NOUVEAU CORONAVIRUS HCOV-EMC NOTE D'INFORMATION ET RECOMMANDATIONS
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Nouveau Coronavirus hCoV-EMC
Note d’information et recommandations
Contexte
En septembre 2012, 2 cas d’infection respiratoire aiguë sévère sont rapportés (BVOI n°137, Promed
26/09/2012 ; OMS ; BHI n°366), en Arabie Saoudite
Le pathogène est identifié en septembre comme étant un nouveau coronavirus béta (hCoV-EMC),
proche du coronavirus du SRAS. Il serait responsable de pneumopathies sévères avec
insuffisance rénale aiguë (1, 5)
Au 22/02/2013 :
13 cas rapportés dont 7 décès depuis septembre 2012 (BVOI n°137, 143-147, 157, 158 –
Promed 22/02/2013 – WHO GAR 21/02/2013 – HPA 19/02/2013)
o Arabie Saoudite : 6 cas dont 4 décès
o Jordanie : 2 décès
o Royaume Uni : 4 cas dont 1 décès
o Allemagne : 1 cas (venant du Quatar)
rétrospectivement 2 cas (décédés) ont été identifiés parmi un cluster de11 cas de
pneumopathie en Jordanie en avril 2012 ; les deux cas étaient du personnel soignant
3 cas (2 décès), entre octobre et novembre 2012, faisaient parti d’un cluster familial en Arabie
Saoudite
au Royaume Uni :
o le premier cas (septembre 2012) correspond à un rapatriement sanitaire d’une personne
vivant en Arabie Saoudite
o le deuxième cas (Février 2013) correspondant à un résident ayant voyagé au Pakistan et
en Arabie Saoudite dans les 10 jours précédant la date de début des signes
o les deux derniers cas n’ont pas d’antécédent de voyage et sont liés (famille) au
deuxième cas
Un seul cas a présenté des symptômes mineurs type syndrome grippal.
Les modes de transmissions à l’homme ne sont pas clairement identifiés. Le suivi de 200 personnel
soignant et contacts des cas en Europe et au Moyen Orient, n’a pas encore réussi à mettre en
évidence une transmission inter-humaine(2).
Cependant, les derniers cas rapportés au Royaume Unis sont de bons éléments de preuve en faveur
d’une transmission inter-humaine(3).
L’hypothèse d’une transmission zoonotique reste discutée devant les arguments de la distribution
géographique, de l’étendu des cas dans le temps et la quasi absence de cas asymptomatique ou
bénin (4).
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 1 sur 12Une révision des définitions de cas a été publiée les 19/02/2013 et 21/02/2013
Définition des cas proposée (cf Annexe 2 et Annexe 3) :
o http://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/case_definition/en/index.html
o http://www.who.int/csr/don/2013_02_21/en/
Dans le cadre du réseau SEGA, l’Unité de Veille Sanitaire (UVS) vous propose un appui technique et
financier pour la mise en place d’une surveillance active des cas de pneumopathies sévère en lien
avec le virus hCoV-EMC.
Ces recommandations seront à adapter selon l’évolution de la situation et des connaissances sur le
nouveau virus.
L’Annexe 2 présente la définition de cas proposée par l’OMS révisée au 19/02/2012.
L’Annexe 4 présente un exemple de fiche d’investigation utilisée par la Cire océan Indien.
L’Annexe 5 présente les recommandations pour les prélèvements, transport et techniques de
laboratoire pour le diagnostic du nouveau coronavirus.
L’Annexe 6 reste à être complétée afin de lister et centraliser les laboratoires de référence aux quels
les services de surveillance épidémiologique du réseau SEGA pourront faire appel en cas de besoin.
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 2 sur 12Recommandations
Recommandations OMS
Sur la base des connaissances actuelles, l’OMS ne recommande PAS
o de réaliser un dépistage systématique à l’arrivée des passagers sur le territoire
o d’imposer des restrictions de voyage dans les zones géographiques concernées
L’OMS demande que tout cas confirmé ou possible soit notifié dans les 24 heures par le point
focal RSI
Surveillance épidémiologique
Mettre en place une surveillance active des infections à hCoV-EMC en s’adossant aux
systèmes de surveillance des SDRA et/ou des infections respiratoires déjà en place dans les
pays.
