CLASSIFICATION DES BACTERIES D'INTERET MEDICAL - Dr R. DALI YAHIA SERVICE DE BACTERIOLOGIE EHU ORAN

CLASSIFICATION DES BACTERIES
     D’INTERET MEDICAL
         Dr R. DALI YAHIA
    SERVICE DE BACTERIOLOGIE
            EHU ORAN

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CLASSIFICATION DES BACTERIES
          D’INTERET MEDEICAL
les grands principes de classification : taxonomie

I- caractères phénotypiques :
 accessibles par des méthodes n’impliquant pas la connaissance du
    génome
 Morphologie
 caractères biochimiques
II- Méthodes récentes: génotypiques

                                                                 2

CLASSIFICATION DES BACTERIES
           D’INTERET MEDEICAL
Caractères phénotypiques:
 Critères physiologiques : type respiratoire

 Critères morphologiques

     bacilles             coques                formes spiralées

                                                                   3

CLASSIFICATION DES BACTERIES
                  D’INTERET MEDEICAL
      La coloration de Gram

   Classification taxonomique                   Regroupements pratiques
                                                Bergey’s manual

La division I :les bactéries à Gram négatif     Les bactéries à Gram négatif ayant une
                                                importance médicale ou commerciale
La division II : les bactéries à Gram positif
                                                Les bactéries à Gram positif ayant une
La division III : les bactéries sans paroi,     importance médicale ou commerciale
extrêmement petites : 0,2 à 0,3µm,
Mycoplasmes                                     Les bactéries à Gram négatif restantes et les
                                                Archaebactéries.
La division IV: les Archaebactéries
                                                Les bactéries filamenteuses et
                                                genres apparentés
                                                                                         4

LES COCCI GRAM POSITIF
I- Les Staphylocoques
•   Cocci Gram +
• amas
1- Staphylococcus aureus:
• Espèce type
• Staphylocoque doré car produit en culture un pigment jaune citrin
• coagulase+.

                                                                      5

6

ERISYPELE   FURONCLE
IMPETIGO

                                  7

2- Les staphylocoques à coagulase négative:
• pigment -
• Coagulase -
• Pathogènes opportunistes: infections génito-urinaires, endocardites,
    septicémies, infections néonatales
• Responsables d’infections nosocomiales.

Rappel:
 Bactéries commensales : vivent en contact étroit avec l’hôte
 Bactéries saprophytes, totalement indépendantes de l’hôte)
 Bactéries pathogènes: entraînent des infections +/- sévères chez l’hôte
 Bactéries opportunistes: deviennent pathogènes chez certains hôtes
   fragilisés.

                                                                            8

II- Les streptocoques

 • Cocci
 • Gram positif
 • Chaînettes
 •Groupés de A à T selon LANCEFIELD
 • Infections aigües suppuratives
  ORL : Angine érythémateuse ou
 érythémato-pultacée +++,
          Pharyngite, Amygdalite, Otite
  Scarlatine

                                          9

Angine erythémateuse
 Streptocoque A++++
 Streptocoques C,G+

                       10

Angine erythématopultacée
   Streptocoque A++++
   Streptocoques C,G+

                            11

Impétigo
Streptococcies cutanées
 Impétigo
 Erysipèle
  couche dermique
 Cellulite gravissime
  tissus sous-cutanés
                             Erysipèle
 Surinfection de brûlures

                             Scarlatine

             Cellulite
                                          12

Maladies post-streptococciques
1 à 4 semaines plus tard

                                  13

• Streptocoque B:
 Infections génitales et néonatales sévères
 (septicémie, méningite)

•   Streptocoque D:
   Infections uro-génitales
   Infections néonatales
   Septicémies
   Endocardites
   Infections nosocomiales

•   Streptocoques non groupables:
   Font partie de la flore buccale
   Infections buccodentaires
   endocardites

                                               14

Pneumocoque
• Cocci
• à Gram positif
• en diplocoques
 ou courtes chaînettes
• Capsulé
•commensal des muqueuses de l’homme (oro-pharynx)
•Infections graves
 Pneumopathies: au premier rang des pneumonies
communautaires
  - pneumonie franche lobaire aiguë, broncho-pneumonie
  - pleurésie
  - bactériémie (30 % des cas)       hémocultures
 méningite
 otite ( OMA)

                                                         15

LES COCCI GRAM NEGATIF
I- FAMILLE DES NEISSERIACEAE
• Deux espèces pathogènes chez l’homme
 Neisseria meningitidis = méningocoque
    - méningite cérébro-spinale (MCS): cas sporadiques
      et épidémies redoutables
    - septicémies avec ou sans purpura

        Purpura             Purpura fulminans
                                                         16

 Neisseria gonnorhoeae
  - agent d’une IST = gonococcie ou blennoragie
  - ophtalmie du nouveau né
  - arthrite purulente
  - facilite l’infection concomitante par d’autres pathogènes de la sphère
  génitale.

