LICENCE 3 2019 - 2020 SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTÉ - SCIENCES DES PROD CTIONS VÉGÉT LES
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SOMMAIRE__________________________________________ 2 CONTACTS DE LA FORMATION 3 CALENDRIER 2019 – 2020 4 PRÉSENTATION DE LA FORMATION 5 VOLUMES HORAIRES et CONTRÔLE DES CONNAISSANCES 7 CONTENU DES ENSEIGNEMENTS 1
CONTACTS DE LA FORMATION___________________________ @ Sandrine TRAVIER Assesseure à la Pédagogie sandrine.travier@univ-angers.fr Benjamin BARRE Directeur des études du portail SVG benjamin.barre@univ-angers.fr Anis LIMAMI Responsable pédagogique et Président de Jury Bureau Campus du Végétal T. 02.49.18.04.64 anis.limami@univ-angers.fr Catherine GARREAU Gestion de la scolarité et des examens T. 02.41.73.54.32 catherine.garreau@univ-angers.fr SCOLARITÉ – EXAMENS Horaire d’ouverture 8h30 – 12h30 Bâtiment A 13h30 – 17h00 Rez-de-chaussée Du lundi au vendredi Bureau A001 2
CALENDRIER 2019-2020_______________________________ Semestre 5 L3 Début des cours, TD, TP Mardi 03 septembre 2019 Du samedi 26 octobre au Vacances de Toussaint dimanche 03 novembre 2019 Fin des cours Mardi 10 décembre 2019 Du mercredi 11 au Révisions dimanche 15 décembre 2019 Examens semestre 5, 1e session Du lundi 16 au vendredi 20 décembre 2019 Du samedi 21 décembre 2019 au Vacances de Noël dimanche 05 janvier 2020 Jury semestre 5, 1e session Vendredi 24 janvier 2020 Examens semestre 5, 2e session Du mercredi 17 au mardi 23 juin 2020 Jury semestre 5, 2e session Vendredi 10 juillet 2020 Semestre 6 L3 Début des cours, TD, TP Lundi 06 Janvier 2020 Du samedi 22 février au Vacances d’hiver Dimanche 01 mars 2020 Vacances de printemps Du samedi 18 au dimanche 26 avril 2020 Fin des cours Mardi 05 mai 2020 Révisions Du mercredi 06 au dimanche 10 mai 2020 Examens semestre 6, 1e session Du lundi 11 au vendredi 15 mai 2020 Jury semestre 6, 1e session Vendredi 05 juin 2020 Examens semestre 6, 2e session Du mercredi 24 au mardi 30 juin 2020 Jury semestre 6, 2e session Vendredi 10 juillet 2020 * dates d’examen indiquées sont à titre indicatif. Les cours pourront reprendre plus tôt si la durée des examens est inférieure à celle mentionnée. 3
PRÉSENTATION DE LA FORMATION_______________________ La licence 3 SPV comprend des enseignements fondamentaux parmi lesquels la Biologie du développement et reproduction des plantes, la Biochimie et Biologie Cellulaire, la Génétique et la Bio- informatique. Ces enseignements donnent aux étudiants de solides connaissances du fonctionnement du végétal et son adaptation à l’environnement, du niveau cellulaire jusqu’au niveau de la plante entière. Ces enseignements préparent également à la poursuite des études au niveau Master, notamment le Master Biologie Végétal. La formation s'appuie sur les thématiques et les compétences développées dans les laboratoires de recherche impliqués dans la formation. Elle a également pour objectif de permettre aux étudiants de profiter des compétences locales dans le domaine du végétal (Pôle de compétitivité Végépolys). Vous serez capable de mobiliser les compétences suivantes : Compétences organisationnelles ― Travailler en autonomie (élaborer un projet personnel de formation, établir des priorités, gérer son temps). ― Effectuer une recherche documentaire en utilisant les technologies de l’information et de la communication. ― Mettre en œuvre un projet : définir les objectifs et le contexte, réaliser et évaluer l’action. Compétences relationnelles ― Communiquer : rédiger clairement, préparer