La maladie COVID-19 Etat des connaissances - COREB
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La maladie COVID-19
Document de formation et
d’information à destination Etat des connaissances
des professionnels de santé
Original disponible sur demande
à la mission COREB nationale
Contributions :
M Bouscambert Duchamp : Société Française de Microbiologie
D Che : Santé publique France
B Grandbastien - T Lavigne : Société Française d’Hygiène Hospitalière
O Launay - P Tattevin : Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française
Actualisation le : Coordination :
08/06/2021 Mission COREB Nationale : JM Chapplain - G Mellon
AVERTISSEMENT
Ce document n’a pas vocation à être exhaustif de l’ensemble des données publiées dans la littérature mais propose une mise
à disposition synthétique des données validées à ce jour, publiées dans des revues scientifiques
Plan 1. Epidémiologie 2. Virologie 3. Transmission 4. Protection 5. Présentation clinique 6. Imagerie 7. Facteurs de risques de décès 8. Prélèvements respiratoires 9. Examens biologiques 10. Traitements 11. Vaccins
7 juin 2021
1. Epidémiologie Amériques
Europe
Asie du sud est
Medée orientale
Monde Actualisation permanente de la dynamique épidémique Afrique
Pacifique Ouest
• Page web dédiée COVID-19 de l’ECDC et page OMS
• Cartographie de la John Hopkins University
Nombre de nouveaux cas COVID-19 confirmés par jour
• Page web dédiée COVID-19 de Santé Publique France
Régions OMS Situation report – 7 juin 2021
Amériques
Confirmés
Europe
Confirmés
Asie du sud est
Confirmés
Méditerranée orientale
Confirmés
Afrique
Confirmés
Pacifique ouest
Confirmés
https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
1. Epidémiologie L’OMS renomme les variants https://www.who.int/fr/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/tracking-SARS-CoV-2-variants
Répartition mondiale du variant α Répartition mondiale du variant β
Répartition mondiale du variant γ Répartition mondiale du variant δ
Coronavirus Disease (COVID-19) Situation Reports (who.int) – June 1st 2021
1. Epidémiologie
CIRCULATION DES VARIANTS EN FRANCE
Nombre de Variant α Variant β Variant γ
Enquête Flash Date
prélèvements (%) (%) (%)
#1 07-08/01 2021 482 3,3 - -
#2 27/01/2021 1528 13 - -
#3 16/03/2021 699 44,2 6 0,6
#4 02/03/21 1656 68,6 5,5 0,1
#5 16/03/21 2860 82,3 6,4 0,3
#6 30/03/21 2590 80,8 7,8 0,4
#7 12/04/21 1711 88,7 4,6 0,8
#8 27/04/21 1631 86,4 7,8 0,6
https://www.santepubliquefrance.fr/etudes-et-enquetes/enquetes-flash-evaluation-de-la-circulation-des-variants-du-sars-cov-2-en-france
1. Epidémiologie
• DONNEES LABORTOIRES (SIDEP): situation en Semaine 21/2021
o Nombre de cas confirmés COVID-19 : 5 685 915 cas
rapportés à SpFrance depuis janvier 2020
o Taux de positivité (TP) : 3,1%
o Taux d’incidence (TI) : 108/100 000*
o Taux de dépistage (TD) : 3 508 /100 000*
Nombre de cas confirmés
* Taux corrigés pour tenir compte du jour férié (24 mai)
Nombre incident de cas confirmés de COVID-19
par semaine (date de prélèvement) rapportés à
Santé publique France du 11 mai 2020 au 30 mai
2021, France (données au 2 juin 2021)
Extrait du Point Epidémiologique
Hebdomadaire du 3 juin 2021:
https://www.santepubliquefrance.fr/ma
ladies-et-traumatismes/maladies-et-
infections-respiratoires/infection-a-
coronavirus/documents/bulletin-
national/covid-19-point-
epidemiologique-du-3-juin-2021
1. Epidémiologie
Nombre hebdomadaire
de patients COVID-19
nouvellement
hospitalisés selon la date
de déclaration, depuis le Nombre hebdomadaire de nouvelles admissions de patients
23 mars 2020, France COVID-19 en services de soins critiques, selon la date de
(données au 30/05/21) déclaration, depuis le 23 mars 2020, France (données au
30/05/2021)
Nombre hebdomadaire
de nouveaux décès de
patients COVID-19 selon
la date de déclaration,
depuis le 23 mars 2020,
France (données au
