LabEx COTE Assemblée Générale - 2 Décembre 2016
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Bilan 2016 Bilan (Claire Gouny et Adrien Pourtier) Discussion Projets de recherche : ➔ Projet LIPID (François Delmas) ➔ Projet URBEST (Denis Salles) Chaire ETI Pause Café Thèses : ➔ Loris Dermendjian (CNP Leyre) ➔ Nathalie Coquillé (IMPACT) ➔ Thomas Fort (Flux.com) Transfert : ➔ Projet AGROLIBS (Anne Budynek) ➔ Projet PARASOL (Jérémy Lobry) Discussion boite à idées Buffet 3 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : Gouvernance 18 Comités de direction 5 Comités de pilotage 5ème Conseil scientifique en début d’année 2017 4ème Comité des tutelles en début de l’année 2017 Elargissement en cours / Rattachement de nouvelles équipes Consolidation de la Chaire ETI 4 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : Recherche 17 projets soumis à l’Appel à Projets de Recherche 2016. L’appel était ouvert avec des priorités élargies et deux formats différents. 2 nouveaux post-doctorants dans la chaire ETI (Alix Sauve & Yohan Sahraoui) Deux processus de montage de projets « bottom up » enclenchés sur des sujets validés par le Conseil Scientifique : • Transition écologique et adaptation • Rétroaction climat - forêt Une proposition de projet « bottom up » en construction suite à un séminaire COTE : • Océan 3 Séminaires de recherche : • Océan (Juillet) • Analyses multivariées pour la biodiversité (Septembre) • Transition écologique et adaptation (Octobre) Inter-LabEx avec Siric-Brio : CANEPA (Interface santé-environnement) Effet d’entrainement projet URBEST avec le Centre Emile Durkheim et l’ENSEGID 5 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : Plateformes ➔ 3 Appels à Projets, sans limite de dates de soumission : › propositions évaluées par le Comité de Direction au fil de l’eau › Plateformes d’Observation: 4 projets soutenus, relance en décembre 2016 › Plateformes d’Analyse : lancement en septembre 2016 › Plateformes d’Expérimentation: lancement en décembre 2016 6 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : colloques et communications Appel d’Offre Colloques internationaux (AO 2016) • 7 propositions reçues, 7 financements accordés Outils de communication • 6 newsletters • Site Web mis à jour quotidiennement • 1 nouvelle plaquette « Actions COTE 2016 » • 1 kakémono COTE (disponible pour vos événements soutenus par le LabEx en anglais et en français) • Et toujours la plaquette COTE disponible en anglais et en français Evènements • Participation à la Nuit européenne des chercheurs • Pale Blue Dot à Cap Sciences dans le cadre de la Fête de la science 2016 • Participation aux rencontres du cycle « Science et Développement durable » de la Maison Ecocitoyenne de Bordeaux 7 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : Formation et enseignement ➔ Bourses M2 ➔ 15 bourses de master attribuées aux unités partenaires de COTE. ➔ LabEx Day (journée des doctorants et post doctorants de COTE) : 19 juillet ➔ Une 40aine de participants ➔ Bourses de mobilités internationales ➔ 12 bourses de mobilité (jusqu’à 3 000 €) distribuées en 2016 (10 sortantes et 2 entrantes) ➔ Firenze (Italie) / Trois Rivières, Montreal (Québec) / Copenhagen (Danemark) / Adelaide (Australie) / Texas (USA) / Neufchatel, Dubendorf (Suisse) / Jaca (Espagne) / Ulster (Irlande)… ➔ Ecole d’été 2016 – « Ecology and society: biodiversity and global change » ➔ 22 doctorants sur 120 postulants – 18 pays / 19 nationalités ➔ 1 semaine ➔ 2 doctorants de la communauté COTE ➔ 22 intervenants dont 8 intervenants externes ➔ 1 projet Formation : « Deuxième rencontre université entreprises en écotoxicologie et chimie de l’environnement » (Nathalie Geneste) 8 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : Relations Internationales ➔ Discussion en cours avec l’INRS (Canada) pour aller vers une bidiplomation pour le master EXCE (Nathalie Geneste et Agnès Feurtet- Mazel) ➔ Deuxième workshop « En torno al agua » avec l’université de Guanajuato (Mexique) du 1er au 7 juin 2016 ➔ Rencontre avec nos partenaires d’Euskampus le 20 juillet 2016 ➔ Workshop avec le Water Institute de l’université de Waterloo (Canada) les 24 et 25 octobre 2016 ➔ Délégation des agences d’Etat de financement de la recherche au Brésil, présentation du volet aquatique du LabEx COTE (18 novembre 2016) 9 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : Transfert & valorisation ➔ Ingénieurs transfert ➔ Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques dans les eaux du Bassin d’Arcachon – phase 2 – (EPOC, Ifremer/SIBA) ➔ DYLAC Dynamiques écologiques des lacs du littoral aquitain – Analyses et synthèse des données environnementales et biologiques passées et actuelles - (Irstea et Agence de l’eau – démarrage fin 2016) ➔ Mise en place d’une plateforme collaborative pour le suivi à distance d’expérimentations au champ dans les lycées agricoles ou chez des agriculteurs (ISPA et ACTA – démarrage début 2017) ➔ Stages transfert ➔ 3 stages en 2016 dont un a donné lieu au dépôt d’un projet ingénieur transfert 10 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : Transfert & valorisation ➔ Projets transfert ➔ Agrolibs – LIBS, analyse multi-élémentaires, plantes, sol, optimisation de matériel d’instrumentation…(ISPA / CELIA / Entreprise IVEA) ➔ Flavsat – Détection texturale des foyers de flavescence dorée (SAVE / IMS / Telespazio / GDON des Graves et du Sauternais) ➔ Redphynnov – La réduction des intrants phytosanisataires en viticulture : quels sont les freins ? Quelles sont les opportunités pour les acteurs de la Région APLC (GREThA / ISVV / Inno’Vin) ➔ Evènement « La grande Alose, un symbole menacé ? » (Irstea / AAPPED Gironde / Cap Sciences) – le 3 décembre 2016 à partir de 10 h 30 à Cap Sciences ➔ Ineg’eaux – A la recherche des inég-eaux… une aventure ! – inégalités sociales, eau potable, conférence gesticulée, éducation populaire… (Irstea / Coopérative du vent debout) (démarrage en 2017) ➔ La biologie moléculaire au service de la surveillance aérobiologique (BioGeCo / Réseau National de Surveillance Aérobiologique) (démarrage fin 2016 début 2017) ➔ IDEA – PerF-IDEA4pro : la méthode de diagnostic IDEAv4 pour évaluer la performance globale d’une exploitation agricole (Irstea / BSA / Bergerie nationale / Asso. Centre Ecodéveloppement/ SCE en Environnement et Aménagement / Eau du Bassin Rennais (syndicat)) (démarrage en 2017) 11 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan : Transfert & valorisation ➔ Collaboration avec l’Agence Régionale de la Biodiversité en Aquitaine (ARBA) autour du séminaire « Agir pour le patrimoine naturel : des contraintes aux opportunités pour les territoires aquitains » le 15 novembre 2016 à l’hôtel de région ➔ Forum d’acteurs en mai 2017 sur la thématique des pesticides 12 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Bilan / perspectives ➔ IdEx Bordeaux pérennisé (Juin 2016) 3 des 8 IdEx de la première vague ont été pérennisés, 2 ont été stoppés, 3 sont en période probatoire. ➔ Un séminaire à l’été 2017 pour construire ensemble le futur de la communauté COTE 13 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
LabEx COTE Assemblée Générale 2016 - Projet LIPID - Utilisation des lipides cellulaires comme indicateurs de pollution dans les milieux naturels Diagnostic intégré d’écotoxicité basé sur des végétaux terrestres et les diatomées des milieux aquatiques François DELMAS (Irstea / UR EABX)
Projet LIPID (accepté décembre 2015) Lipids as Indicators of Pollution In Diatoms : Towards an integrated toxicity framework for aquatic and terrestrial plants Participants : - Irstea-Carma - EPOC-EA Montant subvention : 186 K€ - LBM-LEB (dont alloc. thèse de 96 K€) Priorités LabEx Cote : Biodiversité locale Zones humides Transferts et flux entre écosystèmes Site-atelier : Système fluvio-estuarien de la Gironde, BV viticole de Marcillac (33) Objectifs LabEx : Croisement systèmes, partenariats, sites-ateliers…
ETAT ACTUEL DE LA CONNAISSANCE SUR DIATOMEES & TOXIQUES (1) Bio-indication phytocénotique (type IBD) Composition des communautés multispécifiques + Pas assez sensible (micropolluants toxiques) + Spécificité difficile à cerner par rapport aux effets (substances ; espèces) En cas de pré-exposition des milieux : + sélection-adaptation vers une plus grande tolérance, PICT… (Pesce et al, 2010) + … y compris pour taxons réputés sensibles (tolérance X 7, Roubeix et al, 2012) Signification de la composition des communautés / toxiques difficile à décrypter… 2 Décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE
ETAT ACTUEL DE LA CONNAISSANCE SUR DIATOMEES & TOXIQUES (2) Descripteurs de toxicité : Débats liés à la transcriptomique : + Temps de réaction variable + Possibilité de régulations post-transcriptomiques… 2 Décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE
QUESTIONNEMENT SCIENTIFIQUE Résultats exploratoires acétochlore (2012) HUFA SFA Le lipidome des diatomées permet-il un diagnostic suffisamment spécifique, précoce et sensible des altérations toxiques ? Plus à l’aval dans les processus de réponse cellulaire, est-il intéressant (i.e. plus représentatif du niveau réel d’effet toxique subi et plus stable) par rapport à d’autres descripteurs ? cf transcriptomique … Peut-on remonter aux molécules plus précises marquant les profils et aux mécanismes sous-jacents d’effet toxique ? 2 Décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE
BV expérimental viticole de Phytocote (Marcillac, 33) MARCILLAC 2 décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE
OBJECTIFS DU PROJET LIPID : Identification et compréhension de réponses lipidiques d’organismes phototrophes aux effets toxiques Développement de biomarqueur(s ) lipidique(s) d’impact toxique, comparaison de performance par rapport à d’autres descripteurs et biomarqueurs Utilisation pour le diagnostic des effets toxiques de la pollution agricole des milieux naturels par les pesticides… : + sur milieux terrestres (végétaux supérieurs) + sur milieux aquatiques (diatomées benthiques) … sur l’exemple du BV viticole de Marcillac (33) … au moyen d’approches expérimentales de diagnostic : + de laboratoire (expositions contrôlées) + in situ (plus grande complexité) 2 décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE
Organisation du projet LIPID PHYTOCOTE LIPID Infos sur les pratiques, contamination milieux Thèse LIPID Impact toxique Impact toxique milieu terrestre milieu aquatique Végétaux supérieurs Diatomées benthiques Comparaison réponses lipidiques / autres réponses AXE 1 LIPID Th Dispositif AXE 2 LIPID (in situ) encagement (labo) Tests in situ Tests ex-situ Evaluation effets Relations exposition-effet (Vx. naturels) (Lactuca sp) in situ ex-situ (Cond. Exp. Labo) Validation biomarqueur lipidomique sur diatomées
