R de recherche - CHU de Nantes
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CHU de Nantes N°26/août 2020
R de recherche
la lettre de la recherche et de l’innovation
Dossier spécial Pédiatrie
Une recherche plurithématique d’excellence en pleine croissance
COVID-19
La mobilisation totale des
équipes nantaises de recherche
contre la maladie
Sommaire
3. Edito
Actu
4. Recherche COVID-19
9. Concrétisation de projets grâce au Fonds de dotation
10.
CHU de Nantes hébergeur des données de santé pour l’interrégion
11.
SIRIC Iliad: focus sur ReWork-QoL, programme de recherche sur le retour au travail
Organisation
11. L’Entrepot de Données Biomédicales Nantais
13. SPIN : une nouvelle unité au service de la recherche en santé publique
Point d’étape
13. FAME : un cluster issu de l’initiative NExT
14. Recherche en soins primaires : bilan à 2 ans
Dossier spécial Pédiatrie
16. Portrait de l’UIC FEA
19. Depist 2 P
20. Projet européen TREOCAPA
21. Grands défis numériques : volet fertilité du projet HealthChain
Résultats aux appels d’offres
22. Les résultats aux appels d’offres ministériels
25. Contrat d’interface : les lauréats
Zoom sur...
27. Interview : Simon Stute , chercheur en médecine nucléaire
28. Interview croisée : ARC moniteurs
L’instant éco
29. L’évaluation médico-économique dans les essais cliniques internationaux
Outil / En pratique
31. 4 questions sur le RGPD
Directeur de publication : Philippe EL SAIR
Responsables de publication : Milan LAZAREVIC, Pr Arnaud BOURREILLE
R de Recherche remercie pour leur précieuses collaboration : Pr Stéphane BEZIEAU, Dr Elise BOISSIER, Dr Olivier BONNOT, Dr Romain BOURCIER,
Pr Arnaud BOURREILLE, Sophie BROUARD, Pr Bertrand CARIOU, Pr Patrice CHEVALLIER, Sophie CONCHON, Sandrine COUDOL, Pr Brigitte DRENO, Anne DROUARD,
Dr Emilie DUCHALAIS, Damien FAIRIER, Pr Virginie FERRE, Yohann FOUCHER, Dr Jean-Pascal FOURNIER, Pr Thomas FREOUR, Géraldine GALLOT, Marion GAUTIER,
Thomas GORONFLOT, Pr Christèle GRAS-LE GUEN, Jérôme GUICHEUX, Pr Samy HADJADJ, Bénédicte HERISSE, Julie JAULIN, Dr Pauline JEANMOUGIN,
Jérôme JULLIEN, Dr Stéphanie LARRAMENDY, Dr Elise LAUNAY, Maxime LEBEAUPIN, Marie LEBIGRE, Anne LE LOUARN, Gervaise LOIRAND, Pr Antoine MAGNAN,
Véronique MEUNIER, Dr Emmanuel MONTASSIER, Pr Philippe MOREAU, Michel NEUNLIST, Elise OLIVIER, Aziz OUACH, Catherine PELLAT, Dr Yann PENVERNE,
Dr Cédric RAT, Richard REDON, Christelle RICHARD, Valéry-Pierre RICHE, Pr Jérôme RIGAUD, Pr Yves ROQUELAURE, Pr Antoine ROQUILLY, Pr Jean-Christophe ROZE,
Jean-Jacques SCHOTT, Dr Simon STUTE, Isabelle TENAUD, Caroline THOMAS, Florence VRIGNAUD, Dr Mathieu WARGNY,
Crédits photos : CHU Nantes, Mathieu HAAS
Tiré à 300 exemplaires sur papier recyclé PEFC et avec encres végétales
Maquette - Mise en page et impression : MAYA imprimerie, Tél 02 28 21 02 02
2 R de Recherche N° 26/août 2020
Edito
Madame, Monsieur,
L’
actualité de ce nouveau R de recherche est bien sûr placée sous le signe de cette pandémie et des bouleversements
qu’elle a apportés dans nos organisations personnelles et professionnelles. Ainsi, qui aurait pu imaginer en début
d’année 2020 que nos équipes participeraient à plus de 90 études en lien avec la COVID-19 en cette fin de printemps ?
La réactivité et la mobilisation de tous les acteurs de la Recherche a été sans faille, puisque près de la moitié des projets
de recherche COVID en cours au CHU sont coordonnés par nos équipes, dans des spécialités très différentes et des
thématiques très variées. Les acteurs de la Recherche nantaise ont également su se rendre disponibles pour répondre
présent aux collaborations nationales et internationales, avec des équipes de recherche fondamentale mais aussi des
études cliniques diagnostiques et thérapeutiques.
L’actualité de ce numéro de juin est aussi pédiatrique, avec un dossier dédié à une présentation de l’équipe dynamique
du CIC Femme Enfant Adolescent et ses récents travaux. Cette équipe conçoit, fait financer, coordonne et participe à plus
de 230 projets de recherche cliniques nationaux et internationaux, industriels et institutionnels autour de thématiques
variées allant de l’infectiologie à l’oncologie en passant par la nutrition, la PMA ou encore la gynécologie et l’obstétrique.
Ainsi, le projet européen TREOCAPA porté par le Professeur Rozé illustre parfaitement un parcours de 30 ans de recherche
d’excellence au service des nouveau-nés qui fédère, autour d’un sujet aussi pointu que la fermeture du canal artériel chez
l’extrême prématuré, une soixantaine d’illustres équipes européennes, toutes expertes dans le domaine de la néonatologie.
