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T ITRES ET TRAVAUX SCI ENTIFIQUES
AnTheProt 3D © 2010-2019
Gilbert DELÉAGE
http://perso.ibcp.fr/gilbert.deleage/PERSO/Dossier_complet_G_Deleage.pdf
Institut de Biologie et Chimie des Protéines -IBCP
UMR 5305
Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique
7, Passage du Vercors
69 367 Lyon Cedex 07
gilbert.deleage@ibcp.fr
: 05/04/2019
La photographie de la couverture a été réalisée à l’aide du logiciel ANTHEPROT 3D (Windows) que je dé- veloppe à partir de la structure 3D d’une capside virale (2BUK) et de sa surface accessible calculée à l’aide du programme MSMS (Scripps Research Institute) interfacé avec ANTHEPROT.
SOMMAIRE
SOMMAIRE ....................................................................................................................... 3
I. CURRICULUM VITAE ....................................................................................................... 1
I.1. Etat civil ......................................................................................................................................... 1
I.2. Adresse professionnelle ................................................................................................................ 1
I.3. Diplômes et certificats ................................................................................................................... 1
I.4. Fonctions - Grades ........................................................................................................................ 1
I.5. Stages et formations suivies ......................................................................................................... 1
I.6. Parcours - Mobilité ........................................................................................................................ 2
I.7. Thèmes de recherche scientifiques .............................................................................................. 2
I.7.1. Développement de méthodes d’analyses de séquences et de prédiction des structures secondaires des protéines ...... 2
I.7.2. Développement de logiciels d’analyse de structures 1D, 2D et 3D de protéines ........................................................ 3
I.7.3. Intégration de méthodes et serveurs Web d'analyse de structures 1D, 2D, 3D de protéines. ...................................... 3
I.7.4. Bioinformatique virale ................................................................................................................................................ 3
I.7.5. Applications en biologie ............................................................................................................................................. 3
I.8. Responsabilité d’équipe de recherche (1993-2007) ..................................................................... 3
I.9. Responsabilités scientifiques collectives locales/régionales ........................................................ 5
I.10. Responsabilités scientifiques collectives au niveau national ...................................................... 5
I.11. Participation à des comités de selection et de recrutement au niveau national ......................... 6
I.12. Comités - lecture - Rapports – Expertises – Représentations (depuis 2003) ............................. 6
I.13. Responsabilités D’U.E. d’enseignements ................................................................................... 7
I.14. Sociétés savantes ....................................................................................................................... 8
I.15. Activités d’intérêt général ............................................................................................................ 8
I.16. Distinction .................................................................................................................................... 8
I.17. Reconnaissance scientifique ....................................................................................................... 8
I.18. Indicateurs de production scientifique et de visibilité internationale ........................................... 8
II. ACTIVITES DE RECHERCHE ........................................................................................... 11
II.1. Travail de recherche effectué pendant la thèse de 3ème cycle (1982-1984) ............................ 11
II.2. Travail de recherche effectué pendant la thèse de doctorat (1985-1988) ................................. 11
II.3. Travail de recherche effectué après la thèse de doctorat (1989-1992) ..................................... 12
II.4. Recherche effectuée à l’IBCP (depuis 1992) ............................................................................. 13
II.4.1. Amélioration du logiciel ANTHEPROT ................................................................................................................. 13
II.4.2. Développements méthodologiques de prédiction de structures de protéines ........................................................... 14
II.4.3. Méthode de recherche pondérée de sites et de signatures dans les bases de données. ............................................. 15
II.4.4. Mise en place d'un serveur WWW d'analyse ........................................................................................................... 15
II.4.5. Modélisation moléculaire ........................................................................................................................................ 16
II.4.6. Développements de logiciels (1988-2017) .............................................................................................................. 17
II.4.7. Banque de séquences du VHC ................................................................................................................................. 19
II.4.8. Grilles de ressources en bioinformatique ................................................................................................................. 21
II.4.9. Prédictions d’hélices amphiphiles ........................................................................................................................... 22
II.4.10. MSX- 3D ............................................................................................................................................................... 23
II.4.11. Base de données 3D............................................................................................................................................... 23
II.4.12. Identification des « Tyrosine kinases bactériennes » (ByK) .................................................................................. 23 II.4.13. Base de données HBVdb ....................................................................................................................................... 23 II.4.14. Base de données BCL2-DB ................................................................................................................................... 23 II.5. Principales collaborations et applications biologiques ............................................................... 24 II.5.1. Collaborations avec l'équipe du Pr. A.J. Cozzone ................................................................................................... 24 II.5.2. Collaborations avec l'équipe du Dr A. Di Pietro ..................................................................................................... 24 II.5.3. Collaborations avec l'équipe du Pr. M. van der Rest ............................................................................................... 24 II.5.4. Collaboration avec l'équipe du Dr G. Verdier ......................................................................................................... 25 II.5.5. Collaboration avec l'équipe du Pr. R.Goody ........................................................................................................... 25 II.5.6. Collaboration avec l'équipe du Pr. C. Dumas .......................................................................................................... 