PROGRAMME 2018-2019 FORMATION DOCTORALE - Enseignement et Formations

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PROGRAMME 2018-2019 FORMATION DOCTORALE - Enseignement et Formations
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E D 2 2 7 « SCIENCES DE LA NATURE ET DE L’HOMME : EVOLUTION ET
                         ECOLOGIE »

                  FORMATION DOCTORALE
            PROGRAMME 2018-2019

                                                             1
TABLE DES MATIERES

COMMENT CHOISIR VOS MODULES ?.............................................................................................. 3

   COMMENT S’INSCRIRE ? ........................................................................................................... 3

ANGLAIS SCIENTIFIQUE            .............................................................................................................. 4
BIODEMOGRAPHY ......................................................................................................................5

CAREER DEVELOPMENT FOR DOCTORS                       ......................................................................................... 6
L’INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE POUR LA THESE ........................................................... 7

R ............................................................................................................................................   8
EPIGENETIQUE ET ADAPTATION CELLULAIRE ................................................................................. 10

INTRODUCTION A LA BIOGEOGRAPHIE : CONCEPTS ET METHODES .................................................... 12

MECANISMES DE L’EVOLUTION ................................................................................................... 13

MODELES DE PREDICTION DE REPARTITION ET CHANGEMENTS CLIMATIQUES ...................................... 15

MICROBIODIVERSITE, ENTRE ECOSYSTEMES,EVOLUTION ET SOCIETE................................................. 16

DESSIN SCIENTIFIQUE................................................................................................................ 17

LA PHYLOGENIE : SUPPORT A L'ANALYSE DE L'EVOLUTION. .............................................................20

IMAGERIE SCIENTIFIQUE ............................................................................................................20

INITIATION A LATEX .................................................................................................................. 23

COMMENT REDIGER SA THESE (ET D'AUTRES DOCUMENTS) EN LATEX ................................................ 23

LA TAXONOMIE INTEGRATIVE A L’ERE DES « BIG DATA » .................................................................                         24
VALORISATION DES TRAVAUX DE RECHERCHE ET TECHNOLOGIES DU VIVANT ..................................... 26

SCIENTIFIC GRANT WRITING (IN ENGLISH) ..................................................................................... 27

LINGUISTIQUE, SOCIOLINGUISTIQUE, ETHNOLINGUISTIQUE: ...........................................................                             28
LA LANGUE DANS TOUS SES ETATS .............................................................................................                 28
SCIENCES PARTICIPATIVES ........................................................................................................ 29

STATISTIQUES MULTIVARIEES ..................................................................................................... 30

COULEURS : DES SCIENCES PHYSIQUES AUX SCIENCES HUMAINES                               ....................................................... 32
GEO MATERIAUX PRECIEUX ET DIVERSITES CULTURELLES ................................................................ 34

LE    MUSEUM         NATIONAL D’HISTOIRE                 NATURELLE, OBJET                D’HISTOIRE : RECHERCHES, HOMMES,
INSTITUTIONS, PATRIMOINE, ENSEIGNEMENT                        ............................................................................... 36
LE GENRE HOMO, SES EVOLUTIONS, L'EMERGENCE DE SAPIENS ........................................................ 38

UTILISATIONS INNOVANTES DES COLLECTIONS NATURALISTES DANS LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE                                                   ...... 40
MODULE DE BIOLOGIE DE LA CONSERVATION POUR LES NON ECOLOGUES ........................................                                       44
MORPHOMETRIE ET ANALYSE DES FORMES ...................................................................................45

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COMMENT CHOISIR VOS MODULES ?
Pendant vos trois années de doctorat, vous devez valider au moins quatre modules d'enseignement de 18
heures minimum ou plus de quatre pour un total de 72 heures.
Le nombre de modules de formation pouvant être suivis n'est pas limité, vous pouvez assister à autant de
séminaires que nécessaire à condition que l'inscription se fasse en accord avec votre directeur de thèse.

Votre plan de formation doit obligatoirement comprendre :
     3 modules techniques et/ou d’insertion professionnelle dont obligatoirement 1 module d'insertion
         professionnelle.
     1 module d'ouverture à d'autres disciplines, de préférence éloigné de votre sujet de thèse.

Pour vous aider à vous repérer, chaque module est clairement identifié

          PRO                     OUVERTURE                     TECHNIQUE

Peuvent également compter comme un module professionnalisant ou technique :
   - L'implication pour une année au moins au sein du bureau d'une association en lien avec les activités et
       thématiques de l'ED. Attention, votre demande doit être préalablement acceptée par l'ED.

    -   La participation à des évènements grands publics à condition d'avoir participé à l'organisation de
        l'évènement et d'être intervenu auprès du public. Un module technique sera validé pour la participation
        active à 3 évènements.

    -   L'organisation d'un colloque, d'un congrès ou d'une mission de terrain important peut également être
        validée comme un module de formation. Attention, la participation à un congrès ou colloque pour
        présenter ses travaux de thèse ne sera pas validée comme un module car cela fait partie du travail
        de recherche et de diffusion scientifique du doctorant.

Si vous avez des doutes sur la validation d'un module que vous souhaitez suivre, n'hésitez pas à contacter la
coordinatrice de l'ED : Anaïs Ranera (aranera@mnhn.fr)

COMMENT S’INSCRIRE ?

1/ consultez le programme des modules de l'école doctorale 227 pour 2016-2017 (téléchargeable ci-dessous)
2/ contactez directement le responsable de module choisi
3/ le formateur vous remet une attestation de participation que vous devrez transmettre à l'ED pour validation
de votre module.

