CLASSIFICATION DES BACTERIES D'INTERET MEDICAL - Dr R. DALI YAHIA SERVICE DE BACTERIOLOGIE EHU ORAN
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CLASSIFICATION DES BACTERIES D’INTERET MEDEICAL les grands principes de classification : taxonomie I- caractères phénotypiques : accessibles par des méthodes n’impliquant pas la connaissance du génome Morphologie caractères biochimiques II- Méthodes récentes: génotypiques 2
CLASSIFICATION DES BACTERIES D’INTERET MEDEICAL Caractères phénotypiques: Critères physiologiques : type respiratoire Critères morphologiques bacilles coques formes spiralées 3
CLASSIFICATION DES BACTERIES D’INTERET MEDEICAL La coloration de Gram Classification taxonomique Regroupements pratiques Bergey’s manual La division I :les bactéries à Gram négatif Les bactéries à Gram négatif ayant une importance médicale ou commerciale La division II : les bactéries à Gram positif Les bactéries à Gram positif ayant une La division III : les bactéries sans paroi, importance médicale ou commerciale extrêmement petites : 0,2 à 0,3µm, Mycoplasmes Les bactéries à Gram négatif restantes et les Archaebactéries. La division IV: les Archaebactéries Les bactéries filamenteuses et genres apparentés 4
LES COCCI GRAM POSITIF I- Les Staphylocoques • Cocci Gram + • amas 1- Staphylococcus aureus: • Espèce type • Staphylocoque doré car produit en culture un pigment jaune citrin • coagulase+. 5
2- Les staphylocoques à coagulase négative: • pigment - • Coagulase - • Pathogènes opportunistes: infections génito-urinaires, endocardites, septicémies, infections néonatales • Responsables d’infections nosocomiales. Rappel: Bactéries commensales : vivent en contact étroit avec l’hôte Bactéries saprophytes, totalement indépendantes de l’hôte) Bactéries pathogènes: entraînent des infections +/- sévères chez l’hôte Bactéries opportunistes: deviennent pathogènes chez certains hôtes fragilisés. 8
II- Les streptocoques • Cocci • Gram positif • Chaînettes •Groupés de A à T selon LANCEFIELD • Infections aigües suppuratives ORL : Angine érythémateuse ou érythémato-pultacée +++, Pharyngite, Amygdalite, Otite Scarlatine 9
Angine erythématopultacée Streptocoque A++++ Streptocoques C,G+ 11
Impétigo Streptococcies cutanées Impétigo Erysipèle couche dermique Cellulite gravissime tissus sous-cutanés Erysipèle Surinfection de brûlures Scarlatine Cellulite 12
Maladies post-streptococciques 1 à 4 semaines plus tard 13
• Streptocoque B: Infections génitales et néonatales sévères (septicémie, méningite) • Streptocoque D: Infections uro-génitales Infections néonatales Septicémies Endocardites Infections nosocomiales • Streptocoques non groupables: Font partie de la flore buccale Infections buccodentaires endocardites 14
Pneumocoque • Cocci • à Gram positif • en diplocoques ou courtes chaînettes • Capsulé •commensal des muqueuses de l’homme (oro-pharynx) •Infections graves Pneumopathies: au premier rang des pneumonies communautaires - pneumonie franche lobaire aiguë, broncho-pneumonie - pleurésie - bactériémie (30 % des cas) hémocultures méningite otite ( OMA) 15
LES COCCI GRAM NEGATIF I- FAMILLE DES NEISSERIACEAE • Deux espèces pathogènes chez l’homme Neisseria meningitidis = méningocoque - méningite cérébro-spinale (MCS): cas sporadiques et épidémies redoutables - septicémies avec ou sans purpura Purpura Purpura fulminans 16
Neisseria gonnorhoeae - agent d’une IST = gonococcie ou blennoragie - ophtalmie du nouveau né - arthrite purulente - facilite l’infection concomitante par d’autres pathogènes de la sphère génitale. 17
II- FAMILLE DES MORAXELLA • Espèce type: Moraxella lacunata • Responsable de conjonctivite bénigne non épidémique. III- FAMILLE DES BRANHAMELLA • Espèce type: Branhamella catarrhalis • Otites • Sinusites • Infections respiratoires. 18
LES BACILLES A GRAM POSITIF AEROBIES I- LES CORYNEBACTERIES • Espèce type: Corynebacterium diphteriae • Angine très sévère à fausses membranes • asphyxie mortelle : le croup • Traitement: sérum antidiphtérique • Vaccination: DTCOQ-POLIO. 19
Angine à fausses membranes Corynebacterium diphteriae 20
II- LISTERIA • Espèce type: Listeria monocytogenes • bactérie saprophyte largement répandue dans la nature • responsable de la listeriose = septicémie d'origine digestive avec risque d’avortements répétés, d'infection foeto- placentaire et de méningo-encéphalite. • Chez l'homme, la majorité des patients sont fragilisés (immnuno-déprimés , femmes enceintes, nouveau-nés) • La contamination humaine est d'origine alimentaire (charcuterie, pâté, rillettes, fromages au lait cru, certains poissons fumés… 21