Toujours dans le domaine de la périnatologie, l’étude DEPIST2P symbolise, elle, l’étroite collaboration entre les équipes
de pédiatrie et d’obstétrique autour d’une approche médico-économique cette fois, destinée à améliorer le dépistage et
la prévention des infections néonatales à streptocoque B grâce à de nouveaux outils de PCR délocalisés. Financée par
l’appel d’offres DGOS des Projets de Recherche Médico-Economiques (PRME), cette étude écrite en étroite collaboration
avec la cellule médico-économique de notre établissement rassemble une quinzaine d’équipes de maternité au travers
tout le pays autour d’un objectif d’amélioration des pratiques quotidiennes en salle de naissance. Enfin, le projet
Health Chain, piloté par le Professeur Fréour pour le volet fertilité visant à optimiser la prise en charge des couples
infertiles grâce aux outils de l’intelligence artificielle.
Ainsi, cette période bouleversée est aussi l’occasion de constater la force et la détermination de nos équipes qui
s’organisent dans la difficulté pour rester au rendez-vous de la recherche au service des patients.
En vous souhaitant une bonne lecture de ce nouveau numéro de R de Recherche.
Pr Christèle Gras-Le Guen
Référent UIC FEA
Chef de service de pédiatrie
R de Recherche N° 26/août 2020 3
Actu
COVID-19 - Une recherche animée par
une mobilisation exceptionnelle des acteurs
de la recherche
Depuis le début de la pandémie, à l’instar des équipes dans le soin, l’ensemble des équipes
de recherche du CHU de Nantes est pleinement mobilisé dans la recherche sur la Covid-19.
Quel que soit le domaine, anesthésie-réanimation, médecine infectieuse, urgences, médecine
pédiatrique, pneumologie, diabétologie, hématologie, etc. Les équipes se sont investies
pleinement dans le développement de ces nouveaux projets. Elles ont pu s’appuyer sur
l’expertise des plateaux techniques (CRB, pharmacie à usage intérieur, pôle biologie, etc.) ainsi
que sur les services d’appui au sein de la DRI.
UNE MOBILISATION À TOUTES ÉPREUVES
Chercheurs, cliniciens, ingénieurs, pharmaciens… s’investissent sans relâche pour faire avancer la science et mieux
comprendre les mécanismes du coronavirus SARS-COV2.
Pendant cette période, les protocoles COVID-19 ont été priorisés.
Depuis le début de l’épidémie, les équipes du CHU de Nantes ont été sollicitées pour participer à près de 50 projets. Les
équipes sont par ailleurs à l’initiative de 42 projets dont 9 en recherche interventionnelle de catégorie 1 ou 2.
Retrouvez la liste exhaustive des projets COVID auxquels le CHU de Nantes participe ou est à l’initiative sur intranet
(Pole et direction>direction de la recherche et de l’innovation>Covid Ressources documentaires).
Illustration de cette mobilisation l’Université de Nantes, le Commissariat • Projet COVARDS
avec quelques projets initiés ou sur à l’Energie Atomique, le projet a été Ce projet porté par le Pr Antoine
le point d’être lancés financé par l’Agence d’Innovation Roquilly, service Anesthésie
de la défense (AID) à hauteur de Réanimation, a été sélectionné à la
•
Projet COVRESP, une aventure 426 000 euros parmi plus de 2 500
collective ! suite de l’appel à projets COVID-19
propositions. Après des échanges de l’Agence Nationale de la Recherche
Mené par le Pr Pierre-Antoine entre le fabriquant, l’ANSM, (ANR). D’une durée de
Gourraud, COVRESP vise le promoteur, l’investigateur 18 mois, il vise à décrire
à concevoir et évaluer scientifique (Pr P.A. l’association entre les
une nouvelle génération Gourraud) et l’investigateur altérations des interactions
d’appareils de ventilation clinique (Pr A. Roquilly), hôte-pathogène induites par
mécanique à partir l’étude a été autorisée par la COVID-19 et le risque
d’imprimantes 3D et du l’ANSM. A l’issue de cet de syndrôme de détresse
essai, le projet pourrait Pr Antoine Roquilly
recours massif au respiratoire aiguë (SDRA).
Pr Pierre-Antoine Gourraud contrôle logiciel. entrer dans une phase Ses résultats permettront d’améliorer
industrielle et internationale avec le la compréhension de la physio-
Ce projet, à l’initiative groupe SEB.
du collectif « Makers for life» et pathologie du SDRA et de sélectionner
réunissant entrepreneurs nantais, Plus d’informations sur : les meilleures approches théra-
https://makair.life/le-projet/ peutiques. Le projet implique
makers, chercheurs, professionnels de
santé et ingénieurs a été conçu en différents services du CHU (anesthésie-
quelques semaines par plus de 350 réanimation, virologie, maladies
personnes. infectieuses, CIMNA) et le Centre de
Recherche en Transplantation et
Depuis le 16 mars, le collectif travaille Immunologie (CRTI). Il est financé à
pour prototyper et produire un hauteur de 200 k€ par la région Pays
appareil de ventilation mécanique, de la Loire.
apte à répondre aux crises de type
COVID-19. Fruit d’une collaboration
entre le collectif « Makers for life », Crédits photo : collectif Makers for life
4 R de Recherche N° 26/août 2020
Actu
• MICI-COVID • DYNAMIC • Analyse sur données de l’INSEE
D Y N A M I C La pandémie de
(DoxycYcliNe COVID-19 a fait appa-
AMbulatoIre raître de nombreuses
Covid) est une problématiques, parmi
étude de phase lesquelles l’impact des
III randomisée en stratégies de dépistage
double aveugle dans la population
Dr Quentin Le Bastard
Pr Arnaud Bourreille Pr Brigitte Dréno d o x y c y c l i n e générale sur la mortalité
« Les patients atteints de maladies versus placebo de nos patients.
inflammatoires chroniques intestinales pour le traitement « précoce et
Pour tenter de répondre à cette
(MICI) sont traités dans près de la ambulatoire » des patients à risques
question, nous avons évalué l’effet sur
moitié des cas par immuno- de complications de la maladie
la mortalité des politiques de dépistage.
suppresseurs ou bio-thérapie. COVID-19.