30/05/2021)
Extrait du Point Epidémiologique Hebdomadaire du 3 juin 2021:
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-
respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-
epidemiologique-du-3-juin-2021
1. Epidémiologie
Nombres cumulés de personnes ayant reçu au moins une Proportion de personnes vaccinées par type de vaccin pour la première dose
dose de vaccin et une vaccination complète contre la en France (données du 27 décembre 2020 au 1er juin 2021)
COVID-19, par jour de vaccination, France (données du 27
décembre 2020 au 1er juin 2021)
Nombres de personnes vaccinés
Nombre de personnes ayant reçu au moins une dose
Nombre de personnes ayant reçu au moins deux doses
Extrait du Point Epidémiologique Hebdomadaire du 3 juin 2021:
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-
respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-
epidemiologique-du-3-juin-2021
2. Virologie
SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 = Virus à ARN enveloppé appartenant à la famille des Coronaviridae, genre betacoronavirus
hCoV saisonniers:
VIRUS SARS_COV-2 220E, OC43, SARS-CoV MERS-CoV
NL63, HKU1
ANNEE Découvert en
2019-… 2003 2012-…
d’EMERGENCE 1960
TAUX DE 37%
2,3% 0-0,1% 10%
MORTALITE
RESERVOIR
Pangolin Civette madaire
ZOONOTIQUE
SARS-CoV-2
65 millions / 1,5 8000 cas / 800 DC
NB DE CAS / NB
millions de DC Des milliards! dans le monde 1219 cas / 449 DC
DE DECES
MERS-CoV
Na Zhu et al. NEJM 2020 Jan N. Petrosillo et al. CMI 2020 Mar
Zhou P et al. Nature 2020 Feb Xiao K et al. Nature 2020 May2. Virologie
• Virus très épidémiogène = forte capacité à
se disséminer rapidement
• R0 = le taux de reproduction de base du
virus / Nb d’individus qu’une personne
porteuse va infecter pendant la durée de
son infection.
• L’ampleur de l’épidémie dépend du R0:
• objectif des mesures sanitaires : R0 < 1
• R0 actuel (1/12/2020 / 2ème confinement ) = 0,9
https://www.visualcapitalist.com/history-of-pandemics-deadliest/2. Virologie
CINETIQUE D’EXCRETION
VIRALE:
Mêmes cinétiques d’excrétion
quels que soient :
• Profil d’évolution
• Sexe
• Sévérité à l’admission
• Âge (65 ans)
Diminution au cours du temps
pour être faible voire très faible
après J7 (Ct>35)
Ct =Cycle Threshold : nombre de cycles d’amplification nécessaires afin d’atteindre une valeur seuil
12
définie. Lorsque le Ct augmente cela correspond à une diminution de la charge virale He X et al. Nat Med. 20202. Virologie 13
LE VARIANT ALPHA: LE PREMIER VARIANT ?
● Variant = terme médiatique mais
pas de définition scientifique Variant
● Pas de consensus = 1 mutation alpha
suffit à parler de variant
● Lignage et Clade = terme
scientifique de classification
phylogénétique
Le SARS-COV-2 évolue
lentement….
2x plus lentement que le virus de
la GRIPPE
4x plus lentement que le VIH2. Virologie
LE VARIANT ALPHA: LE PREMIER VARIANT ?
1ère vague = 20A
2ème vague = 20 A. EU2
3ème vague= variant alpha (20I/501Y)
Puis mise en place d’une surveillance épidémiologique nationale
EMER GEN (enquêtes Flash)
Classement des variants :
• VOC « variant of concern »
• VOI « variant of interest »
• VUM « variant under monitoring »2. Virologie
LA LOGIQUE DE L’ÉMERGENCE DES VARIANTS SOUS PRESSION DE SÉLECTION
Type d’échappement Mutations Observations
Variants de transmission: N501Y Variant α (GB): + 43 à 90%
augmentation de la L452R Variant β (Afr Sud): + 50%
transmissibilité P681R Variant γ (Brésil): + 40%
Variant δ (Inde): + ? %
Variants échappement E484K Variant α (GB): pas d’impact
immunitaire: E484Q UK-484K : impact à évaluer
moins bonne reconnaissance (mutation 484 seule ne Variant β (Afr Sud): impact significatif (AZ)
des Ag viraux par les Ac (post- suffirait pas, + 417 ?) Variant γ (Brésil): impact évoqué
infection / post-vaccination) Variant δ (Inde): impact limité
Variants échappement E484K ; E484Q Si Ac utilisé seul : Bamlanivimab
