LabEx COTE Assemblée Générale - 2 Décembre 2016
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Bilan 2016
Bilan (Claire Gouny et Adrien Pourtier)
Discussion
Projets de recherche :
➔ Projet LIPID (François Delmas)
➔ Projet URBEST (Denis Salles)
Chaire ETI
Pause Café
Thèses :
➔ Loris Dermendjian (CNP Leyre)
➔ Nathalie Coquillé (IMPACT)
➔ Thomas Fort (Flux.com)
Transfert :
➔ Projet AGROLIBS (Anne Budynek)
➔ Projet PARASOL (Jérémy Lobry)
Discussion boite à idées
Buffet
3 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : Gouvernance
18 Comités de direction
5 Comités de pilotage
5ème Conseil scientifique en début d’année 2017
4ème Comité des tutelles en début de l’année 2017
Elargissement en cours / Rattachement de nouvelles équipes
Consolidation de la Chaire ETI
4 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : Recherche
17 projets soumis à l’Appel à Projets de Recherche 2016. L’appel était ouvert avec
des priorités élargies et deux formats différents.
2 nouveaux post-doctorants dans la chaire ETI (Alix Sauve & Yohan Sahraoui)
Deux processus de montage de projets « bottom up » enclenchés sur des sujets
validés par le Conseil Scientifique :
• Transition écologique et adaptation
• Rétroaction climat - forêt
Une proposition de projet « bottom up » en construction suite à un séminaire COTE :
• Océan
3 Séminaires de recherche :
• Océan (Juillet)
• Analyses multivariées pour la biodiversité (Septembre)
• Transition écologique et adaptation (Octobre)
Inter-LabEx avec Siric-Brio : CANEPA (Interface santé-environnement)
Effet d’entrainement projet URBEST avec le Centre Emile Durkheim et l’ENSEGID
5 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : Plateformes
➔ 3 Appels à Projets, sans limite de dates de soumission :
› propositions évaluées par le Comité de Direction au fil de
l’eau
› Plateformes d’Observation: 4 projets soutenus, relance
en décembre 2016
› Plateformes d’Analyse : lancement en septembre 2016
› Plateformes d’Expérimentation: lancement en décembre
2016
6 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : colloques et communications
Appel d’Offre Colloques internationaux (AO 2016)
• 7 propositions reçues, 7 financements accordés
Outils de communication
• 6 newsletters
• Site Web mis à jour quotidiennement
• 1 nouvelle plaquette « Actions COTE 2016 »
• 1 kakémono COTE (disponible pour vos événements soutenus par le LabEx
en anglais et en français)
• Et toujours la plaquette COTE disponible en anglais et en français
Evènements
• Participation à la Nuit européenne des chercheurs
• Pale Blue Dot à Cap Sciences dans le cadre de la Fête de la science 2016
• Participation aux rencontres du cycle « Science et Développement
durable » de la Maison Ecocitoyenne de Bordeaux
7 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : Formation et enseignement
➔ Bourses M2
➔ 15 bourses de master attribuées aux unités partenaires de
COTE.
➔ LabEx Day (journée des doctorants et post
doctorants de COTE) : 19 juillet
➔ Une 40aine de participants
➔ Bourses de mobilités internationales
➔ 12 bourses de mobilité (jusqu’à 3 000 €) distribuées en 2016
(10 sortantes et 2 entrantes)
➔ Firenze (Italie) / Trois Rivières, Montreal (Québec) /
Copenhagen (Danemark) / Adelaide (Australie) / Texas (USA)
/ Neufchatel, Dubendorf (Suisse) / Jaca (Espagne) / Ulster
(Irlande)…
➔ Ecole d’été 2016 – « Ecology and society:
biodiversity and global change »
➔ 22 doctorants sur 120 postulants – 18 pays / 19 nationalités
➔ 1 semaine
➔ 2 doctorants de la communauté COTE
➔ 22 intervenants dont 8 intervenants externes
➔ 1 projet Formation : « Deuxième rencontre
université entreprises en écotoxicologie et chimie
de l’environnement » (Nathalie Geneste)
8 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : Relations Internationales
➔ Discussion en cours avec l’INRS (Canada) pour aller vers une
bidiplomation pour le master EXCE (Nathalie Geneste et Agnès Feurtet-
Mazel)
➔ Deuxième workshop « En torno al agua » avec l’université de
Guanajuato (Mexique) du 1er au 7 juin 2016
➔ Rencontre avec nos partenaires d’Euskampus le 20 juillet 2016
➔ Workshop avec le Water Institute de l’université de Waterloo (Canada)
les 24 et 25 octobre 2016
➔ Délégation des agences d’Etat de financement de la recherche au
Brésil, présentation du volet aquatique du LabEx COTE (18 novembre
2016)
9 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : Transfert & valorisation
➔ Ingénieurs transfert
➔ Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques dans les eaux du Bassin
d’Arcachon – phase 2 – (EPOC, Ifremer/SIBA)
➔ DYLAC Dynamiques écologiques des lacs du littoral aquitain – Analyses et
synthèse des données environnementales et biologiques passées et
actuelles - (Irstea et Agence de l’eau – démarrage fin 2016)
➔ Mise en place d’une plateforme collaborative pour le suivi à distance
d’expérimentations au champ dans les lycées agricoles ou chez des
agriculteurs (ISPA et ACTA – démarrage début 2017)
➔ Stages transfert
➔ 3 stages en 2016 dont un a donné lieu au dépôt d’un projet ingénieur
transfert
10 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : Transfert & valorisation
➔ Projets transfert
➔ Agrolibs – LIBS, analyse multi-élémentaires, plantes, sol, optimisation de matériel
d’instrumentation…(ISPA / CELIA / Entreprise IVEA)
➔ Flavsat – Détection texturale des foyers de flavescence dorée (SAVE / IMS / Telespazio / GDON
des Graves et du Sauternais)
➔ Redphynnov – La réduction des intrants phytosanisataires en viticulture : quels sont les freins ?
