BIOLOGIE MOLÉCULAIRE: TESTS EXISTANTS ET ÉLIGIBILITÉ AUX ESSAIS - Anne TALLET - Plateforme de Génétique Moléculaire des Cancers - OncoCentre
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7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-Oncogériatrie
BIOLOGIE MOLÉCULAIRE:
TESTS EXISTANTS ET ÉLIGIBILITÉ AUX
ESSAIS
Anne TALLET – Plateforme de Génétique Moléculaire des Cancers
Thérapies ciblées
2
Depuis les années 2000
Disponibilité de thérapies ciblées:
Des inhibiteurs de tyrosine kinase
Des anticorps monoclonaux
Prescription conditionnée par la
génomique
Thérapies en évolution exponentielle
Fin2015: 43 molécules (AMM)
Dont 28 entre 2012 et 2015
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-Oncogériatrie
Organisation générale
3
A l’échelle nationale :
Accès de l’ensemble de la population
au diagnostic moléculaire des cancers
Création en 2005 par l’INCa
28 plateformes de génétique
moléculaire des cancer
En région Centre
1 Plateforme régionale
(bi-site : CHRU Tours / CHR Orléans)
Organisationd’un flux de
prélèvement convergent vers la
plateforme
depuis tous les laboratoires d’ACP de la région
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-Oncogériatrie
Présentation de la PGMC du CHRU de TOURS
4
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-Oncogériatrie
Circuit des prélèvements
5
RCP médicale
(Réunion de Concertation
Pluridisciplinaire)
Décision
thérapeutique
Consultation
Médecin-
médicale
Patient
Compte-rendu
Prélèvement
de pathologie
tissulaire
moléculaire
Biologiste
Pathologiste Pathologiste
moléculaire
PLATEFORME de GENETIQUE MOLECULAIRE des CANCERS
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-Oncogériatrie
Jusqu’à fin 2016
6
Type de cancer / HRM
Gènes étudiés
Protocoles
POUMON KRAS EGFR BRAF HER2
COLON KRAS NRAS BRAF microsatellites
MELANOME BRAF NRAS cKIT
Tumeurs des
MDM2 (amplifications) GNAS CTNNB1
ADN tissus mous
tumoral
GIST cKIT PDGFRa
Tumeurs et
pseudo-tumeurs MDM2 (amplifications) GNAS H3F3A
Extraction d’ADN tumoral H3F3B IDH1 IDH2
osseuses
Protocole
MET ALK BRAF
AcSé
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-Oncogériatrie Pyroséquençage
Bilan d’activité: de 2006 à fin octobre 2017
7
Activité globale tumeurs solides Evolution du nombre d’analyse disponible
3000 60
2500 50
2000 40
1500 30
1000 20
500 10
0 0
2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 30/10/2017 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-Oncogériatrie
En 2017: les évolutions
8
Le NGS Next Generation Sequencing
Séquençage haut débit
Séquençage en parallèle de multiples patients pour de multiples gènes
Mise en évidence de transcrits de fusion par RT-qPCR
Aide au diagnostic Recherche de transcrit de fusion dans une tumeur d’Ewing
EWSR-(FLI1 ou ERG ou ETV1 ou ETV4 ou FEV)
Sarcome d’Ewing
Synovialosarcome
Témoin
Liposarcome myxoïde
Rhabdomyosarcome Cas
RT +
Dermatofibrosarcome protubérant de Darier et Ferrand
Astrocytome pilocytique
Méthylation
MGMT (tumeurs gliales)
MLH1 (syndrome de Lynch) Cas
RT -
Biopsies liquides
Recherche de mutations somatiques dans l’ADN circulant
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-Oncogériatrie
NGS – Présentation du panel de gènes
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Dans un seul Run -> 32 patients analysés pour l’ensemble de ces 16 gènes
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NGS – Présentation de la méthode
10
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-OncogériatrieNGS – L’organisation sur la PGMC
11
1 Run par semaine
Séquençage-NGS
Puis récupération des données
Extraction des ADN et
qualification des échantillons Librairies CR
L M M J V S D L M M J
10 j
Délai rendu des résultats
6j en génétique moléculaire
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-OncogériatrieNGS – Les comptes-rendus
