PARCOURS RECHERCHE BCPP - BIOLOGIE CELLULAIRE, PHYSIOLOGIE, PATHOLOGIES - Faculté de Médecine | Paris
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PARCOURS RECHERCHE BCPP BIOLOGIE CELLULAIRE, PHYSIOLOGIE, PATHOLOGIES INFORMATIONS - À GARDER Année 2018-2019 Correspondants pédagogiques : Médecine :Dr Camilla PILATI (camilla.pilati@inserm.fr) Odontologie : Pr Catherine CHAUSSAIN (catherine.chaussain@parisdescartes.fr) Pharmacie : Pr Jean-Louis LAPLANCHE (jean-louis.laplanche@parisdescartes.fr PRÉSENTATION DU PAIR Le parcours recherche constitue un prérequis en particulier pour les spécialités de M2 de la mention BCPP de Paris Descartes/Paris Diderot. Objectifs de la mention BCPP et de ses différentes spécialités de M2 La formation est multidisciplinaire à l’échelle intégrée, subcellulaire et cellulaire. L’accent est mis sur les relations structure- fonction à l’échelle moléculaire, les mécanismes régulateurs de l’expression génique, la signalisation cellulaire (reconnais- sance, production et transduction de signaux), les grandes fonctions cellulaires, les mécanismes cellulaires du développe- ment et du vieillissement, les grandes fonctions à l’échelle de l’organisme, leurs pathologies et leurs perturbations. L’atout du cursus est de développer une formation transversale indispensable aux domaines physiologiques et physio- pathologiques (cardiovasculaire, respiratoire, tissus minéralisés, épithélium, reproduction, nutrition, neurobiologie...), en parallèle d’un enseignement de biologie cellulaire fondamentale de haut niveau. Les spécialités offertes sont dans de nombreux cas uniques en région parisienne ou sur le territoire national. Spécialité (M2) orientation Recherche Biologie du Vieillissement (BioVie) Biologie et Développement Cellulaires (BDC) Biologie Vasculaire, Athéosclérose, Thrombose et Hémostase (BiVATH) Biologie, Physiopathologie, Pharmacologie du Cœur et de la Circulation (BioCœur) Biominéralisation, Morphogenèse et Pathologies Inflammatoires (BMPI) Epithéliums : Structures d'Interface (ESI) Neurosciences Nutrition, Métabolisme énergétique, Signalisation (NuMéSi) Reproduction et Développement (ReproDev)
Spécialité (M2) orientation Professionnelle Physiopathologie Orale Appliquée (POA) Recherche clinique en physiopathologie fœtale Spécialité Recherche et Professionnelle Biologie, Physiologie, Pharmacologie de la Respiration et du Sommeil (B2PRS) Ingénierie de Plate-forme en Biologie (IPFB) Conditions d’accès aux spécialités : Le parcours Recherche BCPP donnant accès aux M2 est acquis par : 18 ECTS capitalisés par des Unités d’Enseignement Master Recherche (UMR) (cf. ci-dessous) : soit (i) 18 ECTS (3 UMR du parcours BCPP), soit (ii) 12 ECTS (2 UMR de BCPP) et 6 ECTS libres d’une UMR d’un autre parcours Recherche. 12 ECTS validant un stage de recherche (cf § « Stage de recherche »). Les enseignements seront répartis sur deux ans à raison de la validation d’une UMR par semestre. Pour chaque semestre (S1 et S2) vous émettez deux choix d’UMR avec un ordre de priorité (1 et 2). PROGRAMME DES UMR Les plannings seront communiqués par chaque responsable d’UMR. UMR 1 Matrice extracellulaire et signalisation Responsables : Pr C. CHAUSSAIN catherine.chaussain@parisdescartes.fr Pr A. POLIARD anne.poliard@parisdescartes.fr Présentation des bases conceptuelles et méthodologiques de la recherche actuelle dans le domaine de la matrice extracellulaire et de ses remaniements. Travail personnel d’analyse critique d’articles scientifiques. 1) La matrice extracellulaire (MEC) 2) Les techniques et outils de la recherche : aspect modèles animaux 3) Les techniques d’analyses : aspect imagerie 4) Les collagènes matriciels 5) Protéines non collagéniques de la MEC des tissus minéralisés : synthèse, sécrétion, fonctions 6) L’élastine de la MEC et ses fragments 7) Les amélogénines : du gène à la molécule 8) La membrane basale : structure et fonctions 9) Remaniements de la MEC par les métalloprotéases 10) Remaniement de la matrice osseuse 11) Stockage et libération de facteurs de croissance par la matrice extracellulaire 12) MEC artificielle et biomatériaux UMR 2 Physiologie de la reproduction Responsable : Dr A. ZIYYAT ahmed.ziyyat@parisdescartes.fr Présentation des bases conceptuelles et méthodologiques de la recherche actuelle dans le domaine de la physiologie de la reproduction. Travail personnel d’analyse critique d’articles scientifiques. 1) Développement de l'appareil génital et différenciation sexuelle 2) Différenciation sexuelle, axe neuro-hypothalamo-hypophyso-gonadique 3) Spermatogénèse et sa régulation, Maturation épididymaire, Capacitation