                                                                             17

II- FAMILLE DES MORAXELLA

• Espèce type: Moraxella lacunata
• Responsable de conjonctivite bénigne non épidémique.

III- FAMILLE DES BRANHAMELLA

•   Espèce type: Branhamella catarrhalis
•   Otites
•   Sinusites
•   Infections respiratoires.

                                                         18

LES BACILLES A GRAM POSITIF
                 AEROBIES
 I- LES CORYNEBACTERIES
• Espèce type: Corynebacterium
     diphteriae
• Angine très sévère à fausses
     membranes
• asphyxie mortelle : le croup
• Traitement: sérum antidiphtérique
• Vaccination: DTCOQ-POLIO.

                                      19

Angine à fausses membranes
Corynebacterium diphteriae

                             20

II- LISTERIA

• Espèce type: Listeria monocytogenes
• bactérie saprophyte largement répandue
dans la nature

• responsable de la listeriose = septicémie
d'origine digestive avec risque
d’avortements répétés, d'infection foeto-
placentaire et de méningo-encéphalite.

• Chez l'homme, la majorité des patients
sont fragilisés (immnuno-déprimés ,
femmes enceintes, nouveau-nés)

• La contamination humaine est d'origine
alimentaire (charcuterie, pâté, rillettes,
fromages au lait cru, certains poissons
fumés…

                                              21

III- BACILLUS

• Espèce type: Bacillus anthracis

• Responsable du charbon

• Charbon = septicémie chez les ovins
et pneumonie mortelle chez l’homme

•Charbon cutané

•Bioterrorisme.

                                        Charbon
                                         cutané

                                                  22

LES BACTERIES A GRAM
POSITIF ANAEROBIES
• Clostridium spp: bactéries
sporulées
• plusieurs espèces
pathogènes
Cl.tetani: agent du
tétanos = toxi infection
mortelle ( DTCOQ POLIO)
Cl. Botulinum: agent du
botulisme = intoxication
alimentaire mortelle
Cl. Perfringens: agent de
gangrènes gazeuses
Cl. difficile: colites
pseudomembraneuses
parfois mortelles.

                               23

LES BACILLES A GRAM NEGATIF
AEROBIES
I- LES ENTEROBACTERIES
• Famille d'une extrême importance médicale
• Plusieurs espèces commensales du tube
digestif de l’homme et de l’animal ( E.coli,
Klebsiella sp, Enterobacter so, Proteus sp…)
• Responsables de nombreuses manifestations
pathologiques :

                                               24

LES ENTEROBACTERIS II

1-Pathogènes spécifiques

   Ce sont les Salmonella, les Shigella, les Escherichia coli EPEC des gastroentérites
   infantiles (GEI), EIEC, ETEC, EHEC et les Yersinia (yersiniose, peste bubonique et
   pulmonaire)

2- Pathogènes opportunistes
• Isolés à partir des matières fécales, des aliments, de l'eau, du sol, des végétaux,
    des céréales, etc.....
• Beaucoup d'entérobactéries, d'origine intestinale, peuvent à des degrés divers,
    être pathogènes = "pathogènes opportunistes " ( Klebsiella sp, Enterobacter sp,
    Proteus sp…)
• Responsables d’infections nosocomiales.

                                                                                         25

LES ENTEROBACTERIES III

                            S, sensible; R, résistant; V, variable

Groupe 1 : E. coli, P. mirabilis, Salmonella,
Shigella
Groupe 2 : K. pneumoniae
Groupe 3 : E. cloacae, S. marcescens, C.
 freundii
Goupe 4 : Yersinia naturellement résistante à
ttes les bétalactamines.                                             26

II- les Vibrionaceae

• Espèce type: Vibrio cholerae agent du choléra
 ( toxi -infection grave avec diarrhées aqueuses et
   déshydratation sévère)

•Vibrio para-haemolyticus: responsable de
troubles digestifs suite à la consommation de
fruits de mer.