thérapeutiques (Ac Pas d’échappement si utilisation d’un
monoclonaux) cocktail de deux anticorps2. Virologie
CE QU’IL FAUT RETENIR
• Concernant l’échappement à l’immunité (impact majeur):
o Le lignage Bêta (B.1.351) est celui qui présente la distance antigénique la plus
élevée (modification plus grande de la protéine S du virus = moindre efficacité des
Ac neutralisants induits par la vaccination)
o Meilleure « stabilité » de la protection avec les vaccins ARNm (plutôt que Vaxzevria®
(AstraZeneca) ou Vaccin Covid-19 Janssen®)
o Pas de différence notable d’efficacité avec le variant Alpha (B.1.1.7) des vaccins
ARNm
o Echappement observé avec les variants Bêta (B.1.351) et Gamma (P.1) (données in
vitro)
o Probablement pas de perte d’efficacité de l’immunité cellulaire (protection vis-à-vis
des formes graves)2. Virologie
CONCLUSIONS
• Les virus évoluent, sélection des variants capables d’échappement
immunitaire et d’une meilleure transmission)
• Les données sur les impacts des différentes mutations s’accumulent, mais
sont encore incomplètes
• Une surveillance étroite est en place (criblage : permet de dépister les
variants et séquençage: permet de les identifier formellement)
• L’évolution reste imprévisible même s’il semble y avoir une convergence
évolutive; le virus le mieux adapté devient majoritaire
• Probable phase d’évolution secondaire : évolution d’un virus ayant le
meilleur fitness ( = équilibre entre impact des mutations additionnelles et
meilleures compétences de transmissibilité, réplication….)
• Cette évolution aura une fin (pas de calendrier précis)3. Transmission
• Infectiosité • Taux de reproduction de base (R0)
Jour d’apparition des symptômes o 2,2 IC95%[1,4-3,9] à 5,7 IC95%[3,8-8,9]
• Temps de doublement
o 2,4 IC95%[1,9-3,3] à 7,4 IC95%[7,2-14] jours
Pic : -0,7 j
• Durée médiane d’incubation
o 5,2 jours IC95%[4,1-7,0]
• Transmission pré symptomatique
Infectiosité faible o 44%
• Infectiosité faible au delà de 7 jours
après le début des signes cliniques
Li Q et al. NEJM 2020 Jan
Jours après le début des symptômes
Liu Y et al. J Travel Med 2020 Feb
Début : -2,3 j He X et al. Nat Med 2020 Apr
Sanche S et al. Emerg Infect Dis 2020 Apr3. Transmission
Patients symptomatiques vs. asymptomatiques RT-PCR SARS-CoV-2
c c Asymptomatique
Taux de positivité d’ARN viral (%)
Symptomatique
Seuil de cycle
Même si
l’excrétion virale
semble être plus
! prolongée, elle ne
correspond pas à
l’infectiosité virale
Durée de l’excrétion virale (jours)
Pas de différence observée Excrétion virale
d’amplification de la région significativement plus longue
ORF1ab et du nombre de Ct dans le groupe asymptomatique Long QX et al. Nature 2020 Jun3. Transmission
Patients symptomatiques vs. asymptomatiques
c
c cIgG Sécrétion cytokine
/ IgM
Taux d’anticorps (Log2)
Asymptomatique
Symptomatique Taux d’IL6
Taux de cytokine (pg.mL-1)
significativement
plus élevé chez
les sujets
symptomatiques
Taux d’IgG significativement Pas de différence
plus élevé chez les sujets observée du taux
symptomatiques d’IgM
Long QX et al. Nature 2020 Jun3. Transmission
• Patients asymptomatiques Population étudiées
Test
réalisés
PCR SARS-CoV-2 +
avec symptômes
PCR SARS-CoV-2 +
SANS symptômes
avec RT PCR + Résidants Islandais 13 080 100 (0,8%) 43 (43%)
o Documentés par de Habitants de l’état de l’Indiana (USA) 4 611 78 (1,7%) 35 (44,8%)
Habitants de la ville de Vo (Italie) 5 155 102 (2%) 43 (42,2%)
nombreuses études
Habitants de San Francisco (USA) 4 160 74 (1,8%) 39 (52,7%)
o Pas de données Bateau de croisière (Diamond Princess ) 3 711 712 (19,2%) 331 (46,5%)
prospectives Bateau de croisière (Argentine) 217 128 (59%) 104 (81,3%)
o Pourrait atteindre 30 à USS Theodore Roosevelt (Porte avion) 4 954 856 (17,3%) 500 (58,4%)
40%, selon les données R91 Charles de Gaulle (Porte avion) 1 760 1 046 (59,4%) 500 (47,8%)
Foyer de sans abris (Boston, USA) 408 147 (36%) 129 (87,8%)
