Infections à Campylobacter sp - MCU-PH, Directrice adjointe du CNRCH Dr Emilie Bessède - Col.BVH
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Infections à Campylobacter sp.
Dr Emilie Bessède
MCU-PH,
Directrice adjointe du CNRCH
CHU de Bordeaux, laboratoire de Bactériologie
CNR des Campylobacters et des Hélicobacters
Université de Bordeaux, INSERM U1053.
Chapitre 2
Caractéristiques de la superfamille VI de bactéries à Gram
négatif (Epsilonprotéobactéries)
➔ Morphologie
› bacilles incurvés, mobiles
› Gram négatif
➔ Physiologie
› microaérophiles
› assacharolytiques (tirent leur énergie des acides
aminés et des acides gras)
➔ Écologie
› adaptés à la vie dans le mucus
2 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Découverte des Campylobacters
1886 - Escherich - selles d’enfants diarrhéiques
3 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Découverte des Campylobacters
1913 - McFadyean & Stockman
Première culture de bactéries Vibrio-like dans le produit
d’avortement de brebis
1918 - Smith le dénomme Vibrio foetus
1927 - Smith décrit V. jejuni dans les selles de bovins
1940 - Vinzent isole Vibrio fœtus dans des produits d’avortement
humain
1944 - Doyle décrit V. coli dans les selles de porcs
4 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Création du genre Campylobacter
1963 - Sebald et Véron
• Séparation du genre Vibrio :
- G+C % plus bas
- pousse microaérobie
- métabolisme non fermentatif
• 4 espèces initialement décrites :
C. fetus, C. jejuni, C. coli, C. sputorum
5 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Découverte de l’importance des Campylobacters dans les
maladies diarrhéiques
1972 - Butzler
Application d’une méthode de filtration
1977 - Skirrow
Mise au point d’un milieu d’isolement sélectif
6 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Pathogénie des infections aiguës à Campylobacter sp.
➔ Infections intestinales : diarrhées infectieuses
› diarrhées fébriles avec douleurs abdominales +/- selles sanglantes
› durée moyenne : 3 à 7 jours, résolution spontanée
› 1ère cause de diarrhée bactérienne
➔ Infections invasives
› Bactériémies :
Pathogénie des infections à Campylobacter sp.
➔ Manifestations post-infectieuses
› Syndrome de Guillain-Barré
› Syndrome de l’intestin irritable
› Arthrite réactionnelle
› Érythème noueux
› Urticaire
• Mimétisme antigénique
entre le LPS de C. jejuni et les gangliosides des terminaisons nerveuses de la
myéline
8 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Epidémiologie des infections à Campylobacter sp.
C. jejuni
C. coli
9 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Autres sources non alimentaires
C. upsaliensis C. lari
10 2 juillet 2019 Titre de votre présentationFacteurs de risques de Campylobacterioses
Etude cas-témoin Française conduite entre Sept. 2002
et Juin 2006 : identification de facteurs de risques indépendants
- peau du poulet
- consommation de viande de bœuf crue
- repas au restaurant
- mauvaise hygiène dans la cuisine
Gallay A et al, J Infect Dis 2014
11 2 juillet 2019 Titre de votre présentationVoies probables de transmission de C. jejuni
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2210654516300746
12 2 juillet 2019 Titre de votre présentationDistribution des Campylobacter sp reçus au CNR en 2018
Nature du C. jejuni C. coli A. butzleri C. fetus autres
pvt
Sang 73 14 3 52 8
Selles 6316 1022 89 32 54
Biopsies 6 0 0 0 0
Autres 6 0 0 5 1
Total 6401 1036 92 89 63
% 83,3% 13,5% 1,2% 1,2% 0,8%
➔ Majoritairement isolées de selles : C. jejuni + C. coli
➔ Hémocultures : C. jejuni > C. fetus
➔ A. butzleri : majoritairement isolé de selles, existence de quelques
isolats invasifs
➔ Autres = C. lari, C. upsaliensis
➔ 6 Helicobacter sp. : 4 H. pullorum et 2 H. cinaedi
13Diagnostic biologique des diarrhées à Campylobacter sp.
Culture
Méthodes immunologiques
Méthodes moléculaires
14 2 juillet 2019 Titre de votre présentationDiagnostic biologique des diarrhées à Campylobacter sp.
