
pratiques. Des exemples concrets métabolique, mais également d’exploiter les ressources
sont présentés. publiques disponibles online comme EggNOG, ainsi que le
• Evaluation individuelle de
logiciel PROKKA.
l’acquisition des connaissances.
• Remise des supports de formation. PROGRAMME
Introduction à l’annotation de séquences, son utilité, ses
stratégies et méthodologie générale. Annotation fonctionnelle
de génome et transcriptomes, eucaryotes et procaryotes.
Annotation structurelle par recherche de motifs, patterns et
Session personnalisée
classification en familles protéiques (PFAM, Protein Families).
Nous proposons aussi des
formations intra-entreprise dont le Initiation à PROKKA: logiciel d’annotation des organismes
contenu et la durée peuvent être procaryotes automatisé. Présentation de la base de donnée
adaptés à vos objectifs. des voies métaboliques (KEGG, Kyoto Encyclopedia of Genes
Nous consulter pour plus and Genomes). Description des définitions standardisées avec
d’informations : cliquez-ici la Gene Ontology (GO). EggNOG: bases de données des
groupes orthologues et d’annotation fonctionnelle en libre accès.
Présentation du format standard d’annotation GFF.
Possibilité de venir avec ses propres données/séquences (1).
(1) Données issues de technologies Illumina.
GENOSCREEN est un organisme de formation enregistré au n°31 59 06657 59 (DRTEFP Lille, France)
CONTACT
1 rue du Professeur Calmette commercial.dept@genoscreen.com
59000 Lille - FRANCE +33(0) 359 317 404FORMATION EN BIOINFORMATIQUE
MAITRISE DE BLAST (RÉFÉRENCE: GFBMBB)
Type
60 % théorie / 40 % pratique
Lieu
GENOSCREEN (Lille – 59) Prérequis
Aptitudes de base avec l’outil informatique en général
Durée (traitement de texte, Internet, fichiers) et utilisation de la
½ journée ligne de commande sous LINUX.
Prix Matériel (compris pour formation en interne)
Session inter-entreprises : 500 € HT/Inscrit Ordinateur avec Linux ou Mac OS et accès Internet.
Dates Participants
Session inter-entreprises : cliquez-ici Docteurs, ingénieurs, chercheurs souhaitant comprendre
et maîtriser BLAST online & offline, l’outil de référence pour
Modalités la recherche et l’alignement pair de séquences.
• Formations alternant des exposés
théoriques et des travaux Objectifs
pratiques. Des exemples concrets À l’issue de la formation, le candidat maîtrisera le logiciel
sont présentés. BLAST via les interfaces disponibles sur Internet. Ainsi
• Evaluation individuelle de que la version du logiciel BLAST localement, permettant
l’acquisition des connaissances. de profiter de la puissance de la machine utilisée, mais
• Remise des supports de formation. aussi de rechercher des informations sur des banques
privées tout en gardant les séquences recherchées sous
confidentialité. La compréhension et l’aptitude à établir les
paramètres optimaux seront couplées à la connaissance
des métriques afin d’interpréter au mieux les résultats.
Session personnalisée
Nous proposons aussi des Programme
formations intra-entreprise dont le Rappel du format FASTA. Introduction et présentation exhaustive
contenu et la durée peuvent être de BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), son algorithme,
adaptés à vos objectifs.
les paramètres et métriques. Exercices et interprétation de
Nous consulter pour plus
d’informations : cliquez-ici résultats pour la recherche d’information nucléotidique et
protéique. Explication des différentes variantes de BLAST:
BLASTn, megaBLAST, BLASTp, BLASTx, tBLASTx, phi/psi-
BLAST.
Possibilité de venir avec ses propres données/séquences (1).
(1) Données issues de technologies Illumina.