d’étude de cohortes
Foyer de sans abris (Los Angeles, USA) 178 43 (24,2%) 27 (62,8%)
menées en population Service d’obstétrique (New York, USA) 214 33 (15,4%) 29 (87,9%)
o Pas de facteurs spécifiques Citoyens Japonais évacués de Wuhan 565 13 (2,3%) 4 (30,8%)
identifiés pouvant Résidants d’un EHPAD (Washington, USA) 76 48 (63,2%) 3 (6,3%)
expliquer les formes Détenus (Arkansas, Caroline du Nord, 4 693 3 277 (69,8%) 3 146 (96%)
Ohio, Virginie)
asymptomatiques
Lavezzo E et al. Nature 2020 Aug Oran DP et al. Ann Intern Med 2020 Sep3. Transmission
4. Protection
Précautions complémentaire type Gouttelette et Contact Pour prise en charge patient
• Hygiène des mains (Friction Hydro-Alcoolique) • Gants si indication1
• Masque à usage médical suspect ou confirmé COVID-19
Contact direct avec le patient Soin mouillant/souillant Geste invasif/aérosolisant2
• Tablier/surblouse à usage • Tablier/surblouse imperméable • APR FFP2
unique usage unique • Protection oculaire
Elimination EPI
en DASRI avant
la sortie de la
chambre, sauf
pour l’APR qui
seront retirés
après la sortie
de la chambre
1risque contact sang ou liquides biologiques, contact muqueuse, 2 gestes invasifs ou manœuvres à risque de
Avis SF2H Soins et Deconfinement VF du 17 janvier 2021 contact peau lésée, PS avec lésions cutanées aux mains générer des aérosols (intubation, aspiration…)5. Présentation clinique
Confusion Céphalée
Anosmie/hyposmie
Fièvre
Rhinite
Agueusie Odynophagie Survenue brutale
Dyspnée
Douleur thoracique Infection
Toux
Eruption cutanée respiratoire aigue
Diarrhée Spécificités pédiatriques: Spécificités âge > 80 ans:
Faiblesse musculaire • Altération de l’état général • Altération de l’état général
• Fièvre isolée chez l’enfant • Chutes répétées
Myalgie de moins de 3 mois • Apparition ou aggravation
de troubles cognitifs
Paresthésies Guan WJ et al. NEJM 2020 Feb Bangash MN et al. Lancet Gastroenterol Hepatol 2020 Mar
Hua A et al. Eur Heart J 2020 Mar Joob B et al. J Am Acad Dermatol 2020 Mar
Zhao H et al. Lancet Neurol 2020 Apr Lechien JR et al. Eur Arch Otorhinolaryngol 2020 Apr
Sala S et al. Eur Heart J 2020 Apr Moriguchi T et al. Int J Infect Dis 2020 Apr5. Présentation clinique
Etape I Etape II Etape III
(Infection précoce) (Atteinte pulmonaire) (Hyperinflammation)
Sévérité de la maladie
IIA IIB
Composante virale
Composante inflammatoire
J7 J14
t
Asthénie Dyspnée sans (IIA) et avec SDRA
Signes cliniques Fièvre hypoxémie (IIB) (PaO2/FiO2 ≤ 300 SIRS/choc septique
Toux sèche mm Hg) Défaillance cardiaque
Examens Anomalie morphologique de Elévation des marqueurs
complémentaires Lymphopénie l’imagerie pulmonaire inflammatoires
Cytolyse hépatique (CRP, IL-6, D-dimere, ferritine…)
Siddiqi J et al. Heart Lung Transplant 2020 May5. Présentation clinique
J8-J9 période
Evolution Complications vitales
d’aggravation clinique
• Respiratoires:
o Entre J8 et J12
o Dyspnée d’aggravation progressive
o Se méfier +++++
o Souvent plus grave que l’aspect
ne le laisse penser (hypoxie heureuse)
• Thromboemboliques:
o Maladie prothrombogène
o HBPM systématiques chez les
hospitalisés
o Doses adaptées à la situation
Huang C et al. Lancet 2020 Jan6. Imagerie
Verre dépoli multifocal à prédominance périphérique Embolie pulmonaire à
rechercher au moindre doute
Surface de l’atteinte
pulmonaire > 25% : risque Danzi GB et al. Eur Heart J 2020 Mar
Yuan M et al. PLoS One 2020 Mar
évolution défavorable Grillet F et al. Radiology 2020 Apr
Li K et al. Invest Radiol 2020 Jun6. Imagerie
J1 Evolution temporelle
J5
J11
J15
Opacité en verre dépoli
Evolution vers une atteinte
Wang Y et al. Radiology 2020 Mar alvéolaire7. Facteurs de risques de décès
Risques relatifs de décès pour COVID-19 en milieu hospitalier
Age 25 - 29
Age 30 - 34
Age 35 - 39
Facteurs de risque
Age 50 - 54
Age 55 - 59
Facteur protecteur
Effet majeur de l’âge !