des supports de communication adaptés, prendre la parole en public et savoir présenter des supports, s’exprimer correctement, notamment en anglais (niveau B1). ― Travailler en équipe : s’intégrer, se positionner, collaborer. ― S’intégrer dans un milieu professionnel (initiation). Compétences scientifiques générales ― Réaliser une étude : poser une problématique, construire et développer une argumentation, interpréter des résultats, élaborer une synthèse en faisant preuve d’esprit d’abstraction, proposer des prolongements. ― Mettre en œuvre une démarche expérimentale : utiliser les appareils et techniques de mesure les plus courants, identifier les sources d’erreur, analyser des données expérimentales et envisager leur modélisation, valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux. ― Utiliser des logiciels d’acquisition et d’analyse de données ― Utiliser des outils mathématiques et statistiques ― Adopter une approche pluridisciplinaire pour résoudre des questions complexes. Et après Le Master, mention Biologie Végétal 4
VOLUMES HORAIRES ET CC_____________________________ SEMESTRE 5 30 ECTS Volumes horaires Contrôle des Connaissances Coeff. ECTS U.E. Matières 1re session 2e Durée tot. CM TD TP Assidus D.A. session CT PARCOURS SPV-A Anglais 3 0.3 18 0 0 18 CC CT CT 1H UE1 S5 commun Mathématiques appliquées aux 3 0.4 22 8 4 10 CC CT CT 1H30 SVT UE2-BIO Bio Bioinformatique 2 0.4 13.4 6.7 6.7 0 CC CT CT 2H informatique Structure, UE3-BCMP/SPV- plasticité et 0.7 CT + 0.7 CT + 0.7 CT + A 4 0.6 40 20 12 8 2H intégrité du 0.3 TP 0.3 TP 0.3 TP * Génétique génome UE4-BCMP/SPV- A Biochimie 0.7 CC + 0.7 CT + 6 1 54 24 12 18 CT 2H Biochimie métabolique 0.3 TP 0.3 TP métabolique Physiologie du UE5- SPV-A développement 0.7 CT + 0.7 CT + 0.7 CT + Physiologie des et la 6 1 56 28 14 14 2H 0.3 TP 0.3 TP 0.3 TP * plantes reproduction des plantes 0.8 CT + 0.5 CT + UE6- SPV-A Mycologie 3 0.5 28 12 8 8 CT 2H 0.2 TP 0.5 TP Mycologie et biologie des Biologie des 0.5 CT + 0.5 CT + 0.5 CT + angiospermes 3 0.5 28 14 4 10 1H angiospermes 0.5 TP 0.5 TP 0.5 TP * PARCOURS SPV-B UE1 S5 commun Anglais 3 0.3 18 0 0 18 CC CT CT 1H UE2- SPV-B Physiologie 0.8 CT + 0.8 CT + 0.8 CT + Physiologie 6 0.9 51 23 12 16 2H végétale 0.2 TP 0.2 TP 0.2 TP * végétale UE3- SPV-B 0.75 CT + 0.75 CT + 0.75 CT + Génétique 6 0.9 41 23 6 12 2H Génétique 0.25 TP 0.25 TP 0.25 TP * UE4- SPV-B Microbiologie 5 0.9 51 23 4 24 CT CT CT 2H Microbiologie UE5- SPV-B Biologie cellulaire 0.5 CT + 0.5 CT + 5 0.9 51 24.3 4 22.7 CT 2H Biologie végétale végétale 0.5 TP 0.5 TP Bioinformatique - UE6- SPV-B 3 0.3 27 13 14 0 CC CT CT 2H Biostatistiques Bioinformatique- Biostatistique – Isotopie Isotopes stables 2 0.2 15 15 0 CC CT CT 1H en biologie * Report TP si > ou = à 10/20 CT = Contrôle Terminal CC = Contrôle Continu DA = Dispensé d’Assiduité 5
SEMESTRE 6 30 ECTS Volumes horaires Contrôle des Connaissances Coeff. ECTS U.E. Matières 1re session 2e Durée tot. CM TD TP Assidus D.A. session CT Anglais 2 0.3 18 0 0 18 CC CT CT 1H UE1 S6 Communication 2 0.3 20 0 0 20 CC ORAL ORAL 0H20 commun scientifique et orale 0.3 CT + 0.3 CT + TER 2 0.5 0 0 0 0 CC poster 0.7 ORAL 0.7 ORAL PARCOURS SPV UE2-SPV Facteurs Elaboration de la physiologiques de 0.7 CT + 0.7 CT + 0.7 CT + 6 1 56 28 12 16 2H biomasse l’élaboration de la 0.3 TP 0.3 TP 0.3 TP * végétale biomasse Maladies des 0.7 CT + 0.7 CT + 0.7 CT + UE3-SPV 3 0.5 26.7 10.7 4 12 1H plantes 0.3 TP 0.3 TP 0.3 TP * Maladies et résistances des Génétiques et 0.7 CT + 0.7 CT + 0.7 CT + plantes 3 0.5 29.3 13.3 12 