Aide décisionnelle de Swissnoso sur les méthodes diagnostiques de COVID-19 dans le cadre des soins aigus (29 mars 2021, v1)

Aide décisionnelle de Swissnoso sur les méthodes diagnostiques de COVID-19 dans le cadre des soins aigus (29 mars 2021, v1)
(Ce document remplace le document « Aide à la décision pour l'utilisation de tests de détection antigénique rapides (RADT) dans les hôpitaux de soins aigus ayant un accès limité aux tests par PCR pour
le diagnostic des infection COVID-19 », V1.0" à partir du 17 novembre 2020, et la « Position Swissnoso : Dépistage COVID-19 chez les patients asymptomatiques », Version 1.1, du 29 octobre 2020).

Introduction
Après plus d'un an de pandémie, plusieurs méthodes diagnostiques de détection du SARS-CoV-2 sont disponibles pour les personnes asymptomatiques et
symptomatiques1. L'acide nucléique viral (ARN) peut être détecté par amplification en chaîne par polymérase (PCR), l'antigène viral par un test antigénique rapide
(RADT) et les anticorps par sérologie sanguine. peuvent être utilisés pour confirmer l'infection et la tomographie thoracique (CT-scan) pour identifier les signes de
la maladie COVID-19. Cependant, l'interprétation des résultats de ces tests et la détermination de l'infectiosité peuvent être difficiles dans la pratique. Plusieurs
facteurs jouent un rôle en fonction de l’évolution de la maladie , notamment le type de prélèvements, leur qualité, le moment où ils ont eu lieu et la méthode
diagnostique choisie. La combinaison de différentes méthodes diagnostiques peut contribuer à améliorer le rendement diagnostique et à orienter la prise en charge
ultérieure.

PCR
Le test d'amplification de l’acide nucléique par PCR (test moléculaire) reste l'étalon-or pour confirmer ou infirmer une infection par SARS-CoV-2 dans des
échantillons adéquats des voies respiratoires ou de la salive. Les tests PCR quantitatifs sont de plus en plus disponibles et très utiles pour déterminer la valeur Ct
(mesure indirecte de la charge virale par le nombre de cycles nécessaires pour détecter l’ARN: des valeurs Ct plus faibles correspondent à une charge virale plus
élevée). Des valeurs CT >35 (charge virale très faible) indiquent un risque d'infectiosité extrêmement faible (marge de sécurité incluse).
Pour les échantillons confirmés positifs, d'autres tests moléculaires peuvent être indiqués (par exemple, la PCR ciblée sur des mutations pour la détection de
nouveaux variants de SARS-CoV-2, s'ils sont suspectés, ou le séquençage génomique). Le diagramme 1 fournit un exemple2 qui peut être adapté au contexte d’aide
décisionnelle pour l'interprétation des résultats PCR positifs pour SARS-CoV-2 dans les soins aigus chez les personnes symptomatiques par rapport aux personnes
asymptomatiques,.

Test de détection antigénique rapide (RADT)
Lorsque l'accès rapide au test PCR est limité, les RADT peuvent aider à prendre rapidement des décisions sur la gestion et l'isolement des patients et des
professionnels de la santé (PS). Les cliniciens doivent savoir que le rendement le plus élevé se situe chez les individus symptomatiques/pendant la phase précoce de
l'infection, que la sensibilité et la spécificité des RADT sont plus faibles (par rapport à la PCR) et que la probabilité pré-test3 influence l'interprétation des résultats1.
Ainsi le risque d'un résultat RADT faussement négatif est plus élevé lorsque la prévalence de la maladie dans la population estt élevée (en raison d’unevaleur
prédictive négative plus basse). Vice-versa, le risque de résultats RADT faussement positifs est plus élevé lorsque la prévalence de la maladie est faible (valeur

1 Peeling RW, et al. Scaling up COVID-19 rapid antigen tests: promises and challenges. The Lancet Infectious Diseases. 2021 Feb 23. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(21)00048-7
2 Adapté de HUG, Interprétation d’une RT-PCR SARS-CoV-2 positive, v1 26.2.21 https://www.hug.ch/sites/interhug/files/structures/coronavirus/documents/interpretation-rt-pcr-plus-35-milieu-hospitalier.pdf
3
  Probabilité estimée de la maladie avant la réalisation du test, sur la base d'une prévalence locale, probabilité clinique, voir également https://asm.org/Articles/2020/June/Why-Pretest-and-Posttest-Probability-Matter-in-the

prédictive positive plus faible) 4. Un test PCR de confirmation est recommandé en cas de résultats douteux (dès l’échantillon prélevé pour le RADT, un second
échantillon peut être envoyé pour un test PCR de routine (confirmation du SARS-CoV-2) ou d'autres tests si nécessaire (par exemple, un panel de virus respiratoires
pour rechercher d’autres pathogènes ou un test pour les nouveaux variants du SARS-CoV-2 si cela est indiqué). Diagramme 2 Aide à la décision sur l'utilisation des
RADT dans les établissements de soins aigus où l'accès rapide aux tests PCR est limité.