Quelles sont les opportunités pour les acteurs de la Région APLC (GREThA / ISVV / Inno’Vin)
➔ Evènement « La grande Alose, un symbole menacé ? » (Irstea / AAPPED Gironde / Cap
Sciences) – le 3 décembre 2016 à partir de 10 h 30 à Cap Sciences
➔ Ineg’eaux – A la recherche des inég-eaux… une aventure ! – inégalités sociales, eau potable,
conférence gesticulée, éducation populaire… (Irstea / Coopérative du vent debout) (démarrage en
2017)
➔ La biologie moléculaire au service de la surveillance aérobiologique (BioGeCo / Réseau National
de Surveillance Aérobiologique) (démarrage fin 2016 début 2017)
➔ IDEA – PerF-IDEA4pro : la méthode de diagnostic IDEAv4 pour évaluer la performance globale
d’une exploitation agricole (Irstea / BSA / Bergerie nationale / Asso. Centre Ecodéveloppement/
SCE en Environnement et Aménagement / Eau du Bassin Rennais (syndicat)) (démarrage en
2017)
11 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan : Transfert & valorisation
➔ Collaboration avec l’Agence Régionale de la
Biodiversité en Aquitaine (ARBA) autour du
séminaire « Agir pour le patrimoine naturel : des
contraintes aux opportunités pour les territoires
aquitains » le 15 novembre 2016 à l’hôtel de région
➔ Forum d’acteurs en mai 2017 sur la thématique
des pesticides
12 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBilan / perspectives
➔ IdEx Bordeaux pérennisé (Juin 2016)
3 des 8 IdEx de la première vague ont été pérennisés, 2 ont été
stoppés, 3 sont en période probatoire.
➔ Un séminaire à l’été 2017 pour construire ensemble le futur de la
communauté COTE
13 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceLabEx COTE Assemblée Générale 2016
- Projet LIPID -
Utilisation des lipides cellulaires comme
indicateurs de pollution dans les milieux naturels
Diagnostic intégré d’écotoxicité basé sur des végétaux terrestres
et les diatomées des milieux aquatiques
François DELMAS (Irstea / UR EABX)Projet LIPID (accepté décembre 2015)
Lipids as Indicators of Pollution In Diatoms :
Towards an integrated toxicity framework for aquatic and terrestrial plants
Participants : - Irstea-Carma
- EPOC-EA Montant subvention : 186 K€
- LBM-LEB (dont alloc. thèse de 96 K€)
Priorités LabEx Cote :
Biodiversité locale
Zones humides
Transferts et flux entre écosystèmes
Site-atelier : Système fluvio-estuarien de la Gironde, BV viticole de Marcillac (33)
Objectifs LabEx : Croisement systèmes, partenariats, sites-ateliers…ETAT ACTUEL DE LA CONNAISSANCE SUR DIATOMEES & TOXIQUES (1)
Bio-indication phytocénotique (type IBD)
Composition des communautés multispécifiques
+ Pas assez sensible (micropolluants toxiques)
+ Spécificité difficile à cerner par rapport aux effets (substances ; espèces)
En cas de pré-exposition des milieux :
+ sélection-adaptation vers une plus grande tolérance, PICT… (Pesce et al, 2010)
+ … y compris pour taxons réputés sensibles (tolérance X 7, Roubeix et al, 2012)
Signification de la composition des communautés / toxiques difficile à décrypter…
2 Décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTEETAT ACTUEL DE LA CONNAISSANCE SUR DIATOMEES & TOXIQUES (2)
Descripteurs de toxicité :
Débats liés à la transcriptomique :
+ Temps de réaction variable
+ Possibilité de régulations post-transcriptomiques…
2 Décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTEQUESTIONNEMENT SCIENTIFIQUE
Résultats exploratoires acétochlore (2012)
HUFA
SFA
Le lipidome des diatomées permet-il un diagnostic suffisamment
spécifique, précoce et sensible des altérations toxiques ?
Plus à l’aval dans les processus de réponse cellulaire, est-il intéressant (i.e.
plus représentatif du niveau réel d’effet toxique subi et plus stable) par
rapport à d’autres descripteurs ? cf transcriptomique …
Peut-on remonter aux molécules plus précises marquant les profils et aux
mécanismes sous-jacents d’effet toxique ?
2 Décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTEBV expérimental viticole de Phytocote (Marcillac, 33)
MARCILLAC
2 décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTEOBJECTIFS DU PROJET LIPID :
Identification et compréhension de réponses lipidiques d’organismes
phototrophes aux effets toxiques
Développement de biomarqueur(s ) lipidique(s) d’impact toxique,
comparaison de performance par rapport à d’autres descripteurs et
biomarqueurs
Utilisation pour le diagnostic des effets toxiques de la pollution
agricole des milieux naturels par les pesticides… :
+ sur milieux terrestres (végétaux supérieurs)
+ sur milieux aquatiques (diatomées benthiques)
… sur l’exemple du BV viticole de Marcillac (33)
… au moyen d’approches expérimentales de diagnostic :
+ de laboratoire (expositions contrôlées)
+ in situ (plus grande complexité)
2 décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTEOrganisation du projet LIPID
PHYTOCOTE LIPID
Infos sur les pratiques,
contamination milieux
Thèse LIPID
Impact toxique Impact toxique
milieu terrestre milieu aquatique
Végétaux supérieurs Diatomées benthiques
Comparaison réponses lipidiques
/ autres réponses
AXE 1 LIPID Th
Dispositif AXE 2 LIPID
(in situ) encagement (labo)
Tests in situ Tests ex-situ Evaluation effets Relations exposition-effet
(Vx. naturels) (Lactuca sp) in situ ex-situ (Cond. Exp. Labo)
Validation biomarqueur
lipidomique sur diatoméesEléments complémentaires
1 thèse démarre au 01-01-2017 (Floriane DEMAILLY),
sur applications uniquement aquatiques (labo & in situ)
Niveau d’organisation biologique –cible visé : la population (taxons
diatomiques, végétaux supérieurs terrestres)
Substances phytosanitaires envisagées :
- 2 métaux : 1 essentiel (Cu), 1 non essentiel…)
- 3 pesticides de familles différentes, visant des mécanismes
cellulaires différents (inhibiteurs de photosystèmes, élongases,
métabolisme des amino-acides, …).