Ce travail est issu d’une collaboration
Dans ses recommandations « Clinical
La pandémie à coronavirus a soulevé étroite avec les Drs Anthony Terriau
management of severe acute
la question du risque d’infection et Arthur Poirier, économistes du
respiratory infection (SARI) when
sévère en cas d’utilisation de laboratoire GAIN de l’université du
COVID-19 disease is suspected »,
biothérapies. Les données peu Mans et le Dr Julien Albertini du
l’OMS suggère que les patients
nombreuses publiées sont plutôt laboratoire GATE de l’université de
présentant des facteurs de risque
rassurantes et ont amené les Lyon 2. Cette étude est basée sur
soient hospitalisés même s’ils ne
différents groupes d’experts français l’inhomogénéité des politiques de
présentent pas de signes de gravité.
et internationaux à recommander la dépistages entre les différentes régions
En France, environ 18 millions de
poursuite des traitements en l’absence françaises. Nous nous sommes appuyés
personnes sont concernées. Un
de signe évocateur d’infection virale. traitement ambulatoire permettant sur une méthodologie originale en
Nous ne connaissons pas la prévalence d’éviter l’aggravation de la maladie utilisant un modèle à effets fixes,
de l’infection dans ces populations de est donc essentiel pour ces personnes. utilisée en économétrie.
patients. Nous avons initié une Nous avons observé qu’une augmen-
L’étude DYNAMIC se base sur les
cohorte multicentrique française de tation du taux de tests d’un point de
propriétés antivirales (connues entre
patients atteints de MICI traités par pourcentage pourrait permettre de
autre contre le virus de la Dengue) et
anti-TNF ou anti-intégrine en hôpital diminuer la mortalité liée à la
anti-inflammatoires de la doxycycline,
de jour avec un suivi couvrant la qui pourraient limiter la tempête COVID-19 de 0.0015 point de
période de pandémie pour évaluer cytokinique induite par le SARS- pourcentage, ce qui signifie que 2000
la prévalence et l’incidence des CoV-2. Au-delà de ces propriétés, tests supplémentaires réalisées on
infections à coronavirus, les facteurs les avantages de la doxycycline pourrait éviter 3 décès. Nous pensons
de risques cliniques, démographiques, sont triples : sa longue histoire de que ces résultats, actuellement en
sociaux, pharmacologiques et immu- sécurité d’utilisation, la courte durée cours de soumission, pourront orienter
nologiques d’infection sévère. du traitement et son faible coût. les décideurs politiques dans la
En 5 semaines, 1 100 patients ont été L’objectif principal de DYNAMIC est gestion de cette crise sanitaire ainsi
inclus prospectivement et entament de diminuer le taux des patients que dans celles à venir.
leur suivi pour une durée de 6 mois. La hospitalisés pour une infection par le
• CORONADO - premiers résultats
fin de la période de suivi est prévue le SARS-CoV-2 et préserver ainsi les
publiés
17 décembre prochain. Un premier services de soins de la tension
dossier de financement a été engendrée par l’épidémie. Cette
déposé à l’ANR. Des financements étude inclura 330 patients. L’étude CORONADO, lancée au
complémentaires seront demandés DYNAMIC pourrait avoir un impact début du mois d’avril 2020, et qui a
aux différents appels à projets sur la prise en charge des patients bénéficié du soutien financier du
nationaux et internationaux. Nous présentant un facteur de risque de PHRC national 2020, a vu ses premiers
espérons identifier des facteurs COVID-19 sévère en amont des résultats publiés dans la revue
possiblement protecteurs du risque hôpitaux par les médecins généralistes. scientifique Diabetologia. L’une des
« d’infection grave qui pourraient Elle permettrait de bloquer précoce- premières réussites de cette étude est
permettre l’utilisation des biothérapies ment l’infection virale en réduisant la la mise en place, en seulement deux
chez des patients non atteints de période de contagion, et de prévenir semaines, d’un réseau rassemblant 68
MICI. » l’orage cytokinique responsable de centres de diabétologie en métropôle
l’évolution vers les formes sévères de la et en outre-mer, grâce au relais des
maladie. sociétés savantes et des associations
R de Recherche N° 26/août 2020 5
Actu
de patients. Au total, près de 3 000 • Du personnel de recherche a été Bompoil, coordonnateur de recherche
patients diabétiques ont été inclus, détaché afin de venir en aide aux clinique sur le pôle biologie, a assuré la
en seulement vingt jours, alors que équipes soignantes. Ainsi 18 coordination des nouveaux protocoles
l’objectif initial était de 300 patients. infirmières de recherche clinique (lien entre les services cliniques et les
Les résultats décrivent le profil-type (IRC) sont venues en soutien du soin laboratoires, DRI, évaluation des coûts,
des patients, leurs complications et et plus d’une dizaine de TEC sont autorisations, etc.).
risques à court terme. Cette publication venus en appui au sein des unités Nous avons ainsi participé aux
signe la première étape d’un travail COVID. inclusions et suivis de presque 12O
plus vaste de recueil et •U
n Fonds d’urgence Covid-19 géré patients sur 6 à 8 semaines, ce qui
d’analyse de données par le Fonds de dotation du CHU de représente 3 459 échantillons.
sur les 3 000 patients Nantes a été mis en place. Avec le
participant à l’étude, soutien à l’accompagnement et à la
pour un suivi prévu protection des soignants, au bien- Biothèque protocoles COVID_Virologie
jusqu’au 28ème jour être des patients et des résidents, le
suivant leur admission à soutien à la recherche représente NEZ 1221
Pr Bertrand Cariou l’hôpital. une des trois priorités du fonds SERUM 1175
d’urgence Covid-19. PLASMA 789
UNE ADAPTATION EFFICACE SANG PAXGENE 138
• Afin de répondre aux multiples NE ORGANISATION
U SANG EDTA 52
attentes, la direction de la recherche REPENSÉE… URINES 36
et de l’innovation s’est également ..au sein du pôle de biologie SELLES 36
mobilisée : dès la première semaine Dès la fin février, les équipes cliniques AUTRES (CRACHATS, ASPI ENDOTRACH) 12
un groupe de coordination des ont inscrit des patients hospitalisés 0 200 400 600 800 1000 1200 1400
activités de recherche Covid-19 pour CoVid dans la première cohorte
réunissant les représentants des FrenchCoVid, et très rapidement le Depuis, le laboratoire a développé,
pôles cliniques et médico-techniques protocole Discovery a débuté à Nantes, en collaboration avec le Centre de
impliqués, des chercheurs des UMR Lyon et Paris (hôpital Bichat). Recherche en Transplantation et
et de la DRI, a été mis en place.
