Recherche d'articles scientifiques dans PubMed et Cochrane - MED-2232 Épidémiologie et lecture critique II
←
→
Transcription du contenu de la page
Si votre navigateur ne rend pas la page correctement, lisez s'il vous plaît le contenu de la page ci-dessous
Recherche d’articles
scientifiques dans PubMed
et Cochrane
MED-2232 Épidémiologie et lecture critique II
Chantal Beauregard, M.S.I.
bibliothécaire
Gabriela Magdalena Sofian, M.S.I.
bibliothécaire
janvier-février 2019
Objectifs
1 > Repérer rapidement l’espace Web en médecine de la
Bibliothèque de l’Université Laval
2 > Établir une stratégie de recherche
3 > Apprendre à faire une recherche structurée dans les
bases de données
4 > Utiliser correctement la syntaxe et exploiter au maximum
le thésaurus MeSH à l’intérieur des bases de données
PubMed (Medline) et Cochrane Library
Alternance entre théorie, démonstration et exercices pratiques
/2
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II
Espace Web en médecine
http://bibl.ulaval.ca/ > Explorer par discipline > Médecine
Vous trouverez les ressources
propres à votre discipline telles que:
• Les bases de données
spécialisées pour retrouver des
articles en médecine;
• Les ensembles de livres
électroniques;
• Les ressources cliniques;
• Les atlas, dictionnaires et
encyclopédies par spécialités;
• Guide d’installation des /3
applications mobiles.
Accès aux ressources électroniques
Modalités et conditions d'accès:
Votre
➢ Une authentification est requise
IDUL que vous soyez sur le campus ou
à l'extérieur, sauf:
Votre • sur les postes informatiques de
la Bibliothèque ou
NIP
• si vous êtes déjà connectés au
service d'authentification unique
de l'Université Laval;
➢ La session expire après 60
minutes d'inactivité.
Pour signaler tout problème d'accès à une ressource documentaire en ligne de la
Bibliothèque de l'Université Laval : www.bibl.ulaval.ca/cgi-bin/ezproxy_formulaire.pl /4
Interroger une base de données
Vocabulaire libre
L’interrogation d’une base de (mots-clés)
données se fait à l’aide de
deux types de méthodes
complémentaires : Vocabulaire
contrôlé
(thésaurus ou
sujet)
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II /5
Vocabulaire libre
Vocabulaire libre
(mots-clés)
(mots-clés)
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II /6
Recherche en vocabulaire libre (mots-clés)
Qu’est-ce que c’est?
> Définition : l’utilisation de ses propres mots afin de repérer des
documents sur le sujet d’intérêt.
> C’est la méthode de recherche la plus répandue: celle qu’on Vocabulaire
emploie tous les jours sur le Web. libre
(mots-clés)
> Le choix et l’orthographe du mot ont une incidence majeure sur les
résultats de recherche.
> Les champs à privilégier dans la recherche:
Titre et résumé
PubMed : [Title/Abstract]
Cochrane : [Title, Abstract, keywords]
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II /7
Recherche en vocabulaire libre (mots-clés)
Vos termes de
recherche
Les termes utilisés
par l’auteur ?
Exemple : Je m'intéresse aux traitements de l’hépatite C chronique chez l’adulte
Les articles qui Pas nécessairement
parlent de ceux qui parlent de
Galexos Galexos Simeprevir ou d’Olysio
directement
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II /8
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II /9
Recherche en vocabulaire libre (mots-clés)
Utilisation de synonymes, de termes équivalents et de variantes
orthographiques, pour chacun des concepts.
Exemple: Je cherche des articles qui portent sur les enfants handicapés
enfants Child, children, childhood, pediatric, pediatrics, etc.
Synonymes/
Handicapped, Disabled Person, Persons with
termes
Disabilities, Person with Disability, Physically
équivalents
Challenged, etc.
potentiels: handicapés Un handicap précis :
Amputees, Mentally Ill, Blind, Visually Impaired
Persons, Deaf, Hearing Impaired, etc.
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 10Dictionnaires en ligne
Repérer un maximum de synonymes et de variantes orthographiques.
Portail Terminologique de Santé du CiSMeF (CHU de Rouen)
➢ Traduit le MeSH de PubMed (Medline)
Disponible : Explorer par discipline > Médecine > Atlas, dictionnaires et encyclopédies
Grand dictionnaire terminologique (Office québécois de la langue
française)
Termium Plus (Gouvernement du Canada)
Disponibles : Dictionnaire et ressources sélectionnés > Sélection de dictionnaires et autres ressources > Dictionnaires, grammaires et
encyclopédies en ligne
HeTOP
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 11Exercice 1- Portail Terminologique de
Santé (CISMef)
Trouvez cinq synonymes anglophones
pour la maladie Diabète de type 1.
