TROUVER DES POISSONS GRÂCE À LEUR ADN
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TROUVER DES POISSONS GRÂCE À LEUR ADN
Prise d’échantillons, analyse d’ADN, identification à l’aide de bases de données : ces étapes ne servent pas ici à retracer un
coupable à partir d’une scène de crime, mais plutôt à vérifier, grâce à la nouvelle technique de l’ADN environnemental, quels
poissons se trouvent dans les lacs de trois parcs nationaux du Québec.
Où se trouve l’omble chevalier ? Mireille Boulianne se raconte-t-elle. Cette nouvelle technique permet, à l’aide
posait la question dans les deux parcs nationaux de la d’échantillons pris dans l’eau, de confirmer ou d’infirmer la
région de Charlevoix où elle est responsable du service de présence d’une espèce dans un lac sans tuer un spécimen.
la conservation et de l’éducation. Elle savait déjà que des
poissons de cette espèce nageaient dans un des lacs du
parc national des Hautes-Gorges-de-la-Rivière-Malbaie L’AIDE D’UN LABORATOIRE
et dans une dizaine de lacs du parc national des Grands-
Mireille Boulianne a fait appel au spécialiste en la matière
Jardins. « Mais je voulais savoir s’il y en avait dans d’autres
au Québec : Louis Bernatchez. S’il n’est pas l’inventeur de
lacs », dit-elle.
la technique, le directeur de l’Institut de biologie intégrative
Pour obtenir une réponse, l’approche d’usage consistait à et des systèmes (IBIS) et titulaire de la Chaire de recherche
réaliser une pêche expérimentale. Mais pour l’omble chevalier, du Canada en génomique et conservation des ressources
recourir à cette technique déplaisait à Mireille Boulianne, aquatiques à l’Université Laval en a rapidement compris le
« parce qu’il s’agit de très petites populations susceptibles potentiel. Depuis environ quatre ans, son laboratoire maîtrise
d’être désignées comme menacées ou vulnérables ». Après ce procédé et l’a adapté aux besoins rencontrés ici dans
tout, elle souhaitait justement obtenir cette information la gestion et la conservation des populations de poissons
pour mieux indiquer aux pêcheurs les endroits où vit l’omble d’eau douce.
chevalier, aussi appelé truite rouge, et leur rappeler de faire
L’approche permet d’économiser du temps, de l’argent et
attention à la limite de prise, restreinte à cinq poissons de
des efforts. Plutôt que de travailler avec des filets ou des
cette espèce souvent confondue avec l’omble de fontaine.
bourolles, des échantillons d’eau ont donc été prélevés en
« J’ai cherché une autre méthode et c’est là que je suis tombée août 2017 dans cinq lacs du parc national des Grands-Jardins
sur de la documentation au sujet de l’ADN environnemental »,
Bulletin de conservation 2018 9
et dans deux autres du parc national des Hautes-Gorges-de- conservation de l’omble de fontaine, aussi nommée truite
la-Rivière-Malbaie. Ils ont ensuite été pompés à travers des mouchetée, une espèce vivant dans les lacs du parc national
filtres. Ces derniers ont retenu les cellules, les morceaux de du Mont-Tremblant depuis des milliers d’années.
tissus, les mucus ou les excréments libérés par les poissons,
puis ont été congelés, avant d’être acheminés au laboratoire Lorsqu’un concurrent ou prédateur plus habile se glisse dans
de l’Université Laval. la même niche écologique, l’omble de fontaine se voit forcé de
modifier son alimentation. Le nombre de spécimens de cette
Grâce aux filtres, les membres de l’équipe de Louis Bernatchez espèce indigène, autrefois abondante sur le site, diminue en
analysent les traces d’ADN, ces molécules contenant le raison de l’introduction d’une vingtaine d’espèces exotiques
bagage génétique. Ils caractérisent un segment spécifique compétitrices dans les lacs, parfois à cause de l’utilisation
d’ADN, à l’aide d’une méthode qui permet de multiplier le de « poissons-appâts » par des pêcheurs. Au total, plus d’une
nombre de copies de cette région et de la visualiser avec un trentaine d’espèces auraient été introduites sur ce territoire
appareil approprié. Comme la variation du code génétique depuis l’arrivée des Européens en Amérique et auraient
dans cette région est propre à une espèce ciblée, il est perturbé l’intégrité des écosystèmes. « On ne sait pas à quel
possible de conclure qu’il y a présence, dans ce cas-ci, point nos lacs sont détériorés par l’activité humaine », soulève
d’omble chevalier, si le segment peut être visualisé. Hugues Tennier.
