La Science Ouverte La Science ouverte c'est : Le libre accès aux publications scientifiques La gestion et le partage des données de la ...

La Science Ouverte
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La Science ouverte c’est :
 Le libre accès aux publications scientifiques
 La gestion et le partage des données de la
  recherche
 Les sciences participatives et citoyennes

SCD – Mission Science Ouverte/Lisa Malguy            07/03/2022

On a d’abord parlé d’Open Access

  LES DIFFÉRENTES VOIES POUR RENDRE LES
  PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES LIBREMENT
               ACCESSIBLE

Contexte
                                               3

 Augmentation prohibitive du tarif des revues dans
   années 90
         Fusions : majors en situation d’oligopole
         marge de 40% pour actionnaires, contre 16 pour le pétrole ou 6,5
          pour l’industrie pharmaceutique
      Les institutions ne peuvent plus payer
 Constat
   chercheur doit payer pour un contenu fourni et évalué
    gratuitement
   privatisation des connaissances produites avec argent public
   Public captif
   Absence de transparence des coût de l’édition numérique

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Contexte
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 Évaluation de la recherche basée sur le nombre de
  publications et de leurs citations
 Remise en question:
       Indicateurs basés sur le prestige des revues ≠ qualité d’un article
       Mauvaise utilisation de ces indicateurs
       Faire du qualitatif plutôt que du quantitatif

         déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche
         (DORA, 2013)
         Appel de Paris sur l’évaluation de la recherche (Paris Open
         Science European Conference – OSEC 2022)

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Contexte
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 Multiplication fraudes, plagiats et falsifications
   Multiplication du nombre de revues : + de 100 000; 4 millions de
    nouveaux articles/an en 2019  taux de croissance de 4% par an
   Multiplication des « affaires » qui entachent l’intégrité
    scientifique
   Multiplication des retractations
          recensées sur le blog Retraction Watch

      Besoin de transparence, traçabilité, reproductibilité
Émerge la nécessité de garantir l’exactitude des méthodes utilisées, de
pouvoir documenter toutes les étapes de sa recherche

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Apparition de l’accès ouvert
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 Né en 1991 autour du projet ArXiv
 Formalisé en 2001 par l’Initiative de Budapest, puis
   en 2003 par la Déclaration de Berlin

                                   Diffusion gratuite et pérenne
                                   de la production scientifique
                                            sur le Web

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Les archives ouvertes
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 Diffusion via le dépôt en archive ouverte : la voie verte

  L’article est déposé par l’auteur ou l’un de ses représentants dans
  un réservoir en ligne, avant, pendant ou après sa publication. C’est
  la voie de l’auto-archivage. L’accès est libre et gratuit. L’archive
  peut être institutionnelle, nationale ou disciplinaire.

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Apparition d’un droits de l’accès ouvert
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 Distinction entre « accès libre » et « accès ouvert »
   Le dépôt dans une AO rend un article librement accessible mais
    pas librement réutilisable. Sauf si le chercheur opte pour une
    licence creative common
 2002: Invention des Licences Creative Commons (CC)
   Licence de diffusion complémentaire du droit d’auteur

   Permet au titulaire des droits d’accorder des droits d’utilisation
    de son oeuvre

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HAL, archive ouverte nationale
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Portail Hal de l’UBO
 Récupération des métadonnées à partir du DOI
 On y trouve des pré et des post publications
 Possibilité de mettre…
      plusieurs versions d’un même document
      Une période d’embargo

 ≠ Dépôt sur un réseau social scientifique (ResearchGate ou
 Academia)

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Définitions
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 Différents statuts de l’article
   Pre-print
         Version auteur, non revue par comité de lecture
         Phase échanges informels entre chercheurs

      Post-print
           Revu par comité de lecture avant travail mise en forme. On parle
            également du manuscrit final validé par les pairs et accepté pour
            publication ou du final draft ou du manuscrit accepté de l’auteur
            (AAM)
      Version publiée (PDF)
         Après corrections des épreuves, porte marque de l’éditeur
         Transfert du copyright à l’éditeur