4 1H résistances 0.3 TP 0.3 TP 0.3 TP * Biologie cellulaire 0.8 CC + 0.8 CT + 0.2 0.8 CT + 0.2 végétale 3 0.5 28 12 12 4 2H UE4-SPV 0.2 TP TP TP * approfondie Biologie cellulaire et génétique Génétique des 0.7 CT + 0.7 CT + 0.7 CT + 3 0.5 28 4 16 8 2H populations 0.3 TP 0.3 TP 0.3 TP * UE5-SPV Physiologie de Physiologie de 0.7 CT + 0.7 CT + 0.7 CT + l’adaptation des 6 1 56 28 9.33 18.67 2H l’adaptation des 0.3 TP 0.3 TP 0.3 TP * plantes plantes UE Stage en milieu professionnel * Report TP si > ou = à 10/20 CT = Contrôle Terminal CC = Contrôle Continu DA = Dispensé d’Assiduité Attention : En seconde session, des oraux pourront remplacer les épreuves écrites lorsque l’effectif, la pédagogie ou la matière peuvent le justifier. 6
CONTENU DES ENSEIGNEMENTS_________________________ SEMESTRE 5 Parcours SPV-A UE1 : Anglais Responsable : Sabrina Sebti Intervenants : Sabrina Sebti, Romain Laudier, Virginie Picquet, Johanna Thomas Contenu de l’enseignement Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant. UE1 : Mathématiques appliquées aux SVT Biostatistics Responsable : Jean Secondi Intervenants : Jean Secondi, Olivier Pays-Volard, Pierre-Cyril Renaud Contenu de l’enseignement Le module vise à acquérir les bases de l’analyse de données par des approches statistiques. La première partie vise à apprendre à construire un plan expérimental et à utiliser les méthodes d’exploration graphiques. La seconde partie aborde les principes généraux des tests d’hypothèse et la procédure de sélection d’une approche statistique paramétrique ou non paramétrique. La troisième partie détaille les principaux tests paramétriques et leur pendant non paramétriques utilisés en biologie et géosciences. La dernière partie porte sur les bases du calcul matriciel et son application dans les analyses statistiques multivariées. UE2 : Bioinformatique Bioinformatics Responsable : Claudine Landès Intervenants : Claudine Landès, Emmanuel Jaspard Contenu de l’enseignement : L'objectif de ce module est de donner aux étudiants des notions de programmation en python afin qu'ils puissent lire un code écrit en python et biopython (avec l'aide d'un tutorial) et de le modifier pour l'adapter à leur propre besoin (changement de format de fichier de données, extractions d'informations d'un fichier tabulé....). Les notions vues en cours seront mises en pratique en TD en salle informatique et par des exercices mis à disposition en distanciel. UE3-BCMP/SPV-A Génétique : Structure et plasticité des génomes Responsable : Marie-Christine Le Paven Objectifs pédagogiques ― Structure des génomes. Génome des procaryotes (notion d’opéron), génome nucléaire des eucaryotes (différentes classes d’ADN), génomes cytoplasmiques (structure, transmission et 7
expression ; théorie endosymbiotique). Génomique. Expansion des génomes (polyploïdie, duplication de gènes, éléments transposables). Epigénétique. ― Etude approfondie de la réplication. Différents mécanismes de réparation de l’ADN. ― Méthodes d’analyse de l’ADN (PCR, PCR quantitative, clonage, banque et criblage, séquençage). Polymorphisme et marqueurs moléculaires. Les différents champs d’application. UE4-BCMP/SPV-A : Biochimie métabolique Metabolic biochemistry Responsable : Benjamin Barré Objectifs pédagogiques Cet enseignement permet d’appréhender à la fois l’universalité et la diversité du métabolisme énergétique d’une cellule eucaryote animale et végétale (la glycolyse, la neoglucogénèse, le cycle de l’urée, le cycle des pentoses phosphates, chaine respiratoire, phosphorylations oxydantes