RÉSUMÉ DE DONNÉES PROBANTES - Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022)
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RÉSUMÉ DE DONNÉES PROBANTES
Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron
BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022)
Date de publication : octobre 2022
Faits saillants
Au cours des six derniers mois (du 18 avril au 18 octobre 2022), 74 séquences (0,09 % des cas
séquencés) de BA.2.75.2 ont été détectées au Canada.
La part hebdomadaire des cas de BA.2.75.2 en Ontario était de 1,0 % du 25 septembre au
1er octobre 2022 et d’après les projections, cette part devrait atteindre 4,4 % (intervalle de
confiance [IC] à 95 % : 2,1 % à 8,9 %) d’ici le 19 octobre 2022. Le taux de croissance de BA.2.75.2
par rapport à celui de BA.5.2.1 en Ontario est de 1,68 (IC à 95 % : 1,45 à 1,95), ce qui est
supérieur aux taux de toutes les autres lignées qui satisfaisaient aux critères d’inclusion dans
l’analyse.
Les données probantes actuelles semblent indiquer que la sous-lignée BA.2.75.2 compte parmi
les variants les plus résistants à la neutralisation évalués à ce jour.
Des données préliminaires révèlent que le cilgavimab/tixagévimab (Evusheld) est moins efficace
contre BA.2.75.2, mais que le bebtélovimad demeure efficace contre ce sous-variant.
Les données probantes actuelles portent également à croire que les risques de transmission de
BA.2.75.2 et l’efficacité vaccinale contre ce sous-variant en Ontario sont modérés, avec un degré
élevé d’incertitude. Les risques de maladie grave ou de réinfection sont inconnus, avec un degré
élevé d’incertitude. Le risque pour l’Ontario est actuellement très incertain.
Problème et question de recherche
BA.2.75.2 (autre appellation de B.1.1.529.2.75.2) est une sous-lignée du sous-variant Omicron BA.2.75
(qui est une sous-lignée de BA.2)1, et elle a été désignée comme un « signal sous surveillance » par la
United Kingdom Health Security Agency (UKHSA) le 7 septembre 20222. BA.2.75.2 préoccupe de plus en
plus les scientifiques en raison de sa capacité à échapper à l’immunité acquise par l’infection, la
vaccination ou les médicaments3,4.
Ce résumé de données probantes présente l’information et les données probantes accessibles sur la
sous-lignée BA.2.75.2 du variant Omicron en ce qui a trait au risque pour l’Ontario. Il s’agit d’une mise à
jour des résumés de données probantes du mois de juillet 2022 et du 23 septembre 2022 portant sur le
variant BA.2.75 et ses sous-lignées3,5.
Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022) 1Méthodologie Les Services de bibliothèque de Santé publique Ontario (SPO) ont réalisé des recherches quotidiennes en vue de trouver des documents primaires et des prépublications portant sur les variants Omicron et leurs sous-lignées dans la base de données MEDLINE (méthodes de recherche disponibles sur demande). Les prépublications sont des articles de recherche qui n’ont pas fait l’objet d’un examen par les pairs, mais qui sont rendus publics afin de fournir les plus récentes données concernant la pandémie de COVID-19 en évolution rapide. Santé publique Ontario a effectué des recherches quotidiennes dans la littérature grise au moyen de divers fils de nouvelles et de moteurs de recherche personnalisés. Les articles examinés par les pairs et les prépublications en anglais qui traitaient des sous-lignées d’Omicron BA.2.75.2. Évaluation du risque en Ontario Le risque actuel de transmission de BA.2.75.2 en Ontario est modéré avec un degré élevé d’incertitude. Les risques de maladie grave ou de réinfection sont inconnus, avec un degré élevé d’incertitude. Le risque d’infection perthérapeutique est modéré avec un degré élevé d’incertitude. L’évaluation du risque global peut changer à la lumière de nouvelles données probantes (voir Tableau 1). Tableau 1. Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 Problème Niveau de risque Degré d’incertitude Transmissibilité accrue Modéré Élevé Gravité accrue de la maladie Inconnu Élevé Réinfection par la COVID-19 Inconnu Élevé Efficacité vaccinale contre l’infection perthérapeutique Modéré Élevé Caractéristiques génomiques La sous-lignée BA.2.75.2 porte trois mutations supplémentaires de la protéine de spicule comparativement à BA.2.756, soit R346T et F486S, pouvant contribuer à réduire la sensibilité aux anticorps monoclonaux4,7,8, et D1199N9. Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022) 2
Épidémiologie
Le nombre de séquences de BA.2.75.2 (% de toutes les séquences analysées) pour certains territoires est
indiqué ci-dessous.