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Stratégie éditeurs
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 Revues en open access : la voie dorée
    Modèle fremium ou platine (texte libre, services complémentaires
     payants) : OpenEdition
   Modèle auteur-payeur: modèle des éditeurs commerciaux
         → Article Processing Charges (APC) ou Frais de traitement des
  articles (FTA)
  ≠ frais de publication pour services (soumission, figures et pages
  supplémentaires)
                                            Coût moyen APC revue full OA ≈ 1 500€
                                            Coût moyen APC revue hybride ≈ 2 500€
 Revue hybride
     Open choice
         Des éditeurs commerciaux laissent le choix à l'auteur de publier ou non
          en libre-accès dans une revue qui n'est pas initialement en libre-accès.
          Proposé pour la première fois en 2003 par Springer

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Part des publications en OA en France
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 Selon le baromètre de la science ouverte, 62% des
166 000 publications françaises de 2021 sont en OA
 Progression de 10 points en 1 an
 Précise selon quelles voies (disponible sur le site de
  l’éditeur ou déposer dans une archive ouverte par
  l’auteur)
 Par disciplines et types de documents
 Déclinaison du baromètre par certains établissements
    Baromètre de la science ouverte de l’UBO

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Montant APCs payés par l’ESR
                                            16

 Consulter OpenAPC

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Pour trouver une revue en OA
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 Si la revue est en accès libre , vous la trouverez sur le
  Directory of Open Access Journal (DOAJ)
   Indique le montant des APCs demandés par la revue

   Existe une version pour les livres : DOAB

 Outils pour mesurer le degrés d’ouverture d’une revue
  et le montant des APCs :
     HowOpenIsit?
     Think Check Submit (TCS)
     Quality Open Access Market (QOAM)

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Attention aux éditeurs prédateurs
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       Démarchage avec promesse de publication rapide et facile
       Profitent du mouvement de l’Open Access (paiement APC) et
        de la pression du « Publish or Perish »
       De la revue de piètre qualité à l’arnaque
       Aussi invitation devenir membre du comité de rédaction /
        participation conférences « prédatrices »
       Outils pour évaluer fiabilité d’une revue :
         Think.Check.Submit
         Compass to publish

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Refonder la communication
       scientifique
 TROUVER UNE ALTERNATIVE ÉDITORIALE

        Photo FlickR CC : by-nc Eric Constantineau/by-sa Reilly Butler

La mégarevue
                                            20

 Modèle de la mégarevue
   Critères :
         libre accès (APCs), diffusion rapide en ligne, multidisciplinaire,
          multimédia, moins séléctif : un grand volume d’articles en flux
          continu (effacement du concept de périodicité)
         Une promotion des métriques de consultation au niveau de l’article
          (Altmetrics) et non de la revue (IF)
      Plos One (2006), le pionnier
      Concurrence des grands éditeurs « for profit » qui accélèrent
       leur conversion
         En 2015, 11 mégarevues internationales
         Exemple de Scientific Reports de Springer (2011) qui ravit la
          première place de PLOS en 2017
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La revue indépendante
                                            21

 Une reprise de contrôle par le chercheur
      The Self-Journal of Science (SJS)
           chaque scientifique peut créer son espace de curation où il annote une
            sélection d’articles + auto-publication

      Exemples de LingOA , MathOA
         Des revues qui se sont émancipées…
         Revue possédée par son comité éditorial
         Caractéristiques: conserve droits d’auteur, tous articles en OA,
          APC raisonnables et transparents

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Le preprint
                                                 22

 Vers un autre modèle basé sur le preprint
       Accélération de la communication scientifique
       L’exclusivité est préservée : date le papier, attribution DOI, licence
        CC BY
       Va dans le sens de la transparence, discussion ouverte
       La version définitive d’un article, une aberration scientifique?