La très forte et ancienne habitude Immunologie (UMR INSERM 1064),
Son rôle ? : disposer d’une vision
de travail collaboratif entre le SMIT et des outils qui pourront permettre de
transversale des études en cours et à
le laboratoire de Virologie autour poursuivre les investigations cliniques
venir sur la Covid-19, sur les projets
des protocoles VIH et du CIC 1413, nécessaires dans les mois à venir (PCR
de recherche en cours de montage et
a permis à Nantes d’être dans les quantitative, sérologie, infectiosité par
orienter les porteurs de projets.
premiers centres d’inclusion dès le culture, séquençage…)
• Sur la base d’initiatives autour des 27 février pour la cohorte FrenchCoVid. L’équipe mobilisée
Virginie Ferre, Thierry Bompoil, Audrey Rodallec,
technologies alternatives (visière Les inclusions dans le protocole Claire Hemon, Sandie Pares, Maud Huby,
de protection 3D, respirateurs…), le DisCovery ont débuté au SMIT et dans Wafa Ben Abdelhafidh, Cécile Peltier
CHU s’est mobilisé pour animer un le service de médecine intensive et
collectif accélérateur d’innovations réanimation le 23 mars. …au sein du CRB
alternatives. Dès le 23 mars, l’équipe a été renforcée Le centre de ressources biologiques
• Une page intranet dédiée aux par trois techniciennes de la plateforme (CRB) s’est organisé pendant la période
ressources numériques scienti- PRBIO-P du PHU7 et une technicienne de confinement pour répondre aux
fiques sur la Covid-19 a par ailleurs de recherche de l’université de Nantes besoins des équipes de recherche
été mise en place (Pole et direction (UMR 1064 et faculté de pharmacie), tout en veillant à la sécurité de son
>direction de la recherche et permettant ainsi des inclusions et des personnel. La priorité a été donnée à
de l’innovation>Covid Ressources suivis des biothèques 6 jours/7. Nous la prise en charge des prélèvements
documentaires). Elle recense les avons également réalisé les biothèques frais et aux projets liés au Coronavirus.
principales veilles documentaires sur pour les inclusions des centres Le CRB a participé à la mise en place
la Covid-19, avec des informations hospitaliers de La Roche-sur-Yon et de la biocollection IBIS-COVID-19,
cliniques pour les médecins et Saint-Nazaire dans le protocole associée au projet COVARDS du Pr A.
les soignants et des données HyCoVid. Les externes en pharmacie Roquilly (PHU12). Cette collection,
épidémiologiques sur le virus ont participé à la saisie des données et démarrée en moins d’une semaine, a
(PubMED Central, Cochrane Library, notamment au recueil des signaux de permis de réunir les échantillons de
Elsevier Coronavirus Information PCR pour l’évaluation semi quantitative 24 patients atteints de la COVID-19.
Center, etc). des charges virales nasales. Thierry
6 R de Recherche N° 26/août 2020
Actu
Ensuite, le projet MICI SARS-CoV2 taires sur tout le territoire, le CRB s’est Enfin, la suspension de certaines
porté par le Pr A. Bourreille (PHU01), chargé de répondre aux questions de activités a permis au CRB d’aider le
a conduit le CRB à collectionner les ses homologues français. pôle de biologie (PHU7) en lui
échantillons de 100 patients nantais Ainsi, le CRB aura réceptionné près mettant à disposition un technicien
atteints de maladie inflammatoire de 905 prélèvements durant ces de laboratoire et en lui prêtant un
chronique de l’intestin et prélevés en 3 mois de confinement et préparé de automate pour augmenter sa capacité
pleine pandémie. Pour élargir cette l’ordre de 1 850 échantillons (cellules, de dépistage de la COVID-19.
collection à 900 patients supplémen- sérums et plasmas).
INTERVIEW DU SERVICE DES MALADIES INFECTIEUSES ET TROPICALES (SMIT) :
retour sur la crise sanitaire et les projets de recherche mis en place dans le service
Equipe du service de médecine infectieuse et Tropicale
de gauche à droite : Morgane Le Bras, Ernesto Paredes Manyari, Albane Soria, Morane Cavellec, Dr Benjamin Gaborit,
Pr David Boutoille, Pr François Raffi
Comment le service s’est-il organisé L’absence de cluster actif à proximité ritonavir, l’association Lopinavir/
pendant cette période de pandémie, immédiate de notre centre nous a ritonavir et interferon 1ß, l’hydroxy-
pour répondre aux besoins de la permis de structurer en un temps chloroquine et des stratégies
recherche ? record des filières diagnostiques et immunomodulatrices par anti-IL6,
(mobilisation des TECs, des IRCs ???) thérapeutiques de patients suspects anti-IL1, inhibiteur de JAK2) mais
Le SARS-cov2 a été responsable en de COVID-19. également de participer aux cohortes
quelques mois de plus de 150 000 cas nationales et nantaises (French
Durant toute la mise en place de ces
et 30 000 décès en France, 270 cas et COVID-19, Coronado, COVARDS).
