Rapport d'activités 2012 - Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc Roussillon - Ifremer
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Département Océanographie et Dynamique des Écosystèmes Unité LITTORAL Laboratoire Environnement Ressources aquacoles du Languedoc Roussillon Juin 2013 Rapport d’activités 2012 Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc Roussillon
Rapport d’activités 2012 du
Laboratoire Environnement
Ressources aquacoles du
Languedoc Roussillon
Ifremer - Sète
Photos
J.Oheix © ifremer : vue sous-marine de cordes d’élevage, vue macro de moule et
Ascidies coloniales (Botryllus sp), vue macro d’herbier et épibiontes
A.Carreras© ifremer : table ostréicole sur la lagune de Leucate
1Unité Littoral et Laboratoires Environnement et Ressources Aquacoles (LER).............................6
1.1Présentation générale de l’unité Littoral ..................................................................................................6
1.2Organisation ............................................................................................................................................6
1.3Compétence géographique du laboratoire...............................................................................................8
1.4Feuille de Route du LERLR : Fonctionnement des écosystèmes lagunaires exploités.......................8
juin 2013
1.4.1Introduction ......................................................................................................................................8
1.4.2Objectifs du LERLR..........................................................................................................................9
1.4.3Plateforme analytique du LERLR et démarche qualité....................................................................9
1.4.4Partenariats développés ................................................................................................................10
1.5Organigramme actuel du LERLR (mai 2013) et moyens humains.........................................................11
1.5.1Répartition des temps agent pour la réalisation des projets..........................................................15
1.5.2Formations reçues..........................................................................................................................16
1.6Moyens financiers, infrastructures et équipements................................................................................23
1.6.1Contrats de recettes ......................................................................................................................23
1.6.2Infrastructures – Équipements.......................................................................................................24
2Fluctuations environnementales et observation de la qualité des écosystèmes côtiers -
résultats 2012..........................................................................................................................................25
2.1Réseau de contrôle microbiologique REMI............................................................................................26
2.1.1Description générale du REMI.......................................................................................................26
2.1.2Résultats REMI 2012.....................................................................................................................26
2.1.3Etudes de zones 2012 et 2013.......................................................................................................27
2.1.4Projet VIRONIVEAU.......................................................................................................................27
2.1.5Projet système d’avertissement précoce – OMEGA THAU..........................................................27
2.2Réseau d’observation du phytoplancton et des phycotoxines (REPHY)...............................................28
2.2.1Une observation environnementale et une surveillance sanitaire.................................................28
2.2.2Résultats REPHY 2012..................................................................................................................28
2.2.3Actions de recherche sur le phytoplancton et les phycotoxines....................................................29
2.3Contamination chimique ........................................................................................................................30
2.3.1Réseau d'observation de la contamination chimique (ROCCH)....................................................30
2.3.2Modélisation du comportement des contaminants organiques dans la colonne d’eau et le
compartiment sédimentaire ...................................................................................................................32
2.3.3ANR PEPSEA (2009-2012)............................................................................................................32
2.4Surveillance environnementale et Directive Cadre Eau.........................................................................33
2.4.1Campagnes 2006 – 2009 - 2012....................................................................................................33
2.4.2Développement des échantillonneurs passifs................................................................................33
2.4.3Mise au point et consolidation des indicateurs..............................................................................33
2.5Suivi malaïgue........................................................................................................................................35
3Observatoire conchylicole et impact des fluctuations environnementales sur les populations
conchylicoles exploitées .......................................................................................................................36
3.1Observatoire conchylicole (RESCO) et Velyger.....................................................................................36
3.1.1RESCO 2012 .................................................................................................................................36
3.1.2Velyger 2012 ..................................................................................................................................36
3.2Déterminisme du recrutement naturel de l’huître creuse Crassostrea gigas – projet PRONAMED II...37
3.3Mortalités du naissain d’huîtres creuses................................................................................................37
3.4REPAMO.................................................................................................................................................38
3.5ANR ACCUTOX......................................................................................................................................38
3.6Site web aquaculture..............................................................................................................................38
4Ecologie et restauration des écosystèmes lagunaires ....................................................................39
4.1Réseau de Suivi Lagunaire (RSL) - volet surveillance..........................................................................39
4.2Réseau de Suivi Lagunaire (RSL) - innovations méthodologiques.......................................................39
4.3Evaluation du rôle des sédiments et des herbiers dans la restauration des écosystèmes lagunaire -
RESTOLAG ................................................................................................................................................39
5Activité des laboratoires d’analyses du LER/LR...............................................................................41
5.1Activité du laboratoire phytoplancton et phycotoxines...........................................................................41
5.2Activité du laboratoire de microbiologie..................................................................................................41
5.3Activité du laboratoire de chimie............................................................................................................41
5.4Activité du laboratoire de Mesures hydrologiques in-Situ......................................................................41
6Production scientifique et technologique..........................................................................................42
6.1Revues à comité de lecture....................................................................................................................42
6.2Rapports finaux de contrat ....................................................................................................................42
juin 2013
6.3Avis et expertises ...................................................................................................................................43
6.4Communications dans des colloques et congrès...................................................................................43
6.5Plaquettes et autres médias de grande diffusion...................................................................................43
6.6Exposés dans des réunions professionnelles........................................................................................43
6.7Formations données...............................................................................................................................43
7Perspectives 2013 et 2014....................................................................................................................49
juin 2013
Rapport d’activités 2012 du LERL July 2013
1 Unité Littoral et Laboratoires Environnement et
Ressources Aquacoles (LER)
1.1 Présentation générale de l’unité Littoral
Depuis 2012, l’Unité Littoral est constituée de 9 laboratoires côtiers (LER) et du laboratoire de
recherche sur les Phycotoxines (PHYC, basé à Nantes) répartis sur 14 implantations du littoral
métropolitain. Les principales missions des LER portent sur :
• l'observation du littoral et le suivi de la qualité des produits aquacoles dans le milieu
naturel ; celle-ci s’opère dans les zones géographiques de leur responsabilité
• la recherche sur les écosystèmes littoraux et conchylicoles ;
• la construction et validation de modèles pour la compréhension du fonctionnement
des écosystèmes et le développement d’outils d’aide à la gestion
• la réalisation d'expertises et d'avis ;
• la valorisation des données et le transfert des connaissances
Les LERLR sont engagés dans une démarche d’assurance qualité pour les laboratoires analystes
avec accréditation COFRAC conforme aux objectifs de qualité de l’Ifremer.