Autoimmune diabetes
Brittle diabetes mellitus
Insulin dependent diabetes mellitus
Juvenile-onset diabetes / Juvenile onset diabetes
Sudden-onset diabetes mellitus
Utilisez le Portail Terminologique de Santé (CISMeF) - HeTOP
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 12Recherche en vocabulaire libre (mots-clés)
Pour gagner du temps et de la précision
> Utiliser les symboles appropriés à la base de données.
Troncature : placée à la fin d’un terme, elle permet de repérer toutes les
* terminaisons possibles de ce terme.
pediatr* permet de repérer pediatre, pediatry, pediatric, pediatrics.
Guillemets: entourent une phrase, une expression ou une série de mots.
"" Ils permettent de repérer une série de mots placée dans un ordre précis
d’apparition.
"Heart arrest" ou "Cardiac arrest" permet de repêcher ces mots ensemble et
écrits de cette exacte façon.
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 13Les opérateurs booléens
Pour lier les différents concepts
Astuces et syntaxes
ET/AND OU/OR SAUF/NOT
Personnel Télé-
Immunisation Vaccination Jeunes
santé médecine Adultes
Limite la recherche à Exclut un ou plusieurs concepts
Unit les différents synonymes non souhaités
l’intersection des concepts
Précise la recherche, mais
ATTENTION
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 14PubMed: structure, thésaurus, syntaxe et principales fonctionnalités Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 15
PubMed ou MEDLINE ?
> MEDLINE est le nom de la base de données
produite et gérée par la Bibliothèque 29 millions de références
Articles et manuscrits de
Livres disponibles sur
Nationale de Médecine des États-Unis (US NCBI Bookshelf PubMed Central, qui ne
sont pas inclus dans
National Library of Medicine - NLM). Medline
> PubMed (Public Access to Medline) permet MEDLINE
d’interroger MEDLINE et donne accès aussi Articles en cours Articles hors
aux différents autres types de références. d’indexation Articles indexés avec MeSH
[Indexed for MEDLINE]
contexte
biomédical
> MEDLINE est aussi disponible sur d’autres
interfaces de recherches: Ovid, EBSCO Host,
Web of Science. Articles déposés par Articles publiés avant 1966
les éditeurs, en qui n'ont pas encore été
attente d’analyse indexés avec les MeSH
[Epub ahead of print] actuels
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique / 16Recherche en vocabulaire libre
Sélectionnez Title/Abstract dans le menu déroulant.
Inscrivez vos termes de recherche.
DÉMOExercice 2 - Recherche en
vocabulaire libre
Combien trouvez-vous d’articles sur le
diabète insulino-dépendant (Type 1)?
diabetes type 1 > 74898 résultats
diabetes type 1[Title/Abstract] > 706 résultats
type 1 diabetes > 82433 résultats
"type 1 diabetes" > 35766 résultats
type 1 diabetes[Title/Abstract] > 35726 résultats
diabetes mellitus type 1 > 74974 résultats
diabetes mellitus type 1[Title/Abstract] > 1039 résultats
Utilisez la Recherche simple ou Avancée (champs Title/Abstract)
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 18Vocabulaire
contrôlé
Vocabulaire
(thésaurus ou sujet) contrôlé
(thésaurus ou sujet)
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 19Recherche en vocabulaire contrôlé
Qu’est-ce que c’est?
> Définition: le langage (les mots) utilisé par une base de données
bibliographique pour décrire le contenu des articles scientifiques
qu’elle indexe. Vocabulaire
> Pour utiliser cette méthode, on doit d’abord valider notre terme
contrôlé
dans un « dictionnaire » appelé thésaurus.
(thésaurus ou
sujet)
> Le vocabulaire contrôlé le plus connu est le MeSH de la base de
données PubMed.
> Le champ à utiliser dans la recherche pour PubMed et Cochrane:
[MeSH] (Medical Subject Headings)
ex. PubMed (Medline) : "diabetes mellitus, type 1"[Mesh]
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 20Recherche en vocabulaire contrôlé
Brain L’avantage : supprime l'ambiguïté du
tumors
langage naturel (synonymes / variantes
orthographiques).
L’inconvénient : le terme, jusqu’à la
Brain manière de l’écrire, est imposé par la
neoplasms
base de données.
Intracranial Brain
neoplams cancers
Les articles sont indexés uniformément, peu importe
le vocabulaire utilisé par l’auteur.