GENOSCREEN est un organisme de formation enregistré au n°31 59 06657 59 (DRTEFP Lille, France)
CONTACT
1 rue du Professeur Calmette commercial.dept@genoscreen.com
59000 Lille - FRANCE +33(0) 359 317 404FORMATION EN BIOINFORMATIQUE
DÉTECTION DE VARIANTS PAR MAPPING (RÉFÉRENCE: GFBMUT)
Type
50 % théorie / 50 % pratique
Lieu
GENOSCREEN (Lille – 59) Prérequis
Connaissances de base en Biologie Moléculaire, théorie des
Durée NGS, maîtrise du contrôle qualité des données NGS et utilisation
1 jour de la ligne de commande sous LINUX.
Prix Matériel (compris pour formation en interne)
Session inter-entreprises : 800 € HT/Inscrit Ordinateur avec Linux ou Mac OS et accès Internet.
Dates Participants
Session inter-entreprises : cliquez-ici Docteurs, ingénieurs, chercheurs souhaitant analyser leurs
données NGS (1) en vue de détecter les variants génomiques de
Modalités type SNP, insertions et délétions.
• Formations alternant des exposés
théoriques et des travaux Objectifs
pratiques. Des exemples concrets À l’issue de cette formation, le candidat maîtrisera les concepts
sont présentés. et méthodes amenant à la détection de variants (SNP/indels) à
• Evaluation individuelle de partir d’un mapping à grande échelle.
l’acquisition des connaissances.
• Remise des supports de formation. PROGRAMME
Rappels sur les variants génétiques (SNP, insertions, délétions)
et à leur méthode de détection grâce aux technologies NGS
(Next Generation Sequencing). Le mapping à grand échelle de
reads sur une référence grâce à la transformée de Burrows-
Session personnalisée
Nous proposons aussi des Wheeler, avec le programme BOWTIE2. Présentation de la suite
formations intra-entreprise dont le logicielle SAMtools et d’un workflow typique et des paramètres
contenu et la durée peuvent être associés. Explication des formats de fichiers (SAM, BAM, VCF,
adaptés à vos objectifs. BCF), des flags et du code CIGAR. Mise en pratique: du mapping
Nous consulter pour plus à la détection des variants, étapes et résultats. Visualisation de
d’informations : cliquez-ici résultats grâce aux logiciels TABLET ou ARTEMIS ACT.
Possibilité de venir avec ses propres données/séquences (1).
(1) Données issues de technologies Illumina.
GENOSCREEN est un organisme de formation enregistré au n°31 59 06657 59 (DRTEFP Lille, France)
CONTACT
1 rue du Professeur Calmette commercial.dept@genoscreen.com
59000 Lille - FRANCE +33(0) 359 317 404FORMATION EN MÉTAGÉNOMIQUE CIBLÉE
APPROCHE ANALYTIQUE POUR L’ÉTUDE À HAUT DÉBIT DES COMMUNAUTÉS MICROBIENNES
Du prélèvement au traitement bioinformatique des données
(RÉFÉRENCE: GFMBMC)
Type
40 % théorie / 60 % pratique
Lieu
GENOSCREEN (Lille – 59)
Prérequis
Connaissances de base en microbiologie, génomique et biologie
Durée moléculaire et aptitudes de base avec l’outil informatique (tableur,
1 journée ½ internet et fichiers).
Participants
Prix Docteurs et ingénieurs, dans le domaine académique ou industriel,
Session inter-entreprises : 1 400 € HT/Inscrit souhaitant renforcer ses connaissances théoriques et s’initier au
traitement bioinformatique des données NGS en métagénomique.
Dates
Session inter-entreprises : cliquez-ici
Objectifs
A l’issue de la formation, le candidat sera familiarisé avec les
stratégies d’analyse des communautés microbiennes par approche
Modalités
• Formations alternant des exposés de métagénomique ciblée ainsi qu’avec la gestion des données
théoriques et des travaux générées : étapes, outils disponibles, paramétrages possibles et
pratiques. Des exemples concrets présentation des données.
sont présentés.
Programme
• Evaluation individuelle de
l’acquisition des connaissances. 1ère demi-journée : Théorie
• Remise des supports de formation. • La diversité microbienne : domaine de la vie, habitats.