Age 60 - 64
Age 65 - 69
Age 70 - 74
Age 75 - 79
Age 80 - 84
Age 85 - 89
Age 90 - 110
Hommes vs. Femmes
En rouge sont représentées les variables dont le risque
relatif de décès est supérieur à 1,5 IC95% Semenzato L et al. EPI-PHARE - Groupement d’intérêt scientifique (GIS) ANSM-CNAM 2021 Fev7. Facteurs de risques de décès
Risques relatifs de décès pour COVID-19 en milieu hospitalier Facteurs de risque
Obésité
Diabète
Maladies respiratoires chro. (hors MVCD)
Mucoviscidose (MVCD)
Cancer du poumons (actif)
Autres cancers (actif)
En rouge sont représentées les variables dont le risque
relatif de décès est supérieur à 1,5 IC95% Semenzato L et al. EPI-PHARE - Groupement d’intérêt scientifique (GIS) ANSM-CNAM 2021 Fev7. Facteurs de risques de décès
Risques relatifs de décès pour COVID-19 en milieu hospitalier Facteurs de risque
Troubles psychiatriques débutant de l’enfant
Epilepsie
Sclérose en plaque
Paraplégie
Retard mental
Infection VIH
Insuff. rénale chronique terminale en dialyse
Transplantation rénale
Transplantation cardiaque
Transplantation pulmonaire
En rouge sont représentées les variables dont le risque
relatif de décès est supérieur à 1,5 IC95% Semenzato L et al. EPI-PHARE - Groupement d’intérêt scientifique (GIS) ANSM-CNAM 2021 Fev8. Prélèvements respiratoires
• Prélèvement naso-pharyngé recommandé (SFM / OMS) • Prélèvements à risque infectieux :
Alternatives : oro-pharyngé ou salivaire o Respiratoires +++
Écouvillon fin floqué / milieu de transport ou inactivant o Selles ++
o Urines –
« 1 narine o Sang – (virémie inconstante et faible risque d’aérosolisation)
&
1 tour » • Conditionnement et transport:
o Début de l’épidémie : triple emballage recommandé
o Désormais en emballage standard / catégorie B / UN 3373
(papier absorbant)
• Protection du personnel :
• Prélèvements profonds LBA, ATB, Expectoration o Professionnels de santé effectuant les prélèvements: masque
FFP2, lunettes de protection, surblouse, gants
• Techniciens au laboratoire : sous PSM 2, blouse, gants
https://www.youtube.com/watch?v=DVJNWefmHjE
https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/09/Fiche-COVID-19_V6.0.pdf (actualisation 25/09/2020)
https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330374/WHO-2019-nCoV-laboratory-2020.1-eng.pdf9. Examens biologiques
100%
sérologie
80%
J0 J6 J15 J30
Formes simples a modérées
Quel timing ? VAS
VAI ? (possibilité de RT-PCR+ > 20 j)
RT-PCR ?
VAS Formes avec signes respiratoires
Où prélever ? VAI
?
nécessitant O2 (hospitalisation)
?
VAS
VAI
Formes graves (réa)
?
J0 J6 J15 J30
Incubation (2-12j) Symptômes respiratoires(0-30j)
infection
Détection RT-PCR Détection RT-PCR basse ? Durée variable
voire intermittente He et al. Nat Med. 20209. Examens biologiques
RT-PCR SARS-CoV-2
Diagnostic d’une infection en cours
RT-PCR routine
Evaluation du risque de transmission à
4h
l’entourage
RT-PCR Rapide
1h Evaluation du contrôle de l’infection par
LAMP-PCR
le patient
15 min
Qu’est ce que le Ct ?9. Examens biologiques
RT-PCR SARS-CoV-2 Comparaison entre le patient symptomatique vs. asymptomatique
c Asymptomatique
c
Symptomatique
Taux de positivité d’ARN viral (%)
Même si l’excrétion virale
semble être plus prolongée,
Cycle seuil
elle ne correspond pas à
l’infectiosité virale
Durée de l’excrétion virale (jours)
Excrétion virale Excrétion virale significativement plus longue dans le
Niveaux d’excrétion identiques groupe asymptomatique
(Ct moy identiques sur 2 cibles de RT-PCR)
Long QX et al. Nature 2020 Jun9. Examens biologiques
SEROLOGIE SARS-CoV-2
Sérologie routine : 30 min Diagnostic rétrospectif Comparaison entre le patient
TROD: 10 min symptomatique vs. asymptomatique
Statut immunitaire
Détection Ag …à suivre
Taux d’IgG significativement plus élevé chez les
sujets symptomatiques
Pas de différence observée du taux d’IgM
Stephens DS et al. JAMA 2020 Long QX et al. Nature 2020 Jun9. Examens biologiques
SEROLOGIE SARS-CoV-2
PEUT-ON PERDRE SES ANTICORPS?
