AGRONEWS Le numérique au service d'une agriculture durable - DOSSIER - Cirad Reunion
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AGRONEWS Édition Réunion-Mayotte / océan Indien le journal du cirad en outre-mer DOSSIER Le numérique au service d’une agriculture durable Numéro 9 # septembre 2019
EDITO SOMMAIRE L’ambition « science » DOSSIER au cœur de notre activité le numérique L utter contre les grands fléaux en in -F e rra ri santé animale, mais aussi en au service santé végétale ; rechercher des d’une agriculture t ar M D. solutions agro-écologiques pour durable © endiguer durablement les nouvelles espèces invasives et répondre aux (pages centrales, enjeux sociétaux sans pesticide ; numérotées de I à IV) faire de la bio-économie circulaire non plus un concept mais une réa- lité insulaire et industrielle ; faire avancer les connaissances dans les agro-biosciences pour mieux innover et participer activement à la compétitivité LE CIRAD À LA RÉUNION INNOVATION Page 3 Page 10 des agricultures ultramarines en alliant amé- Quelle coopération régionale pour Nouvelle filière : valoriser le poivre sauvage lioration des itinéraires techniques et scénarios de rupture… Telles la sécurité alimentaire de l’océan Indien ? réunionnais sont les avancées significatives de nos fronts actuels de recherche Stimuler les défenses naturelles de l’ananas que nous vous invitons à découvrir dans ce nouvel AGRONEWS. Page 11 Pour les cinq prochaines années, le Cirad s’est construit de nouveaux Favoriser le bio et les produits péi objectifs de stratégie scientifique partenariale. L’ambition « science » est réaffirmée comme notre socle d’activité au travers de six priorités RECHERCHE dans les cantines Approvisionnement en fruits et légumes : thématiques pour un impact concret sur le développement : Page 4 quel rôle jouent les bazardiers ? • La biodiversité comme levier de développement et de résilience . Comment maintenir la diversité génétique du Bois puant Page 12 • La santé des plantes, des animaux et des écosystèmes dans une Mieux comprendre les épidémies agricoles Une mallette pédagogique approche intégrée et « One Health ». pour les vétérinaires • Une ingénierie des transitions agro-écologiques. Page 5 Un guide pour reconnaître les auxiliaires • Des territoires comme leviers de développement durable et inclusif Simuler des lâchers de moustiques tigre des cultures à La Réunion • Des systèmes alimentaires plus durables et inclusifs. stériles. Le point avec Annelise Tran et Marion Haramboure Page 13 • Des agricultures du Sud accompagnées face au changement clima- tique. Page 6 Agro-écologie : le Cirad accompagne Taille du manguier : un modèle pour évaluer la lutte contre la mouche de la fraise Tout ceci vient à point nommé pour nourrir la réflexion lancée cette les conséquences, une thèse pour améliorer La lutte bio est-elle efficace contre année par la Commission européenne avec le document d’orientation la coupe Bactrocera dorsalis ? du « Plan stratégique du programme-cadre de recherche et d’inno- Page 7 vation Horizon Europe », qui prendra la suite du programme Horizon 2020 sur la période 2021-2027. La microbiologie au service des fruits MAYOTTE ET OCÉAN INDIEN Page 8 A La Réunion, nous revisitons nos ambitions en terme d’agriculture Page 14 Un observatoire de l’herbe pour les éleveurs en vue de la nouvelle programmation territoriale des fonds européens L’élevage, réserve potentielle de bactéries Un drone pour calculer la biomasse résistantes aux antibiotiques ? 2021-2027. Nul doute que nos prochains projets de recherche seront fourragère en phase et au service du développement des territoires de La Réunion Nouvelles crises sanitaires à Mayotte Page 9 et Mohéli et de Mayotte et de leur rayonnement régional. Fertilisation en phosphate : mieux connaître Page 15 Car le partenariat est au cœur de la mission du Cirad. C’est un levier les sols réunionnais Les zébus Moka et Mahorais reconnus stratégique qui accompagne la production scientifique pour catalyser Une cartographie automatisée des sols comme races bovines françaises le développement. A La Réunion, comme à Mayotte, des relations La renaissance d’une filière d’agrumes sains fortes ont été tissées dans la durée et constituent un capital précieux et un avantage comparatif. Pour notre dossier spécial, nous avons choisi de faire un point sur nos CHIFFRES-CLÉS/FOCUS activités en matière de "transition numérique". Le rapport « Agricul- Page 16 ture-Innovation 2025 » du ministère de l’Agriculture a souligné l’en- jeu que représente l’exploitation des données numériques pour le monde agricole : applis pour smartphones, services internet, Big data, robots, drones... Nous vivons actuellement la nouvelle révolution d’une agriculture plus connectée. Et à La Réunion où en sommes-nous ? Directeur de publication : Eric Jeuffrault Photo de couverture : © Antoine Franck, Cirad Bonne lecture ! Coordination éditoriale : Sophie Della Mussia Conception graphique et réalisation : Patricia Doucet, avec la contribution de Marie Rousse Eric Jeuffrault, directeur régional du Cirad pour La Réunion-Mayotte Relecture : Nadège Nanguet, Jean-Cyril Dagallier et les pays de la COI (hors Madagascar) Illustrations : Delphine Guard-Lavastre, Marie Rousse Textes : Laurent Decloître, Laurent Bouvier, avec la contribution des équipes du Cirad à La Réunion-Mayotte Impression : NID Imprimerie, La Réunion Les projets du Cirad à La Réunion sont financés par l’Union européenne (Feader et Feder), Direction régionale du Cirad pour La Réunion-Mayotte et les pays de la COI Le Cirad est la Région, l’État et le département de La Réunion (hors Madagascar) membre du RITA Réunion Station de la Bretagne - 40, Chemin de Grand Canal - CS 12014 97743 Saint-Denis Cedex 9 - Ile de La Réunion Tél. standard : +262 (0)2 62 72 78 00 - Tél. direction : +262 (0)2 62 72 78 40 Le Cirad est Fax : +262 (0)2 62 72 78 01 membre fondateur Courriel : dir-reg.reunion@cirad.fr - Site web : http://reunion-mayotte.cirad.fr de MUSE MINISTÈRE DES AFFAIRES ÉTRANGÈRES 2 ET EUROPÉENNES AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 SEPTEMBRE 2019