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TABLE DES MATIERES
                                                                                                           TECHNIQUE

                                     ANGLAIS SCIENTIFIQUE
Le jeudi de 14h à 17h
Du 11/10/2018 au 13/12/2018 et 10/1/2019 au 28/3/2018

RESPONSABLES : Jill BARGIEL
DEPARTEMENT : Direction de l’enseignement, de la pédagogie et des formations
ADRESSE : 47 rue Cuvier, CP 27
TEL : 01 40 79 54 02
COURRIEL : jill.bargiel@mnhn.fr
LIEU DE LA FORMATION : Pavillon de la Baleine
_________________________________________________________________________________________________________________
PRESENTATION DU MODULE
Ce cours vise à préparer ses participants pour leur vie professionnelle de chercheurs en fournissant les
compétences linguistiques nécessaires à plusieurs domaines de l’anglais scientifique. Le contenu porte à la fois
sur les compétences passives telles que la compréhension écrite et orale ainsi qui les compétences actives, les
activités d’expression orale et écrite ; les présentations scientifiques, les discussions table ronde, les débats, etc.
Entre autres, les étudiants apprennent à :
aborder un texte scientifique ;
rédiger un article scientifique en anglais ;
faire une communication en anglais ;
répondre aux questions sur leur recherche et parler de leur recherche, tant dans des situations formelles
qu’informelles.
_________________________________________________________________________________________________________________
CONDITIONS DE VALIDATION DE CE MODULE
Les étudiants devront avoir été présents pendant un minimum de 24 heures et avoir complété l’une des tâches
mentionnées ci-dessous.
1) Réalisation d’un poster scientifique en anglais
2) Présentation orale sur PowerPoint d’un sujet de recherche en anglais
3) Rédaction d’un rapport de recherche en anglais
4) Une rédaction en anglais proposée par l’étudiant et agréée au préalable par l’enseignant.
Avec la pré-validation du coordinateur, jill.bargiel@mnhn.fr, il y a une possibilité de partager les heures
obligatoires entre deux séances.

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OUVERTURE
TABLE DES MATIERES

                                         BIODEMOGRAPHY

Du 26 au 30 Novembre 2018

RESPONSABLES : Samuel Pavard
UNITE DE RECHERCHE : UMR 7206 Eco-anthropologie et Ethnobiologie
DEPARTEMENT : Homme & Environnement
ADRESSE : Musée de l’Homme, 17 place du Trocadéro, 76016 Paris
TEL : 01 44 05 73 07
COURRIEL : samuel.pavard@mnhn.fr
LIEU DE LA FORMATION : Musée de l’homme
_________________________________________________________________________________________________________________
PRESENTATION DU MODULE
Objectives: To provide students with theoretical and empirical knowledge on the evolution of growth,
reproduction and survival in humans. To understand how human societies have incorporated genetic, biological
and behavioural traits into the construction of their social organizations.
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PROGRAMME

Lundi 26 Novembre 2018
09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Population biology and life-history theory
14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Measures and models in evolutionary demography

Mardi 27 novembre 2018
09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Humans among mammals and primates
14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Human demographic history

Mercredi 28 novembre 2018
09h30 à 12h30 Samuel Pavard – Infant and child growth and survival
14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Adult reproductive life

Jeudi 29 novembre 2018
09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Old ages and senescence: biology and ecology
14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Old ages and senescence: evolutionary theory

Vendredi 30 novembre 2018
09h30 à 12h30 – Gilles Pison Observatoire de population et santé au Sénégal

                                                                                                                    5
PRO
TABLE DES MATIERES

                      CAREER DEVELOPMENT FOR DOCTORS

Le mardi, le mercredi et le vendredi de 9h à 17h le 11-12/12/2018 et le 14/12/2018
Le mardi, le mercredi et le vendredi de 9h à 17h le 19-20/2/2018 et le 22/2/2018
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RESPONSABLE : Jill BARGIEL
DEPARTEMENT : Direction de l'Enseignement et de la Formation
ADRESSE : 47 rue Cuvier, CP 27
TEL : 01 40 79 54 02
COURRIEL: jbargiel@mnhn.fr
LIEU DE LA FORMATION : Jardin des Plantes
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PRESENTATION DU MODULE
L’atelier a pour objectif de préparer les doctorants à la présentation de son projet professionnel en anglais. Ils
seront menés à créer un CV académique en anglais, un résumé pour le recrutement dans le privé ainsi que
développer sa présentation de soi-même, son recherche et d’autres projets professionnels d’après les recruteurs
et les collègues académiques.
Le doctorant prépara un entretien et/ou un pitch et participera au jury de paires.
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PROGRAMME:

Tuesday - Job sites and your online profile - Educational Background: Writing your Academic CV Wednesday -
Professional Introduction & Interviewing techniques - Individual Mock Interviews Thursday - Presenting your
research – Introduction to Job Talks & Chalk Talks - Pitching your thesis research & Job Talk Presentation

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TECHNIQUE
TABLE DES MATIERES

             L’INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE POUR LA THESE

Date à déterminer : 1 demi-journée par semaine entre mars et mai

RESPONSABLES : Marion Brunetti – Magali Morvan
DEPARTEMENT : Direction des bibliothèques et de la documentation
ADRESSE : 38 rue Geoffroy Saint Hilaire 75005 Paris
TEL : 01.40.79.37.41
COURRIEL : marion.brunetti@mnhn.fr
LIEU DE LA FORMATION :
Bibliothèque centrale
38 rue Geoffroy Saint Hilaire
75005 Paris
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PRESENTATION DU MODULE:
L’objectif de ce module est de permettre aux doctorants de maîtriser les enjeux de l’information scientifique et
technique, que ce soit du point de vue de la recherche d’information, de la citation ou de la publication.
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PROGRAMME :

Trouver des publications scientifiques (3h)
Utiliser efficacement la base Web of science (3h)
Mettre en place une veille documentaire (3h)
Maîtriser son identité numérique et valoriser son travail de recherche (3h)
Gérer ses références et éditer ses bibliographies avec Zotero (2h)
Comprendre le droit d’auteur (2h)
Publier en open access (2h)

                                                                                                                   7
TECHNIQUE
TABLE DES MATIERES

                                                         R
Du 28 janvier au 01 février 2019

RESPONSABLES ET INTERVENANTS : Jérôme SUEUR (Maître de Conférences, MNHN)
UMR 7205 « Institut de Systématique Evolution Biodiversité »
Tél : 01 40 79 33 98 ; courriel : sueur@mnhn.fr
Loïc PONGER (Maître de Conférences, MNHN)
UMR 7196 « Régulation et Dynamique des Génomes »
Tél : 01 40 79 36 97 ; courriel : ponger@mnhn.fr
INTERVENANTS :
Christophe POUZAT (CR CNRS, Université Paris 5) UMR 8145 « Mathématiques Appliquées »
Maxime LAHOURNAT (Doctorant ONCFS MNHN) UMR 7204 « Centre d'Ecologie et des Sciences de la
Conservation »
LIEU : salle informatique de Phanérogamie
INSCRIPTION : obligatoire sur : http://formulaires.mnhn.fr/

OBJECTIFS
R est un environnement pour l'analyse de données majoritairement utilisé par la communauté scientifique. Il est
disponible gratuitement sur toutes les plates-formes. Accompagné de plus de 9 000 librairies annexes, il permet
des analyses dans presque tous les domaines scientifiques. Extrêmement puissant mais peu convivial, son
utilisation demande un certain temps d'adaptation. Cette formation est donc destinée aux personnes n'ayant
jamais utilisé R. Ce module a pour objectif de rendre les participants autonomes pour l'analyse simple et avancée
de leurs propres données.

