PROGRAMME 2018-2019 FORMATION DOCTORALE SCIENCES DE LA NATURE ET DE L'HOMME : EVOLUTION ET - Enseignement et Formations
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Retour sommaire E D 2 2 7 « SCIENCES DE LA NATURE ET DE L’HOMME : EVOLUTION ET ECOLOGIE » FORMATION DOCTORALE PROGRAMME 2018-2019 1
COMMENT CHOISIR VOS MODULES ? Pendant vos trois années de doctorat, vous devez valider au moins quatre modules d'enseignement de 18 heures minimum ou plus de quatre pour un total de 72 heures. Le nombre de modules de formation pouvant être suivis n'est pas limité, vous pouvez assister à autant de séminaires que nécessaire à condition que l'inscription se fasse en accord avec votre directeur de thèse. Votre plan de formation doit obligatoirement comprendre : 3 modules techniques et/ou d’insertion professionnelle dont obligatoirement 1 module d'insertion professionnelle. 1 module d'ouverture à d'autres disciplines, de préférence éloigné de votre sujet de thèse. Pour vous aider à vous repérer, chaque module est clairement identifié PRO OUVERTURE TECHNIQUE Peuvent également compter comme un module professionnalisant ou technique : - L'implication pour une année au moins au sein du bureau d'une association en lien avec les activités et thématiques de l'ED. Attention, votre demande doit être préalablement acceptée par l'ED. - La participation à des évènements grands publics à condition d'avoir participé à l'organisation de l'évènement et d'être intervenu auprès du public. Un module technique sera validé pour la participation active à 3 évènements. - L'organisation d'un colloque, d'un congrès ou d'une mission de terrain important peut également être validée comme un module de formation. Attention, la participation à un congrès ou colloque pour présenter ses travaux de thèse ne sera pas validée comme un module car cela fait partie du travail de recherche et de diffusion scientifique du doctorant. Si vous avez des doutes sur la validation d'un module que vous souhaitez suivre, n'hésitez pas à contacter la coordinatrice de l'ED : Anaïs Ranera (aranera@mnhn.fr) COMMENT S’INSCRIRE ? 1/ consultez le programme des modules de l'école doctorale 227 pour 2016-2017 (téléchargeable ci- dessous) 2/ contactez directement le responsable de module choisi 3/ le formateur vous remet une attestation de participation que vous devrez transmettre à l'ED pour validation de votre module. 2
TABLE DES MATIERES Comment choisir vos modules ?............................................................................................................................................................................................................ 1 Comment s’inscrire ? ............................................................................................................................................................................................................................................ 2 ANGLAIS SCIENTIFIQUE ............................................................................................................................................................................................................................................ 4 BIODEMOGRAPHY ........................................................................................................................................................................................................................................................... 5 CAREER DEVELOPMENT FOR DOCTORS ................................................................................................................................................................................................... 6 L’INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE POUR LA THESE..................................................................................................................................... 7 R ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 8 EPIGENETIQUE ET ADAPTATION CELLULAIRE .................................................................................................................................................................................. 10 INTRODUCTION A LA BIOGEOGRAPHIE : CONCEPTS ET METHODES ...........................................................................................................................12 MECANISMES DE L’EVOLUTION ...................................................................................................................................................................................................................... 13 MODELES DE PREDICTION DE REPARTITION ET CHANGEMENTS CLIMATIQUES .............................................................................................. 15 MICROBIODIVERSITE, ENTRE ECOSYSTEMES,EVOLUTION ET SOCIETE ......................................................................................................................16 DESSIN SCIENTIFIQUE ............................................................................................................................................................................................................................................... 17 LA PHYLOGENIE : SUPPORT A L'ANALYSE DE L'EVOLUTION. .............................................................................................................................................20 IMAGERIE SCIENTIFIQUE .........................................................................................................................................................................................................................................21 INITIATION A LATEX ................................................................................................................................................................................................................................................ 