Une seule santé MUSE Intégration interdisciplinaire dans l'étude des épidémies d'Ebola - Agropolis International
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Une seule santé MUSE
Intégration interdisciplinaire dans l’étude
des épidémies d’Ebola
Dr Alpha Kabinet Keita Pr Alice Desclaux
1 mars 2021 Agropolis International
Projet EboHEALTH: Comprendre et prévenir l’émergence d’Ebola
• CERFIG (Conakry) TransVIHMI (IRD, INSERM, Univ Montpellier)
• IP Pr Eric Delaporte, Dr Abdoulaye Touré (2019-2021) Fint MUSE
• 4 angles pour aborder l’émergence / objectifs de recherche:
- Santé animale: Explorer le portage du virus Ebola par les chauves-souris,
comprendre l’écologie et la dynamique du virus de l’espèce réservoir
- Santé humaine: Explorer le portage d’anticorps Ebola, comprendre les
épisodes épidémiques antérieurs et leurs déterminants
- Environnement: Comprendre les facteurs climatiques et
environnementaux des émergences, cartographier les risques
- Sociétés: Connaître les rappports entre humains et chauves-souris,
comprendre les facteurs sociaux de la surveillance communautaire
One Health
1 mars 2021 Agropolis International
Ecologie et transmission d’EBOV Disciplines engagées dans EboHEALTH
Ecologie
Modélisation
Epidemiologie
Santé publique
Virologie
Ecologie
Anthropologie
Santé publique
1 mars 2021 Agropolis International
Approche en virologie (+ écologie) 1 mars 2021 Agropolis International
MIE constituent une menace majeure pour la santé humaine
Augmentation de la fréquence des MIE
60 % des agents pathogènes sont zoonotiques,
>70% trouvent leur origine dans la faune
Environ 5 événements/an
Environ 3 nouvelles zoonoses /an
Comprendre l'écologie de chaque zoonose
émergente
Evaluation des risques et élaboration de plans
d'intervention et de contrôle
Augmentation des nouvelles épidémies
dans la population humaine
1 mars 2021 Agropolis International
Réservoir animal et émergence
Identifier de manière précise les mécanismes de transmission de l’EBV et
d’autres virus responsables de zoonoses des chauves-souris aux humains
et à des hôtes intermédiaires (primates non-humains, autres espèces
animales) :
La recherche prospective dans la faune sauvage
L’investigation des voies de transmission et modes de contact entre
différentes espèces de chauves-souris et entre chauves-souris et
espèces de la faune sauvage suspectées de jouer un rôle de
réservoir
1 mars 2021 Agropolis International
Ebola antibodies in NHP and bats
(Luminex assay, multiple antigens and Ebola viruses)
Retrospective testing of NHP Prospective sampling and testing of bats
(Ayouba et al, JID, 2019) (De Nys et al, EID, 2018)
• 4600 samples ( 32 monkey species, 3 • 4022 bats tested
ape species) frugivorous bats (43.2%) 12 species
• LOW prevalence of Ebola antibodies: insectivorous bats (54.7%) > 27 species.
• NHP are not a reservoir but rather
intermediate/amplifying hosts •
Coronavirus : Etude pilote en Guinée
319 bats: 14 genera and 6 families (insectivorous and
frugivorous bats)
100
CoVs in 35 (11%) bats
◦ 3 insectivorous species (i.e. Hipposideridae, XX Collection site
99
NobeCoV
Rhinolophidae and Nycteridae) No CoV
beta-CoV
92
100
alpha-CoV
◦ 5 fruit bat species (Eidolon helvum, Rousettus
100
alpha and beta CoV
99
0 100 km 200 km
aegyptiacus, Lissonycteris angolensis, 94
94
94
Epomophorus gambianus, Nanonycteris sp.). 88
97
96 97
88 EmbeCoV
wide diversity of alpha and beta coronaviruses in 13 100
99
of the 14 sites
◦ 3 sequences clustered with SarbeCoVs and 100
SarbeCoV
MerbeCoVs, known to harbor the highy
pathogenic human coronaviruses SARS-CoVs and 89
100
MERS-CoVs respectively.
89
100
94
88
100
MerbeCoV
72% positive bats captured close to human habitats
94
100
99
1 mars 2021 Agropolis International
Approche en anthropologie (+ santé publique) 1 mars 2021 Agropolis International
1. L’investigation du spill over 1 mars 2021 Agropolis International
2. Etude ethno rapports humains-chiroptères
Approche ethnographique incluant aspects linguistiques, B. Frerot, M. Diop
taxonomie, pratiques, usages et dimensions idéelles
Résultats
Quatre sites différents (pour l’écologie chauves-souris,
Chauves-souris
l’histoire épidémie d’Ebola, la composition ethnolinguistique)
• Village (Basse Guinée): chauves-souris présentes, • Contacts indirects, flou
insectivores, non exposé à Ebola, Peuls (pulaar) taxonomique 2-3 catégories
• Archevêché de Conakry: urbain, présence dense de • Cibles, marquées réservoir
colonies chauves-souris manguiers, concerné par Ebola, Ebola, chassées consommées
chassées, pluriethnique (français) par jeunes « forestiers »
• Site d’enquête écologique et rapports organisés par la • Protocoles de contacts,
recherche (français) souci de non-nuisance,
focalisation virus biosécurité
• Site en transformation environnementale et sociale
(construction d’un barrage), multiethnique et migrants • Exploration en 2021
> Statuts divers des chauves-souris, en danger par des messages sanitaires qui les
indexent, avec pratiques locales déterminent les rapports au risque
1 mars 2021 Agropolis International3. Dimensions socio-éthiques de la surveillance communautaire
Question: Comment le spill over est identifié et géré côté humains?
(E. Barranca, A. Touré)
Résultats
Contexte: institutionnalisation de l’approche One Health Surveillance
Biosécurité > Développement du rôle des agents de santé
• Une histoire de la santé commu-
communautaire (1ère ligne). Surveillance et alerte en santé humaine et nautaire puissante en Guinée
animale, mobilisés en cas d’épidémie pour la surveillance des cas
• Depuis 2018, des missions plus
contacts amples et impliquant une
Objectifs: Comprendre leur inscription sociale et leurs problèmes adaptation à l’innovation
éthiques > Explorer les questions éthiques posées par la surveillance • Des statuts hétérogènes
communautaire en one health (facteurs possibles de sous-notification) (bénévoles/professionnels)
Méthode: marqués par la précarité
Analyse du système de soins et des rôles de surveillance sur le terrain, • Incertitudes d’une « profession »
en devenir, aux activités dépendant
ethnographie des pratiques des agents de SC (site urbain, site rural)
de l’aléa épidémiologique
Exploration en cours du suivi des contacts pour Ebola (février 2021)
1 mars 2021 Agropolis InternationalCollaborations inter-disciplinaires: bilan • Chaque discipline a son approche, son champ de recherche et ses méthodes: l’approche du projet est pluridisciplinaire et échanges inter ou trans-disciplinaires • Echanges riches sur le terrain puis sur certaines analyses, compréhension réciproque (langage en commun) établis au cours des 2 premières années du projet • La notion d’environnement dans le modèle One Health est interprétée différemment selon l’approche: • en virologie: environnement naturel, écosystéme • en anthropologie: « contexte » social, historique, culturel, politique, syst de soins • La complémentarité avec les deux autres approches (épidémiologie et modélisation) sur un socle commun permettra de couvrir l’ensemble des questions émergence 1 mars 2021 Agropolis International
Merci pour votre attention alpha-kabinet.keita@ird.fr alice.desclaux@ird.fr 1 mars 2021 Agropolis International
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