CONFÉRENCE-DEBAT Le cirad à la réunion Quelle coopération régionale pour la sécurité alimentaire de l’océan Indien ? Une réflexion et un exercice de construction collective autour d’un enjeu capital commun : la sécurité alimentaire. Tel était l’objet de la conférence-débat co-organisée par le Cirad, dans le cadre de la plateforme régionale en recherche agronomique pour le développement en océan Indien (PRéRAD-OI). Cet événement se tenait en marge de la 42e foire agricole de Bras-Panon. P rofessionnels de l’agriculture, cher- mais chacun a pu témoigner du manque la convergence des dynamiques afin de cheurs, acteurs publics, économiques de concertation, de coordination entre les maintenir les mobilisations et inscrire les et politiques : plusieurs dizaines projets, notamment lorsqu’ils dépendent actions dans la durée, etc. d’acteurs du monde agricole et de la coo- de financements distincts. Il nous faut mili- Les échanges tenus lors de cette confé- pération régionale des cinq pays de la zone ter pour une meilleure articulation et une rence ont enfin permis d’identifier deux océan Indien se sont retrouvés le 16 mai plus grande cohérence de l’action collec- initiatives prioritaires pour demain : consti- dernier pour échanger sur leurs actions en tive au service de la stratégie régionale. tuer un observatoire des agricultures et matière de sécurité alimentaire. En pré- « A cet égard, il est impératif de pour- des marchés de l’océan Indien et favoriser sence de l’Union européenne, de la Com- suivre et d’approfondir les efforts engagés mission de l’océan Indien (COI), de les échanges physiques entre opérateurs en matière de connaissance mutuelle des l’Organisation des Nations Unies pour l’ali- agricoles de la zone, afin de « mettre en territoires, des productions, des acteurs mentation et l’agriculture (FAO) et du commun les données, connaissances et et des marchés à professionnaliser, struc- Fonds international de développement savoir-faire ». turer et sécuriser », souligne Eric Jeuf- agricole (FIDA), il s’agissait d’un point frault, directeur régional du Cirad à La Le succès historique de la foire de d’étape, trois ans après la première confé- Réunion-Mayotte et pays de la COI (hors Bras-Panon, élargie depuis quelques rence qui avait jeté les bases d’une coopé- Madagascar). années à des opérateurs de l’océan Indien, ration, posant notamment la question de conduit à s’interroger sur sa duplicabi- En troisième lieu, il apparaît que des l’intensification des échanges dans la zone. lité dans la région : l’évolution de la foire territoires comme Maurice, Madagas- Les acteurs présents ont insisté en car mais également les Comores et dans en Salon professionnel des agricultures premier lieu sur l’importance de faire une moindre mesure les Seychelles, ont de l’océan Indien, organisé sur une base progressivement émerger une vision com- tout à gagner en développant une stra- itinérante dans les îles de la COI fait son mune des enjeux liés à la sécurité ali- tégie intensifiée d’import/substitution, à chemin. A suivre… mentaire. « L’objectif est d’atteindre une l’exemple de ce que La Réunion a entre- production suffisante, adaptée et dédiée pris depuis les années 70-80. La coopé- prioritairement aux réponses des besoins alimentaires des populations de chaque ration régionale doit pouvoir soutenir ces dynamiques territoriales, en favorisant les La parole île et pouvoir exporter demain pour se développer ». Pour cela, il faut parvenir processus de structuration de filières et de transfert de savoir-faire, dès lors qu’ils à nos partenaires à engager des opérateurs économiques visent à mieux répondre aux enjeux de Daniel GONTHIER, Plusieurs (agriculteurs, coopératives, agro-indus- Maire de la Ville de Bras-Panon production et de consommation locales. dizaines d’acteurs tries) dans le développement de projets La présentation de projets emblématiques de l’océan Indien de coopération. et les débats ont permis d’identifier des « En partenariat avec se sont réunis en marge de En second lieu, il importe de disposer déterminants de succès de collaboration d’une plus grande visibilité de l’écosys- comme l’analyse des besoins des parties le Cirad, nous envisageons la 42e foire agricole de Bras-Panon, tème actuel de la coopération régionale, à prenantes, la confiance mutuelle entre d’organiser un salon autour du thème savoir des projets et des acteurs engagés les acteurs, l’ancrage territorial des ini- agricole de l’océan Indien ». de la sécurité en matière de sécurité alimentaire. De tiatives et leur articulation avec l’existant, alimentaire. très nombreuses initiatives sont identifiées la lisibilité de la gouvernance des projets, « La Foire Agricole de Bras-Panon a toujours apporté une attention particulière à la coopé- ration régionale. Ces échanges sont essentiels au rapproche- ment de nos peuples et à la réalisation de nos projets. La Foire Agricole 2019 a été l’occasion d’une ouverture sur l’agriculture dans l’Indianocéa- nie, ponctuée par la tenue du COPIL 3 du Programme Régional de Sécurité Alimentaire et de Nutrition et le deuxième forum sur la Sécurité Alimentaire en présence des pays membres de la COI. Menée en étroite collaboration avec le Cirad, cette action en présence de la FAO, du FIDA et de la COI a permis des échanges nourris autour du savoir-faire de chaque pays dans un esprit de complémentarité et de solidarité. Toujours en partenariat avec le Cirad, il est envisagé l’organisation d’un salon profession- nel de l’Océan Indien, tous les 2 ans, tour à © Ville de Bras Panon tour dans chaque île, afin de faire la promo- tion du professionnalisme agricole en Indiano- céanie dans toutes ses dimensions : de la recherche au terrain, de la fourche à la four- chette ! » AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 - SEPTEMBRE 2019 3
