Retour sur 10 ans de lutte contre les infections nosocomiales
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Retour sur 10 ans de lutte contre
les infections nosocomiales
Philippe Vanhems, PU-PH
Service d’Hygiène, Epidémiologie, Infectiovigilance et
Prévention (SHEIP), HCL
Laboratoire des Pathogène Emergents,
Centre International de Recherche en Infectiologie
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
• FINOVI et infections nosocomiales
• Résultats épidémiologiques
• 10 années de projets FINOVI
• Conclusion
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
FINOVI ET INFECTIONS NOSOCOMIALES
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Stratégie de recherche de FINOVI
Stratégie de recherche autour de 3 types de
pathologies :
• les hépatites virales
• les infections respiratoires
• les infections nosocomiales
Son objectif est de renforcer les équipes de
recherche pour contribuer au développement de
nouvelles solutions thérapeutiques et préventives
pour les maladies infectieuses
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Infections Infections Infections
virales respiratoires nosocomiales
Pathogènes x x x
émergents
Antibiorésistance (x) x x
Microbiote x x x
Vaccins x x x
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
L’acteur de référence dans le domaine de
l’infectiologie : 260 équipes en réseau
12 AO soit 93 projets collaboratifs générant des
publications : 193 annotées dans Web of Sciences
avec un h-index de 39
L’implantation réussie de 7 jeunes équipes qui ont
obtenues des subventions : 3 ERC grants, 1 ANR
jeune chercheur
Budget AO : 8 100 000 €
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Equipes financées (porteur de projet)
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Equipes
PROGRAMME JEUNES EQUIPES
Thierry WALZER CIRI - Inserm Differenciation and Migration of cytotoxic lymphocytes
U1111, CNRS UMR
5308, UCBL1
Thomas HENRY CIRI - Inserm Inflammasome activation during bacterial infections
U1111, CNRS UMR
5308, UCBL1
Suzana SALCEDO MMSB - UMR 5086 - Studying host-pathogen interactions in nosocomials:
CNRS, Université de Acinetobacter as a model system
Lyon
François LEULIER IGFL - UMR5242, Génomique fonctionnelle des interactions Hôte/Bactéries
intestinales - Functional genomics of Host/Intestinal bacteria
interactions
Pascal POIGNARD IBS (UMR 5075 Analysis of HIV broadly neutralizing antibody lineages to inform
CNRS/CEA/UGA) vaccine design
PROGRAMME ATIP AVENIR & ATIP PLUS
Cyrille BOTTE IAB -UGA, Inserm ApicoLipid: Comprehensive analysis of apicomplexan plastid lipid
U1209 – CNRS UMR metabolism
5309
Christian LESTERLIN MMSB - UMR 5086 - Acquisition of pathogenesis by horizontal gene transfer in
CNRS, Université de bacteria and intracellular organization of bacterial pathogens
Lyon
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Infections nosocomiales/IAS
• Infections nosocomiales: infection qui survient au
cours ou au décours d’une prise en charge d’un patient,
et qui n’était pas présente, ni en incubation au début de
la prise en charge.
• Concerne:
– Tout type de prise en charge, patients, soignants,
et/ou visiteurs
– Etablissements de soins et en dehors (IAS)
• Bactériennes, virales, fungiques
• Endogènes ou exogène
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Les infections nosocomiales
Agents pathogènes ciblés par FINOVI
• E. coli , S. Aureus, P. aeruginosa, Enterococcus spp.,
coagulase-negative staphylococci, Candida spp.,
Klebsiella spp., Enterobacter spp, Clostridium difficile
• Priorité sur S. Aureus
Enjeux de santé publique (chiffres estimés par l’ECDC)
• Risque de contracter une infection à l'hôpital : 7%
• 4 450 000 personnes contaminées par an
• 40 000 décès par an
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsInfections
Hépatites
nosocomiales
virales
Hémodialyse
Transfusion
AES XXX
Pratiques
à risque
Patients à PAVM
risque
Grippe
Diagnostic
…
VRS
…
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Infections pulmonairesEnvironnement
Dispositif
Hôte Agent infectieux
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsJournées IN FINOVI-LyonBiopole: 25 juin 2009 ?