Observations : Séronégativité après
quelques mois :
• 40% (12/30) des asymptomatiques
• 12,9% (4/31) des symptomatiques
Long QX et al. Nature 2020 Jun
PEUT ON SE REINFECTER ?
Des cas anecdotiques de réinfection sont observées (8 mois / 64 millions de cas / forme mineure)
La réponse immunitaire naturelle de l'homme:
• Pas d’immunité stérilisante (immunité d’un virus respiratoire….)
• Mais si réinfection = excrétion virale plus courte, pas de propagation et pas des formes graves9. Examens biologiques
Place des tests antigéniques NP Evaluations de performances en situation réelle (HCL)
10-15 min
SAU patients à hospitaliser J7 DDS (nov. 2020) / % pos = 24%
• Réalisation d’un test Ag + PCR systématiquement sur 590 demandes
urgentes
Revue JM Pawlotsky et al. (AP-HP)
• Détection en test Ag : 43/142 (30%) positifs en PCR
• Sensibilité entre 32 et 62% / Spécificité entre 93 et 100%
• Détection uniquement des positifs avec Ct < 25
• Sensibilité dans population Ct < 33 entre 39 et 73%
Dépistage de masse dans une école (462 étudiants) / % pos =21,4%
Gravité de Délai DDS • Parmi les positifs (PCR +) : 25% d’asymptomatiques
l'infection • Performances analytiques des tests Ag (n=462): Se: 53,5% et VPN :
79,4 88,6%
52,4
58,4
47,8
33,3 • Pas de différence de Ct entre symptomatiques et asymptomatiques
0-3 4-7 8-11
BÉNIN SÉVÈRE JOURS JOURS JOURS
Diagnostic chez le patient symptomatique < 4 jours Dépistage de masse si PCR impossible
Pas de place à l’hôpital sur une population à J7 DDS10. Traitements • Aucune molécule n’a fait la preuve à ce jour d’une activité antivirale directe • Immunomodulateurs: les corticostéroïdes améliorent la survie chez les patients oxygénorequérants • Des questions demeurent concernant l’administration d’anticorps monoclonaux et du plasma de convalescent • Tocilizumab: apporte un bénéfice modeste dans certaines indications (évolution défavorable sous corticothérapie, O2requérants…), à confirmer dans le cadre de nouveaux essais cliniques • Importance des traitements de support: Oxygénothérapie, Anticoagulation préventive…
Fragkou PC et al. Clin Microbiol Infect 2020
10. Traitements
Oxygénothérapie
• Attention à la fréquence respiratoire et la Sa02
« l’hypoxie heureuse »
NON
NON
Société de Pneumologie de Langue Française10. Traitements
Anticoagulation Evaluation clinique
Forme modérée Forme sévère ou grave
Patients non O2 dépendant, hospitalisé ou non, Patients O2 dépendant ou
Réduction de mobilité et FdR de MTEV ventilation mécanique
Haut risque thrombotique et faible risque hémorragique
Non Oui
Molécule et Posologie
Enoxaparine 4000 UI x 1 / jour
Daltéparine 5000 UI x 1 / jour
Soins non Critiques Soins Critiques
Nadroparine 2800 UI x 1 / jour
Molécule et Posologie IMC > 30 kg/m² IMC > 40 kg/m² IMC ≤ 40 kg/m² IMC > 40 kg/m²
Tinzaparine 4500 U x 1 / jour
Enoxaparine 4000 UI x 1 / jour Ou poids > 100 kg Ou poids > 120 kg Ou poids ≤ 120 kg Ou poids > 120 kg
Fondaparinux 2,5 mg x 1 / jour
Daltéparine 5000 UI x 1 / jour
Durée 7 à 10 j
Nadroparine 2800 UI x 1 / jour
Posologie Enoxaparine Posologie Enoxaparine Posologie Enoxaparine Posologie Enoxaparine
Si Insuff. rénale sévère* Tinzaparine 4500 U x 1 / jour
Fondaparinux 2,5 mg x 1 / jour 6000 UI (0,6 mL) x 1 / jour 4000 UI (0,4 mL) x 2 / jour 4000 UI (0,4 mL) x 2 / jour 6000 UI (0,6 mL) x 2 / jour
Posologie HNF
Durée 7 j min à 10 j max en règle Durée 7 j min à 10 j max en général. Si atcd de MTEV ou obésité massive avec IMC > 40 kg/m2 ou cancer ou
5000 UI x 2 à 3 / jour formes très inflammatoires et faible risque hémorragique, éventuellement prolongation de la
générale
ou 200 UI/kg/jour thromboprophylaxie au-delà du 14ème jour pour une durée maximale de 6 semaines.