les interactions de C/N, le cycle de krebs, l’autophagie, les transporteurs navettes, les espèces réactives de O/N), et de se familiariser avec les grands modes de régulations métaboliques en réponse aux changements de l’environnement (Flexibilité du métabolisme et adaptations). UE5 SPV-A : Physiologie du Développement et de la Reproduction des Plantes Responsable : Claire Campion Objectifs pédagogiques Le module traite des grands mécanismes qui régissent le développement et reproduction des plantes, et en particulier des mécanismes permettant la détection et la réponse aux signaux environnementaux, que ce soit dans l'environnement naturel ou dans un contexte agronomique. L’objectif est d’acquérir une bonne compréhension des aspects physiologiques et moléculaires de la photomorphogénèse, de la floraison, du développement des semences et des fruits sont abordés. Une partie de l’enseignement pourra être dispensée en anglais. UE6 SPV-A : Biologie des angiospermes et mycologie Biologie des Angiospermes Responsable : Alain Vian Objectifs pédagogiques Connaître la morphologie des fleurs et des inflorescences, ainsi que les modalités des sporulations et de mise en place des gamétophytes. Connaître les modalités de la pollinisation, les mécanismes d'auto- incompatibilité ainsi que le mécanisme de double fécondation. Connaître les différentes formes d'apomixie, ainsi que la typologie des graines et des fruits. Mycologie Responsable : Thomas Guillemette Objectifs pédagogiques Ce module permet d’acquérir des connaissances générales sur les mycètes en considérant notamment leurs structures et organisations, leurs modes de vie et leurs rôles dans l’écosystème. Le contenu des enseignements magistraux est illustré lors des séances de TP qui consistent principalement en l’isolement et l’observation d’un grand nombre de mycètes et en l’analyse de leur croissance. 8
Parcours SPV-B UE1 : Anglais Responsable : Sabrina Sebti Intervenants : Sabrina Sebti, Romain Laudier, Virginie Picquet, Johanna Thomas Contenu de l’enseignement Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant. UE2 SPV-B : Physiologie Végétale Responsable : Claire Campion Objectifs pédagogiques Le module traite des concepts fondamentaux de la physiologie végétale : nutritions hydrique, minérale et carbonée ; métabolisme carboné et transduction de l’énergie (photosynthèse et respiration) ; développement (germination, floraison) et sa régulation (photomorphogénèse, régulateurs de croissance). L’impact de l’environnement (sol, climat, atmosphère) sur le fonctionnement des plantes est abordé. UE3 SPV-B : Génétique Genetics Responsable : Catherine Aubry Objectifs pédagogiques ― Transmission de l’information génétique : Historique. Génétique et divisions cellulaires. Monohybridisme, dihybridisme, indépendance, interactions géniques et liaison génétique. Etablissement de cartes génétiques. Hérédité liée au sexe. ― Flux de l’information génétique : Rappels de la structure et des propriétés des acides nucléiques. Mécanisme de réplication. Structure et fonction des gènes: mécanismes de transcription et de traduction. Techniques d’analyse de l’ADN (PCR, clonage, séquençage,…) et de l’expression des gènes (RT-PCR, Q-RT-PCR, puces à ADN, western-blot,..). Les différents types de mutations et leurs conséquences sur l’expression des gènes. ― Structure des génomes : Organisation du génome nucléaire des eucaryotes. Les différentes classes d’ADN. Structure et expression des génomes cytoplasmiques. Théorie endosymbiotique. Génomique. Expansion