HANTAVIRUS Généralités - situation en France - Jean-Marc REYNES, responsable du CNR des Hantavirus, UBIVE, Institut Pasteur, Lyon XXIème journée ...
←
→
Transcription du contenu de la page
Si votre navigateur ne rend pas la page correctement, lisez s'il vous plaît le contenu de la page ci-dessous
HANTAVIRUS
Généralités - situation en France
Jean-Marc REYNES, responsable du CNR des Hantavirus, UBIVE,
Institut Pasteur, Lyon
XXIème journée de Microbiologie Clinique du cOL.BVH
Institut Mutualiste Montsouris, Paris, 16 juin 2017
1. Les Hantavirus (1)
Virus infectant les vertébrés, enveloppé
à ARN simple brin de polarité négative tri-segmenté
Proposition ICTV 2017
Ordre des Bunyavirales, Famille des Hantaviridae,
Genre Orthohantavirus, 41 espèces (130 taxons)
2 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 2017
1. Les Hantavirus (2)
Ordre Rodentia
• Famille Muridae
• Murinae
• Famille des Cricetidae
• Arvicolinae
• Neotominae
• Sigmodontinae
83 taxons
Ordre Chiroptera
Ordre Soricomorpha • Famille Nycteridae (Sierra Leone)
•
Hantavirus • Famille Soricidae •
Famille Vespertilionidae (Côte d’Ivoire, Chine, Tchéquie)
Famille Rhinolophidae (Chine)
zoonotiques • Famille Talpidae •
•
Famille des Emballonuridae (Chine)
Famille des Hipposideridae (Vietnam, Gabon)
Plus de 30 taxons 38 taxons • Famille des Pteropodidae (Philippines)
9 taxons
3 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 2017
1. Les Hantavirus (3)
Chez l’homme
Transmission
Inhalation de particules de salive, urine, et fèces contaminés de rongeurs + morsure de rongeurs
Inter-humaine rare (virus Andes)
Facteurs de risque comportementaux en lien avec l’écologie de hôte:
appliqués à la France continentale
Exposition aux forêts: manipulation de bois stocké, ramassage de bois, nettoyage/rénovation de locaux
inoccupés (forestier, agriculteur, ouvrier bâtiment, etc.), promenade
Exposition à l’eau: curage/inspection de conduite d’eaux usées (éleveurs, agents d’assainissement, etc.),
loisirs aquatiques
Exposition directe aux rongeurs (capture, élevage, animal de compagnie)
4 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 2017
1. Les Hantavirus (4)
Durée d’incubation longue: 1 à 6 semaines
Chez l’homme: deux grands syndromes
Fièvre Hémorragique avec syndrome rénal
causée majoritairement par les hantavirus de l’Ancien Monde (virus Hantaan HTNV, virus
Dobrava-Belgrade DOBV, virus Seoul SEOV, virus Puumala PUUV, virus Tula TULV)
syndrome fébrile algique (3-5 jours) avec désordre digestif, +/- oculaire, thrombopénie,
protéinurie, leucocytose, CRP anormale,
évolution plus ou moins sévère: IRA avec possibilité de choc, d’hémorragie (10% PUUV),
atteinte hépatique - dialyse dans 5-10% des cas (PUUV).
létalité: HTNV 15%, DOBV: 10%, SEOV:
1. Les Hantavirus (5)
Syndrome cardio-pulmonaire
causé majoritairement par les hantavirus du Nouveau-Monde (virus Sin Nombre,
virus Andes, virus Laguna Negra, etc.)
syndrome fébrile algique (3-5 jours) avec désordre digestif, thrombopénie
évolution sévère: phase cardio-pulmonaire (5-7 jours) avec toux, difficultés
respiratoires, hypotension, œdème pulmonaire, tachycardie, choc, atteinte rénale,
(nécessitant oxygénothérapie pour la majorité des patients)
létalité : élevé (> 30%)
Séquelles
asthénie très forte
aucune identifiée
Physiopathologie
mal connue
6 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 2017
1. Les Hantavirus (6)
Diagnostic biologique : sérologique
Apparition des IgM dans 75% des cas dans les 3 jours après le début de maladie et ≈ 100%
dans les 7 jours. Disparition chez 66% des patients dans le 1er mois et chez presque tous dans les
2 mois.