PROGRAMME

Lundi 28 janvier 2019

9h30 à 12h30 : Jérôme SUEUR
Gestion des données : installation de la base, installation des packages, structure, fonctionnement, classes et modes
des objets, arguments des fonctions, indexation des objets

14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR
Gestion des données (suite) : comment trouver de l'aide, import et export des données, récurrence et conditions,
écriture d'une fonction

Mardi 29 janvier 2019

9h30 à 12h30 :Jérôme SUEUR
Graphiques : principe, librairies dédiées, fonctions graphiques de base (nuages, profils, diagrammes en bâton,
histogrammes, boîtes à moustaches, camembert, ...), fonctions graphiques accessoires (axes, légendes, étiquettes,
polygones, ...)

14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR
Graphiques (suite) : fonctions paramétriques (couleurs, marges, police, ...), mises en pages (superposition, division
de la fenêtre), exportation, sauvegarde.

Mercredi 30 janvier 2019
       09h30 à 12h30 : Maxime LAHOURNAT
                         Graphiques avancés avec ggplot2
       14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR
                         Manipulations avancées des objets (fusion, fission conditionnelle, tri)
                         Entrées et sorties, manipulations de fichiers externes

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TABLE DES MATIERES
Jeudi 31 janvier 2019
        09h30 à 12h30 : Christophe POUZAT
                                 Traitement des chaînes de caractères.
                                 Programmation avancée: tests et exécutions conditionnelles, boucles, fonctions
                                 de boucles implicites.
        14h00 à 17h00 : Loïc PONGER
                                 Exemples de tests statistiques uni-bivariés : tests de normalité, tests de
                                 proportions, tests de comparaison de moyennes, test de corrélation, régression
                                 linéaire

Vendredi 01 février 2019
       09h30 à 12h30 : Loïc PONGER
                               Exemples d'analyses multivariées : ACP, LDA, clustering,
       14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR, Loïc PONGER
                               Atelier sur projets personnels

                                                                                                             9
OUVERTURE
TABLE DES MATIERES

                         EPIGENETIQUE ET ADAPTATION CELLULAIRE

Du 9 au 11 avril 2019

RESPONSABLES : Marie-Noelle LOMBARD (DR es Sciences) et Lamis CHAMAS (Doctorante
MNHN)
UNITE DE RECHERCHE : UMR 7221 « Evolution des régulations endocriniennes »
DEPARTEMENT : « Adaptation du Vivant »
ADRESSE : 7 rue Cuvier, 75005 PARIS.
TEL : 06 04 15 95 42 / 01 40 70 36 06 / 01 40 79 38 28 ; Fax : 01 40 79 36 18
COURRIEL : mlombard@mnhn.fr / lamis.chamas1@edu.mnhn.fr
LIEU : Bibliothèque de Physiologie, 7 rue Cuvier, 1er étage.

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PROGRAMME

Mardi 9 avril 2019
9h40 : Dr Marie-Noëlle LOMBARD, MNHN, Paris.
Introduction générale, tour de table : présentation des participants
10h - 11h15 : Dr Pierre-Antoine DEFOSSEZ, Université Paris 7, CNRS UMR 7216, Paris.
Méthylation de l’ADN, prolifération et différentiation cellulaire
11h15 - 11h25 : Discussion
11h25 - 12h45 : Dr Laurent SACHS, MNHN, CNRS UMR 7221, Paris
Organisation 3D du noyau cellulaire
12h45 - 13h : Discussion
14h15 - 15h15 : Dr Anne GABORY, INRA UMR 1198, Jouy en Josas
Plasticité de l’épigénome en fonction de l’environnement maternel : origines développementales de la santé
15h15 - 15h30 : Discussion
15h30 - 16h45 : Dr Claire ROUGEULLE, Université Paris Diderot, CNRS UMR 7216
Inactivation du chromosome X chez les mammifères
16h45 - 16h45 : Discussion

Mercredi 10 avril 2019
9h00 - 10h15 : Dr Slimane AIT-SI-ALI, Université Paris 7, CNRS UMR 7216
Rôle des histones lysines méthyltransférases dans les réponses cellulaires aux signaux de différentiation
10h25 - 11h30 : Dr Paola ARIMONDO, Institut Pasteur Paris
Reprogrammation des cellules par des inhibiteurs épigénétiques
11h30 - 11h40 : Discussion
11h40 – 12h50 : Dr Stéphane MAURY, Université d'Orléans, INRA, LBGC, Orléans.
Epigénétique et adaptation des arbres aux changements climatiques
12h50 – 13h : Discussion
14h15 - 15h30 : Dr Philippe BASTIN, Institut Pasteur, Paris.
Contrôle épigénétique d’un changement de vie chez les Trypanosomes
15h30 – 15h40: Discussion
15h40 - 17h : Dr Jean-Baptiste FINI, MNHN, CNRS UMR 7221
Epigénétique et perturbateurs endocriniens
17h - 17h15 : Discussion

Jeudi 11 avril 2019
9h15 - 10h30 : Dr Sophie POLO, Université Paris 7, CNRS UMR 7216, Paris.
Epigenome maintenance in response to DNA damage
10h30 - 10h40 : Discussion
10h40 – 12h : Dr Frédérique PERONNET, DR CNRS, Laboratoire de Biologie du développement, IBPS

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TABLE DES MATIERES
Polycomb cell memory and developmental stability
12h- 12h15 : Discussion
14h00 - 15h10 : Dr Christophe LAVELLE, MNHN UMR 7196, Sorbonne Université
La mécanique des génomes
15h10 - 15h20 : Discussion
15h30 à 16h45: Dr Jian-Sheng SUN, MNHN USM 503, CNRS UMR 7196, Paris.
When histone deacetylase inhibitors meet DNA repair inhibitors
16h45 - 17h : Discussion et débat général