filières, la recherche clinique et
67 décès au CHU de Nantes. En fondamentale a fait partie intégrante L’ensemble des équipes soignantes
l’absence de protocoles thérapeu- de nos réflexions. Notre objectif a du SMIT, du CPMIT et de recherche
tiques validés, les enjeux sanitaires et alors été de faire bénéficier au clinique, avec le soutien indispensable
scientifiques restent majeurs. maximum de patients des essais des services et médecins volontaires
Les premiers cas confirmés de thérapeutiques nationaux et interna- mobilisés dans la prise en charge
COVID-19 ont été détectés à Nantes tionaux évaluant les traitements des patients COVID (réanimations,
à la fin du mois de février dernier. candidats (le Remdesivir, le Lopinavir/ Médecine interne, urgences, MPU),
R de Recherche N° 26/août 2020 7
Actu
ont permis l’accueil des patients confinement une cellule de travail Quelle est votre analyse du paysage
COVID-19 au CHU de Nantes sans hebdomadaire permettant le suivi et recherche en lien avec le COVID ?
restriction liées à la saturation du le soutien des différents projets de Il peut donner une impression de
système de soins. Cette mobilisation recherche Nantais concernant le cacophonie liée à l’apparition récente
a également permis d’inclure, au COVID. La réactivité des structures de de cette maladie, à certaines prises de
25/06/2020, une centaine de patients recherche a été remarquable et a position péremptoires dans les medias
dans des essais cliniques et de facilité la mise en place rapide de et à la multitude d’essais menés. En
cohorte. projets. Concernant les projets en contraste, on peut saluer l’immense
partenariat direct avec notre service, dynamisme motivé par la recherche
Comme dans beaucoup d’hôpitaux,
elle a participé au développement de réponses à l’épidémie et la
et de services, vous avez été sollicité
d’essais thérapeutiques (essai collaboration accrue entre les équipes.
pour participer à plusieurs projets de
POLYCOR, phase 2a/2b), d’essais
recherche sur le COVID. Comment
observationnels concernant l’analyse Selon-vous quelles sont les trois
avez-vous répondu aux différentes
des processus thrombotiques, découvertes principales sur le
sollicitations de projets de
l’impact du surpoids, du tabagisme, COVID depuis le début de
recherche ?
et la constitution de biocollections au l’épidémie ?
En effet, durant cette période de cours du COVID.
nombreux projets ont été discutés, 1) L ’implication majeure de la réponse
les critères de sélection ayant motivé De quels types de financements immunitaire dans la présentation
notre engagement dans les études pouvez-vous bénéficier pour mener clinique et la sévérité de la maladie,
proposées dans notre service ont été à bien ces projets ? nécessitant probablement des
à la fois guidés par le pragmatisme Des partenariats ont-ils été créés stratégies thérapeutiques combinées
en période de crise sanitaire et la (exemple de Xenothera) ? alliant antiviraux et immunomodu-
pertinence scientifique des projets. lateurs (corticoïdes et traitements
Concernant le projet POLYCOR, il
ciblés par anticorps monoclonaux).
En favorisant les inclusions dans s’agit d’une étude en cours de
Les études concernant ces
les essais cliniques thérapeutiques développement sur l’évaluation et la
stratégies se terminent et nous
randomisés, nous avons souhaité validation clinique d’un candidat
commençons à avoir des réponses
apporter le meilleur niveau de soins à médicament nommé XAV-19, un
(ex. essai Recovery sur la
l’ensemble des patients en un temps anticorps polyclonal anti-SARS cov2
corticothérapie).
court, tout en assurant l’évaluation s’appuyant sur une technologie
rigoureuse de ces stratégies. Le choix unique de production d’anticorps 2) L ’implication des troubles de la
des essais ouverts dans notre service brevetée, adapté pour soigner les coagulation au cours du COVID,
s’est axé sur des stratégies théra- patients atteints de la maladie marqué par une pro coagulabilité
peutiques complémentaires (évaluant COVID-19. Pour ce projet nous chez les patients les plus sévères.
des anti-viraux, ainsi que des avons déposé, en association avec
3)
Les inconnues concernant la
immunomodulateurs) et s’adressant XENOTHERA, un projet de recherche
contagiosité des différentes formes
également à des profils de patients et développement Structurant Pour
cliniques de COVID (asymptoma-
différents (selon la sévérité de leur la Compétitivité (PSPC) auprès de
tiques, convalescents), les séquelles
maladie, leur âge…). Nous avons BPI France (Banque Publique
respiratoires ainsi que l’impact de
notamment pu inclure plus de 60 de d’Investissement). Le projet bénéficie
cette maladie à plus long terme sur
patients dans la cohorte nationale d’un financement à hauteur de 2,4
le système immunitaire.
French COVID-19 (INSERM) et plus de millions d’euros et est actuellement
30 patients dans le protocole Discovery en cours de mise en place et
Le mot de la fin ?
et poursuivons la constitution de coordonné par le CHU de Nantes.
biocollections à différents temps de la Il existe aujourd’hui une incertitude
Concernant la biocollection
maladie (à l’admission des patients et quant au risque de seconde vague,
COVARDS, projet collaboratif avec
au cours de leur suivi, jusqu’à 3 mois). incertitude renforcée par l’actualité.
nos collègues du CRTI (équipe du Pr
Vous, ou des médecins du service, Josien), de l’EA3826 (équipe du Pr Cela nécessite de rester très vigilant
êtes également à l’initiative de Roquilly) et du service de virologie en ce qui concerne le respect des
plusieurs projets de recherche sur le (équipe du Pr Berthe-Marie Imbert et mesures barrières et la poursuite
COVID. Comment cela s’est-il Bressolette), nous avons obtenu un de stratégies diagnostiques à large
organisé avec la direction de la financement ANR flash et déposé échelle. Nous ferons preuve du même
recherche, pour monter ces projets ? des demandes aux appels d’offres engagement que lors de ces derniers
et dans quels délais ? internes concernant des analyses mois dans la lutte contre cette
secondaires de cette biocollection. maladie.