Apparition des IgG dans 66 % des cas dans les 3 jours et ≈ 100% dans les 7 jours.
Vraisemblablement conservées à vie .
Détection des IgM et IgG anti-hantavirus par ELISA, IF, immunochromatographie ou Blot., WB,
neutralisation.
Réactions croisées (en fonction de la proximité des espèces virales).
Kits commerciaux (protéine N recombinante)
ELISA IgM et IgG: Euroimmun (virus Ancien-Monde), Focus Diagnostics (pan-hantavirus),
Reagena (PUUV ou DOBV-HTNV), etc.
IF IgM et IgG: Euroimmun (pan-hantavirus)
Test rapide immunochromatographie: Reagena ( IgM PUUV ou DOBV-HTNV)
Immunoblot: Mikrogen (PUUV et autres)
7 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 2017
1. Les Hantavirus (7)
Diagnostic biologique: moléculaire
techniques très peu utilisées en diagnostic.
90%-100% de détection pour prélèvements sanguins effectués dans les 7 1er jours
de maladie.
Sang total > Plasma > Sérum (urine ?).
Portage de virus 2 – 3 semaines dans certains cas (étude PUUV, DOBV).
Pas de kit commercial.
RT-PCR temps réel monospécifique.
RT-PCR nichée conventionnelle pan-hantavirus.
Autres diagnostics biologiques direct ?
Isolement pas performant (charge virale sanguine faible et culture longue)
Idem pour antigènémie dans le sang
8 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 2017
1. Les Hantavirus (8)
Traitement
Symptomatique (dialyse et/ou oxygénothérapie pour forme sévère)
Ribavirine: réduction létalité pour HTNV (pas pour les virus du Nouveau-Monde)
Icatibant: antagoniste compétitif pour le récepteur de la bradykinine (prescrit pour
l’angio-œdème héréditaire) utilisé avec succès récemment sur deux cas sévères
d’infection par PUUV
Immunisation passive: essai prometteur pour ANDV (réduction létalité importante)
Prévention vaccinale: vaccins avec virus inactivés commercialisés
sur souriceaux nouveau-nés en Corée du Sud (HTNV)
sur culture cellulaire en Chine (HTNV et SEOV)
pas de protection croisée
Prévention sanitaire:
réduire les pratiques à risque
porter des protections
contrôler la population de rongeurs
9 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 2017
2. Les Hantavirus en France (1): outre-mer
Virus Maripa, variant de l’espèce Laguna Negra
associé à deux espèces de rongeurs de savane ou zone
agricole Zygodontomys brevicauda et Oligoryzomys
fulvescens (de Thoisy B et al. Am J Trop Med Hyg 2014)
5 cas détectés depuis 2006 dont 4 décédés (syndrome
pulmonaire) (Matheus S et al. Emerg Infect Dis 2010)
Virus Mayotte : variant du virus Thailand à Mayotte
associé à Rattus rattus (Filippone C et al. J Gen Virol
2016)
transmissible à l’homme ?
Virus Seoul ?
associé à Rattus norvegicus (ubiquiste)
10 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (2): surveillance en métropole
Maladie non soumise à déclaration obligatoire = surveillance fondée sur
données du CNR Hantavirus
Diagnostic sérologique de 1ère ligne (continent)
- 15 laboratoires utilisant des tests commerciaux + CNR
Zone d’endémicité du virus Puumala
Laboratoire privé spécialisé
Laboratoire hospitalier public
Focus DxSelect IgG & IgM
Hantavirus
Euroimmun Pool 1 Eurasia
IgG & IgM
Reagena POC IgM PUUV
- 1200 à 2000 examens par an (80% environ zone d’endémie)
Diagnostic de 2ème ligne par CNR
- Envoi des échantillons avec résultats positifs et certains avec résultats négatifs ou douteux
- Confirmation des résultats avec tests sérologiques et moléculaires: réacto-vigilance, détection des espèces
d’hantavirus, description des génotypes: données surveillance
11 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (3): métropole
Hantavirus présents en Europe:
Espèce virale Hôte naturel Homme France
1. Brno Nyctalus noctula (chauves-souris) ? ?
2. Boginia Neomys fodiens (musaraigne) ? ?
3. Asikkala Sorex minutus (musaraigne) ? ?
4. Seewis Sorex araneus (musaraigne) ? ?
5. Tatenale Microtus agrestis (campagnol) ? ?
6. Dobrava-Belgrade Apodemus flavicolis, A. ponticus, A. agrarius (mulot) oui ?
7. Bruges Talpa europaea (taupe) ? ?
8. Nova Talpa europaea (taupe) ? oui
9. Tula Microtus arvalis (campagnol) oui oui
10. Seoul Rattus norvegicus (rat brun) oui oui
11. Puumala Myodes glareolus (campagnol oui oui
12 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (4): métropole – virus Tula
Virus Tula
Détecté chez le campagnol des champs (Microtus arvalis) dans le Jura en 2005 (Plyusnina A
et al. Virus Res 2007) puis dans le Bas-Rhin et l’Aveyron (Schmidt S et al. Arch Virol 2016)
Répandu en Europe chez ce rongeur (et également chez Microtus agrestis et Arvicola amphibius)
Cas humains détectés très rares
atteinte rénale et pulmonaire ou hépatique
(Reynes JM et al. Euro Surveill 2015)
13 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (5): métropole – virus Seoul
Virus Seoul
Rattus norvegicus (rat brun)
Espèce anthropophile
Cinq cas humains confirmés virologiquement et 1 sérologiquement 2012-2016 (Macé G et al. EuroSuveill 2013; Bour A
et al. Rev Med Int 2016; Reynes JM et al. Emerg Infect Dis 2017)
Syndrome fébrile algique avec trombopénie, atteinte hépatite et rénale (5/6) et deux formes sévères (dialyse)
Eleveur de volailles, Eleveur de rat (pour serpents), propriétaire de rat de compagnie
14 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. 2. Les Hantavirus en France (6): métropole – virus Seoul
Cas humains sporadiques confirmés sérologiquement ( )
(Ragneau JM et al. Gastroenterol Clin Biol 1985 + Le Guenno B. Med Mal Infect 1997 + Zeller H pers. com.)
2012-2016
5 cas confirmés virologiquement ( )
(Macé G et al. Euro Surveill 2013)
(Reynes JM et al. Emerg Infect Dis 2017)
1 cas confirmé sérologiquement ( )
(Bour A et al. Euro Surveill 2013)
Détection chez le rat brun ( )
- sérologique à Paris et Lyon (Dournon E et al. Lancet 1984, Rollin PE et al.
Presse Med 1987)
- virologique à Lyon et environs, Orléans, (Heyman P et al. Eur J Clin
Microbiol Infect Dis 2004; Dupinay T et al. Virol J 2014) et Bar-le Duc, Turckheim
et environs de Bourg en Bresse (Emerg Infect Dis 2017)
Conclusion
- infection peu fréquente (mais pas rare)
- test rapide PUUV (1ère intention) pas performant pour les détecter
15 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (7): métropole – virus Puumala
Virus Puumala
Premiers cas confirmés sérologiquement en 1982 dans le Nord-Est de la France
(Méry JP et al. Lancet 1983) avec cas survenus en 1977 diagnostiqués rétrospectivement
(van Ypersele de Strihou et al. Adv Nephrol Necker Hosp 1986).