25 II.5.7. Collaboration avec l'équipe du Dr M. Halleck ........................................................................................................ 26 II.5.8. Collaborations avec l'équipe du Dr Jolivet .............................................................................................................. 26 II.5.9. Collaboration avec l'équipe du Pr Gallinari ............................................................................................................. 26 II.5.10. Collaboration avec l'équipe du Pr Gillet ................................................................................................................ 26 II.5.11. Collaboration avec l'équipe du Pr Pawlotsky ........................................................................................................ 27 II.5.12. Collaborations avec l'équipe du Dr Poch ............................................................................................................... 27 II.5.13. Collaborations avec l'équipe du Pr Rabourdin-Combe et V. Lotteau/P. André ..................................................... 27 III. PRODUCTION SCIENTIFIQUE....................................................................................... 29 III.1. Thèses et HDR .......................................................................................................................... 29 III.2. Publications dans des revues internationales à comité de lecture ........................................... 29 III.3. Publications dans des livres et vulgarisation ............................................................................ 38 III.4. Communications par affiche ou orales (*) à des colloques ....................................................... 39 III.5. Jurys de thèse et habilitations à diriger des recherches ........................................................... 53 III.6. Contrats de recherche ............................................................................................................... 59 III.7. Valorisations-Brevets ................................................................................................................ 61 III.8. Participation à l’organisation de congrès .................................................................................. 61 III.9. Emissions de télévision et video ............................................................................................... 62 III.10. Implication dans l'enseignement secondaire .......................................................................... 62 III.11. Séminaires et conférences sur invitations .............................................................................. 63 III.12. Formations spécifiques ........................................................................................................... 64 IV. ENSEIGNEMENTS ....................................................................................................... 66 IV.1. Enseignements majoritaires (1985-1995) ................................................................................. 66 IV.2. Enseignements complémentaires............................................................................................. 66 IV.3. Mise en place d'enseignements nouveaux ............................................................................... 66 IV.4. logiciels et serveurs développes pour l’enseignement ............................................................. 66 IV.5. Encadrement de stagiaires ....................................................................................................... 67 IV.6. Direction de thèses ................................................................................................................... 68 V. IMPLICATION DANS LA FORMATION A L’UNIVERSITE LYON1 ET A L’ECOLE NORMALE .. 70 VI. ROLE DANS LA STRUCTURATION DE LA RECHERCHE EN FRANCE ................................. 73
Curriculum vitae 1
I. CURRICULUM VITAE
I.1. ETAT CIVIL
Gilbert DELEAGE
né le 7 novembre 1956 à Lyon 4ème
nationalité française
marié, 2 enfants
Service militaire effectué au Service de Santé des Armées (9/1979 au 8/1980)
I.2. ADRESSE PROFESSIONNELLE
Université Claude Bernard LYON 1,
Institut de Biologie et de Chimie des Protéines. CNRS-UMR 5086
7, passage du Vercors, 69367 Lyon cedex 7
04 72 72 26 55
e-mail: gilbert.deleage@ibcp.fr / http://perso.ibcp.fr/gilbert.deleage/
I.3. DIPLOMES ET CERTIFICATS
Diplôme Année Mention
HDR (IBCP UPR 412 CNRS) 1993 -
Doctorat Bioinformatique – Biophysique 1988 TH avec Félicitations
Thèse de 3e cycle Biochimie (LBTM UMR 24 CNRS) 1984 TH avec Félicitations
DEA Biochimie Juin 1982 Bien
Maitrise Biochimie Juin 1981 A-Bien
I.4. FONCTIONS - GRADES
Professeur des Universités Classe Exceptionnelle 2e Echelon au 01/09/2012
Professeur des Universités Classe Exceptionnelle 1er Echelon au 01/09/2009
Professeur des Universités 1ème classe (64e CNU voie nationale) au 01/09/2001
Professeur des Universités 2ème classe (64e CNU) au 01/09/1998
ère
Maître de conférences 1 classe (64e CNU) au 01/10/1991
ème er
Maître de conférences 2 classe (64e CNU) au 1 octobre 1989
Assistant au 01/10/1984 (37-01 CNU)
Boursier du Ministère (DGRST) en 1982-1984
Moniteur de travaux pratiques en 1982
I.5. STAGES ET FORMATIONS SUIVIES
Formation des nouveaux directeurs d’unités 3 jours à Paris (2007)
Stage de 18 jours de formation au management pour les directeurs d’unité (2005).
Formation "Administration IRIX avancée et performance" Jouy-en-Josas, 5-7 janvier 1998
Stage de modélisation moléculaire dans le cadre de formation INSERM Sujet: « Modélisation ho-
mologue de protéase à sérine à partir de la trypsine » Stage effectué chez C. Cambillau (No-
vembre 1992)
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGE
2 Curriculum vitae
Stage de formation permanente de l'Université Claude Bernard de Lyon 1 sur l'administration de
systèmes Unix (1991)
Stage de programmation orientée objet à l'UCBL (1990)
I.6. PARCOURS - MOBILITE
En début de carrière, j'ai opéré 2 changements thématiques importants avec 2 changements de labora-
toires successifs. Le premier changement a concerné la migration de la biochimie/bioénergétique du
Laboratoire de Biologie et Technologie des Membranes (1982-1984 doctorat de 3e cycle en biochimie)
vers la biophysique au Laboratoire de Physico-Chimie Biologique du Pr B. Roux (1985-1992) où j'ai acquis
et développé des approches biophysiques (fluorescence intrinsèque des protéines, dichroïsme circu-
laire). Cette mobilité thématique a été ponctuée par un doctorat de biophysique en 1988. Ensuite, j'ai
orienté mon activité de recherche vers la bioinformatique et intégré l'IBCP en 1992 dans lequel j'ai ap-
porté les compétences en bioinformatique et en modélisation moléculaire des protéines. Ces mobilités
thématiques importantes (et géographiques à un degré moindre) m'ont permis de parfaire mes compé-
tences scientifiques dans le domaine des relations structure-fonction des protéines.
I.7. THEMES DE RECHERCHE SCIENTIFIQUES
Mon activité de recherche concerne la bioinformatique structurale. Il s’agit d’un champ scientifique in-
terdisciplinaire que j’ai contribué à développer en France. En effet, il y a environ 25 ans, très peu de gens
pensaient à l’époque que l’informatique allait révolutionner la Biologie. En 16 ans à l’IBCP, j’ai mis en
place (2 personnes en 1992) et développé (15 personnes en 2008) une équipe de bioinformatique struc-
turale (voir chapitre I.8) qui a acquis une visibilité internationale. L’attractivité de l’équipe a contribué à
la venue de chercheurs extérieurs à l’IBCP.
Nuage de mots de ce document (fait avec Wordle)
I.7.1. DÉVELOPPEMENT DE MÉTHODES D’ANALYSES DE SÉQUENCES ET DE PRÉDICTION DES STRUCTURES SECONDAIRES
DES PROTÉINES
Plus de 15 méthodes prédictives originales ont été développées dont Double Prédiction Method , 1987 ;
Self Optimised Prédiction Method, 1994 ; Self Optimised Prédiction Method from Alignments, 1995 pour
lesquelles chacun des articles fondateurs ont été cités plus de 250 fois et qui sont encore utilisées au-
jourd'hui. De plus d’autres méthodologies ont été développées pour analyser la structure des protéines
(SuMo, MSX-3D, Amphipaseek).