23 COMMENT REDIGER SA THESE (ET D'AUTRES DOCUMENTS) EN LATEX.................................................................................................................. 23 LA TAXONOMIE INTEGRATIVE A L’ERE DES « BIG DATA » ................................................................................................................................................... 24 VALORISATION DES TRAVAUX DE RECHERCHE ET TECHNOLOGIES DU VIVANT.......................................................................................... 26 SCIENTIFIC GRANT WRITING (IN ENGLISH) .......................................................................................................................................................................................... 27 LINGUISTIQUE, SOCIOLINGUISTIQUE, ETHNOLINGUISTIQUE: ........................................................................................................................................... 28 LA LANGUE DANS TOUS SES ETATS .......................................................................................................................................................................................................... 28 SCIENCES PARTICIPATIVES ................................................................................................................................................................................................................................. 29 STATISTIQUES MULTIVARIEES ........................................................................................................................................................................................................................30 COULEURS : DES SCIENCES PHYSIQUES AUX SCIENCES HUMAINES............................................................................................................................. 32 GEO MATERIAUX PRECIEUX ET DIVERSITES CULTURELLES................................................................................................................................................. 34 LE MUSEUM NATIONAL D’HISTOIRE NATURELLE, OBJET D’HISTOIRE : RECHERCHES, HOMMES, INSTITUTIONS, PATRIMOINE, ENSEIGNEMENT ......................................................................................................................................................................................................................... 36 LES PARADIGMES NATURALISTES DES ORIGINES D'HOMO SAPIENS DU 19EME AU 21EME SIECLE ......................................................... 38 UTILISATIONS INNOVANTES DES COLLECTIONS NATURALISTES DANS LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE ............................... 40 MODULE DE BIOLOGIE DE LA CONSERVATION POUR LES NON ECOLOGUES ...................................................................................................44 3
TABLE DES MATIERES TECHNIQUE ANGLAIS SCIENTIFIQUE Le jeudi de 14h à 17h Du 11/10/2018 au 13/12/2018 et 10/1/2019 au 28/3/2018 RESPONSABLES : Jill BARGIEL DEPARTEMENT : Direction de l’enseignement, de la pédagogie et des formations ADRESSE : 47 rue Cuvier, CP 27 TEL : 01 40 79 54 02 COURRIEL : jill.bargiel@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Pavillon de la Baleine _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE Ce cours vise à préparer ses participants pour leur vie professionnelle de chercheurs en fournissant les compétences linguistiques nécessaires à plusieurs domaines de l’anglais scientifique. Le contenu porte à la fois sur les compétences passives telles que la compréhension écrite et orale ainsi qui les compétences actives, les activités d’expression orale et écrite ; les présentations scientifiques, les discussions table ronde, les débats, etc. Entre autres, les étudiants apprennent à : aborder un texte scientifique ; rédiger un article scientifique en anglais ; faire une communication en anglais ; répondre aux questions sur leur recherche et parler de leur recherche, tant dans des situations formelles qu’informelles. _________________________________________________________________________________________________________________ CONDITIONS DE VALIDATION DE CE MODULE Les étudiants devront avoir été présents pendant un minimum de 24 heures et avoir complété l’une des tâches mentionnées ci-dessous. 1) Réalisation d’un poster scientifique en anglais 2) Présentation orale sur PowerPoint d’un sujet de recherche en anglais 3) Rédaction d’un rapport de recherche en anglais 4) Une rédaction en anglais proposée par l’étudiant et agréée au préalable par l’enseignant. Avec la pré-validation du coordinateur, jill.bargiel@mnhn.fr, il y a une possibilité de partager les heures obligatoires entre deux séances. 4
TABLE DES MATIERES OUVERTURE BIODEMOGRAPHY Du 26 au 30 Novembre 2018 RESPONSABLES : Samuel Pavard UNITE DE RECHERCHE : UMR 7206 Eco-anthropologie et Ethnobiologie DEPARTEMENT : Homme & Environnement ADRESSE : Musée de l’Homme, 17 place du Trocadéro, 76016 Paris TEL : 01 44 05 73 07 COURRIEL : samuel.pavard@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Musée de l’homme _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE Objectives: To provide students with theoretical and empirical knowledge on the evolution of growth, reproduction and survival in humans. To understand how human societies have incorporated genetic, biological and behavioural traits into the construction of their social organizations. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Lundi 26 Novembre 2018 09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Population biology and life-history theory 14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Measures and models in evolutionary demography Mardi 27 novembre 2018 09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Humans among mammals and primates 14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Human demographic history Mercredi 28 novembre 2018 09h30 à 12h30 Samuel Pavard – Infant and child growth and survival 14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Adult reproductive life Jeudi 29 novembre 2018 09h30 à 12h30 : Samuel Pavard – Old ages and senescence: biology and ecology 14h00 à 17h00 : Samuel Pavard – Old ages and senescence: evolutionary theory Vendredi 30 novembre 2018 09h30 à 12h30 – Gilles Pison Observatoire de population et santé au Sénégal 5