•Il n’ ya plus de choléra en Algérie depuis 1976.

                                                      27

III-CAMPYLOBACTER
• Espèce type : campylobacter
jejuni
• Responsable de diarrhées chez
l’homme

IV- HELICOBACTER
• Espèce type: Helicobacter
pylori
•Associé à l’ulcère gastro-
duodénal chez l’homme.

                                  28

V- HAEMOPHILUS

• Espèce type Haemophilus influenzae
responsable d’infections
communautaires redoutables surtout
chez l’enfant :
Broncho-pneumonie
Otite
Laryngite
Méningite.

•Haemophilus aegypticus
Responsable de conjonctivites

•Haemophilus ducrei responsable
d’une IST: la chancrelle ou chancre
mou( chancre + adénopathie satellite
douloureuse)

                                       29

VI- PSEUDOMONADACEAE

•Espèce type: Pseudomonas
aeruginosa (bacille pyocianique)

•Pathogène opportuniste
redoutable responsable
d’infections banales ( otite) mais
aussi de graves infections
nosocomiales du fait de l’extrême
résistance de ce germe à de
nombreux antiseptiques et
antibiotiques.

                                     30

VII-AUTRES BGN AEROBIES RESPONSABLES D’INFECTIONS NOSOCOMIALES

 Stenotrophomonas maltophilia très résistant aux antibiotiques.
  Résistance particulière à l’imipénème (Tiénam)

 Flavobacterium meningosepticum

 Achromobacter spp

                                                                   31

VII- ACINETOBACTER

• Espèce type: Acinetobacter baumanii

• Coccobacille à Gram négatif

• Multirésistant naturellement aux antibiotiques

• Responsable d’infections nosocomiales et en particulier d’épidémies dans
  les services de réanimation.

                                                                         32

IX- BRUCELLA

•   Espèces types:
   Brucella melitentis
   Brucelle abortus bovis
   Brucella suis.
•   Coccobacille à Gram négatif
    responsable d’une
    anthropozoonose (bovins, caprins,
    ovins)= brucellose=fièvre sudoro-
    algique, fièvre de Malte, fièvre
    méditerranéenne=mélitococcie.
•   Personnes à risque: vétérinaires,
    bergers, personnel des abattoirs et
    laboratoires de bactériologie
•   Mode de transmission:
   Direct cutanéo-muquex
   Ingestion: lait non pasteurisé
    viande mal cuite…
   inhalation
•   Triade symptomatologique de la
    forma aigue:
   Fièvre ondulante
   Sueurs
   Arthralgies et myalgies.
•   Existe une phase secondaire et
    tertiaire.
                                          33

X- BORDETELLA

• Espèce type: Bordetella pertussis
•Responsable de la coqueluche
•La coqueluche : maladie respiratoire de
l'enfance
• Très contagieuse.
•Le terme de coqueluche tire son appellation
du caractère bruyant de la reprise inspiratoire
qui ressemble au chant du coq.
•Sa gravité tient aux complications broncho-
pulmonaires et à sa mortalité possible chez le
nourrisson.
•Vaccination DTCOQ -POLIO

•Bordetelle parapertussis et Bordetella
bronchiseptica: infections respiratoires moins
sévères que la coqueluche.

                                                  34

XI- LEGIONELLA

•Espèce type: Legionella pneumophila

•Bactéries à Gram négatif intacellulaires
facultatives à tropisme hydrique
 ( bactérie de l’environnement humide)

•Responsable de la legionellose

•La légionellose = pneumonies
communautaires et nosocomiales
atypiques graves propagées par les
systèmes de climatisation et tout autre
équipement qui comporte de l’eau
stagnante

• Survient sous forme d’anadémies.

                                            35

LES BACILLES A GRAM
NEGATIF ANAEROBIES
  I- BACTEROIDES
  •Espèce type: Bactroides fragilis

  •Germe prédominant dans les infections à
  BGN anaérobies

  •Hôte des cavités naturelles de l’homme
  (appareil digestif et urogénital)

  •Responsable d’infections d’origine
  endogène :
  Septicémies
  Infections ORL
  Infections abdominales
  Infections gynécologiques
  Infections pulmonaires.

