Ségur en biologie transcodage LOINC appuyé sur - PHAST
←
→
Transcription du contenu de la page
Si votre navigateur ne rend pas la page correctement, lisez s'il vous plaît le contenu de la page ci-dessous
Ségur en biologie
transcodage LOINC
appuyé sur
François MACARY - cochair IHE PaLM de 2004 à 2020 (créateur du CR de biologie CDA en 2006),
- chair HL7 France de 2004 à 2006, puis 2016 à 2019,
- contributeur aux standards internationaux HL7 FHIR, LOINC, SNOMED CT,
- organisateur du processus de traduction française de LOINC (2010 → 2015)
- représentant d’InteropSanté pour la biologie dans la vague 2 du Ségur
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
1
contribue
Organisations de
Cadre
standardisation :
adapte institutionnel
HL7, IHE, SNOMED,
national
Regenstrief, GMDN
déploie
Services de terminologies Catalogues de référence
de santé
médicament dispositif biologie
médical médicale
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
2
Terminologies de référence exploitées par les catalogues de référence de PHAST
EDQM
Standard ATC
UCD, Terms
CIP,
CIS,
NCHFS, médicament
LES
GMDN
…
EMDN
LPP,
CLADIMED dispositif
… médical
NABM
COFRAC Objectif : apporter les vocabulaires
RIHN codés qui sous-tendent
LC biologie médicale l’interopérabilité sémantique
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
3
Volet numérique du Ségur de
la santé
couloir biologie médicale
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
4
Volet numérique du Ségur de la santé
❑ Annoncé en juillet 2020
❑ Près de 2 milliard d’euros
❑ Objectif : rattraper le retard national sur le partage des données de santé,
afin d’améliorer la santé des citoyens, le quotidien des professionnels et
l’efficience du système de santé.
(DMP) (e-CPS)
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
5
Couloir biologie : vague 1
(e-CPS)
Consulter CR
le DMP d’examens
Partagé (adaptation française du profil IHE XD-LAB qui
Diffusé au spécifie le modèle HL7 CDA de compte rendu de
dans le biologie)
prescripteur
DMP
(DMP)
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
6
2 Dossiers de spécifications de référencement Ségur
pour la vague 1 :
❑ SGL ❑ Transcodeur LOINC
▪ conformité DMP (consultation ▪ Format d’export/import Ségur
et dépôt), des catalogues d’examens
▪ CR-biologie, ▪ Transcodage LOINC des :
▪ MSSanté, o Chapitres et sous-chapitres
▪ INS, o Examens (codes demande)
▪ pro Santé Connect o Analyses porteuses de résultats
▪ Format d’export/import Ségur
du catalogue d’examens local
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
7Dispositions de financement pour la vague 1
Dans les 2 cas,
l’éditeur est financé
❑ Financement à l’équipement : directement.
Le LBM (ou
▪ Mise en conformité du SGL (version référencée Ségur par l’éditeur) l’établissement) ne
▪ Logiciel transcodeur LOINC (choix d’une solution référencée Ségur) paie rien.
« PHAST Mapping Ségur » est l’un des transcodeurs référencés sur le portail
industriels de l’ANS (le premier apparu : le 8/11/21)
https://esante.gouv.fr/virage-numerique/segur-numerique-de-la-sante/solutions-referencees
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
8Dispositions de financement
❑ Financement à l’usage :
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
9LOINC
Logical Obervation Identifiers
Names and Codes
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
10Les 6 attributs qui définissent un terme LOINC
94500-6 Coronavirus SARS-CoV-2 ARN [Présence/Seuil] Respiratoire ; Qualitatif ; PCR amplification de cible
(ponctuel)
Composant Grandeur Temps Milieu Echelle Méthode
observé observée d’observation d’observation d’observation
20624-3 Créatinine [Masse/Volume] 24H ; Urine ; Numérique
De très nombreux termes LOINC laissent vide l’attribut « méthode ». Lorsqu’il est renseigné il identifie une méthode
générale (immunoblot, PCR, comptage automate …) et non pas une trousse de réactif.
Les codes ne spécifiant pas de méthode sont en général à privilégier pour favoriser l’interopérabilité entre les systèmes
(en évitant la multiplication des codes LOINC pour un même paramètre biologique observé).
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
11Les informations que ne porte pas LOINC
❑ Le site anatomique de prélèvement
❑ L’automate et/ou le kit de réactif utilisé
❑ Le lot de réactif
❑ L’unité de mesure
❑ Les caractéristiques du sujet de l’observation
❑ Le niveau de validation ou de complétude du résultat
Ces autres propriétés de l’observation sont portées par la syntaxe (HL7 V2, CDA, FHIR ...)