*DFG < 30mL/min/m² HCSP - Avis relatif à l’actualisation des recommandations thérapeutiques dans la prise en charge du Covid-19 – 28/01/202110. Traitements
Corticothérapie
• Indication: pneumonie COVID+ requérant une oxygénothérapie
• Bénéfice seulement si initiée au-delà de J5 des symptômes
• Dose: 6 mg/j IV ou PO pour une durée max de 10 jours
• Effets Indésirables (EI): hyperglycémie transitoire
NB : - pas de limitation d’âge mais attention aux EI
- pas de signal sur infections secondaires
- pas de données solides concernant le risque Fadel R et al. Clin Infect Dis 2020
RECOVERY collaborative group N Eng J Med 2020
d’augmentation d’excrétion virale Prado Jeronimo et al. Clin Infect Dis 2020
Nelson B et al. Clin Infect Dis 2020
Sterne et al. JAMA 2020
Tomazini BM et al. JAMA 2020
Dequin PF et al. JAMA 2020
Angus DC et al. JAMA 202010. Traitements
Antibiothérapie
• Constat : surconsommation majeure d’antibiotique probabiliste au début de
l’épidémie alors que les co- ou sur-infections représentent 6L/min
• Si apparition d’emblée (exceptionnel) ou secondaire (rare hors réanimation)
d’expectorations purulentes, possibilité d’une prescription antibiotique pour une
durée totale de 5 à 7 jours
• Pneumonie non grave : Amoxicilline + Acide clavulanique 1g x 3/j PO
• Pneumonie grave : C3G + macrolides
Rawson et al. Clin Infect Dis 2020, Vaughn et al. Clin Infect Dis 2020, Guan et al. N Eng J Med 202011. Vaccins
Virus atténué Virus inactivé Vecteur viral réplicatif Vecteur viral non réplicatif
• But: exposer le système Vaccin
Gène protéine S
coronavirus
Gène protéine S
coronavirus
immunitaire à un antigène qui ou
Gène viral
Gène viral
(certains inactifs)
ne causera pas de maladie,
mais sera capable de Cellule présentatrice d’antigène
provoquer une réponse Réponse
immunitaire
immunitaire (bloquer / tuer le Réponse
immunitaire
virus) Réplication virale
Réplication virale
• Huit types de vaccins: Vaccin ADN Vaccin ARN Sous unité protéique Particule pseudo virale
o Virus (inactivité, atténué) Gène protéine
S coronavirus
Protéine S
o Vecteur viral (réplicatif, Protéine M
non réplicatif) ADN
ARN
o Acide nucléique (ADN, Réponse
Réponse
Réponse
ARN) immunitaire immunitaire
immunitaire
o Protéines recombinantes Réponse
immunitaire
(sous unité protéique,
pseudo particule virale) Protéines virales
ARNm
Callaway E Nature 202011. Vaccins
Comirnaty® Vaccin Covid-19 Vaxzevria® Vaccin Covid-19
(Pfizer/BioNTech) Moderna® (AstraZeneca) Janssen®
Type ARN messager Adénovirus non réplicatif
Date obtention AMM 21/12/2020 06/01/2021 29/01/2021 11/03/2021
Nombre doses unitaires à 6 à 7 doses unitaires de 5 doses unitaires de
10 doses unitaires de 0,5 mL
prélever/flacon 0,3 mL 0,5 mL
Schéma vaccinal ≥ 55 ans
2 doses espacées d’au 2 doses espacées de
recommandé (hors 2 doses espacées de 1 dose
moins 21 j 42 j
situation particulière) 12 sem
Délai avant protection
7 j après la 2nde dose 14 j après la 2nde dose 15 j après la 2nde dose 14 j
optimale
AMM: Autorisation Mise sur le Marché https://ansm.sante.fr/tableau-vaccin/comirnaty-pfizer-biontech
https://ansm.sante.fr/tableau-vaccin/covid-19-vaccine-moderna
https://ansm.sante.fr/tableau-vaccin/vaxzevria-astrazeneca
https://ansm.sante.fr/tableau-vaccin/covid-19-vaccine-janssen
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/portfolio_vaccination_anticovid_professionnels_de_sante.pdf11. Vaccins
Vaccination par âge Évolution de la couverture vaccinale