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 21Recherche en vocabulaire contrôlé
Avec le vocabulaire libre, vous devez Avec le vocabulaire contrôlé dans la base
chercher une combinaison de synonymes ou de données PubMed, vous devez utiliser
de variantes orthographiques, si vous voulez uniquement un seul terme.
trouver tous les articles sur le sujet.
Braintumor
Brain tumor* OR Brain
* OR Brain
neoplasm* OR
ORIntracranial
Intracranial MeSH ::Brain
MeSH Brain neoplasms
neoplasms
neoplasm*
neoplasm* OR
neoplasm* ORBrain
Brain cancer*
cancer*
/ 22
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique IIRecherche en vocabulaire contrôlé
Accès au thésaurus de PubMed
Inscrivez vos termes
de recherche.
Exemple: Je cherche des articles qui parlent de l’adhésion du patient. / 23Fiche d’un MeSH 1/2
Définition du MeSH
Subdivisions
Transformation du MeSH en concept majeur
Empêcher l’explosion automatique du terme
Synonymes et variantes
orthographiques rejetés
/ 24Fiche d’un MeSH 2/2
Ancienne appellation
Termes associés
Arbre Concepts plus
sémantique 1 généraux
Concepts plus
spécifiques
Concepts plus
Arbre généraux
sémantique 2
Concepts plus / 25
spécifiquesRecherche MeSH
Sélectionner les options voulues et
cliquer sur «Add to search builder».
Puis cliquer sur « Search PubMed »
pour lancer la recherche.
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II DÉMO / 26Exercice 3 – Recherche
avec les MeSH
Combien trouvez-vous d’articles sur la
prévention de l’anorexie mentale?
"Anorexia Nervosa/prevention and control"[Mesh]
= 113 résultats
Utilisez la recherche MeSH et les subdivisions
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 27Structure
d’une notice
Titre et Résumé
[TIAB]
PMID : Numéro unique
de l’article dans PubMed
[PMID]
MeSH suivi d’un
Type de publication astérisque : sujet
[PT] majeur
MeSH
[MeSH] Terme suivant la barre
oblique : subdivision
/ 28Pour combiner des recherches, vous
devez utiliser l’historique de recherche
qui se trouve dans Advanced.
/ 29Combiner des recherches – Historique
/ 30Combiner des MeSH
Vous pouvez également utiliser les
opérateurs booléens du Builder dans
MeSH Database pour combiner
uniquement des MeSH.
/ 31Combiner des MeSH
/ 32Exercice 4 – Recherche avec opérateurs
booléens pour combiner des MeSH
Combien trouvez-vous d’articles dont le sujet majeur
est l’effet des changements climatiques sur les
maladies infectieuses?
"Climate Change"[Majr] AND "Communicable Diseases"[Majr]
= 118 résultats
Utilisez la recherche MeSH et les opérateurs booléens
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 33Titre
Stratégie de recherche
systématique
Résumé La recherche en
vocabulaire libre
(mots-clés)
Combiner les deux
méthodes
Recherche en
Descripteurs MeSH vocabulaire
(champ sujet)
contrôlé
/ 34Stratégie de recherche systématique
Question de recherche:
Je cherche des articles sur l’utilisation d’antiprotozoaires pour traiter la toxoplasmose dans
le contexte de la transplantation de cellules souches hématopoïétiques.
Vocabulaire contrôlé + Vocabulaire libre = Requête systématique
Concept 1 ("Antiprotozoal Agents"[Mesh] OR antiprotozoal[Title/Abstract] OR
schizonticides[Title/Abstract])
Concept 2 ("Toxoplasmosis"[Mesh] OR toxoplasm*[Title/Abstract])
Concept 3 ("Hematopoietic Stem Cell Transplantation"[Mesh] OR Hematopoietic Stem Cell
Transplantation[Title/Abstract])
Advanced > History #1 AND #2 AND #3
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 35Stratégie de recherche systématique Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 36
Quelques fonctionnalités
dans
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 37Les filtres de recherche (limites)
À partir de la page des résultats
Raffinez rapidement les résultats de recherche (langue, âge,
date de publication, etc.)
Les filtres sont des termes issus du vocabulaire contrôlé (MeSH)
/ 38
Attention! Show = affichage et non sélection.Exercice 5 – Recherche avec les
filtres de recherche
Combien trouvez-vous d’articles en français
sur le métabolisme du cancer du cerveau?