PRO TABLE DES MATIERES CAREER DEVELOPMENT FOR DOCTORS Le mardi, le mercredi et le vendredi de 9h à 17h le 11-12/12/2018 et le 14/12/2018 Le mardi, le mercredi et le vendredi de 9h à 17h le 19-20/2/2018 et le 22/2/2018 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Jill BARGIEL DEPARTEMENT : Direction de l'Enseignement et de la Formation ADRESSE : 47 rue Cuvier, CP 27 TEL : 01 40 79 54 02 COURRIEL: jbargiel@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Jardin des Plantes _________________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE L’atelier a pour objectif de préparer les doctorants à la présentation de son projet professionnel en anglais. Ils seront menés à créer un CV académique en anglais, un résumé pour le recrutement dans le privé ainsi que développer sa présentation de soi-même, son recherche et d’autres projets professionnels d’après les recruteurs et les collègues académiques. Le doctorant prépara un entretien et/ou un pitch et participera au jury de paires. _____________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME: Tuesday - Job sites and your online profile - Educational Background: Writing your Academic CV Wednesday - Professional Introduction & Interviewing techniques - Individual Mock Interviews Thursday - Presenting your research – Introduction to Job Talks & Chalk Talks - Pitching your thesis research & Job Talk Presentation 6
TECHNIQUE TABLE DES MATIERES L’INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE POUR LA THESE Date à déterminer : 1 demi-journée par semaine entre mars et mai RESPONSABLES : Marion Brunetti – Magali Morvan DEPARTEMENT : Direction des bibliothèques et de la documentation ADRESSE : 38 rue Geoffroy Saint Hilaire 75005 Paris TEL : 01.40.79.37.41 COURRIEL : marion.brunetti@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Bibliothèque centrale 38 rue Geoffroy Saint Hilaire 75005 Paris ______________________________________________________________________________________________________________ PRESENTATION DU MODULE: L’objectif de ce module est de permettre aux doctorants de maîtriser les enjeux de l’information scientifique et technique, que ce soit du point de vue de la recherche d’information, de la citation ou de la publication. ________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Trouver des publications scientifiques (3h) Utiliser efficacement la base Web of science (3h) Mettre en place une veille documentaire (3h) Maîtriser son identité numérique et valoriser son travail de recherche (3h) Gérer ses références et éditer ses bibliographies avec Zotero (2h) Comprendre le droit d’auteur (2h) Publier en open access (2h) 7
TECHNIQUE TABLE DES MATIERES R Du 28 janvier au 01 février 2019 RESPONSABLES ET INTERVENANTS : Jérôme SUEUR (Maître de Conférences, MNHN) UMR 7205 « Institut de Systématique Evolution Biodiversité » Tél : 01 40 79 33 98 ; courriel : sueur@mnhn.fr Loïc PONGER (Maître de Conférences, MNHN) UMR 7196 « Régulation et Dynamique des Génomes » Tél : 01 40 79 36 97 ; courriel : ponger@mnhn.fr INTERVENANTS : Christophe POUZAT (CR CNRS, Université Paris 5) UMR 8145 « Mathématiques Appliquées » Maxime LAHOURNAT (Doctorant ONCFS MNHN) UMR 7204 « Centre d'Ecologie et des Sciences de la Conservation » LIEU : salle informatique de Phanérogamie INSCRIPTION : obligatoire sur : http://formulaires.mnhn.fr/ OBJECTIFS R est un environnement pour l'analyse de données majoritairement utilisé par la communauté scientifique. Il est disponible gratuitement sur toutes les plates-formes. Accompagné de plus de 9 000 librairies annexes, il permet des analyses dans presque tous les domaines scientifiques. Extrêmement puissant mais peu convivial, son utilisation demande un certain temps d'adaptation. Cette formation est donc destinée aux personnes n'ayant jamais utilisé R. Ce module a pour objectif de rendre les participants autonomes pour l'analyse simple et avancée de leurs propres données. PROGRAMME Lundi 28 janvier 2019 9h30 à 12h30 : Jérôme SUEUR Gestion des données : installation de la base, installation des packages, structure, fonctionnement, classes et modes des objets, arguments des fonctions, indexation des objets 14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR Gestion des données (suite) : comment trouver de l'aide, import et export des données, récurrence et conditions, écriture d'une fonction Mardi 29 janvier 2019 9h30 à 12h30 :Jérôme SUEUR Graphiques : principe, librairies dédiées, fonctions graphiques de base (nuages, profils, diagrammes en bâton, histogrammes, boîtes à moustaches, camembert, ...), fonctions graphiques accessoires (axes, légendes, étiquettes, polygones, ...) 14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR Graphiques (suite) : fonctions paramétriques (couleurs, marges, police, ...), mises en pages (superposition, division de la fenêtre), exportation, sauvegarde. Mercredi 30 janvier 2019 09h30 à 12h30 : Maxime LAHOURNAT Graphiques avancés avec ggplot2 14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR 8
TABLE DES MATIERES Manipulations avancées des objets (fusion, fission conditionnelle, tri) Entrées et sorties, manipulations de fichiers externes Jeudi 31 janvier 2019 09h30 à 12h30 : Christophe POUZAT Traitement des chaînes de caractères. Programmation avancée: tests et exécutions conditionnelles, boucles, fonctions de boucles implicites. 14h00 à 17h00 : Loïc PONGER Exemples de tests statistiques uni-bivariés : tests de normalité, tests de proportions, tests de comparaison de moyennes, test de corrélation, régression linéaire Vendredi 01 février 2019 09h30 à 12h30 : Loïc PONGER Exemples d'analyses multivariées : ACP, LDA, clustering, 14h00 à 17h00 : Jérôme SUEUR, Loïc PONGER Atelier sur projets personnels 9