Etude des réponses :
- Spécificité : effet substance, gamme de sensibilité de taxons
- Effet-dose (substance unique, combinaisons…)
- Influence de facteurs environnementaux (ex : T°) sur les réponses
Je vous remercie de votre attention !
2 décembre 2016 Assemblée Générale annuelle 2016 du LabEx COTEAG LabEx COTE
2 Décembre 2016
URBEST
La gouvernance adaptative des métropoles
estuariennes face aux changements globaux
Bordeaux Métropole et l’estuaire de la Gironde
23Enjeux et contexte URBEST
➔ Attractivité/vulnérabilité des métropoles estuariennes face aux
changements globaux
› Changement climatique, Métropolisation, Mobilité, Pression sur les
ressources, Risques Contamination, Vulnérabilité aux évènements
extrêmes
➔ Renforcement des interdépendances territoriales ville / territoires
estuariens
› Risques environnementaux et sanitaires, disponibilité ressources,
protection biodiversité, mobilité, conflits territoriauxQuestionnement général
➔ Quelle gouvernance des interdépendances territoriales?
› En quoi l’adaptation aux changements globaux transforme-t-elle la
planification urbaine, l’usage des sols et des ressources
naturelles, la gouvernance des risques ?
➔ Quels savoirs mobilisés
› Savoirs scientifiques, experts, d’usage, approches intégratives,
sciences participatives….
➔ Vers une « gouvernance adaptative » ?
› Construction des problèmes publics, instruments, référentiels
d’aménagement (nature based solution)Changements d’échelle et des périmètres d’action Vers une gouvernance adaptative multiniveaux - Différentes circonscriptions politiques (communes, métropole, département, région…) - De nouvelles compétences décentralisées (MATPAM, NOTRE, Gemapi…) - Des exigences de plus de participation citoyenne 26 6 décembre 2016 Titre de votre présentation
Des hypothèses de travail
➔ 1 –Recomposition géopolitique
• Territorialisation des politiques publiques: Loi NOTRE, Loi MATPAM,
• Regain des conflits territoriaux urbains/ruraux
➔ 2- Processus de “Mise en visibilité” des problèmes publics
• Mise en visibilité du CC:
– Savoirs scientifiques (modélisation) / Maîtrise d’usage / savoirs experts….
– Mise en récits, couverture médiatique,
➔ 3- Jeux d’influence et stratégies d’acteurs pour la gouvernance
des changements globauxConsortium pluridisciplinaire URBEST
➔ Unités Labex COTE
➔ IRSTEA ETBX / Equipe EADT / Thèse sociologie Charles de
Godoy Leski / Stage économie
➔ IRSTEA EABX FEE / Stage écologie aquatique
➔ EPOC UMR CNRS 5005. / Stage écologie aquatique
➔ Unités hors Labex COTE / Effet d’entrainement IDEX
➔ Centre Emile Durkheim UMR CNRS 5116, Science Po Bordeaux
/ Post doc Science Politique
➔ ENSEGID EA4592 Géoressources et Environnement / Post doc
HydrogéologieTrois études de cas :
➔ Gouvernance des risques d’inondation et de submersion marine
➔ Gouvernance de la biodiversité de Bordeaux Métropole et de
l’estuaire de la Gironde
➔ Gouvernance de l’approvisionnement en eau potable de Bordeaux
Métropole pour 2030
30 6 décembre 2016 Titre de votre présentationCas d’étude n°1 : Gouverner les risques d’inondation et de submersion marine ➔ Identifier l’existence éventuelle de changements paradigmatiques dans la gestion des risques d’ inondations et de submersion marine par rapport aux modèles traditionnels d’appréhension des incertitudes environnementales. ➔ L’adaptation au changement climatique reconfigure-t-elle la planification urbaine ? Approche sociologique (PhD) Entrée analytique par les instruments d’action publique: création et implémentation du PAPI Estuaire Gironde et Réforme GEMAPI (Loi MAPTAM) Analyse des interdépendances cognitive et stratégique estuaire- urbain-rural
Volet économie
J Dachary Bernard : IRSTEA ETBX
➔ Stage 1: Analyse exploratoire des stratégies foncières comme
composante des interdépendances territoriales
L’approche de l’économie spatiale
› Marché foncier et stratégies foncières de Bordeaux Métropole et des collectivités
(communes/interco) des zones estuariennes
• Analyse quantitative SAFER and DVF (demande de valeur foncière)
propriétaires
• Données SAFER (Société d’Aménagement Foncier et d’Etablissement rural)
issues des actes notariés recueillis par la SAFER lorsque qu’un site fait l’objet
d’une transactionCas d’étude N° 2: Préservation de la biodiversité de
Bordeaux Métropole et de l’estuaire de la Gironde
Quelle est l’évolution de la politique de Bordeaux Métropole de conservation de la
biodiversité pour l’aire métropolitaine et l’estuaire de la Gironde?