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsRÉSULTATS ÉPIDÉMIOLOGIQUES ET
AGENDAS DE RECHERCHE
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsEnquête nationale de prévalence des IN (ENP)
• 6e enquête nationale de prévalence quinquennale en
France → 1990, 1996, 2001, 2006, 2012, 2017
1996 2001 2006 2012 2017
Nombre d’ES 830 1 533 2 337 1938 443
Infection 7,6% 7,5% 5,4% 5,3% 5,21%
Patient 6,7% 6,9% 5,0% 5,1% 4,98%
• Organisée par le RAISIN (SPFrance + 5 CPias)
• Dans le cadre d’une enquête européenne (ECDC)
• échantillon d’établissements français (50)
• contrôles de qualité pour 5 des 50 ES Français
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsDistribution des sites infectieux
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsDistribution des micro organismes
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsTaux d’IN en réanimation, France, 2004-2016
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsSurveillance en réanimation, France, 2004-2016
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsChirurgie digestive
2016 213 établissements 30 287 interventions 483 ISO
Evolution du taux d'incidence brut des ISO depuis 5 ans
16 648 15 639 15 089 13 756 14 028
NB 8 984 9 081 8 929 8 031 8 554
interventions 3 820 3 595 4 054 3 594 3 821
3 854 3 678 3 821 3 797 3 884
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsChirurgie orthopédique
2016 255 établissements 29 508 interventions 374 ISO
Evolution du taux d'incidence brut des ISO depuis 5 ans*
16 266 14 374 14 115 15 884 15 851
NB 1 654 1 545 1 378 1 601 1 493
interventions 9 430 10 363 11 269 11 666
484 480 539 498
* Pour ce graphique et dans un souci de comparaison correcte des données, les ISO survenues à plus de 30 jours post-intervention ont
été supprimées pour les années 2014 à 2016.
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsNeurochirurgie
2016 40 établissements 3 275 interventions 30 ISO
Evolution du taux d'incidence brut des ISO depuis 5 ans
25,0%
NB 1 265 1 419 998 1 318 1 269
interventions 2 461 2 247 1 612 2 136 2 006
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsFINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
BMR/BHRe : SARM, E. coli, K. pneumoniae, A. baumanii, P.
aerufinosa, E. faecalis ou faecium.
Diagnostic rapide : bactériémies et pneumonie liée à la ventilation
Antibiotic stewardship
National Agenda for Prevention of Healthcare‐Associated Infections
in Dialysis Centers
Neil Gupta, Marjory Cannon, Arjun Srinivasan for the members of the Working Group
of the Federal Steering Committee for the Prevention of Healthcare‐Associated
Infections in End‐Stage Renal Disease Facilities
Primarily on interventions to reduce vascular access‐related
complications infections with hepatitis B and hepatitis C virus.
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsDefining Safety in the Nursing Home Setting: Implications for Future
Research
Sandra F. Simmons, et al
June 1, 2016Volume 17, Issue 6, Pages 473–481
Priorités : chutes, ulcère de decubitus, erreurs médicales, et
infections
Consensus: Development of a Best Practice Guideline
(BPG) for Surgical Site Infection (SSI) Prevention in High-risk Pediatric
Spine Surgery
Michael G. Vitale et al Journal of Pediatric Orthopaedics. 33(5):471–478, JUL 2013
(1) patients should have a chlorhexidine skin wash the night before surgery; (2) patients should have
preoperative urine cultures obtained; (3) patients should receive a preoperative Patient Education Sheet;
(4) patients should have a preoperative nutritional assessment; (5) if removing hair, clipping is preferred
to shaving; (6) patients should receive perioperative intravenous cefazolin; (7) patients should receive
perioperative intravenous prophylaxis for gram-negative bacilli; (8) adherence to perioperative
antimicrobial regimens should be monitored; (9) operating room access should be limited during scoliosis
surgery (whenever practical); (10) UV lights need NOT be used in the operating room; (11) patients
should have intraoperative wound irrigation; (12) vancomycin powder should be used in the bone graft
and/or the surgical site; (13) impervious dressings are preferred postoperatively; (14) postoperative
dressing changes should be minimized before discharge
FINOVI/JIN to the extent possible.
2018 - Ph.VanhemsFINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
3595 épisodes d’EPC, France, 2009 – 2016
2009: 10
2010: 28
2011: 113
2012: 233
2013: 400
2014: 650
2015: 938
2016: 1223
**
** lien avec pays étranger : hospitalisation, rapatriement sanitaire, voyage, résident
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems http://invs.santepubliquefrance.fr (RICAI 2017)Signalements ERG, France, 2012 – 2016
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems http://invs.santepubliquefrance.fr (RICAI 2017)10 ANNÉES DE PROJETS FINOVI
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsProjets FINOVI et infections nosocomiales
• Sciences fondamentales
– Agent infectieux
– Déterminants liées à l’hôte incluant la réponse immune
– Composante environnementale
• Projet d’approches thérapeutiques et préventives
anti-infectieuses
• Projets translationnels
• Modélisation, Epidémiologie, Santé Publique et
Sciences Humaines et Sociales
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsProjets FINOVI-germes nosocomiaux prioritaires: quelques exemples* S. aureus • Structural and functional characterization of leukocidin peptide mediating adhesion between heparan sulfate and bacterial cell wall of Staphylococcus aureus • Effect of Staphylococcus aureus on osteoclastic bone resorption in vitro and in a model of nosocomial prosthesis joint infection • Integrin-Mediated Bone Cell Invasion by Staphylococcus aureus during chronic osteomyelitis: exploration of mechanisms, impact of osteoblastic responses and innovative therapeutic approaches. • Control of Staphylococcus aureus toxins by vaginal microbial communities and antibodies during menstruation • … * « Porte d’entrée » germe FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
P. aeruginosa
• Deciphering signaling pathways in Pseudomonas aeruginosa
virulence
• Imaging of Pseudomonas aeruginosa landing on host cells and type
3 toxin injection.