"Brain Neoplasms/metabolism"[Mesh]
Filters : French
= 307 résultats
Utilisez la recherche MeSH et les filtres
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 39Les filtres cliniques (Clinical Queries) À partir de la page d’accueil Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 40
Les filtres cliniques (Clinical Queries) Permettent de répondre rapidement aux questions cliniques Les études cliniques publiées dans les périodiques concernent : > le diagnostic (Diagnosis) > les causes (Etiology) > le traitement (Therapy) > le pronostic (Pronosis) > les données prédictives d’une maladie (Clinical prediction guides) Exemple : Je cherche des articles dont le sujet est le diagnostic de l’obésité pédiatrique. Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II DÉMO / 41
Les filtres cliniques (Clinical Queries)
Critères de sensibilité et spécificité :
• Narrow / specific search : recherche étroite, seuls les
articles les plus pertinents sont retenus.
OU
• Broad / sensitive search: recherche plus large, les
articles pertinents et articles connexes.
/ 42Exercice 6 - Recherche avec les
«Clinical Queries»
Combien trouvez-vous d’articles sur le pronostic des vétérans
des forces armées qui souffrent du trouble de stress post-
traumatique?
(filtre narrow/ recherche spécifique)
(Post traumatic stress disorder veterans) AND
(Prognosis/Narrow[filter]) = 413 résultats
(Ptsd veterans) AND (Prognosis/Narrow[filter]) = 481 résultats
Utilisez les PubMed Clinical Queries.
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 43Obtenir le texte de l’article Le bouton permet d’accéder aux abonnements de la bibliothèque. Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 44
Single Citation Matcher Retrouver un article à partir d’éléments bibliographiques (titre, revue, auteur(s), etc.). Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 45
Compte NCBI Principaux avantages: > Gratuit! > Sauvegarder vos recherches. > Recevoir des alertes par courriel mentionnant les nouveaux articles publiés sur votre sujet, de façon quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle. > Personnaliser l’interface de PubMed. Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 46
Cochrane Library: structure, thésaurus, syntaxe et principales fonctionnalités Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 47
Cochrane Library
Qu’est-ce que c’est?
> Collection de bases de données contenant des données factuelles (evidence-based) sur les
effets des soins de santé. L’objectif est d’aider les professionnels de santé à prendre de
bonnes décisions lors de leurs interventions cliniques.
− Cochrane Database of Systematic Reviews : Revues systématiques d’études sur les effets des
interventions cliniques et d’études de méthodologie empirique (7885 revues systématiques et 2439
protocoles de revues systématiques).
− Cochrane Central Register Controlled Trials (CENTRAL) : Registre de références d’essais cliniques
randomisés. Ne contiens pas le plein texte des articles. (1 300 023 essais cliniques)
− Cochrane Clinical Answers : Point d’entrée au contenu de Cochrane pour les professionnels de la
santé en exercice. Conçu pour être utile lors de la prise de décision clinique. (1906 entrées)
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 48Recherche
Simple
Avancée
/ 49
DÉMOStructure d’une notice
Titre :ti
Résumé :ab
Vocabulaire contrôlé :kw
/ 50MeSH
Accès au thésaurus de Cochrane
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 51MeSH
Accès au thésaurus de Cochrane
Sélectionner les options
voulues et cliquer sur «Add
to search manager»
Manager».
/ 52Recherche complexe/combiner
les recherches
L’historique de
recherche ne se fait
pas automatiquement.
Vous devez cliquer sur
«Sent to search
Manager» à chacune
des recherches que
vous voulez combiner.
/ 53Exercice 7 – Recherche Cochrane
Est-ce que les vaccins sont efficaces pour Est-ce que la sertraline est un traitement
prévenir la grippe (influenza) chez les efficace pour les patientes vivant une dépression
enfants en santé? post-partum, comparée à un placebo?
«Chez les enfants âgés de 3 à 16 ans, les vaccins “Women with PMD [postpartum depression] are
antigrippaux vivants réduisent probablement le more likely to have a remission of their
risque de contracter la grippe (preuves de certitude depression with sertraline treatment, a finding
modérée) et peuvent réduire le risque de contracter that is more pronounced in women who have
un syndrome grippal (preuves de faible certitude) au onset of depression within 4 weeks of childbirth.”
cours d'une saison grippale unique ». Référence: Hantsoo L, Ward-O'Brien D, Czarkowski KA,
Référence: Vaccines for preventing influenza in healthy children, Gueorguieva R, Price LH et Epperson CN. 2014. A randomized,
Février, 2018 placebo-controlled, double-blind trial of sertraline for postpartum
depression. Psychopharmacology 231(5), 939-48.
Trouvez un Cochrane Review. Trouvez un Trial.
Bibliothèque de l’Université Laval > Épidémiologie et lecture critique II / 54Merci !
Questions ?
Bibliothécaire-conseil Service de clavardage
Chantal Beauregard
chantal.beauregard@bibl.ulaval.ca
Offert aux heures d'ouverture du
service d'aide à la recherche.Vous pouvez aussi lire