Eléments complémentaires 1 thèse démarre au 01-01-2017 (Floriane DEMAILLY), sur applications uniquement aquatiques (labo & in situ) Niveau d’organisation biologique –cible visé : la population (taxons diatomiques, végétaux supérieurs terrestres) Substances phytosanitaires envisagées : - 2 métaux : 1 essentiel (Cu), 1 non essentiel…) - 3 pesticides de familles différentes, visant des mécanismes cellulaires différents (inhibiteurs de photosystèmes, élongases, métabolisme des amino-acides, …). Etude des réponses : - Spécificité : effet substance, gamme de sensibilité de taxons - Effet-dose (substance unique, combinaisons…) - Influence de facteurs environnementaux (ex : T°) sur les réponses Je vous remercie de votre attention ! 2 décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTE
AG LabEx COTE 2 Décembre 2016 URBEST La gouvernance adaptative des métropoles estuariennes face aux changements globaux Bordeaux Métropole et l’estuaire de la Gironde 23
Enjeux et contexte URBEST ➔ Attractivité/vulnérabilité des métropoles estuariennes face aux changements globaux › Changement climatique, Métropolisation, Mobilité, Pression sur les ressources, Risques Contamination, Vulnérabilité aux évènements extrêmes ➔ Renforcement des interdépendances territoriales ville / territoires estuariens › Risques environnementaux et sanitaires, disponibilité ressources, protection biodiversité, mobilité, conflits territoriaux
Questionnement général ➔ Quelle gouvernance des interdépendances territoriales? › En quoi l’adaptation aux changements globaux transforme-t-elle la planification urbaine, l’usage des sols et des ressources naturelles, la gouvernance des risques ? ➔ Quels savoirs mobilisés › Savoirs scientifiques, experts, d’usage, approches intégratives, sciences participatives…. ➔ Vers une « gouvernance adaptative » ? › Construction des problèmes publics, instruments, référentiels d’aménagement (nature based solution)
Changements d’échelle et des périmètres d’action Vers une gouvernance adaptative multiniveaux - Différentes circonscriptions politiques (communes, métropole, département, région…) - De nouvelles compétences décentralisées (MATPAM, NOTRE, Gemapi…) - Des exigences de plus de participation citoyenne 26 6 décembre 2016 Titre de votre présentation
Des hypothèses de travail ➔ 1 –Recomposition géopolitique • Territorialisation des politiques publiques: Loi NOTRE, Loi MATPAM, • Regain des conflits territoriaux urbains/ruraux ➔ 2- Processus de “Mise en visibilité” des problèmes publics • Mise en visibilité du CC: – Savoirs scientifiques (modélisation) / Maîtrise d’usage / savoirs experts…. – Mise en récits, couverture médiatique, ➔ 3- Jeux d’influence et stratégies d’acteurs pour la gouvernance des changements globaux
Consortium pluridisciplinaire URBEST ➔ Unités Labex COTE ➔ IRSTEA ETBX / Equipe EADT / Thèse sociologie Charles de Godoy Leski / Stage économie ➔ IRSTEA EABX FEE / Stage écologie aquatique ➔ EPOC UMR CNRS 5005. / Stage écologie aquatique ➔ Unités hors Labex COTE / Effet d’entrainement IDEX ➔ Centre Emile Durkheim UMR CNRS 5116, Science Po Bordeaux / Post doc Science Politique ➔ ENSEGID EA4592 Géoressources et Environnement / Post doc Hydrogéologie
Trois études de cas : ➔ Gouvernance des risques d’inondation et de submersion marine ➔ Gouvernance de la biodiversité de Bordeaux Métropole et de l’estuaire de la Gironde ➔ Gouvernance de l’approvisionnement en eau potable de Bordeaux Métropole pour 2030 30 6 décembre 2016 Titre de votre présentation
Cas d’étude n°1 : Gouverner les risques d’inondation et de submersion marine ➔ Identifier l’existence éventuelle de changements paradigmatiques dans la gestion des risques d’ inondations et de submersion marine par rapport aux modèles traditionnels d’appréhension des incertitudes environnementales. ➔ L’adaptation au changement climatique reconfigure-t-elle la planification urbaine ? Approche sociologique (PhD) Entrée analytique par les instruments d’action publique: création et implémentation du PAPI Estuaire Gironde et Réforme GEMAPI (Loi MAPTAM) Analyse des interdépendances cognitive et stratégique estuaire- urbain-rural
Volet économie J Dachary Bernard : IRSTEA ETBX ➔ Stage 1: Analyse exploratoire des stratégies foncières comme composante des interdépendances territoriales L’approche de l’économie spatiale › Marché foncier et stratégies foncières de Bordeaux Métropole et des collectivités (communes/interco) des zones estuariennes • Analyse quantitative SAFER and DVF (demande de valeur foncière) propriétaires • Données SAFER (Société d’Aménagement Foncier et d’Etablissement rural) issues des actes notariés recueillis par la SAFER lorsque qu’un site fait l’objet d’une transaction
Cas d’étude N° 2: Préservation de la biodiversité de Bordeaux Métropole et de l’estuaire de la Gironde Quelle est l’évolution de la politique de Bordeaux Métropole de conservation de la biodiversité pour l’aire métropolitaine et l’estuaire de la Gironde? Approche sociologique (PhD) Le programme 55000ha pour la nature et les effets de la territorialisation des politiques publiques (processus de décentralisation et de transfert de compétences)