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGE
Curriculum vitae 3
I.7.2. DÉVELOPPEMENT DE LOGICIELS D’ANALYSE DE STRUCTURES 1D, 2D ET 3D DE PROTÉINES
ANTHEPROT (Analyse THEorique des PROTéines). Il faut souligner que ce logiciel a été le premier du
genre (avec PC/Gene développé par A. Bairoch). Environ 270 citations, près de 2800 récupérations en
2009 et 1500 requêtes d'analyse par an. Il est encore développé aujourd'hui en particulier sur les aspects
3D. Aujourd'hui, je me consacre au graphisme 4D (3D interactif et stéréoscopie moléculaire en relief).
Ce type de technologie a pris un essor tout particulier dans le secteur des jeux vidéo et du cinéma grand
public et trouve de très nombreuses applications dans la plupart des approches scientifiques comme
dans la visualisation en relief des molécules. Le dernier développement réalisé est la capacité d’export
en format STL (stereolithographic) donc compatible avec les imprimantes 3D. C'est d'ailleurs dans ce
contexte que je développe encore ANTHEPROT3D et ANTHEPROT.
DicroProt, 1993. Encore largement utilisé aujourd’hui, il s’agit d’un logiciel de traitement des données
de dichroïsme circulaire et dont l’article a été cité plus de 160 fois.
I.7.3. INTÉGRATION DE MÉTHODES ET SERVEURS WEB D'ANALYSE DE STRUCTURES 1D, 2D, 3D DE PROTÉINES.
Dès 1994, j'ai développé avec C. Geourjon le premier serveur de mail Français pour la prédiction de
structures secondaires de protéines (80 000 prédictions). Ensuite, j'ai intégré ces méthodes dans la ver-
sion alpha de NPS@ (Network Protein Sequence Analysis, 2000). C. Combet en a repris le développement
et a maintenu les versions successives. L’article initial décrivant NPS@ a reçu plus de 1000 citations ; plus
de 3400 analyses par jour ont été effectuées depuis 2009 pour un total de 20 989 330 analyses.
I.7.4. BIOINFORMATIQUE VIRALE
Avec l’avènement de la virologie moléculaire, j'ai perçu la nécessité de développer des bases de données
virales. Ainsi, le développement de la base HCVDB (travail de thèse de C. Combet) a été initié en 1999 au
niveau français (Réseau National Hépatites) puis élargi dans le cadre d'un contrat européen du FP5
[HepCVax] au sein d'un "workpackage" dont j'ai assuré la responsabilité. Enfin, la base a été soutenue
par un contrat européen NOE du FP6 [VIRGIL]. La base euHCVdb ainsi développée par C. Combet com-
prend plus de 95 000 séquences du virus de l'hépatite C et a acquis une notoriété et une visibilité mon-
diales.
I.7.5. APPLICATIONS EN BIOLOGIE
Les méthodes ne méritent d'être développées que si elles sont utilisables par la communauté scienti-
fique des utilisateurs biochimistes/biologistes. C'est pourquoi, les méthodes et outils ont été appliqués
le plus souvent en collaboration avec des groupes de biologistes (immunologistes, virologistes, biolo-
gistes moléculaires, structuralistes, microbiologistes) conduisant à des résultats parfois très originaux. A
titre d’illustration, j’ai pu proposer au moyen de la modélisation moléculaire des sites d’insertions de
peptides dans une capside virale afin de modifier pour la première fois le tropisme d’un virus (Girod et
al., Nature Medecine, 1999).
I.8. RESPONSABILITE D’EQUIPE DE RECHERCHE (1993-2007)
L'équipe a participé à un GDR européen du CNRS GDR-RA (responsable C. Biemont). J’en ai assuré la di-
rection de 1993-2007. Le groupe de Bioinformatique structurale s'est étoffé (il a accueilli R. Lavery, K.
Zakrzewska, R. Terreux en 2007 et J. Martin recrutée CR en 2008, Julie-Anne Chemelle MCU en 2011,
Benjamin Bouvier recruté CR en en 2010) et plusieurs axes de recherche ont été développés:
GRID computing [C. Blanchet]
Modélisation moléculaire [C. Geourjon, G. Deléage]
Intégration d’outils et bases de données virales [C. Combet, G. Deléage]
Serveur Web 3D [E. Bettler, C. Combet, G. Deléage]
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGE
4 Curriculum vitae
Drug design et QSAR [R. Terreux, G. Deléage, JA Chemelle]
Interactions moléculaires [R. Lavery, J. Martin, K. Zakrzewska]
Simulation dynamique moléculaire [R. Lavery, B. Bouvier, K. Zakrzewska]
En 2008, j'ai confié la direction de mon groupe de recherche à R. Lavery par souci d'impartialité et de
déontologie vis-à-vis de ma position de directeur de laboratoire. L’équipe "Bioinformatique:Structure et
Interactions" a été notée A+ en 2010 par l’AERES.
Nom Activité Recrutement Grade
BETTLER Emmanuel BioInformatique 2003 MC-UCBL
BLANCHET Christophe BioInformatique 1999 IR1-CNRS
CHEMELLE Julie-Anne Modélisation moléculaire 2011 MC
COMBET Christophe Bioinformatique 2002 CR1-CNRS
DELÉAGE Gilbert BioInformatique 1993 PRCE UCBL
GEOURJON Christophe Bioinformatique 1994-2006 IRHC-CNRS
LAVERY Richard Simulation moléculaire 2007 DRCE-CNRS
MARTIN Juliette Bioinformatique 2008 CR1-CNRS
RIVIERE Christine Secrétariat 2002 TCE
TERREUX Raphaël Modélisation moléculaire 2007 MC
ZAKRZEWSKA Krystina Simulation moléculaire 2007-2012 DR2-CNRS
Liste des membres permanents de l’équipe BISI (BioInformatique : Structures et Interactions)
Ne voulant pas interférer avec le laboratoire de recherche que j’ai dirigé pendant 11 ans, j’ai souhaité
ne plus en faire partie pour le contrat 2016-2020. C’est pourquoi, depuis 2016, mon activité est exercée
au sein de l’UMR 5305 dirigée par B. Verrier et plus particulièrement au sein de la plateforme PRABI-LG
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGECurriculum vitae 5
animée par le Pr. R. Terreux. Mon activité est centrée sur le développement de logiciels pour la pédago-
gie en biochimie, la rédaction d’ouvrages pédagogiques, la maintenance des serveurs web ouverts
(NPS@, geno3D) et le développement de logiciels clients serveurs comme Antheprot, Antheprot 3D et
Dicroprot.