                                                                            11
OUVERTURE
TABLE DES MATIERES

           INTRODUCTION A LA BIOGEOGRAPHIE : CONCEPTS ET METHODES
Du 20 au 24 mai 2019                                                                                           TECHNIQUE
_________________________________________________________________________________________________________________
RESPONSABLES : Maud MOUCHET (MC MNHN) et Boris LEROY (MC MNHN)
UNITE DE RECHERCHE : UMR 7204 CESCO (MM) et UMR 7208 BOREA (BL)
DEPARTEMENT : HE (MM) et AV (BL)
ADRESSE : 43 rue Buffon, CP135, 75005 Paris
TEL : 01 40 79 80 07 ; courriel : maud.mouchet@mnhn.fr
TEL : 01 40 79 31 68 ; courriel : boris.leroy@mnhn.fr
LIEU : Salle Claude Hélène
Inscription obligatoire par mail (maud.mouchet@mnhn.fr), nombre de places limitées
_____________________________________________________________________________________________________
OBJECTIFS :
Offrir une présentation des théories émises pour expliquer les patrons macro-écologiques de biodiversité et des
méthodes utilisées (indicateurs, modèles de niche, réseaux de cooccurrences)
_________________________________________________________________________________________________________________
PRE-REQUIS :
Bases de programmation sous R (indispensable)
Un ordinateur portable pour les cours pratiques
_____________________________________________________________________________________________________
PROGRAMME
Lundi 20 mai 2019
9h30 à 12h : Maud MOUCHET
Introduction à la biogéographie : hypothèses macro-écologiques, règles d’assemblage, diversités spécifique,
phylogénétique et fonctionnelle
14h à 17h : Maud MOUCHET
TD-TP sur les indicateurs couramment utilisés en biogéographie et mise en application
Mardi 21 mai 2019
10h00 à 12h : Sandrine PAVOINE
Evaluation quantitative de la biodiversité à large échelle et diversité β
14h à 17h : Maud MOUCHET
TP : Tester les grandes hypothèses macro-écologiques sur un jeu de données, identifier les règles d’assemblages à
différentes échelles
Mercredi 22 mai 2019
9h30 à 12h : Boris LEROY
Les répartitions géographiques des espèces : patrons et processus
14h à 17h : Boris LEROY
TP analyse et modélisation des aires géographiques des espèces
Jeudi 23 mai 2019
9h30 à 12h : Boris LEROY
Les grandes régions biogéographiques : concepts, hypothèses, observations et méthodes
14h à 17h : Boris LEROY
TD-TP Délimitation de régions biogéographiques par l’analyse de la diversité beta et analyse des réseaux
biogéographiques
Vendredi 24 mai 2019
9h à 10h30 : Charles THEVENIN
Conservation et biogéographie : comment les réintroductions animales réussissent-elles à restaurer la diversité
phylogénétique et fonctionnelle ?
10h45 à 12h15 : Marine ROBUCHON
Biogéographie des gènes et des espèces : complémentarité des approches et apports à la compréhension des
processus
14h à 17h : Maud MOUCHET et Boris LEROY
TP facultatif : les participants le souhaitant pourront mettre en pratique les connaissances acquises sur leur propre
jeu de données

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OUVERTURE
TABLE DES MATIERES

                                   MECANISMES DE L’EVOLUTION
Du 13 au 17 mai 2019
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RESPONSABLE : Sarah Samadi (PR MNHN),
UNITE DE RECHERCHE : UMR 7205, ISyEB
DEPARTEMENT : Département Systématique et Evolution
ADRESSE : 43 rue Cuvier 75005 Paris
TEL : 01 40 79 37 59     ; sarah.samadi@mnhn.fr
CO-RESPONSABLES : Patrice David (DR CNRS, Montpellier) & Anouk Barberousse (PR Sorbonne
Université)
LIEU : Salle Claude Hélène

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OBJECTIFS :
Ce module est organisé en demi-journée centré sur un seul thème. Chaque demi-journée comprendra un exposé
formel de la thématique abordée par un intervenant (1h30), puis une présentation par les étudiants inscrits au
module de travaux récents choisis par le ou les intervenants de cette thématique (1h30) et s’achèvera par une
discussion générale selon un axe prédéfini (30min). Les étudiants inscrits au module recevront en avance la liste
des articles par thème. Chaque étudiant inscrit devra choisir un thème et présenter un ou plusieurs des articles
qui y seront attachés. La liste des articles qui avaient été retenus pour le module en 2014 est consultable sur le
site web https://sites.google.com/site/mecanismesdelevolution/documents

Liste non exhaustive des intervenants potentiels: Frédéric Austerlitz (CNRS, MNHN Paris), Anouk Barberousse
(Sorbonne Université, Paris), Patrice David (CNRS, Montpellier), Vincent Debat (MNHN, Paris), Marianne Elias
(CNRS, MNHN Paris), Violaine LLaurens (CNRS, MNHN Paris), Manuela Lopez-Villavincencio (MNHN, Paris), Sarah
Samadi ( MNHN, Paris), Paul Verdu (CNRS, MNHN Paris).
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PROGRAMME
Lundi 14 mai 2018

8h30-12h30 – Introduction historique : de Darwin à la biologie évolutive du 21ième siècle en passant par la théorie
synthétique.
Axe de la Discussion : décrire vs expliquer l’histoire du vivant
14h-18h – Origine des variations
Axe de la Discussion : origine moléculaires des « innovations »
Mardi 15 mai 2018
8h30-12h30 – Dérive génétique ou le tri aléatoire des variants par les processus démographiques (la
« mécanique » de la dérive, théorie de la coalescence, horloge moléculaire.)
Axe de la Discussion : Peut-on reconstruire l’histoire démographique des populations ?

14h-18h – Sélection Naturelle ou « quand les dés sont pipés » (les différents modes de la SN, la difficulté à la
mettre en évidence, interaction entre dérive et sélection …)
Axe de la Discussion : la notion de fonction en biologie
Mercredi 16 mai 2018
8h30-12h30 – L’individu et ses gènes, un gène n’évolue pas seul (les interactions entre les gènes, background
sélection, …)
Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’un organisme ?
14h-18h – Des gènes aux caractères (génétique quantitative, évo-dévo à l’échelle micro et macro évolutive).
Axe de la Discussion : fardeau historique et contingence
Jeudi 17 mai 2018
8h30-12h30 – Quand les règles du jeu changent (effet de la variabilité spatiale et temporelle de l’environnement
physique et biotique sur l’évolution des organismes)
Axe de la Discussion : explication évolutive de la plasticité phénotypique…
13h30-17h30 – Evolution du sexe (recombinaison vs reproduction, diversité des modalités du sexe, diversité des
mécanismes qui expliquent le maintien du sexe, …)

                                                                                                                    13
TABLE DES MATIERES
Axe de la Discussion : rôle d’une sélection d’espèces dans l’évolution du sexe
Vendredi 18 mai 2018
8h30-12h30 – Spéciation : diversité des processus expliquant la cladogenèse.
Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’une espèce du point de vue de la Théorie de l’évolution ?
14h-18h – En quoi la théorie de l’évolution est-elle bien une théorie ?
Axe de la Discussion : La théorie de l'évolution doit-elle être repensée ?