     ASAPbio: vers la reconnaissance
       Octobre 2017, reconnaissance du preprint comme publication
        valable en sciences de la vie (Inserm, Aviesa, Allenvi) : CV et
        financement
       Objectif : reconnaissance générale des pré-publications dans les
        dossiers d’évaluation des chercheurs

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Le preprint
                                                 25

 Des revues basées sur le preprint
   SciPost
           Sélection de preprints déposés dans Arxiv et mis en ligne pour être
            commentés avant et après le reviewing

      Episciences.org
         revues thématiques constituées à partir d’articles déposés dans
          une archive ouverte
         JIMIS : exemple d’une revue interdisciplinaire et internationale
          (création 2016)
           Révision par les pairs

           Articles non publiés par ailleurs

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Réformer la révision par les pairs
                                                26

 Vers un renouvellement de peer review
                                            Pilier de la communication scientifique
      Débat ouvert dans la revue Nature en 2006
      Site Peerage of Science : sous-traite évaluation
      Publons: pré-évaluation avant soumission article
      Le peer-reviewing post-publication: F1000

  •      Supprimer l’anonymat ou, au contraire, l’accentuer?
  •      Vers l’open peer review = réception continue

 → Etudes publiées dans Plos Biology (1, 2) le 1er février 2022 démontrent le peu de
 différence sur le fonds et la forme entre une prépublication et le PDF éditeur

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Visibilité des résultats négatifs
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 Publier les résultats négatifs

      Parti-pris de Plos One, mais aussi de F1000Research de
       publier aussi les résultats négatifs
      Revues spécialisées
           Exemple de BMC Research notes

   → Ne pas publier un résultat négatif = gaspillage des ressources de
   recherche

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Vers plus de diversité des modèles éditoriaux?
                                              28

                                            →Pour la
                                            bibliodiversité
                                            Mouvement pour une déconcentration du système
                                            éditorial actuel. La technologie le permet…

          Le modèle diamant : fondé sur le
          financement par les établissement de
          l’ESR
                                                      Pépinières de revue
                                                      Exemple Prairial

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De l’Open Access à la Science
          Ouverte

   LES DONNÉES DE LA RECHERCHE

Élargissement de l’ouverture
                                                    30

«La science ouverte est la diffusion sans entrave des
publications ET des données de la recherche. Elle s’appuie
sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour
développer l’accès ouvert aux publications et, autant que
possible, aux données de la recherche.»
(phrase d’introduction du Plan national pour la science ouverte)

   Recommandations (mai 2017) de la League of European research universities .
   Pour la LERU, « l’open science est le moteur d’un changement culturel aussi
   puissant que l’invention de l’imprimerie au XVIe siècle ».

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Définition « données de la recherche »
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 Un concept ambigu : qu’est-ce qu’une donnée?

    Définition selon l’OCDE (2007)
  « […] enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons), qui sont utilisés
  comme sources principales pour la recherche scientifique et sont généralement
  reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider des résultats
  de recherche . […] Ces Principes et Lignes directrices portent essentiellement sur les
  données de la recherche sur support numérique exploitable sur ordinateur. »

     Jeux de données (datasets) : agrégation de données brutes ou dérivées présentant
      une certaine unité sous forme d’un ensemble cohérent.

  → Une entité ne devient une donnée que lorsqu’elle est
  utilisée pour mettre en évidence un phénomène à des fins de
  recherche

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Les enjeux liés à la gestion des données
                                             32

 Structurer et décrire ses données
   Rédiger une documentation des données et des codes pour les rendre
    compréhensibles
           Format et volume des données
           Les métadonnées descriptives
           Élaborer une charte de nommage + versioning
 Gérer la responsabilité et la propriété des données
   A qui appartiennent les données produites?
   Et celles qu’on utilise?
   Le RGPD

 Conservation et partage des données
   Déterminer ce qu’on conserve à long terme
   Qu’est-ce qu’on partage? Avec quelle licence d’utilisation?
   Comment on diffuse? (supplementary materials des revues, entrepôts,
    datapapers)
   Quel entrepôt choisir? Disciplinaire? Institutionnel? Généraliste?