Le laboratoire PHYC quant à lui a pour objectif (note PDG 2005-578) de faire évoluer, en
collaboration avec l’Afssa, les connaissances scientifiques dans le but d’améliorer la surveillance
et l’appréciation du risque lié aux microalgues toxiques vis-à-vis des consommateurs des
produits marins.
1.2 Organisation
La compétence géographique des LER porte sur les départements côtiers métropolitains les
plus proches de leur(s) implantation(s). En mai 2012, l’effectif total présent dans les
laboratoires (CDI, CDD, Doctorants, stagiaires de longue durée) était de 194 personnes. En
2012, le laboratoire PHYC a rejoint l’unité Littoral et le LERFBN (Finistère Bretagne Nord) a été
scindé en 2 laboratoires distincts géographiquement : Le LERBN (Bretagne Nord) situé à Dinard,
qui a pour territoire de compétence les départements d'Ille-et-Vilaine et des côtes d'Armor et
le LERBO (Bretagne Occidentale) situé à Concarneau avec une antenne à Brest qui a pour
territoire de compétence le département du Finistère.
Responsable de l’Unité: L.DREVES, secrétariat : M.P LeBris-Ménard, littoral.dir@ifremer.fr -
Centre de Brest, BP 70, 29280 Plouzané 02 98 22 44 66 02 98 22 47 76
Tableau 1 – LER, responsables, adjoints et implantations (situation mai 2013)
Laboratoire Chef de laboratoire Adjoint(s) Sites
PHYC Zouher Amzil - Nantes
LER / Boulogne Alain Lefebvre Elvire Antajan Boulogne/Mer
LER / Normandie Philippe Riou Aline Gangnery Port en Bessin
LER / Bretagne Nord Claire Rollet Julien Chevé Dinard
LER / Bretagne Concarneau,
Claude Le Bec Dominique Le Gal
Occidentale Brest
LER / Morbihan Nantes
Anne Grouhel-Pellouin
Pays-de-Loire Edouard Bedier La Trinité/Mer
LER / Pertuis La Tremblade
Christian Béchemin Jean Côme Piquet
Charentais La Rochelle
LER / Arcachon Hélène Oger-Jeanneret Isabelle Auby Arcachon
LER / Languedoc
Emmanuelle Roque d’orbcastel Mathilde Rousselet Sète
Roussillon
LER / Provence Azur Marc Bouchoucha Toulon
Bruno Andral
Corse François Galgani Bastia
1.3 Compétence géographique du laboratoire
En termes de surveillance, le Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc Roussillon
(Ifremer, station de Sète) a la responsabilité du suivi des masses d’eau côtières et lagunaires et
des zones de productions conchylicoles (moules, huitres, tellines et palourdes) depuis la
frontière espagnole jusque la petite Camargue (départements 30, 34, 11 et 66). Par ailleurs, sur
le volet Ressources, le laboratoire intervient sur l’ensemble de la façade Méditerranéenne et
Corse en lien avec le LER Provence Alpes Côte d’Azur.
Figure 1 – Responsabilité géographique
du LERLR en termes de surveillance
environnementale et sanitaire
Le linéaire côtier du Languedoc-
Roussillon, d'environ 200 km est
essentiellement sableux, et interrompu
de part en part par quelques caps
rocheux : Sète, cap d'Agde, massif de la
Clape, cap Leucate et cap Béar.
Il abrite de ce fait des milieux
remarquables que sont les lagunes
côtières qui couvrent une surface
d’environ 40 000 ha, propice aux activités
de cultures marines et à l’exploitation de
nombreux gisements coquilliers.
Cela se traduit par la mise en œuvre des réseaux ROCCH (réseau d’observation de la
contamination chimique du milieu marin), REMI (réseau de contrôle microbiologique des zones
de production), REPHY (réseau de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines), RESCO
(réseau conchylicole), REPAMO (réseau de suivi des pathologies des mollusques), REBENT
(réseau benthique), VELYGER (écologie larvaire) et RSL (réseau de suivi lagunaire). L’ensemble
de ces réseaux permettent de répondre aux besoins des directives européennes (Directive
Cadre sur l’Eau et Paquet Hygiène). Le LERLR est responsable de la qualité des prélèvements,
des analyses ainsi que de la transmission des données aux clients, soit internes Ifremer
(coordonnateurs nationaux des réseaux et autres LER) soit externes (services de l’Etat, Agence
de l’Eau). Le site http://www.ifremer.fr/lerlr/ présente le laboratoire, ses activités, rapports et
U
publications.
Un site dédié aux LER méditerranéens, l'un situé en Languedoc-Roussillon (Sète), l'autre en
région Provence-Alpes-Côte d’Azur et en Corse (La Seyne-sur-Mer et Bastia), a été mis en ligne
en 2011 : http://wwz.ifremer.fr/mediterranee/environnement .
U UH
Coordonnées du LERLR
Ifremer - Pôle Mer et Lagunes - Bd Jean Monnet - BP 171 34203 Sète cedex
04.99.57.32.77 04.99.57.32.96
Attention changement d’adresse structure depuis cette année : littoral.lerlr@ifremer.fr
1.4 Feuille de Route du LERLR : Fonctionnement des écosystèmes
lagunaires exploités
1.4.1 Introduction
La feuille de route du LERLR a pour objectif de décrire la stratégie scientifique du laboratoire,
qui répond principalement à deux axes stratégiques de l’Ifremer:
• le développement durable de la conchyliculture : connaître et anticiper par une
approche écosystémique les effets du changement global et des pressions existantes
sur les écosystèmes marins exploités et analyser leur potentiel d’adaptation. Différents
niveaux sont abordés, depuis la variabilité de la reproduction et du recrutement de
l’huître, à la survie face aux épidémies et la compréhension des processus d’adaptation
des espèces face au changement global,
• le fonctionnement des écosystèmes et développement d’outils au service du bon état
écologique : développer une recherche innovante grâce à l’observation afin de mieux
évaluer l’état écologique et le fonctionnement des écosystèmes marins, de
comprendre leurs réponses aux pressions naturelles et anthropiques, d’anticiper les
nouveaux risques et d’apporter un appui aux gestionnaires et aux politiques publiques
environnementales (Directive Cadre Eau, Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin
….).