Demander aux structures de santé de notifier immédiatement aux autorités sanitaires (selon le
protocole de notification en vigueur dans le pays) tout cas correspondant à la définition de cas
possible ou confirmé (cf. Annexe 2)
La classification selon les définitions de cas se fera en concertation entre les cliniciens et le
responsable de la surveillance épidémiologique contacté
Si nécessaire l’UVS pourra apporter un appui technique lors de ces discussions
Investigation épidémiologique du cas possible :
o investiguer le cas possible à la recherche d’autres cas ou de contacts dans son
entourage
o identifier l’existence de liens épidémiologiques entre les cas, en n’excluant aucun mode
de transmission possible :
aérien
transmission zoonotique
transmission environnementale
o Si nécessaire l’UVS pourra apporter un appui technique (envoi d’un épidémiologiste du
réseau SEGA et/ou de l’UVS)
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 3 sur 12Prise en charge clinique et biologique :
Isolement du patient en chambre seule et port d’un masque par le patient en cas de transfert
hors de sa chambre
o selon les ressources des pays, une l’isolement en chambre à pression négative peut-être
recommandée
Précautions pour le personnel soignant face au risque de transmission aérienne :
o port de masque, lunettes et gants jetables
o lavage des mains avec du savon et/ou une solution hydro-alcoolique
Réaliser des prélèvements à visée diagnostic (cf. ci-dessous)
Prélèvements biologiques : (sources : protocole Cire océan Indien et recommandations OMS)
o Conditions de réalisations :
les prélèvements seront réalisés après concertation avec le responsable de
la surveillance épidémiologique et si nécessaire avec l’UVS-COI
précautions à prendre par le clinicien pour la réalisation du prélèvement et
l’examen clinique, par le port :
d'un masque (type FFP2),
de lunettes,
de sur-blouse et de gants à usage unique
le laboratoire sera prévenu avant envoi de l’échantillon
o Objectifs :
identifier la présence de hCoV-EMC
identifier d’autres pathogènes respiratoires permettant un diagnostic d’exclusion
o Type de prélèvements :
Prélèvements respiratoires :
Ecouvillonnage nasal ou pharyngé : utiliser les kits de prélèvements
« grippe »
autres prélèvements respiratoires : aspirations naso-pharyngées,
crachats, aspirations endotrachéales, lavages broncho-alvéolaires, etc.
(à adapter selon le contexte local)
Conservation à C, PAS de congélation.
Expédition à C.
Autres prélèvements nécessaires :
Prélèvements de sang : 1 tube sec et 1 tube EDTA (pour sérologie et
charge virale sérique)
Prélèvement de selles (les coronavirus peuvent être excrétés et persister
dans les selles longtemps).
o Élimination des déchets :
Placer le matériel potentiellement contaminant dans les récipients prévus à cet
effet. Il devra être éliminé selon les règles d'hygiène en vigueur.
Enlever dans l'ordre suivant : (1) les gants, la surblouse, se frictionner les mains
avec de la solution hydro-alcoolique, puis retirer (2) les lunettes et les nettoyer
avec une lingette détergente/désinfectante, retirer l’appareil de protection
respiratoire en dehors de l’atmosphère contaminée et se frictionner les mains
avec de la solution hydro-alcoolique. Tous les matériels jetables doivent être
placés dans un container à déchets contaminés.
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 4 sur 12o Les prélèvements seront envoyés dans le respect des normes IATA aux laboratoires listés en Annexe 6. o L’UVS-COI prendra en charge le financement des kits de prélèvements, le transport et les analyses des prélèvements. hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 5 sur 12
Annexe 1. References
1. Bermingham A, Chand MA, Brown CS, et al. Severe respiratory illness caused by a novel
coronavirus, in a patient transferred to the United Kingdom from the Middle East, September
2012. Euro Surveill 2012;17.
2. eCDC Rapid risk assesment : Severe respiratory disease associated with a novel coronavirus.
2013.
3. Heatlh Protection Agency Third case of novel coronavirus infection identified in family cluster.
2013.
4. Pebody RG, Chand MA, Thomas HL, et al. The United Kingdom public health response to an
imported laboratory confirmed case of a novel coronavirus in September 2012.
5. Zaki AM, van Boheemen S, Bestebroer TM, et al. Isolation of a novel coronavirus from a man
with pneumonia in Saudi Arabia. N Engl J Med 2012.