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Les principes du FAIR
                                                   33

Entrepôt de                                                          Documenter ses données
conservation des                                                       avec des métadonnées
données en accès                                                         descriptives dans un
ouvert, si possible                                                   format ouvert, standard
certifié                                    Facile à trouver                 et interopérable
                                               Accessible
                                             Intéropérable
                                              Réutilisable
   Droits et licences
   d’utilisations précisées,
   ainsi que les durées                         Utiliser des identifiants uniques et pérennes:
   d’embargo, de                                                      DOI (Crossref, Datacite)
   disponibilité, les outils                                            ID chercheurs (Orcid)
   nécessaires pour la
   réutilisation des données

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Le Plan de Gestion des Données (PGD)
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 Document de gestion évolutif qui accompagne un projet
 Document désormais obligatoire lorsque financement
 Permet d’anticiper le cycle de vie des données
 Est d’abord un outil de structuration
 Il doit répondre au principe :
«Aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire»

          → DMPOpidor facilite l’élaboration du PGD

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Avantages
                                                35

 Est un facilitateur à long terme
   Permet de revenir sur sa démarche pour repérer ses erreurs

   Résultats obtenus peuvent être plus facilement attestés devant
    les pairs
   Se ménager la possibilité de ré-exploiter ses données

   Facilite la collaboration et la transdisciplinarité

→ Garant de la reproductibilité de la recherche

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Données : quelques liens utiles
                                            36

 Voir le livre de Christine L. Borgman accessible sur
   OpenEdition, Qu’est-ce que le travail scientifique des
   données?

 Pour se former : Doranum et plus particulièrement son
  parcours interactif sur la gestion des données de la
  recherche
 Répertoire pour sélectionner son entrepôt : Re3data

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Cadre politique et incitations
       des financeurs

      DE L’INCITATION AU DÉPÔT
        AU DÉPÔT OBLIGATOIRE

Rôle d’impulsion de l’Union Européenne
                                            38

      Le 17 juillet 2012, la Commission européenne formule une
       recommandation relative à l’accès aux informations scientifique et à leur
       préservation. Part du principe que l’accès aux recherches financées par
       des fonds publics contribue à « accélérer le progrès scientifique»
      Plan-cadre de la Commission européenne
           Diffusion en libre accès obligatoire de la recherche financée par l’Europe
            dans le plan-cadre Horizon 2020 : dépôt dans une archive ouverte ou
            publication en «Gold »
           Plan-cadre Horizon Europe 2021-2027 va plus loin : accès ouvert immédiat
            aux publications et aux données + Plan de gestion des données obligatoire

            A noter : Début 2021, lancement de       Open Research Europe
            Plateforme spécifique pour les publications H2020/Europe
            (Volonté de gérer l’ensemble du processus de publication)

SCD – Mission Science Ouverte/Lisa Malguy                                    07/03/2022

Inscription dans la loi française
                                            40

 7 octobre 2016, promulgation de la Loi pour une
  République Numérique (article 30)
     Droit de mettre à disposition gratuitement une publication
      financée sur fonds publics (au moins pour moitié)
        Après un délai d’embargo de 6 mois pour STM/12 mois pour SHS
        Manuscrit final révisé par les pairs et accepté par une revue
        L’éditeur ne peut pas s’approprier les données associées à l’article

     Les administrations ont l’obligation de publier et rendre
      librement réutilisables les données produites en son sein.
        Limite : protection des données personnelles (RGPD) ou motifs de
         confidentialité
        Données de la recherche = données publiques

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Autres lois importantes
                                               42

 Transposition de la directive européenne sur le droit d’auteur et les
   droits voisins dans le marché unique numérique, 24 novembre 2021
      Permet de reproduire des contenus protégés par des droits de propriété
       intellectuelle dans le but de conduire des activités de fouille à des fins de
       recherche scientifique, sans avoir à recueillir d’autorisation préalable des
       « titulaires de droits ».
           Par le biais d’un accès licite
           Droit de les conserver