1.4.2 Objectifs du LERLR
Le projet scientifique du LERLR porte sur l’étude des fluctuations environnementales
naturelles ou anthropiques et leur impact sur le fonctionnement des écosystèmes
lagunaires et le cas échéant des ressources conchylicoles exploitées.
Mots clés : écosystèmes lagunaires, conchyliculture, observation environnementale, contaminants,
impacts, réseau trophique, microbiologie, phycotoxines, phytoplancton, chimie des nutriments, qualité,
aide à la gestion, expertise
Le Laboratoire Environnement Ressources aquacoles du Languedoc Roussillon (LERLR) mène
des activités de recherche et d’observation de la zone littorale du Languedoc Roussillon, avec
comme objectifs :
• D’acquérir et valoriser des connaissances sur les milieux lagunaires et les ressources
conchylicoles exploitées, afin d’apporter des éléments de réponse aux problématiques
rencontrées par les acteurs économiques (conchyliculteurs, pêcheurs aux petits
métiers, Région…),
• D’apporter aux administrations et gestionnaires du littoral (gestionnaires des lagunes,
Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse,…) des connaissances et une aide à la
gestion (expertise et outils) sur les aspects environnementaux. Les LER ont également
une mission d’expertises et d’avis pour les administrations dans leur domaine de
compétences : exploitation des ressources biologiques, salubrité des zones côtières,
aménagement littoral, ….
• D’apporter aux politiques publiques (DG de l’Alimentation, DG de l’Environnement,
ONEMA) un appui à la décision pour la gestion de la qualité des eaux et des ressources
conchylicoles des milieux lagunaires et côtiers.
Les côtes méditerranéennes et notamment le Languedoc Roussillon abritent des écosystèmes
lagunaires, spécifiques, particulièrement productifs, qui représentent 40 000 ha de superficie
et près de la moitié du linéaire côtier. Ces écosystèmes lagunaires, d’intérêt économique,
sociétal et environnemental, sont particulièrement sensibles du fait de leurs interactions fortes
avec le bassin versant et de la pression démographique croissante en périphérie de ces zones.
L’anthropisation des milieux est à l’origine de dysfonctionnements majeurs tels que
l’eutrophisation, la dystrophie, et des contaminations diverses. La conchyliculture est une des
activités économiques clef de ces écosystèmes, directement dépendante de la productivité et
de la qualité du milieu environnant ; la conchyliculture régionale représente 10% de la
production nationale, et Thau 90% de la production régionale. La pêche aux petits métiers y est
plus ou moins développée selon les lagunes.
Ce modèle lagunaire est au centre des projets menés par le LERLR ; outre son intérêt pour la
compréhension des problématiques régionales, ce modèle est transposable dans d’autres pays
méditerranéens présentant des écosystèmes similaires (Portugal, Espagne, Italie, Maghreb..)
ou encore au niveau mondial sous d’autres latitudes (Saint Pierre et Miquelon, environnements
lagonaires, …).
Le projet du laboratoire s’articule autour de 4 axes de recherche :
1. Caractérisation des fluctuations environnementales (phytoplanctoniques,
bactériennes et virales, chimiques, liées à l’eutrophisation) et transferts de matière
entre les compartiments
2. Etude de l’impact de ces fluctuations environnementales sur la productivité des
milieux et sur la physiologie des populations conchylicoles exploitées (croissance,
reproduction, survie, développement larvaire)
3. Etude des processus de restauration des écosystèmes dans le but de concilier
biodiversité et maintien des usages dans un contexte de changement global
4. Développement d’outils pour l’observation environnementale et l’aide à la gestion
(indicateurs, modèles, systèmes d’avertissement précoces, …)
1.4.3 Plateforme analytique du LERLR et démarche qualité
Le LERLR possède une plateforme analytique composée de laboratoires en microbiologie,
observation microscopique du phytoplancton et analyses de phycotoxines (toxines lipophiles,
PSP, palitoxines, pinnatoxines) et chimie des nutriments ; les unités techniques sont accréditées
COFRAC (n° accréditation 1-1655) pour le dénombrement des E.coli (NF V08-106 et ISO/TS
16649-3) et le dosage des phycotoxines paralysantes PSP dans les coquillages depuis 2005 et
agréées par le Ministère de l’Agriculture, de l’Agro-Alimentaire et de la Forêt depuis 2008. Une
démarche d’extension du champ d’accréditation est en cours pour les activités du laboratoire
de chimie.
En 2012, plusieurs audits ont été réalisés: Audits internes en microbiologie (février 2012),
qualité/métrologie (avril 2012) et en chimie (octobre 2012), audit de surveillance COFRAC
(octobre 2012). Des essais inter-laboratoires ont été organisés :
- Au laboratoire Phytoplancton-Phycotoxines, pour les analyses des toxines
lipophiles par LC-MS/MS selon la méthode CAT-NAT 07 et pour les analyses des
toxines de la famille de la saxitoxine dans les coquillages selon la méthode LNRBM-
PSP01 ; ces EILs ont été organisés par le LNR ANSES ;
- Au laboratoire de Microbiologie, pour le dénombrement de E.coli dans les
coquillages selon les méthodes NFV08-106 et ISO TS 16649-3 ; deux EILs ont été
organisés par le LNR Ifremer Nantes ;
- Au laboratoire de Chimie et de Mesures hydrologiques in situ, pour l’analyse des
nutriments et de la salinité dans les eaux marines et de type estuariennes.