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 6 sur 12Annexe 2. Définition de cas à reporter à l’OMS
La définition de cas proposée ci-dessous correspond à la définition de cas révisée (OMS : définition
1
de cas provisoire au 19/02/2013 )
Cas probable (« Patient under investigation ») :
Toute personne présentant
une infection respiratoire aiguë ; ET
des signes cliniques ou radiologiques ou histologiques d’infection du parenchyme pulmonaire
(pneumonie ou SRAS) ; ET
sans possibilité d’une confirmation biologique (patient ou échantillon non disponible) ; ET
sans aucune autre étiologie identifiée ; ET
ayant un contact proche* avec un cas confirmé.
Cas confirmé :
Cas possible avec prélèvements respiratoires confirmant la présence de virus hCoV-EMC
*On entend par contact proche :
- toute personne prenant soin du patient, y compris le personnel soignant et les membres de
la famille, ou ayant des contacts physiques proches
- toute personne qui est resté au même endroit (vivant avec, rendant visite) au cas probable
ou confirmé pendant qu’il était symptomatique
1
http://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/case_definition/en/index.html
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 7 sur 12Annexe 3. Définition de cas possible à investiguer
2
L’OMS recommande de mener une investigation et de réaliser des prélèvements à visée
diagnostique pour
« tout patient présentant une pneumopathie non expliquée ou une maladie respiratoire sévère ou
compliquée sans explication ne répondant pas au traitement »,
« en particulier chez les personnes résidant ou revenant d’une zone géographique affectée »
Pour mémoire :
Pays concernés par les cas confirmés, et pays limitrophes (Recommandation eCDC du
07/12/2012) :
o Arabie Saoudite,
o ahre n,
o Emirats Arabes Unis,
o Irak,
o Iran,
o Israël,
o Jordanie,
o Koweït,
o Liban,
o Oman,
o Qatar,
o Syrie,
o Territoires palestiniens occupés,
o Yemen
La liste de ces pays sera amenée à être modifiée selon l’évolution de la situation et des
connaissances.
2
http://www.who.int/csr/don/2013_02_21/en/
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 8 sur 12Annexe 4. Exemple de fiche d’investigation :
source : Cire océan Indien
CIRE OCEAN INDIEN
Alerte nouveau coronavirus –
Fiche d’investigation d’un cas (possible, confirmé, contact)
Etape 1. Recueillir les principales informations pour vérifier le signal
Date de l’appel : ………………………………………………
Nom du déclarant: ………………………………………….. Prénom :
…………………………………………..
Service + hôpital : ………………………………………….. N° téléphone :
………/………/………/………
Patient
Nom : ………………………………………………………….. Prénom :
…………………………………………..
Date de naissance : ……………………………………… Sexe : □ F □M □ NSP
Définition de cas
a/ Si cas possible :
Date de consultation : ………/………/……… Date de début des signes :
………/………/………
Signes cliniques de SDRA ou d’infection du parenchyme pulmonaire oui□
Et/ ou
non□
Signes radiologiques de SDRA ou d’infection du parenchyme pulmonaire oui□
non□
Et Fièvre >=38° oui□ non□
Et Toux oui□ non□
Et Aucun diagnostic différentiel associé (autre étiologie pouvant expliquer la pathologie) oui□
non□
Et Survenue des signes dans les 10 jours après le retour du pays à risque oui□
non□
Et Notion de voyage dans un des pays à risque (entourez dans la liste ci-dessous) oui□
non□
Liste validée au 17/12/2012 : Arabie Saoudite, Bahrein, Emirats Arabes Unis, Irak, Iran, Israël,
Jordanie, Koweit, Liban, Oman, Qatar, Syrie, Territoires palestiniens occupés, Yémen
Si le cas est exclu, informer la CVAGS ou l’astreinte médicale (sans urgence, en heure ouvrée).
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 9 sur 12b/ Si cas confirmé
Répond à la définition de cas possible (cf. a/) oui□ non□
Prélèvements respiratoires indiquant la présence du nouveau coronavirus oui□
non□
Si le cas est exclu, informer la CVAGS ou l’astreinte médicale (sans urgence, en heure ouvrée).
c/ Si cas contact (d’un cas possible ou confirmé)
Date de consultation : ………/………/……… Date de début des signes :
………/………/………
Contact d’un cas possible oui□
non□
Contact d’un cas confirmé oui□
non□
Présentant une infection respiratoire aigue (qq soit gravité) oui□
non□
Dans les 10 jours suivant le dernier contact oui□
non□
Pendant que celui-ci était malade oui□
non□
Si le cas est exclu, informer la CVAGS ou l’astreinte médicale (sans urgence, en heure ouvrée).