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
12Couverture de LOINC
(88 200 termes actifs dans la version 2.71)
❑ Observations
▪ cliniques et imagerie (antécédents personnels = 11348-0) ~ 25 000 termes
▪ de laboratoires (temps de quick INR = 6301-6) ~ 58 000 termes
❑ Examens multi-analyses (« panels ») (hémogramme = 57022-6)
❑ Types de documents de santé (CR de biologie = 11502-2)
❑ Sections/chapitres de documents de santé (biochimie = 18719-5)
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
13Le transcodeur PHAST
appuyé sur le catalogue
de référence
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
14apporte les vocabulaires standardisés appuyés sur
les terminologies de référence internationales
❑ Identification univoque des examens prescriptibles, de leurs analyses, et des
éléments cliniques pertinents
➢ Traduction en français pilotée par l’ANS appuyée sur un consortium
intégrant PHAST, la SFIL, l’AP-HP, Vidal, Mondeca, le CHU de Rouen
❑ Unités de mesure (pour résultats d’analyses, volumes à prélever,
mesures cliniques et anthropométriques, signes vitaux)
➢ Manuel de référence traduit en français par PHAST
❑ Valeurs des éléments cliniques pertinents (symptômes, traitements …)
❑ Spécimens biologiques, procédures et tubes
❑ Résultats codés (ex : nom de bactérie, présence cylindres, aspect …)
➢ Traduction française commune associant Canada, Belgique, Suisse,
Luxembourg, et PHAST pour la France
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
15Contenu du référentiel
Définition Médicament
Données d’entrée pour la d’un examen
Résultats
réalisation de l’examen de biologie
Définition NABM
d’un Définition
Elément Déclenche
spécimen d’une analyse
clinique porteuse de
pertinent résultat
tubes Observations numériques
conditions,
préparation,
conservation,
transport
Observations qualitatives, interprétations
Jeu de
valeurs
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
16CIOlab est un sur-ensemble du jeu de valeurs Circuit
de biologie de l’ANS (auquel PHAST contribue avec
l’AP-HP et la SFIL, au sein du consortium)
Jeu de valeurs Circuit
CIOlab
de biologie
Examens dotés d’un code « de
demande » LOINC actif
2795 1350
Analyses porteuses de résultats
dotées d’un code LOINC actif
9072 5400
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
17Transcodage LOINC vague 1
les fichiers à exporter et
réimporter dans le SGL
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
18Chapitres et sous-chapitres du compte rendu
Format csv, 4 colonnes en export
Exemple d’export du catalogue local :
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
19Chapitres et sous-chapitres du compte rendu
Format csv, 8 colonnes au retour
Réimport dans le SGL du fichier transcodé :
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
20Examens (« transcodage demandes ») avec leur
composition en analyses porteuses de résultats
Format csv, 9 colonnes en export
Exemple d’export du catalogue local :
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
21Examens avec leur composition en analyses
Format csv, 12 colonnes au retour
Réimport dans le SGL du fichier transcodé :
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
22Analyses porteuses de résultats
Format csv, 12 colonnes en export
Exemple d’export du catalogue local :
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
23Analyses porteuses de résultats
Format csv, 16 colonnes au retour
Réimport dans le SGL du fichier transcodé :
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
24Transcodage LOINC vague 1
processus
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
25Déroulement du processus de transcodage
1. Bon de commande émis vers PHAST Prix fixe de 3 500 €,
2. Export du catalogue d’examens du LBM ou de l’établissement entièrement financé.
• Chapitres et sous-chapitres du compte rendu Le LBM n’a rien à
• Examens (demandes) payer.
• Analyses (résultats)
3. Prestation de mapping LOINC + UCUM
Sont transcodés LOINC les éléments non vagues et non ambigus et qui sont dans le périmètre de
la version courante de la terminologie LOINC internationale
(donc plus large que le « jeu de valeurs circuit de biologie »)
→ Transcodages validés par un médecin biologiste de PHAST
4. Restitution, intégration et validation par le LBM
5. VA émise par le LBM vers PHAST
→ déclenche l’opération de paiement du transcodeur par l’organisme financeur
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
26Calendrier du couloir biologie du Ségur
Fin des prises de
commandes vague 1 au
15 juillet 2022
Fin des VA vague 1
au 15 octobre 2022
Extrait de la FICHE PRATIQUE SEGUR NUMERIQUE LABOS sur le portail Ségur de l’ANS
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
27En pratique
Formulaire bon de
Prise de rendez-vous Espace client
commande Ségur
Des questions ? Remplissez le formulaire Apporter les précisions
Planifiez votre rendez- en ligne pour avoir votre nécessaires à l’équipe de
vous avec PHAST bon de commande production de PHAST
Choisir un créneau Formulaire
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
28Votre espace client
L’interface permet au laboratoire de :
• Visualiser le résultat du mapping
• Consulter la liste des examens
et analyses nécessitant le recueil
d’informations complémentaires
pour l’attribution d’un code LOINC
• Apporter les précisions
nécessaires à l’équipe de
production de PHAST
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
29Résumé de l’offre de services de PHAST
pour la biologie médicale
1ère marche 2ème marche 3ème marche
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
30Comment contacter
l’équipe CIOlab
Service de mapping et licence : contact@phast.fr
Dialogue technique et métier : ciolab@phast.fr
25/05/2022 Formation CIOlab Copyright 2022 –PHAST
31Opérateur d’interopérabilité sémantique
www.phast.fr
32Vous pouvez aussi lire