TABLE DES MATIERES OUVERTURE EPIGENETIQUE ET ADAPTATION CELLULAIRE Du 9 au 11 avril 2019 RESPONSABLES : Marie-Noelle LOMBARD (DR es Sciences) et Lamis CHAMAS (Doctorante MNHN) UNITE DE RECHERCHE : UMR 7221 « Evolution des régulations endocriniennes » DEPARTEMENT : « Adaptation du Vivant » ADRESSE : 7 rue Cuvier, 75005 PARIS. TEL : 06 04 15 95 42 / 01 40 70 36 06 / 01 40 79 38 28 ; Fax : 01 40 79 36 18 COURRIEL : mlombard@mnhn.fr / lamis.chamas1@edu.mnhn.fr LIEU : Bibliothèque de Physiologie, 7 rue Cuvier, 1er étage. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Mardi 9 avril 2019 9h40 : Dr Marie-Noëlle LOMBARD, MNHN, Paris. Introduction générale, tour de table : présentation des participants 10h - 11h15 : Dr Pierre-Antoine DEFOSSEZ, Université Paris 7, CNRS UMR 7216, Paris. Méthylation de l’ADN, prolifération et différentiation cellulaire 11h15 - 11h25 : Discussion 11h25 - 12h45 : Dr Laurent SACHS, MNHN, CNRS UMR 7221, Paris Organisation 3D du noyau cellulaire 12h45 - 13h : Discussion 14h15 - 15h15 : Dr Anne GABORY, INRA UMR 1198, Jouy en Josas Plasticité de l’épigénome en fonction de l’environnement maternel : origines développementales de la santé 15h15 - 15h30 : Discussion 15h30 - 16h45 : Dr Claire ROUGEULLE, Université Paris Diderot, CNRS UMR 7216 Inactivation du chromosome X chez les mammifères 16h45 - 16h45 : Discussion Mercredi 10 avril 2019 9h00 - 10h15 : Dr Slimane AIT-SI-ALI, Université Paris 7, CNRS UMR 7216 Rôle des histones lysines méthyltransférases dans les réponses cellulaires aux signaux de différentiation 10h25 - 11h30 : Dr Paola ARIMONDO, Institut Pasteur Paris Reprogrammation des cellules par des inhibiteurs épigénétiques 11h30 - 11h40 : Discussion 11h40 – 12h50 : Dr Stéphane MAURY, Université d'Orléans, INRA, LBGC, Orléans. Epigénétique et adaptation des arbres aux changements climatiques 12h50 – 13h : Discussion 14h15 - 15h30 : Dr Philippe BASTIN, Institut Pasteur, Paris. Contrôle épigénétique d’un changement de vie chez les Trypanosomes 15h30 – 15h40: Discussion 15h40 - 17h : Dr Jean-Baptiste FINI, MNHN, CNRS UMR 7221 Epigénétique et perturbateurs endocriniens 17h - 17h15 : Discussion Jeudi 11 avril 2019 10
TABLE DES MATIERES 9h15 - 10h30 : Dr Sophie POLO, Université Paris 7, CNRS UMR 7216, Paris. Epigenome maintenance in response to DNA damage 10h30 - 10h40 : Discussion 10h40 – 12h : Dr Frédérique PERONNET, DR CNRS, Laboratoire de Biologie du développement, IBPS Polycomb cell memory and developmental stability 12h- 12h15 : Discussion 14h00 - 15h10 : Dr Christophe LAVELLE, MNHN UMR 7196, Sorbonne Université La mécanique des génomes 15h10 - 15h20 : Discussion 15h30 à 16h45: Dr Jian-Sheng SUN, MNHN USM 503, CNRS UMR 7196, Paris. When histone deacetylase inhibitors meet DNA repair inhibitors 16h45 - 17h : Discussion et débat général 11
TABLE DES MATIERES OUVERTURE INTRODUCTION A LA BIOGEOGRAPHIE : CONCEPTS ET METHODES Du 20 au 24 mai 2019 TECHNIQUE _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : Maud MOUCHET (MC MNHN) et Boris LEROY (MC MNHN) UNITE DE RECHERCHE : UMR 7204 CESCO (MM) et UMR 7208 BOREA (BL) DEPARTEMENT : HE (MM) et AV (BL) ADRESSE : 43 rue Buffon, CP135, 75005 Paris TEL : 01 40 79 80 07 ; courriel : maud.mouchet@mnhn.fr TEL : 01 40 79 31 68 ; courriel : boris.leroy@mnhn.fr LIEU : Salle Claude Hélène Inscription obligatoire par mail (maud.mouchet@mnhn.fr), nombre de places limitées _____________________________________________________________________________________________________ OBJECTIFS : Offrir une présentation des théories émises pour expliquer les patrons macro-écologiques de biodiversité et des méthodes utilisées (indicateurs, modèles de niche, réseaux de cooccurrences) _________________________________________________________________________________________________________________ PRE-REQUIS : Bases de programmation sous R (indispensable) Un ordinateur portable pour les cours pratiques _____________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Lundi 20 mai 2019 9h30 à 12h : Maud MOUCHET Introduction à la biogéographie : hypothèses macro-écologiques, règles d’assemblage, diversités spécifique, phylogénétique et fonctionnelle 14h à 17h : Maud MOUCHET TD-TP sur les indicateurs couramment utilisés en biogéographie et mise en application Mardi 21 mai 2019 10h00 à 12h : Sandrine PAVOINE Evaluation quantitative de la biodiversité à large échelle et diversité 14h à 17h : Maud MOUCHET TP : Tester les grandes hypothèses macro-écologiques sur un jeu de données, identifier les règles d’assemblages à différentes échelles Mercredi 22 mai 2019 9h30 à 12h : Boris LEROY Les répartitions géographiques des espèces : patrons et processus 14h à 17h : Boris LEROY TP analyse et modélisation des aires géographiques des espèces Jeudi 23 mai 2019 9h30 à 12h : Boris LEROY Les grandes régions biogéographiques : concepts, hypothèses, observations et méthodes 14h à 17h : Boris LEROY TD-TP Délimitation de régions biogéographiques par l’analyse de la diversité beta et analyse des réseaux biogéographiques Vendredi 24 mai 2019 9h à 10h30 : Charles THEVENIN Conservation et biogéographie : comment les réintroductions animales réussissent-elles à restaurer la diversité phylogénétique et fonctionnelle ? 10h45 à 12h15 : Marine ROBUCHON Biogéographie des gènes et des espèces : complémentarité des approches et apports à la compréhension des processus 14h à 17h : Maud MOUCHET et Boris LEROY 12