I.9. RESPONSABILITES SCIENTIFIQUES COLLECTIVES LOCALES/REGIONALES
Membre élu au conseil du Département Chimie-Biochimie UCBL (2014-2018)
Co-responsable de l’axe bioinformatique de l’ARC « Santé » Région Rhône-Alpes (2011-
2018). Membre du Bureau
Membre du comité de pilotage de l’UMS 3444 « SFR BioSciences Gerland - Lyon Sud » (2007-
2015)
Création et direction du laboratoire BMSSI « Bases Moléculaires et Structurales des Sys-
tèmes Infectieux » UMR CNRS/Université (2011-2015)
Membre du comité de direction de l’Institut de Chimie de Lyon.
Directeur de l’Institut de Biologie et Chimie des Protéines (200 personnes) CNRS-Université
Lyon1 (2007-2015)
Directeur Adjoint de l’IBCP UMR 5086 (2005-2006) 5086 CNRS-Université Lyon1
Membre élu au conseil d’UFR de Chimie-Biochimie (2004-2008)
Membre élu de la CSES 64e section UCBL (2004-2007)
Membre élu au conseil d’UFR de Chimie-Biochimie (2000-2004)
Co-fondateur du Pôle Bioinformatique Lyonnais (Dr M. Gouy) en janvier 1998 devenu PRABI
en 2000.
Membre de la Commission de Spécialistes de l'Enseignement Supérieur (CSE 64ème section
à l'UCB lyon I) (1992-1996 en tant que membre B)
Responsable de l’informatique et du réseau Ethernet de l'Institut de Biologie et de Chimie des
Protéines (1993-1999).
Président de jury de Baccalauréat Scientifique Lycée LALANDE à Bourg en Bresse (2 fois), et
lycée Lyon Ampère Saxe (2004)
Membre élu du conseil et du bureau de l'UFR de Chimie-Biochimie en 1997-1998 (membre B).
I.10. RESPONSABILITES SCIENTIFIQUES COLLECTIVES AU NIVEAU NATIONAL
Membre élu et 1er Vice Président du Conseil National des Universités 64e section (2011-
2014), représentant du groupe X à la CP-CNU (2011-2014).
Membre du conseil scientifique de l’Institut de Recherche Interdisciplinaire IRI USR 3078 CNRS
(2012-2015).
Membre du conseil scientifique du GDR 3003 CNRS Bioinformatique Moléculaire (2010 -
2013)
Chargé de mission « Bioinformatique, Systèmes » et suivi de la section 20 du CNRS pour l’Ins-
titut des Sciences Biologiques (INSB) du CNRS (01/2009-12/2013)
Membre du conseil scientifique du GIS IBiSA (Infrastructures en Biologie, Santé et Agrono-
mie) (2008-2009) du Ministère de la Recherche.
Membre nommé au Conseil National des Universités 64e section (2008-2011)
Membre du Conseil scientifique du Pôle de recherche scientifique et technologique : «Mo-
délisation, informations et systèmes numériques» de Lorraine dans le cadre du plan état-ré-
gion. (2007-2013)
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGE6 Curriculum vitae
Membre élu au comité national du CNRS (section interdisciplinaire 44 "Bioinformatique")
2006-2007
Membre du comité exécutif du GDR 3003 CNRS Bioinformatique Moléculaire (2005-2009)
Membre extérieur de la CSES 64e section à l’Université Louis Pasteur de Strasbourg (2004-
2008)
Membre élu au comité national du CNRS (section 21: Bases moléculaires et structurales du
vivant"). Membre élu du bureau. Mandat 2004-2007
Expert auprès de la Direction des Etudes Supérieures du Ministère Délégué à la Recherche et
aux Nouvelles Technologies (2004-2005)
Vice-président de l’ACI « IMPbio » du Ministère de la recherche (2002-2003)
Membre du conseil scientifique de l'ACI du Ministère Globalisation des Ressources Informa-
tiques et des Données (GRID) (2001-2002)
Membre du comité national de gestion des grands centres nationaux de calculs IDRIS-CNRS,
CINES-MESR, « Systèmes Moléculaires Organisés en Biologie » CP7 (1998-2004)
Trésorier du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire (2001)
Animateur (1999-2001) d’un groupe thématique national : « Analyse systématique des inte-
ractions et des structures tridimensionnelles » dans l’action « Informatique, Mathématiques
et Physique pour la génomique » du Ministère de la recherche.
Secrétaire du Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire en 1999 puis trésorier en
2001
I.11. PARTICIPATION A DES COMITES DE SELECTION ET DE RECRUTEMENT AU NIVEAU NATIONAL
18/04/2017 et 03/05/2017 Membre du comité de sélection d’un PR à l’Université de Marseille
12/04 et 12/05 2016 Membre du comité de sélection d’un MCU 64e à Paris-Sud
10/04 et 13/05 2014 Membre du comité de sélection d’un MCU 64e à Nantes (UFIP)
27 Avril et 12 Mai 2010 Membre du comité de sélection d’une chaire CNRS pour un MCU à
Marseille (LISM - UPR 9027 CNRS).
31 mai 2010 Membre du comité de sélection d’une chaire CNRS pour un MCU à l’Ecole Poly-
technique.
6 mai 2011 Membre du comité de sélection d’un poste PR 0357 à l’Université de la Réunion.