Volet écologie Stages de recherche 2 & 3: Biodiversité estuarienne et actions entre forçages hydro- climatiques et forçages urbains locaux Ecologie : EPOC-B Sautour. Ecologie estuarienne / IRSTEA EABX-M Lepage, J Lobry, P Boët, A Lechêne / ➔ Stage 2 : Etat de l’art à l’échelle des pratiques innovante en matière de restauration de biodiversité aquatique ? › évaluation et retours d’expériences d’ingénierie écologique et nature based solution ➔ Stage 3 : Estimation des potentialités de restauration dans BxM et estuaire Gironde (restauration habitats dans les zones d’expansion de crues, zones humides …)
Cas d’étude n°3 Gouverner par l’approvisionnement en eau potable: la stratégie de Bordeaux Métropole pour 2030 ➔ Quelles stratégies de sécurisation de l’approvisionnement en eau potable pour Bordeaux Métropole « millionnaire » en 2030? Approche sociologique (PhD) Zoom sur le projet pilote d’approvisionnement en eau potable (Captage des Landes du Médoc) Etude d’une controverse scientifique et politique locale à propos des impacts aménagistes sur les activités forestières
Approche hydrogéologique Les impacts indirects du captage en nappe profonde sur l’interface sol dans le contexte d’adaptation aux changements globaux Postdoctorat ENSEGID (Idex Bordeaux) ENSEGID EA G&E/ Alain Dupuy ➔ Le Post-doc examinera les différents aspects hydrogéologiques qui caractérisent les champs captants Landes du Médoc › Caractériser les relations de dépendance entre une captation en nappe profonde et leurs impacts sur la surface ( à croiser avec les dimensions sociales de ces effets potentiels) › Décrire les verrous sociaux et scientifiques qui agissent sur le mécanisme compensatoire selon des perspectives hydrogéologique et économique.
3. Méthodologies ➔ Thèse de sociologie (Années1-2-3), › -Observation In itinere et analyse des négociations entre 2016 et 2018 › -Observation des réunions publiques, des ateliers de travail, et de la clôture des négociations (comités de pilotages, réunions d’experts, etc.). › - Entretiens semi-directifs (Années 1 et 2): 90 (30 entretiens par cas d’étude). ➔ Interdisciplinarité / Consillience › Anticipation, Scénarios, prospective ➔ -Séminaires science/société ➔ Transfert / Valorisation › Art et science, design…
AG LabEx COTE 2 Décembre 2016 URBEST La gouvernance adaptative des métropoles estuariennes face aux changements globaux Bordeaux Métropole et l’estuaire de la Gironde 38
LabEx COTE Assemblée Générale 2016 Chaire Ecologie Théorique Intégrative (ETI) Barraquand F., Carassou L. Aluome C., Picoche, C. Sahraoui Y., Sauve A.
Historique, composition chaire ETI Chercheurs Ingénieurs Postdoctorants • Frédéric • Coralie • Alix Sauve Barraquand Picoche réseaux écologie calcul d’interactions quantitative scientifique • Yohan • Laure • Christelle Sahraoui Carassou Aluome géographie, écologie des base de écologie du communautés données paysage > Octobre 2015 > Octobre 2016 Merci B2 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Thématiques de recherche/activités 1. Interactions écologiques et dynamique des écosystèmes Modélisation théorique Statistiques sur séries temporelles Connectivité et réseaux 2. Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Analyses spatiales et multivariées Caractérisation fine des pressions anthropiques (SHS, chimie de l’environnement…) • Géocatalogue de métadonnées • Réseaux scientifiques et animations 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Thématiques de recherche/activités 1. Interactions écologiques et dynamique des écosystèmes Modélisation théorique Statistiques sur séries temporelles Connectivité et réseaux 2. Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Analyses spatiales et multivariées Caractérisation fine des pressions anthropiques (SHS, chimie de l’environnement…) • Géocatalogue de métadonnées • Réseaux scientifiques et animations 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Mise en place d’un géocatalogue de métadonnées Métadonnées : Ensemble de champs servant à définir ou décrire une donnée. Objectifs : constituer un catalogue de métadonnées sur les deux « sites Atelier » pour l'ensemble des disciplines d’intérêt : forêt, agricultures, sols, biodiversité, économie, sciences humaines et sociales, ... Apport du catalogue : - centraliser les métadonnées en un seul endroit. - meilleure visibilité des projets et données acquises - faciliter les recherches pour les projets interdisciplinaires. - localiser les contacts dans les unités. - savoir où les données ont été acquises. - être redirigé vers les sites des producteurs de données. - accéder à des documents scientifiques ou techniques (protocoles, thèses,...). → les métadonnées des futurs projets du LabEx COTE alimenteront le portail. https://data.cote.labex.u-bordeaux.fr/catalogue/public/ 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Mise en place d’un géocatalogue de métadonnées - Description des sites ateliers - Accès au métadonnées - Manuel d’utilisation - Procédure d’insertion de métadonnées 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Mise en place d’un géocatalogue de métadonnées Quoi, Qui, Quand & Où ? Recherche par : - Mots-clés libre ou menu-déroulant - Par emprise géographique - Par emprise temporelle Où ? Description du jeu de données. Localisation géographique. Dates d’acquisition Contact Droits d’utilisation En recherche de contribution ! Si vous voulez participer : christelle.aluome@u-bordeaux.fr 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Thématiques de recherche/activités 1. Interactions écologiques et dynamique des écosystèmes Modélisation théorique Statistiques sur séries temporelles Connectivité et réseaux 2. Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Analyses spatiales et multivariées Caractérisation fine des pressions anthropiques (SHS, chimie de l’environnement…) • Géocatalogue de métadonnées • Réseaux scientifiques et animations 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Thématiques de recherche/activités 1. Interactions écologiques et dynamique des écosystèmes Modélisation théorique Statistiques sur séries temporelles Connectivité et réseaux 2. Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Analyses spatiales et multivariées Caractérisation fine des pressions anthropiques (SHS, chimie de l’environnement…) • Géocatalogue de métadonnées • Réseaux scientifiques et animations 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Réseaux et animations : récap 2016 • Ecole d’été COTE, séminaires divers • ‘Analyses Multivariées pour la Biodiversité: modèles et outils’ Axe MIAB UMR Biogeco (Alain Franc et al.) – chaire ETI; 9 septembre 2016 Programme et présentations disponibles sur demande • Networking local : >36 meetings COTE, IMB, LabEx • Networking national : GDR Ecologie statistique, GDR Théorie et Modélisation de la Biodiversité, Société Française d’Ecologie • Collaborations internationales SAIAB, Rhodes University, SQU, U Tromsoe, SLU, U Laval, … • Liens forts avec partenaires « non-académiques » 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Thématiques de recherche/activités 1. Interactions écologiques et dynamique des écosystèmes Modélisation théorique Statistiques sur séries temporelles Connectivité et réseaux 2. Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Analyses spatiales et multivariées Caractérisation fine des pressions anthropiques (SHS, chimie de l’environnement…) • Géocatalogue de métadonnées • Réseaux scientifiques et animations 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Thématiques de recherche/activités 1. Interactions écologiques et dynamique des écosystèmes Modélisation théorique Statistiques sur séries temporelles Connectivité et réseaux 2. Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Analyses spatiales et multivariées Caractérisation fine des pressions anthropiques (SHS, chimie de l’environnement…) • Géocatalogue de métadonnées • Réseaux scientifiques et animations 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Interactions et dynamique des écosystèmes • Modélisation dynamique Processionnaire du pin 1. Populations fortement fluctuantes - Barraquand F et al. - Moving forward in circles: challenges and opportunities in modeling population cycles. Revised for Ecology Letters - Toigo et al. Geographical variation in climate drivers of a forest pest population dynamics, in prep. 2. Inférence des effets biotiques vs abiotiques. Théorie et phytoplankton. - Certain G, Barraquand F & Gardmark A. How far can we go with MAR? Approximating and predicting community dynamics, Methods in ecology and evolution, submitted 3. Modélisation théorique : projet Labex NAVIRE + Postdoc Alix • Couplages entre écosystèmes ou habitats différents 1. Travaux empiriques (pour l’instant) - Carassou L, Whitfield AK, Bergamino L, Moyo S, Richoux NB (2016) Trophic dynamics of the Cape stumpnose (Rhabdosargus holubi, Sparidae) across three adjacent aquatic habitats. Estuaries and Coasts, 39: 1221-1233 - Carassou L, Whitfield AK, Moyo S, Richoux NB (subm HydroB). Combined stomach content, stable isotope and fatty acid analyses reveal dietary details of freshwater mullet (Myxus capensis, Mugilidae) from a river and estuary headwater region. Highlights terrestrial/aquatic trophic exchanges 2. ArcticWeb // Effects of “subsidies” vs climate change (U Laval et autres) 3. Projet région Athéné (C. Vacher, Biogeco + Ispa + Gretha+ PNR) - Modéliser les couplages forêt-atmosphère-rivière 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Phytoplankton dynamics: biotic and abiotic factors ➔ Phytoplankton in Arcachon ➔ 300 taxa, 12 highly resolved groups (>=genus) ➔ Hyp : diversity maintenance despite competition, differing f(environment) ➔ Analysis of real as well as simulated plankton- like data (methods check) ➔ (Very) weak competition so far, despite blooms ➔ Observed niches do not explain coexistence. Hidden niches? Paper in prep. Meetings (Grenoble, Nantes) 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Réseaux d’interactions combinant différents types d’interactions Les relations structure-stabilité connues sont-elles les mêmes dans de tels réseaux ? Sauve et al. 2014, Oikos → Simulations numériques + Analyse de réseaux Comment sont connectés ces réseaux et pour quelles conséquences sur la stabilité de la communauté ? Sauve et al. 2016, Ecology → Analyse d’un réseau empirique + analyse stabilité Quelles sont les interactions indirectes possibles dans de tels réseaux ? Pocock et al. 2012 Science Sauve et al. 2016, Theoretical Ecology → Approche analytique 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Réseaux trophiques à l’échelle du paysage Les communautés sont-elles contraintes aux habitats ? Sauve, et al. in prep. Quel est le rôle des espèces dans les réseaux trophiques résolus à l’échelle du paysage ? Quel est l’effet de la diversité d’habitats sur le service de pollinisation ? Hackett & Sauve, et al. in prep. Hackett et al. in prep. 