4) Maturation ovocytaire, folliculogénèse et régulation 5) Fécondation (interaction spermatozoïdes-zone pellucide 6) Adhésion et fusion des membranes gamétiques 7) Développement embryonnaire pré-implantatoire 8) Cellules souches et progéniteurs germinaux 9) Événements géniques et épigénétiques de la reproduction 10) Implantation et tolérance immunitaire, Formation du placenta et mise en place de sa vascularisation UMR 3 Biologie cellulaire, biologie moléculaire et signalisation Responsable : Dr Camilla PILATI camilla.pilati@inserm.fr Dr Sandra Guilmeau sandra.guilmeau@inserm.fr Dr Aurélien de Reynies Aurelien.DeReynies@ligue-cancer.net Présentation des bases conceptuelles et méthodologiques de la recherche actuelle dans le domaine de la communication entre les cellules et des avancées récentes de la biologie cellulaire. Travail personnel d’analyse critique d’articles scientifiques. 1) La signalisation cellulaire, grands principes et méthodologies 2) Les récepteurs stéroïdiens : structures, fonctions, régulation de la transcription, interactions chromatine/complexes protéiques 3) Omiques et cancers : méthodologie, travaux de recherche, applications et conséquences dans la prise en charge des cancers. 4) Les récepteurs tyrosine-kinases : structures, fonctions, signalisation et implications en oncologie. 5) Les récepteurs prolactine, hormones de croissance et cytokines : structure, fonctions, signalisation et physiopatho- logie. 6) Les récepteurs couplés aux protéines G, les protéines G et leur signalisation. 7) Signalisation du TGFb 8) La voie de signalisation de l’AMPc. Méthodes d’étude, physiologie et physiopathologie. 9) La voie JAK/STAT 10) La voie de signalisation des MAP kinases. Méthodes d’étude, physiologie et implications physiopathologiques. 11) La voie de signalisation PI3kinase-Akt-mTOR : organisation, fonctions et implications en pathologie. 12) Hypoxie et angiogénèse : voies de signalisation et implications dans la tumorigénèse. 13) La voie wnt/beta-caténine UMR 4 Naissance et Mort de la Cellule Responsable : Pr J.- L. LAPLANCHE jean-louis.laplanche@parisdescartes.fr Présentation des bases conceptuelles et méthodologiques de la recherche actuelle dans le domaine de la division cellulaire normale et pathologique, l’apoptose, la sénescence et l’oncogénèse. Apprentissage des méthodologies d’étude par une ap- proche pluridisciplinaire et travail personnel d’analyse critique d’articles scientifiques. Le cours est sous forme de conférences divisées en deux parties : point actuel sur le sujet et recherche développées sur le thème par l’intervenant. 1) La division cellulaire : régulation/dérégulation du cycle cellulaire, la division cellulaire intégrée dans l’environnement cellulaire, les cohésines, condensines et complexe Smc5-Smc6, la dynamique microtubulaire en physiologie et en thérapeutique 2) Les Cellules-souches : hES et iPS, devenir, exploitation, modèles innovants de pathologies (iPS) 3) Les Bases moléculaires du vieillissement normal et pathologique : cas particulier de la progeria, des maladies neu- rodégénératives (Alzheimer), un organisme modèle pour l'étude de la longévité et des pathologies neurodégénéra- tives : Caenorhabiditis elegans, longévité et télomères 4) Les morts cellulaires : apoptose et déclinaisons, aspects fondamentaux et focus sur la mort neuronale 5) Oncogénèse : relation avec le stress oxydatif, Prédisposition génétique au cancer, biomarqueurs prédictifs de la réponse à une thérapie anti-cancéreuse ciblée