UNE OPPORTUNITE ANALYSE DES HERBIERS HISTORIQUES RECHERCHE POUR LA REFORESTATION ? Mieux comprendre Comment maintenir les épidémies agricoles la diversité génétique du Bois puant Il reste moins de 300 spécimens de Bois puant (Foetidia mauritiana) dans les milieux naturels à La Réunion ! Cet arbre endémique de l’île et de Maurice subit les conséquences de la déforestation. Autrefois commun dans les forêts tropicales sèches, son avenir est incertain car Les scientifiques du Cirad et du MNHN > les zones où il survit sont désormais fragmentées. Le Bois puant est hermaphrodite et cela complique ses chances de pollinisation croisée. recherchent dans des herbiers historiques Par ailleurs, les graines, contenues dans des fruits à coque dure, de l’ADN de la germent difficilement. bactérie responsable Nicolas Cuénin, doctorant au Cirad, s’est penché sur le sort de Foetidia du chancre citrique. Objectif : reconstituer mauritiana pour évaluer sa diversité génétique et les risques pour son évolution, dater sa survie. Ce sont 196 arbres en milieux naturels et 93 en plantations son introduction et qui ont été échantillonnés par l’équipe de recherche. Les deux ravines suivre sa propagation (Tamarins et Grande Chaloupe) ont été explorées pour y recueillir dans l’océan Indien. 1660 fruits. Sur les 592 graines extraites, 169 plantules sont sorties de terre sous les serres du Cirad à Saint Pierre. Tous ces arbres ont été © A. Rieux, Cirad génotypés. « A notre heureuse surprise, constate Nicolas Cuénin, la diversité génétique est très forte chez les adultes. Leur durée de vie étant très longue, ces arbres ont vraisemblablement poussé avant les débuts de la déforestation et n’ont donc pas été impactés ». Le régime de reproduction relève aujourd’hui surtout de l’auto-fécondation. D’où vient le chancre des agrumes, une suivant d’assez près l’abolition de l’esclavage, Les distances sont désormais trop grandes entre les arbres pour une maladie qui sévit dans la majorité des îles de la maladie a pu être introduite avec des plants bonne pollinisation. « Cela entraîne une baisse de diversité génétique l’océan Indien ? Quand a-t-elle émergé ? importés d’Asie lors du recrutement de chez les nouvelles générations, ce qui peut conduire à une baisse Est-ce que la bactérie responsable, travailleurs “engagés” dans les plantations » de la capacité de survie globale de l’espèce », analyse Nicolas Cuénin. Xanthomonas citri pv. citri, a évolué ? Pour analyse Adrien Rieux, généticien des Pour la réhabilitation de cette espèce emblématique et la préservation répondre à ces questions, des chercheurs du de sa diversité génétique, il faudrait augmenter les flux de pollen populations au Cirad. Cirad et du Muséum National d’Histoire entre les arbres. Pour y parvenir, l’équipe de recherche préconise Naturelle (MNHN) se sont lancés dans la « Ces résultats illustrent l’immense potentiel de diminuer les distances entre chaque arbre nouvellement planté, paléogénomique. Il s’agit de reconstruire les des collections d’herbiers historiques dans la pas à plus d’une centaine de mètres les uns des autres. Des résultats génomes d’organismes anciens à partir de compréhension de l’émergence et de très utiles aux programmes de conservation et de restauration, comme celui mené par le Parc national à la Grande Chaloupe. matériel biologique conservé dans des l’évolution des micro-organismes pathogènes ossements fossiles, des tissus momifiés ou des cultures » confirme Nathalie Becker du nicolas.cuenin@cirad.fr encore des plantes d’herbiers, comme ceux MNHN. « Ils seront complétés par des données de l’Université de La Réunion et de l’île issues d’échantillons provenant d’autres Les abeilles sont peut-être moins efficaces Maurice. « Les micro-organismes qui vivaient herbiers du monde afin d’avoir une image > que les chauves-souris pour polliniser le Bois puant. dans les plantes lors de la mise en collection globale de la façon dont cette maladie s’est sont bien évidemment morts mais il est possible, à l’aide de protocoles moléculaires propagée depuis l’Asie vers l’ensemble de la spécifiques, d’extraire, amplifier et séquencer zone intertropicale et de comprendre les leur ADN » s’enthousiasment Paola Campos et mécanismes évolutifs sous-jacents » précise Karine Boyer, respectivement doctorante et Lionel Gagnevin du Cirad. De nouvelles études technicienne au Cirad, et impliquées dans ce sur d’autres maladies et cultures sont projet au Pôle de Protection des Plantes. actuellement en cours et permettront Une fois séquencé, l’ADN bactérien peut être d’améliorer nos connaissances sur l’histoire et comparé avec celui de ses homologues l’évolution de plusieurs micro-organismes contemporains. Pour le chancre des agrumes, phytopathogènes (bactéries, virus) ; un les chercheurs ont estimé, pour la première prérequis indispensable à une meilleure fois, la vitesse d’évolution de cette bactérie et gestion de ces derniers. © N. Cuenin, Cirad daté l’arrivée de la maladie autour des années 1850 dans la zone océan Indien. « Cette date adrien.rieux@cirad.fr EN BREF L’épidémiologie au secours des agrumes sous la menace du greening Cette maladie bactérienne est une menace dans les zones touchées. Afin de les adapter sanitaire majeure pour les producteurs d’agru- aux situations épidémiologiques des régions mes. Le Greening des agrumes (Huanglong- ultra-marines, des chercheurs du Cirad, en bing ou HLB) est transmis par des insectes, partenariat avec l’Anses, ont entamé un travail © A. Franck, Cirad les psylles, et infecte les arbres qui dépé- de recherche combinant modélisation et épi- rissent et meurent en quelques années. L’ar- démiologie. L’objectif est également de mieux rachage des arbres malades fait partie des comprendre la ré-émergence du greening à stratégies de lutte ayant fait preuve d’efficacité La Réunion. 4 AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 - septembre 2019