Culture
15 2 juillet 2019 Titre de votre présentationPrélèvements pour la culture
➔ Selles
› Stockage possible 24h à +4°C
➔ Ecouvillonnage rectal
› Milieu de transport type Cary Blair
➔ Hémoculture
› Excellentes performances des systèmes automatisés
➔ LCR, liq articulaire, liq péritonéal, liq pleural…
16 2 juillet 2019 Titre de votre présentationMise en culture des selles (1)
➔ Milieux sélectifs (commercialisés)
› Contiennent des antibiotiques et antifongiques
› Gélose Karmali : à base de charbon, commercialisé par de
nombreuses compagnies
› Milieu de Butzler (commercialisé)
› Gélose Campylosel (bioMérieux)
incubation : 35+/-1°C, microaérobiose, 3 J (5% O2, 10% C02, 85% N2)
➔ Milieux d’enrichissement (CNR)
› Milieu de Preston : incubé 24h à 37°C avant repiquage
(non commercialisé, utilisé au CNRCH)
17 2 juillet 2019 Titre de votre présentationMise en culture des selles (2)
➔ Filtration
› Filtre de nitrate de cellulose à 0,65 µm posé sur la gélose pendant 5 min
› Incubation prolongée : 5 à 7 jours
➔ Associer milieux sélectifs et filtration
› Augmentation des chances d’isolement des Campylobacters
› Isolement d’espèces moins courantes (C. lari, Arcobacter sp.)
18 2 juillet 2019 Titre de votre présentationMise en culture des selles (3)
➔ Milieux chromogènes
› Identification facilitée
Milieu CASA (bioMérieux)
Campylobacters thermotolérants
19 2 juillet 2019 Titre de votre présentationIdentification des Campylobacters
➔ Tests bactériologiques de base
› Gram, mobilité, catalase, oxydase, aspect des colonies
colonies sur Karmali
bacilles à Gram négatif
(brillantes, +/- étalées)
incurvés
➔ Spectrométrie de masse MALDI-TOF
› Excellentes performances : en routine depuis 2010 (Bessède et al., CMI 2011)
› Quelques discordances entre Bruker et bioMérieux
20 2 juillet 2019 Titre de votre présentationPerformances de la culture
➔ Spécificité logiquement excellente
➔ Sensibilité dépendante de la mise en culture rapide des selles et des
géloses en atmosphère microaérobie (sinon sous estimation de 20-30%
des infections)
➔ Détection possible des Campylobacters autres que C. jejuni ou
C. coli et des bactéries apparentées
› (Arcobacters, Hélicobacters entérohépatiques)
➔ Permet de tester la sensibilité aux antibiotiques
21 2 juillet 2019 Titre de votre présentationDiagnostic biologique des diarrhées à Campylobacter sp.
Culture
Méthodes immunologiques
22 2 juillet 2019 Titre de votre présentationTests de type ELISA
Premier Campy RidaScreen Campylobacter test
(Meridian Biosciences) (R-Biopharm AG)
Obtention du résultat en 2h
23 2 juillet 2019 Titre de votre présentationTests immunochromatographiques (ICT)
ImmunocardSTAT!Campy Rida®Quick Campylobacter
(Meridian Biosciences) (R-Biopharm AG)
Obtention du résultat en 15-20min
Nombre croissant de tests ICT commercialisés (Abbott, …
24 2 juillet 2019 Titre de votre présentationEvaluation des tests ELISA effectués sur des selles tout
venant au CHU de Bordeaux (2011-2012)
Premier Campy RidaScreen Campylobacter test
(Meridian Biosciences) (R-Biopharm AG)
Sensibilité 90-95% VPN 100%
Spécificité 98-100% VPP 90-99%
25 2 juillet 2019 Titre de votre présentationUtilisation des tests ELISA pour la détection des
Campylobacters
➔ En dépistage avant la culture : possible
› En pratique, assez peu utilisé
➔ En dépistage avant transplantation fécale (recommandation ANSM
mars 2014)
26 2 juillet 2019 Titre de votre présentationEvaluations des performances des tests
immunochromatographiques (ICT)
➔ Plusieurs évaluations réalisées au CNRCH
➔ Utilisation d’un test de référence composite
› Cas Campylobacter positif si culture positive
› Cas Campylobacter positif si culture négative mais au moins un des
2 ELISA positif ET la PCR du CNRCH positive
27 2 juillet 2019 Titre de votre présentationRésultats des évaluations des ICT effectuées sur des selles
tout venant au CHU de Bordeaux (2010-2011) et Lyon (2012)
ImmunocardSTAT!Campy Rida®Quick Campylobacter
(Meridian Biosciences) (R-Biopharm AG)
(TRC : culture +
ou ELISA+PCR)
Sensibilité 89-95% VPN 98-99%
Spécificité 85-97% VPP 76-83%
Existence de tests ICT positifs « isolés » = Vrais positifs ou
faux négatifs ?
Floch P, Gut Pathog 2012
28
Bessède E, J Clin Microb 2011
2 juillet 2019 Titre de votre présentationProtocole interne au CHU de Bordeaux CAMPYTEST n°1
➔ Objectifs
› Etude prospective menée du 1er avril 2014 jusqu’au
31 octobre 2015 au CHU de Bordeaux
➔ Critères d’inclusion
› Tout patient admis aux urgences adultes et pédiatriques et ayant eu
un prélèvement de selles pour coproculture
› 305 coprocultures reçues et testées avec 2 tests ICT, ELISA et
biologie moléculaire
➔ Résultats :
› Peu de pvts isolément positifs avec les ICT
› VPP meilleure (84,6-93%)
29 2 juillet 2019 Titre de votre présentationPlaces des ICT en routine
➔ Utilisation en tests de dépistage
› Culture à réaliser sur les selles détectées positives
➔ Tests simples à utiliser
➔ Délai d’obtention du résultat très rapide
➔ Coût : 10 à 15 euros
➔ Outils intéressants
30 2 juillet 2019 Titre de votre présentationDiagnostic biologique des diarrhées à Campylobacter sp.