La qualité des résultats des réseaux de surveillance est appuyée par un système d’assurance
qualité ; l’année 2012 a confirmé le maintien des accréditations en cours selon la version 2005
du référentiel NF EN ISO/CEI 17025.
Le LERLR dispose d’autres laboratoires en histologie, en biométrie, en hydrologie au sens
« instrumentation océanographique » (atelier ADCP pour courant et débit, hydrologie in situ
haute fréquence - poisson EasyFish, etc…) qui bénéficient des outils qualité développés dans le
cadre de la certification ISO 9001 de l’Ifremer obtenue en 2012sur l’ensemble des sites et des
activités.
1.4.4 Partenariats développés
Afin de répondre à ces objectifs, des partenariats scientifiques sont développés au LERLR:
• En externe avec des universités comme celle de Montpellier avec l’UMR ECOSYM, la
faculté de Pharmacie et le laboratoire Géosciences, le CEFREM de Perpignan, le MIO de
Marseille, les universités de Bordeaux et Aix,
• En interne avec les laboratoires thématiques en physiologie (PFOM-LPI), en génétique
et pathologie (LGP la Tremblade), sur le phytoplancton (PHYC, LER Concarneau), en
modélisation (DYNECO PHYSED) et l’unité Littoral.
La région Languedoc Roussillon appartient à la Vague D universitaire et doit à ce titre
soumettre à l’AERES en juin 2013 les projets d’UMR effectives en janvier 2015 (pour évaluation
durant l’hiver 2013-2014). Dans le cadre de cette restructuration des équipes scientifiques de
la Région, le LERLR a pour objectif d’intégrer dès janvier 2015 un projet d’UMR regroupant les
actuelles UMR EME, UMR ECOSYM, unité BOME-Ifremer Palavas. Le projet de cette UMR portera sur les Dynamiques de la biodiversité marine et de ses usages, dans un contexte de changement global. Hors communauté scientifique, les principaux partenaires des travaux de recherche du LERLR sont les professionnels (comité régional de la conchyliculture en méditerranée CRCM, comité régional des pêches maritimes et des élevages marins CRPMEM), le centre régional CEPRALMAR, les collectivités (Région, départements, communes littorales), certains établissements publics comme l’Agence de l’eau RMC et l’ONEMA, les administrations décentralisées (DDTM, DREAL, DDPP, ARS) et les gestionnaires des milieux (syndicats de gestion des lagunes). Depuis 2005, les LER/PAC et LERLR ont signé une Convention Cadre avec l’Agence de l’Eau RMC, qui renforce le partenariat existant depuis 1991 ; cette convention a été renouvelée en 2011 avec comme objectifs 1) d’améliorer les connaissances sur le littoral méditerranéen, les eaux côtières et de transition et la mer, 2) l’aide à la définition et optimisation des réseaux de surveillance et 3) l’expertise scientifique et technique spécifiques ou d’actualité.
1.5 Organigramme actuel du LERLR (mai 2013) et moyens humains
En mai 2013, le LERLR comporte 19 permanents, 4 chercheurs, 5 ingénieurs et 10 techniciens.
La figure 2 présente l’organigramme permanent du LERLR.
E. ROQUE D’ORBCASTEL – responsable du laboratoire
M. ROUSSELET – adjointe, responsable réseaux REMI-ROCCH et responsable qualité
Secrétariat Documentaliste, archiviste
D. MARTIN et G.GUILLOUET JL.GUILLOU
Ecologie lagunaire Ressources aquacoles
A.FIANDRINO, D.MUNARON, V.DEROLEZ, F.LAGARDE, P.LE GALL, S.MORTREUX , E.ROQUE
V.OUISSE, J.OHEIX, G.MESSIAEN
Phytoplancton et phycotoxines Microbiologie
E. ABADIE, C.CHIANTELLA, T.BERTEAUX M. ROUSSELET, A. CROTTIER, JL.GUILLOU
Chimie des nutriments Hydrologie et mesures in situ
D.MUNARON, M.FORTUNE, G.MESSIAEN G.MESSIAEN, JL.GUILLOU, F.LAGARDE,
A.FIANDRINO , C.CHIANTELLA
Figure 2 – Organigramme du LERLR (cadres et techniciens, personnel permanent)– juin 2013
Le bilan RH de 2012-2013 est le suivant :
• Mobilités internes et départs 2012-2013:
- Jean BARRET ingénieur conchylicole est parti en retraite (mars 2013)
- Christian Laurent, technicien terrain est parti en retraite (mars 2013)
- Fabrice PERNET, chercheur en écophysiologie des invertébrés, est parti pour le
laboratoire PFOM/LPI Ifremer Brest (aout 2012)
- Nathalie MALET, chercheur en écologie et responsable du RSL, est partie pour le
LERPAC en Corse (mai 2012),
- Emmanuelle QUENOT, technicienne microbiologiste, est partie pour le laboratoire
MIC Ifremer Brest (Avril 2012),
- Antoni Carreras, technicien phytoplancton est parti en congé sans solde.
• recrutements 2012 et 2013 :
- Mathilde ROUSSELET a été recrutée en juillet 2012 en tant qu’ingénieur
responsable des réseaux de surveillance et responsable qualité ; elle a été
nommée adjointe du laboratoire,
- Vincent OUISSE a été recruté en mai 2013 en tant que chercheur en écologie
lagunaire, spécialiste du benthos
- Serge MORTREUX, ingénieur halieute, a rejoint le LERLR en juillet 2012
• Valérie DEROLEZ, ingénieur agronome spécialisée en écologie marine et correspondante
DCE du LERLR, a été nommée responsable du réseau de suivi lagunaire en avril 2013.