Approche sociologique (PhD)
Le programme 55000ha pour la
nature et les effets de la
territorialisation des politiques
publiques (processus de
décentralisation et de transfert de
compétences)Volet écologie
Stages de recherche 2 & 3: Biodiversité estuarienne et actions entre forçages hydro-
climatiques et forçages urbains locaux
Ecologie : EPOC-B Sautour.
Ecologie estuarienne / IRSTEA EABX-M Lepage, J Lobry, P Boët, A Lechêne /
➔ Stage 2 : Etat de l’art à l’échelle des pratiques innovante en matière
de restauration de biodiversité aquatique ?
› évaluation et retours d’expériences d’ingénierie écologique et
nature based solution
➔ Stage 3 : Estimation des potentialités de restauration dans BxM et
estuaire Gironde (restauration habitats dans les zones d’expansion de
crues, zones humides …)Cas d’étude n°3
Gouverner par l’approvisionnement en eau potable: la stratégie de
Bordeaux Métropole pour 2030
➔ Quelles stratégies de sécurisation de l’approvisionnement en eau potable
pour Bordeaux Métropole « millionnaire » en 2030?
Approche sociologique (PhD)
Zoom sur le projet pilote
d’approvisionnement en
eau potable (Captage des
Landes du Médoc)
Etude d’une controverse
scientifique et politique
locale à propos des
impacts aménagistes sur
les activités forestièresApproche hydrogéologique
Les impacts indirects du captage en nappe profonde sur l’interface sol dans le
contexte d’adaptation aux changements globaux
Postdoctorat ENSEGID (Idex Bordeaux)
ENSEGID EA G&E/ Alain Dupuy
➔ Le Post-doc examinera les différents aspects hydrogéologiques qui
caractérisent les champs captants Landes du Médoc
› Caractériser les relations de dépendance entre une captation en nappe
profonde et leurs impacts sur la surface ( à croiser avec les dimensions
sociales de ces effets potentiels)
› Décrire les verrous sociaux et scientifiques qui agissent sur le
mécanisme compensatoire selon des perspectives hydrogéologique et
économique.3. Méthodologies
➔ Thèse de sociologie (Années1-2-3),
› -Observation In itinere et analyse des négociations entre 2016 et 2018
› -Observation des réunions publiques, des ateliers de travail, et de la clôture des
négociations (comités de pilotages, réunions d’experts, etc.).
› - Entretiens semi-directifs (Années 1 et 2): 90 (30 entretiens par cas d’étude).
➔ Interdisciplinarité / Consillience
› Anticipation, Scénarios, prospective
➔ -Séminaires science/société
➔ Transfert / Valorisation
› Art et science, design…AG LabEx COTE
2 Décembre 2016
URBEST
La gouvernance adaptative des métropoles
estuariennes face aux changements globaux
Bordeaux Métropole et l’estuaire de la Gironde
38LabEx COTE Assemblée Générale 2016
Chaire Ecologie Théorique
Intégrative (ETI)
Barraquand F., Carassou L.
Aluome C., Picoche, C.
Sahraoui Y., Sauve A.Historique, composition chaire ETI
Chercheurs Ingénieurs Postdoctorants
• Frédéric • Coralie • Alix Sauve
Barraquand Picoche réseaux
écologie calcul d’interactions
quantitative scientifique
• Yohan
• Laure • Christelle Sahraoui
Carassou Aluome géographie,
écologie des base de écologie du
communautés données paysage
> Octobre 2015 > Octobre 2016
Merci B2
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceThématiques de recherche/activités
1. Interactions écologiques
et dynamique des écosystèmes
Modélisation théorique
Statistiques sur séries temporelles
Connectivité et réseaux
2. Biodiversité fonctionnelle
et pressions anthropiques
Analyses spatiales et multivariées
Caractérisation fine des pressions anthropiques
(SHS, chimie de l’environnement…)
• Géocatalogue de métadonnées
• Réseaux scientifiques et animations
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceThématiques de recherche/activités
1. Interactions écologiques
et dynamique des écosystèmes
Modélisation théorique
Statistiques sur séries temporelles
Connectivité et réseaux
2. Biodiversité fonctionnelle
et pressions anthropiques
Analyses spatiales et multivariées
Caractérisation fine des pressions anthropiques
(SHS, chimie de l’environnement…)
• Géocatalogue de métadonnées
• Réseaux scientifiques et animations
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceMise en place d’un géocatalogue de métadonnées
Métadonnées : Ensemble de champs servant à définir ou
décrire une donnée.
Objectifs : constituer un catalogue de métadonnées sur les
deux « sites Atelier » pour l'ensemble des disciplines
d’intérêt : forêt, agricultures, sols, biodiversité, économie,
sciences humaines et sociales, ...
Apport du catalogue :
- centraliser les métadonnées en un seul endroit.
- meilleure visibilité des projets et données acquises
- faciliter les recherches pour les projets interdisciplinaires.
- localiser les contacts dans les unités.
- savoir où les données ont été acquises.
- être redirigé vers les sites des producteurs de données.
- accéder à des documents scientifiques ou techniques
(protocoles, thèses,...).
→ les métadonnées des futurs projets du LabEx
COTE alimenteront le portail.
https://data.cote.labex.u-bordeaux.fr/catalogue/public/
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceMise en place d’un géocatalogue de métadonnées
- Description des sites ateliers
- Accès au métadonnées
- Manuel d’utilisation
- Procédure d’insertion de métadonnées
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceMise en place d’un géocatalogue de métadonnées
Quoi, Qui, Quand & Où ?
Recherche par :
- Mots-clés libre ou
menu-déroulant
- Par emprise géographique
- Par emprise temporelle
Où ?
Description du jeu de données.
Localisation géographique.