Culture
Méthodes immunologiques
Méthodes moléculaires
•PCR simplex « maison »,
•trousses commerciales simplex ou multiplex
31PCR « maison » en temps réel utilisée au CNR
➔ Technologie Fluorescence Resonance Energy Transfert (FRET)
suivie d’une courbe de fusion des amplicons
➔ Cible le gène gyrA
➔ Identification simultanée de C. jejuni et C. coli
➔ PCR simplex pour C. fetus
Ménard A. et al., CMI 2005Profils des courbes de fusion différents en fonction des
espèces
48.8°C 64.4°C
Fluorescence – d(F2)dt
C. jejuni
C. coli
C. jejuni + C. coli
negative control
Temperature
Ménard A. et al., CMI 2005Autres méthodes moléculaires ➔ Autres trousses commerciales multiplex › PCR RIDAGENE Bacterial stool Panel (r-Biopharm) › PCR multiplex Seegene Allplex Gastrointestinal (Seegene) › BD max Enteric Bacterial Panel (Becton Dickinson) › Gene Read Orion (évalué au CNR en 2016) › Novodiag Bacterial GE+ (Mobidiag évalué au CNR en 2019) › FilmArray (bioMérieux) › …. ➔ Dépistage des selles positives par PCR multiplex et ensemencement uniquement des selles détectées positives › Stratégie correcte ?
Etude menée au CNRCH en collaboration avec 2 LABM
➔ But : déterminer le statut Campylobacter sp positif des selles positives
en PCR BDmax mais négatives en culture
➔ Matériels
› Toutes les selles détectées positives par BDMax mais négatives en
culture dans les 2 LABM ont été envoyées en carboglace au
CNRCH
35 2 juillet 2019 Titre de votre présentationMéthode
➔ Réalisation au CNRCH sur les selles reçues de
› Culture sur milieu Campylosel (bioMérieux) avec ou sans
enrichissement (Preston), à 35°C pendant 72h en atmosphère
microaérobie
› Extraction d’ADN sur automate Arrow (Nordiag)
› PCR temps réel du CNR pour C. jejuni, C. coli et C. fetus (FRET),
réalisée sur LightCycler 480 (Roche) (Ménard A et al., CMI 2005)
› PCR RIDAGENE Bacterial Stool Panel (r-biopharm), réalisée sur
CFX96 (Biorad)
36 2 juillet 2019 Titre de votre présentationActivité des 2 LABM
(24/227)
➔ 650 selles positives pour Campylobacter
➔ 78 selles reçues au CNR (PCR+/culture-)
37 2 juillet 2019 Titre de votre présentationRésultats
➔ Toutes les selles reçues au CNRCH étaient négatives en culture
➔ Résultat des PCR
*37/650= 5,7% de PCR BDmax isolément positives
**5/6 avec Ct>30
38
➔ Quid des PCR BDMax isolément positives ??
2 juillet 2019 Titre de votre présentationComparaison par rapport aux valeurs de Ct 39 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Comparaison par rapport aux valeurs d’IF 40 2 juillet 2019 Titre de votre présentation
Bilan
➔ Très faible pourcentage de PCR BDMax isolément positives
› Excellente concordance avec les techniques de référence
➔ Un Ct > 30 prédit d’un risque de PCR BDMax isolément positive pour
laquelle actuellement nous ne disposons pas de test de référence
› Interprétation de ces résultats à définir…
41 2 juillet 2019 Titre de votre présentationEvaluation de la PCR Multiplex Novodiag (Mobidiag)
➔ Selles de collection « CNR » + selles testées par EXALAB avec le
BDMax
› Culture +/- PCR indépendante pour certains pathogènes
➔ 252 selles incluses
› 94 attendues positives pour Campylobacter
› 1 faux positif avec Novodiag
› 1 faux négatif avec Novodiag
➔ Excellentes performances du Novodiag
42 2 juillet 2019 Titre de votre présentationConclusion
➔ Culture inévitable
› Antibiogramme si besoin
› Possibilité d’identifier des espèces hors C. jejuni et C. coli
➔ ELISA : intérêt pour dépistage dans le cadre de la transplantation fécale
➔ Test immunochromatographique :
› Bonne performance
› Utilisable en détection puis culture sur les positifs
➔ Intérêt des PCR multiplex syndromique GE +++
› Stratégie de n’ensemencer que les positifs intéressante
43 2 juillet 2019 Titre de votre présentationVous pouvez aussi lire