• Les approches d’identification : culturales vs moléculaires.
• Les approches moléculaires dites globales : techniques
métaomiques, étude des microbiomes / microbiotes.
• Rappel sur les technologies de séquençage de nouvelle génération.
Session personnalisée 2ème et 3ème demi-journées :
Nous proposons aussi des Applications pratiques avec traitement de données
formations intra-entreprise dont le Partie Technique :
contenu et la durée peuvent être • Préparation et contrôle de l’ADN métagénomique.
adaptés à vos objectifs. • Construction des librairies amplicons,
Nous consulter pour plus • Séquençage NGS (Illumina MiSeq et / ou HiSeq).
d’informations : cliquez-ici Partie Bioinformatique :
• Appréhension des données brutes.
• Traitement primaire des données: démultiplexage, contrôle
qualité, trimming, réassociation des lectures pairées, détection
et élimination des chimères.
• Création des OTUs, Affiliation taxonomique: découverte
et utilisation des pipelines QIIME 2 et MOTHUR pour la création
des OTUs, leur nettoyage et l’affiliation taxonomique finale.
GENOSCREEN est un organisme de formation enregistré au n°31 59 06657 59 (DRTEFP Lille, France)
CONTACT
1 rue du Professeur Calmette commercial.dept@genoscreen.com
59000 Lille - FRANCE +33(0) 359 317 404Calendrier 2019 Formations en Bioinformatique et Métagénomique
CALENDRIER MARS 2019 19 au 26 mars
• Linux et la ligne de commande - Ref : GFBCMD mardi 19 mars (journée)
• Contrôle qualité des données NGS - Ref : GFBQCN mercredi 20 mars (matinée)
• Assemblage de novo - Ref : GFBASN mercredi 20 mars (après-midi)
• Annotation - Ref : GFBADS jeudi 21 mars (matinée)
• Maitrise de BLAST - Ref : GFBMBB jeudi 21 mars (après-midi)
• Détection de variants - Ref : GFBMUT vendredi 22 mars (journée)
• Métagénomique (Théorie) - Ref : GFMBMC lundi 25 mars (après-midi)
• Métagénomique (Pratique) - Ref : GFMBMC mardi 26 mars (journée)
CALENDRIER JUIN 2019 18 au 25 juin
• Linux et la ligne de commande - Ref : GFBCMD mardi 18 juin (journée)
• Contrôle qualité des données NGS - Ref : GFBQCN mercredi 19 juin (matinée)
• Assemblage de novo - Ref : GFBASN mercredi 19 juin (après-midi)
• Annotation - Ref : GFBADS jeudi 20 juin (matinée)
• Maitrise de BLAST - Ref : GFBMBB jeudi 20 juin (après-midi)
• Détection de variants - Ref : GFBMUT vendredi 21 juin (journée)
• Métagénomique (Théorie) - Ref : GFMBMC lundi 24 juin (après-midi)
• Métagénomique (Pratique) - Ref : GFMBMC mardi 25 juin (journée)
Plus de renseignements : commercial.dept@genoscreen.com / 03 59 31 74 04Calendrier 2019 Formations en Bioinformatique et Métagénomique CALENDRIER OCTOBRE 2019 7 au 15 oct. • Linux et la ligne de commande - Ref : GFBCMD lundi 7 oct. (journée) • Contrôle qualité des données NGS - Ref : GFBQCN mardi 8 oct. (matinée) • Assemblage de novo - Ref : GFBASN mardi 8 oct. (après-midi) • Annotation - Ref : GFBADS mercredi 9 oct. (matinée) • Maitrise de BLAST - Ref : GFBMBB mercredi 9 oct. (après-midi) • Détection de variants - Ref : GFBMUT jeudi 10 oct. (journée) • Métagénomique (Théorie) - Ref : GFMBMC lundi 14 oct. (après-midi) • Métagénomique (Pratique) - Ref : GFMBMC mardi 15 oct. (journée) Plus de renseignements : commercial.dept@genoscreen.com / 03 59 31 74 04
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