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Effets de la saisonalité sur les réseaux écologiques Des changements de régimes alimentaires au cours d’une année... Les réseaux trophiques changent de structure au cours d’une année. Saavedra et al., 2016, Ecology McMeans et al., 2016, TREE 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Phénologies et connexions entre écosystèmes Réseau trophique, récif coralien, Yoon et al f1 f2 f3 s1 s2 Habitat 1 Habitat 2 Habitat 3 Chevillot et al. 2016 MEPS Knight et al. 2005, Nature 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Thématiques de recherche/activités 1. Interactions écologiques et dynamique des écosystèmes Modélisation théorique Statistiques sur séries temporelles Connectivité et réseaux 2. Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Analyses spatiales et multivariées Caractérisation fine des pressions anthropiques (SHS, chimie de l’environnement…) • Géocatalogue de métadonnées • Réseaux scientifiques et animations 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Thématiques de recherche/activités 1. Interactions écologiques et dynamique des écosystèmes Modélisation théorique Statistiques sur séries temporelles Connectivité et réseaux 2. Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Analyses spatiales et multivariées Caractérisation fine des pressions anthropiques (SHS, chimie de l’environnement…) • Géocatalogue de métadonnées • Réseaux scientifiques et animations 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Recrutement L.Carassou CR2 à Irstea, UR EABX, ‘écologie fonctionnelle et biodiversité’ Systèmes estuariens soumis à diverses pressions (Gironde, Afrique du Sud, USA) Biodiversité aquatique (poissons principalement) Approche analyse données existantes, liens forts problématiques ETI Approche expérimentale/terrain structure communautés estuariennes (structure trophique, approche isotopes/acides gras) Contribution (%) SIAR (δ13C, δ15N poisson et sources) Carassou et al., soumis à Hydrobiologia MDS (35 acides gras poissons et sources) Carassou et al., ESCO, 2016 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Biodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques Recrutement L.Carassou CR2 à Irstea, UR EABX, ‘écologie fonctionnelle et biodiversité’ Systèmes estuariens soumis à diverses pressions (Gironde, Afrique du Sud, USA) Biodiversité aquatique (poissons principalement) Approche analyse données existantes, liens forts problématiques ETI Approche expérimentale/terrain structure communautés estuariennes (structure trophique, approche isotopes/acides gras) Projet en cours: o EPIZHONE ‘Etude pluridisciplinaire intégrée des zones humides estuariennes’ (Gretha, EPOC, Irstea-EABX, Irstea-ETBX, ETI) – Co-porteurs: Ferrari S., Coynel A. Caractérisation des liens biodiversité-usages zone humide des Jalles/Blanquefort Données flore (CBNSA), faune (OAFS), approche paysagère et fonctionnelle Projets soumis ou en cours d’élaboration: o MALABAR ‘Metabarcoding appliqué à la biodiversité des communautés Microalgales du bassin d’Arcachon’ (Biogeco, Ifremer, ETI) – Porteur: Franc A. Biodiversité morphologique, moléculaire vs. fonctionnelle? (« taxonomic sufficiency approach ») o Enjeux de préservation de la biodiversité en zone urbaine (en cours de discussion avec Bordeaux métropole) (Biogeco, Irstea-EABX, Irstea-ETBX, ETI, …) – Porteurs: Benot M.L., Allard D. Liens écologie paysage – biodiversité (théorie des graphes) + focus diversité aquatique 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Géographie quantitative / écologie du paysage Thèse géographie Université de Bourgogne Franche-Comté (Besançon, UMR Théma) Dir. Jean-Christophe Foltête (UMR Théma), Céline Clauzel (UMR LADYSS) ‘Comparative impact of land use and land cover dynamics on ecological and aesthetic functions of landscapes’ Soutenance hier… Champs de recherche : - modélisation de réseaux spatiaux (cartographies de connectivité spatiale flore/faune ou espèces ‘simulées’, scénarios prospectifs d’aménagements) - protocoles automatisés pour le développement de cartographies d’occupation du sol à haute résolution, validations in situ et photo-interprétations -protocoles d’entretiens et modélisation d’accompagnement (sciences sociales) 3 publications + 1 soumise + 2 dvpts logiciel + 3 conference papers (Applied Geography, Journal of Environmental Management, European Journal of Geography, CyberGeo, Ladscape Ecology) 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Idées et projets en cours – Yohan Sahraoui Epizhone (adapted from Diaz et al., 2010) Bx métropole? Principes de construction d’un graphe paysager (application potentielle données flore/faune ou espèces simulées 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Multiples disciplines, multiples écosystèmes…
LabEx COTE Coffee break