des génomes (polyploïdie, duplication de gènes, éléments transposables). Epigénétique. UE4 SPV-B : Microbiologie Microbiology Responsable : Thomas Guillemette Objectifs pédagogiques L’organisation cellulaire, la place dans le monde vivant, les modes trophiques, ainsi que les grands groupes taxonomiques des principaux microorganismes (bactéries, champignons) seront présentés. Au niveau pratique, les étudiants pourront se familiariser avec les techniques fondamentales de la microbiologie : cultures de bactéries et champignons sur milieu synthétique, respect et mise en œuvre des conditions d’asepsie et de stérilité, mise en œuvre de critères morphologiques et biochimiques dans un but d’identification. 9
UE5 SPV-B : Biologie végétale Responsables : Nathalie Leduc, Alain Vian Objectifs pédagogiques Connaître les caractéristiques histologiques des principaux tissus végétaux et leurs fonctions ainsi que l’anatomie des organes végétatifs des Angiospermes. Savoir interpréter les caractères histologiques d’un organe végétal en lien avec son âge, ses fonctions physiologiques, ainsi que l’environnement de la plante. Connaître les caractéristiques de la reproduction (multiplication végétative et reproduction sexuée) des différents phylums végétaux. UE6 SPV-B : Bioinformatique – Biostatistique - Isotopie Bioinformatics – Biostatistics - Isotopy Bioinformatique et Biostatistique Responsables : Claudine Landès et Benjamin Barré Isotopie Responsable : Anis Limami Objectifs pédagogiques En s’appuyant sur la lecture d’articles proposés par l’enseignant et par les étudiants, une réflexion sera menée en groupe sur le végétal en tant qu’être vivant en interaction avec d’autres vivants dans son écosystème et sur le végétal dans un système de production où il devient un produit, une marchandise ou encore une usine de production de molécules. 10
SEMESTRE 6 Parcours SPV UE1 : Anglais Responsable : Sabrina Sebti Intervenants : Sabrina Sebti, Romain Laudier, Virginie Picquet, Johanna Thomas Contenu de l’enseignement Le cours d’anglais a d’abord pour objectif de permettre aux étudiant.es de continuer à travailler cinq des compétences traditionnelles en langue - compréhension écrite et orale, expression écrite et orale, et interaction orale - à travers des supports authentiques (articles, documentaires, documents audio et vidéo d’internet, graphiques…) et des activités variées (exercices de compréhension, d’expression écrite, jeux de rôle, débats, présentations orales…). Les étudiant.es sont également amené.es à étoffer leur vocabulaire, à améliorer leur prononciation, et à revoir certains points de langue le cas échéant. UE1 S6 SPV : Communication scientifique et orale & TER Scientific oral communication - Scientific writing and communication Responsable : Anis Limami Communication scientifique et orale Objectifs pédagogiques Les étudiants sont entrainés à communiquer des résultats scientifiques oralement en s’aidant d’un support iconographique (Power Point) ou à l’aide d’affiche (Poster). L’objectif est d’apprendre à structurer un message et à le présenter avec rigueur et concision. Cette formation est utilisée par les étudiants pour présenter oralement leur travail de TER. Travail Encadré de Recherche Objectifs pédagogiques Les étudiants sont encadrés par un tuteur qui les initient à la recherche bibliographique. Dans cet exercice les étudient participent à la définition des contours de leur sujet de recherche. Ils compulsent la bibliographie, en extraient l’information utile à leur thématique et rédigent