Audrey Poterie Docteur en statistique - Résumé
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MSPGH, University of Melbourne 207-221 Bouverie Street, Parkville Audrey Poterie VIC 3053, Melbourne, AUSTRALIA T +61 4 52 52 75 74 B audrey.poterie@unimelb.edu.au Í https://audreypoterie.weebly.com Docteur en statistique 28 ans Résumé Je suis diplômée d’un doctorat de mathématiques appliquées et statistiques du laboratoire IRMAR- INSA de Rennes (France). Ma soutenance de thèse s’est déroulée le 18 octobre 2018 à l’INSA de Rennes. Depuis novembre 2018, je suis en post-doctorat de biostatistique dans l’équipe de biostatistique de l’École de santé publique et de santé des populations de l’Université de Melbourne (Australie). Mon activité de recherche se situe dans le cadre des statistiques appliquées aux sciences du vivant. Au cours de mon doctorat, je me suis intéressée aux méthodes d’apprentissage et plus particulièrement aux approches par arbres et de forêts aléatoires. Aujourd’hui en post-doctorat, je poursuis mes recherches sur les algorithmes d’apprentissage et de machine learning et je m’intéresse plus précisément aux algorithmes des forêts aléatoires et de deep learning pour l’analyse de données IRM. Mes stages et mon année d’ingénieure-biostatisticienne au sein de l’unité de biostatistique de Gustave- Roussy m’ont également permis d’aborder d’autres thématiques de recherche telles que l’approche causale dans le cadre des essais cliniques de phases I en cancérologie, l’analyse de données longitudinales et l’analyse de données de survie. J’ai également eu l’opportunité d’enseigner différents domaines des mathématiques face à des audiences diverses. Objectifs Les statistiques étant une science appliquée, je souhaite poursuivre mes recherches par des collaborations interdisciplinaires (médecine, biologie, environnement...). Je suis intéressée à la fois par l’étude mathématique des méthodes statistiques et à leurs applications à des problèmes concrets en médecine, en biologie et en environnement. Désirant aussi enseigner, la combinaison d’une activité de recherche avec l’enseignement constitue un bon équilibre et me conforte dans mon choix de devenir maître de conférences. Parcours académique 2018 – 2015 Post-doctorat en biostatistique, Melbourne School of Population and Global Health, Melbourne (Australia), sous la direction du Professeur Julie Simpson. 2015 – 2018 Doctorat de mathématiques appliquées et statistiques, IRMAR-INSA, Univer- sité de Rennes 1, Rennes (France), sous la direction de Jean-François Dupuy, Valérie Monbet et Laurent Rouvière. { Titre : Arbres de décision et forêts aléatoires pour variables groupées. { Thématique principale : Développement de méthodes par arbres et de forêts aléatoires adaptées aux variables groupées. { Seconde thématique : Etude statistique d’un algorithme de clustering hiérarchique robuste en présence d’outliers. { Mots clés : méthodes d’apprentissage, machine learning, arbres de décision, forêts aléatoires, groupes de variables, sélection de groupes de variables, biostatistique, classification non- supervisée. { Implémentation : dévelopement de la libraire R nommée DTRFGV (le package R) et des fonctions associées à l’algorithme TPLDA (les fonctions R). { Soutenue le 18 octobre 2018.
2013 – 2014 Master 2 de recherche en mathématiques, statistiques, Université de Rennes 1 (France). { Mention bien. 2011 – 2014 Diplôme d’ingénieur statisticien, École Nationale Supérieure de la Statistique et de l’Analyse de l’Information (ENSAI), Groupe des écoles nationales d’économie et de statistique (GENES), Rennes (France). { Mention très bien. 2010 – 2011 Licence 3 en mathématiques fondamentales, Université d’Angers, Angers (France). { Mention très bien. Thématiques de recherche En post-doctorat, mes projets de recherche portent principalement sur les thématiques suivantes : { Méthodes de machine learning, deep learning, analyse d’images. { Biostatistique. Durant ma thèse, mes activités de recherche se sont organisées autour des thématiques suivantes : { Méthodes d’apprentissage, classification supervisée, machine learning, arbres de décision, forêts aléatoires, algorithmes de machine learning. { Biostatistique. { Méthodes de classification non-supervisée et leurs propriétés mathématiques. Au cours de mes stages et de mon année d’ingénieure biostatisticienne, j’ai également étudié les thématiques suivantes : { Analyse de données observationelles, méthodes causales, analyse de données de survie, modèles paramétriques et semi-paramétriques, données censurées, données manquantes, échantillons de petites tailles, essais cliniques, cancérologie. { Analyse de données longitudinales, modèles mixtes, modèles additifs, régression multivariée par splines adaptatives (MARS). Expérience professionnelle 2014 – 2015 Ingénieure-biostatisticienne, Service de biostatistique et d’épidémiologie, Villejuif (France). { Étude et adaptation de méthodes causales aux échantillons de petites tailles. { Analyses statistiques d’essais cliniques et de données observationnelles. { Rédaction d’articles présentant les résultats d’essais cliniques et des études observation- nelles. { Activités d’enseignement. 20142015– Stage, Service de biostatistique et d’épidémiologie, Villejuif (France), encadré par Emilie Lanoy. { Sujet : étude des performances des méthodes basées sur le score de propension appliquées à des données de Phase I en cancérologie - Evaluation des traitements de médecine personnalisée dans le cancer du sein. { Durée : 6 mois. { Extension des méthodes reposant sur le score de propension aux échantillons de petites tailles. { Présentation des travaux de recherche à plusieurs conférences.