La figure 3 présente le trombinoscope du LERLR.ABADIE BERTEAUX CARRERAS Toni CHIANTELLA CROTTIER
Eric Tom CSS Claude Anaïs
DEROLEZ FIANDRINO FORTUNE GUILLOU GUILLOUET
Valérie Annie Martine Jean louis Geneviève
LAGARDE LE GALL MARTIN MESSIAEN MORTREUX
Franck Patrik Danièle Grégory Serge
MUNARON OHEIX OUISSE ROQUE ROUSSELET
Dominique Jocelyne Vincent Emmanuelle Mathilde
Figure 3 – trombinoscope du personnel permanent du LERLR - juin 2013En 2012, du personnel CDD, des thésards, post-doctorants, et stagiaires ont contribué aux
activités de recherche et surveillance et à la vie du laboratoire (tableaux 2 et 3).
Tableau 2 - Personnels en contrat à durée déterminée (CDD) et stagiaires en 2012-2013
Durée
Nom agent Catégorie Fonction / thématique Période
(mois)
Microbiologie et qualité 02/11
Mathilde Rousselet CDD Ingénieur 18
10/08/12
05/03/12
Antoine Baerh CDD Ingénieur RSL 10
04/01/13
CDD 15/03/12
Axel Leurion DCE 10
technicien 15/01/13
CDD 02/05/12-
Chantal Peurey REPHY RESTOLAG 12
technicienne 02/05/13
CDD 01/06/12-
Delphine Granger REPHY REMI 12 à 50%
technicienne 31/05/13
17/09/12-
30/12/12 et
Inès Le Fur CDD Ingénieur Ecologie – DCE et RSL 7
20/02/13-
20/05/13
CDD 02/04/13-
Solenn Soriano Ressources aquacoles 3
technicien 30/06/13
Stagiaire surveillance sanitaires des zones de 06/02/12-
Ahmed El Mamy 5
Master 2 production de mollusques bivalves 15/06/12
rendements de minéralisation des
Stagiaire bac 20/02/12-
Maeva Baleux méthodes de dosages de l'azote et du 4
+3 15/06/12
phosphore totaux dans les eaux marines
Couplage science et gestion de la qualité
Stagiaire 01/03/12-
Mathieu Deperis du milieu lagunaire : exemple d’une 6
Master 2 09/12
lagune en voie de restauration
Stagiaire Etude du recrutement larvaire de 01/06/12-
Marie Boj 2
DEUST crassostrea gigas sur thau 31/07/12
CDD 02/04/13-
Maeva Baleux REPHY et RESTOLAG 5
technicienne 30-08/13
Stagiaire Restauration des milieux lagunaires - 07/01/13-
Samuel Bénard 6
Master 2 DEPART 14/06/13
Stagiaire PRONAMED – rôle de l’hydrodynamique
04/03/13-
Marine Fuhrmann ingénieur dans le déterminisme du recrutement 6
31/08/13
agronome larvaire
Caractérisation morphologique et
Stagiaire 16/05/13-
Meriem Belkahla moléculaire des kystes de résistance de 2
master 1 22/07/13
Vulcanodinium rugosum
Tableau 3 - Post doctorants et Doctorants en 2012-2013Nom Nature Qualité / sujet Période Durée (mois)
Jérôme Castaings Thésard Modélisation 02/11/09 - 02/11/12 36
Ecologie fonctionnelle –
Vincent Ouisse Post doc 04/01/12 - 30/06/13 18
projet RESTOLAG
Ressources aquacoles –
Martin UBERTINI Post doc 03/06/2013- 05/12/14 18
projet PRONAMED
1.5.1 Répartition des temps agent pour la réalisation des projets
La figure 4 présente la répartition des temps agents par projet pour l’année 2012.
Figure 4 - répartition des temps agents par projet pour l’année 2012
Les actions dont le volume horaire est1.5.2 Formations reçues Tableau 4 – formations reçues par le personnel du LERLR en 2012 Nom Nature de la formation Lieu Durée ABADIE thèse UM2 3 ans OUISSE Formation montage projets européens IFREMER Sète 1j ROUSSELET Formation montage projets européens IFREMER Sète 1j ROQUE Formation montage projets européens IFREMER Sète 1j FIANDRINO Formation montage projets européens IFREMER Sète 1j LAGARDE Formation montage projets européens IFREMER Sète 1j FORTUNE ANGLAIS TECHNIQUE Oct-dec LAGARDE Reconnaissance larvaire Ifremer Nantes 2j ROQUE MEDIATRAINING Ifremer Brest 2j BERTEAUX analyse palitoxines Par PHYC 3j OHEIX formation macroalgues ROSCOFF 3j ROQUE Management 3j LAGARDE R Ifremer Sète 2j LE GALL VAE BTSA Productions aquacoles Lycée agricole Montpellier GRANGER conduite autoclave IFREMER Sète 1j ROUSSELET conduite autoclave IFREMER Sète 1j DEROLEZ RECYCLAGE SST IFREMER Sète 1j MARTIN RECYCLAGE SST IFREMER Sète 1j OHEIX RECYCLAGE SST IFREMER Sète 1j FORTUNE RECYCLAGE SST IFREMER Sète 1j LE GALL RECYCLAGE SST IFREMER Sète 1j ROUSSELET permis fluvial IFREMER Sète 2j ROUSSELET permis bateau IFREMER Sète 2j CROTTIER permis fluvial IFREMER Sète 2j ROUSSELET Métrologie dans les laboratoires 2j ROUSSELET journées REPHY Ifremer Nantes 2j ROUSSELET journées qualité Ifremer Nantes 2j ROUSSELET journées QUAERES qualité en recherche 3j BERTEAUX audit interne Ifremer Nantes 3j ROUSSELET audit interne Ifremer Nantes 3j GUILLOUET EXCEL 1j MARTIN POWER POINT 1j MARTIN EXCEL 1j 1.6 Moyens financiers, infrastructures et équipements 1.6.1 Contrats de recettes Les recettes du LERLR pour 2012 sont issues des activités nationales de surveillance (REMI, REPHY, DCE, ROCCH, RESCO, VELYGER, non détaillées ici), de recettes liées à des études régionales et aux projets de recherche :
Tableau 5 : Principales recettes des projets de recherche du LERLR (situation au 05/05/13)
Noms des projets (* si porteur Sujet Source(s) de financement Années de
projet) l’exercice
Suivi de l’état vis-à-vis de l’eutrophisation prochaine
Convention tripartite
Réseau de suivi lagunaire* des lagunes de la Région, recherches et convention :
AERMC – Région et LERLR
innovations méthodologiques 2014-2019
Déterminisme du recrutement larvaire de France Agrimer, Région
PRONAMED* 2013-2015
l’huître creuse en milieu lagunaire Ifremer (volet scientifique)
Restauration des écosystèmes lagunaires :
RESTOLAG* AERMC – Région LR 2012-2013
rôle du sédiment et des macrophytes