RECHERCHE LUTTE CONTRE LA DENGUE LE POINT AVEC ANNELISE TRAN ET RE, « Simuler des lâchers de moustiques tigre MARION HARAMBOU MODéLISATRICES stériles mais boostés » AU CIRAD Pour lutter contre les épidémies véhiculées par le moustique tigre, les chercheurs du Cirad et de l’IRD expérimentent la technique de l’insecte stérile et une variante « boostée ». Le moustique tigre (Aedes albopictus) est sabilité d’une variante de la TIS, appelée « boosted impliqué dans de nombreuses épidémies à TIS », est également étudiée. Les mâles sont sté- travers le monde, y compris à La Réunion... rilisés et « contaminés » avec du pyriproxyfène, un A La Réunion, ce moustique est directement impliqué régulateur de croissance affectant le développement dans l’épidémie de dengue qui sévit depuis 2017. En larvaire. Le biocide est transmis aux femelles lors juillet 2019, plus de 24 370 cas autochtones ont été des accouplements puis dispersé sur les gîtes lar- confirmés par la Préfecture de La Réunion depuis vaires par celles-ci au moment de la ponte. le début de l’épidémie. Où en est l’évaluation de cette variante ? Sans remède efficace contre la maladie, il Avant d’expérimenter ces pratiques sur le terrain, apparaît essentiel d’en contrôler le vecteur... nous avons développé des modèles pour explorer Exactement, puisqu’aucun médicament n’est dis- les effets de ces stratégies de contrôle sur le mous- R. Carayol © Cirad ponible, le contrôle des populations de moustiques tique tigre à La Réunion. Les modèles montrent que tigre reste donc la pierre angulaire pour maîtriser la boosted TIS présente des résultats plus efficaces l’épidémie. à long terme. Annelise Tran Les insecticides ne jouent-ils pas ce rôle ? A quand les essais terrain ? Les insecticides sont les principaux moyens de lutte Un premier lâcher de moustiques mâles stériles a mais ils présentent de nombreux inconvénients pour été réalisé mi-juin par l’IRD. Pour la boosted TIS, il l’écosystème. D’autres méthodes de contrôle doivent faudra attendre de nouvelles autorisations adminis- être développées. tratives. Parmi lesquelles la technique de l’insecte stérile... Cette technique de l’insecte stérile (TIS) est une méthode alternative consistant à libérer des mâles stérilisés par irradiation. Ces mâles, stériles mais sexuellement actifs, réduisent le succès de repro- duction des moustiques femelles rencontrées, entraî- nant ainsi un déclin de la population de l’espèce de moustique ciblée. © IRD R. Carayol © Cirad Cette méthode a-t-elle prouvé son efficacité ? Les mâles de moustiques stériles réduisent le succès La TIS présente des résultats positifs pour lutter de reproduction des moustiques femelles rencontrées contre les ravageurs des cultures. Par contre, son (ici femelle d’Aedes albopictus, vectrice de la dengue efficacité doit encore être évaluée dans le cas du et du chikungunya), entraînant ainsi un déclin Marion Haramboure de la population cible. moustique. Dans le cadre du projet «Revolinc», la fai- On connaît l’implication des moustiques, et plus épizootique* à La Réunion, nos travaux montrent généralement celles des diptères, dans la transmission que pour la BTV, on assiste plutôt à une circulation de maladies à l’homme. Mais, on le sait moins, les enzootique**, c’est-à-dire que le virus est présent toute Les diptères diptères sont aussi des vecteurs d’agents pathogènes pour les animaux. Les Culicoides, petits moucherons l’année à la fois chez les hôtes et chez les vecteurs de la maladie », explique Catherine Cêtre-Sossah, sous surveillance qui se nourrissent de sang, transmettent aux ruminants des orbivirus, dont deux sont présents à La Réunion : chercheuse au Cirad. L’objectif de ces travaux est de mieux orienter le contrôle de ces maladies les virus de la Bluetongue (BTV) et de la maladie à La Réunion à travers une méthode originale hémorragique des cervidés (EHD). « Si l’EHD s’avère de surveillance des deux virus. Systèmes de piégeage des diptères sur le terrain à La Réunion pour assurer leur surveillance. *Qui a les caractères de l’épizootie, © F. Boucher, Cirad © C. Garros, Cirad © C. Garros, Cirad épidémie qui frappe les animaux. **Maladie infectieuse des animaux sévissant dans une zone donnée (étable, village, région, etc.) ou à certaines époques périodiques, sans tendance à l’extension. AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 -septembre 2019 5
TAILLE DU MANGUIER RECHERCHE Ne pas couper n’importe comment La taille du manguier modifie sa croissance végétative, au niveau des points de taille ainsi que sur des branches non taillées. T Une thèse ailler un arbre n’est pas anodin : cette pratique le traumatise et affecte sa étudie croissance végétative, sa floraison et comment le sa production de fruits. Pourtant, la taille manguier réagit est une pratique agricole indispensable. à la taille, de Elle permet de mettre en forme les arbres et de maintenir leurs dimensions dans des façon à limites raisonnables pour favoriser l’entre- maîtriser les tien du verger et la récolte. dimensions de La réponse des arbres fruitiers à l’arbre et la taille a été peu étudiée, sauf sur des favoriser la espèces tempérées comme le pommier ou le pêcher. Pour les fruitiers tropicaux production de comme le manguier, on en connait moins fruits. les conséquences. Du coup, les pratiques © F. Normand, Cirad reposent essentiellement sur l’expérience empirique des producteurs. Dans le cadre de sa thèse au Cirad, Séverine Persello a mis en place et suivi pendant deux ans une expérimentation visant à décrypter les effets de la taille sur la croissance végéta- tive et la floraison du manguier. diamètre) et à l’arbre (quantité de branches permettre de tester, avec les producteurs, Ses résultats, publiés dans European et feuilles retirées) » détaille Séverine Per- de nouvelles techniques visant à trouver Journal of Agronomy, montrent que le sello. La floraison est ensuite affectée par un bon compromis entre le maintien des manguier émet rapidement de nouvelles les caractéristiques des nouvelles pousses dimensions des arbres et les effets négatifs pousses, au niveau des points de taille et induites par la taille. potentiels de la taille sur la floraison et la à distance dans la canopée. « L’intensité de production de fruits ». cette réaction et son déroulement dans le « La réponse du manguier est très com- temps dépendent de facteurs liés au point plexe, précise Frédéric Normand, respon- de taille (position le long de la branche, sable des recherches. Cette thèse va nous frederic.normand@cirad.fr Un modèle Comment évaluer la réponse du manguier à différentes stratégies de taille sans avoir à réaliser des expérimentations coûteuses en temps et en de taille le long des branches, peuvent alors être simulées. Le modèle calcule « la quantité de nouvelles pousses qui apparaissent ensuite, leur localisation et la pour évaluer main-d’œuvre ? En réalisant des simulations numériques ! Les chercheurs du Cirad peuvent désormais prédire dynamique de leur apparition dans le temps », précise Isabelle Grechi, chercheuse au Cirad. quelle sera la croissance végétative du manguier les conséquences si on enlève peu de grosses branches ou beaucoup de petites branches. Les premiers résultats montrent que la surface foliaire retirée par la taille n’est pas compensée par de nouvelles pousses sur les branches taillées, mais « elle l’est de la taille Pour réaliser de telles simulations, ils ont mis au point un modèle numérique qui simule la manière dont l’arbre largement par les nouvelles pousses qui apparaissent sur se développe, fleurit, produit des fruits et, poursuit les branches non taillées », ajoute Frédéric Normand. Frédéric Boudon, « sa réponse à la taille ». Le modèle est A terme, ces simulations seront utilisées pour tester ensuite appliqué à la maquette 3D d’un arbre adulte virtuellement différentes stratégies de taille et sélectionner digitalisé. Différentes stratégies de taille, définies par la celles dont les résultats correspondent à des objectifs quantité de bois et de feuilles retirés et par la profondeur fixés avec les agriculteurs, avant de les tester au champ. Réponse simulée du manguier à la taille : Simulation d’une taille sur un arbre adulte : les pousses colorées sont apparues en réaction les branches colorées sont taillées et retirées. à la taille. Leur couleur indique leur date Leur couleur correspond à la profondeur d’apparition, plus ou moins précoce après de la taille de long des branches. la taille. Les huiles essentielles noliques et de résorcinol ont augmenté dans an après la plantation, sur les trois parcelles EN BREF au secours des mangues Et si les huiles essentielles venaient au les fruits, ce qui est essentiel pour résister à C. gloeosporioides. En revanche, les tests n’ont eu aucun effet détectable lors de l’appli- situées sur la station de Bassin-Plat à Saint- Pierre et chez deux agriculteurs dans l’ouest, les chercheurs ont constaté « une bonne secours des mangues péi ? C’est l’hypothèse cation de l’huile essentielle par volatilisation reprise » avec des différences attendues de sur laquelle travaille le Cirad pour aider à lutter sur des nécroses de la mangue. D’autres développement végétatif. En particulier, les contre l’anthracnose, une maladie fongique modes de traitement de conservation doivent manguiers greffés sur le porte-greffe Vellaiku- qui attaque les mangues après leur récolte. donc encore être testés. lamban sont ainsi plus petits que les autres. Les exploitants ont bien du mal à se débarras- Les observations de développement et de ser des Colletotrichum gloeosporioides agres- Bonne évolution des porte-greffes production de ces arbres seront poursuivies seurs. Le Cirad s’est intéressé aux propriétés nanisants de manguiers dans les années à venir. L’objectif de ces fongitoxiques de deux huiles essentielles : X2 Quelles nouvelles des porte-greffes testés porte-greffes (la partie racinaire d’un arbre et X5. Un test in vitro a montré l’efficacité de par le Cirad, sur lesquels les variétés de man- fruitier greffé) est in fine d’améliorer les ren- X5. Les concentrations de composés phé- gues José et Cogshall ont été greffées ? Un dements sur des arbres de petite taille. 6 AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 - septembre 2019
RECHERCHE R. Carayol © Cirad AGRO-ALIMENTAIRE La microbiologie au service des fruits Comment mieux étudier les maladies qui (bactéries, levures, moisissures). Les isolats Les «outils microbiologiques» sont ainsi touchent la mangue, l’ananas, la banane sont ensuite caractérisés puis les souches utilisés sur fruits frais pour étudier les après la récolte ? Comment trouver des intéressantes sont archivées pour une maladies post-récolte mais également sur solutions de conservation alternatives ? Pour les fruits transformés pour en suivre la réutilisation ultérieure. le Cirad, les solutions passent par la mise en qualité, et parallèlement pour rechercher La deuxième approche est basée sur des espèces microbiennes d’intérêt pour la œuvre «d’outils microbiologiques». Plusieurs l’extraction et le séquençage d’ADN bio-préservation. Ils sont également mis à approches sont développées. La première profit pour caractériser les terroirs de concerne la microbiologie classique, basée microbiens. Cette approche moléculaire produits à haute valeur ajoutée comme le sur la culture et l’isolement des micro- permet de dresser un inventaire exhaustif poivre sauvage, le cacao ou la vanille. organismes. Elle permet de faire l’inventaire des espèces microbiennes, cultivables ou des espèces microbiennes cultivables non, présentes dans l’aliment. jean-christophe.meile@cirad.fr EN BREF Détecter les mycotoxines atelier s’est déroulé au sein des laboratoires gestion des ravageurs, des maladies et des Il faut savoir qu’un quart des cultures vivrières Qualisud du Cirad à Saint-Pierre. Jean-Chris- adventices des cultures maraîchères et frui- de la planète est attaqué par des moisissures tophe Meile, chercheur au Cirad, coordon- tières, sans utilisation de pesticides de syn- productrices de mycotoxines, occasionnant nateur d’une action de recherche sur les thèse, a été dressé en collaboration avec près d’un milliard de tonnes de pertes de mycotoxines, et Noël Durand, expert venu de 35 agriculteurs. Ce premier travail a permis denrées par an. Montpellier, ont animé des travaux pratiques. d’identifier un ensemble de techniques telles En décembre 2018, des chercheurs et Une cinquantaine d’échantillons (arachides, que les associations et rotations culturales, les techniciens de Madagascar, café, cacao, maïs, riz, lait) apportés par les plantes de services, les bandes enherbées, Maurice, Comores, Sey- participants ont été testés à cette occasion. les filets anti-insectes, les extraits naturels Le travail se poursuit en s’attachant plus par- chelles et La Réunion de plantes, l’ensachage des fruits etc. Il va ticulièrement au riz et au maïs. ont participé à un nourrir la phase suivante du projet consis- atelier de forma- tant à combiner et équilibrer ces leviers et à tion du projet ST0P aux pesticides de synthèse concevoir de nouveaux systèmes horticoles Qualinnov 2, Le Cirad et ses partenaires* se sont lancés innovants qui seront expérimentés à Saint- consacré à la en 2018 dans un projet ambitieux – financé Paul, Bassin-Martin et Bassin-Plat. détection des par Ecophyto – le projet ST0P (Systèmes mycotoxines dans les ali- Tropicaux 0 Pesticides de synthèse). Un * L’Armeflhor, la FDGDON, la Chambre d’agri- ments de l’océan Indien. Cet inventaire des pratiques déjà utilisées pour la culture et le Lycée agricole de Saint-Paul AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 - septembre 2019 7