un mémoire d’une dizaine de pages. Ce travail est présenté oralement en une dizaine de minutes. UE2 S6 SPV : Facteurs Physiologiques de l’Elaboration de la Biomasse Végétale Responsable : Claire Campion Objectifs pédagogiques Comprendre comment les processus physiologiques (du niveau cellulaire/moléculaire à celui de la plante entière), et les interactions avec des facteurs externes (abiotiques : sol, climat) et biotiques (symbiotes et pathogènes) agissent sur l’élaboration de la biomasse végétale, dans le contexte agronomique, par exemple pour la production de biocarburants. UE3 S6 SPV : Maladies des plantes, génétique et résistance Responsable : Romain Berruyer Objectifs pédagogiques ― Fondements de la phytopathologie : symptômes, dégâts, diagnostic, épidémio-surveillance et méthodes de lutte. Présentation des grands groupes d’agents pathogènes. Types de résistance des plantes aux maladies. 11
― Cartographie génétique : descendances et marqueurs moléculaires. ― Génétique quantitative : valeur phénotypique, valeur génotypique, interaction génotype-milieu, valeur allélique. La notion de QTL est abordée de façon simplifiée. UE4 S6 SPV / BOP : Biologie Cellulaire Approfondie et Génétique des populations Cell Biology and population genetics Biologie Cellulaire Approfondie Responsable : David Macherel Objectifs pédagogiques Acquérir des connaissances sur l’adressage des protéines dans les cellules végétales et sur les approches actuelles en biologie cellulaire des plantes. Réaliser des observations de la dynamique des organites et s’initier à l’analyse d’image en microscopie à fluorescence. Génétique des populations Responsable : Romain Berruyer Objectifs pédagogiques Fondements de la génétique des populations. L’équilibre de Hardy-wainberg, la consanguinité. La dérive, une marche aléatoire. Étude de la dérive en termes de consanguinité, étude de la dérive en termes de diversité. Les mutations. Intégration de la dérive et des mutations : la théorie neutraliste de l'évolution moléculaire. Migrations, sélection. UE5-SPV : Physiologie de l’adaptation des plantes Plant Physiological Adaptations Responsable : David Macherel Objectifs pédagogiques Acquérir une solide compréhension des mécanismes d’adaptation photosynthétiques et de réponse des plantes aux stress abiotiques, ainsi que de leur importance en matière de productivité des cultures. Développer un sens critique et amorcer une capacité d’innovation pour aborder des questions relatives à la physiologie et à l’adaptation des plantes. 12
A Administration ı Scolarité ı Enseignement (Amphi A à E) B Biologie végétale ı Physiologie végétale ı Travaux pratiques biologie B’ Travaux pratiques biologie C Travaux pratiques chimie C’ Département de Géologie ı Recherche environnement (LETG -LEESA) ı Recherche géologie (LPGN-BIAF) D Travaux pratiques physique Da Enseignement ı Travaux pratiques physique Db Département de Physique ı Recherche physique (LPHIA) E Travaux pratiques biologie F Département de Biologie ı Recherche neurophysiologie (SIFCIR) ı Travaux pratiques biologie, géologie GH Département Informatique ı Recherche Informatique (LERIA) ı Travaux pratiques géologie I Département Mathématiques ı Recherche Mathématiques (LAREMA) J Chimie enseignement ı Travaux pratiques K Département de Chimie ı Recherche Chimie (MOLTECH Anjou) L Espace multimédia ı Enseignement (Amphi L001 à L006) ı Salle d’examen rez-de-jardin 2, Boulevard Lavoisier 49045 ANGERS CEDEX 01 T.0241735353 www.univ-angers.fr
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