Dates d’acquisition
Contact
Droits d’utilisation
En recherche de contribution ! Si vous voulez participer : christelle.aluome@u-bordeaux.fr
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceThématiques de recherche/activités
1. Interactions écologiques
et dynamique des écosystèmes
Modélisation théorique
Statistiques sur séries temporelles
Connectivité et réseaux
2. Biodiversité fonctionnelle
et pressions anthropiques
Analyses spatiales et multivariées
Caractérisation fine des pressions anthropiques
(SHS, chimie de l’environnement…)
• Géocatalogue de métadonnées
• Réseaux scientifiques et animations
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceThématiques de recherche/activités
1. Interactions écologiques
et dynamique des écosystèmes
Modélisation théorique
Statistiques sur séries temporelles
Connectivité et réseaux
2. Biodiversité fonctionnelle
et pressions anthropiques
Analyses spatiales et multivariées
Caractérisation fine des pressions anthropiques
(SHS, chimie de l’environnement…)
• Géocatalogue de métadonnées
• Réseaux scientifiques et animations
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceRéseaux et animations : récap 2016
• Ecole d’été COTE, séminaires divers
• ‘Analyses Multivariées pour la Biodiversité: modèles et outils’
Axe MIAB UMR Biogeco (Alain Franc et al.) – chaire ETI; 9 septembre 2016
Programme et présentations disponibles sur demande
• Networking local : >36 meetings COTE, IMB, LabEx
• Networking national : GDR Ecologie statistique, GDR Théorie et
Modélisation de la Biodiversité, Société Française d’Ecologie
• Collaborations internationales
SAIAB, Rhodes University, SQU, U Tromsoe, SLU, U Laval, …
• Liens forts avec partenaires « non-académiques »
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceThématiques de recherche/activités
1. Interactions écologiques
et dynamique des écosystèmes
Modélisation théorique
Statistiques sur séries temporelles
Connectivité et réseaux
2. Biodiversité fonctionnelle
et pressions anthropiques
Analyses spatiales et multivariées
Caractérisation fine des pressions anthropiques
(SHS, chimie de l’environnement…)
• Géocatalogue de métadonnées
• Réseaux scientifiques et animations
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceThématiques de recherche/activités
1. Interactions écologiques
et dynamique des écosystèmes
Modélisation théorique
Statistiques sur séries temporelles
Connectivité et réseaux
2. Biodiversité fonctionnelle
et pressions anthropiques
Analyses spatiales et multivariées
Caractérisation fine des pressions anthropiques
(SHS, chimie de l’environnement…)
• Géocatalogue de métadonnées
• Réseaux scientifiques et animations
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceInteractions et dynamique des écosystèmes
• Modélisation dynamique
Processionnaire du pin
1. Populations fortement fluctuantes
- Barraquand F et al. - Moving forward in circles: challenges and opportunities
in modeling population cycles. Revised for Ecology Letters
- Toigo et al. Geographical variation in climate drivers of a forest pest population dynamics, in prep.
2. Inférence des effets biotiques vs abiotiques. Théorie et phytoplankton.
- Certain G, Barraquand F & Gardmark A. How far can we go with MAR? Approximating and predicting community dynamics,
Methods in ecology and evolution, submitted
3. Modélisation théorique : projet Labex NAVIRE + Postdoc Alix
• Couplages entre écosystèmes ou habitats différents
1. Travaux empiriques (pour l’instant)
- Carassou L, Whitfield AK, Bergamino L, Moyo S, Richoux NB (2016) Trophic dynamics of the Cape stumpnose (Rhabdosargus
holubi, Sparidae) across three adjacent aquatic habitats. Estuaries and Coasts, 39: 1221-1233
- Carassou L, Whitfield AK, Moyo S, Richoux NB (subm HydroB). Combined stomach content, stable isotope and fatty acid analyses
reveal dietary details of freshwater mullet (Myxus capensis, Mugilidae) from a river and estuary headwater region. Highlights
terrestrial/aquatic trophic exchanges
2. ArcticWeb // Effects of “subsidies” vs climate change (U Laval et autres)
3. Projet région Athéné (C. Vacher, Biogeco + Ispa + Gretha+ PNR) - Modéliser les
couplages forêt-atmosphère-rivière
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governancePhytoplankton dynamics: biotic and abiotic factors
➔ Phytoplankton in Arcachon
➔ 300 taxa, 12 highly resolved groups (>=genus)
➔ Hyp : diversity maintenance despite
competition, differing f(environment)
➔ Analysis of real as well as simulated plankton-
like data (methods check)
➔ (Very) weak competition so far, despite blooms
➔ Observed niches do not explain coexistence.
Hidden niches?
Paper in prep.
Meetings
(Grenoble,
Nantes)
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceRéseaux d’interactions combinant différents types
d’interactions
Les relations structure-stabilité connues sont-elles
les mêmes dans de tels réseaux ?
Sauve et al. 2014, Oikos
→ Simulations numériques + Analyse de réseaux
Comment sont connectés ces réseaux et pour quelles
conséquences sur la stabilité de la communauté ?
Sauve et al. 2016, Ecology
→ Analyse d’un réseau empirique + analyse stabilité
Quelles sont les interactions indirectes possibles
dans de tels réseaux ? Pocock et al. 2012 Science
Sauve et al. 2016, Theoretical Ecology
→ Approche analytique
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceRéseaux trophiques à l’échelle du paysage
Les communautés sont-elles
contraintes aux habitats ?
Sauve, et al. in prep.
Quel est le rôle des espèces
dans les réseaux trophiques
résolus à l’échelle du paysage ?
Quel est l’effet de la diversité d’habitats
sur le service de pollinisation ?
Hackett & Sauve, et al. in prep. Hackett et al. in prep.
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceEffets de la saisonalité sur les réseaux écologiques
Des changements de régimes alimentaires
au cours d’une année...
Les réseaux trophiques changent de
structure au cours d’une année.