DEvenir du Phosphore et de l’Azote : EC2CO
DEPART* RestauraTion des milieux lagunaires AERMC 2013-2014
eutrophisés Région LR
Bioindicateur isotopique Développement d’un indicateur isotopique
Accord cadre AERMC 2010-2013
macroalgal* macroalgal
De la caractérisation des déterminants de
l’accumulation des toxines paralysantes chez
ACCUTOX ANR CESA 2013-2016
l’huitre au risque sanitaire dans son contexte
sociétal
Dynamique de développement de
MICROTOXEM* AERMC 2013-2015
Vulcanodinium dans l’étang d’Ingril
PEPSEA Comportement des produits ANR CESA 2009-2013
pharmaceutiques émergents et de leurs
métabolites dans les eaux côtières
méditerranéennes
Suite OMEGA THAU* Mise en place d’un système d’avertissement SMBT 2013
précoce des risques de contaminations
microbiologiques
Lagunes dessalées* Validation d’un indicateur macrophytes pour AERMC 2013-2014
les lagunes méso- oligo halines
MICROPALOURDE Etude des flux et modes de contamination SMBT 2013
microbiologique de la zone de production de
palourdes de L'Etang de Thau (zone des
Eaux blanches)
1.6.2 Infrastructures – Équipements
En 2012, le LERLR s’est équipé en nouveaux équipements pour les laboratoires ( autolaveur,
résistivimètre pour le système de production d’eau déminéralisée) mais aussi pour les activités
de prélèvement in situ (principalement des sondes multiparamètres).2 Fluctuations environnementales et observation de la
qualité des écosystèmes côtiers - résultats 2012
Le Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc-Roussillon (LER/LR) opère, sur le
littoral des départements des Pyrénées-Orientales, de l’Aude, de l’Hérault et du Gard, les
réseaux de surveillance nationaux de l'Ifremer REMI, REPHY, ROCCH, le Réseau d’observations
conchylicoles RESCO (anciennement Observatoire conchylicole - REMORA) ainsi que le Réseau
de Suivi Lagunaire (RSL), qui a pour but le suivi du niveau d’eutrophisation des lagunes du
Languedoc-Roussillon.
Figure 5 - points de suivi pour la surveillance et l’observation en Région
En 2012, la surveillance a été appliquée sur 44 points de prélèvements REMI, 22 points de
prélèvements REPHY, 19 points de prélèvements ROCCH (environnemental et sanitaire) et 1
point RESCO.
L’objectif de ces réseaux est triple :
- Opérer la surveillance sanitaire des coquillages dans les zones de production
conchylicole (REMI, REPHY, ROCCH) au titre du paquet Hygiène
- Opérer la surveillance environnementale des masses d’eau côtières et de
transition au titre de la DCE ; ainsi le LERLR contribue à l’organisation et à la
réalisation des campagnes de contrôles de surveillance et opérationnel pour
l’ensemble des masses d’eau de transition de la façade méditerranéenne en
collaboration étroite avec le LER-PAC chargé du volet eaux côtières (REPHY, ROCCH,
RSL).
- Fournir des séries temporelles pour répondre à des besoins de recherches
Les résultats sont obtenus à partir de données validées extraites de la base Ifremer Quadrige²
qui constitue le référentiel national des données de la surveillance des eaux littorales dans le
cadre du Système national d’information sur l’eau (SIEau). Les résultats sont rattachés à des
zones marines telles que le présente la figure 4 :
Zones marines Quadrige
093 Méditerranée094 Côte catalane
095 Littoral de l'embouchure du Tech au
Grau d'Agde
096 Etang de Canet
097 Etang de Salses-Leucate
098 Etang de La Palme
099 Etang de l'Ayrolle
100 Etangs narbonnais
101 Etangs gruissanais
102 Côte languedocienne
103 Etang du Grand Bagnas
104 Etang de Thau
105 Etangs Palavasiens
106 Côte camarguaise
Figure 6 - zones marines du LR
Pour en savoir plus : Le rapport « Qualité du Milieu Marin Littoral - Bulletin de la surveillance
- Départements du Gard, de l’Hérault, de l’Aude et des Pyrénées Orientales », diffusé
annuellement à l‘ensemble des partenaires de l’Ifremer, reprend l’ensemble des résultats
issus des réseaux de surveillance.
http://envlit.ifremer.fr/content/download/81235/556291/version/2/file/Bull_st_2012.pdf
Depuis 2011 un nouveau bulletin, en complément aux bulletins régionaux, permet de
présenter une synthèse nationale de cette surveillance.
Les différents bulletins sont téléchargeables sur le site Internet de l’Ifremer :
http://envlit.ifremer.fr/documents/bulletins/regionaux_de_la_surveillance
2.1 Réseau de contrôle microbiologique REMI
2.1.1 Description générale du REMI
Le REMI a pour objectif de surveiller les zones de production de coquillages exploitées par les
professionnels, et classées A, B ou C par l'administration. Sur la base du dénombrement des
Escherichia coli dans les coquillages vivants, le REMI permet d'évaluer les niveaux de
contamination microbiologique dans les coquillages et de suivre leurs évolutions, de détecter
et suivre les épisodes de contamination. Il est organisé en deux volets :
1/ la surveillance régulière, pour laquelle un échantillonnage mensuel, bimestriel ou adapté
(exploitation saisonnière) est mis en œuvre sur les points de suivi. Les analyses sont réalisées
suivant les méthodes NF V 08-106 1 ou ISO/TS 16 649-3 2 . Les données de surveillance régulière
F F
F F
permettent d'estimer la qualité microbiologique de la zone. Le traitement des données
1 Norme NF V 08-106 - octobre 2010. Microbiologie des aliments - Dénombrement des Escherichia coli dans les coquillages vivants
- Technique indirecte par impédancemétrie directe.