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TECHNIQUE
TABLE DES MATIERES

   MODELES DE PREDICTION DE REPARTITION ET CHANGEMENTS CLIMATIQUES
Du 25 au 28 mars 2019
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RESPONSABLES : Boris Leroy
UNITE DE RECHERCHE : UMR 7208 BOREA
DEPARTEMENT Adaptations du Vivant
ADRESSE : 43 rue Cuvier CP 26 3e étage 75005 Paris
TEL : 01 40 79 31 68
COURRIEL : boris.leroy@mnhn.fr
LIEU DE LA FORMATION : Bâtiment de la Baleine, Salle BALEINE 1
_________________________________________________________________________________________________________________
Objectifs :
Fournir les outils pour utiliser les modèles de niche (modèles de prédiction de répartition,
modèles d’habitat) en autonomie sous R.
Aspects théoriques : Apprendre les bases théoriques des modèles de prédiction de
répartition, les pré-requis en termes de données et l’interprétation dans les limites des
hypothèses sous-jacentes.
Aspects pratiques : Apprendre à préparer ses données sous le logiciel R, calibrer les modèles,
utiliser les techniques de modélisation d’ensemble, faire les cartes de répartitions, analyser
les impacts modélisés des changements climatiques.
Pré-requis :
Bonne connaissance du logiciel R, bases de programmation sous R.
Avoir suivi un module d’ED sur R est très fortement recommandé
Un ordinateur portable pour les cours pratiques
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PROGRAMME :
Lundi 25 mars 2019 :
9h30-12h : cours théorique sur les modèles de niches, introduction des bases et concepts
nécessaires pour les utiliser correctement
14h-17h30 : acquisition et préparation des données sous R pour la modélisation
Mardi 26 mars 2019 :
9h30-12h : calibration et évaluation des modèles, affichage de cartes simples
14h-17h30 : modélisation d’ensemble, projection des répartitions prédites d’espèces
Mercredi 27 mars 2019 :
9h30-12h : analyse des modèles, génération de figures (cartes, réponses aux variables
environnementales)
14h-17h30 : sélection des variables environnementales
Jeudi 28 mars 2019 :
9h30-12h30: prédiction des impacts des changements climatiques, évaluation des
incertitudes
14h-17h30 : programmation des modèles pour plusieurs espèces

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OUVERTURE
TABLE DES MATIERES

         MICROBIODIVERSITE, ENTRE ECOSYSTEMES,EVOLUTION ET SOCIETE

Du 27 au 29 mai 2019
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PROGRAMME :
lundi 27 mai 2019
9h - 10h :         Laurent PALKA (MNHN)
                   Introduction au module et présentation des doctorant(e)s
10h15 - 11h15 : Pascal LOPEZ (MNHN)
La microbiodiversité en milieu urbain
11h30 - 12h30 : Marc-André SELOSSE (MNHN)
De l'animal au végétal: les micro-organismes aux commandes
14h - 15h :        Lucie BITTNER (Université Pierre et Marie Curie)
Exploration de la diversité microbienne avec l'expédition Tara Océans
15h15 - 16h15 : Laurent PALKA (MNHN)
Diversité et fonctions des micro-organismes du sol
mardi 28 mai 2019
9h - 10h :         Jean-Paul SAINT MARTIN (MNHN)
Les archives géologiques de la microbiodiversité
10h15 - 11h15 : Morgan GAIA (Institut Pasteur)
La place des virus dans l’évolution
11h30 - 12h30: Olivier TENAILLON (INSERM)
Quel potentiel évolutif chez les micro-organismes
14h - 15h :        Thomas HEAMS (AgroParisTech)
Evolution dirigée et design rationnel en biologie de synthèse : des approches en compétition ou en synergie ?
15h15 - 16h15 : Nathalie BECKER (MNHN)
Les bactéries endosymbiotiques : contribution à l'évolution des insectes
mercredi 29 mai 2019
9h - 10h :         Cécile BERNARD (MNHN)
Comment les activités humaines modifient la diversité des microorganismes photosynthétiques dans les
écosystèmes aquatiques
10h15 - 11h15 : Muriel GUGGER (Institut Pasteur)
Cyanobactéries, microalgues et biocarburants: du milieu naturel à l'industrie, en passant par le laboratoire
11h30-12h30 : Jacques LIVAGE (Collège de France)
Microbiodiversité et matériaux bioinspirés
14h - 15h :        Philippe LANGELLA (INRA)
                   Les probiotiques et le microbiome humain
15h15 - 16h15: Bernard BODO (MNHN)
Microbiodiversité et substances naturelles: quand les microbes se font chimistes

                                                                                                                    16
TABLE DES MATIERES
                                                                                                          TECHNIQUE