Saavedra et al., 2016, Ecology
McMeans et al., 2016, TREE
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governancePhénologies et connexions entre écosystèmes
Réseau trophique, récif coralien, Yoon et al
f1 f2 f3
s1 s2
Habitat 1 Habitat 2 Habitat 3
Chevillot et al. 2016 MEPS
Knight et al. 2005, Nature
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceThématiques de recherche/activités
1. Interactions écologiques
et dynamique des écosystèmes
Modélisation théorique
Statistiques sur séries temporelles
Connectivité et réseaux
2. Biodiversité fonctionnelle
et pressions anthropiques
Analyses spatiales et multivariées
Caractérisation fine des pressions anthropiques
(SHS, chimie de l’environnement…)
• Géocatalogue de métadonnées
• Réseaux scientifiques et animations
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceThématiques de recherche/activités
1. Interactions écologiques
et dynamique des écosystèmes
Modélisation théorique
Statistiques sur séries temporelles
Connectivité et réseaux
2. Biodiversité fonctionnelle
et pressions anthropiques
Analyses spatiales et multivariées
Caractérisation fine des pressions anthropiques
(SHS, chimie de l’environnement…)
• Géocatalogue de métadonnées
• Réseaux scientifiques et animations
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBiodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques
Recrutement L.Carassou CR2 à Irstea, UR EABX, ‘écologie fonctionnelle et biodiversité’
Systèmes estuariens soumis à diverses pressions (Gironde, Afrique du Sud, USA)
Biodiversité aquatique (poissons principalement)
Approche analyse données existantes, liens forts problématiques ETI
Approche expérimentale/terrain structure communautés estuariennes
(structure trophique, approche isotopes/acides gras)
Contribution (%)
SIAR (δ13C, δ15N poisson et sources)
Carassou et al., soumis à
Hydrobiologia MDS (35 acides gras poissons et sources)
Carassou et al., ESCO, 2016
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceBiodiversité fonctionnelle et pressions anthropiques
Recrutement L.Carassou CR2 à Irstea, UR EABX, ‘écologie fonctionnelle et biodiversité’
Systèmes estuariens soumis à diverses pressions (Gironde, Afrique du Sud, USA)
Biodiversité aquatique (poissons principalement)
Approche analyse données existantes, liens forts problématiques ETI
Approche expérimentale/terrain structure communautés estuariennes
(structure trophique, approche isotopes/acides gras)
Projet en cours:
o EPIZHONE ‘Etude pluridisciplinaire intégrée des zones humides estuariennes’
(Gretha, EPOC, Irstea-EABX, Irstea-ETBX, ETI) – Co-porteurs: Ferrari S., Coynel A.
Caractérisation des liens biodiversité-usages zone humide des Jalles/Blanquefort
Données flore (CBNSA), faune (OAFS), approche paysagère et fonctionnelle
Projets soumis ou en cours d’élaboration:
o MALABAR ‘Metabarcoding appliqué à la biodiversité des communautés
Microalgales du bassin d’Arcachon’ (Biogeco, Ifremer, ETI) – Porteur: Franc A.
Biodiversité morphologique, moléculaire vs. fonctionnelle? (« taxonomic sufficiency approach »)
o Enjeux de préservation de la biodiversité en zone urbaine (en cours de discussion avec
Bordeaux métropole) (Biogeco, Irstea-EABX, Irstea-ETBX, ETI, …) – Porteurs: Benot M.L., Allard D.
Liens écologie paysage – biodiversité (théorie des graphes) + focus diversité aquatique
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceGéographie quantitative / écologie du paysage
Thèse géographie Université de Bourgogne Franche-Comté
(Besançon, UMR Théma)
Dir. Jean-Christophe Foltête (UMR Théma), Céline Clauzel (UMR LADYSS)
‘Comparative impact of land use and land cover dynamics
on ecological and aesthetic functions of landscapes’
Soutenance hier…
Champs de recherche :
- modélisation de réseaux spatiaux (cartographies de connectivité spatiale flore/faune ou
espèces ‘simulées’, scénarios prospectifs d’aménagements)
- protocoles automatisés pour le développement de cartographies
d’occupation du sol à haute résolution, validations in situ et photo-interprétations
-protocoles d’entretiens et modélisation d’accompagnement (sciences sociales)
3 publications + 1 soumise + 2 dvpts logiciel + 3 conference papers
(Applied Geography, Journal of Environmental Management, European Journal of Geography,
CyberGeo, Ladscape Ecology)
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceIdées et projets en cours – Yohan Sahraoui
Epizhone
(adapted from Diaz et al., 2010)
Bx métropole? Principes de construction d’un graphe paysager
(application potentielle données flore/faune ou espèces simulées
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceMultiples disciplines, multiples écosystèmes…
LabEx COTE
Coffee breakLabEx COTE Assemblée Générale 2016
TRANFERT DE CARBONE LE LONG DU
CONTINUUM VÉGÉTATION-SOL-NAPPE-RIVIÈRE-
ATMOSPHÈRE DANS LE BASSIN DE LA LEYRE
(LANDES DE GASCOGNE, SO FRANCE)
Loris DeirmendjianVue d’ensemble
➔ Meilleure définition du rôle des ruisseaux et rivières dans le cycle
global du carbone. Tours à flux
NEE = -480
Eddy covariance/Tours
Crues
Pompage à flux
biologique (NEE) CO2
C
90dans
Export nappes
% export
via + débits/surface
drainage
de DOC ?
Bilan
50 % de
Dégazage masse
export isotopique Drainage+Erosion
de DIC Dégazage ?
C eaux de
Transfert
Export surfaces
total
latéral + débits(2.7% NEE)
amont-aval (1.6 % NEE, 60% drainage)
50% DOC ?