LabEx COTE Assemblée Générale 2016 TRANFERT DE CARBONE LE LONG DU CONTINUUM VÉGÉTATION-SOL-NAPPE-RIVIÈRE- ATMOSPHÈRE DANS LE BASSIN DE LA LEYRE (LANDES DE GASCOGNE, SO FRANCE) Loris Deirmendjian
Vue d’ensemble ➔ Meilleure définition du rôle des ruisseaux et rivières dans le cycle global du carbone. Tours à flux NEE = -480 Eddy covariance/Tours Crues Pompage à flux biologique (NEE) CO2 C 90dans Export nappes % export via + débits/surface drainage de DOC ? Bilan 50 % de Dégazage masse export isotopique Drainage+Erosion de DIC Dégazage ? C eaux de Transfert Export surfaces total latéral + débits(2.7% NEE) amont-aval (1.6 % NEE, 60% drainage) 50% DOC ? DOC = 3.6 CO2= 8.1 50% DIC CH4 = 0.005 DIC = 9.5 Facteurs de contrôle CH4 = 0.005 Hydrologie Amont COP = 0.6 ? ? ? C Respiration ? ? du sol C ? Export Lagune NEP (40% Export total) aquatique DOC = 2.6 (50%) C DIC = 1.9 (40%) Aval Flux en g C m-2 an-1 CH4 = 0.002 POC = 0.6 (10%) 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
LabEx COTE Assemblée Générale 2016 Influence de la matière organique dissoute (MOD) et d’herbicides, seuls et combinés, sur des microalgues d’un continuum eau douce-eau marine COQUILLÉ Nathalie
Influence de la MOD et d’herbicides, seuls et combinés, sur des microalgues d’un continuum eau douce-eau marine précipitations ruissellement MOD MOD MOD ruissellement Piégeage MOD infiltration Biodisponibilité ? 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
LabEx COTE Assemblée Générale 2016 Effet du paysage sur la structure des communautés fongiques foliaires Thomas Fort
Effet du paysage sur la structure des communautés fongiques foliaires Habitat forestier = source de micro-organismes foliaires pour la vigne ? ➔ Echelle locale : effet de lisière ? ➔ Echelle régionale : effet de la composition du paysage ? 2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
Assemblée générale du LabEx COTE 2 décembre 2016 Appel à projets « transfert » 2016 Projet : AGROLIBS
Le projet Titre du projet Unité LabEx porteuse du projet INRA UMR 1391 ISPA Equipe intra-unité BIONUT Nom du porteur de projet Anne GALLET-BUDYNEK Unité(s) du LabEx COTE co-contractante(s) - Equipe(s) intra-unité(s) - Partenaires du projet extérieurs au LabEx COTE Laboratoire CELIA UMR 5107 Entreprise IVEA Solution Axe Transfert □ Médiation □ Réseau □ Educatif □ Autre, précisez : Mots clés LIBS, analyse multi-élémentaire, éléments totaux, plantes, sols, matières fertilisantes, évaluation de méthodes, chimiométrie, optimisation de matériel d’instrumentation 72 2 décembre 2016 AGROLIBS
Objectifs Evaluer la pertinence des analyses LIBS (laser-induced breakdown spectroscopy) sur des échantillons qui ont un intérêt pour les filières agricoles: sols, plantes, matières fertilisantes 73 2 décembre 2016 AGROLIBS
Objectifs Partenaire socio-économique IVEA ➔ faire évoluer l’instrument « EasyLIBS » dédié aux mesures LIBS de terrain sur matériaux solides : prendre en compte les besoins exprimés par les utilisateurs tant sur le plan technique qu’ergonomique ➔ mettre à jour les avantages et les faiblesses de l’instrument dans ce contexte ➔ Intérêt stratégique : pouvoir accéder au marché des analyses agronomiques ? Laboratoires de recherches CELIA et ISPA ➔ améliorer les connaissances sur la LIBS pour la filière photonique ➔ nouvelle méthode d’analyse multi-élémentaire plus rapide et moins coûteuse pour la filière agronomique répondre à des besoins analytiques croissants de l’unité pour la gestion durable des écosystèmes : -suivi expérimental de pools et flux d’éléments multiples, -aide à la caractérisation de la variabilité spatiale et temporelle des données -modélisation des cycles biogéochimiques couplés. 74 2 décembre 2016 AGROLIBS
Moyens humains et financiers Cluster LAPHIA Fonctionnement CELIA- Partenaire Labex COTE 7500€ -Analyses chimiques ISPA- Porteur ICP -Achat d’échantillons de référence Cluster Inno’Vin Bruno Bousquet -Déplacements Léna Bassel Anne Gallet-Budynek Julian Guezenoc Pôle de compétitivité Route des lasers IVEA -Partenaire CDD Ingénieur Bourse de stage master 2 Ronald Berger-Lefébure 4 mois Transfert COTE 3300€ Gérôme Daurès 12500€ Kevin Boudoulec Durée du projet: mars 2016 – mars 2017 75 2 décembre 2016 AGROLIBS
Déroulé du projet -3 séries de campagnes de mesures LIBS par types d’échantillons, analysés en parallèle par des méthodes de référence -Traitement des spectres par analyse multivariée / chimiométrie : modèles de calibration et validation - Evaluation des performances analytiques, retour d’expérience sur l’utilisation de l’instrument 76 2 décembre 2016 AGROLIBS
Résultats - Bilan Easy LIBS portable Sols Végétaux Fertilisants Élément Conc. Détec Quanti Conc. Détec Quanti Conc. Détec Quanti Al 19-91 g/kg
Résultats - Exemple Végétaux – Potassium : Concentration en K (g/kg) mesurée par ICP-AES Concentration en K (g/kg) prédite par le modèle R² = 0,95 ; Q² = O,94 ; RMSEP = 2,62 g/kg 78 6 décembre 2016 Titre de votre présentation
Retour d’expérience LIBS portable ➔ Découverte d’un régime d’intensité laser plus stable après chauffe de l’appareil. ➔ Protocole expérimental spécifique établi pour l’utilisation de l’instrument. ➔ Couche logicielle à améliorer notamment concernant la partie prétraitement spectral (retrait ligne de base, normalisation…) ➔ Correction possible du jitter électronique pour version 2 de l’instrument. 79 6 décembre 2016 Titre de votre présentation