TABLE DES MATIERES OUVERTURE TP facultatif : les participants le souhaitant pourront mettre en pratique les connaissances acquises sur leur propre jeu de données MECANISMES DE L’EVOLUTION Du 13 au 17 mai 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Sarah Samadi (PR MNHN), UNITE DE RECHERCHE : UMR 7205, ISyEB DEPARTEMENT : Département Systématique et Evolution ADRESSE : 43 rue Cuvier 75005 Paris TEL : 01 40 79 37 59 ; sarah.samadi@mnhn.fr CO-RESPONSABLES : Patrice David (DR CNRS, Montpellier) & Anouk Barberousse (PR Sorbonne Université) LIEU : Salle Claude Hélène _________________________________________________________________________________________________________________ OBJECTIFS : Ce module est organisé en demi-journée centré sur un seul thème. Chaque demi-journée comprendra un exposé formel de la thématique abordée par un intervenant (1h30), puis une présentation par les étudiants inscrits au module de travaux récents choisis par le ou les intervenants de cette thématique (1h30) et s’achèvera par une discussion générale selon un axe prédéfini (30min). Les étudiants inscrits au module recevront en avance la liste des articles par thème. Chaque étudiant inscrit devra choisir un thème et présenter un ou plusieurs des articles qui y seront attachés. La liste des articles qui avaient été retenus pour le module en 2014 est consultable sur le site web https://sites.google.com/site/mecanismesdelevolution/documents Liste non exhaustive des intervenants potentiels: Frédéric Austerlitz (CNRS, MNHN Paris), Anouk Barberousse (Sorbonne Université, Paris), Patrice David (CNRS, Montpellier), Vincent Debat (MNHN, Paris), Marianne Elias (CNRS, MNHN Paris), Violaine LLaurens (CNRS, MNHN Paris), Manuela Lopez- Villavincencio (MNHN, Paris), Sarah Samadi ( MNHN, Paris), Paul Verdu (CNRS, MNHN Paris). _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Lundi 14 mai 2018 8h30-12h30 – Introduction historique : de Darwin à la biologie évolutive du 21ième siècle en passant par la théorie synthétique. Axe de la Discussion : décrire vs expliquer l’histoire du vivant 14h-18h – Origine des variations Axe de la Discussion : origine moléculaires des « innovations » Mardi 15 mai 2018 8h30-12h30 – Dérive génétique ou le tri aléatoire des variants par les processus démographiques (la « mécanique » de la dérive, théorie de la coalescence, horloge moléculaire.) Axe de la Discussion : Peut-on reconstruire l’histoire démographique des populations ? 14h-18h – Sélection Naturelle ou « quand les dés sont pipés » (les différents modes de la SN, la difficulté à la mettre en évidence, interaction entre dérive et sélection …) Axe de la Discussion : la notion de fonction en biologie Mercredi 16 mai 2018 8h30-12h30 – L’individu et ses gènes, un gène n’évolue pas seul (les interactions entre les gènes, background sélection, …) Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’un organisme ? 13
TABLE DES MATIERES 14h-18h – Des gènes aux caractères (génétique quantitative, évo-dévo à l’échelle micro et macro évolutive). Axe de la Discussion : fardeau historique et contingence Jeudi 17 mai 2018 8h30-12h30 – Quand les règles du jeu changent (effet de la variabilité spatiale et temporelle de l’environnement physique et biotique sur l’évolution des organismes) Axe de la Discussion : explication évolutive de la plasticité phénotypique… 13h30-17h30 – Evolution du sexe (recombinaison vs reproduction, diversité des modalités du sexe, diversité des mécanismes qui expliquent le maintien du sexe, …) Axe de la Discussion : rôle d’une sélection d’espèces dans l’évolution du sexe Vendredi 18 mai 2018 8h30-12h30 – Spéciation : diversité des processus expliquant la cladogenèse. Axe de la Discussion : qu’est-ce qu’une espèce du point de vue de la Théorie de l’évolution ? 14h-18h – En quoi la théorie de l’évolution est-elle bien une théorie ? Axe de la Discussion : La théorie de l'évolution doit-elle être repensée ? 14
TECHNIQUE TABLE DES MATIERES MODELES DE PREDICTION DE REPARTITION ET CHANGEMENTS CLIMATIQUES Du 25 au 28 mars 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES : Boris Leroy UNITE DE RECHERCHE : UMR 7208 BOREA DEPARTEMENT Adaptations du Vivant ADRESSE : 43 rue Cuvier CP 26 3e étage 75005 Paris TEL : 01 40 79 31 68 COURRIEL : boris.leroy@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION : Bâtiment de la Baleine, Salle BALEINE 1 _________________________________________________________________________________________________________________ Objectifs : Fournir les outils pour utiliser les modèles de niche (modèles de prédiction de répartition, modèles d’habitat) en autonomie sous R. Aspects théoriques : Apprendre les bases théoriques des modèles de prédiction de répartition, les pré-requis en termes de données et l’interprétation dans les limites des hypothèses sous-jacentes. Aspects pratiques : Apprendre à préparer ses données sous le logiciel R, calibrer les modèles, utiliser les techniques de modélisation d’ensemble, faire les cartes de répartitions, analyser les impacts modélisés des changements climatiques. Pré-requis : Bonne connaissance du logiciel R, bases de programmation sous R. Avoir suivi un module d’ED sur R est très fortement recommandé Un ordinateur portable pour les cours pratiques _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Lundi 25 mars 2019 : 9h30-12h : cours théorique sur les modèles de niches, introduction des bases et concepts nécessaires pour les utiliser correctement 14h-17h30 : acquisition et préparation des données sous R pour la modélisation Mardi 26 mars 2019 : 9h30-12h : calibration et évaluation des modèles, affichage de cartes simples 14h-17h30 : modélisation d’ensemble, projection des répartitions prédites d’espèces Mercredi 27 mars 2019 : 9h30-12h : analyse des modèles, génération de figures (cartes, réponses aux variables environnementales) 14h-17h30 : sélection des variables environnementales Jeudi 28 mars 2019 : 9h30-12h30: prédiction des impacts des changements climatiques, évaluation des incertitudes 14h-17h30 : programmation des modèles pour plusieurs espèces 15