UMR 5 Biologie moléculaire et cellulaire des maladies métaboliques Responsable : Pr B. Hainque bernard.hainque@parisdescartes.fr Présentation des voies métaboliques et relations avec les pathologies dans un contexte intégré. Travail personnel d’analyse critique d’articles scientifiques. Les modules développés seront : 1) Mécanismes d’action des enzymes et leurs modes de régulations 2) Mises au point sur les méthodes d’exploration et de diagnostic 3) Métabolisme intermédiaire et pathologies 4) Métabolisme de molécules complexes et pathologies 5) Biochimie métabolique intégrée et pathologies UMR 6 Physiologie du développement Responsable : Pr P. BARBET patrick.barbet@aphp.fr Présentation des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués au cours du développement embryo-fœtal normal et pathologique dans l’espèce humaine. 1) Les stades embryonnaires chez l’Homme 2) Différenciation et croissance au cours du développement 3) Développement normal et pathologique des membres 4) Gènes du développement et cancer 5) Développement normal et pathologique du système nerveux (I) 6) Développement normal et pathologique du système nerveux (II) 7) Cellule satellite et capacité régénérative 8) Développement normal et pathologique du muscle squelettique 9) Cellules souches à capacité myogène 10) Cellules souches de la crête neurale : potentiel de différenciation et applications thérapeutiques potentielles 11) Développement cervico-facial 12) Embryologie des malformations faciales 13) Développement du tube digestif et de sa musculature lisse 14) Physiologie et maturation des fonctions digestives UMR 7 Biologie des membranes Responsable : Pr S. GIL sophie.gil@parisdescartes.fr Présentation des connaissances fondamentales et appliquées dans le domaine de la biologie des membranes et des bar- rières physiologiques. Méthodologies d’étude par une approche pluridisciplinaire. Mécanismes physiopathologiques molécu- laires et cellulaires de la dynamique des membranes. Pathologies membranaires et les cibles thérapeutiques membranaires. 1) Rappels des structures et des organisations des membranes 2) Notion et diversité des barrières (notion de barrière dans le développement d’un médicament) 3) Biogenèse et organisation structurale des protéines dans les membranes ; exemples de structures récentes par groupe fonctionnel (transporteurs, canaux ioniques, récepteurs) 4) Classes de lipides membranaires et fonctionnalité 5) Approche dynamique des membranes (fusion, microdomaines, endocytose, exocytose, phagocytose, exosomes, etc.) 6) Vectorisation et franchissement des membranes 7) Membranes bactériennes (interactions cellule hôte, passage de médicaments, mécanismes de résistance, etc.) 8) Membranes parasitaires (interactions hôte-pathogène, transport de drogues, mécanismes de résistance, exemple de barrière dans un contexte infectieux, etc.) 9) Pathologies liées à l’altération des membranes 10) Approches méthodologiques (méthodes d’étude structurale, méthodes d’expression de protéines membranaires, méthodes d’étude dynamique des membranes, modèles de culture 3D, etc.)
INFORMATIONS STAGE DE RECHERCHE (12 ECTS) La validation du parcours requiert la validation d’un stage d’une durée de 2 mois (~ 280 heures) correspondant à 12 ECTS. Ce stage peut être réalisé en 1ère ou 2ème année du parcours. Les étudiants déterminent eux-mêmes leur laboratoire de stage à partir d’une liste fournie en cours d’année du parcours. Le thème du stage est soumis à l’approbation préalable du comité pédagogique du parcours. Les internes de spécialités pourront éventuellement être dispensés du stage sur demande après avis du comité pédagogique. Il sera demandé de fournir un mémoire de 20 pages environ pouvant porter sur différents aspects rencontrés au cours du stage (ou dans leur Service hospitalier pour les Internes), par exemple : technique spécifique développée au labo- ratoire, participation à un travail expérimental, analyses bio-informatiques, études clinico-biologiques… La présentation du mémoire et la validation du stage se feront au cours d’un entretien avec un rapporteur, enseignant du parcours, qui sera désigné en fonction du sujet du stage. Une convention de stage devra être établie. Les informations utiles seront diffusées en cours d’année. INFORMATIONS PRATIQUES & COORDONNÉES Examen des candidatures Sur dossier. Les listes des candidatures retenues seront diffusées aux scolarités début octobre. Inscription administrative L’inscription administrative est obligatoire pour suivre les cours et participer aux examens. Les candidats autorisés à s’inscrire recevront les modalités d’inscription par e-mail dès publication des résultats de candidature début octobre. Secrétariat pédagogique Scolarité faculté de médecine scol.sec-pedago@medecine.parisdescartes.fr Secrétariat administratif Scolarité faculté de médecine scolarite.masters@medecine.parisdescartes.fr
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