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IMPACT DU SÉQUENÇAGE NOUVELLE
ebook
GÉNÉRATION (NGS) DANS LE
DOMAINE DE LA SÉCURITÉ
ALIMENTAIRE
PUBLIÉ EN MARS 2018Marc de Thomasson
Sommaire Introduction
I. Le coût de la fraude dans l’industrie agroalimentaire
II. NGS : une technologie remarquable pour le contrôle
des produits agroalimentaires
III. NGS pour renforcer la transparence et traçabilité de
la supply chain agroalimentaire
Conclusion
Munich London Paris Brussels www.victanis.com 02Marc de Thomasson
Introduction
Aujourd’hui, de récentes innovations disruptives dans le domaine des
technologies de séquençage d’ADN, et notamment la technologie NGS
(Next Generation Sequencing ou Séquençage Nouvelle Génération),
sont en train de remettre en cause certaines activités traditionnelles du
secteur TIC (Testing Inspection Certification).
Ces technologies récentes de séquençage à haut débit permettent de
séquencer l’ADN et l’ARN beaucoup plus rapidement que les méthodes
précédentes comme le séquençage de Sanger et vont progressivement
s’imposer dans les domaines de la génomique, de la biologie molécu-
laire et de manière plus générale du testing.
En particulier dans le secteur de l’agroalimentaire qui nous concerne
tous, ces technologies sont amenées à remplacer un certain nombre
de technologies traditionnelles comme la technologie ELISA (Enzyme
Linked Immunosorbent Assay), ou encore le PCR (Polymerase Chain
Reaction), qui étaient celles utilisées lors de la fraude en 2013 à la viande
de cheval par exemple.
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Le coût de la
L’industrie de l’agroalimentaire, secteur qui devra nourrir plus de 8
I milliards d’individus en 2020, est très sujette à la fraude. Aujourd’hui le
fraude dans
coût annuel global de la fraude alimentaire est estimé à 15 milliards de
dollars, fraude qui concernerait jusqu’à 10% des produits alimentaires
sur le marché, en particulier les produits pour lesquels il est complexe
l’industrie de détecter une éventuelle contamination : huiles végétales, les épices
comme le safran, amandes, pistaches, poisson, mais aussi caviar…
agroalimentaire En cas de fraude alimentaire avérée, les fabricants sont contraints à
rappeler leurs produits, ce qui leur coûte entre 15 et 20 millions de
dollars par incident, sans parler de la confiance des consommateurs qui
s’en trouve grandement érodée.
La régulation européenne FIC (Food Information to Consumers) a été
mise en œuvre à partir de 2015 afin de lutter contre ces fraudes de masse,
mais celles-ci demeurent un sujet de préoccupation majeur pour les
acteurs de la chaine agroalimentaire et les consommateurs.
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NGS : une
Les technologies basées sur le séquençage ont considérablement
II évolué au cours des 20 dernières années. La technologie NGS par
technologie
exemple ne nécessite qu’une seule molécule d’ADN pour produire
un résultat probant et est qualifiée de « massively parallel », puisque
chaque molécule d’ADN est séquencée indépendamment au sein d’un
remarquable « microréacteur ». Cette possibilité d’analyser des mélanges d’ADN
complexes a été rapidement exploitée dans le secteur de l’alimentaire,
pour le contrôle afin d’enquêter sur les microbes responsables de nombreux processus
de fermentation et de détérioration.
des produits Les tentatives qui ont suivi pour adapter la technologie NGS à la détection
agroalimentaires
de substances biologiques et chimiques contaminantes se sont révélées
très prometteuses, et un test NGS a même été commercialisé pour la
détection de plus de 7 000 contaminants de viandes et de végétaux.
En outre, des recherches récentes ont montré qu’une plateforme NGS
pouvait détecter des taux proches de zéro pour des pathogènes comme
la Salmonelle, la Listeria ou l’E.coli.