La direction de la recherche a assuré
pendant toute la période de
8 R de Recherche N° 26/août 2020Actu
Concrétisation de projets
grâce au Fonds de dotation
Génétique : la recherche en faveur des enfants
atteints de déficience intellectuelle
Le Fonds de dotation du CHU de Nantes qui a pour vocation
d’apporter son soutien financier aux porteurs de projet du CHU
de Nantes, notamment dans le domaine de la recherche,
accompagne depuis plusieurs années le Professeur Stéphane
Bézieau et son équipe afin de faire avancer les recherches dans
le domaine de la déficience intellectuelle.
Equipe du Pr Stéphane Bézieau
Depuis 2014, l’équipe du service de Objectifs
génétique médicale du Professeur •P
roposer à davantage de familles
Stéphane Bézieau du CHU de Nantes de bénéficier du séquençage en
travaille à l’identification de nouveaux Génome Trio
gènes responsables de la déficience
•A
méliorer les techniques d’analyse
intellectuelle en séquençant tous les
bioinformatique pour identifier de
gènes du génome humain (23 000
nouveaux gènes de DI
gènes).
•D
évelopper des projets de recherche
La déficience intellectuelle (DI) Pr Stéphane Bézieau et des familles de l’association
pour comprendre les mécanismes de patients “Manger la vie”
modérée ou sévère touche environ un
moléculaires responsables de la
enfant sur 250, avec 3 000 à 4 000
maladie en lien avec les gènes Résultats
nouveaux cas chaque année en
identifiés, notamment sur le gène A ce jour, plus de 50 nouveaux gènes
France. Au CHU de Nantes, plus
USP7 responsables de déficience intellec-
de 300 patients par an vus en
consultation et atteints de DI sont • Identifier des cibles potentielles de tuelle ont pu être identifiés au CHU
étudiés par exome isolé en routine. traitement de Nantes à travers les travaux des
équipes du Professeur Bézieau. Ces
Identifier la cause génétique de la DI Apport pour les patients recherches ont permis de poser le
est toujours un défi puisque la majorité
Les résultats issus des recherches de diagnostic pour 1 000 patients à travers
des gènes restent encore à découvrir.
l’équipe du Professeur Bézieau le monde.
Les 1 200 gènes de DI connus sont
permettent d’identifier la cause de la
analysés en routine au CHU de Nantes, Financements obtenus via le mécénat
maladie chez plus d’un enfant sur
ce qui permet d'apporter une réponse Depuis trois ans, plusieurs mécènes
deux et de sortir de l’impasse
dans 35 % des cas. En recherche, ont apporté leur soutien financier aux
diagnostique.
l'équipe du Pr Bézieau a démontré études menées sur la déficience
qu'en séquençant le génome humain Elles permettent aux parents une
intellectuelle à travers le Fonds de
entier des enfants et de leurs parents, meilleure prise en charge de leur
dotation du CHU de Nantes :
il était possible d’identifier l’origine enfant, d’obtenir des informations
primordiales pour une éventuelle Groupama Loire Bretagne et
génétique de la maladie chez 70 %
future grossesse, et d’être orientés Fondation Groupama pour la Santé
des enfants au lieu de 35 % avec les
vers des associations de parents et les (90 000 €), Manger la vie (80 000 €)
méthodes classiques. Cette approche
services pertinents. et SEPRO GROUP (20 000 €).
appelée Génome trio ne peut pas être
proposée en routine aujourd'hui en Contact :
raison du coût (3 000 € par trio). fondsdedotation@chu-nantes.fr
R de Recherche N° 26/août 2020 9Actu
CHU de Nantes hébergeur
des données de santé pour l’interrégion
Au sein de l’interrégion grand ouest (GIRCI GO), le CHU de Nantes a été retenu pour héberger
les données de santé des 4 projets lauréats de l’appel à projets sur l’exploitation multicentrique
des gisements de données cliniques.
Au travers du développement des data sciences et de l’analyse des données massives en santé,
l’objectif de ces projets est d’améliorer les connaissances scientifiques et médicales pour la
recherche de nouveaux traitements, de contribuer au choix et au suivi de l’efficacité des prises
en charge, d’évaluer l’efficacité clinique de technologies innovantes en santé, de mener des
études d’efficacité médico-économiques ou encore d’améliorer le parcours et la qualité des soins.
Illustration avec le projet Gavroche porté par
le Pr Samy Hadjadj et le Dr Matthieu Wargny.
crédit photo : L’institut du thorax,
Wilfried Antoine Desveaux
Glycemia And its Variability with Regard tO
Congestive Heart failure - GAVROCHE
Pr Samy Hadjadj Dr Matthieu Wargny
L’appel d’offres interrégional visait à SNDS (Système National Données santé et des spécialistes de l’analyse
mettre les entrepôts de données de Santé), soit au moins 3500 décès du langage naturel. Elle est aussi
santé des hôpitaux HUGO à la annuels dans HUGO. Parmi les facteurs remarquable par la façon dont les
disposition des investigateurs cliniciens. pronostiques de l’ICA, l’hyperglycémie cliniciens sont maintenant capables
Les points clés concernaient de stress est controversée, et la d’examiner leurs questions de
notamment le rôle structurant du variabilité des glycémies (VG) n’a recherche à travers des données
projet sur les informations cliniques pratiquement jamais été étudiée. qu’ils n’ont pas collectées, liées à
disponibles et sur l’organisation des GAVROCHE vise à étudier l’impact l’exploitation des données de santé.
données. de la VG des trois premiers jours Elle est aussi un modèle en ce sens
Le projet GAVROCHE, soutenu par la de l’hospitalisation pour ICA sur qu’elle permettra de mieux comprendre
DRI du CHU, a reçu un financement la mortalité hospitalière, par une quels moyens humains et techniques
pour répondre à la question de approche multicentrique regroupant mobiliser pour obtenir un résultat issu
la glycémie dans l’insuffisance les CHU du groupe HUGO et valorisant de telles bases de données.