TABLE DES MATIERES OUVERTURE MICROBIODIVERSITE, ENTRE ECOSYSTEMES,EVOLUTION ET SOCIETE Du 27 au 29 mai 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : lundi 27 mai 2019 9h - 10h : Laurent PALKA (MNHN) Introduction au module et présentation des doctorant(e)s 10h15 - 11h15 : Pascal LOPEZ (MNHN) La microbiodiversité en milieu urbain 11h30 - 12h30 : Marc-André SELOSSE (MNHN) De l'animal au végétal: les micro-organismes aux commandes 14h - 15h : Lucie BITTNER (Université Pierre et Marie Curie) Exploration de la diversité microbienne avec l'expédition Tara Océans 15h15 - 16h15 : Laurent PALKA (MNHN) Diversité et fonctions des micro-organismes du sol mardi 28 mai 2019 9h - 10h : Jean-Paul SAINT MARTIN (MNHN) Les archives géologiques de la microbiodiversité 10h15 - 11h15 : Morgan GAIA (Institut Pasteur) La place des virus dans l’évolution 11h30 - 12h30: Olivier TENAILLON (INSERM) Quel potentiel évolutif chez les micro-organismes 14h - 15h : Thomas HEAMS (AgroParisTech) Evolution dirigée et design rationnel en biologie de synthèse : des approches en compétition ou en synergie ? 15h15 - 16h15 : Nathalie BECKER (MNHN) Les bactéries endosymbiotiques : contribution à l'évolution des insectes mercredi 29 mai 2019 9h - 10h : Cécile BERNARD (MNHN) Comment les activités humaines modifient la diversité des microorganismes photosynthétiques dans les écosystèmes aquatiques 10h15 - 11h15 : Muriel GUGGER (Institut Pasteur) Cyanobactéries, microalgues et biocarburants: du milieu naturel à l'industrie, en passant par le laboratoire 11h30-12h30 : Jacques LIVAGE (Collège de France) Microbiodiversité et matériaux bioinspirés 14h - 15h : Philippe LANGELLA (INRA) Les probiotiques et le microbiome humain 15h15 - 16h15: Bernard BODO (MNHN) Microbiodiversité et substances naturelles: quand les microbes se font chimistes 16
TABLE DES MATIERES TECHNIQUE DESSIN SCIENTIFIQUE Du 24 au 28 juin 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLES DU MODULE Rémi Berthon - Maître de Conférence du Muséum national d'Histoire naturelle Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique au Muséum national d'Histoire naturelle Pascal Le Roch - Professeur de dessin au Muséum national d'Histoire naturelle UNITÉ DE RECHERCHE R. Berthon : UMR 7209 Archéozoologie, archéobotanique : sociétés, pratiques et environnements D. Geffard-Kuriyama : UMS 2700 Outils et Méthodes de la Systématique Intégrative (OMSI) P. Le Roch : Direction de L'Enseignement et de la Formation (DIREF) DÉPARTEMENT : Homme et environnement (R. Berthon) DGD REVE (D. Geffard-Kuriyama, P. Le Roch) ADRESSES : R. Berthon - CP56 - 55 rue Buffon, 75005 Paris D. Geffard-Kuriyama - CP39 - 16 rue Buffon, 75005 Paris TÉL. : 0140795700 (R. Berthon) ; 0140793012 (D. Geffard-Kuriyama) ; 0140795420 (P. Le Roch) COURRIELS : rberthon@mnhn.fr ; didier.geffard-kuriyama@mnhn.fr ; pascal.le-roch@mnhn.fr LIEU DE LA FORMATION Première journée à l'amphithéâtre Rouelle. Communications et ateliers des jours suivants dans les salles de préfabriqués TP Bio/TP Info et salle des cours de dessin de la Grande Galerie de l'Évolution. _________________________________________________________________________________________________________________ PRÉSENTATION Ce module propose un panorama étendu et détaillé de la diversité des techniques et des conventions utilisées pour le dessin scientifique dans les sciences naturelles. Il est principalement articulé autour de dix-huit présentations, chacune d'une durée maximum de quarante-cinq minutes, suivies de discussions, et de trois ateliers d’une demi-journée d'application des techniques et de réalisations de travaux pratiques ou dirigés (capacité d'accueil limitée à vingt participants par atelier). L’accent est donné sur les techniques de dessin scientifique déployées au Muséum national d’Histoire naturelle en fonction des différents domaines d’étude et de recherche. Les ateliers ont pour vocation de permettre aux participants d’appliquer immédiatement les acquis dans le cadre de leurs recherches doctorales. Les communications prises en charge par vingt-quatre intervenants dont seize du Muséum présentent des monographies, études de cas, exemples illustrés de réalisations et de spécificités techniques mais aussi, pour certaines, un cadre de réflexion plus méthodologique ou scientifique, voir épistémologique. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME Notre objectif est d'articuler les interventions en fonction des finalités et des publics visés par les techniques graphiques présentées. Ce qui autorise au besoin plusieurs interventions dans le cadre d'une même thématique, animée alors par un modérateur. Nous souhaitons ainsi faciliter une mise en regard des différences de conventions ou de traitements selon les champs disciplinaires en sciences naturelles et illustrer la grande diversité des approches techniques déployées. Chaque communication sera suivie d'un temps d'échange, sous la forme de Questions-Réponses. Toutes ou parties des interventions seront enregistrées dans le projet défini de pouvoir donner lieu à une synthèse du module sous la forme d'une publication scientifique collective. Lundi 24 juin de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h00 Matin À 9h30 • Introduction et présentation du module par les responsables pédagogiques. 1.) à 9h45 • Dimension(s) du dessin au service des sciences naturelles. Guillaume Lecointre - Professeur du MNHN, UMR 7205. 2.) à 10h45 • Comment le dessin peut-il contribuer à la constitution des connaissances scientifiques. 17