Déroulé du projet: faits marquants ➔ 1er Mars – 1er septembre 2016: stage master OPEX /soutenance ➔ 19 juillet + 9 novembre 2016: réunions d’étapes avec IVEA ➔ Rédaction de 2 notes à l’intention d’IVEA : retours sur l’utilisation de l’instrument portable EasyLIBS (5 juillet, 8 novembre) ➔ Participation aux journées LIBS France 2016: 12-16 septembre 2016 (9e Conférence Internationale de Laser-Induced Breakdown Spectroscopy, Chamonix): présentation d’un poster ➔ Participation au congrès international «SCIX », 18-23 sept 2016, Minneapolis, USA: présentation orale ➔ Article scientifique en cours de rédaction concernant l’analyse du K par LIBS (sélection de variables). 80 2 décembre 2016 AGROLIBS
Impact socio-économique ➔ Encore trop tôt pour proposer une solution commerciale d’analyse basée sur la technique LIBS et permettant d’accéder au marché des analyses agronomiques ➔ Mais des pistes d’amélioration issues de cette étude seront prises en compte pour un instrument « EasyLibs » nouvelle génération bientôt en production: - ergonomie, maniabilité de l’instrument - améliorations du laser - logiciel de pilotage et d’acquisition des données 81 2 décembre 2016 AGROLIBS
Conclusions / perspectives ➔ Des mesures LIBS sont tout à fait réalisables sur des échantillons préparés de sols, de végétaux et fertilisants: résultats positifs pour la détection et la quantification simultanées de Ca, Mg, K, Na, Fe, Al ➔ Limitations identifiées : 1) sensibilité du détecteur, 2) gamme spectrale du spectromètre peuvent empêcher la détection de certains éléments: ex: Cu, P ➔ Collaboration à poursuivre: projet interdisciplinaire en préparation pour une soumission à la Région Nouvelle Aquitaine/ ADEME 82 2 décembre 2016 AGROLIBS
Assemblée générale du LabEx COTE 2 décembre 2016 Ingénieurs« transfert » 2016 Projet : PARASOL Clémence Gaudard
Le projet Titre du projet PARtage des connaissances scientifiques avec les pêcheurs professionnels en rivière pour la grande Alose et en mer pour la SOLe Unité LabEx porteuse du projet Irstea - EABX Equipe intra-unité EABX-FEE Nom du porteur de projet Jérémy LOBRY Unité(s) du LabEx COTE co-contractante(s) Equipe(s) intra-unité(s) Partenaires du projet extérieurs au LabEx COTE AAPPED Gironde (Association Agréée des Pêcheurs Professionnels en Eau Douce de la Gironde) CRPMEM Aquitaine (Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins d’Aquitaine) Axe X Transfert X Médiation X Réseau X Educatif □ Autre, précisez : Mots clés Pêche, Gironde, Sole, Alose 84 6 décembre 2016 Le projet PARASOL
Contexte ➔ Les estuaires abritent une biodiversité remarquable et de nombreuses espèces d’intérêt halieutique. ➔ Or, de nombreuses espèces parmi les plus exploitées ont vu leurs populations et/ou les pêcheries s’effondrer › l’alose vraie › la sole 85 6 décembre 2016 Le projet PARASOL
Objectifs ➔ Partager les connaissances scientifiques avec les pêcheurs professionnels en rivière pour la grande Alose et en mer pour la Sole sur les facteur environnementaux pouvant affecter le cycle de vie de ces poissons, notamment durant leur passage en estuaire. › Pour les scientifiques : faire un point sur les connaissances et la bibliographie disponibles › Pour les pêcheurs : mieux connaitre les processus en jeu et mieux les intégrer dans les discussions sur la gestion des stocks ➔ Une synthèse bibliographique + des actions de transfert (fiches à destination des pêcheurs, co-organisation d’un évènement grand public avec le soutien du LabEx…) ➔ (Ré) apprendre à mieux échanger entre pêcheurs et scientifiques 86 6 décembre 2016 Le projet PARASOL
Moyens humains et financiers ½ Salaire IT + fct ½ Salaire IT 87 6 décembre 2016 Le projet PARASOL
Déroulé du projet/faits marquants ➔ Première prise de contacts : AG COTE 2014 ➔ Recrutement Clémence : 4/01/2016 ➔ Départ Clémence : 18/11/2016 › Janvier – Juin • biblio, rencontres… › Juillet – octobre • rédaction synthèse › Août – novembre • fiches cycles de vie › Depuis sept/oct • relectures, finalisation (90%) › Octobre – novembre • évènement Alose (demain) 88 6 décembre 2016 Le projet PARASOL
Impact socio-économique ➔ De bons contacts scientifiques-pêcheurs ➔ Un vrai partage de connaissances ➔ Meilleure appréhension par les pêcheurs du contexte global de la dynamique de la ressource ➔ Lobbying ➔ Négociations ➔ Gestion durable de la ressource 89 6 décembre 2016 Le projet PARASOL
Conclusions / perspectives ➔ Finaliser et valoriser les sorties (synthèses, fiches…) ➔ Poursuivre le(s) dialogue(s)… ➔ … et les intronisations ??!!! ➔ Compter des oiseaux 90 6 décembre 2016 Titre de votre présentation
Discussion : boite à idées ➔ Les questions de la communauté : › Comment se prépare le post LabEx COTE ? › Comment faire vivre les sites ateliers ? › Serait-il possible d’aller vers une labellisation des sites ateliers ? › Pourrait-on faire un ouvrage de synthèse du LabEx COTE ? › Quelle est la politique du LabEx COTE vis-à-vis des cellules de transfert ? ➔ La question du Codir : › Avez-vous des propositions pour de nouvelles actions de formation et de transfert ? 91 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance
LabEx COTE Merci à tous ! & RdV au buffet
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