Enfin, contrairement aux technologies plus anciennes, la technologie
NGS peut même identifier des traces qu’une société de contrôle ne
recherche pas forcément ! Cela est possible du fait du caractère
universel des tests NGS : un seul test révèle toutes les menaces
potentielles, car au lieu de tester un seul gène à la fois, des millions sont
séquencés en même temps.
La possibilité de tester un nombre important de contaminants de manière
simultanée au lieu d’avoir autant d’analyses à faire que de contaminants
à tester constitue un avantage considérable par rapport aux méthodes
en place.
Et, au-delà des aspects techniques, l’utilisation des technologies NGS
devrait permettre une réduction importante des coûts de détection dans
l’agroalimentaire grâce à des équipements de dernière génération qui
permettent aujourd’hui de séquencer à bas coût. De plus, les plateformes
de NGS peuvent offrir un ‘turnaround time’ d’une journée seulement
et produire des résultats à un plus haut niveau d’exactitude que les
méthodes traditionnelles et les autres plateformes de séquençage.
Cette technologie, qui permet d’identifier bien plus précisément la
souche exacte d’un organisme pathogène, de réduire à terme les coûts
d’analyse et d’offrir une remarquable rapidité de résultat est donc bel
et bien amenée à révolutionner le testing dans l’agroalimentaire et à
renforcer la sécurité alimentaire recherchée par les producteurs et les
consommateurs.
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III NGS pour La technologie innovante NGS commence à être proposée par certaines
sociétés spécialisées en testing (Clear Labs aux US, Eurofins Genomics
renforcer la
en Europe, Premier Analytical Services aux UK, ou encore SGS) ce qui va
encourager les grands acteurs de l’agroalimentaire dans leur volonté de
transparence
mieux maîtriser la qualité de leurs produits et de mieux connaître l’origine
de leurs ingrédients. Ces acteurs vont pouvoir tracer leurs ingrédients
à partir des pays de production, mieux cartographier leurs chaînes
et traçabilité de d’approvisionnement et surtout prouver à leurs clients l’authenticité de
leurs produits.
la supply chain En effet les très nombreuses données produites par la technologie NGS
agroalimentaire
vont permettre de fournir au consommateur une information précise sur
l’origine des aliments qu’il achète. Une telle démarche innovante est
actuellement pilotée par exemple en France par Mars Food qui, avec
le support de SGS (spécialiste du contrôle) et de Transparency-One
(plate-forme de contrôle des fournisseurs sur l’ensemble de la
supply chain), partage la traçabilité de son riz Uncle Ben’s avec les
consommateurs. En scannant le paquet Uncle Ben’s, les consommateurs
français pourront découvrir l’histoire du riz, du champ à leur assiette,
grâce au témoignage vidéo du riziculteur l’ayant produit.
En conclusion, les technologies NGS représentent les séquenceurs
parallèles les plus modernes disponibles sur le marché. Elles sont
combinées à des bases de données avancées et à des technologies
d’analyse rapide de l’ADN. Une analyse permet en effet d’obtenir des
millions de séquences ADN individuelles, et ainsi d’identifier des
organismes dans des aliments complexes incluant plusieurs ingrédients.
Et ce, grâce au fait que chaque ingrédient produit une seule et unique
séquence ADN !
Ainsi, les séquences obtenues seront comparées à d’immenses bases
de données permettant de fournir une liste complète de toutes les
espèces contenues dans l’échantillon. La montée en puissance rapide
de ces technologies et la transparence de la chaîne alimentaire qu’elles
garantissent permettront aux acteurs de l’industrie agroalimentaire de
détecter de manière plus rapide et plus complète la présence éventuelle
de substances contaminantes ou frauduleuses.
Conclusion
Le coût de plus en plus abordable de ces nouvelles technologies
permettra de surcroît aux producteurs, aux distributeurs, ainsi qu’aux
autorités, d’identifier presque systématiquement les actes de fraude
qui seraient sinon passés inaperçus. De quoi rassurer les nouvelles
générations de consommateurs de plus en plus exigeants quant à la
qualité et à l’origine de leur alimentation.
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