                                      DESSIN SCIENTIFIQUE
Du 24 au 28 juin 2019
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RESPONSABLES DU MODULE
Rémi Berthon - Maître de Conférence du Muséum national d'Histoire naturelle
Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique au Muséum national d'Histoire naturelle
Pascal Le Roch - Professeur de dessin au Muséum national d'Histoire naturelle
UNITÉ DE RECHERCHE
R. Berthon : UMR 7209 Archéozoologie, archéobotanique : sociétés, pratiques et environnements
D. Geffard-Kuriyama : UMS 2700 Outils et Méthodes de la Systématique Intégrative (OMSI)
P. Le Roch : Direction de L'Enseignement et de la Formation (DIREF)
DÉPARTEMENT : Homme et environnement (R. Berthon)
DGD REVE (D. Geffard-Kuriyama, P. Le Roch)
ADRESSES : R. Berthon - CP56 - 55 rue Buffon, 75005 Paris
D. Geffard-Kuriyama - CP39 - 16 rue Buffon, 75005 Paris
TÉL. : 0140795700 (R. Berthon) ; 0140793012 (D. Geffard-Kuriyama) ; 0140795420 (P. Le Roch)
COURRIELS : rberthon@mnhn.fr ; didier.geffard-kuriyama@mnhn.fr ; pascal.le-roch@mnhn.fr
LIEU DE LA FORMATION
Première journée à l'amphithéâtre Rouelle. Communications et ateliers des jours suivants dans les
salles de préfabriqués TP Bio/TP Info et salle des cours de dessin de la Grande Galerie de l'Évolution.
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PRÉSENTATION
Ce module propose un panorama étendu et détaillé de la diversité des techniques et des conventions
utilisées pour le dessin scientifique dans les sciences naturelles.
Il est principalement articulé autour de dix-huit présentations, chacune d'une durée maximum de
quarante-cinq minutes, suivies de discussions, et de trois ateliers d’une demi-journée d'application
des techniques et de réalisations de travaux pratiques ou dirigés (capacité d'accueil limitée à vingt
participants par atelier).
L’accent est donné sur les techniques de dessin scientifique déployées au Muséum national
d’Histoire naturelle en fonction des différents domaines d’étude et de recherche. Les ateliers ont
pour vocation de permettre aux participants d’appliquer immédiatement les acquis dans le cadre de
leurs recherches doctorales. Les communications prises en charge par vingt-quatre intervenants dont
seize du Muséum présentent des monographies, études de cas, exemples illustrés de réalisations et
de spécificités techniques mais aussi, pour certaines, un cadre de réflexion plus méthodologique ou
scientifique, voir épistémologique.
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PROGRAMME
Notre objectif est d'articuler les interventions en fonction des finalités et des publics visés par les
techniques graphiques présentées. Ce qui autorise au besoin plusieurs interventions dans le cadre
d'une même thématique, animée alors par un modérateur. Nous souhaitons ainsi faciliter une mise
en regard des différences de conventions ou de traitements selon les champs disciplinaires en
sciences naturelles et illustrer la grande diversité des approches techniques déployées.
Chaque communication sera suivie d'un temps d'échange, sous la forme de Questions-Réponses.
Toutes ou parties des interventions seront enregistrées dans le projet défini de pouvoir donner lieu à
une synthèse du module sous la forme d'une publication scientifique collective.

Lundi 24 juin
de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h00
Matin
À 9h30 • Introduction et présentation du module par les responsables pédagogiques.
1.) à 9h45 • Dimension(s) du dessin au service des sciences naturelles.
Guillaume Lecointre - Professeur du MNHN, UMR 7205.
2.) à 10h45 • Comment le dessin peut-il contribuer à la constitution des connaissances scientifiques.
Anouk Barberousse - Professeure des Universités, UPMC.
3.) à 11h45 • Lumières et matières : Règles académiques et dessin naturaliste ou scientifique.

                                                                                                                    17
TABLE DES MATIERES
Pascal Le Roch - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Professeur de dessin.
Après-midi
4.) Le dessin scientifique d’inférence : Reconstitutions et vues d'artistes en paléontologie.
Didactique, histoire du paléo-art et muséologie. Modérateur : Rémi Berthon - Archéozoologue.
4a.) à 13h45 • Christine Argot - Paléontologue, Maître de Conférence du MNHN, CR2P UMR 7207 -
& Luc Vives - Chargé de projet, Galerie de Paléontologie et d'Anatomie Comparée, MNHN, Plasticien.
4b.) à 14h45 • Ronan Allain - Paléontologue, Maître de Conférence du MNHN, CR2P UMR 7207 -
& Delphine Zigoni - Illustratrice/Graphiste.
4c.) à 15h45 • Jean-Sébastien Steyer - Paléontologue, Chargé de Recherche CNRS, CR2P UMR 7207.

Mardi 25 juin
de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30
Matin - Communications
5.) Le dessin scientifique d’un article ou d'une publication spécialisée : Conventions et premier
niveau d’interprétation. Modérateur : Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique
5a.) à 9h45 • Sémiologie graphique en science : Communiquer ses résultats par l'image.
Aurélien Miralles - Herpétologiste, Post-Doctorant CNRS, MNHN, UMR 7205.
5b.) à 10h45 • La réalisation dirigée d'une planche de botanique pour publication dans un article.
Ludivine Longou - Adjointe administrative, UMS 2700, Illustratrice à temps partiel.
& Ehoarn Bidault - Botaniste, Consultant du Missouri Botanical Garden au MNHN.
5c.) à 11h30 • Le dessin d'ichtyologie au Muséum.
Samuel Iglésias - Ichtyologiste, Maître de Conférence du MNHN, BOREA UMR 7205.
Après-midi - Atelier (4 heures)
Atelier 1 • Techniques conventionnelles de dessin scientifique - Au choix : Dessin d'observation
directe ou à la chambre claire (camera lucida) montée sur stéréo-microscope (loupe binoculaire).
Encadrants : Jean-François Dejouannet - Dessinateur scientifique, TCN IRD, UMS 2700, MNHN -
& Pascal Le Roch - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Professeur de dessin, MNHN.

Mercredi 26 juin
de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30
Matin - Communications
6.) à 9h30 • Du grand public au laboratoire : Nouveaux usages de la spatialité du dessin scientifique.
Renaud Chabrier - Auteur, Dessinateur, Réalisateur, Chercheur-Doctorant Art & Design (Institut Curie).
7.) à 10h30 • Le dessin naturaliste et scientifique de terrain.
Julien Norwood - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Formateur indépendant.
8.) à 11h35 • Le dessin scientifique assisté par instruments optiques. Investigations à la chambre
claire pour un mémoire de master au Muséum, parcours 'Systématique-Évolution-Paléontologie'.
Ségolène Riamon - Chercheuse-Doctorante en paléontologie (Lyon 2).
9.) à 12h10 • Le dessin scientifique associé à l'imagerie : Une renaissance pour la botanique ?
Julie Zalko - Chercheuse-Doctorante, équipe Morpho-Anatomie, Développement des Plantes (MNHN).
Après-midi - Atelier (4 heures)
Atelier 2 • Vectorisation des dessins de biologie et de fonds de cartes - Dessin scientifique vectoriel
sous Inkscape (logiciel gratuit et libre de droits).
Encadrants : Laurence Billault - Dessinatrice/Infographiste, ASI IRD, UMR PALOC, Département HNS,
MNHN - & Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique, TCE ITRF, UMS 2700, MNHN.