20 mai 2011 Membre du comité de sélection d’une chaire CNRS poste MCF 1146 à l’Univer-
sité Lille 2
17 avril 2013, Membre du comité de sélection d’un poste PR 85e à l’Université Lyon1
5 Juin 2013, Président d’un comité de sélection MCU 64e à l’Université Lyon 1
17-18 septembre 2013, Président du comité de recrutement d’un IR CNRS bioinformatique
pour l’IGBMC.
I.12. COMITES - LECTURE - RAPPORTS – EXPERTISES – REPRESENTATIONS (DEPUIS 2003)
Membre de l’Editorial Board de « Advances in Bioinformatics » (depuis 2014)
Expert scientifique pour le CEFIPRA (Centre de Recherche Indo-Français) (2013)
Expert pour ANR Blanc SVSE8, Modèles Numériques (2013)
Expert pour JCJC SVSE5, ANR Blanc SVSE6 (2012)
Membre du Comité de Programme du congrès JOBIM 2012 (370 participants Rennes)
Expert pour les promotions de personnels à l’Indian Institute of Science (2010, 2011)
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGECurriculum vitae 7
Représentation de la tutelle CNRS aux comités AERES (UMR 6204 Nantes, IMR UPR 3243 et
LISM UPR 9027 Marseille, CBM UPR 4301 Orléans, UMR 2472 Gif/Yvette, UMR 7175 Stras-
bourg, IFR 147 Lille, UMR 6022 Compiègne, UPR9073, UMR 7099)
Expert pour l’ANR COSINUS (2010) et Modèles Numé-
riques (2011)
Membre du Comité de Programme du congrès JOBIM Mon enseignement est assuré
2011 (~ 450 participants à Pasteur) en totalité 192 H Eq TD depuis
Expertise scientifique Région Pays de Loire (2007), Lor- ma nomination en 1984
(moyenne 200H eqTD par an).
raine 2010, Aquitaine 2009-2010
Expert pour l'ANRT (bourse CIFRE) (2008-2009)
Président du comité AERES de l’unité UMR 8015
14/01/2009.
Expert pour l’ANR Jeunes Chercheurs et ANR Blanc (2005, 2006, 2008, 2009).
Expert pour le prix « Royal Society Award » 2008
Membre du comité AERES d’évaluation de l’IBMC UPR
9002 CNRS Strasbourg (19 - 21 février 2008), comité Création en 1993 (et dévelop-
d’évaluation INSERM U665 Paris (13 février 2008), de pement jusqu’en 2011) du site
l’IGBMC UMR 7104 Strasbourg (4 -7 février 2008) Web de l’IBCP
(http://www.ibcp.fr) qui a été
Expert scientifique pour le CEFIPRA (Centre de Re-
classé site le plus visible du
cherche Indo-Fançais) (2007) CNRS par Webometrics en juil-
Président du comité d’évaluation de l’UPR2589 « In- let 2007 (2e en janvier 2008, 3e
formatique et Génomique Structurale » (2006) en Janvier 2009).
Expert de projets pour la "Royal Irish Academy " Ir-
lande (2006)
Expert pour le Fond Canadien de l'Innovation (FCI)
2006
Expert pour le comité RIO de Biologie Structurale (2003-2006)
Membre du comité d’évaluation de l’unité UMR 8015 11/02/2005
Mission sur la BioInformatique en Californie pour l’ambassade de France aux Etats-Unis (Février
2004).
Membre du Comité d’évaluation de l’UMR 6098 Architecture et Fonction des Macromolécules
Biologiques (2003).
Reviewer pour Bioinformatics, Applied Bioinformatics, J.Mol.Biol., Nucl. Acids Res., Proteins, BMC
Bioinformatics, BMC Genomics, BMC Structural Biology, Biochimie, Bioinformatics and Biology In-
sights, Microbial Pathogenesis, Nucleosides Nucleotides and Nucleic Acids, The Protein Journal,
Plos ONE, Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, Molecular Biosystems.
I.13. RESPONSABILITES D’U.E. D’ENSEIGNEMENTS
Licence (depuis 2002)
UE IBIS Introduction à la BioInformatique Structurale (3 crédits en Licence de Biochimie L3 S5)
UE Programmation graphique en Biochimie (3 crédits en Licence de Biochimie L2 S4)
UE Bases de données structurales en biochimie (3 crédits UE optionnelle de Biochimie en L3)
Master (depuis 1998)
UE Bioinformatique structurale (6 crédits Master de Biochimie M1)
UE Méthodes en Bioinformatique Moléculaire (UE M2, resp. D. Mouchiroud et G. Deléage)
Doctorat:
Module inter école doctorale de Bioinformatique
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGE8 Curriculum vitae
Ecole Normale supérieure de Lyon: (depuis 1994)
UE Statistiques et Informatique Appliquée à la Biologie (UE L3 du magistère, resp. D. Mouchiroud
et G. Deléage)
Institut National des Sciences Appliquées (INSA) (depuis 2004)
Bioinformatique protéique dans le cursus de BioInformatique et Modélisation 4 e année (resp: G.
Deléage)
I.14. SOCIETES SAVANTES
Membre de la Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire (SFBBM)
Membre de la Société Française de Bioinformatique (SFBI)
I.15. ACTIVITES D’INTERET GENERAL
Développement de la base de données des personnels, publications (remise à jour hebdo-
madaire des citations), travaux et tâches, anciens doctorants, contrats, newsletter et
thèses de l’IBCP (en fonction de 2005-2015).