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Compte-rendu de pathologie moléculaire
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-OncogériatrieRCP moléculaire – interrégionale
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Pôle régional de Cancérologie Bretagne
Depuis 2015 pour Rennes / Brest
Depuis 2017 pour Orléans / Tours
1 fois par mois
En visio-conférence
Présentation d’un cas en 11/2017
Variant rare de l’EGFR dans un CBNPC
Partage de connaissances
Sur les variants rares
Améliorer la prise en charge des patients
Faciliter l’inclusion des patients dans un essai
Rennes: CLIP² (Centre labellisé INCa de Phase
Précoce)
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-OncogériatriePhase
Nom / Identifiant Coordonnateur
Promoteur Titre de l'essai de Indications thérapeutiques Détail du protocole
INCa (RECF) de l'essai
l'essai
Eligibilité aux essais
Adénocarcinome du côlon de
Etude prospective randomisée en double aveugle stade III Randomisation réalisée selon un
aspirine vs placebo chez les patients opérés d'un Adénocarcinome stade II à haut ratio 1/1 : aspirine 100mg/j (1
PRODIGE 50 FFCD, Unicancer Pr Pierre Michel III
adénocarcinome du colon stade III ou II à haut risque MSS comprimé) vs placebo (1 comprimé)
risque de récidive avec mutation PI3K Mutation PI3K, exon 9 ou 20 par jour pendant 3 ans.
MSI + PIK3CA (tumeur)
L'objectif principal de cette étude est
Adénocarcinome gastrique ou de
14 Essai de phase III randomisé évaluant le Folfox seul
ou avec Docetaxel (TFOX) en 1ère ligne de
la jonction oeso-gastrique.
de comparer la survie sans
progression (radiologique et/ou
PRODIGE 51 FFCD Dr Aziz Zaanan III HER2 négatif
chimiothérapie des adénocarcinomes oeso- clinique) entre les deux bras
Maladie métastatique ou non
gastriques localement avancés ou métastatiques FOLFOX (bras A) et TFOS (bras B)
HER2 résécable
Liste des essais cliniques
de traitement.
This study is a randomized, open-
label, multicentric, phase III trial
conducted in patients receiving
aromatase inhibitor and palbociclib
récemment retenus par Dr FC Bidard,
Randomized, open label, multicentric phase III trial to
evaluate the safety and efficacy of palbociclib in
combination with hormone therapy driven by
Patients with Estrogen Recpetor-
positive (ER+), HER2-negative
mestastatic breast cancer with no
as first line therapy for estrogen
receptor (ER)-positive HER2-
negative metastatic breast cancer
and which aims to evaluate, at the
PADA-1 Unicancer Dr S Delaloge, III
l’EMRC
circulating DNA ESR1 mutation monitoring in prior systemic treatment for loco- onset of ESR1 mutations in
Dr T Bachelot
estrogen receptor-positive, HER-2-negative regionally recurrent or metastatic circulating tumor DNA, the efficacy of
mestastatic breast cancer patients disease a change of the hormone therapy
(aromatase inhibitor changed to
HER2 fulvestrant) combined to palbociclib,
together with the safety of hormone
therapy and palbociclib combination
in the overall population.
L'objectif est de montrer que
Cancers du sein invasifs pT1-3,
l'irradiation locorégionale
Etude de phase III randomisée, multicentrique pN0-3, M0 avec mastectomie ou
hypofractionnée est non-inférieure à
Marqueurs moléculaires
comparant la radiothérapie hypofractionnée à la chirurgie conservatrice quel que
l'irradiation normofractionnée dans
HYPOG-01 Unicancer Dr Sofia Rivera radiothérapie standard dans les cancers du sein III soit le statut pour les récepteurs
les cancers du sein de stade précoce
avec indication d'irradiation ganglionaire en termes aux oestrogènes et à la
avec comme critère de jugement
HER2 de survenue de lymphoedème progestérone, le grade de
principal le lymphoedème du membre
malignité et le statut HER2
identiques à ce qu’on fait
supérieur du côté traité à 3 ans.