                                             36

LES MYCOBACTERIES

• BAAR: Bacille Acido Alcoolo Résistant

•Colorables par des colorations spéciales:
Ziehl-Neelsen, auramine

•3 espèces pathogènes pour l’homme:
M. tuberculosis ( hominis et bovis) agent
des tuberculoses pulmonaires et extra-
pulmonaires
M. africanum ( Afrique de l’ouest)
M. leprae: agent de la lèpre = maladie se
caractérisant par une atteinte cutanée et
nerveuse.

                                             37

BACTERIES DIFFICILEMENT
OU NON CULTIVABLES I
I- SPIROCHETES
• 3 genres pathogènes pour l’homme
Treponema pallidum :
-agent de la syphilis = IST se caractérisant
dans sa forme primaire par l’apparition d’un
chancre ( génital, anal, buccal) =
adénopathie satellite no douloureuse.
-Forme secondaire

-Forme tertiaire

-Syphilis congénitale

-Traitement: pénicilline G.

                                               38

BACTERIES DIFFICILEMENT
OU NON CULTIVABLES II

 Borrelia agent de borrelioses diverses
transmises par des insectes vecteurs
hématophages ( poux, tiques):

-Maladie de Lyme = erythème chonique
migrantliée à trois espèces: B. burgdorferi,
B. garinii et B. afzelii

-Fièvres récurrentes dont celle à Borrelia
recurrentis

- Maladies animales liées à d'autres           Maladie de Lyme
espèces

                                                                 39

BACTERIES DIFFICILEMENT
OU NON CULTIVABLES III
Leptospira ictero-haemorragiae

Responsable d’une anthropzoonose dont le
réservoir est les rongeurs. L’infection
humaine est caractérisée par 2 phases
successives séparées par une phase
d’apyrexie:

-Une phase septicémique fébrile
-Une phase d’ictère hémorragique avec
recrudescence fébrile.

La contamination se fait par effraction
cutanée et muqueuse même à travers une
peau saine
(voie digestive, peau, voie conjonctivale).

                                              40

BACTERIES DIFFICILEMENT
OU NON CULTIVABLES IV

 II- MYCOPLAMA
 •Bactéries dépourvues de paroi
 • 3 genres impliqués dans les
 infections humaines:

  M. pneumoniae : responsable
 d’une pneumopathie atypique

 M.hominis: pathogène
 respiratoire et uro-génital

 Ureaplana urealyticum:
 pathogène uro-génital.

                                  41

BACTERIES DIFFICILEMENT
OU NON CULTIVABLES V

III- CHLAMYDIA
•Très petites bactéries cultivables uniquement sur
système cellulaire

•3 espèces pathogènes pour l’homme:

C. trachomatis: agent du trachome, d’infections uro-
génitales et respiratoires selon le sérotype

C. pneumoniae: agent d’infections pleuropulmnaires
bénignes de l’adulte jeune

C.psittaci: responsable de la psittacose ( pneumonie
atypique, encéphalite) = anthropozoonose qui touche
surtout les oiseaux en particulier les perruches.

                                                        42

BACTERIES DIFFICILEMENT
OU NON CULTIVABLES VI
  IV- RICKETTSIES
  • Bactéries de très petite taille

  •Cultivable uniquement sur système cellulaire

  •Sensibles aux antibiotiques

  •4 genres pathogènes pour l’homme:

  Rickettsia:

  -Espèce type: R.prowazekii: agent du typhus
  exanthématique transmise à l’homme par les poux

  -R.coorii, R.typhi, R.rickettsi, R.akari…
  Agents des fièvres boutonneuses
  méditerranéennes, fièvres pourprées des
  montagnes rocheuses transmissibles par les tiques
  des mammifères domestiques ou sauvages.

                                                      43

BACTERIES DIFFICILEMENT
OU NON CULTIVABLES VII

 Coxiella:
-une seule espèce : Coxielle burnetii
- agent de la fièvre Q ou Query fever

Ehrlichia:
-Nombreuses espèces pathogènes chez
l’homme et le chien

                                                  Fièvre Q
-Maladie pseudo grippale + adénopathies et
exanthème

Rochalimea quintana: fièvre des tranchées
c’est la seule Rickettsie cultivable sur milieu
acellulaire.

                                                             44

45