Recherche d'anticorps (sérologie)
La sérologie sanguine est à elle seule moins fiable pour diagnostiquer une infection aiguë. Cependant, si une sérologie SRAS-CoV-2 est disponible, après un résultat
PCR non concluant, la détection d'anticorps peut fournir des preuves supplémentaires d'une infection récente ou passée. Diagramme 1

Nouvelle approche sur la collecte d'échantillons et le dépistage de groupe
Récemment, un certain nombre de méthodes de prélèvement plus faciles (par exemple, écouvillons nasaux, salive5) ont été validées en plus des écouvillons
nasopharyngés pour la PCR et les RADT dans le but d’un dépistage élargi dans la communauté6 et les établissements sanitaires. Les tests individuels sont les plus
courants chez les patients suspects d'être infectés par COVID-19 lors de leur admission à l’hôpital ou pour le dépistage de routine à l'admission. Cependant, comme
pour le testing de masse communautaire, le testing de masse de groupes plus importants de patients et de personnel soignant est de plus en plus utilisé dans le
cadre d’investigation d’une flambée ou d’un dépistage ciblé et répétitif (par exemple, les patients en séjour prolongé ou le personnel d’un service lorsque le
nombre de cas dans la population est élevé),.
Le regroupement (pooling) d'échantillons est une méthode de testing de masse : les prélèvements réalisés sur plusieurs personnes sont réunis en un seul
échantillon (pool) qui est soumis au test PCR (à condition que cette méthode soit validée par le laboratoire local). Le pooloing est utile pour le dépistage de groupes
importants de personnes, mais uniquement dans un contexte de faible prévalence, car si le test d’un pool s’avère positif, les membres du pool doivent être retestés
individuellement, afin d'identifier et de gérer la ou les personnes positives.

Patients, personnel soignant, visiteurs
Un dépistage peut être effectué chez les patients ambulatoires ou hospitalisés en milieu de soins aigus (symptomatiques ou asymptomatiques) et chez les
professionnels de la santé après une exposition à COVID-19 ou dans le cadre d'un dépistage ciblé et répétitif. Il peut même être envisagé pour les visiteurs - bien
que ses avantages et sa faisabilité puissent être limités. Le tableau 1 (personnes symptomatiques) et le tableau 2 (personnes asymptomatiques) donnent un aperçu
du dépistage COVID-19 dans les établissements de soins aigus pour différents groupes et établissements.

Patients et personnel soignant vaccinés et convalescents
Les personnes qui ont été entièrement vaccinées et/ou qui se sont remises d'une infection COVID-19 confirmée devraient continuer à être testées et dépistées. Ceci
tant qu'il n'existe pas de données robustes sur l'efficacité de l'immunité après la vaccination ou la maladie, notamment en raison de la propagation des nouveaux
variants qui pourraient échapper à la réponse immunitaire.

4 Les lignes directrices de l'ECDC suggèrent des taux de maladie élevés >10% par rapport à des taux faibles

Tableau 1 Aperçu du dépistage COVID-19 dans les établissements de soins aigus - personnes symptomatiques
                Secteur                   Individus symptomatiques = forte probabilité
                                           triage rapide (unités COVID-19, unités non-COVID-19)
Objectif du
                                           décision rapide sur le maintien ou l'abandon des mesures de précaution et d'isolement
dépistage
                                          Le dépistage est impératif
                Ambulatoire
                                          Méthode diagnostique préférée :
                Lors de l'admission        Test PCR (prélèvement nasopharyngé, oropharyngé ou salivaire)

                                          Méthode diagnostique alternative
                                           Test antigénique rapide (RADT) si la PCR n'est pas disponible ou si les résultats sont nettement retardés, et si les symptômes sont apparus au
Patients                                    cours des 5 derniers jours.
                                            (Remarque : afin d'exclure tout résultat RADT faussement négatif, confirmer tous les résultats négatifs par une PCR de routine) Diagramme
                Durant
                l’hospitalisation           2

                                          Méthode diagnostique supplémentaire
                                           Cas plus graves et résultats de laboratoire indéterminés : tomodensitométrie thoracique pour détecter les signes de maladie COVID-19

                                          Le dépistage est impératif
                Unité COVID-19/
                "exposition à haut
                                          Méthode diagnostique préférée :
                risque" (contact connu
                avec COVID-19)             Test PCR (prélèvement nasopharyngé ou oropharyngé ou salive)
Professionnel
de la santé
                                          Méthode diagnostique alternative
                Unité non-COVID-19
                                           Test antigénique sur écouvillon nasopharyngé (ou écouvillon nasal) si la PCR n'est pas disponible ou si les résultats sont très tardifs, et si les
                ou "exposition à faible
                                            symptômes sont apparus au cours des 5 derniers jours. (Note : afin d'exclure tout résultat faussement négatif du RADT, confirmer tous les
                risque".
                                            résultats négatifs par PCR de routine) Diagramme 2
Visiteurs       Tout secteur              Il est conseillé de ne pas se rendre à l'hôpital en cas de symptômes (suivre les règles de l'OFSP en matière de quarantaine et d'isolement).