cardiaque prise en charge en l’accès aux différents entrepôts de L’étude GAVROCHE a mobilisé
hospitalisation. Cet AAP est une étape données hospitaliers, rendu possible largement divers collègues au sein
pour aller vers une exploitation plus par eHop. Le recueil s’appuiera du CHU : cliniciens (Pr JN Trochu,
généralisée des informations des sur des données structurées (socio- Pr S. Hadjadj, avec l’aide de M. Pichelin
données de santé par les cliniciens. Il démographiques, biologiques) mais CIC Thorax - PHU2), biologistes
s’agit de mettre en lien des données, aussi non structurées (compte-rendus (E. Bigot), et data-scientifiques, (M.
qui ont été produites hors du cadre de médicaux), exploitées par traitement Wargny et P.A. Gourraud - Clinique
la recherche, et leur exploitation pour automatique du langage naturel. des Données), notamment. La structu-
des questions de recherche portées La numérisation des bases de données ration nantaise a été le modèle pour les
par des cliniciens. Les cliniciens doivent hospitalières et leur accessibilité par les autres centres HUGO. Le travail ainsi
prendre confiance dans cette nouvelle entrepôts permet d’étudier rapidement généré est appelé à fonder de nouvelles
typologie de données de santé. et à grande échelle la glycémie et sa études sur l’insuffisance cardiaque et
L’insuffisance cardiaque (IC) est une variabilité. Nous visons l’analyse de ses aspects métaboliques. L’exploitation
pathologie fréquente, enjeu majeur plus de 20 000 patients, comparable des données a déjà commencé avec
de santé publique. En France en 2008, aux plus grandes cohortes dans ce l’emploi à temps complet d’un élève
on comptait 195 800 séjours avec domaine de recherche. ingénieur du laboratoire LS2N à l’école
un diagnostic principal d’IC. Dans les L’étude GAVROCHE est un modèle Centrale de Nantes pour l’analyse des
30 jours suivant une hospitalisation par son caractère multidisciplinaire documents issus de l’entrepôt nantais
la mortalité de l’IC aiguë (ICA) est impliquant des cardiologues, des de données de santé. L’aventure
proche de 10% dans plusieurs biologistes, des diabétologues, des GAVROCHE est lancée !
études internationales, incluant le spécialistes des grands nombres en
10 R de Recherche N° 26/août 2020Actu
SIRIC Iliad : focus sur ReWork-QoL,
programme de recherche
sur le retour au travail
Le SIRIC ILIAD (Imaging and fondateurs du SIRIC ILIAD, ont décidé
Longitudinal Investigations to de s’unir pour mettre en place une
Ameliorate Decision-making) labellisé véritable démarche de maintien et
en décembre 2017 par l’INCa s’articule de retour à l’emploi de leurs collabo-
autour de trois programmes de rateurs touchés par la maladie. Cet
recherche consacrés à (i) l’oncologie engagement fort se matérialisera en
nucléaire (programme THARGET), (ii) septembre 2020 par la signature
l’oncologie fonctionnelle (programme conjointe des trois établissements à la
PISTER) et (iii) la santé publique & SHS Pr Yves Roquelaure Pr Philippe Moreau charte « Cancer et Emploi » de l’INCa.
(programme ReWork-QoL). Le CHU de Nantes, l’ICO et le CHU
L’objectif du programme ReWork-QoL l’expertise multidisciplinaire de d’Angers viendront ainsi rejoindre la
est notamment d’étudier les détermi- chercheurs en épidémiologie, santé liste des 41 entreprises signataires de
nants de la qualité de vie et de la publique, psychologie, médecine du la charte afin d’adopter un nouveau
réintégration professionnelle (retour travail et ergonomie et va permettre regard sur le cancer au travail.
au travail, maintien en emploi) post- de créer un réseau de retour à Christelle Richard,
thérapie. l’emploi en région Pays de Loire. Les chef de Projet SIRIC
Porté par le Pr Yves Roquelaure (CHU trois établissements de santé, CHU
d’Angers), ReWork-QoL s’appuie sur de Nantes, ICO et CHU d’Angers,
Organisation
L'Entrepôt de Données Biomédicales Nantais
Big data en santé : de nouvelles santé connectés ou la dématérialisation plateforme eHop®, co-développée
perspectives de recherche progressive du dossier patient, ont par le CHU de Rennes et la société
conduit à un saut quantitatif dans le Enovacom. Tout en menant une
Le développement du numérique en
volume d’informations recueillies. On réflexion concertée sur la gouvernance
santé place la France parmi les pays à
parle alors de « données massives » et le respect de la réglementation,
la pointe de l’innovation. Les progrès
ou big data. Ces énormes volumes de l’architecture technique commune du
techniques de ces dernières années,
données soulèvent de nouveaux défis réseau permet de mutualiser les
tels que l’essor des équipements de
techniques et humains. Ils suscitent efforts et de partager rapidement les
des questions de qualité de la donnée savoir-faire entre les différents sites.
de soin à des fins de recherche et Ce réseau structurant et innovant
posent des enjeux éthiques vise à favoriser l’exploitation multi-
(confidentialité des données, partage centrique des données hospitalières
d’informations, etc.). et offre une masse de données
Le Groupement Interrégional de comparable à celle de l’AP-HP.
Recherche Clinique et d’Innovation du La constitution de l’entrepôt de
Grand Ouest (GIRCI GO) soutient le données de santé à visée recherche
déploiement d’entrepôts de données du CHU de Nantes (EDBN - Entrepôt
L’équipe de la Clinique des Données, biomédicales dans les cinq CHU du de Données Biomédicales Nantais)
de gauche à droite : Pr Pierre-Antoine Gourraud, Grand Ouest (Brest, Rennes, Tours, s’inscrit pleinement dans ce projet
Delphine Toublant, Adrien Bazoges, Angers et Nantes) ainsi qu’à l’Institut commun. Depuis juillet 2018, il est le
Sandrine Coudol, Olivia Rousseau, second à être autorisé par la CNIL
de cancérologie de l’ouest (ICO).