2 Norme XP ISO/TS 16 649-3 - décembre 2005. Microbiologie des aliments - Méthode horizontale pour le dénombrement des
Escherichia coli beta-glucuronidase-positive - Partie 3 : technique du nombre le plus probable utilisant bromo-5-chloro-4-indolyl-3
beta-D-glucuronateacquises sur les 10 dernières années permet de suivre l'évolution des niveaux de
contamination.
2/ la surveillance en alerte, avec trois niveaux d'alerte définis correspondant à un état de
contamination : Niveau 0 : risque de contamination (pluviométrie, dysfonctionnement du
réseau…), Niveau 1 : contamination détectée et Niveau 2 : contamination persistante. Le seuil
microbiologique déclenchant une surveillance renforcée est défini pour chaque classe de
qualité (classe A : 230 Escherichia coli /100 g de CLI ; classe B : 4 600 Escherichia coli /100 g de
CLI ; classe C : 46 000 Escherichia coli /100 g de CLI).
Les prélèvements sur les 44 points de suivis sont réalisés par l’équipe du LERLR Ifremer, à partir
d’embarcations, dans les zones d’élevage de Leucate et Thau, par des professionnels sur les
lotissements conchylicoles localisés en mer ainsi que dans la lagune du Prévost et par la société
P2A Développement sur les gisements naturels de coquillages du littoral.
Un produit concernant l'évaluation de la qualité microbiologique sur le littoral à partir des
résultats du REMI a été mis en ligne sur http://envlit.ifremer.fr/. Sur chacun des points de
surveillance sont présentées : l’estimation de la qualité microbiologique, l’évolution des
niveaux de contamination, les occurrences des résultats mettant en évidence une
contamination. L’inventaire cartographique des points de surveillance actif est également
disponible sur Envlit : http://envlit.ifremer.fr/resultats/surval- carte des points, le mode
d’emploi est en annexe.
2.1.2 Résultats REMI 2012
Le traitement des données a permis de fournir l’estimation de la qualité microbiologique par
point sur les 3 dernières années calendaires selon la règle suivante : Qualité bonne : 100 % des
résultats sont inférieurs ou égaux à 230 E. coli/100 g CLI ; Qualité moyenne : au moins 90 % des
résultats sont inférieurs ou égaux à 4 600 E. coli/100 g CLI et 100 % des résultats sont inférieurs
ou égaux à 46 000 E.coli/100 g CLI; Qualité mauvaise : 100 % des résultats sont inférieurs ou
égaux à 46 000 E.coli/100 g CLI ; Qualité très mauvaise : dès qu’un résultat dépasse 46 000
E.coli/100 g CLI. L’estimation de la qualité nécessite de disposer de données en quantité
suffisante sur la période (24 pour les lieux suivis à fréquence mensuelle ou adaptée, 12 pour
les lieux suivis à fréquence bimestrielle). Cette estimation permet de réévaluer chaque année
la qualité des zones de production de coquillages (rapports d’estimation de la qualité des zones
de production conchylicole diffusés aux partenaires annuellement, voir détails ci-dessous dans
« Pour en savoir plus »).
Afin de répondre à ces objectifs de surveillance, le volume analytique du laboratoire de
microbiologie du LERLR de Sète a été de 1 006 analyses en 2012.
Globalement, les profils de contamination microbiologique des coquillages des zones de pêche
et d’élevage suivies dans le cadre du REMI demeurent similaires à ceux observés les années
précédentes.
La qualité microbiologique des zones, estimée sur les 3 dernières années (calcul sur au moins
12 ou 24 données selon la fréquence, source REMI-Ifremer, banque Quadrige²) montre une
qualité moyenne sur l’ensemble des sites, exceptés quelques points de bonne qualité pour les
moules (Etang de l’Angle et Filières de Sète Marseillan), ou encore des points de gisements de
palourdes qui présentent des profils plus dégradés, de mauvaise qualité (Etang de Leucate –
Est, Salses - Presqu'île, Etang de Gruissan – Sud, Etang du Grazel Ouest) voire de très mauvaise
qualité (Etang des Capellans, Etang de Mateille – Winds, Creusot, Etang du Ponant – VVF). Une
analyse de tendance (test non paramétrique de Mann-Kendall) a été faite sur les séries
présentant des données sur les 10 dernières années.
Tableau 6 - Points dont la tendance des 10 dernières années a été étudiée
Zone marine Nom des points Tendance générale de la contamination sur
10 ans095 Filières de Fleury d'Aude (MO)
Filières de Gruissan (MO)
097 Grau Leucate (H)
Parc Leucate 2 (H)
Salses - Presqu'île (PA)
102 Filières des Aresquiers (MO)
Filières de Sète-Marseillan (MO)
Espiguette (TE)
104 Lotissements conchylicoles 34.39 (HU Bouzigues (a) et (c), marseillan large,
et MO) Mourre-Blanc large, mèze zone a
Port de Loupian (b), Mèze zone b,
Montpenèdre (b), La Fadèze
105 Etang du Prévost (MO)
dégradation, amélioration, pas de tendance significative (seuil 5%).
Parmi les faits marquants en 2012, on peut citer deux épisodes de contamination importante
dans la lagune de Leucate : un épisode détecté en mai 2012 au sud de la lagune au point
palourdes « Salses- presqu’île » (097-P-016) à 280 000 E.coli/100g CLI avec huit semaines
d’alerte d’avril à juin 2012 ; le deuxième épisode de contamination a été obtenu au niveau des
tables conchylicoles au point «Parc Leucate 2» en septembre: 44 000 E.coli/100g CLI . Malgré
les enquêtes terrain réalisées par la DREAL pendant ces alertes, aucun dysfonctionnement n’a
permis d’expliquer les niveaux de contamination obtenus. Une étude pourrait être engagée sur
cette problématique avec le Syndicat des ostréiculteurs de Leucate.