ELEVAGE RECHERCHE Un drone pour calculer © A. Franck, Cirad la biomasse fourragère Avec un drone couplé à une caméra et un spectromètre, le Cirad teste une nouvelle méthode pour évaluer la biomasse de fourrage disponible dans l’île. S ans fourrage, pas d’élevage ! La connaissance de consiste à utiliser des images «multi spectrales» (dans la quantité de biomasse de fourrage disponible les spectres visible et infrarouge) prises à faible altitude est essentielle à la filière. C’est pourquoi le Cirad (40 m) à l’aide d’une caméra spéciale fixée sur un drone. accompagne l’Association Réunionnaise de Pastora- Ces images permettent de calculer des « indices de lisme (ARP) dans le suivi hebdomadaire d’un réseau de végétation » reliés à la biomasse d’herbe disponible. parcelles fourragères représentatives des différents Au terme des tests et de la phase de calibration, sols et climats de l’île. Ce suivi permet de collecter des la méthode sera transférée à nos partenaires pro- informations sur les dynamiques de croissance de fessionnels. « Elle facilitera la collecte d’informations l’herbe afin de restituer aux éleveurs des indicateurs en permettant la couverture complète d’une parcelle leur permettant une gestion efficace des ressources de 5 hectares en seulement 10 minutes », précise fourragères. Serge Nabeneza, technicien au Cirad. Elle permettra L’évaluation de la biomasse nécessitait jusque-là un également d’améliorer la précision des mesures avec très grand nombre de mesures de la hauteur du couvert une résolution de 2 cm au sol et ainsi de mieux Les indices de végétation, reliés à la biomasse herbacé et du poids de biomasse correspondant pour prendre en compte l’hétérogénéité de la pousse de fourragère disponible au sol, sont calculés prendre en compte l’hétérogénéité des parcelles. Ces l’herbe dans la parcelle. à partir des images prises par le drone. mesures étaient faites manuellement. Une méthode alternative est actuellement en phase de test. Elle serge.nabeneza@cirad.fr PRODUCTION FOURRAGERE Un observatoire de l’herbe pour les éleveurs Maximin Bonnet Trop de foin, puis pas assez… A La Réunion comme en métropole, la production fourragère remporte le premier ma thèse est très saisonnière, avec un excédent d’herbe en saison chaude et un déficit en saison fraîche. Ce qui complique la tâche des éleveurs pour nourrir leurs bêtes. Pour optimiser la conduite prix sur le thème en 180 des pâturages, le Cirad et l’Association réunionnaise de pastoralisme (ARP) ont créé un « de la filière bovine secondes observatoire de la pousse de l’herbe ». allaitante Entre 2017 et 2019, le suivi hebdomadaire d’un réseau de parcelles fourragères représentatives des différents contextes pédoclimatiques de l’île a permis de collecter des informations sur « les densités des couverts prairiaux, les dynamiques de croissance et la composition de l’herbe », La finale régionale du concours « Ma thèse en 180 détaille Maëva Miralles-Bruneau, ingénieure à l’ARP. secondes » a été remportée par Maximin Bonnet, doctorant au Cirad*, pour le « pitch » de sa thèse. Au sein du réseau de parcelles, la hauteur du couvert herbacé est mesurée par l’ARP chaque semaine grâce à un herbomètre. La densité de la végétation est également mesurée, Pas facile d’expliquer en trois minutes seulement un ce qui permet de calculer la production d’herbe en kg de matière verte ou sèche par jour travail de plusieurs années sur l’évaluation de et par hectare. Ces informations sont ensuite communiquées aux éleveurs par l’ARP. scénarios d’augmentation de la production dans la Elles leur permettent de connaître le stock d’herbe disponible et d’optimiser la gestion filière bovine allaitante. Mais la capacité de synthèse de leurs parcelles. « Ils pourront par exemple adapter la charge animale ou le rythme de rotation, et l’éloquence de Maximin Bonnet ont su séduire le ou de faucher la parcelle », prévoit Emmanuel Tillard, chercheur au Cirad. jury et le public puisque qu’il a remporté non La Guyane et la Nouvelle-Calédonie sont intéressées par la mise en place d’un tel observatoire. seulement le premier prix du jury mais aussi le Un réseau d’échange inter-Dom a d’ailleurs été créé dans le cadre des Rita (Réseaux premier prix du public. Son travail permettra de d’innovation et de transfert agricole) pour le partage des méthodes et des compétences. dégager plusieurs scénarios d’augmentation de la production intégrant les contraintes de l’île. emmanuel.tillard@cirad.fr * En collaboration avec le Centre d’économie et de management > de l’océan Indien (CEMOI) Un suivi hebdomadaire d’un réseau de parcelles fourragères a permis de collecter des données sur les densités des couverts prairiaux, les dynamiques © Uniiversité de La Réunion de croissance et la composition de l’herbe. R. Carayol © Cirad 8 AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 - septembre 2019
Dossier > Le numérique au service d’une agriculture durable Le numérique au service d’une agriculture durable L Coordination : e secteur agricole connaît aujourd’hui sa A travers de nombreuses applications acces- Agnès Tendero, Pierre Todoroff, révolution numérique. Les appareils de sibles à tous, le Cirad met, non seulement ses Jean-Christophe Soulié précision, les objets connectés, les capteurs compétences et ses connaissances en agrono- Textes : Laurent Bouvier, avec les chercheurs du Cirad intelligents, les systèmes de positionnement, les mie tropicale au service de La Réunion, mais cités dans ce dossier bases de données satellitaires, les drones, les également au service des pays en voie de Illustration : Marie Rousse robots, l’intelligence artificielle et les supports développement. que sont les smartphones et tablettes permettent la création de nouvelles applications au service Dans ce dossier, nous vous proposons de d’une agriculture intelligente. plonger au cœur de la boîte à outils conçue par les équipes à La Réunion pour les agriculteurs Dans cette « forêt » de l’agriculture numérique, et décideurs du monde agricole. Des outils qui le Cirad a choisi d’orienter ses recherches et leur permettent par exemple de suivre sur leur ses outils à La Réunion vers l’aide aux décideurs smartphone la récolte de canne à sucre en dans l’élaboration de pratiques qui optimisent temps réel, de simuler finement la croissance les bénéfices agro-environnementaux des de leurs cultures ou encore d’utiliser les engrais productions agricoles. de façon raisonnée et efficace. AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 - SEPTEMBRE 2019 I Dossier > Le numérique au service d’une agriculture durable