DOC = 3.6 CO2= 8.1
50% DIC CH4 = 0.005
DIC = 9.5
Facteurs de contrôle CH4 = 0.005
Hydrologie Amont
COP = 0.6 ?
?
? C
Respiration
? ? du sol
C
?
Export Lagune NEP
(40% Export total) aquatique
DOC = 2.6 (50%) C
DIC = 1.9 (40%)
Aval Flux en g C m-2 an-1
CH4 = 0.002
POC = 0.6 (10%)
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceLabEx COTE Assemblée Générale 2016
Influence de la matière organique
dissoute (MOD) et d’herbicides, seuls et
combinés, sur des microalgues d’un
continuum eau douce-eau marine
COQUILLÉ NathalieInfluence de la MOD et d’herbicides, seuls et combinés, sur des microalgues
d’un continuum eau douce-eau marine
précipitations
ruissellement
MOD
MOD
MOD
ruissellement Piégeage
MOD
infiltration Biodisponibilité
?
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceLabEx COTE Assemblée Générale 2016
Effet du paysage sur la
structure des communautés
fongiques foliaires
Thomas FortEffet du paysage sur la structure des communautés
fongiques foliaires
Habitat forestier = source de micro-organismes
foliaires pour la vigne ?
➔ Echelle locale : effet de lisière ?
➔ Echelle régionale : effet de la
composition du paysage ?
2 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceAssemblée générale du
LabEx COTE
2 décembre 2016
Appel à projets « transfert »
2016
Projet : AGROLIBSLe projet
Titre du projet
Unité LabEx porteuse du projet
INRA UMR 1391 ISPA
Equipe intra-unité
BIONUT
Nom du porteur de projet
Anne GALLET-BUDYNEK
Unité(s) du LabEx COTE co-contractante(s) -
Equipe(s) intra-unité(s) -
Partenaires du projet extérieurs au LabEx
COTE
Laboratoire CELIA UMR 5107
Entreprise IVEA Solution
Axe Transfert
□ Médiation
□ Réseau
□ Educatif
□ Autre, précisez :
Mots clés LIBS, analyse multi-élémentaire, éléments
totaux, plantes, sols, matières
fertilisantes, évaluation de méthodes,
chimiométrie, optimisation de matériel
d’instrumentation
72 2 décembre 2016 AGROLIBSObjectifs
Evaluer la pertinence des analyses LIBS (laser-induced breakdown
spectroscopy) sur des échantillons qui ont un intérêt pour les filières
agricoles: sols, plantes, matières fertilisantes
73 2 décembre 2016 AGROLIBSObjectifs
Partenaire socio-économique IVEA
➔ faire évoluer l’instrument « EasyLIBS » dédié aux mesures LIBS de terrain sur matériaux
solides : prendre en compte les besoins exprimés par les utilisateurs tant sur le plan
technique qu’ergonomique
➔ mettre à jour les avantages et les faiblesses de l’instrument dans ce contexte
➔ Intérêt stratégique : pouvoir accéder au marché des analyses agronomiques ?
Laboratoires de recherches CELIA et ISPA
➔ améliorer les connaissances sur la LIBS pour la filière photonique
➔ nouvelle méthode d’analyse multi-élémentaire plus rapide et moins coûteuse pour la
filière agronomique répondre à des besoins analytiques croissants de l’unité pour la
gestion durable des écosystèmes :
-suivi expérimental de pools et flux d’éléments multiples,
-aide à la caractérisation de la variabilité spatiale et temporelle des données
-modélisation des cycles biogéochimiques couplés.
74 2 décembre 2016 AGROLIBSMoyens humains et financiers
Cluster LAPHIA
Fonctionnement CELIA- Partenaire
Labex COTE
7500€
-Analyses chimiques ISPA- Porteur
ICP
-Achat d’échantillons
de référence Cluster Inno’Vin Bruno Bousquet
-Déplacements Léna Bassel
Anne Gallet-Budynek
Julian Guezenoc Pôle de compétitivité
Route des lasers
IVEA -Partenaire
CDD Ingénieur Bourse de stage master 2 Ronald Berger-Lefébure
4 mois Transfert COTE
3300€ Gérôme Daurès
12500€
Kevin Boudoulec
Durée du projet: mars 2016 – mars 2017
75 2 décembre 2016 AGROLIBSDéroulé du projet
-3 séries de campagnes de mesures LIBS par types
d’échantillons, analysés en parallèle par des méthodes
de référence
-Traitement des spectres par analyse multivariée /
chimiométrie : modèles de calibration et validation
- Evaluation des performances analytiques, retour
d’expérience sur l’utilisation de l’instrument
76 2 décembre 2016 AGROLIBSRésultats - Bilan
Easy LIBS portable
Sols Végétaux Fertilisants
Élément
Conc. Détec Quanti Conc. Détec Quanti Conc. Détec Quanti
Al 19-91 g/kgRésultats - Exemple
Végétaux – Potassium :
Concentration en K (g/kg) mesurée par ICP-AES
Concentration en K (g/kg) prédite par le modèle
R² = 0,95 ; Q² = O,94 ; RMSEP = 2,62 g/kg
78 6 décembre 2016 Titre de votre présentationRetour d’expérience LIBS portable
➔ Découverte d’un régime d’intensité laser plus stable après chauffe de
l’appareil.
➔ Protocole expérimental spécifique établi pour l’utilisation de l’instrument.
➔ Couche logicielle à améliorer notamment concernant la partie
prétraitement spectral (retrait ligne de base, normalisation…)
➔ Correction possible du jitter électronique pour version 2 de
l’instrument.