Au niveau de la lagune de Thau, la problématique majeure reste les contaminations des
palourdes au niveau du Petit Etang appelé également zone des eaux blanches ; un épisode de
contamination importante à 200 000 E.coli/100g CLI a été constatée en Août suite à une forte
pluviométrie. L’alerte n’a pas été confirmée. Une étude, MICROPALOURDE, portée par le
Syndicat Mixte du Bassin de Thau en partenariat avec Ifremer devrait permettre en 2013
d’identifier et hiérarchiser les sources de contamination potentielle de cette zone.
Au niveau des parcs ostréicoles de Thau, la tendance générale est à l’amélioration pour quatre
des neuf points de suivi situés principalement au cœur des tables conchylicoles.
Pour en savoir plus : Deux rapports d’évaluation de la qualité des zones de production
conchylicole – un pour le Gard et de l’Hérault, et un pour l’Aude et des Pyrénées Orientales,
sont diffusés annuellement à l‘ensemble des partenaires de l’Ifremer. Ces rapports précisent
les objectifs des réseaux REMI et ROCCH, les critères et la méthode d’interprétation des
résultats, une cartographie des zones et des points de prélèvement, les résultats
chronologiques par point de prélèvement, le bilan de la surveillance en alerte et la qualité
sanitaire (microbiologique et chimique) de chaque zone classée ainsi que l’indication de la
conformité ou non du classement à la qualité sanitaire pour la zone correspondante.
http://envlit.ifremer.fr/documents/publications/
Les rapports d’évaluation de la qualité des zones de production conchylicole 2012 sont
disponibles.
2.1.3 Etudes de zones 2012 et 2013
Deux études de zones se sont achevées en 2012:
- l’étude de zone pour la zone de production n°34.09 (Bande littorale de Port Ambonne
au feu Ouest du Brise lames extérieur du port des quilles) –tellines, permettant
d’estimer en B la qualité de la zone de pêche. Le rapport est disponible sous archimer.
- l’étude de zone pour la zone de production n°34.27 (Etang du Prévost) – palourdes- le
rapport est en cours de rédaction.
Une étude de zone est en cours pour la zone de production n°11.05 (Etang du Grazel) – moules.
La campagne de prélèvement s’est achevée en mai 2013. Le rapport est en cours de rédaction.Une étude de zone a été proposée par la DDTM à la DGAL concernant Les zones de production n°34.03 et 34.04. 2.1.4 Projet VIRONIVEAU Suite au groupe de Travail sur « la gestion des zones d'élevage conchylicole contaminées par des norovirus » tenu en 2011 avec la DGAL, la DGS, l’Ifremer, les services de l'Etat concernés, le LERLR participe avec le Laboratoire National de Référence de Microbiologie Ifremer à l’acquisition de données sur un niveau de base quantitatif en norovirus dans les coquillages (huitres) de l’étang de THAU. L’objectif de ce projet VIRONIVEAU est d'observer le lien entre l'éventuel début des toxi- infections alimentaires collectives (Tiac) et la détection de norovirus dans les coquillages. Des prélèvements de coquillages ont été effectués tous les 15 jours pour recherche de norovirus de Septembre 2011 à Avril 2012 (analyses effectuées au Laboratoire de Microbiologie LNR Ifremer). Cependant les résultats obtenus n’ont pas permis l’acquisition suffisante de données pour atteindre l’objectif fixé. C’est pourquoi, de nouveau, pendant la période hivernale de Septembre 2012 à mai 2013, de nouveaux prélèvements ont été réalisés. Les analyses sont en cours de traitement. 2.1.5 Projet système d’avertissement précoce – OMEGA THAU Dans la continuité du projet OMEGA Thau, le Syndicat Mixte du Bassin de Thau (SMBT) a lancé un groupe de travail sur la mise en place d’un système d’avertissement précoce des contaminations microbiologiques, à destination des usagers de la lagune de Thau (conchyliculteurs, communes,…). L’objectif pour le SMBT est de parvenir à rassembler des données de prévision météorologique (pluviométrie), des données concernant les systèmes d’assainissement et les éventuels dysfonctionnements, ainsi que des données de suivis du milieu réalisés par les différents acteurs (ARS pour les eaux de baignades, GAMA de Thau Agglo avec les données des bouées SIRENES, …). En termes de suivi virologique des huîtres, le SMBT a fait réaliser des analyses virologiques des effluents en entrée de station d’épuration de Sète jusqu’à fin janvier 2013. L’interprétation semi-quantitative des échantillons permettra d’estimer la charge virale associée à un éventuel déversement d’eaux usées. Le LER/LR est impliqué dans la mise en place de la plate-forme de centralisation des données, au travers du transfert des outils de modélisation développés dans le cadre des projets OMEGA Thau et SPICOSA. D’autre part, les résultats des projets OMEGA Thau et SPICOSA ont été valorisés dans le cadre de deux publications, portant sur l’accumulation d’Escherichia coli par les huîtres et sur l’approche de management environnemental des contaminations microbiologiques dans la lagune de Thau. Derolez V., Soudant D., Fiandrino A., Cesmat L., Serais O. (2013). Impact of weather conditions on Escherichia coli accumulation in oysters of the Thau lagoon (the Mediterranean, France). Journal of Applied Microbiology 114, p. 516–525. http://archimer.ifremer.fr/doc/00119/23049/ Mongruel R., Vanhoutte-Brunier A., Fiandrino A., Valette F., Balle-Beganton J., Perez-Agunder J., Gallai N., Derolez V., Roussel S., Lample M., Laugier T. (2013). Why, how, and how far should microbiological contamination in a coastal zone be mitigated? An application of the systems approach to the Thau lagoon (France). Journal of Environmental Management, 118, p. 55–71. http://archimer.ifremer.fr/doc/00136/24775/
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