• Deciphering Pseudomonas lifestyle and host immune response in
Drosophila : from acute virulence to biofilm formation
• Impact of Pseudomonas aeruginosa co-infection on regulatory RNA
expression in Staphylococcus aureus
L. pneumophila, C. difficile, Aspergillus, E. coli…
Projet IAS-infections pulmonaires : S. aureus, Influenza
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsProjet « transversaux »: exemples
• Reversing lymphocyte anergy in septic syndromes: an innovative
therapeutic strategy for prevention of mortality and nosocomial
infections
• Computational Immunology, immune response, multi-scale
modelling, model validation, experiments
• Host-microbiota interactions and intestinal inflammation
• Targeting the thymus-independent arm of the humoral Ab response:
a novel immunotherapeutic approach to nosocomial infections
• iBird-MOD : Individual Based investigation of Resistance
Dissemination-Modeling
• Contacts measurements and transmission of communicable diseases
in the hospital setting
• Hospital-wide dynamic modeling of bacterial populations
• …
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsProjet inter-thèmes prioritaires avec « bénéfices » croisés: ex des infections pulmonaires • Mutations of the influenza polymerase: understanding how avian influenza viruses become highly infectious human pathogens • COEPI - Signatures of bacterial-viral co-infections in healthy versus Cystic Fibrosis 3D reconstituted human airway epithelia • Deciphering the relationship between environmental fungal exposure and chronic obstructive pulmonary disease: study of pulmonary inflammation and immune response in animal models and patients • Parallel Experimental and Computational Evolution of virulence in L. pneumophila • Factors regulating the migration of CD8 T-cells and the establishment of a memory compartment in the lung • … FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Complexité de « l’histoire naturelle » Inf. Noso
Ex. de déterminants (≈ exposome) de la grippe nosocomiale
Inf. Pulm
Interindividual
contacts
HCP Super
contactors/
spreaders?
FINOVI/JIN 2018 - Ph.Vanhems
Vanhems et al, Current Opinion in Infectious Diseases. 29(4):366–372, AUG 2016Projets molécules – médicaments
• Study of two new transporters of Streptococcus pneumoniae:
an intriguing link between multidrug resistance and virulence
• Protein phosphorylation and Streptococcus pneumoniae cell
division: Deciphering new regulatory processes for future
classes of antibiotics
• Synthesis and antimicrobial evaluation of carbohydrate fatty
ethers.
• New targets for antifungal therapy: characterization of
inhibitors and association to the ZEBRA cell-penetrating
peptide
• An evolutionary and functional approach to identify novel and
relevant antiviral genes
• …
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsConclusion
• : Dynamique de recherche exemplaire
• Interactions : thèmes, sites, outils et méthodes
• Monitoring étroit des tendances épidémiologiques et
validation des modèles prédictifs
• Place de l’antibiorésistance
https://www.jpiamr.eu/
• Ne pas négliger les bactérie sensibles!
• Ne pas négliger les agents infectieux autre que bactériens
• Soins : contexte propice à l’émergence ou ré-émergence des
infections
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsRemerciements
• Comités exécutifs successifs de FINOVI depuis 2009
• Pr François Vandenesch/JIN
• Jocelyne Reynard
• Collègues de LyonBiopole
• D. Narbey et CCLIN/CPIAS ARA
• Réseau RAISIN-SPF
http://invs.santepubliquefrance.fr/Dossiers-thematiques/Maladies-infectieuses/Infections-
associees-aux-soins/Surveillance-des-infections-associees-aux-soins-IAS/Surveillance-en-
incidence
FINOVI/JIN 2018 - Ph.VanhemsInfections du site opératoire (ISO) en hausse
Au 2e rang après les infections urinaires et avant les pneumonies
Résultat cohérent avec les données
en incidence (ISO Raisin)
Augmentation des ISO :
→ sur prothèse du genou
FINOVI/JIN →
2018sur chirurgie veineuse des membres <
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