Développement du site Web de l’IBCP (1993-2011)
I.16. DISTINCTION
Chevalier dans l’ordre des Palmes académiques
I.17. RECONNAISSANCE SCIENTIFIQUE
Titulaire de la Prime d’Excellence Scientifique (2011-2014)
Titulaire de la Prime d’Encadrement Doctorale et de Recherche de (1991-2010)
I.18. INDICATEURS DE PRODUCTION SCIENTIFIQUE ET DE VISIBILITE INTERNATIONALE
La liste des publications est disponible à: http://perso.ibcp.fr/gilbert.deleage/fr/publi_gd.php
ou sur Google Scholar (http://scholar.google.fr/citations?user=ijx5ISwAAAAJ&pagesize=100)
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGECurriculum vitae 9
Percentiles de citations* Nombre d'articles
0,01% ≥ percentile 0
0,01% > percentile ≥ 0.1% 3
1% > percentile ≥ 0.1% 8
1% > percentile ≥ 10% 31
10% > percentile ≥20% 20
20% > percentile ≥50% 14
* indique que 3 publications sont parmi les 0,1% les plus citées dans Wos
OUVRAGES Impact factor
Publications à comité de lecture 96 Journal Nombre 2010
IF moyen 4.87 Source ISI
NAT MED 1 25.43
Publications avec un IF >4 50
HEPATOLOGY 3 10.885
Publications avec un IF >10 8
BLOOD 1 10.558
Publication avec un IF >= 25 1 TRENDS BIOCHEM SCI 2 10.364
Premier signataire 13 NUCLEIC ACIDS RES 6 7.479
Dernier signataire 26 ONCOGENE 1 7.414
Chapitres de livres et d’ouvrages 13 CLIN CHEM 1 6.886
Communications 146 MOL BIOL EVOL 1 5.51
Valorisations – Brevets 4 J BIOL CHEM 3 5.328
J VIROL 7 5.189
CITATIONS (105 items) BIOCHEM J 1 5.016
Citations (All databases WoS) EUR J CANCER 1 4.944
7651
EUR J IMMUNOL 1 4.942
Moyenne de citations par article 72.9
BIOINFORMATICS+CABIOS 14 4.877
Citations (Google scholar) 10771 MOL MICROBIOL 1 4.819
Citations hors auto citation (Wos) 7445 BIOCHIM BIOPHYS ACTA 1 4.237
Articles avec 200 citations ou plus 7 DATABASE 1 4.020
Articles avec 100 citations ou plus 13 INSECT BIOCHEM MOLEC 1 4.018
H index (Wos) 36 J MOL BIOL 2 4.008
H index (Google scholar) 40 J UROLOGY 1 3.862
J APPL CRYSTALLOGR 1 3.794
G index* (Wos) 86
BIOCHIMIE 1 3.787
AUTRES BIOCHIM BIOPHYS ACTA 1 3.587
Livre Bioinformatique (Dunod) 1 MATRIX BIOL 2 3.328
BIOCHEMISTRY-US 2 3.226
Participations jurys HDR ou thèses 79
PROTEINS 1 3.085
Contrats de recherche** 32 (4.4 M€) BMC BIOINFORMATICS 2 3.028
J MED VIROL 1 2.895
Organisation de congrès 13
PROTEIN SCI 1 2.741
Invitations séminaires (ou cours) 38
J MOL RECOGNIT 3 2.286
Directions de thèse 11 GENE 2 2.266
COMPUT BIOL MED 1 1.112
* En classant les publications par ordre décroissant M S-MED SCI 1 0.486
du nombre de citations le G Index est le numéro BIOFUTUR 1 0.038
de la publication pour laquelle le nombre cu-
mulé de citations est immédiatement supérieur Répartition des publications
au carré du rang. par facteur d’impact.
**
dont 4 contrats Européens (2 NOE + 2 Projets in-
tégrés), 1 CPER, 1 plan Campus
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGE10 Curriculum vitae
Positionnement dans la thématique ("molecular modelling" OR "secondary structure prediction" OR "sequence ana-
lysis" OR "web server") AND PROTEIN (51e dans le monde, 1er en France) d'après WOS (Mai 2018).
_________
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGEActivité de recherche 11
pide fixant avec une grande réactivité le dicyclo-hexyl-
II. ACTIVITES DE RECHERCHE carbodiimide (DCCD) qui pouvait, selon certains au-
teurs, constituer le canal à protons du complexe AT-
Pour une meilleure clarté les activités détaillées de re-
Pase-ATPsynthase. Ce protéolipide a été appelé
cherche sont présentées de manière chronologique :
"DCCD binding protein". L'étude des flux de protons à
Tout d’abord, les travaux des 2 thèses (bioénergé-
travers le facteur Fo a été envisagée notamment en
tique/biochimie puis biophysique/Bioinformatique
purifiant la "DCCD binding protein" puis en la recons-
préparées dans 2 laboratoires différents correspon-
tituant dans des liposomes. Nos études suggéraient
dant à une mobilité thématique. Ensuite, sera pré-
que le protéolipide est insuffisant à lui seul pour cons-
senté l’ensemble des travaux réalisés ou encadrés lors
tituer un canal à protons (T1). Ce résultat a d'ailleurs
de mon arrivée en 1992 à l’IBCP.
été établi depuis par d'autres auteurs.
L'étude des flux de protons à travers l'ATPase-ATPsyn-
II.1. Travail de recherche effectué pendant la
thase a été envisagée par reconstitution des mem-
thèse de 3EME cycle (1982-1984)
branes mitochondriales avec un autre peptide du fac-
La première partie de mon travail a été réalisée dans teur Fo, l'"Oligomycin Sensitivity Conferring Protein"
le Laboratoire de Biologie et Technologie des Mem- ou "OSCP". Nos résultats ont montré que l'OSCP ne
branes (LBTM) du Pr. D.C. Gautheron. La recherche a participait pas directement à la conduction des pro-
porté sur l'étude de l'ATPase-ATPsynthase mitochon- tons mais qu'il avait plutôt un rôle structural dans le
driale. Cette enzyme catalyse de façon réversible la canal à protons (P4).
synthèse d'ATP à partie d'un gradient de protons. Ces études m’ont permis de me former aux tech-
niques de fluorescence, de purification et de reconsti-
ADP + Pi + Energie ATP tution d'activités enzymatiques à partir de protéines
purifiées.