III- BACILLUS • Espèce type: Bacillus anthracis • Responsable du charbon • Charbon = septicémie chez les ovins et pneumonie mortelle chez l’homme •Charbon cutané •Bioterrorisme. Charbon cutané 22
LES BACTERIES A GRAM POSITIF ANAEROBIES • Clostridium spp: bactéries sporulées • plusieurs espèces pathogènes Cl.tetani: agent du tétanos = toxi infection mortelle ( DTCOQ POLIO) Cl. Botulinum: agent du botulisme = intoxication alimentaire mortelle Cl. Perfringens: agent de gangrènes gazeuses Cl. difficile: colites pseudomembraneuses parfois mortelles. 23
LES BACILLES A GRAM NEGATIF AEROBIES I- LES ENTEROBACTERIES • Famille d'une extrême importance médicale • Plusieurs espèces commensales du tube digestif de l’homme et de l’animal ( E.coli, Klebsiella sp, Enterobacter so, Proteus sp…) • Responsables de nombreuses manifestations pathologiques : 24
LES ENTEROBACTERIS II 1-Pathogènes spécifiques Ce sont les Salmonella, les Shigella, les Escherichia coli EPEC des gastroentérites infantiles (GEI), EIEC, ETEC, EHEC et les Yersinia (yersiniose, peste bubonique et pulmonaire) 2- Pathogènes opportunistes • Isolés à partir des matières fécales, des aliments, de l'eau, du sol, des végétaux, des céréales, etc..... • Beaucoup d'entérobactéries, d'origine intestinale, peuvent à des degrés divers, être pathogènes = "pathogènes opportunistes " ( Klebsiella sp, Enterobacter sp, Proteus sp…) • Responsables d’infections nosocomiales. 25
LES ENTEROBACTERIES III S, sensible; R, résistant; V, variable Groupe 1 : E. coli, P. mirabilis, Salmonella, Shigella Groupe 2 : K. pneumoniae Groupe 3 : E. cloacae, S. marcescens, C. freundii Goupe 4 : Yersinia naturellement résistante à ttes les bétalactamines. 26
II- les Vibrionaceae • Espèce type: Vibrio cholerae agent du choléra ( toxi -infection grave avec diarrhées aqueuses et déshydratation sévère) •Vibrio para-haemolyticus: responsable de troubles digestifs suite à la consommation de fruits de mer. •Il n’ ya plus de choléra en Algérie depuis 1976. 27
III-CAMPYLOBACTER • Espèce type : campylobacter jejuni • Responsable de diarrhées chez l’homme IV- HELICOBACTER • Espèce type: Helicobacter pylori •Associé à l’ulcère gastro- duodénal chez l’homme. 28
V- HAEMOPHILUS • Espèce type Haemophilus influenzae responsable d’infections communautaires redoutables surtout chez l’enfant : Broncho-pneumonie Otite Laryngite Méningite. •Haemophilus aegypticus Responsable de conjonctivites •Haemophilus ducrei responsable d’une IST: la chancrelle ou chancre mou( chancre + adénopathie satellite douloureuse) 29
VI- PSEUDOMONADACEAE •Espèce type: Pseudomonas aeruginosa (bacille pyocianique) •Pathogène opportuniste redoutable responsable d’infections banales ( otite) mais aussi de graves infections nosocomiales du fait de l’extrême résistance de ce germe à de nombreux antiseptiques et antibiotiques. 30
VII-AUTRES BGN AEROBIES RESPONSABLES D’INFECTIONS NOSOCOMIALES Stenotrophomonas maltophilia très résistant aux antibiotiques. Résistance particulière à l’imipénème (Tiénam) Flavobacterium meningosepticum Achromobacter spp 31
VII- ACINETOBACTER • Espèce type: Acinetobacter baumanii • Coccobacille à Gram négatif • Multirésistant naturellement aux antibiotiques • Responsable d’infections nosocomiales et en particulier d’épidémies dans les services de réanimation. 32
IX- BRUCELLA • Espèces types: Brucella melitentis Brucelle abortus bovis Brucella suis. • Coccobacille à Gram négatif responsable d’une anthropozoonose (bovins, caprins, ovins)= brucellose=fièvre sudoro- algique, fièvre de Malte, fièvre méditerranéenne=mélitococcie. • Personnes à risque: vétérinaires, bergers, personnel des abattoirs et laboratoires de bactériologie • Mode de transmission: Direct cutanéo-muquex Ingestion: lait non pasteurisé viande mal cuite… inhalation • Triade symptomatologique de la forma aigue: Fièvre ondulante Sueurs Arthralgies et myalgies. • Existe une phase secondaire et tertiaire. 33