Patients with unresectable locally
advanced or metastatic, non-
clear cell renal carcinoma (RCC),
en routine diagnostique
rare head and neck cancer, rare
skin cancer, Non-colorectal This is a phase I-II, non-randomised,
cancers with microsatellite open-label, multicentric study to
Pr Jean-Charles Accès sécurisé au nivolumab pour des patients instability (MSI-nonCRC) or investigate the efficacy ans safty of
AcSé nivolumab Unicancer I/II
Soria adultes porteurs de certains types de cancers rares penile cancer, which is resistant nivolumab, in order to identifiy
or refractory to standard therapy, subsets of patients that may benefit
or for wich standard therapy does from treatment.
MSI not exist, or is not considered
appropriate, and for which no
other experimental treatment
options are available.
Pas forcément notion Dr Marie-Ange
Etude évaluant en traitement néoadjuvant
l'association [FEC 100 suivi de docetaxel associé
aux trastuzumab et pertuzumab] ou [docetaxel-
carboplatine associés aux trastuzumab et
http://oncocentre.org/wp-
NEOTOP GEP 13 Unicancer MOURIER II Cancer du sein HER2-positif content/uploads/NEOTOP-GEP-
d’essais cliniques
pertuzumab] selon le statut de la Topoisomérase 2,
REYNIER 13.pdf
chez des patientes atteintes d'un cancer du sein
HER2 opérable, HER2-positif. Identification de facteurs
prédictifs de la réponse pathologique complète.
Dr Julien Etude randomisée multicentrique comparant
http://oncocentre.org/wp-
7 décembre 2017 - 15è journéeHER2
TALBOTannuelle
Unicancerdu
GRENIER
Pr Thomas
palcitaxel à Ietrozole + palbociclib en traitement initial
réseau Oncocentre-Oncogériatrie
chez des patientes atteintes d'un cancer du sein
II Cancer du sein métastatique content/uploads/NEOTOP-GEP-
13.pdf
BACHELOT métastatique ER et HER2-positifEligibilité aux essais: le protocole AcSé
15
Seul essai « connu » sur la PGMC:
Tracéavec des demandes spécifiques
Protocole AcSé (Unicancer/INCa)
Activité AcSé
Ouvrir les indications de prescription de
médicaments innovants à d’autres 140
cancers 120
Baser la stratégie thérapeutique sur le 100
profil biologique des tumeurs 80
60
40
Aucun retour sur les inclusions des 20
patients en fonction de nos résultats 0
2013 2014 2015 2016 30/10/2017
de Génétique moléculaire
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-OncogériatrieProtocole AcSé: modalités pratiques
16
V13: jusqu’à octobre 2017
V14: octobre 2017
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-OncogériatriePerspectives
17
Nouveaux gènes:
2
ème panel NGS
H3F3A (1), H3F3B (1), promTERT (-124, -146), GNA11 (4-
Evolution de 16 à 35 gènes 5), HIST1H3B (1), PTEN (1-2-3-4-5-6-7-8-9), SMAD4 (2-3-9-
10-11-12), IDH1 et 2 (4), STK11 (1-2-3-4-5-6-7-8-9), TP53
(2-3-4-5-6-7-8-9-10-11), GNAS (8-9), CDKN2A (1-2-3), MET
intron 14 , DDR2 (17), CTNNB1(3), RAC1 (2), GNAQ (5),
FGFR1 (12-14), POLE (9-10-11-12-13-14)
Nov. 2017: Achat d’un NextSeq550 Microsatellites (NR21-22-24-BAT25-BAT26)
(Illumina) par le CHRU
Plus de gènes
Plus de patients
RCP moléculaire interrégionale
7 décembre 2017 - 15è journée annuelle du réseau Oncocentre-OncogériatriePour en savoir plus
18
Site Oncocentre
Onglet « professionnels »
Encart à gauche de la page:
Plateforme de Génétique
moléculaire des cancers
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sur la PGMC du CHRU de Tours -
Génétique Moléculaire des
tumeurs solides
Les analyses disponibles
Les feuilles de prescription
Les contacts
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