Jeudi 27 juin
de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30
Matin - Communications
10.) à 9h30 • Comprendre les instructions aux auteurs pour les figures des publications du Muséum.
Emmanuel Cotez - Responsable des périodiques du MNHN, IE ITRF.
11.) à 10h45 • Publication et reproduction des dessins scientifiques dans les articles : Questions
éditoriales et d'usage académique.
Laurence Bénichou - Responsable éditoriale des publications scientifiques du MNHN, IR ITRF.
12.) à 11h45 • Biomimétisme, entre recherches et applications, le dessin comme dialogue.

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TABLE DES MATIERES
Chloé Lequette - Chargée de mission Ville biomimétique/régénérative, CEEBIOS.
Après-midi - Atelier (4 heures)
Atelier 3 • Travaux dirigés de mises en page selon les conventions d'usage pour une présentation
assistée, un poster et une planche pour publication en sciences naturelles.
Encadrants : Laurence Billault, Emmanuel Cotez, Didier Geffard-Kuriyama, Chloé Lequette, Julie Zalko.

Vendredi 28 juin
de 9h45 à 12h45 et de 13h30 à 16h30
Matin - Visites guidées
L'atelier des cours de dessin du Muséum : Présentation de travaux d'élèves. Pascal Le Roch.
La bibliothèque centrale et la salle des vélins : Découverte accompagnée. Modalités à préciser, suite
à l'accord de principe donné par le Conservateur général des bibliothèques.
Après-midi - Communications et bilan
13.) à 13h30 • Présentation d’un mémoire d'illustration scientifique et d'un projet de diplôme :
« De Poséidon aux pollutions clandestines », « Chroniques du Phtalate ambulant ».
Monika Moll - Diplômée de l'École Estienne, Diplôme Supérieur d'Art Appliqué (DSAA) en Design
d'Illustration Scientifique, Mention d'excellence.
14.) à 14h30 • Le dessin scientifique assisté et traité par ordinateur, vers une chaine de production
graphique entièrement automatisée ?
Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique au MNHN.
À partir de 15h30 • Table ronde et bilan collectif de clôture.

                                                                                                        19
TECHNIQUE
TABLE DES MATIERES

               LA PHYLOGENIE : SUPPORT A L'ANALYSE DE L'EVOLUTION.
Du 11 au 14 mars 2019
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RESPONSABLE : Eric GUILBERT, MCM
UNITE DE RECHERCHE : UMR7179 MNHN CNRS
DEPARTEMENT : Adaptation du Vivant
ADRESSE : CP50, 45 rue Buffon
TEL : 01 40 79 34 11 ; fax : 01 40 79 56 79 ; e-mail : eric.guilbert@mnhn.fr
LIEU : Salle 1 bat. la Baleine CP27
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PROGRAMME :
Lundi 11 mars 2019
10h00 à 10h45: Eric Guilbert, MC, MNHN, Paris
Accueil et présentation du module
10h45 à 12h00: Simonetta Gribaldo, DR, Institut Pasteur, Paris
Phylogenomic and the Tree of Life
13h00 à 14h30 : Guillaume Lecointre, PR, MNHN, Paris
Qu'est-ce qu'un arbre phylogénétique ? Quels usages pour une catégorisation rationnelle ?
15h30 à 17h00 : Olivier Gascuel, DR CNRS, Institut Pasteur, Paris
Modèles et méthodes pour la reconstruction phylogénétique
Mardi 12 mars 2019
9h30 à 11h00 : Agnès Dettai, MC, MNHN, Paris
Phylogénomique et prise en compte des différents marqueurs en phylogénie
11h15 à 12h45 : Cyrille D'Haese, CR CNRS, MNHN, Paris
La phylogénie... et les avantages de l'optimisation directe.
14h00 à 15h30 : Thierry Wirth, DE2, EPHE-MNHN, Paris
Histoire évolutive de la tuberculose: origine, dispersion et démographie
15h45 à 17h15 : Thierry Wirth, DE2, EPHE-MNHN, Paris
Sexe et virulence chez les bactéries: concepts et conséquences sur les reconstructions phylogénétiques
Mercredi 13 mars 2019
9h30 à 11h00 : Rodolphe Rougerie, MC, MNHN, Paris
Apport des librairies de codes-barres ADN pour la reconstruction phylogénétique
11h15 à 12h45 : Pierre Darlu, DR CNRS, MNHN, Paris
Approches phylogénétiques en linguistique
14h00 à 15h30 : Sandrine Pavoine, MC, MNHN, Paris
Phylogénie et analyse des traits biologiques
15h45 à 17h15 : Marianne Elias, CR CNRS, MNHN, Paris
Phylogénie et structure des communautés: interaction entre espèces et adaptation locale chez les papillons
mimétiques
Jeudi 14 mars 2019
9h30 à 11h00 : Violaine Nicolas-Colin, MC, MNHN, Paris
Facteurs de diversification des petits mammifères en forêt tropicale africaine au cours du Quaternaire
11h15 à 12h45 : Gaël Kergoat, CR, INRA, Montpellier
Inférer les dynamiques de diversification de communautés d'insectes au moyen d'approches phylogénétiques
14h00 à 15h30 : Malika AINOUCHE, PR, Université Rennes 1
Spéciation polyploïde et évolution des génomes
15h45 à 17h15 : Herve Isambert, CR CNRS, Institut Curie, Paris
Duplication de génome, radiation des vertébrés et cancer                                             TECHNIQUE
17h30 à 18h00 : Eric Guilbert, MC, MNHN, Paris
Pratique, Synthèse et bilan du module