 Décret relatif au respect des exigences de l’intégrité scientifique, 3
   décembre 2021
      Reconnaissance de la SO comme une question d’intégrité scientifique
      Donne des obligations aux établissements de l’ESR
           Promouvoir la diffusion des publications, des données et des codes sources en
            accès ouvert
           Inciter à la publications des résultats négatifs
           Veiller à la mise en œuvre des PGD par leurs personnels
           Avoir une politique de conservation, de communication et de réutilisation des
            résultats de la recherche

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Focus sur le RGPD
                                            43

 Le règlement général sur la protection des données
   Depuis mai 2018, il encadre le traitement des données
    personnelles sur le territoire de l’UE. Renforce le contrôle des
    citoyens sur l’utilisation qui peut être faite des données les
    concernant
   Si votre travail contient des données personnelles concernant
    des tiers, celles-ci doivent être anonymisées
   Le Délégué à la protection des données (DPO) est la personne
    en charge de la protection des données à caractère personnel
    au sein des organismes publics ou privés
        → dpo@univ-brest.fr

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Le plan national pour la science ouverte
                                            44
                                                 (4 juillet 2018)

 Obligation de diffusion en accès ouvert des articles,
   des ouvrages et des données issus des recherches
   financées par appel à projets sur fonds publics
      Soutien à HAL
      Construire la bibliodiversité éditoriale : création d’un fonds
       pour la science ouverte
      Transparence des dépenses relatives aux APC
      Adhésion nationale à Orcid
      Généralisation des plans de gestion des données dans les appels
       à projets , développement des data papers, certification des
       entrepôts de données pour répondre aux principes du FAIR

SCD – Mission Science Ouverte/Lisa Malguy                      07/03/2022

Le second Plan pour la science ouverte
                                            6 juillet 2021 > 2024

                                                     45

Renforcement + des nouveautés :
 Création d’un entrepôt national de données de la recherche
  Recherche Data Gouv
     Portail qui moissonne les données déposées dans d’autres entrepôts
 Nouvel axe dédié aux codes sources et aux logiciels
 Soutien modèle économique d’édition « diamant »
 Transition vers l’accès ouvert des structures d’édition
  scientifiques publiques (monographies)
 SO prise en compte dans l’évaluation de la recherche
 Soutien aux technologies de traduction pour favoriser le
  multilinguisme
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Le Plan S
                                                 46

 Porté par les organismes de financement public de la
  recherche dont L’ANR (septembre 2018)
     Application obligatoire à partir de janvier 2021
       Les licences accordées par les éditeurs doivent désormais garantir
        mise à disposition immédiate du postprint sous licence ouverte
        dans une archive ouverte
       Développement d’une « licence de publication » pour éviter la
        négociation individuelle avec l’éditeur = Stratégie de de conservation
        des droits
       Pas de rejet des APCs mais exigence de transparence
       Soutien aux autres voies dont le dépôt en archive ouverte
     Journal Checker Tool
         Outil pour vérifier la conformité de la revue à la politique OA du
          financeur.

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Les projets financés par l’ANR
                                            47

 Obligation de dépôt des publications en archive ouverte depuis la
   rentrée 2019
      Pas obligatoire de publier dans une revue en OA mais dépôt obligatoire même si
       publication en OA
      Sur Hal ou dans une archive institutionnelle
      Dans les conditions de l’article 30 de la LRN
      Mentionner le financement de l’ANR lors du dépôt
      Fin 2020 : lancement du portail HAL-ANR
 Obligation d’accompagner son projet d’un Plan de gestion des
   données de la recherche (PGD)
      3 versions dont la 1ère dans les 6 mois qui suivent le démarrage du projet
      Eligible au financement
      Le PGD ≠ obligation de rendre accessible les données. Le non partage doit
       seulement être justifié
      N’est pas évalué pour l’instant
      Modèle recommandé : DMP Opidor

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FIN
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 SCIENCE OUVERTE À L’UBO

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LISA.MALGUY@UNIV-BREST.FR

                            07/03/2022