X- BORDETELLA • Espèce type: Bordetella pertussis •Responsable de la coqueluche •La coqueluche : maladie respiratoire de l'enfance • Très contagieuse. •Le terme de coqueluche tire son appellation du caractère bruyant de la reprise inspiratoire qui ressemble au chant du coq. •Sa gravité tient aux complications broncho- pulmonaires et à sa mortalité possible chez le nourrisson. •Vaccination DTCOQ -POLIO •Bordetelle parapertussis et Bordetella bronchiseptica: infections respiratoires moins sévères que la coqueluche. 34
XI- LEGIONELLA •Espèce type: Legionella pneumophila •Bactéries à Gram négatif intacellulaires facultatives à tropisme hydrique ( bactérie de l’environnement humide) •Responsable de la legionellose •La légionellose = pneumonies communautaires et nosocomiales atypiques graves propagées par les systèmes de climatisation et tout autre équipement qui comporte de l’eau stagnante • Survient sous forme d’anadémies. 35
LES BACILLES A GRAM NEGATIF ANAEROBIES I- BACTEROIDES •Espèce type: Bactroides fragilis •Germe prédominant dans les infections à BGN anaérobies •Hôte des cavités naturelles de l’homme (appareil digestif et urogénital) •Responsable d’infections d’origine endogène : Septicémies Infections ORL Infections abdominales Infections gynécologiques Infections pulmonaires. 36
LES MYCOBACTERIES • BAAR: Bacille Acido Alcoolo Résistant •Colorables par des colorations spéciales: Ziehl-Neelsen, auramine •3 espèces pathogènes pour l’homme: M. tuberculosis ( hominis et bovis) agent des tuberculoses pulmonaires et extra- pulmonaires M. africanum ( Afrique de l’ouest) M. leprae: agent de la lèpre = maladie se caractérisant par une atteinte cutanée et nerveuse. 37
BACTERIES DIFFICILEMENT OU NON CULTIVABLES I I- SPIROCHETES • 3 genres pathogènes pour l’homme Treponema pallidum : -agent de la syphilis = IST se caractérisant dans sa forme primaire par l’apparition d’un chancre ( génital, anal, buccal) = adénopathie satellite no douloureuse. -Forme secondaire -Forme tertiaire -Syphilis congénitale -Traitement: pénicilline G. 38
BACTERIES DIFFICILEMENT OU NON CULTIVABLES II Borrelia agent de borrelioses diverses transmises par des insectes vecteurs hématophages ( poux, tiques): -Maladie de Lyme = erythème chonique migrantliée à trois espèces: B. burgdorferi, B. garinii et B. afzelii -Fièvres récurrentes dont celle à Borrelia recurrentis - Maladies animales liées à d'autres Maladie de Lyme espèces 39
BACTERIES DIFFICILEMENT OU NON CULTIVABLES III Leptospira ictero-haemorragiae Responsable d’une anthropzoonose dont le réservoir est les rongeurs. L’infection humaine est caractérisée par 2 phases successives séparées par une phase d’apyrexie: -Une phase septicémique fébrile -Une phase d’ictère hémorragique avec recrudescence fébrile. La contamination se fait par effraction cutanée et muqueuse même à travers une peau saine (voie digestive, peau, voie conjonctivale). 40
BACTERIES DIFFICILEMENT OU NON CULTIVABLES IV II- MYCOPLAMA •Bactéries dépourvues de paroi • 3 genres impliqués dans les infections humaines: M. pneumoniae : responsable d’une pneumopathie atypique M.hominis: pathogène respiratoire et uro-génital Ureaplana urealyticum: pathogène uro-génital. 41
BACTERIES DIFFICILEMENT OU NON CULTIVABLES V III- CHLAMYDIA •Très petites bactéries cultivables uniquement sur système cellulaire •3 espèces pathogènes pour l’homme: C. trachomatis: agent du trachome, d’infections uro- génitales et respiratoires selon le sérotype C. pneumoniae: agent d’infections pleuropulmnaires bénignes de l’adulte jeune C.psittaci: responsable de la psittacose ( pneumonie atypique, encéphalite) = anthropozoonose qui touche surtout les oiseaux en particulier les perruches. 42
BACTERIES DIFFICILEMENT OU NON CULTIVABLES VI IV- RICKETTSIES • Bactéries de très petite taille •Cultivable uniquement sur système cellulaire •Sensibles aux antibiotiques •4 genres pathogènes pour l’homme: Rickettsia: -Espèce type: R.prowazekii: agent du typhus exanthématique transmise à l’homme par les poux -R.coorii, R.typhi, R.rickettsi, R.akari… Agents des fièvres boutonneuses méditerranéennes, fièvres pourprées des montagnes rocheuses transmissibles par les tiques des mammifères domestiques ou sauvages. 43
BACTERIES DIFFICILEMENT OU NON CULTIVABLES VII Coxiella: -une seule espèce : Coxielle burnetii - agent de la fièvre Q ou Query fever Ehrlichia: -Nombreuses espèces pathogènes chez l’homme et le chien Fièvre Q -Maladie pseudo grippale + adénopathies et exanthème Rochalimea quintana: fièvre des tranchées c’est la seule Rickettsie cultivable sur milieu acellulaire. 44
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