TABLE DES MATIERES Anouk Barberousse - Professeure des Universités, UPMC. 3.) à 11h45 • Lumières et matières : Règles académiques et dessin naturaliste ou scientifique. Pascal Le Roch - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Professeur de dessin. Après-midi 4.) Le dessin scientifique d’inférence : Reconstitutions et vues d'artistes en paléontologie. Didactique, histoire du paléo-art et muséologie. Modérateur : Rémi Berthon - Archéozoologue. 4a.) à 13h45 • Christine Argot - Paléontologue, Maître de Conférence du MNHN, CR2P UMR 7207 - & Luc Vives - Chargé de projet, Galerie de Paléontologie et d'Anatomie Comparée, MNHN, Plasticien. 4b.) à 14h45 • Ronan Allain - Paléontologue, Maître de Conférence du MNHN, CR2P UMR 7207 - & Delphine Zigoni - Illustratrice/Graphiste. 4c.) à 15h45 • Jean-Sébastien Steyer - Paléontologue, Chargé de Recherche CNRS, CR2P UMR 7207. Mardi 25 juin de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30 Matin - Communications 5.) Le dessin scientifique d’un article ou d'une publication spécialisée : Conventions et premier niveau d’interprétation. Modérateur : Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique 5a.) à 9h45 • Sémiologie graphique en science : Communiquer ses résultats par l'image. Aurélien Miralles - Herpétologiste, Post-Doctorant CNRS, MNHN, UMR 7205. 5b.) à 10h45 • La réalisation dirigée d'une planche de botanique pour publication dans un article. Ludivine Longou - Adjointe administrative, UMS 2700, Illustratrice à temps partiel. & Ehoarn Bidault - Botaniste, Consultant du Missouri Botanical Garden au MNHN. 5c.) à 11h30 • Le dessin d'ichtyologie au Muséum. Samuel Iglésias - Ichtyologiste, Maître de Conférence du MNHN, BOREA UMR 7205. Après-midi - Atelier (4 heures) Atelier 1 • Techniques conventionnelles de dessin scientifique - Au choix : Dessin d'observation directe ou à la chambre claire (camera lucida) montée sur stéréo-microscope (loupe binoculaire). Encadrants : Jean-François Dejouannet - Dessinateur scientifique, TCN IRD, UMS 2700, MNHN - & Pascal Le Roch - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Professeur de dessin, MNHN. Mercredi 26 juin de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30 Matin - Communications 6.) à 9h30 • Du grand public au laboratoire : Nouveaux usages de la spatialité du dessin scientifique. Renaud Chabrier - Auteur, Dessinateur, Réalisateur, Chercheur-Doctorant Art & Design (Institut Curie). 7.) à 10h30 • Le dessin naturaliste et scientifique de terrain. Julien Norwood - Dessinateur, Illustrateur scientifique et naturaliste, Formateur indépendant. 8.) à 11h35 • Le dessin scientifique assisté par instruments optiques. Investigations à la chambre claire pour un mémoire de master au Muséum, parcours 'Systématique-Évolution-Paléontologie'. Ségolène Riamon - Chercheuse-Doctorante en paléontologie (Lyon 2). 9.) à 12h10 • Le dessin scientifique associé à l'imagerie : Une renaissance pour la botanique ? Julie Zalko - Chercheuse-Doctorante, équipe Morpho-Anatomie, Développement des Plantes (MNHN). Après-midi - Atelier (4 heures) Atelier 2 • Vectorisation des dessins de biologie et de fonds de cartes - Dessin scientifique vectoriel sous Inkscape (logiciel gratuit et libre de droits). Encadrants : Laurence Billault - Dessinatrice/Infographiste, ASI IRD, UMR PALOC, Département HNS, MNHN - & Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique, TCE ITRF, UMS 2700, MNHN. Jeudi 27 juin de 9h30 à 12h45 et de 13h30 à 17h30 Matin - Communications 18
TABLE DES MATIERES 10.) à 9h30 • Comprendre les instructions aux auteurs pour les figures des publications du Muséum. Emmanuel Cotez - Responsable des périodiques du MNHN, IE ITRF. 11.) à 10h45 • Publication et reproduction des dessins scientifiques dans les articles : Questions éditoriales et d'usage académique. Laurence Bénichou - Responsable éditoriale des publications scientifiques du MNHN, IR ITRF. 12.) à 11h45 • Biomimétisme, entre recherches et applications, le dessin comme dialogue. Chloé Lequette - Chargée de mission Ville biomimétique/régénérative, CEEBIOS. Après-midi - Atelier (4 heures) Atelier 3 • Travaux dirigés de mises en page selon les conventions d'usage pour une présentation assistée, un poster et une planche pour publication en sciences naturelles. Encadrants : Laurence Billault, Emmanuel Cotez, Didier Geffard-Kuriyama, Chloé Lequette, Julie Zalko. Vendredi 28 juin de 9h45 à 12h45 et de 13h30 à 16h30 Matin - Visites guidées L'atelier des cours de dessin du Muséum : Présentation de travaux d'élèves. Pascal Le Roch. La bibliothèque centrale et la salle des vélins : Découverte accompagnée. Modalités à préciser, suite à l'accord de principe donné par le Conservateur général des bibliothèques. Après-midi - Communications et bilan 13.) à 13h30 • Présentation d’un mémoire d'illustration scientifique et d'un projet de diplôme : « De Poséidon aux pollutions clandestines », « Chroniques du Phtalate ambulant ». Monika Moll - Diplômée de l'École Estienne, Diplôme Supérieur d'Art Appliqué (DSAA) en Design d'Illustration Scientifique, Mention d'excellence. 14.) à 14h30 • Le dessin scientifique assisté et traité par ordinateur, vers une chaine de production graphique entièrement automatisée ? Didier Geffard-Kuriyama - Dessinateur scientifique au MNHN. À partir de 15h30 • Table ronde et bilan collectif de clôture. 19
TECHNIQUE TABLE DES MATIERES LA PHYLOGENIE : SUPPORT A L'ANALYSE DE L'EVOLUTION. Du 11 au 14 mars 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Eric GUILBERT, MCM UNITE DE RECHERCHE : UMR7179 MNHN CNRS DEPARTEMENT : Adaptation du Vivant ADRESSE : CP50, 45 rue Buffon TEL : 01 40 79 34 11 ; fax : 01 40 79 56 79 ; e-mail : eric.guilbert@mnhn.fr LIEU : Salle 1 bat. la Baleine CP27 _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Lundi 11 mars 2019 10h00 à 10h45: Eric Guilbert, MC, MNHN, Paris Accueil et présentation du module 10h45 à 12h00: Simonetta Gribaldo, DR, Institut Pasteur, Paris Phylogenomic and the Tree of Life 13h00 à 14h30 : Guillaume Lecointre, PR, MNHN, Paris Qu'est-ce qu'un arbre phylogénétique ? Quels usages pour une catégorisation rationnelle ? 15h30 à 17h00 : Olivier Gascuel, DR CNRS, Institut Pasteur, Paris Modèles et méthodes pour la reconstruction phylogénétique Mardi 12 mars 2019 9h30 à 11h00 : Agnès Dettai, MC, MNHN, Paris Phylogénomique et prise en compte des différents marqueurs en phylogénie 11h15 à 12h45 : Cyrille D'Haese, CR CNRS, MNHN, Paris La phylogénie... et les avantages de l'optimisation directe. 