Accentuer la durabilité de l’agriculture à La Réunion peut aussi passer par l’usage des nouvelles technologies, Dossier > Le numérique au service d’une agriculture durable données et méthodes du numérique. © A. Franck/Cirad numérique « Des outils intelligents pour une agriculture tropicale durable » EN QUOI CONSISTE VOTRE TRAVAIL AU TOUT A CHANGÉ ASSEZ RÉCEMMENT… La tendance a changé CIRAD À SAINT-PIERRE ? Nous conce- au début des années 2010, lorsque notamment la NASA puis vons des outils numériques d’aide à la l’Europe ont souhaité promouvoir l’utilisation de l’information satel- décision pour les professionnels et déci- litaire pour le plus grand nombre. D’où le programme Copernicus deurs du monde agricole. Précisément, de l’Agence Spatiale Européenne qui met gratuitement à notre il s’agit pour nous d’exploiter des infor- disposition les images de sa constellation de satellites Sentinelles. mations quantifiées pour les transformer C’est en partie grâce à ces images que nous avons aujourd’hui en informations utilisables en agronomie. une couverture intégrale du globe tous les 5 à 6 jours. Bref, nous nous retrouvons avec un flux énorme d’informations à traiter mais AUTREMENT DIT, VOUS FABRIQUEZ DES qui permet aujourd’hui de rattraper le retard. OUTILS D’AGRICULTURE INTELLIGENTE OU NUMÉRIQUE ? Oui, notre métier va POUVEZ-VOUS NOUS DONNER UN EXEMPLE D’OUTIL DÉVELOPPÉ de la mesure à son stockage, en passant DANS LE BUT D’UNE AGRICULTURE DURABLE ? Prenez MASH. par sa mise à disposition via un support Pour optimiser la logistique de la récolte de la canne et maximiser © Cirad numérique comme le PC, la tablette ou sa teneur en sucre, les opérateurs sucriers doivent quantifier les le smartphone. surfaces restant à récolter. MASH (Mapping Sugarcane Harvest) cartographie l’avancement de la récolte via un traitement automa- Agnès Tendero, QUELLES SONT LES DONNÉES QUE VOUS UTILISEZ ? Elles sont de tique des images satellitaires libres (radar et optique) acquises à ingénieure en informatique nature, de sources et de formats différents. Mais nous exploitons haute fréquence. Cela limite les erreurs de prévision de récolte, et conception d’outils d’aide principalement ici les données de télédétection couplées aux réduit les pertes, augmente la productivité de la filière et donc à la décision au Cirad. données des capteurs in situ. Mais nous pouvons utiliser aussi diminue sa pression sur l’environnement. des échantillons de sol, des enquêtes... Pierre Todoroff, UN AUTRE EXEMPLE ? L’outil PHYTO’AIDE chercheur en modélisation LA DONNÉE N’A DE VALEUR QUE SI ON LUI évalue les risques de transfert des pesticides et information spatiale au Cirad. APPORTE UN SENS... Exactement, le plus impor- GRÂCE AU vers l’environnement. Il permet de déterminer tant c’est de savoir comment extraire le savoir les marges de progrès et proposer différents de cette donnée, comment on transforme cette TRAITEMENT leviers (ex : type de pulvérisateur, type de buse, donnée en connaissance. Et pour cela, nous présence de bande enherbée, distance au point mettons au point des modèles et des algo- D’IMAGES d’eau, etc…) pour limiter ces transferts. Il évalue rithmes. SATELLITES les risques de différents scénarios de conditions A Saint-Pierre, d’utilisation et d’application, et fournit des résul- L’AGRICULTURE NUMÉRIQUE EST UN SECTEUR NOUS ARRIVONS une équipe spécialisée VASTE, DANS QUEL AXE S’ORIENTENT LES tats sous forme d’arbre de décision graphique. À CARTOGRAPHIER en analyse de OUTILS PRODUITS PAR LE CIRAD À LA RÉUNION ? CES SOLUTIONS N’IMPLIQUENT PAS SEULE- Nos travaux ont tous pour fil conducteur l’op- EN TEMPS RÉEL l’information spatiale, timisation des services environnementaux MENT DE SAVOIR ANALYSER DES DONNÉES, L’ÉTAT DE RÉCOLTE ELLES IMPLIQUENT LA CRÉATION D’INTERFACE développe des fournis par les productions agricoles et les CONVIVIALE... Nous devons traiter de grosses filières. Nos outils apportent aux agriculteurs DES PARCELLES EN applications au service quantités de données, mais c’est vrai, pour et décideurs des éléments chiffrés qui leur sont CANNE À SUCRE. traduire ces données en interfaces conviviales, des agriculteurs et nécessaires pour élaborer les compromis qu’ils il faut avoir des spécialistes capables de conce- décideurs pour doivent faire. voir des applications et développer des pro- l’élaboration C’EST UN CHAMP QUI A ENCORE ÉTÉ ASSEZ PEU EXPLOITÉ ? Il grammes, et nous les avons. Nous tenons à préciser qu’à existe depuis longtemps des outils au service de l’agriculture de chaque fois, les utilisateurs finaux sont associés à la conception de compromis agro- de l’outil. C’est une condition de réussite. précision, qui permettent de moduler les pratiques. Mais ce sont environnementaux. des outils connectés par les pays développés pour les cultures QUE DEVIENNENT CES OUTILS UNE FOIS DÉVELOPPÉS ? L’outil industrielles. Les pays en voie de développement et les agricul- « chercheur » est transformé en outil « web » utilisable par tout le tures tropicales ont été laissés de côté. monde. Notre rôle au Cirad est, non seulement d’aider au rayon- POURQUOI ? Parce que les données satellitaires dont nous nous nement scientifique de La Réunion, mais aussi de transférer nos servons pour développer ces outils étaient très coûteuses et rela- outils aux pays en voie de développement. MASH, par exemple, tivement rares, tout comme l’électronique nécessaire aux capteurs est aujourd’hui utilisé en Afrique du Sud et en Thaïlande. Nous in situ. Autrement dit, pour développer des outils numériques en avons un outil de mesure de la séquestration de carbone pour agriculture tropicale, nous manquions de données. lequel nous travaillons à un transfert sur Maurice, Madagascar et le Sénégal. Dossier > Le numérique au service d’une agriculture durable II AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 - SEPTEMBRE 2019