Canada
Du 12 septembre au 11 octobre 2022, il y a eu 36 séquences (0,5 %) au Canada, ce qui constitue
une augmentation par rapport aux 33 séquences (0,22 %) du mois précédent (11 août au
11 septembre 2022)10,11.
En Ontario, le nombre et le pourcentage de cas de BA.2.75.2 sont passés de 13 cas (0,6 %) pour
la semaine du 18 septembre 2022 à 20 cas (1,0 %) pour la semaine du 25 septembre 202212. Par
ailleurs, BA.2.75.2 a connu en Ontario un taux de croissance hebdomadaire de 1,68 (IC à 95 % :
1,45 à 1,95) par rapport à BA.5.2.1 pour la période du 10 juillet au 1er octobre 202212.
D’après une estimation rapide, le taux de prévalence de BA.2.75.2 en Ontario devrait atteindre
4,4 % (IC à 95 % : 2,1 % à 8,9 %) d’ici le 19 octobre 202212.
États-Unis
Selon les projections de modélisations, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des
États-Unis ont estimé que pour la semaine se terminant le 15 octobre 2022, 1,4 % (intervalle de
prédiction [IP] à 95 % : 0,9 % à 2,2 %) de cas de SRAS-CoV-2 étaient liés à la lignée BA.2.75.2, ce
qui constitue une augmentation par rapport à l’estimation de 1,0 % (IP à 95 % : 0,7 à 1,5 %) de la
semaine précédente13,14.
Transmissibilité et infectivité
Le taux de prévalence croissant et le profil mutationnel de BA.2.75.2 font craindre que ce variant puisse
être plus transmissible et résistant à l’immunité acquise par la vaccination ou une infection par la
COVID-19. Veuillez consulter les résumés de données probantes traitant du variant BA.2.75 et de ses
sous-lignées publiés au mois de juillet 2022 ainsi que le 23 septembre 20223,5.
Médicaments contre la COVID-19
Les anticorps neutralisants à visée thérapeutique sont un médicament utilisé pour réduire la
gravité de l’infection au SRAS-CoV-2. Sheward et coll. ont indiqué que BA.2.75.2 échappait
totalement à l’action neutralisante du cilgavimab, de même qu’à celle de l’association
tixagévimab/cilgavimab (Evusheld). En outre, le sotrovimab était peu efficace contre BA.2.75.2,
mais ce sous-variant était néanmoins puissamment neutralisé par le bebtelovimab4.
Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022) 3Efficacité vaccinale et immunogénicité
Comme on a pu le lire dans une précédente évaluation du risque pour le sous-variant BA.2.75 et
ses sous-lignées, Cao et coll. indiquent que BA.2.75.2 s’inscrit parmi les variants échappant le
plus efficacement à l’immunité humorale qu’ils ont analysés3,7. En résumé, en utilisant des
anticorps monoclonaux isolés dans le plasma de personnes ayant eu une infection
perthérapeutique par Omicron (à la suite d’une vaccination par CoronaVac, qui n’est pas
actuellement accessible au Canada), l’activité neutralisante de ces anticorps contre plusieurs
variants préoccupants, y compris BA.2.75.2, s’est révélée peu étendue contre l’ensemble des
variants Omicron analysés.
Sheward et coll. ont eu recours à du sérum de donneurs de sang en Suède pour caractériser
l’évolution de l’échappement immunitaire à l’échelle de la population4. La première des trois
cohortes qu’ils ont examinées (novembre 2021, n = 25) avait été sélectionnée avant l’émergence
du variant Omicron, la deuxième (avril 2022; n = 25), à la suite d’une importante vague
d’infections par BA.1 et BA.2 et de l’administration de la troisième dose de vaccin et la troisième
(septembre 2022; n = 25), après la propagation de BA.5. Les auteurs ont observé que la
neutralisation de BA.2.75.2 par des anticorps sériques était notablement inférieure à celle de
B.1, BA.5, BA.4.6, BA.2.10.4 et BA.2.75. Pour les échantillons de la fin de l’année 2021 (pré-
Omicron), la majorité (14/25) présentait des titres de dose inhibitrice à 50 % (DI50) contre
BA.2.75.2 qui se situaient sous la limite de détection (< 20). Dans les échantillons prélevés au
début de 2022 (post-Omicron) et ceux des récentes cohortes, BA.2.75.2 était neutralisé par des
titres moyens géométriques (TMG) approximativement 6,5 fois moindres que ceux de BA.5. Les
auteurs déclarent que BA.2.75.2 est à ce jour le variant le plus résistant ayant été caractérisé,
« ce qui semble indiquer qu’il échappe efficacement à l’immunité humorale actuelle dans la
population ».