Tableau 2 Aperçu du dépistage COVID-19 dans les établissements de soins aigus - personnes asymptomatiques.
                Secteur                    Asymptomatique = probabilité faible à modérée
Objectif de                                   En complément d'une excellente adhésion aux mesures de précaution standard, pour réduire le risque de transmission à l'hôpital.
tests                                         Détection/prévention potentielle de la transmission silencieuse parmi les patients et les professionnels de la santé dans les unités de soins.
                Ambulatoire                   Non recommandé
                                              Épidémiologie locale : Non recommandé dans les milieux à faible prévalence ; à envisager dans les milieux à prévalence moyenne ou élevée.
                Lors de l'admission           Recommandé en cas d'exposition non protégée à un cas positif https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/medizin-und-forschung/heilmittel/covid-testung.html#-1047800939
                                              Épidémiologie locale : à envisager dans les milieux de prévalence moyenne ou élevée.
                                              A prendre en compte dans des populations spécifiques (sans exposition significative ; hospitalisés pour d'autres raisons)
                                              Investigation d'une flambée COVID-19 associée aux soins
                                              A envisager pour les situations suivantes :
Patients                                              o Long séjour
                                                      o pour les volontaires (au moins 1x/semaine) par PCR groupée ou RADT selon la stratégie fédérale
                Durant l’hospitalisation                   https://www.bag.admin.ch/bag/fr/home/krankheiten/ausbrueche-epidemien-pandemien/aktuelle-ausbrueche-epidemien/novel-cov/testen.html#1637978903
                                                           A but d’exemption des quarantaines professionnels des professionnels de la santé si ≥ 80% de participation
                                                           https://www.bag.admin.ch/dam/bag/fr/dokumente/mt/k-und-i/aktuelle-ausbrueche-pandemien/2019-nCoV/faktenblatt-kostenuebernahme-dez-
                                                           2020.pdf.download.pdf/faktenblatt-kostenuebernahme-dez-2020.pdf
                                           Méthode diagnostique préférée :
                                            PCR rapide (prélèvement nasopharyngé, oropharyngé ou salivaire)
                                           Méthode diagnostique alternative
                                            RADT si la PCR n'est pas disponible Diagramme 2
                Unité COVID-19/             Épidémiologie locale : à envisager dans les milieux de prévalence moyenne ou élevée.
                "exposition à haut          Envisager des tests répétitifs (au moins une fois par semaine) pour :
                risque" (contact connu              o Volontaires par PCR (groupée) idéalement à partir de la salive ou RADT, idéalement un écouvillon nasal, selon la stratégie fédérale.
                avec Covid-19)                           Remarque : A but d’exemption des quarantaines professionnels des professionnels de la santé si ≥ 80% de participation (voir ci-dessus).
Professionnel                              Méthode diagnostique préférée :
de la santé                                 La PCR sur échantillon nasal ou salivaire est préférable en raison de la gêne occasionnée par le prélèvement nasopharyngé répétitif et de la possibilité
                Unité non-COVID-19
                                             de pooling (salive).
                ou "exposition à faible
                                            Attention à l’interprétation des résultats PCR positifs chez les professionnels de la santé en raison de résidus viraux.
                risque".
                                           Méthode diagnostique alternative
                                            Test antigénique si la PCR n'est pas disponible ou si les résultats sont nettement retardés Diagramme 2
                                           A envisager dans des milieux de prévalence moyenne ou élevée (prévalence > 5 %)
                                            Dans les 24 heures précédant la visite, test par PCR ou RADT.
Visiteurs
                                            Ecouvillon nasopharyngé pour le RADT, salive ou écouvillon nasopharyngé pour la PCR.
                                            Voir Diagramme 2 pour l'interprétation du RADT selon la probabilité pré-test.

Diagramme 1 : Aide décisionnelle pour l'interprétation des résultats PCR positifs pour SARS-CoV-2 dans les soins aigus [adapté des HUG].

Diagramme 2 : Aide décisionnelle sur l'utilisation des RADT dans les établissements de soins aigus où l'accès rapide aux tests PCR est limité.

Symptômes : https://bag-coronavirus.ch/check/ RADTs répondant aux recommandations de l'OFSP : https://www.bag.admin.ch/bag/de/home/medizin-und-forschung/heilmittel/covid-testung.html#-
1047800939 La sensibilité du RADT est la plus élevée si l'apparition des symptômes est ≤ 5 jours, selon l'ECDC, 17 Nov 2020 https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Options-use-of-
rapid-antigen-tests-for-COVID-19_0.pdf Voir aussi https://www.bag.admin.ch/dam/bag/de/dokumente/mt/msys/covid-19-verdachts-
meldekriterien.pdf.download.pdf/Verdachts_Beprobungs_und_Meldekriterien.pdf Déjà lors de l'échantillonnage pour le RADT : Envisager de prélever un deuxième échantillon pour une PCR de routine
(SARS-CoV-2 ± panel de pathogènes respiratoires ± séquençage) pour confirmation ou, si une autre cause/nouvelle variante est suspectée.