79 6 décembre 2016 Titre de votre présentationDéroulé du projet: faits marquants ➔ 1er Mars – 1er septembre 2016: stage master OPEX /soutenance ➔ 19 juillet + 9 novembre 2016: réunions d’étapes avec IVEA ➔ Rédaction de 2 notes à l’intention d’IVEA : retours sur l’utilisation de l’instrument portable EasyLIBS (5 juillet, 8 novembre) ➔ Participation aux journées LIBS France 2016: 12-16 septembre 2016 (9e Conférence Internationale de Laser-Induced Breakdown Spectroscopy, Chamonix): présentation d’un poster ➔ Participation au congrès international «SCIX », 18-23 sept 2016, Minneapolis, USA: présentation orale ➔ Article scientifique en cours de rédaction concernant l’analyse du K par LIBS (sélection de variables). 80 2 décembre 2016 AGROLIBS
Impact socio-économique
➔ Encore trop tôt pour proposer une solution commerciale d’analyse
basée sur la technique LIBS et permettant d’accéder au marché des
analyses agronomiques
➔ Mais des pistes d’amélioration issues de cette étude seront prises en
compte pour un instrument « EasyLibs » nouvelle génération bientôt en
production:
- ergonomie, maniabilité de l’instrument
- améliorations du laser
- logiciel de pilotage et d’acquisition des données
81 2 décembre 2016 AGROLIBSConclusions / perspectives
➔ Des mesures LIBS sont tout à fait réalisables sur des échantillons
préparés de sols, de végétaux et fertilisants: résultats positifs pour la
détection et la quantification simultanées de Ca, Mg, K, Na, Fe, Al
➔ Limitations identifiées : 1) sensibilité du détecteur, 2) gamme spectrale
du spectromètre peuvent empêcher la détection de certains
éléments: ex: Cu, P
➔ Collaboration à poursuivre: projet interdisciplinaire en préparation pour
une soumission à la Région Nouvelle Aquitaine/ ADEME
82 2 décembre 2016 AGROLIBSAssemblée générale du
LabEx COTE
2 décembre 2016
Ingénieurs« transfert » 2016
Projet : PARASOL
Clémence GaudardLe projet
Titre du projet PARtage des connaissances scientifiques avec les
pêcheurs professionnels en rivière pour la grande
Alose et en mer pour la SOLe
Unité LabEx porteuse du projet Irstea - EABX
Equipe intra-unité EABX-FEE
Nom du porteur de projet Jérémy LOBRY
Unité(s) du LabEx COTE co-contractante(s)
Equipe(s) intra-unité(s)
Partenaires du projet extérieurs au LabEx COTE AAPPED Gironde (Association Agréée des Pêcheurs
Professionnels en Eau Douce de la Gironde)
CRPMEM Aquitaine (Comité Régional des Pêches
Maritimes et des Elevages Marins d’Aquitaine)
Axe X Transfert
X Médiation
X Réseau
X Educatif
□ Autre, précisez :
Mots clés Pêche, Gironde, Sole, Alose
84 6 décembre 2016 Le projet PARASOLContexte
➔ Les estuaires abritent une
biodiversité remarquable et
de nombreuses espèces
d’intérêt halieutique.
➔ Or, de nombreuses
espèces parmi les plus
exploitées ont vu leurs
populations et/ou les
pêcheries s’effondrer
› l’alose vraie
› la sole
85 6 décembre 2016 Le projet PARASOLObjectifs
➔ Partager les connaissances scientifiques avec les pêcheurs
professionnels en rivière pour la grande Alose et en mer pour la
Sole sur les facteur environnementaux pouvant affecter le cycle
de vie de ces poissons, notamment durant leur passage en
estuaire.
› Pour les scientifiques : faire un point sur les connaissances et la
bibliographie disponibles
› Pour les pêcheurs : mieux connaitre les processus en jeu et mieux
les intégrer dans les discussions sur la gestion des stocks
➔ Une synthèse bibliographique + des actions de transfert (fiches
à destination des pêcheurs, co-organisation d’un évènement
grand public avec le soutien du LabEx…)
➔ (Ré) apprendre à mieux échanger entre pêcheurs et
scientifiques
86 6 décembre 2016 Le projet PARASOLMoyens humains et financiers
½ Salaire IT
+ fct
½ Salaire IT
87 6 décembre 2016 Le projet PARASOLDéroulé du projet/faits marquants
➔ Première prise de contacts : AG COTE 2014
➔ Recrutement Clémence : 4/01/2016
➔ Départ Clémence : 18/11/2016
› Janvier – Juin
• biblio, rencontres…
› Juillet – octobre
• rédaction synthèse
› Août – novembre
• fiches cycles de vie
› Depuis sept/oct
• relectures, finalisation (90%)
› Octobre – novembre
• évènement Alose (demain)
88 6 décembre 2016 Le projet PARASOLImpact socio-économique
➔ De bons contacts scientifiques-pêcheurs
➔ Un vrai partage de connaissances
➔ Meilleure appréhension par les pêcheurs
du contexte global de la dynamique de la ressource
➔ Lobbying
➔ Négociations
➔ Gestion durable de la ressource
89 6 décembre 2016 Le projet PARASOLConclusions / perspectives
➔ Finaliser et valoriser les sorties (synthèses, fiches…)
➔ Poursuivre le(s) dialogue(s)…
➔ … et les intronisations ??!!!
➔ Compter des oiseaux
90 6 décembre 2016 Titre de votre présentationDiscussion : boite à idées
➔ Les questions de la communauté :
› Comment se prépare le post LabEx COTE ?
› Comment faire vivre les sites ateliers ?
› Serait-il possible d’aller vers une labellisation des sites ateliers ?
› Pourrait-on faire un ouvrage de synthèse du LabEx COTE ?
› Quelle est la politique du LabEx COTE vis-à-vis des cellules de transfert ?
➔ La question du Codir :
› Avez-vous des propositions pour de nouvelles actions de formation et de
transfert ?
91 02 décembre 2016 Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governanceLabEx COTE
Merci à tous !
&
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