Ma première activité de recherche a consisté à établir
des corrélations entre les vitesses de production et II.2. TRAVAIL DE RECHERCHE EFFECTUE PENDANT LA
d'utilisation des protons et la vitesse de synthèse THESE DE DOCTORAT (1985-1988)
d'ATP, afin de déterminer la localisation des protons
La deuxième partie de mon travail a concerné l'étude
efficaces pour la synthèse d'ATP. Pour mesurer l'éta-
structurale de l'ATPase-F1 et a été menée dans le La-
blissement du H, une méthode très sensible a été
boratoire de physico-chimie biologique du Pr. Roux B
utilisée reposant sur une variation provoquée par le
en relation avec le groupe de D.C. Gautheron. Bien
pH (en général une extinction) de l'intensité de fluo-
qu’à l’époque, l'ATPase-F1 était considérée comme
rescence d'une molécule sonde (9-amino-6-chloro-2-
une pompe à protons, impliquant donc des mouve-
méthoxyacridine). Nos résultats ont suggéré que les
ments de charges électriques, aucune étude des pro-
protons efficaces pour la synthèse d'ATP ne doivent
priétés électriques du facteur F1 n'avait été décrite.
pas être répartis de façon homogène dans le cœur des
C'est pourquoi, j’ai étudié les propriétés électriques
phases, mais plutôt en faveur d'une localisation res-
de l'ATPase F1 en solution. La technique de biréfrin-
treinte des protons. En fonction des expériences ciné-
gence électrique était la méthode de choix pour abor-
tiques réalisées, un modèle a été proposé dans lequel
der ce type de question. Le signe de la biréfringence
les protons efficaces pour la synthèse d'ATP sont loca-
de l'ATPase F1 est négatif indiquant que son orienta-
lisés temporairement dans des "compartiments ciné-
tion dans un champ électrique est due principalement
tiques" (P1, P2).
à un moment dipolaire permanent dont la direction
Dans les mitochondries de mammifères, le nombre de
est globalement perpendiculaire aux grands axes de la
peptides différents faisant partie du complexe AT-
molécule. L'analyse de la décroissance de la biréfrin-
Pase-ATPsynthase était encore inconnu. En effet, le
gence électrique m’avait permis de mesurer les di-
facteur Fo, implanté dans la membrane, comportait
mensions de l'ATPase F1 en solution en faisant l'hypo-
un nombre inconnu de peptides. Cependant, parmi les
thèse d'une forme en ellipsoïde aplati et en utilisant la
peptides du facteur Fo identifiés il existe un protéoli-
constante de diffusion de translation calculée à partir
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGE12 Activité de recherche
de la constante de sédimentation (P3). Cet article n’a Ainsi, j’ai mis au point une méthode de prédiction ori-
pas eu d’écho important dans la littérature et pour- ginale permettant d'obtenir une meilleure qualité de
tant, ces dimensions ont été confirmées par la struc- prédiction que la méthode de Chou et Fasman alors
ture cristallogaphique résolue 15 ans plus tard par largement utilisée. Cette méthode dite de "double
John Walker ! prédiction" utilise la prédiction préalable de la classe
Dans le cadre de l'étude de l'interaction entre l'ATPase structurale des protéines pour optimiser les para-
F1 et l'inhibiteur naturel protéique IF1, j’ai montré, mètres de la prédiction de la structure secondaire des
par biréfringence électrique, une diminution de protéines (P7). Cette méthode permet de prédire en-
l'orientation du complexe F1-IF1. Puisque le dipôle viron 61% des acides aminés dans le même état con-
électrique des hélices est très important et que les formationnel que celui observé par diffraction des
prédictions de structures secondaires appliquées à rayons X. J’ai également montré que, combinée à des
l'inhibiteur IF1 révélait au moins 60% d'hélices, la di- méthodes existantes, basées sur l'homologie de sé-
minution du signal (en valeur absolue) de biréfrin- quences, ma méthode permet de prédire environ 70%
gence électrique induit par IF1 a été attribuée à une des acides aminés dans le bon état conformationnel.
diminution de l'intensité du moment porté par F1. Le développement de cette méthode m’a valu d'être
Globalement, la biréfringence électrique nous a per- invité par G.D. Fasman à écrire un chapitre dans un
mis de confirmer l'importance des propriétés élec- livre intitulé "Prediction of Protein Structure and Prin-
triques de F1 dans les mécanismes catalytiques d'hy- ciples of Protein Conformation" (L6).
drolyse d'ATP. L'application de ces prédictions à notre modèle
Un des moyens d'étude des interactions entre les d'étude qu'est l'ATPase-F1 avait révélé des homolo-
sous-unités de l'ATPase F1 est représenté par des me- gies de structures secondaires entre les sous-unités
sures d'accessibilité des groupements aromatiques en et et des protéines de structures tridimensionnelles
fluorescence intrinsèque. Nous avons cherché à obte- connues présentant des hélices disposées en angles
nir des renseignements locaux sur la répartition et droits (" corner"). Les prédictions de structure se-
l'environnement des groupements aromatiques de condaire appliquées aux différentes sous-unités de
l'ATPase F1. Par des mesures d'atténuation de fluores- l'ATPase F1 révèlent des structures (hélice et feuillet)
cence intrinsèque menées sur l'ATPase F1 native, une alternées dans les sous unités et , et séparées dans
différence d'accessibilité des résidus tyrosines de F1 le cas de . Dans la sous-unité , une très longue hélice
vis à vis d'agents atténuateurs a été mise en évidence avait été prédite. Aujourd’hui on sait grâce à la cristal-
(T2). Cette différence d'accessibilité disparaît lorsque lographie qu'elle constitue l'axe du rotor moléculaire
l'ATPase F1 est dénaturée suggérant que certains de de l'enzyme. Des zones d'interactions potentielles ont
ces groupements sont situés à l'intérieur de la molé- également été proposées sur et sur grâce à l'exa-
cule ou dans des zones d'interactions entre les sous- men de l'inégalité de répartition des acides aminés hy-
unités. Cependant, l'ATPase de porc possède un seul drophobes et hydrophiles dans les hélices prédites
Trp avec un rendement très faible situé sur la sous (amphiphilicité). Les prédictions de structure secon-
unité . L'interprétation de ces expériences promet- daire appliquées à l'inhibiteur protéique naturel IF1
teuses était donc très difficile sur l'enzyme entier. révèlent un fort taux d'hélicesdont l'amphiphilicité
C'est pourquoi, nous avions envisagé de reproduire importante serait à l'origine de l'interaction.
l'expérience avec des sous-unités purifiées.