                                         IMAGERIE SCIENTIFIQUE

Du 17 juin au 21 juin 2019

                                                                                                                    20
TABLE DES MATIERES
_________________________________________________________________________________________________________________
RESPONSABLE : Patricia WILS (IR UMS 2700)
UNITE DE RECHERCHE : UMS 2700 Outils et Méthodes de la Systématique Intégrative
ADRESSE : 43 rue Buffon 75005 Paris
TEL : 01 40 79 34 03 ; courriel : patricia.wils@mnhn.fr
LIEUX : Salle Baleine 1 pour les cours
         Salle informatique Phanérogamie pour les TPs
         Plateau technique de Microscopie Électronique pour le TP du mardi 18 juin après-midi
Plateau technique de Microscopie Électronique pour le TP du mercredi 19 juin matin
         Atelier d’Imagerie du CR2P (paléontologie) pour le TP du vendredi 20 juin matin
         Synchrotron SOLEIL le vendredi 20 après-midi
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OBJECTIFS :
Apprendre à manipuler, analyser et valoriser des images scientifiques quelle que soit leur source d'acquisition :
photographie numérique, photogrammétrie, numérisation surfacique, microscopie électronique à balayage et
en transmission, tomographie RX, synchrotron et spectrométrie NanoSIMS.
                  Le module propose de présenter un échantillon des principales méthodes et applications
d'imagerie utilisées dans le monde des sciences naturelles et dans un large spectre de domaines de recherche
des muséums. Toute la chaîne de traitement des images sera présentée, depuis la préparation de l’acquisition
jusqu’à la rédaction des résultats.
                  Quatre demi-journées de TP permettront aux étudiants de prendre en main différents logiciels
pour le traitement d'images 2D et 3D, la technique de photogrammétrie et la microscopie électronique.
                  Une visite de plateaux techniques du Muséum est également prévue pour présenter les
équipements accessibles sur site ainsi que le synchrotron Soleil à Saint-Aubin.
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PROGRAMME :
Lundi 17 juin 2019
09h30 à 10h00 : Patricia WILS (MNHN)
Présentation du module
10h00 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN)
TP « 2D » : Bases du traitement d’images numériques. Visualisation et analyse d'images : introduction avec ImageJ
14h00 à 17h00 : Lilian CAZES (MNHN) (sous réserve)
Photogrammétrie : principe et travaux pratiques d'acquisition des données photographiques, traitement des
données, réalisation de modèles surfaciques
Mardi 18 juin 2019
09h30 à 10h30 : Loryelle SESSEGOLO (UPEC) et Lucile GENTAZ (UPEC)
L’imagerie pour l’étude des matériaux du patrimoine culturel : altération des calcaires et des verres
10h30 à 11h30 : François FARGES (MNHN)
Ces pierres qui ont marqué l’histoire de France : scanners, reconstitutions et restitutions
14h00 à 17h00 : Chakib DJEDIAT (MNHN)
TP « Microscopie électronique » : Préparation des échantillons, acquisition et traitement des images, microscope
corrélative
Mercredi 19 juin 2019
09h30 à 11h00 : Géraldine TOUTIRAIS (MNHN)
Visualisation et analyse des échantillons avec la microscopie électronique à balayage
11h00 à 12h00 : Laurent REMUSAT (MNHN)
Imagerie isotopique par NanoSIMS: de la formation du système solaire à la fabrication des squelettes carbonatés
12h00 à 12h30 : visites des plateaux techniques
                   Laurent REMUSAT (MNHN) : plateforme NanoSIMS
14h00 à 15h30 : Marta BELLATO (MNHN) : plateforme AST-RX
La tomographie par rayons X : principe et démonstration
15h30 à 16h30 : Delphine BRABANT (MNHN) : plateforme Surfaçus
La numérisation surfacique : principe et démonstration
Jeudi 20 juin 2019
09h30 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN)

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TABLE DES MATIERES
TP « 3D » première partie : Présentation des logiciels de traitement disponibles au Muséum - Visualisation et analyse
d'images numériques 3D avec ImageJ - Manipulation de données surfaciques avec Meshlab
14h00 à 15h00 : Damien GERMAIN (MNHN)
La complémentarité 2D/3D en paléohistologie
15h00 à 16h00 : Guillaume BILLET (MNHN)
Données virtuelles 3d et applications morphoanatomiques en zoologie et paléontologie
16h00 à 17h00 : Hugo DUTEL (University of Hull – University of Bristol)
Modélisation biomécanique du système musculo-squelettique
Vendredi 21 juin 2019
09h30 à 12h30 : Florent GOUSSARD (MNHN)
TP « 3D » seconde partie : Segmentation d'images 3D avec Mimics -
Fichiers pdf3D
14h30 à 15h30 : Loïc BERTRAND (IPANEMA / Synchrotron SOLEIL)
Méthodes de spectro-imagerie synchrotron : apports à la taphonomie et aux paléoenvironnements
15h30 à 16h00 : Victoria BELTRAN (IPANEMA)
                            Méthodes infrarouges
16h00 à 16h30 : Sebastian SCHOEDER (Synchrotron SOLEIL)
                            PUMA / Micro-imagerie de rayons X
16h30 à 17h30 : visite de la plateforme IPANEMA et du synchrotron SOLEIL

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TECHNIQUE
TABLE DES MATIERES

                                           INITIATION A LATEX
       COMMENT REDIGER SA THESE (ET D'AUTRES DOCUMENTS) EN LATEX
Du 11 au 15 mars 2019
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RESPONSABLES : Loïc Ponger (MCM), et Jérome Sueur (MCM)
Unités de recherche : USM503, MNHN (LP) et USM601, MNHN (JS)
TEL : 01 40 79 36 97 (LP)   ; fax : 01 40 79 37 05 (LP) ; courriel : ponger@mnhn.fr
LIEU : salle informatique du Muséum national d'Histoire naturelle
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OBJECTIFS :
L'objectif de cette formation est de présenter les bases de LaTeX. LaTeX est un langage libre qui est utilisable
sur toutes les plateformes (MacOS, Windows ou Linux). Il se caractérise par la qualité typographique et la
portabilité des documents générés ainsi que par sa capacité à gérer des documents de grande taille. En
revanche, sa prise en main demande un effort non-négligeable. C'est la raison de cette formation ...
Au cours de cette formation, nous prendrons l'exemple de la rédaction d'un manuscrit de thèse mais il faut noter
que la plupart des notions abordées peuvent également être appliquées à la rédaction d'articles ou d'autres
types de documents (posters, rapports, ...).
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PROGRAMME :
Lundi 11 mars 2019
9h30 à 17h* : Loïc Ponger et Jérome Sueur
Les concepts de base de la rédaction d'un document, la mise en pages                               (marges,
polices, titres, ...)
Mardi 12 mars 2019
9h30 à 17h* : Jérome Sueur et Loïc Ponger
La gestion des tableaux, des équations et des figures,
Mercredi 14 mars 2019
9h30 à 17h* : Loïc Ponger et Jérome Sueur
La gestion des références bibliographiques.
Jeudi 15 mars 2019
 9h30 à 17h* : Loïc Ponger et Jérome Sueur
 Les présentations avec LaTeX (Beamer)

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