Texte libre si besoin de préciser :
………………………………………………………………………………………………..
……………………………………………………………………………………………………………
………………………………………..
……………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………
……………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………
……………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 10 sur 12Etape 2. Le cas est validé (soit possible, confirmé ou cas contact), poursuivre
l’investigation
- Demander ou s’assurer de la réalisation de prélèvements respiratoires (ou autres, sang,
selles…) en vue d’une recherche concomitante des étiologies habituelles et du nouveau
Coronavirus (transfert au CNR à rappeler et à suivre), à gérer en collaboration avec l’InVS.
- Identifier le cas et les cas contacts :
Récupérer l’adresse et le gsm du patient
Récupérer les coordonnées des contacts proches (les membres de la famille, le personnel
soignant éventuellement les compagnons de voyage), N il ne s’agit que des contacts
« proches »
Leur dire qu’en cas d’apparition d’une infection respiratoire aigue quelque soit la gravité,
dans les 10 jours après le dernier contact avec le cas possible ou confirmé, il faut
contacter le service où est hospitalisée le cas, soit le Samu.
- S’assurer que les mesures de lutte pour les infections respiratoires aigues ont bien été prises (en
cours de précisions avec l’InVS mais voilà qq exemples :
Règles habituelles d’hygiène des mains
Limitation des actes susceptibles de générer une aérosolisation de secrétions
respiratoires (aérosol, aspiration, endoscopie…)
Isolement géographique et éteindre la clim avec ventilation régulière de la chambre
avec la porte fermée (si possible chambre à pression négative),
Port d’un masque chirurgical lors de toute visite hors de la chambre
Limiter les déplacements du patient, proscrire les visites de l’entourage
Tenue de protection pour l’entrée : sur-blouse Usage Unique (UU) si contact patient
ou avec surfaces ou matériel, masque FFP avant l’entrée, lunettes de protection, 1
paire de gant UU avant entrée en chambre et a doubler si contact patient, et sur
chaussures
- Contacter sans attendre et informer l’InVS au 08 20 42 67 15 (qui contactera et informera la
DGS, ECDC et l’OMS)
- Prévenir la CVAGS (en semaine et aux heures ouvrées, sinon, prévenir le cadre médical
d’astreinte qui informera le Directeur d’astreinte de l’ARS)
Astreinte médicale Mayotte : n° à récupérer dans le message aux cadres
d’astreintes du vendredi
Astreinte médicale Réunion : n° à récupérer dans le message aux cadres
d’astreintes du vendredi
- Informer l’hygiène hospitalière de l’hôpital en question de tout cas possible (ou confirmé)
d’infection à nouveau coronavirus (préciser le service, et la date d’entrée).
Si heure tardive, envoyer un mail et passer un coup de fil le lendemain matin (n° et email en
annexes).
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 11 sur 12Annexe 5. Prélèvements, transport et techniques de laboratoire : recommandations
source : OMS, version du 21/12/2012
http://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/LaboratoryTestingNovelCoronavirus_21Dec12.
pdf
Annexe 6. Liste des laboratoires
Cette liste n’est pas exhaustive et sera régulièrement mise à jour à partir des informations fournies par
les pays du réseau SEGA.
Afrique du Sud : National Institute for Communicable Diseases
Street Address
o 1 Modderfontein Road
o Sandringham
o Johannesburg
Postal Address
o Private Bag X4
o Sandringham
o Johannesburg
o 2131
o SOUTH AFRICA
France :
Institut Pasteur (CNR coordonnateur) :
o Unité de génétique moléculaire des virus à ARN
o Département de virologie
o 25 rue du Dr Roux
o 75724 Paris Cedex 15
o responsable : Pr Sylvie Van Der Werf
Hospices civils de Lyon (CNR Laboratoires associés) :
o Laboratoire de Virologie Est
o Institut de microbiologie
o Centre de biologie et de pathologie Est
o Groupement hospitalier Est
o 59 boulevard Pinel
o 69577 Bron Cedex
o responsable : Pr Bruno Lina
hCoV-EMC : Note d’information ; réseau SEGA, UVS-COI 12 sur 12Vous pouvez aussi lire