LA PLATEFORME SMART IS Dossier > Le numérique au service d’une agriculture durable Une boîte à outils d’aide à la décision S i les outils d’aide à la Riche de ses 50 années de production (SHARP), simuler sa issues de chaînes d’acquisition, que des jeux de données décision prennent de plus recherches et d’appui au croissance (MOSIWEB), simuler images satellites... et dont climatiques à télécharger en plus de place dans la développement des filières la planification de récoltes certaines sont couplées à des (METEOR) et des web services vie des professionnels du agricoles, le Cirad, et son d’ananas (Victoria), aider à la modèles agronomiques permettant aux utilisateurs de secteur agricole, ils tiennent équipe spécialisée en analyse fertilisation des sols (SERDAF), (modèle de croissance de la télécharger des données aujourd’hui dans la poche. Les spatiale à La Réunion, a conçu ou encore évaluer les risques canne à sucre, modèle de directement dans leurs producteurs, décideurs et développé la plateforme de transfert des pesticides vers maturité de l’ananas, etc.). propres systèmes, logiciels politiques, techniciens des Smart IS, pour « Smart l’environnement (PHYTO’AIDE). bureautiques ou scientifiques. Smart IS propose également chambres d’agriculture ou des Information System ». Cette Ces outils reposent sur un des tableaux de bord et des Une vraie boîte à outils. coopératives utilisent plateforme propose une système d’informations aux indicateurs clairs et pertinents https://smartis.re aujourd’hui au quotidien ces dizaine d’outils pour suivre la sources de données variées : mis à jour en temps réel. Enfin, applications web accessibles progression de la récolte de données météorologiques, l’application Web offre un agnes.tendero@cirad.fr sur tablettes et smartphones. canne (MASH), prédire sa données parcellaires, données accès à des ressources telles a b 1 ACQUISITION DE DONNÉES 2 TRAITEMENT DES DONNÉES 3 RESTITUTION DES DONNÉES À L’UTILISATEUR Smart IS met en œuvre un large éventail de systèmes Des modèles d’analyse de données (statistique, fouille C’est à travers des plateformes web telles Smart IS que les d’acquisition de données provenant de sources de données, télédétection, etc.) ou des modèles données sont restituées aux différents utilisateurs pour hétérogènes (réseau de capteurs météo (a), imagerie agronomiques (de croissance des cultures, de bilan suivre la progression de la récolte de canne, simuler sa satellitaire (b), etc...) pour fournir des outils d’aide à la environnemental, etc…) transforment les données en croissance, aider à la fertilisation des sols, etc. décision. information utile, telle que prévision de rendement, progression de récolte, risque de transfert de pesticides vers l’environnement, conseil en fertilisation, etc. MASH, LA CARTE INTELLIGENTE Parole de filière Suivre la récolte de canne à sucre Yannick Soupapoullé, chef de projet à l’ARIFEL* en temps réel © L. Decloitre « L’ananas constitue la première culture de diversification en valeur D ans les pays où la canne cruciale pour ajuster les satellitaires de la région de et tonnage à La Réunion. est produite par des prévisions de récolte, la production et les analyse », Chaque année, ce sont ainsi entre 6 à 7 000 tonnes milliers de petits trésorerie des sucreries, les précise Lionel Le Mézo, d’ananas qui sont produites sur une surface de agriculteurs, c’est-à-dire la ressources humaines et la ingénieur au Cirad. Elle 400 ha par 380 exploitations. majorité des pays producteurs, logistique de la récolte. Voilà combine à la fois les images connaître les surfaces de canne pourquoi l’unité de recherche optiques des satellites L’outil Victoria, disponible sur la plateforme Smart IS, récoltées et celles restant à du Cirad, spécialisée en analyse Sentinel-2 et les images radar s’inscrit dans le plan de relance de la production récolter en temps quasi réel est de l’information spatiale, a des satellites Sentinel-1, d’ananas, établi par l’ARIFEL pour répondre à mission impossible. Cette développé une méthode de insensibles aux nuages, l’augmentation de la demande. Il s’adresse d’une information est pourtant cartographie à partir des permettant ainsi de détecter part, aux agriculteurs pour les aider à optimiser les images libres des satellites les zones récemment coupées coûts de production avec un plan de fertilisation européens Sentinelles. à coup sûr. personnalisé et des dates de prévisions de récolte, Avec des acquisitions Cette application web de et d’autre part à la coopérative pour planifier les systématiques tous les 5 à cartographie est actuellement plantations et prévoir les récoltes au plus près des 12 jours, les satellites utilisée pour suivre les zones besoins du marché. permettent de détecter les en canne à sucre à La Réunion (24 000 ha) mais aussi en L’ARIFEL dispose ainsi d’une vue globale de surfaces récoltées et de Thaïlande (400 000 ha) et la production et des prévisions de récolte, peut cartographier les parcelles de canne récoltées et celles bientôt en Afrique du Sud anticiper les risques éventuels de surproduction et encore sur pied, tout au long (120 000 ha). optimiser les écoulements vers différents marchés des 5 mois de la campagne. frais et transformés. » https://smartis.re/p/MASH « Ces cartes sont produites par https://smartis.re/VICTORIA une chaîne de traitement lionel.le_mezo@cirad.fr * ARIFEL : Association Réunionnaise automatique qui télécharge pierre.todoroff@cirad.fr Interprofessionnelle des Fruits & Légumes quotidiennement les images AGRO NEWS > Edition Réunion-Mayotte / océan Indien • Numéro 9 - SEPTEMBRE 2019 III Dossier > Le numérique au service d’une agriculture durable
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