Thomas Goronflot, Matilde Karakachoff,
Chaque entrepôt repose sur la en France. L’accès aux données n’est
Dr Matthieu Wargny.
R de Recherche N° 26/août 2020 11Organisation
possible qu’au personnel formé et que le nombre de patients concernés d’une pathologie pour étudier
habilité par le CHU de Nantes, est important, essentiellement en l’usage d’un traitement spécifique
regroupé dans une équipe dédiée : la raison du nombre croissant de ou l’impact pronostic d’une
Clinique des Données (CdD, CIC-EC spécificités à prendre en compte. comorbidité au diagnostic.
1413), dirigée par le Pr Pierre-Antoine Enfin, le projet de recherche
Gourraud. Elle constitue une structure Son exploitation Gavroche va permettre d’étudier
opérationnelle labellisée faisant le Toute demande d’accès à l’entrepôt l’impact de la variabilité
lien entre les cliniciens/chercheurs doit être réalisée via le portail glycémique lors de l’hospitalisation
et l’entrepôt de données. La CdD recherche, accessible via l’onglet pour insuffisance cardiaque aiguë
fournit l’accès et l’expertise pour « logiciels soins » du site intranet. sur la mortalité hospitalière. Il
exploiter les données massives du Les demandes sont discutées lors de s’appuie sur les données des
CHU, en garantissant la confidentialité la réunion d’équipe hebdomadaire de entrepôts du groupe HUGO. Ce
et la protection des données qui lui la CdD. Une fois revue, la demande projet combine l’analyse de
sont confiées. Pour cela, la CdD est traitée par un expert qui données structurées (socio-
rassemble des compétences épidé- accompagnera l’investigateur dans le démographiques, biologiques)
miologiques, statistiques, médicales choix des critères d’interrogation de mais également non structurées
et informa-tiques. Elle associe l’entrepôt et le traitement statistique (comptes rendus médicaux),
étroitement dans ses démarches le des données. Pour les projets de exploitées par traitement
Département d’Information Médicale recherche, le chef du service automatique du langage naturel
(DIM), la Direction des Services du contributeur de données de l’étude afin de recueillir les informations
Numérique (DSN), la cellule RNI est informé et une première requête nécessaires à l’étude.
(Recherches Non Interventionnelles) sur l’entrepôt global est réalisée à
et le Groupe Nantais d’Ethique dans partir de critères de sélection (par
le Domaine de la Santé (GNEDS). Perspectives
exemple une pathologie, une tranche
d’âge, un ensemble d’unités Depuis cette année, l’EDBN est
L’EDBN – Entrepôt de Données fonctionnelles). Un sous entrepôt enrichi chaque semaine, ce qui ouvre
Biomédicales Nantais figé (Datamart) pseudonymisé est de nouvelles perspectives telle que la
Afin de mieux appréhender cet constitué, un lien URL permet d’y gestion de l’activité en temps réel.
entrepôt, il est nécessaire d’en dresser accéder avec une date de fin de L’actuelle pandémie de SARS-CoV-2
les contours : validité (accès automatiquement en est une illustration. En réalisant
supprimé à cette date). Une fois des requêtes sur les comptes rendus
• Plus de 17 millions de séjours
connecté à son datamart, l’investi- d’hospitalisation et en concertation
concernant 2,4 millions de patients
gateur a la possibilité de réaliser en avec nos collègues du SIM, nous
admis au CHU de Nantes, la
autonomie d’autres requêtes sur pouvons désormais identifier les
majorité depuis l’an 2000.
l’échantillon de patients et se admissions quotidiennes au CHU
• 128 millions de données structurées pour motif de COVID-19 et rattacher
constituer ainsi une base de données
et plus de 27 millions de documents, tout une batterie d’informations utiles
de recherche. Ce travail peut aussi
tels que des comptes-rendus. à ce suivi (service d’admission,
s’effectuer en semi-autonomie dans
• Une actualisation hebdomadaire l’espace de travail partagé de la CdD. commune de résidence, symptômes,
des informations etc.)
Il existe deux grands types de Exemples d’usage Dans un futur proche, l’EDBN sera
données dans l’EDBN : les données L’EDBN peut être sollicité à des alimenté par de nouveaux flux comme
structurées et non structurées. Les fins de screening : liste des IPP de les résultats de laboratoire ou encore
premières sont stockées dans une patients sélectionnés à partir de les prescriptions médicamenteuses,
variable spécialement dédiée au plusieurs critères d’inclusion (Ex : augmentant par là même le potentiel
recueil d’une information et sont ainsi screening de patients diabétiques de recherche au CHU. La coordination
directement interrogeables (sexe, présentant certains critères inter-régionale se poursuivant, les
glycémie, etc.). A l’inverse, les biologiques, avec la prise de études récemment initiées pourront
données sont dites non structurées traitements identifiés (recherche être réalisées à partir des données de
lorsqu’elles sont nichées dans du textuelle) pour un même séjour). soins qu’ont reçus des milliers de
texte. Il faut alors les localiser en Nous pouvons également réaliser patients dans l’ouest de la France. En
faisant de la recherche textuelle (text des dénombrements ou parallèle, le développement conjoint
mining), les extraire puis les isoler identifier des populations des outils d’exploitation des entrepôts
dans une variable afin de pouvoir les d’étude à partir d’actes réalisés permettra de faciliter la collaboration
exploiter. Bien souvent, ce processus ou de pathologies diagnostiquées, des centres pour les projets de
est d’autant plus long et complexe par exemple les patients atteints recherche multicentriques.
12 R de Recherche N° 26/août 2020Vous pouvez aussi lire