14h00 à 15h30 : Thierry Wirth, DE2, EPHE-MNHN, Paris Histoire évolutive de la tuberculose: origine, dispersion et démographie 15h45 à 17h15 : Thierry Wirth, DE2, EPHE-MNHN, Paris Sexe et virulence chez les bactéries: concepts et conséquences sur les reconstructions phylogénétiques Mercredi 13 mars 2019 9h30 à 11h00 : Rodolphe Rougerie, MC, MNHN, Paris Apport des librairies de codes-barres ADN pour la reconstruction phylogénétique 11h15 à 12h45 : Pierre Darlu, DR CNRS, MNHN, Paris Approches phylogénétiques en linguistique 14h00 à 15h30 : Sandrine Pavoine, MC, MNHN, Paris Phylogénie et analyse des traits biologiques 15h45 à 17h15 : Marianne Elias, CR CNRS, MNHN, Paris Phylogénie et structure des communautés: interaction entre espèces et adaptation locale chez les papillons mimétiques Jeudi 14 mars 2019 9h30 à 11h00 : Violaine Nicolas-Colin, MC, MNHN, Paris Facteurs de diversification des petits mammifères en forêt tropicale africaine au cours du Quaternaire 11h15 à 12h45 : Gaël Kergoat, CR, INRA, Montpellier Inférer les dynamiques de diversification de communautés d'insectes au moyen d'approches phylogénétiques 14h00 à 15h30 : Malika AINOUCHE, PR, Université Rennes 1 Spéciation polyploïde et évolution des génomes 15h45 à 17h15 : Herve Isambert, CR CNRS, Institut Curie, Paris Duplication de génome, radiation des vertébrés et cancer 17h30 à 18h00 : Eric Guilbert, MC, MNHN, Paris 20
TABLE DES MATIERES TECHNIQUE Pratique, Synthèse et bilan du module IMAGERIE SCIENTIFIQUE Du 17 juin au 21 juin 2019 _________________________________________________________________________________________________________________ RESPONSABLE : Patricia WILS (IR UMS 2700) UNITE DE RECHERCHE : UMS 2700 Outils et Méthodes de la Systématique Intégrative ADRESSE : 43 rue Buffon 75005 Paris TEL : 01 40 79 34 03 ; courriel : patricia.wils@mnhn.fr LIEUX : Salle Baleine 1 pour les cours Salle informatique Phanérogamie pour les TPs Plateau technique de Microscopie Électronique pour le TP du mardi 18 juin après-midi Plateau technique de Microscopie Électronique pour le TP du mercredi 19 juin matin Atelier d’Imagerie du CR2P (paléontologie) pour le TP du vendredi 20 juin matin Synchrotron SOLEIL le vendredi 20 après-midi _________________________________________________________________________________________________________________ OBJECTIFS : Apprendre à manipuler, analyser et valoriser des images scientifiques quelle que soit leur source d'acquisition : photographie numérique, photogrammétrie, numérisation surfacique, microscopie électronique à balayage et en transmission, tomographie RX, synchrotron et spectrométrie NanoSIMS. Le module propose de présenter un échantillon des principales méthodes et applications d'imagerie utilisées dans le monde des sciences naturelles et dans un large spectre de domaines de recherche des muséums. Toute la chaîne de traitement des images sera présentée, depuis la préparation de l’acquisition jusqu’à la rédaction des résultats. Quatre demi-journées de TP permettront aux étudiants de prendre en main différents logiciels pour le traitement d'images 2D et 3D, la technique de photogrammétrie et la microscopie électronique. Une visite de plateaux techniques du Muséum est également prévue pour présenter les équipements accessibles sur site ainsi que le synchrotron Soleil à Saint-Aubin. _________________________________________________________________________________________________________________ PROGRAMME : Lundi 17 juin 2019 09h30 à 10h00 : Patricia WILS (MNHN) Présentation du module 10h00 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN) TP « 2D » : Bases du traitement d’images numériques. Visualisation et analyse d'images : introduction avec ImageJ 14h00 à 17h00 : Lilian CAZES (MNHN) (sous réserve) Photogrammétrie : principe et travaux pratiques d'acquisition des données photographiques, traitement des données, réalisation de modèles surfaciques Mardi 18 juin 2019 09h30 à 10h30 : Loryelle SESSEGOLO (UPEC) et Lucile GENTAZ (UPEC) L’imagerie pour l’étude des matériaux du patrimoine culturel : altération des calcaires et des verres 10h30 à 11h30 : François FARGES (MNHN) Ces pierres qui ont marqué l’histoire de France : scanners, reconstitutions et restitutions 14h00 à 17h00 : Chakib DJEDIAT (MNHN) TP « Microscopie électronique » : Préparation des échantillons, acquisition et traitement des images, microscope corrélative Mercredi 19 juin 2019 09h30 à 11h00 : Géraldine TOUTIRAIS (MNHN) Visualisation et analyse des échantillons avec la microscopie électronique à balayage 11h00 à 12h00 : Laurent REMUSAT (MNHN) 21
TABLE DES MATIERES Imagerie isotopique par NanoSIMS: de la formation du système solaire à la fabrication des squelettes carbonatés 12h00 à 12h30 : visites des plateaux techniques Laurent REMUSAT (MNHN) : plateforme NanoSIMS 14h00 à 15h30 : Marta BELLATO (MNHN) : plateforme AST-RX La tomographie par rayons X : principe et démonstration 15h30 à 16h30 : Delphine BRABANT (MNHN) : plateforme Surfaçus La numérisation surfacique : principe et démonstration Jeudi 20 juin 2019 09h30 à 12h30 : Patricia WILS (MNHN) TP « 3D » première partie : Présentation des logiciels de traitement disponibles au Muséum - Visualisation et analyse d'images numériques 3D avec ImageJ - Manipulation de données surfaciques avec Meshlab 14h00 à 15h00 : Damien GERMAIN (MNHN) La complémentarité 2D/3D en paléohistologie 15h00 à 16h00 : Guillaume BILLET (MNHN) Données virtuelles 3d et applications morphoanatomiques en zoologie et paléontologie 16h00 à 17h00 : Hugo DUTEL (University of Hull – University of Bristol) Modélisation biomécanique du système musculo-squelettique Vendredi 21 juin 2019 09h30 à 12h30 : Florent GOUSSARD (MNHN) TP « 3D » seconde partie : Segmentation d'images 3D avec Mimics - Fichiers pdf3D 14h30 à 15h30 : Loïc BERTRAND (IPANEMA / Synchrotron SOLEIL) Méthodes de spectro-imagerie synchrotron : apports à la taphonomie et aux paléoenvironnements 15h30 à 16h00 : Victoria BELTRAN (IPANEMA) Méthodes infrarouges 16h00 à 16h30 : Sebastian SCHOEDER (Synchrotron SOLEIL) PUMA / Micro-imagerie de rayons X 16h30 à 17h30 : visite de la plateforme IPANEMA et du synchrotron SOLEIL 22
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