20132015– Stage, Centre for Clinical research and effective practice (CCrep), Hôpital Middlemore et Université d’Auckland (AUT), Auckland (Nouvelle Zélande), encadré par le Professeur Alain Vandal. { Sujet : modélisation de la croissance des tissus fœtaux : élaboration d’un modèle joint. { Durée : 2 mois. { Analyse de données longitudinales : modèles à effets aléatoires. { Élaboration de courbes de croissance et de vélocité : régressions multivariées par splines adaptatives. Activités d’enseignement et encadrement Service d’enseignement 2019– 2019 Auxiliaire d’enseignement, Université de Melbourne (Australie). { Régression linéaire (12h de travaux pratiques, étudiants de tMaster 1 de bio- statistique) : Modèles linéaires simples et multiples, tests d’hypothèse, estimation des paramètres, construction d’intervalles de confiance et de prédictions, transformation des variables et interactions, étude de la qualité d’ajustement, introduction à l’ANOVA. 2016 – 2018 Auxiliaire d’enseignement, INSA Rennes (France). { Outils probabilistes pour l’ingénierie (20h de travaux dirigés, étudiants de troisième année d’école) : fonctions de répartition, densités de probabilité, fonctions caractéristiques, vecteurs gaussiens, théorèmes de la limite centrale, intervalles de confiance, théorie des tests. { Introduction aux probabilités et à la statistique (44h de travaux dirigés, étudi- ants de deuxième année d’école) : variables aléatoires discrètes et continues, fonctions de répartitions, fonctions densité, probabilités conditionnelles, indépendance, distributions jointes et marginales. 2014 – 2015 Auxiliaire d’enseignement, ENSAI Rennes (France). { Analyse de la variance (18h de travaux pratiques-travaux dirigés, étudiants de deuxième année d’école) : ANOVA à un facteur et à deux facteurs, introduction aux plans factoriels, contraintes d’identifiabilité, tests d’hypothèse, estimation des paramètres. { Introduction au langage R (47h de travaux pratiques, étudiants de première année d’école) : concepts de base, types de données, les graphiques, introduction à l’analyse statistique avec R, programmation. 2015– 2018 Auxiliaire d’enseignement, Faculté de médecine, Université Paris Sud (France). { Cours de probabilités-statistiques (6h de cours magistral, internes en cancérolo- gie) : statistiques descriptives, lois de probabilité usuelles, tests d’hypothèse, intervalles de confiance. Encadrement d’étudiants 2019– 2019 Encadrement de deux étudiants de Master 2 de biostatistique, Projet de recherche en biostatistique, Université de Melbourne (Australie). Publications Manuscrit de thèse [1] A. Poterie, Arbres de décision et forêts aléatoires pour variables groupées. (Version validée par les membres du jury disponible sous HAL)). Revues en Statistique [2] N. Klutchnikoff, A. Poterie and L. Rouvière, Statistical Analysis of a robust hierarchi- cal clustering algorithm. Soumission à venir. (Correspond au chapitre 4 du manuscrit de thèse).