À l’été 2017, la firme Ressources forestières Rivest a été
mandatée pour prélever les échantillons de l’eau de 17 lacs
qu’on présume être des habitats de l’omble de fontaine dans le
parc national du Mont-Tremblant. Par la même occasion, cette
tâche a été réalisée en septembre dans un 18e plan d’eau, le
lac Monroe, considéré comme un habitat historique du touladi.
Aussi pompés à travers un filtre, congelés, puis envoyés au
laboratoire de l’Université Laval, ces échantillons se révèlent
plus complexes à analyser. « On amplifie l’ADN de toutes les
espèces de poissons qui sont présentes et, ensuite, on fait
le ménage par une procédure bio-informatique, décrit Louis
Bernatchez. On sépare les séquences d’ADN différentes les
unes des autres, puis on identifie chacune des espèces de
poissons qui sont représentées dans le lot. »
Dans un cas comme celui-ci, il devient nécessaire de
séquencer des segments composés de 300 paires de
bases, rattachant les deux brins torsadés d’ADN tels des
barreaux. « Notre échantillon peut contenir une dizaine de
millions de séquences, qui vont représenter l’ensemble des
DÉTECTER LES ESPÈCES ENVAHISSANTES espèces. Il faut faire le tri. Il faut comparer nos séquences
Hugues Tennier, responsable du service de la conservation et avec des bases de données pour pouvoir dire que celle-ci
de l’éducation au parc national du Mont-Tremblant, a entendu représente l’omble de fontaine et celle-ci l’omble chevalier,
parler de la démarche de Mireille Boulianne. Il a aussitôt vu le
potentiel de l’ADN environnemental pour relever des enjeux
rencontrés sur son territoire. Mais son objectif se distinguait :
il souhaitait inventorier l’ensemble des espèces présentes
dans certains lacs. Le but : comprendre les interactions en jeu
sous l’eau et détecter si des espèces envahissantes gênaient
des espèces indigènes.
En 2016, le parc national du Mont-Tremblant avait effectué une
analyse de l’état des stocks de poissons sur son territoire et
élaboré un plan de gestion halieutique. « Une des choses qui
était ressortie, c’est qu’on avait besoin de mieux connaître ce
qui se passait dans nos lacs réputés allopatriques », souligne
Hugues Tennier.
Les lacs allopatriques constituent des plans d’eau dans
lesquels une seule espèce de poisson vit sans concurrente.
Le maintien de cette condition s’avère crucial pour la
10 sepaq.com 
par exemple. » L’équipe sera en mesure de juger à quelles
espèces elles appartiennent grâce à un catalogue, dressé
en 2011 par Louis Bernatchez et Julien April, contenant les
« codes-barres » de l’ADN de plus de 750 espèces de poissons
d’eau douce d’Amérique du Nord.
Louis Bernatchez juge qu’il sera intéressant de voir si la
technique mettra en lumière la présence d’espèces de
poissons qui n’avaient encore jamais été repérées dans ces
lacs du parc national du Mont-Tremblant. « C’est fort probable,
affirme le chercheur. La raison pour ça est assez simple : si
on veut vraiment être exhaustif, il faut habituellement utiliser
différents types d’engins de pêche et on n’a pas toujours
les ressources pour le faire. Il y a des espèces qui sont très
sédentaires et d’autres, à l’inverse, qui bougent beaucoup. Si
on n’a pas déployé tous ces types d’engins, il se peut qu’on
passe à côté d’espèces. Mais on va les détecter avec l’ADN
dans l’eau. »
Ce portrait plus précis de la faune aquatique va ensuite jeter
les bases d’un plan de travail pour la restauration d’habitats et
la protection d’espèces dans le parc, souligne Hugues Tennier.
Selon les résultats de l’analyse, différentes options pourraient
être envisagées, comme aménager des cascades pour
freiner des poissons envahisseurs, retirer massivement des
spécimens d’une espèce exotique, voire traiter des lacs à
la roténone, un produit naturel qui permet d’éliminer des
poissons indésirables, pour y réintroduire ensuite des espèces
indigènes du bassin versant. Les traces d’ADN fourniront donc
la clé pour reconstituer adéquatement, non pas la scène d’un
crime, mais l’intégrité de certains écosystèmes ! ■
LOUIS BERNATCHEZ
Directeur, Institut de biologie intégrative et des systèmes
(IBIS), Chaire de recherche du Canada en génomique
et conservation des ressources aquatiques
Il a adapté la technique de l’ADN environnemental aux
besoins rencontrés au Québec dans la gestion et la
conservation des populations de poissons d’eau douce,
notamment pour inventorier celles des parcs nationaux.
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