Répercussions sur le dépistage et la surveillance du
séquençage du génome entier (SGE)
Test antigénique : il existe peu de documents sur le rendement des tests antigéniques rapides
(TAR) avec les variants préoccupants. Cependant, la majorité des mutations de ces variants se
produisent dans la protéine de spicule et les TAR qui sont utilisés en Ontario ciblent la protéine
de la nucléocapside. Par conséquent, nous prévoyons qu’il y aura des répercussions limitées sur
le rendement des tests antigéniques rapides dans le cas de BA.2.75.2, bien que des études de
confirmation s’imposent à cet égard.
Test moléculaire : on ne prévoit aucune incidence sur la capacité des tests moléculaires à
détecter la sous-lignée BA.2.75.2.
Surveillance du SGE : on prévoit une incidence faible sinon nulle sur la capacité du SGE à
détecter BA.2.75.2.
Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022) 4Répercussions pour la pratique en santé publique
Des données probantes précoces et limitées révèlent une croissance supérieure de BA.2.75.2
par rapport à d’autres sous-variants d’Omicron généralement en circulation. L’émergence de
BA.2.75.2 en Ontario justifie une approche prudente et une surveillance continue de son risque
pour la province.
Les trajectoires de croissance relative des variants émergents ayant une transmissibilité accrue,
y compris BA.2.75.2, BQ.1, BQ.1.1, BF.7 et BA.4.6, demeurent incertaines3,12,15,16.
À la lumière des données probantes sur les précédents variants de SRAS-CoV-2, il appert que
bien que les vaccins anti-COVID-19 actuels et une infection antérieure au SRAS-CoV-2 offrent
une protection contre l’évolution vers une forme grave de la maladie, ils ne procurent pas une
immunité stérilisante (c.-à-d., une protection totale contre l’infection ou la réinfection) et ne
préviennent pas complètement une nouvelle transmission17. Si la sous-lignée BA.2.75.2 est plus
transmissible que les sous-lignées les plus fréquemment détectées jusqu’à maintenant, un
accroissement de son taux de prévalence pourrait entraîner un risque de recrudescence des cas
de COVID-19 cet automne.
Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022) 5Bibliographie
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Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022) 7Modèle proposé pour citer le document Agence ontarienne de protection et de promotion de la santé (Santé publique Ontario). Évaluation du risque pour la sous-lignée Omicron BA.2.75.2 (au 17 octobre 2022). Toronto (Ontario) : Imprimeur du Roi pour l’Ontario; 2022. Avis de non-responsabilité Santé publique Ontario (SPO) a conçu le présent document. SPO offre des conseils scientifiques et techniques au gouvernement, aux agences de santé publique et aux fournisseurs de soins de santé de l’Ontario. Les travaux de SPO s’appuient sur les meilleures données probantes disponibles au moment de leur publication. L’application et l’utilisation du présent document relèvent de la responsabilité des utilisateurs. SPO n’assume aucune responsabilité relativement aux conséquences de l’application ou de l’utilisation du document par quiconque. Le présent document peut être reproduit sans permission à des fins non commerciales seulement, sous réserve d’une mention appropriée de Santé publique Ontario. Aucun changement ni aucune modification ne peuvent être apportés à ce document sans la permission écrite explicite de Santé publique Ontario. Santé publique Ontario Santé publique Ontario est un organisme du gouvernement de l’Ontario voué à la protection et à la promotion de la santé de l’ensemble de la population ontarienne, ainsi qu’à la réduction des iniquités en matière de santé. Santé publique Ontario met les connaissances et les renseignements scientifiques les plus pointus du monde entier à la portée des professionnels de la santé publique, des travailleurs de la santé de première ligne et des chercheurs. Pour en savoir plus sur SPO, consultez publichealthontario.ca. © Imprimeur du Roi pour l’Ontario, 2022
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