A partir des séquences des sous-unités disponibles de- II.3. TRAVAIL DE RECHERCHE EFFECTUE APRES LA
puis 1985, j’ai réalisé une étude exhaustive de ces sé- THESE DE DOCTORAT (1989-1992)
quences. Pour mener au mieux cette exploitation de
séquences, j’ai réalisé l'informatisation de la méthode Le travail a porté sur une approche expérimentale et
de Chou et Fasman pour prédire la structure secon- théorique de la structure des protéines avec comme
daire des protéines (P6). Cette période qui a com- modèle principal l'ATPase F1 mitochondriale.
mencé en 1986 marque le début de mon intérêt pour Tout d'abord, au niveau expérimental, les études
la bioinformatique. structurales de l'ATPase-F1 ont été poursuivies en col-
laboration avec A. Di Pietro, F. Penin et G. Divita.
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGEActivité de recherche 13
Des études en fluorescence intrinsèque et en di- IBM France (portant sur le prêt d'une station gra-
chroïsme circulaire ont montré que le seul trypto- phique 5080) concernant l'implantation du logiciel
phane de l'ATPase-F1 de cœur de porc, situé en posi- ANTHEPROT sur une station de travail type 6150. Ce
tion n°4 sur la sous-unité est impliqué dans l'interac- travail a fait l'objet du DEA de C. Geourjon. Dans ce
tion avec la sous-unité (P13, L7). Cependant, au ni- contexte, nous avons étroitement collaboré avec R.
veau de l'enzyme entier, les mesures de fluorescence Lahana qui est l'auteur du logiciel de modélisation mo-
sont beaucoup plus adaptées à l'ATPase F1 de Schi- léculaire (MAD) conçu au Centre de Recherches des
zosaccharomyces pombe (avec 2 Trp ayant un bon Laboratoires Pierre Fabre. Grâce à la réussite du pro-
rendement quantique sur la sous-unité ) que sur jet initial, le contrat d'étude a été renouvelé pour une
l'ATPase de porc. Il a été ainsi montré sur l'ATPase-F1 année supplémentaire par la société IBM (G2) notam-
de Schizosaccharomyces pombe que la fluorescence ment afin de réaliser l'interface avec MAD (P16) et a
intrinsèque de l'ATPase-F1 native est essentiellement permis à C. Geourjon d'obtenir une bourse doctorale
due aux Trp portés par la sous-unité ; celui présent de la Région Rhône-Alpes, puis le prix du jeune cher-
dans la sous-unité ayant un rendement beaucoup cheur de la ville de Lyon en 1995. Plusieurs améliora-
plus faible (probablement à cause de l'interaction tions concernant le logiciel ont été réalisées dans le
avec la sous unité comme cela a été observé dans cadre de la thèse de doctorat de Christophe Geourjon.
l'enzyme de mammifère). De plus, des expériences Suite à la restructuration de l'unité CNRS et de la bio-
d'atténuation de fluorescence en présence de diffé- chimie à Lyon dans les années 90, j'ai intégré avec
rents effecteurs ont permis de montrer une hétérogé- Christophe Geourjon l'Institut de Biologie et Chimie
néité au niveau des tryptophanes portés par les sous- des Protéines en juin 1992 pour y développer une ac-
unités (P15). Ces aspects structuraux sur l'enzyme tivité de bioinformatique et de modélisation molécu-
de Schizosaccharomyces pombe ont fait l'objet du di- laire.
plôme de doctorat de G. Divita.
Parallèlement, les études théoriques sur la prédiction II.4. RECHERCHE EFFECTUEE A L’IBCP (DEPUIS 1992)
de la structure des protéines se sont intensifiées et Suite à mon arrivée avec 1 thésard à l'Institut de Bio-
mon orientation scientifique s’est définitivement por- logie et Chimie des Protéines du CNRS (IBCP-UPR 412),
tée vers la bioinformatique. j'ai assuré la mise en place d'une unité de modélisa-
Dans ce contexte, j’ai initié le développement d’un lo- tion moléculaire qui a donné naissance avec l'unité de
giciel (ANTHEPROT) pour le traitement théorique des RMN à l'équipe "Conformation des protéines" au sein
séquences de protéines (antigénicité, hydrophobicité, de l'Institut de Biologie et Chimie des Protéines. Cette
accessibilité, flexibilité, prédiction de structures, etc.) équipe a été rebaptisée « Bioinformatique et RMN
dont la version "micro-ordinateur" a fait l'objet d'un structurales » et sa composition est donnée au cha-
contrat de valorisation (P8, P9, G1). Les possibilités de pitre IV 13. L’activité en « bioinformatique molécu-
ce logiciel ont d'ailleurs été démontrées dès 1987 lors laire structurale » du groupe 8 permanents en 2019 (2
du 14ème Forum des jeunes chercheurs de la SFBBM DR, 2 CR, 2 MC, 1 IR, 1 PR) comprend 5 orientations
dans le cadre d'un atelier technique dont j’ai eu la res- principales et est décrite dans le site web que j’ai dé-
ponsabilité de l'organisation. Aujourd'hui, les diffé- veloppé et situé à http://pbil.ibcp.fr.
rentes publications se rapportant au logiciel
ANTHEPROT font l'objet de plus de 250 citations. II.4.1. AMÉLIORATION DU LOGICIEL ANTHEPROT
J’ai également assuré une journée de cours et de L’objectif général de cette activité consiste en la mise
démonstrations pratiques dans le cadre de la à disposition de la communauté scientifique interna-
formation permanente du CNRS ayant pour titre tionale d’outils d’analyse de séquences et de struc-
"Analyse statistique des séquences génétiques" tures de protéines à travers le logiciel ANTHEPROT.
organisée par le Laboratoire de Biométrie, à Lyon du Ensuite, l'addition de nouveaux modules a été réalisée
3 au 7 juillet 1989. dans le cadre de la thèse de C. Geourjon. Le logiciel
De plus, pour pouvoir développer cet outil sur le plan ANTHEPROT a été partiellement intégré par la société
lyonnais, j’ai établi un contrat d'étude avec la société Oxford Molecular (Oxford, UK) leader européen en
Titres et travaux scientifiques – Gilbert DELÉAGEVous pouvez aussi lire