Myodes glareolus (campagnol roussâtre)
Espèce forestière
16 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (8): métropole
Incidence des hantaviroses
2005- Août 2010 (Heyman P et al. Euro Surveill 2011) :
Pays Nombre de Population 10 6 Incidence ‰
Cas sur env. 6 ans
Espagne 0 47 0
Italie 0 60 0
Suisse 1 8 0.01
France métrop. 650 65 1
Belgique 1 512 11 13.7
Allemagne 4 158 80 5.2
Suède 3 498 10 35.0
Finlande 11 636 05 232.7
17 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (9): métropole
2012-2016 : 470 cas confirmés virologiquement ou sérologiquement (présence d’IgM
et d’IgG anti-hantavirus)
Homme Femme
115
90-94
80-84
355 70-74
60-64
Age 50-54
(an) 40-44 Femme
Homme
30-34
20-24
Médiane âge: 40 ans 10-14
0-4
0 20 40 60
Nombre de cas confirmés
18 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (10): métropole
Distribution annuelle et mensuelle 2012-2016 (sur la base de la date prélèvement)
94 cas / an (la plupart du temps contexte hospitalier; demande très
180
faible hors hospitalisation car examens non remboursés)
E
160
30 140 E
120
C
100
a
25
s 80
60
IE
20 40
20
IE
0
C 15 2012 2013 2014 2015 2016
a
s
10
5
0
1 3 5 7 9 11 1 3 5 7 9 11 1 3 5 7 9 11 1 3 5 7 9 11 1 3 5 7 9 11
2012 2013 2014 2015 2016
Mois
19 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (11): métropole
Distribution spatiale 2012-2016 sur la base de la commune d’exposition (318 cas) ou de résidence
(147 cas ) ou du département de prélèvement (5 cas)
20 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (12): métropole
Distribution spatiale en France continentale
• Facteurs environnementaux (végétation, climat, etc.
influençant dynamique pop. rongeurs et survie du virus)
• Facteurs sociaux (exposition)
• Facteurs d’hôte naturel (sensibilité à l’infection, capacité
de réplication et d’excrétion)
• Facteurs viraux
• Maladie non suspectée en dehors de la zone
traditionnelle d’endémie: 85% des demandes de
diagnostic en zone d’endémie (1500 à 2000 tests par an)
[Lepto: 36% des 8000 cas suspects et 580 cas confirmés en
zone d’endémie (données 2015 et 2016 Biomnis Cerba)
cas clinique ? pop. exposée ?
21 • J-M REYNES • XXIème journée de Microbiologie Clinique, Paris, 16 juin 20172. Les Hantavirus en France (13): conclusion 11 hantavirus en Europe dont 4 zoonotiques: 4 présents en métropole dont 3 zoonotiques (rongeurs) virus Puumala, Seoul et Tula (FHSR) une centaine de cas par an (cas hospitalisé = haut de l’iceberg), due essentiellement au virus Puumala – infection par virus Seoul sous-estimée ? population essentiellement active et plutôt masculine toute l’année mais pic au printemps et à l’automne quart nord-est de la France (raison historique, méconnaissance ailleurs ou autres)? hantavirus dans les territoires d’outre-mer (SCP) 22 • J-M REYNES • Comité Technique de Zoonosurveillance en Agriculture, MSA, 1er Décembre 2016, Bagnolet
Centre National de Référence des Hantavirus
http://www.pasteur.fr/fr/sante/centres-nationaux-
reference/les-cnr/hantavirus
Merci pour votre attention
jean-marc.reynes@pasteur.fr
23 • J-M REYNES • Comité Technique de Zoonosurveillance en Agriculture, MSA, 1er Décembre 2016, Bagnolet3. Références bibliographiques (sélection)
Revue générale: Jonsson CB et al. Clinical Microbiology Reviews 2010
Physiopathologie: Mustonen J et al. Antiviral Research 2013
Epidémiologie Europe : Vaheri A et al. Rev Med Virol 2014
Epidémiologie France : Penalba C et al. Méd Mal Infect 2001
Reynes JM et al. Bull Acad Vet France 2013
Macé G et al. Euro Surveill 2013
Reynes JM et al. Euro Surveill 2015
Reynes JM et al. Emerg. Infect 2017
24 • J-M REYNES • Comité Technique de Zoonosurveillance en Agriculture, MSA, 1er Décembre 2016, BagnoletVous pouvez aussi lire