[3] A. Poterie, J.-F. Dupuy, V. Monbet and L. Rouvière, CART trees and random forests for grouped variables. Soumission à venir. (Correspond au chapitre 3 du manuscrit de thèse). [4] A. Poterie, J.-F. Dupuy, V. Monbet and L. Rouvière, Classification tree algorithm for grouped variables. Accepté dans la revue Computational Statistics. (Disponible sous HAL). Revues médicales [5] R. Bahleda, M.-C. Le Deley, A. Bernard, S. Chaturvedi, M. Hanley, A. Poterie, et al. Phase I trial of bortezomib daily dose: safety, pharmacokinetic profile, biological effects and early clinical evaluation in patients with advanced solid tumors. Investigational New Drugs, 1-10, 2017. [6] M. Gizzi, L. Oberic, C. Massard, A. Poterie, et al. Predicting and preventing thromboembolic events in patients receiving cisplatin-based chemotherapy for germ cell tumours. European Journal of Cancer, 59, 151-157, 2016. [7] C. Rodriguez, V. Suciu, A. Poterie, et al. Concordance between HER-2 status determined by qPCR in Fine Needle Aspiration Cytology (FNAC) samples compared with IHC and FISH in Core Needle Biopsy (CNB) or surgical specimens in breast cancer patients. Molecular Oncology, 10(9), 1430-1436, 2016. [8] C. Denkert, S. Wienert, A. Poterie, et al. Standardized evaluation of tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer: results of the ring studies of the international immuno- oncology biomarker working group. Modern Pathology, 29(10), 1155-1164, 2016. Communications orales Conférences internationales [1] A. Poterie. Decision trees and random forests for grouped variables. 50ème Journeées de Statistiques. Saclay (France), 2018. [2] A. Poterie. Classification tree for grouped variables. 49ème Journeées de Statistiques. Avignon (France), 2017. [3] A. Poterie. Estimation de l’efficacité et de la toxicité des traitements chez les patients inclus dans des essais de phase I : apport des méthodes reposant sur le score de propension. EPICLIN. Montpellier (France), 2015. [4] A. Poterie. Performances of methods based on propensity score in phase I trials databases - Evaluation of molecular oriented metastatic breast cancer drugs. Journée nationale biopharmacie et santé, SFdS. Paris (France), 2014. [5] A. Poterie. Performances of methods based on propensity score in phase I trials databases - Evaluation of molecular oriented metastatic breast cancer drugs. GDR Statistiques et Santé. Paris (France), 2014. Séminaires et groupes de travail [6] A. Poterie. Arbres de décision et forêts aléatoires pour variables groupées. ViCBiostat Work In Progress. Melbourne (Australie),2019. [7] A. Poterie. Arbres de décision et forêts aléatoires pour variables groupées. Séminaire de l’équipe de Probabilités et Statistique, Laboratoire Dieudonné, Université de Nice. Nice (France), 2018. [8] A. Poterie. Arbres de classification pour variables groupées. Septième Journée des Jeunes Statisticiens, SFDS. Porquerolles (France), 2017. [9] A. Poterie. Arbres de décision pour les variables groupées. Séminaire de Statistique de l’IRMAR. Rennes (France), 2016. Participations à des groupes de travail et écoles d’été 02/2019—- ViCBiostat Summer School 2019, VICBiostat, Melbourne (Australie).
08/2017—- Eight Montreal Industrial Problem Solving Workshops, Centre de recherches en Mathématiques de l’Université de Montréal, AMIES. Montreal (Canada). 04/2017—- Septième Journée des Jeunes Statisticiens, SFDS. Porquerolles (France). 01/2016—- Semaine Maths-Entreprises, AMIES. INRIA Antibes (France). Bourses 2015 – 2018 Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, bourse de recherche de 68 811,96e. 2017———- AMIES, bourse de mobilité de 1704,70e. 2015 2016———- AMIES, bourse de mobilité de 500e. 2015 2013 – 2014 GENES, bourse au mérite de 800e. 2012 – 2013 GENES, bourse au mérite de 1600e. Vie scientifique 2016 – 2018 Responsable du séminaire des doctorants en statistique de l’IRMAR. IRMAR, Rennes (France). 2016 – 2018 Membre du conseil d’administration de l’école doctorale de Mathématiques. IRMAR, Rennes (France). 2012 – 2014 Membre de l’ENSAI Junior Consultant (EJC). ENSAI, Rennes (France). Langues Français : langue maternelle. Anglais : niveau avancé, IELTS: 7/9 (06/2018), TOEIC: 850/990, (01/2013). Compétences en informatique Logiciels mathématiques : R, SAS, STATA, SPAD, WInbugs. Langages informatiques : C/C++, Java, Python, SQL. Logiciels bureautiques : LATEX, Microsoft Office. Systèmes d’exploitation : Linux, Mac OS, Windows. Intérêts personnels Athlétisme : membre du club de l’Athlétic Club Cessonnais. Plongée : obtention du niveau 1 FFESSM. Voyages : Australie, Canada, Angleterre, Irlande, Portugal, Malte, Maroc, Nouvelle Zélande, Italie, Vietnam, Guyane française.
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