https://covidtracker.fr/vaccintracker/11. Vaccins
Non vacciné Vacciné Efficacité en vie réelle
Infection documentées Infections sévères Décès due à la COVID-19
cumulée (%)
cumulée (%)
cumulée (%)
Incidence
Incidence
à SARS-CoV-2
Incidence
COVID-19 symptomatique
cumulée (%)
Incidence
COVID-19 hospitalisé
cumulée (%)
• Vaccin BNT162b2 (Comirnaty®) - 596 618 patients dans chaque bras
Incidence
• Etude cas (vacciné) / témoin (non vacciné) conduite en Israël, base de donnée
regroupant 4,7 millions de personnes
• L’étude conclut à l’efficacité de la vaccination tant sur le plan de la survenue
d’infection sévère que sur l’hospitalisation Dagan N et al. NEJM Apr 202111. Vaccins
Efficacité en vie réelle
Non vacciné
cumulée d’infections à
SARS-CoV-2 (%)
Vacciné
Incidence
Efficacité de la vaccination par le
Jours après la vaccin BNT162b2; sur l’incidence
première dose de formes symptomatiques et
asymptomatiques
• Vaccin BNT162b2 (Comirnaty®)
• Etude de cohorte monocentrique rétrospective, centre médical tertiaire, Tel-Aviv, suivi médian 63 jours
• 6170 professionnels de santé
• 5963 ayant reçu au moins une dose, 5517 ayant reçu deux doses
• 757 non vaccinés Angel Y et al. JAMA May 202111. Vaccins
Enceinte Femmes enceintes
Non Enceinte
Pfizer-BioNTech, Dose 1 Pfizer-BioNTech, Dose 2
Pourcentage
Pourcentage
Douleur Fatigue Céphalée Myalgie Frissons Fièvre Douleur Fatigue Céphalée Myalgie Frissons Fièvre
Moderna, Dose 1 Moderna, Dose 2
Pourcentage
Pourcentage
Douleur Fatigue Céphalée Myalgie Frissons Fièvre Douleur Fatigue Céphalée Myalgie Frissons Fièvre
Tolérance équivalente
• 35 691 femmes (16-54 ans) enceintes à partir de trois bases de données différentes aux Etats Unis chez la femme enceinte
• Réactogénicité moindre sauf pour la douleur au point d’injection
• Pas de différence en terme d’issue de grossesse (prématurité, petit poids de naissance, anomalies congénitales
ou mort nés)
• Pas d’augmentation du nombre de fausse couche spontané et de fausse couche tardive
Shimabukuro TT et al. NEJM Avr 202111. Vaccins
Diminution de la charge virale SARS-CoV-2 après la vaccination
Ct moyen J1-11
Ct moyen J12-37
• Charge virale réduite pour
12ème jour les infections survenant
post vaccinal dès le 12ème jours après la
dose de vaccin
• La vaccination induit une
Ct
réduction de la charge
virale entrainant une
infectiosité plus faible,
contribuant à la diminution
Jours après la première injection de vaccin de la propagation du virus
Ct =Cycle Threshold : nombre de cycles d’amplification nécessaires afin d’atteindre une valeur Levine-Tiefenbrun M et al.
seuil définie. Lorsque le Ct augmente cela correspond à une diminution de la charge virale Nature Medicine Mar 202111. Vaccins
Efficacité clinique sur les variants
Vaccin ChAdOx1
• L’administration de deux doses du vaccin ChAdOx1
(Vaxzevria®) n'a pas montré de protection contre la
survenue de forme légère ou modérée de COVID-19
dues au variant β (B.1.351)
• Efficacité plus faible du vaccin ChAdOx1 contre le
variant α (B.1.1.7)
• Efficacité du vaccin BNT162b2 (Cominarty®) après
administration de deux doses, contre le variant α
(B.1.1.7) et β (B.1.351)
Vaccin ChAdOx1
Vaccin BNT162b2
Emary K et al. Lancet Mar 2021
Madhisa MA et al. NEJM May 2021
Abu-Raddad LJ et al. NEJM May 202111. Vaccins
Innocuité du vaccin contre le SARS-CoV-2
• Réactogénicité locale et générale • Thrombose secondaire à la vaccination
• Cas rare d’anaphylaxie (Vous pouvez aussi lire
